U N S I M P L E M E T O D O PA RA

G E N E RA R C O M P L E J O S P E R F I L E S
DE ADN UTILIZANDO
M A RC A D O R E S B A S A D O S E N A LU
C O N A P L I C AC I O N E S E N F O R E N S E ,
PAT E R N I DA D , M A P E O G E N E T I C O ,
E S T U D I O S D E P O B L AC I N Y
ANCESTROS
ABSTRACT
Como los sistemas de perfiles de ADN se vuelven cada vez ms complejos, los avances en una
tcnica relativamente sencilla promueven una mejor accesibilidad y utilidad para una variedad de
aplicaciones. En contraste, otras herramientas simples comnmente usadas para ensear a los
estudiantes sobre la ciencia forense y las poblaciones humanas tienen notorios inconvenientes. Dos
sistemas Alutetraplex, utilizados para las variantes de presencia /ausencia de Alu en una reaccin
simple ha sido modificado para proveer una metodologa simple para generar perfiles complejos. Se
presenta un tercer sistema Alutetraplex, aumentando el nmero de genotipos posibles 531,441 con
todos los alelos de 12 marcadores dimorficos relativamente comunes. Se obtuvieron resultados
reproducibles incluso con el uso de prepraciones de ADN crudo almacenado congelado por varios
con multiples deshielos. La incorporacin del tinte para ADN GelRed en vez de el bromuro de
etidio altamente toxico promueve mejor accesibilidad, particularmente en el contexto de una sala de
clases. Este estudio demuestra la efectividad de este sistema para realizar perfiles como una
metodologa simple pero informativa par analizar paternidad, mapeo gentico de caracteres
humanos, y provee informacin para ilustrar su potencial al buscar ancestros u orgenes geogrficos
de un individuo.
Armar un perfil de ADN es complicado asique estos tipos mejoraron la tcnica
para que fuese mpas fcil incluso para una clase. Se usaba un sistema
Alutetraplex para ver el dimorfismo de una secuencia Alu, ahora se presenta
un tercer Alutetraplex que se ve con 12 marcadores altamente comunes,
pudiendo reconocer hasta 531,441 genotipos. El resultado es reproducible
incluso en un ADN crudo que se congelo hace tiempo y se ha descongelado
varias veces. Se usa gelred en vez de bromuro de etilio.

