UE Pharmacie - Microbiologie

Le monde Microbien - Partie 3 :

La socit microbienne : leur

vie sur la terre, chez lhomme
Professeur Emmanuel DROUET
Anne universitaire 2013/2014
Universit Joseph Fourier de Grenoble - Tous droits rservs.

Chapitre8:Viesocialedes
microbes
Intimit(symbioseetendosymbiose)
Lacommunautmicrobienne
Lesparasites:levisiteurnondsir!

Symbiose
Vivreensemble
Symbiose=Vieencommundedeux(ouplus)
organismesdiffrentsousymbiontes
Lesscientifiquesclassentlesrelations
symbiotiquescomme:
Mutuelles(bnficepourchaquepartie)
Commensales(bnficepourseulementun
symbionte)
Parasites(lunexploiteouendommage(voiretue)
lautre

Symbiosemutuelle:lebiofilm
Agrgatdemicroorganismesconstituantunfilmadhrantune
surfaceimmergeousoumiseunenvironnementliquide(eauou
autre)
Dansleurhabitatnaturel,lesbactriesviventleplussouvent
attachesdessupports(modedeviesessile)
Lesbactriestendentsassocierencommunautenformantdes
microcoloniesetserecouvrirdepolymresorganiques
Adsorption
reversible
(sec.)

Attachement
irrversible
(sec./min.)

Croissance
&division
(h/j)

Production de
lexopolymre &
formation du
biofilm (h/j)

Attachement
dautres
organismes au
biofilm (j/m)

Diffrentsbiofilms

Intestin grle
Cathters

Unbiofilmpathologique:
Lacariedentaire

Commensalisme
quimangentlammetable
UnmicrobeXsemblersiderdansun
organismeYdansuntatnormal
Commetouslesanimaux,leshommes
hbergentgalementungrandnombrede
commensaux(notremicroflorebactrienne)
lasurfacedelapeauetdetoutesles
muqueusesquisontencontactaveclemonde
extrieur(bouche,tubedigestif,etc.).

Bactriescommensales(suite)
Unpetitgroupedemicroorganismessestadaptdesformes
deviesuprieures(vgtauxetanimaux)etlesutilisecomme
habitatfixeoutemporaireetentantquenvironnementoils
peuventtrouverdesnutriments.
Dansune flore (ex.digestive):certainsdonnentdes
bnfices,dautrespeuventavoirunpotentieldenuisance
(infections opportunistes )

Lesfloreschezlhomme

Scientific american june 2012

Diffrentes espces pour diffrentes raisons

Bouche, pharynx,
systme respiratoire sup.

Un grand nombre de microorganismes sassemblent dans de nombreux endroits

du corps humain. Leur prsence participe lintgrit de notre organisme,
aussi bien comme barrire cologique que comme facteurs morphogntiques .
Plusieurs espces bactriennes (Bacteroides fragilis) ont des fonctions spcifiques,
comme le dveloppement et la rgulation de notre systme immunitaire

peau
Estomac

Intestin

Tractus urognital

Endosymbiose
Endosymbiose=Viedunorganisme
lintrieurdunecelluledansuneassociation
stableetsouventsymbiotique
Exemples:Legionella lintrieurdesamibes

Lesvirussavrenttredesacteursfondamentauxdanslhistoire
delaviehumaine:Rledesrtrovirusendognes(HERV)dansla
placentation

Leparasitisme
Parasitesexploitentouendommagent(voiretuent)lautre
organisme
Uncommensalpeutdevenirparasite(exGiardiaintestinalis)
Beaucoupdemicroorganismespathognespeuventtre
considrscommeparasites
Enmdecinehumaine,sontappelsparasites
essentiellementlespathognesdetypeeucaryote
Protozoaires(Plasmodiumfalciparum,)
Champignons
Mtazoaires(nmatodes,trmatodes,)

Chapitre9:Lesystme
immunitaire:Laviedanslazone
decombat!!

