LABORATORIO DE BIOQUMICA Y BIOLOGA MOLECULAR

2013

PROYECTO DE CLASE

ESTRUCTURA SECUNDARIA, ESPACIAL Y DOMINIOS DE

PROTENAS
RECOMENDACIONES:
LEER DEL LIBRO LEHNINGER: PRINCIPIOS DE BIOQUMICA
A partir de la pagina 116 (CAPITULO 4) explica la estructura tridimensional de las protenas, en la 120 se detalla la
estructura secundaria, y en la 140 pueden profundizar ms sobre estructuras supersecundarias (MOTIVOS Y DOMINIOS).
Recomiendo leer hasta la 146, esto les ayudar a entender y posteriormente hacer una mejor explicacin y discusin
de sus resultados.
Adems y para que tengan una mejor definicin de propensiones a formar determinada estructura de los aminocidos
segn el mtodo de CHOU & FASMAN, les paso este libro online:
http://books.google.com.pe/books?id=VW3n0WL5DF8C&pg=PA218&lpg=PA218&dq=propensi%C3%B3n+de+aminoacidos&source=bl&
ots=Pi4Hvn4g9&sig=_U0nhWpsc2HyFUMMDqmTetXGfjw&hl=en&sa=X&ei=MPuAUfC2DNPw0QGbx4DYCQ&ved=0CCkQ6AEwAA#v=onepage
&q=propensi%C3%B3n%20de%20aminoacidos&f=false

De donde saque la siguiente tabla:

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1. Descargar la secuencia de una protena de inters personal de la pagina de UNIPROT

a. ESCRIBIR EL NOMBRE EN QUERY OBS: EL NOMBRE DEBE ESTAR EN INGLES
b. PRESIONAR SEARCH
2. Pregunta: Mencionar tipo de importancia biolgica o comercial
http://www.uniprot.org/

c. Seleccionar la entrada de la protena (depende del organismo que deseen evaluar)

d. Al ingresar, seleccionar la secuencia de aminocidos SEQUENCES de la protena

en formato fasta
e. FASTA

f.

COPIAR LA SECUENCIA (y guardarla en un block de notas o Word)

PREDICCIN DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA SEGN CHOU FASMAN

A. De manera manual:
g. Determinar la estructura secundaria de manera manual (en una hoja milimetrada)
segn la tabla de la pgina 1.

h.

Identificar regiones de nucleacin de hlices y colorearlas (Revisar .ppt adjunto:

Explicacion del Metodo Chou Fasman)

i.

Adjuntar hoja en el proyecto

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B. Usando el servidor online:

j. Ir a la pgina http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/ e introducir la secuencia
copiada en el punto f

k.

PREDICT

USANDO SWISS MODEL: Modelamiento de protena e identificacin de

MOTIVOS y DOMINIOS
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l. Ir a la pgina http://swissmodel.expasy.org/
m. Ingresar a DOMAIN ANOTATION

n. Insertar la secuencia de aminocidos en evaluacin (tem f) y seleccionar todas las

bases de datos para protenas y dems opciones.
o. SUBMIT

Seleccionar
todo

p. Analizar los resultados y discutir

q. Pregunta:
a. Existe diferencia en la identificacin de regiones hlice generados con este
programa de los generados con el programa de CHOU & FASMAN? Por qu?
b. Que significa cada uno de los tems seleccionados? (Definir cada uno)
Recomendacin: leer las referencias bibliogrficas:
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/17/9/847.full.pdf+html
r. IDENTIFICAR DOMINIOS DETECTADOS POR EL INTERPRO:
s. Mencionar cuntos y cules son los dominios detectados para la secuencia de
aminocidos de la protena que se est estudiando.

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OBTENCIN DEL MODELAMIENTO ESTRUCTURAL DE LA SECUENCIA

t.
u.
v.
w.

Repetir el paso l (http://swissmodel.expasy.org/)

Elegir el modelamiento de modo automtico en Modelling: AUTOMATED MODE
Introducir la secuencia en formato FASTA
SUBMIT MODELLING REQUEST

x. Analizar el modelamiento obtenido y discutir.

LA EXPOSICIN DE ESTE PROYECTO REEMPLAZAR UNA NOTA DE SUS PASOS ANTERIORES (LA
MAS BAJA).

LA NOTA QUE OBTENGAN EN ESTE PROYECTO SERA LA NOTA DE SU INFORME (INDIVIDUAL)

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