INTRODUCCIN

El numero variable de repeticin en tndem (VNTR= variable number tndem repeat) del D1S80 y
el elemento Alu dimorfico PV92 estn comnmente incorporados en las herramientas para armar
perfiles de ADN con propsitos educativos sobre estudios forenses y estudios de poblacin humana
(1). De todos modos, estas herramientas simples y de bajo costo tienen notorios efectos adversos. El
limite al campo de resolucin dificulta evaluar alelos del locus D1S80, particularmente en los geles
de agarosa; donde los locus PV92 solo consiste en 2 alelos (presencia o ausencia del Alu) o 3
posibles genotipos y por tanto no es muy informativo. PV92 es un ejemplo de un Alu de frecuencia
intermedia (IF), por lo cual tanto la forma que la presenta como la que no, tambin conocido como
dimorfismo, son comunes en la poblacin humana. Estos tipos de variantes resultan de un evento
integrativo relativamente reciente del retrotransposon Alu (figura 1), y por lo tanto no se repara en
el genoma humano. Aproximadamente son dimorficos 1,200 de los ms de 1 millon de elementos
Alu presentes en el genoma humano (2). La presencia o ausencia de alelos puede distiguirse
mediante la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR) utilizando primers que flanquean el
elemento (figura 1). Se han identificado un numero de variantes IF de Alu (3,4) y , al combinar
varios de estos marcadores en una sola reaccin incrementa exponencialmente el numero posible de
genotipos, sin incrementar la cantidad de reacciones.
Un gran obstculo al generar estos perfiles por PCR multiples es la formacin de heteroduplexes,
son elementos muy similares a Alu, se encuentran en cada variable de presencia, y limita la
capacidad de la Taq ADN polimerasa standard con una variedad de condiciones (5-7). El sistema
Failsafe (Epicentre Biotechnologies, Madison, WI) diseado por la dificultad del PCR multiple ha
demostrado trabajar bien con hasta 4 locis IF Alu en una reaccin simple, conocido como un
Alutetraplex, donde el ajuste primario es modificar las concentraciones de primer (6,7).
VNTR= numero variable de repeticin tndem. Generalmente para ensear la
tcnica se usan el VNTR del D1S80 y el Alu dimorfico del loci PV92, pero su
reconocimiento est limitado en el gel de agarosa porque por ejemplo en el
PV92 solo hay 2 alelos (Alu /) asiqeu no da mucha . El Alu del PV92 es
de frecuencia intermedia (IF), osea es dimorfico. Hay ms de 1 millon de
Alu, de esos ~1.200 son dimorficos, si estn o no se puede ver por PCR. Como hay muchos Alu
dimorficos, cuando se combinan en una sola reaccin da muchos genotipos posibles, pero no
aumenta la cantidad de reacciones. Un problema con los PCR multiples es que se forman
heteroduplexes, son cosas similares a Alu que estn en los lugares en que hay Alu dimorfico. Asique
se creo el sistema Failsafe que permite trabajar con hasta 4 Alus dimrficos en una sola reaccin,
eso se conoce como Alutetraplex, la gracia es que cambian las concentraciones de primer.
Los Alutetraplexes ofrecen una tecnologa de costo relativamente bajo que es simple de usar,
requiere solo el equipamiento estndar de un laboratorio y oermite elaborar perfiles de DNA
relativamente complejos.Esta tcnica entrega a cada estudiante la eportunidadd de realizar anlisis
forenses al utilizar muestras de ADN y aparearlas con una desconocida seleccionada por el
instructor (7). Junto con una base de datos construida con envios annimos (8), tambin le permite a
los estudiantes determinar la proporcin de individuos con el mismo genotipo, asi como tambin
realizar una variedad de anlisis de poblacin tales como distancias genmicas y asesoras de
equilibrio de Hardy-Weinberg. Los 2 Alutetraplexes desarrollados (7) generan 6.561 genotipos
posibles (34 x 34), que excede por lejos los 435 posibles genotipos para D1S80. Adicionalmente, se
encontr un locus de Alu IF que consiste en 4 alelos (9) ofreciendo una herramienta nica para
estudiar poblaciones humanas, particularmente considerando que se puede determinar el orden
evolutico de la generacin de alelos. Junto con los anlisis forenses y poblacionales, esta simple
tcnica demuestra como los marcadores de DNA pueden usarse en la paternidad (7).

Se han utilizado marcadores de DNA polimrfico en el clonamiento posicional con el propsito de