Laluttecontrelamaladie
Limmunitinne

Lesbarriresnaturellesetlaveille
Lappelaucombatdesdfenseurs

Limmunitadaptative
Lammoireimmunitaire
Ledveloppementdelimmunit
Lesmaladiesdusytmeimmunitaire

Introduction
Lesorganismessonttoujoursenconcurrenceles
unsparrapportauxautres(luttepourla
nourriture,lespace,)
Lesmicrobessecombattententreeux,mais
aussiattaquentdesorganismespluscomplexes
(vgtal,animal),notammentlaidede
facteursdevirulence
Aleurtour,cesorganismescomplexes(homme)
ontdveloppdesstratgiessophistiquespour
seprotger(immunit)

Limmunit
Limmunit:ensembledesphnomnes
contribuant
maintenirlintgrit delorganisme
assurersonrtablissement (agression)

 Soi nonsoi
Unecapacitde reconnaissance entre
lesconstituantsdelorganisme: lesoi :tolr
etlesmolculestrangres: lenonsoi :rejet

SoietnonSoi
LesProtinesduComplexeMajeurdHistocompatibilit(CMH)

Immunitinneetadaptative
Deuxcatgoriesdemcanismestroitement
intriqus:
Immunitnonspcifiqueounaturelleouinne
Immunitspcifiqueouacquiseouadaptative
(mmoireimmunologique)

Objectifsdusystmeimmunitaire
lesystmeimmunitaireluttecontre:
1agentinfectieux(trangerlorganisme)
1organetranger(transplantation)
1celluletumorale(reconnuetrangreaprs
satransformation)

Facteursinfluenantlesystme
immunitaire

Balanceimmunitaire

EtapesdesinteractionsHte
environnementaucoursdune
infection
ENVIRONNEMENT

Facteurs
non microbiens

Facteurs microbiens
(Virulence)
Phnotypes
Biologiques

Exposition aux
Micro-organismes

Infection
Immunit inne

Facteurs
non gntiques

Infection
Immunit
adaptative

Facteurs
gntiques

HTE

Phnotypes
Cliniques

Lymphocyte immunit adaptative

Macrophage Phagocytose
Monocyte Prsentation des Ag
Neutrophile Phagocyte
PNN
Anti-bactrien

Eosinophile Immunit
Anti-parasitaire
PNE

Basophile
PNB

Mastocyte

Protection des
Surfaces muqueuses?
Protection des
Surfaces muqueuses?

Lescellules
dusystme
immunitaire
Progniteur
Commun
lymphode

Cellule-souche
pluripotente
Hmatopotique

Progniteur
Mylode

Lesorganeslymphoides
Organes lymphodes I

Organes lymphodes II
& tissus
Amygdales

Thymus
Molle osseuse

Tissu lymphode
Associ aux bronches
Ganglions lymphoides

Molle osseuse
Rate
Lamina propria
Ganglions lymphoides
Msentriques
Plaques de Peyer
Tissu lymphoide
Urognital
Ganglions lymphoides

MOELLE OSSEUSE
L o nos cellules immunitaires sont
produites.

THYMUS

Cellules immunitaires non

spcifiques

Ici, les cellules T sont

entranes distinguer les
antignes trangers de ceux
de notre propre corps

1re ligne de dfense

gnrique

RATE

Cellules lymphocytaires B
Produisent les anticorps (effet
neutralisant , cytotoxique,
bactricide)

Cellules lymphocytaires T
Dtruisent les cellules
cancreuses, les cellules
infectes par les virus, orientent
les autres cellules de limmunit

Stocke et recycle les cellules

immunitaires: un lieu-cl o les
antignes trangers sont
ports lattention du systme
immunitaire

GANGLIONS
LYMPHATIQUES
Site de surveillance priphrique. Les
cellules T et B veillent contre toute intrusion.

