UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADASESPE

FACULTAD DE CIENCIAS DE LA VIDA

INGENIERIA EN BIOTECNOLOGA

Nombre: Daniela Vera , Ambar Oate, Alexis Guerrero

Fecha: 13-01-2015

Materia: Bioinformtica

Curso/Paralelo: 6 B

Alineamiento mltiple en el programa CLUSTAL X

Un alineamiento mltiple es una coleccin de tres o ms secuencias de
aminocidos o nucletidos parcial o completamente alineados. Residuo son
secciones homlogas de las secuencias, en un sentido evolutivo y estructural.
Pasos para realizar el alineamiento mltiple:
1. Abrir el programa clustalX y cargar el archivo de secuencias. Explorar el
men de clustalX para localizar las diversas funcionalidades del
programa.
2. Correr el comando Do complete alignment. Notar que el programa
exporta dos archivos:
o

El "rbol-gua" (guide tree) se guarda en un archivo con

extensin .dnd

Las secuencias alineadas en un archivo .aln (el formato propio de

clustal)

3. Analizar el resultado. Localizar los residuos conservados, y los "gaps"

terminales o internos. Comparar el contenido de las columnas con el
perfil de conservacin, desplegado debajo del alineamiento.
4. En el men Quality, seleccionar el comando Calculate low scoring
segments (calcular segmentos de escore bajo). Analizar el resultado. Se
asocian los segmentos de escore bajo a algunas columnas especficas? A
algunas secuencias especficas?
5. En el men Edit, seleccione el comando Select all sequences.
6. En el men Quality, correr el comando Save column score to file. El perfil
de escores se guarda en un archivo con extensin .qscores. Abrir esto
archivo con un editor de textos. Este archivo contiene una

representacin textual del alineamiento, junto con los escores asociados

a cada columna.

Como importar el ADN de inters en vectorNTI

Primero se idnetifica las secuencias de ADN o protenas que se desea importar
al programa, una vez localizada existen varias formar de introducirlas:
1. Una de las formas es el la barra de herramientas en Tools-Open u
Open link y seleccionamos la opcin dependiendo si la secuencia es de
nucletidos o de protena, una vez abierta la ventana copiamos en
GenBank y nos arrojara el programa la secuencia que analizaremos.
2. Otra de las maneras de importar una secuencia en yendo a la barra de
herramientas en Edit-Open from Clipboard, all escogermeos entre
las opciones que pueden ser FASTA file si al ingresar a la pagina del NCBI
ubicamos la secuencia y la abrimos en el formato FASTA entonces lo
seleccionamos y le damos en copiar y vamos al programa para
seleccionar la opcin que deseamos; la otra opcin es copiendo toda la
pagina del GenBank desde Locus hasta el doble slash que se encuentra
al final, una vez que copiamos dicha seleccin vamos al programa y
seleccionamos la opcin GenBank file y tendremos la secuencia
Anlisis de secuencias mltiples en el vector NTI
Se procedi a utilizar el vector nti para realizar el alineamiento de varias
secuencias a la vez.
El primer paso fue tener los cdigos de las secuencias en orden y separados
por comas, luego en la barra de herramientas del programa se pulso
Tools-Open-retrive protein by genbank
Luego se inserta en el PID los cdigos y se pulsa importar, el programa nos
pide que elijamos una base de datos y aqu se puede crear una para realizar
este trabajo y q sea ms fcil buscar estas secuencias recientemente
importadas.
El segundo paso al ya tener las secuencias que se quieren alinear es ir a la
base de datos del vector y cuando se hayan encontrado, se las selecciona y se

pulsa en la barra de herramientas align- align selected molecules, esto

hace q aparezca una nueva ventana de AlignX, en la que se hace lo mismo
pulsa en la barra de herramientas align- align selected molecules.
Con esto el programa nos devuelve los resultados del alineamiento utilizando
clustalM.
En el alineamiento se puede observar las areas conservadas o las similitudes
de las secuencias , de igual manera puede obtenerse un rbol filogentico, o
realizarse los anlisis que se necesite sobre estas secuencias.