mapear la ubicacin cromosmica de un gen asociado con una caracterstica con el fin de
eventualmente identificar el gen (10). Una repeticin tndem de cantidad variable (VNTR) o un
marcador de microsatellite tienen mejor potencial que marcadores bialelicos tales como
polimorfismos restriccin de polimorfismos de longitud de fragmentos (RFLPs = restriction
fragment lenght polymorphisms), al tner una mayor probabilidad de un genotipo heterocigoto para
el marcador en el individuo con la caracterstica. De todos modos, paquetes grandes de informacin
de marcadores bialelicos tales como un mapa para 1,42 millones de polimorfismos en un solo
nucletido (SNPs = single nucleotide polymorphisms) que se distribuyen a travs del genoma
humano [11] entregan una herramienta muy til para ayudar en la identificacin biomdica de
importantes genes. Un alutetraplex consiste en 4 marcadores bialelicos en una sola reaccin.
Por tanto, si se pudiese realizar una reaccin de 3 tetraplex, aumenta el potencial de encontrar un
marcador til (genotipo heterocigoto), ofreciendo al estudiante la oportunidad de realizar un
eperimento de mapeo y evaluar su significancia al generar puntajes Lod [12]. Este tipo de estudios
involucrara una condicin no-sana de riesgo tal como el sndrome de arrebato helio-oftalmico
autosmico dominante (ACHOO= autosomal dominant compelling helio-ophtalmic outburst) [13].
Este sndrome se encuentra en aprox el 30% de la poblacin e involucra bostezos cuando se expone
inicialmente a una luz brillante, y tambin conocido como reflejo bostezo fotico () (photic sneeze
rflex: reflejo de bostezar con la luz)
Para mejorar la metodologa del Alututraplex para varias aplicaciones se desarroll un tercer
tetraplex para variantes Alu IF en este estudio. Al aumentar el numero de genotiposposibles que
pueden ser determinados, est simple tcnica se vuelve una herramienta importante en el anlisis
forense. Las tcnicas alternaticas incorporan hasta 30-31 dimorfismos Alu, es estudios de
poblaciones especificas se han demostrado grandes niveles de poder discriminador en el rango de
3.7x10-13 [15] hasta 5.53x10-14 [16] probabilidades de una coincidencia en el genotipo. El uso de un
tercer set de marcadores tambin incrementa la probabilidad de acertar en la paternidad. Por
ejemplo, si la madre es heterocigota para los 4 marcadores en un tetraplex completo, entonces los
resultados no son resolutivos, pero ms marcadores reduciran dramticamente esta posibilidad y
ms adelante ayudaran a excluir individuos como padres. Adicionalmente, este estudio presenta el
uso de tetraplexes basados en Alu como una herramienta para demostrar mapeo gentico en
caractersticas humanas.
La aplicacin practica de este mtodo es apoyado por el use de preparaciones de ADN crudo de
extraccin rpida de clulas de la mucosa bucal que han sido almacenadas a -20C por varios con
multiples descongelamientos. Adicionalmente , se presenta el uso de Gel Red (Biotium, Hayward,
CA) para analizar los geles de tetraplex como una alternativa segura para teir ADN en contraste
con el bromuro de etidio estndar altamente toxico, haciendo esta tcnica ms accesible, en especial
para su uso en la sala de clases. En general, al generar un tercer tetraplex, el numero de
marcadores entre los diferentes sitios cromosmicos, y mejora notoriamente la metodologa
como una herrmaienta simple, rpida y de bajo costo para anlisis de paternidad, poblaciones,
mapeo gentico y forenses, y puede proveer informacin sobre ancestros u orgenes genticos.

FIGURA 1

Diagrama esquemtico de una integracin Alu en un

cromosoma con un marcador dimorfico de presencia/ausencia el cual puede ser analizado por PCR
usando primers hacia adelante (F= forward) y reversos (R) que flanquean la integracin. Al hacer
una electroforesis por gel de agarosa se pueden determinar los 3 posibles genotipos mientras los
campos integrativos Alu ofrecen un fragmento de ~300pares de bases ms largos que en su ausencia
(alelo ancestral).

MATERIALES Y METODO
MUESTRAS DE ADN
Crudo, las preparacines de ADN se obtuvieron utilizando el Epicentre BuccalAMP ADN
Extraction Kit protocol (protocolo del kit de extraccin de ADN bucal) del interior de mejillas. La
aprobacin se obtuvo mediante sujetos humanos que revisaron el panel

MAPEO GENETICO
2 familias, en las cuales el padre y 2 nios tenan el sndrome ACHOO, pero no la madre, ofrecieron
voluntariamente sus muestras de ADN para este estudio. Las condiciones del PCR Alutetraplex y
los primers se obtuvieron en un estudio previo [7]. Las variantes Alu que eran heterocigotas en el
padre y homocigotas en la madre habran sido tiles para asesorar sobre la descendencia. Los
puntajes de carga para las medidas estadsticas se determinaron al usar la formula Log0 [(1/2 (1)nr x r)/(0,5)n+r+ (1/2 (1-)nr x r)/(0,5)nr+r] [12], donde nr son los no-recombinantes y r los
recombinantes, asumiendo que un alelo estligado con la caracterstica en el mismo cromosoma,
y que con nr y r se refiere alos no-recombinantes y recombinantes respectivamente, al asumir que
los alelos alternaticos estn inicialmente en el mismo cromosoma que el alelo de la caracterstica.