Effecteurs(solublesetcellulaires)
delimmunit
L immunit inne ou naturelle de dclenchement rapide, sans mmoire des
vnements passs

L immunit spcifique ou adaptative de cintique lente et

doue de mmoire

Laractioninflammatoire
Vasodilatation:Erythme
Augmentationdelapermabilitcapillaire:dmeetdouleur
Migrationhorsdesvaisseauxdediffrentescellulessanguines
(PNN,PNE,MonocytesMacrophages,lymphocytes)
Facteurschimiotactiques
Interventiondenombreuxmdiateurschimiques(cytokinesouinterleukines)
IL1,IL6
TNFalpha
IFNgamma

Kinines(Bradykinines)
Prostaglandines,leucotrines,histamine,srotonine,protinesducomplment

Etapesdelarponse
inflammatoire

1. Lsions tissulaires
Relarguage dhistamine

3. Les phagocytes absorbent les

bactries, les dbris cellulaires
et les cellules mortes
4. Migration des plaquettes vers la
zone lse
2. Histamine induit une fuite capillaire
de phagocytes et de facteurs de
la coagulation

Lappelauxdfenseurs
Monocytesetlymphocytes
Lymphocytes en migration

Lemacrophage:unepartimportantedelimmunitinne,unjeuessentielpour
limmunitadaptative

Immunitspcifique
Lesdeuxtypesderponsesimmunitaires
LarponsemdiationhumoraleavecAnticorps
circulants(lymphocytesB)
Larponsemdiationcellulaire(lymphocytesT)

Lessouspopulations
lymphocytaires
CELLULES T

Th

CLP
Prcurseur lymphode
commun

CTL

Activent les cellules B et Lysent les cellules infectes

les macrophages
CYTOTOXIC T
T HELPER CELL (TH)
LYMPHOCYTES (CTL)

CELLULES B

PC
Produisent les anticorps
PLASMOCYTES

Lesanticorps
Site antignique

site effecteur
Fc
CH2

CH3

hydrate de carbone
CDRs

Immunoglobulines A, G, M
IgA, IgG, IgM

ActivationdeslymphocytesTparunecelluleprsentatricedantigne(CPA)

CPA = Monocyte, Macrophage, cellule dendritique, lymphocyte B

Lysedescellulesinfectesparles
lymphocytesTcytotoxiques(CTL)

Lesrponsesimmunes:lescnario
Barrires
Invasion
& infection

Immunit inne
+

Peau & muqueuses

Surfaces en rgnration rapide,
mouvements pristaltiques, mucociliaires
vomissements, flux urinaires/lacrymaux,
toux

Dfenses cellulaires et humorales:

lysosyme, secretions muqueuses et
cbaces, acidit de lestomac,
organismes commensaux,pt du
complment, phagocytose, cellules NK

Inflammation

Immunit adaptative

Dfenses cellulaires et humorales

Anticorps, cytokines, T helper cells,
cytotoxic T lymphocytes (CTL)

La rponse immune de lhte

face un virus
ADAPTATIVE

INNEE

Rponses lymphocytaires T

Anticorps antiviraux

Titre Viral

Activit Relative

PNN
TNF- Rponse NK
IL-12
IFN-

Jours aprs infection

10

11

12

Lesdrglementsdelimmunit
spcifique:
Immunopathologie
Lesmaladiesautoimmunes
Phnomnesdallergie
Dficitsimmunitaires

Lesdrglementsdelimmunit
spcifique:
Immunopathologie
Lesmaladiesautoimmunes
Lorganismedveloppedesractionsimmunitaires
contrelesmolculesdusoi
Thyroditesautoimmunes(autoAC),maladies
systmiques(lupusrythmateux),diabte
insulinodpendants(LyTautoractifs)
DominanceLyTH1

Lesdrglementsdelimmunit
spcifique:
Immunopathologie
Phnomnesdallergie(HSdetype1)
Rentrentdanslacatgoriesdeshypersensibilit(I,
II,III,IV,V)
DominanceTH2
Dclenchsparcertainsantignes:lesallergnes,
induisantlagnrationduneclasseparticulire
dAC:LesIgE
Ractionallergique:combinaisondelAgaveclIgE
spcifiquefixesurdesmastocytesoudesPN
basophiles

Lesdrglementsdelimmunit
spcifique:
Immunodficience
Dficitsimmunitaires
Congnitauxouacquis
ConcernentleslymphocytesBetT

