Introducción Estado del arte Propuesta Resultados Conclusiones y trabajos futuros

III Simposio de Computación Gráfica y Procesamiento de Imágenes

Detección de parásitos helmintos en

imágenes microscópicas

Gabriel E. Humpire
Alexander V. Rodriguez
Sociedad de Estudiantes de Ciencias de la Computación
Universidad Nacional de San Agustin

29 de Diciembre 2009

Gabriel E. Humpire Alexander V. Rodriguez — Detección de parásitos helmintos en imágenes microscópicas 1/23
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Contenido

1 Introducción

2 Estado del arte

3 Propuesta

4 Resultados

5 Conclusiones y trabajos futuros

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Contenido

1 Introducción

2 Estado del arte

3 Propuesta

4 Resultados

5 Conclusiones y trabajos futuros

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Introducción

Parasitologı́a
En Biologı́a o parasitologı́a, la morfologı́a es la
disciplina encargada del estudio de la forma y estructura
de un organismo o sistema.
Existen diferentes Subdisciplinas, una de ellas la
morfologı́a descriptiva que se encarga de la descripción y
comparación de las formas orgánicas.
El personal especializado de apoyo en parasitologı́a se
basa principalmente en la morfologı́a descriptiva

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Introducción

Parasitologı́a
En Biologı́a o parasitologı́a, la morfologı́a es la
disciplina encargada del estudio de la forma y estructura
de un organismo o sistema.
Existen diferentes Subdisciplinas, una de ellas la
morfologı́a descriptiva que se encarga de la descripción y
comparación de las formas orgánicas.
El personal especializado de apoyo en parasitologı́a se
basa principalmente en la morfologı́a descriptiva

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Introducción

Parasitologı́a
En Biologı́a o parasitologı́a, la morfologı́a es la
disciplina encargada del estudio de la forma y estructura
de un organismo o sistema.
Existen diferentes Subdisciplinas, una de ellas la
morfologı́a descriptiva que se encarga de la descripción y
comparación de las formas orgánicas.
El personal especializado de apoyo en parasitologı́a se
basa principalmente en la morfologı́a descriptiva

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Contenido

1 Introducción

2 Estado del arte

3 Propuesta

4 Resultados

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Estado del arte

Yoon Seok Yang propone dos etapas para realizar el

diagnostico de parásitos: El procesamiento digital de la
imagen Clasificación usando dos redes neuronales
Cesar Beltrán en su tesis sobre parásitos de gallinas del
género Eimeria, muestra una extracción de caracterı́sticas
geométricas y de curvatura, selecciona las caracterı́sticas
principales de forma estadı́stica para luego usar dos
clasificadores: uno bayesiano y otro estadı́stico
obteniendo resultados del 80% y 85% respectivamente.

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Estado del arte

Yoon Seok Yang propone dos etapas para realizar el

diagnostico de parásitos: El procesamiento digital de la
imagen Clasificación usando dos redes neuronales
Cesar Beltrán en su tesis sobre parásitos de gallinas del
género Eimeria, muestra una extracción de caracterı́sticas
geométricas y de curvatura, selecciona las caracterı́sticas
principales de forma estadı́stica para luego usar dos
clasificadores: uno bayesiano y otro estadı́stico
obteniendo resultados del 80% y 85% respectivamente.

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1 Introducción

2 Estado del arte

3 Propuesta

4 Resultados

5 Conclusiones y trabajos futuros

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Contenido

3 Propuesta
Diagrama de contexto
Segmentación
Extracción de caracterı́sticas

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Diagrama de contexto

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Contenido

3 Propuesta
Diagrama de contexto
Segmentación
Extracción de caracterı́sticas

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Contornos activos - Snakes

La segmentación sobre la imágen de consulta se realiza
aplicando el algoritmo de contornos activos Snakes[M. Kass,
A. Witkin] para obtención de contornos del candidato.