GENERACIN DE UN NUEVO ALUTETRAPLEX

Previamente se han generado 2 alutetraplexes [6,7] y se han reproducido en este estudio con los
mismos protocolos, pero utilizando el tinte GelRed. Este trabajo conlleva el desarrollo de un tercer
tetraplex o Alutetraplex 3. Los elementos Alu de frecuencia intermedia y los sets de primers se
seleccionaron entre aquellos identificados por Roy-Engel et al. [3] y por Carroll et al. [4]. Las
selecciones se basaron en tener alelos que pudiesen ser distinguidos en un gel de agarosa 2%. Se
utilizaron los sets de primers que trabajaron consistemente bien juntos y se aadieron sets
adicionales no antes de identificar 4 marcadores que generaban resultados interpretables y

reproducibles. Alutetraplex 3 se gener por amplificacin PCR usando Buffer E 1x (Failsafe buffer
que contiene dNTPs y MGCL; Epicentre Biotechnologies, Madison, EI), primer (secuencias en la
tabla 1) con concentraciones de 270 nM (109F), 270 nM (109R), 270 nM (65F), 270 nM (65R),
230nM (201F), 230nm(201R), 340 nM (241F), 340 nM (241R), 1u FailSafe enzima (Epicentre
biotechnologies) y 1 l de preparado de ADN crudo en un volumen de 25 l usando las siguientes
condiciones de ciclado: 94C por 2m, seguidos de 32 ciclos de 94C por 30s, 58C por 30s, 72C
por 1 m 30s, con una extensin final a 72C por 5m. Los productos amplificados se separaron en un
gel de agarosa 2% en buffer TAE 1x con tinte GelRed (Biotium, Madison, WI) incorporado en el
gel. Los geles se corrieron a 135 volts hasta que la banda de azul bromofenol estuvo en el fondo o
justo apenas salindose del gel.

TABLA 1

Tabla 1 Locis y rimers usados para la generacin de Alutetraplex 3 de Carrol et al. [4]. Tamos (bp)
se entregan para los productos de amplificacin de la presencia o ausencia de los alelos, asi como
tambin los cromosomas que albergan los locus

RESULTADOS
REFINAMIENTOS DE LAS REACCIONES DE TETRAPLEX BASADAS EN
ALU
Se obtuvieron resultados reproducibles de las 2 reacciones Alutetraplex previamente desgnadas [7]
(figura 2) utilizando preparados de ADN rpidamente extraidos. Para el desarrollo de un laboratorio
el Kit de extraccin BuccalAMP es ventajoso pues genera un ADN listo para su uso en tan solo
minutos. De todos modos, dado que esta basado solo en calentar para provocar la lisis de las clulas
epiteliale y degradar compuestos que inhiben la amplificacin, luego como en el mtodo
comnmente usado de Chelex [1], las preparaciones eran crudos en relacin a la pureza del ADN
obtenido usando kits basados en la afinidad tales como QIAamp. Las preparaciones crudas han sido
asociadas con menor estabilidad y menor potencial de amplificacin en almacenamento por largos
periodos y multiples descongelamientos [17]. Debido a las impurezas, la cuantificacin acertada no
puede ser lograda usando un espectrofotmetro NanoDrop 2000c (Thermo Scientific, Waltham,
MA) como OD60/OD280 ratios de 11 muestras aisladas por las ms recientes clases de rangos desde
1,05 a 1,38 (promedio= 1,13 0,09). Por tanto, las reacciones incorporaron el mismo volumen de
ADN ms que la misma concentracin. Las muestras usadas en los 2 tetraplexes basados en Alu han
estado almacenadas por con multiples descongelamientos y ofreciero resultados interpretables
(Figura 2). ADN altamente purificado aislado de linfocitos perifricos [18] y trabajo muy bien en el
estudio como se esperaba (no se muestra la informacin). Se incorpor el tinte de ADN GelRed en
los geles, que es mucho menos toxico que el bromuro de etidio, con los 8 alelos discernibles en cada
tetraplex.