Chapitre10:Laprventionet
lhygine

Loindenous,lespathognes.!!
Strilisation
Dsinfectants
Antiseptiques
Lesvaccins

Lesystmeimmunitairenestpasinfaillible
lgarddenotreprotectionvisvisdes
infections

Dans l histoire de l humanit, jusqu au 20e sicle, les infections ont reprsent la cause essentielle de la
mortalit (60% la fin du 19e sicle en Europe), avec une dure moyenne de vie trs stable autour de 25
ans. A la fin du 19e sicle en Europe, 35% des individus pouvaient esprer atteindre l ge de 40 ans.
L allongement de la dure de la vie prs de 80 ans aujourdhui rsulte d un bon contrle des
maladies infectieuses grce l effet combin des mesures d hygine, de la vaccination et des
antibiotiques

Stratgiesantimicrobiennes:
cellesquituent(cides)
Strilisation
Dsinfectants
Antiseptiques

Strilisation
Moyensphysiques
Chaleur

Incinration(>500C)
Ebullition(>100C)aumoins30minutes
Autoclavage(>121C)aumoins15minutes
Chaleursche(four160C,aumoins2h)
sporulation

Irradiation(UV)

germination

Strilisation
Moyenschimiques(Substancesdtruisant,
inactivant,ouliminantlesmicrobes
potentiellementnuisibles)
Dsinfectants: utilisspourletraitementdes
surfacesoudobjetsinertes
Chlore,Alcool,Peroxydedhydrogne,surfactantset
dtergents,phnols,mtauxlourds(As,Cu,Ag,Hg)

Antiseptiques:dsinfectiondetissusvivants
(prophylactiquesouthrapeutiques)
Alcool,Chlorhexidine(drivphnoletchlor)

Filtrationetal.
Filtration
0,45m
0,22m

Masques
Filtrespourlocaux(HEPA)

Lesvaccins
Prparation de micro-organismes morts ou vivants
ou de leurs composants (bactries, virus, protozoaires)
Utilise pour immuniser un homme ou un animal contre
une maladie donne
- Vaccins inactivs
- Vaccins vivants attnus
- Vaccins sous-unitaires (protines-peptides)

8 mai 1980 : l OMS proclame

lradication plantaire de la variole

Tracines

Laprventionparlesvaccins
Pourquoivacciner?
Protgerlespopulations

Tuberculose(bactrie)
Paludisme(malaria,parasite)
Diphtrie(intoxicationbactrienne)
Ttanos(intoxicationbactrienne)
HpatiteB(virus)
Rougeole,Oreillons,Rubole(virus)
Grippe(virus)
Fivrejaune,hpatiteA,Fivrestyphodes(voyageurs)
Pneumoniepneumocoquechezlesujetg

Eradiquerunemaladie(variole,poliomylite,hpatiteB?)

Les principaux tueurs

(millions de morts 1998)

Les vaccinations sauvent 3 millions de

vie /an
1,65 millions dindividus meurent de
maladies potentiellement vitables
par vaccination

TB

Rougeole

Diarrhes

Infections SIDA
resp
Aigues

Paludisme

Ncessit daugmenter la couverture

vaccinale (70%) et de diminuer les cots

Six maladies infectieuses causent 90% des

dcs dorigine infectieuse

Chapitre11:Lapriseenchargede
lamaladie
Lesantibiotiques:lesarmesdelaguerre
Autresthrapiesantiinfectieuses
Lesantiviraux

Larsistance:uneformedadaptationdes
microbes

Antibiotiques

Les antibiotiques sont des substances chimiques secrtes par les microorganismes vivant en milieu terrestre ou aquatique. Ces substances ont des
caractristiques antibiotiques, cest--dire faisant obstacle la vie, et
servent tuer les micro-organismes concurrents ou les empcher de se
dvelopper (bactries).