Figure: Contornos activos

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3 Propuesta
Diagrama de contexto
Segmentación
Extracción de caracterı́sticas

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Caracterı́sticas geométricas
Se recibe como entrada a los contornos de la etapa anterior
para obtener los componentes principales, usando los
eigenvectores hallados con Principal Component Analysis
(PCA) para obtener las orientaciones del contorno.

Figure: Obtención de componentes principales con PCA aplicado

al contorno del candidato.

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Caracterı́sticas geométricas

(a) (b)

(c) (d)

Figure: Caracterı́sticas geométricas: a) diámetro máximo , b)

diámetro mı́nimo, c) excentricidad y d) área
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Caracterı́sticas de textura GLCM

Incorpora información espacial de los niveles de intensidad de

los valores de la imagen en escala de grises.Gray Level
Co-ocurrence Matrix(GLCM) obtiene las siguientes
caracterı́sticas:

Correlacion
Energı́a
Contraste
Homogeneidad

Figure: Matriz de co-ocurrencia.

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Caracterı́sticas de curvatura

La curvatura necesita de la
primera y segunda derivada
de las señales eje X y Y del
contorno del candidato
usando la siguiente formula:
(a) (b)
ẋ(t)ÿ (t)−ẍ(t)ẏ (t)
k(t) = (ẋ(t)2 +ẏ (t)2 )3/2

Caracterı́sticas tomadas:
Media de Curvatura
Desviacion Estándar de (c) (d)
Curvatura.

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4 Resultados

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Base de datos
La base de datos usada fue SADPI-8 disponible en la web en el
siguiente enlace http://www.pibapunsa.com . Se tomaron un
conjunto de 5 especies:

(e) (f)
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Resultados
Se utilizó la red neuronal MultiLayer Perceptron(MLP) para la
clasificación con 10 neuronas en la capa de entrada, 2 capas
ocultas con 7 neuronas cada una y una neurona de salida. El
conjunto de entrenamiento fue del 80% y el conjunto de testeo
fue del 20% obteniendo los siguientes resultados:
Helmintos Muestras Segmentadas Detectadas Falladas
Ascaris 100 96 93 3
Trichuris 128 100 82 18
Dyphillobothrium 104 92 91 1
pacificum
Taenia solium 136 93 88 5
Fasciola hepatica 77 61 57 4
Suma 545 442 411 31
Precision 81.10% 92.98% 75.4%

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1 Introducción

2 Estado del arte

3 Propuesta

4 Resultados

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Conclusiones

Conclusiones
La etapa de segmentación aun esta en etapa de prueba,
por lo que se tiene un porcentaje bajo en esta etapa.
Las caracterı́sticas extraidas dan un porcentaje de 93% en
la clasificación.

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Conclusiones

Conclusiones
La etapa de segmentación aun esta en etapa de prueba,
por lo que se tiene un porcentaje bajo en esta etapa.
Las caracterı́sticas extraidas dan un porcentaje de 93% en
la clasificación.

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Trabajos futuros

Para poder hacer una mejor segmentación y lograr

mejores resultados en la clasificación es necesario emplear
una nueva técnica inicial que proponemos sea hı́brida
Snakes sobre Salient Region.
Otro trabajo futuro es lograr hacer la clasificación de las
7 especies por separado usando un clasificador más
robusto o empleando la MLP de manera directa a las
especies. Se propone usar como una alternativa a la MLP
un SVM multiclase.

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Trabajos futuros

Para poder hacer una mejor segmentación y lograr

mejores resultados en la clasificación es necesario emplear
una nueva técnica inicial que proponemos sea hı́brida
Snakes sobre Salient Region.
Otro trabajo futuro es lograr hacer la clasificación de las
7 especies por separado usando un clasificador más
robusto o empleando la MLP de manera directa a las
especies. Se propone usar como una alternativa a la MLP
un SVM multiclase.

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Agradecimientos

Los autores agradecen el apoyo constante de César Beltrán,

Raquel Patiño, Juan Carlos Gutierrez y Juan Chuctaya

Gracias

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