El kit de Extraccin Buccal AMP da ADN listo rpidamente y es fcil, solo se

calienta y rompe la clula (obtener el ADN) y degrada compuestos que inhiben
la amplificacin, usaron ADN crudo, se supone que es porque como est
contaminado da menor estabilidad y se amplifican menos cuando han estado
almacenados mucho tiempo y en especial si se ha descongelado muchas
veces, ademas no se puede cuantificar con el espectrofotmetro, el tema es
que para este experimetno usaron ADN crudo almacenado mucho tiempo
descongelado muchas veces y aun as les salieron resultados buenos! :D. Las
reacciones incorporaron la misma cantidad de volumen, no la misma
concentracin!. Tambin se hizo con ADN muy puro de linfocitos perifricos y
tambin result bien. Ademas usaron el GelRed como tinte en vez de bromuro
de etidio, y vieron que se veian los 8 alelos de cada tetraplex, asque el GelRed
funciona.

FIGURA 2

Los alutetraplexes utilizando las

preparaciones de ADN crudo guardado por varios con muchas descongelaciones, analizado en
agarosa 2% y teido con GelRed. 2. Alutetraplex 1. 2B. Alutetraplex 2. Carriles: M se refiere al
mesa de trabajo (Benchtop) pGEM marcadores de ADN {creo que es el ladder} (Promega,
Madison, WI); los nmeros sealados arriba de los carriles designa a los individuos mostrados en el
edigree de la figura 4. {7 y 8 son los hijos}

INCORPORACIN DE LOS TETRAPLEXES BASADOS EN ALU EN

ANALISIS DE PATERNIDAD
A pesar que los tetraplexes basados en Alu ofrecen una herramienta nica para demostrar paternidad
[7], aumentar el nmero de marcadores bialelicos mejora la posibilidad de excluir individuos como
el padre, asi como tambin mejora la verificacin del individuo correcto. El individuo 6 (Figuras 2A
y 2B) representa la muestra materna. Dado que ella es heterocigota para los 4 locis Alu del tetraplex
1 (Figura 2A), la informacin es no-resolutiva para un anlisis de paternidad. Por tanto, fue
necesario el uso de un segundo tetraplex para poder realizar el anlisis (Figura 2B). Todos los alelos
que no fueron transmitidos por la madre (6), pueden ser encontrados en el padre (muestra 5). Para
ayudar a explicar el concepto, podramos preguntar si el individuo representado en la muestra 9
podra ser el padre. Dado que el individuo 7 tiene el alelo 60, mientras que ni la madre ni el

individuo 9 lo tienen, entonces el individuo 9 es descartado como padre del nio. Podriamos
descartar al individuo 9 como padre del individuo 8 solo en este casoporque podemos distinguir dos
alelos 225+ ligeramente distintos en tamaos [9]. El individuo 8 tiene el alelo 225+ ms pequeo
(ms detalles al respecto de esta variante sern discutidos) mientras que ni la madre ni el individuo
9 lo tienen. Si solo etiquetamos el Alu 225 como variantes + y entonces podramos no haber
descartado al individuo 9 como padre de este nio. La generacin de un tercer Alutetraplex entonces
mejorara el anlisis de paternidad al proveer informacin adicional que dara marcadores
potencialmente informativos
El tetraplex es para esto, pero si aumento la cantidad demarcadores pueso
cerciorarme aun ms de excluir a los que no son y cerciorarme que el que es,
lo sea. 7 es el hijo y 6 es la mam y ella es heterocigota para todos los 4
marcadores del alutetraplex 1, asique no sirve, por lo que tuvieron que usar el
alutetraplex 2,todo lo que no se herede de la mam, se hereda del padre, as
se puede excluir al 9 porque el 7 tiene el alelo 60 y es no lo tiene ni la mam ni
el 9 (ni 8 ). Tambin se puede decir que 9 no es pap de 8 porque el 225+ de 9
es un poco ms grande, y nadie tiene el 225+ del mismo tamao que el 8, esto
del tamao hace que el crterio / no sea suficiente para ver la paternidad,
por eso el que haya un tercer alutetraplex mejora la tcnica.