Antibiotiquesnaturelset
synthtiques
Substancenaturelleproduiteparlesmicro
organismes(ex.organismesdusol:
Streptomyces,Penicillium,Cephalosporium,)
etactivesurdautresbactriesfaible
concentration.
Peuttreaussiproduitparsynthsechimique
partielleoutotale

Effetdesantibiotiques
Laplupartdesinfectionsgurissentspontanment aprsplus
oumoinsdetempsgrceaucontrleimmunitaire
Encasdinfectionbactrienneaiguoudvolutionspontane
dfavorableouencorechezdespatientsdontlarsistanceest
affaiblie,lesantibiotiquesapproprispeuventinfluencerde
manirefavorablelvolutiondelamaladie.
Lesantibiotiquesnegurissentaucunemaladieinfectieuse,
maisempchentlesbactriesdesemultiplier.Notrecorpsa
ainsiletempsdorganisersadfenseetdedtruireet
dvacuerlesgermespathognes

Ciblesbactriennesdesprincipaux
antibiotiques

Effetdesantibiotiquessurla
croissancebactrienne
Bactriostaseetbactricidie

Incubationduninoculum(106 UFC/ml)en
bouillonseulouenprsencedunegamme
dantibiotiques
Numrationdesbactriesviablesintervalles
rguliers

Courbesdecroissanceenprsence
dantibiotiques
Con sub-inhibitrice

Ralentissement de la croissance
Cons bactriostatiques

Courbesdecroissanceenprsence
dantibiotiques
Con sub-inhibitrice

Ralentissement de la croissance

Instabilit de lAB

Le nombre de bactries devient

Infrieur linoculum
Cons bactricides

Selon lantibiotique,
leffet bactricide peut tre
temps dpendant
(indpendant de la Con au-del dun seuil)

Dose dpendant

Apparitiondelarsistance
Larsistanceunantibiotique,c'estunmcanismequela
bactriemetenplacepourneutraliserl'effetd'un
antibiotiquequisetrouvedanssonmilieudevie.
Larsistanceauxantibiotiquesestdonclarglechezles
bactriesdanslanatureetlasensibilitauxantibiotiques
lexception

Rsistance
Pourunmicroorganisme:mieuxvauttrersistant
quevirulent
Rsistanceintrinsque(ounaturelle):insensibilitun
ouplusieursantibiotiquesdetouteslessouchesdune
mmeespcesougenrebactrien
Racquise(mutationouplasmidiquepourlesbactries):
unesoucheestditersistantelorsquellesupporteune
concentrationdABbeaucoupplusfortequecellequi
inhibeledveloppementdelamajoritdesautres
souchesdelammeespces

Antiviraux
Agentsvirostatiques(administrsparvoie
gnrale)
Classsselonlacible(ARNouADN
polymrase,thymidinekinase,protase,
neuraminidase)ouselonlafonctioninhibe
(entrefusion)
Certainscomposantsdoriginebiologiques
(interfrons,immunostimulants)

Ciblesviralesdesantiviraux
Interaction virus-cellule (via les rcepteurs)

Dcapsidation
Echaffaudage
Traduction

Cytoplasme
Virus ARN
Relarguage
Sortie du virus

Gertrude Elion 1918-1999, Prix Nobel 1988

Dcouverte de lacyclovir 1981

Rplication
du gnome

Noyau
Virus ADN
Rtrovirus

LeTamiflu:Inhibitiondelasortie
(virusdelagrippe)

RsistanceetPersistance
Virus(HIV,HCV,virusgrippal)
Certainsvirushumainspersistenten
diminuantleurexpressionet/ouenchappant
aucontrleimmunitaire(Herpesvirus,
adnovirus,HIV,HCV)

Mentions lgales
L'ensemble de cette uvre relve des lgislations franaise et internationale sur le droit d'auteur et
la proprit intellectuelle, littraire et artistique ou toute autre loi applicable.
Tous les droits de reproduction, adaptation, transformation, transcription ou traduction de tout ou
partie sont rservs pour les textes ainsi que pour l'ensemble des documents iconographiques,
photographiques, vidos et sonores.
Cette uvre est interdite la vente ou la location. Sa diffusion, duplication, mise disposition du
public (sous quelque forme ou support que ce soit), mise en rseau, partielles ou totales, sont
strictement rserves luniversit Joseph Fourier (UJF) Grenoble 1 et ses affilis.
Lutilisation de ce document est strictement rserve lusage priv des tudiants inscrits
lUniversit Joseph Fourier (UJF) Grenoble 1, et non destine une utilisation collective, gratuite
ou payante.

Ce document a t ralis par la Cellule TICE de la Facult de Mdecine et de Pharmacie de Grenoble

(Universit Joseph Fourier Grenoble 1)