REACCIONES TETRAPLEX BASADAS EN ALU Y SU USO EN

ESTUDIOS DE MAPEO GENETICO
Los marcadores heterocigotos son requeridos para realizar un estudio de mapeo gentico (en la
figura 3). De todos modos la heterocigocidad de la madre en este pedigree es problemtica, como
ella no exhibe la caracterstica, y la decendencia heterocigtica de padres hetrocigotos resultara en
una determinacin indistinguible del alelo paterno heredado, el cual ha sido evaluado por la
vinculacin al rasgo. En este estudio Alutetraplex 1 no fue informativo dado que la madre era
heterocigota para todos los marcadores (figura 2). De todos modos, Alutetraplex 2 entreg
marcadores informativos para mapeo gentico (Figuras 2B y 4). En la 1, 3 delos 4 marcadores en
el padre (que s expresa la caracterstica) eran heterocigticos y la madre era homocigota para los 4
marcadores, permitiendo que 3 locis genticos se evaluaran para su ligamiento. Si los 2 nios, ambos
con la caracterstica, compartiesen el mismo alelo paterno, entonces el resultado se inclinara hacia
el ligamiento, pero si ellos hubiesen tendio diferentes alelos paternos, entonces se hubiese inferido
una distribucin distinta. (Figura 3)
Como la madre es heterocigota da problemas, no es informativo el Alutetraplex
1, los de atutetraplex 2 s sirvieron, aqupi la mam era homocigota para todo,
y el pap heterocigoto para 3 de 4, asiqeu hay 3 locis que se podan evaluar, si
los 2 hijos tuviesen el mismo alelo paterno, entonces se puede pensar que los
genes estn ligados, pero si no, se podra pensar que estn en distintos
lugares.
El mapeo gentico usando el dimorfismo del Alu 9 result en que ambos nios obtuviesen la
presencia del alelo del padre (figuras 2B y 4), y los puntajes Lod basados en el ligamiento en 10%,
20%, 30% y 40% (valores de en la formula) ofrece unos valores de 0.215, 0.134, 0.065 y 0.017
respectivamente. Todos estos son nmeros positivos que se dirigen hacia el ligamiento pero
representan un tamao de muestra demasiado pequeo para generar un valor significativo. En
contraste el nio que obtuvo diferentes alelos para los marcadores paternos de Alu 60 y el Alu 225,

generaron unos puntajes Lod de -0.444, -0.194, -0.076, -0.018 para los mismos valores de ,
respectivamente. Estos valores negativos cambian la interferencia hacia no-ligados para las
ubicaciones cromosmicas. Los valores son aditivos y por tanto como datos son acumulados usando
diferentes familias, los puntajes Lod pueden ser sumados y los valores mayores o iguales a +3
entregan significancia que el marcador est ligado al gen para la caracterstica, mientras que un
valor igual o menor que -2 entre apoyo significativo para decir que el marcador no est ligado al
gen.
Para la 1 sobre el Alu 9, ambos nios tenan el alelo del padre y los
puntajes Lod dieron positivos, indicando ligamientos, pero no es
suficiente numero de casos para que sea significativo. Mientras en la
2 para Alu 60 y alu 225 dieron distintos, y dio puntajes Lod negativos
diciendo que no estn ligados
Cuando se analiza la segunda con el mismo set de marcadores, el padre era heterocigoto solo
para Alu 225, pero la madre tambin lo eran, y el nio tambin era heterocigoto, y por tanto
ninguno de los marcadores fue informativo. Marcadores adicionales, tales como los incorporados en
el tercer alutetraplex aumentan la probabilidad de demostrar el efecto aditico al generar informacin
potencialmente informativa de ms de una .

FIGURA 3

Esquema de un mapeo gentico para clonacin posiional de una caracterstica (como e indica el
coloreado) usando la informacin del Alutetraplex.Los puntajes Lod semuestran para los posibles
resultados de ligamiento al 10%

FIGURA 4

2 familias analizadas par ligamiento de marcadores Alu

dimorficos para el sndrome ACHOO. La numeracin de los individuos corresponde a la figur 2.
Solo se muestran los datos informativos. Los individuos ennegrecidos tienen el sndrome.

DESARROLLO DE ALUTETRAPLEX 3
En esta investigacin se gener un tercer tetraplex basado en Alu, consistente en los marcadores
109, 65, 201 y 241 (Tabla 1). La informacin fue reproducible y las variates fcilmente discernibles.
Como una regla, la incerteza puede ser resolvida al notar el tamao del fragmento y y la intensidad
del alelo alternativo. Un caso en que se puede usar esta lnea es en el ejemplo 3 (figura 5), pues ah
hay una banda apenas visible en aproximadamente el tamao del alelo 201+, pesr que hay
claramente un fragmento ms pequeo que el que se encuentra en los carriles 1, 4 y 5, peor no tan
pequeo como el visualmente notorio alelo 241+. Adicionalmente la intensidad relatica del alelo
201- para el ejemplo 3 es a la muestra 2, la cual es claramente homocigota ppara la ausenia de
alelo. En concordancia con esta razn est la comparacin de los 109 alelos entre las muestras 2 y 3
con 109 bandas dispuestas como bandas mucho ms intensas en la muestra 3 en comparacin co n
la muestra heterocigota dela muestra 2. Como verificacin de la interpretacin correcta, la
informacin fue consistente con el testeo individual del set de primers (informacin no mostrada):
Este resutado tambin fue consistente con los intentos repetidos usando los marcadores 109, 65 y
201, los cuales ctrnajaron consistenetemente bien usando el sistema Failsafe, con modificaciones en
las concentraciones de pimer como se describi previamente para la cnstruccin de los
alutetraplexes [6].

IMAGEN 5

El alutetraplex 3 se desarrolla en este estudio. Los productos de PCR fueron separaos en un gel 2%
agarosa teido con gelRed. Carriles: M son los marcadores de peso molecular (Quick-Load PCR
Markers, New England BioLabs, Inc., Ipswich, MA), los nmeros son las muestras annimas de
ADN, -indica el control negativo (todos los reactivos excepto ADN) y L es el Quick-Load 100bp

DNA ladder, con tamaos indicados para bandas hasta 600 pb. Los alelos se indican en el lado
izquierdo de la figura.

LAS REACCIONES TETRAPLEX BASADAS EN ALU PARA ANALISIS

FORENSES Y ANCESATRALES.
Dado que han sido generados 2 tetraplexes basados en alu, entonces son posibles 6.561 genotipos.
Por tanto, en un curso de laboratorio de 12 estudiantes, usando una de las muestras como el
desconocido, la identificacin del individuo desconocido seria inevitable. A la fecha, con ms de 60
muestras usadas, no hay 2 individuos que hayan tenido el genotipo idntico para los 8 marcadores
(informacin no mostrada). Con un uso ms masivo de este sistema, como por ejemplo en las salas
de varios colegios y universidades, se pueden registrar perfiles annimamente (e.g.
hhtp://www.emudnaprofiledatabase.org/index.pho), aumentando la informacin disponible para
anlisis forenses y podra reforzar el uso potencial de este sistema de anlisis para asesoramiento
ancestral. Tambbien, la generacin de tetraplexes basados en Alu adicionales aumentara
exponencialmente el numero de genotipos posibles, generando un activo muy importante para
conseguir objetivos futuros. Esto incrementara la complejidad de los resultados posibles, meintras
se mantiene la simplicidad de la tecninca. Con la adicin de 4 variantes Alu dimorficas, el numero
de genotipos posibles se en otro 34. En total 12 marcadores generan 531.441 genotipos posibles.
Los genotipos y frecuencias allicas han sido evaluados en varias poblaciones (Tabla 2), apoyando
estos marcadores como variantes IF, son herramientas efectivas para anlisis forenses. Basado en
los valores conocidos, los estudiantes pueden entonces evaluar la posibilidad de generar su
genotipo. Se asumi que en cada poblacin hay equilibrio de Hardy-Weinberg debido a que ninguno
de los valores generados tenia una desviacin estadstica de los valores esperados. Como un
ejemplo del potencial para los tres tetraplexes basados en Alu, la probabilidad de obtener el
genotipo 51 ++, 182 +-, ACE --, TPA25 +-, 9 --, 60 --, 225 --, 50 +-, 109 +-, 65 ++, 201 +-, 241 --,
usando los valores mundiales hipotticos (basado en los valores promedio de las poblaciones
testeadas) debera ser (0.43)2 x2 (0,49) (0,51)x(0,49)x2 (a,43) (0,57)x(0,66)x(0,51)x(0,31) x2
(0,44) (0,56)x2 (0,36) (0,64)x(0,43) x2 (0,48) (0,52)x(0,82) o 1,67x106.
En contraste, el estudiante pue comprobar la probabilidad de este genotipo en
su grupo tnico. Si se esperan ancestros africana americana, el valor debiese
ser 1,71x10-7; si es egipcio, el valor esperado seria 1,07x10 -6. Se evaluaron
pequeos sets de informacin Albeit, hay probabilidad que los individuos sean
de descendencia ms Egipcia que Africana. Adicionalmente , los clculos de F st,
midiendo las distancias genticas imparciales entre las poblaciones, genera 3
marcadores (Alu 50, Alu 241, Alu9) que estn relacionados con una gran
diferenciacin (valores 0,25 o mayores) entre las poblaciones africanas
americanas y egipcias (tabla 3). El marcador Alu 9 es especialmente fuerte
para distinguir individuos de estaspoblaciones. Por lo tanto los marcadores
basados en Au garantozan consideracin como marcadores aplicables para
trazar ancestrias y etnicidad de una muestra desconocida.

TABLA 2

Variacin de poblaciones para el Dimorfismo Alu

*Articulo no se distingue entre Asiaticos o poblaciones nativas de Alaska testeadas
**Valores nativos de Alaska
# Las poblaciones de control es estudio de enfermedad reumatologica al corazn
$ Los valores totales representan un asimido hipottico de cada poblacin contibuyendo a la
igualdad en la poblacin mundial (el promedio de los valores)

TABLA 3

Estima la diferenciacin gentica entre poblacin

egipcios y africanos americanos basados en la variacin en la poblacin de alelos dimorficos Alu

DISCUSIN
La metodologa del tetraplex basado en Alu, incorporando la anlisis simultneo de 4 marcadores
Alu IF dimorficos, provee una herramienta simple para generar complejos perfiles de ADN. Con
equipamento bsico de laboratorio y el uso de GelRed como tinte para ADN, el sistema ofrece
accesibilidad para un amplio rango de usuarios, particularmente en un curso de laboratorio basado
en gentica o genmica. Los estudiantes pueden usar un kit de extraccin rpida para utilizar su
propio ADN para armar el perfil, lo cual se ha demostrado que aumenta su inters en el material
[19]. En esta investigacin se desarroll un tercer Alutetraplex para incrementar la utilidad de esta
herramienta para hacer perfile manteniendo la simplicidad del sistema. Con un tercer alutetraplex,
este sistema de perfil de Adn es mejorado al incrementar el nmero de posibles genotipos a
531.441, junto con requerimientos procedurales minimos que solo incluyen la obtencin de 4 sets
de primers adicionales y analizar un set de PCR adicional. Al utilizar 3 tetraplexes en vez de 12
reacciones individuales para cada muestra, se ahorra tiempo, reactantes y consumibles.
Adicionalmente, dado que los anlisis se realizan en mini geles de agarosa, entonces el coste y el
tiempo tambin se ven minimisados. Estas son consideracines importantes par un laboratorio

enmarcado en una clase. Se demostr que los perfiles generados son aplicables a estudios forenses,
de paternidad, poblaciones y mapeo geenetico.
Al aadir un tercer alutetraplex permite analizar perfiles ms complejos y
aumentar la cantidad de genotipos posibkes, ademas es fcil como para
hacerlo en el lab de una clase, ademas se ahorra tiempo, reactantes,
consumibles y coste, todo con una tcnica simple en que solo se necesita
obtener 4 sets de primers y hacer un set de PCR extra.
Las historias genticas ancestrales o personalizadas (PGHs = Personalized genetic histories) pueden
ser evaluadas por marcadores polimrficos de ADN que difieren sustancialmente en frecuencias
allicas en la poblacin. Estos se conocen como marcadores informativos ancestrales (AIMs =
ancestral informative markers) [20]. Una porcin de dimorfismos Alu puede ser clasificados como
AIMs basado en distintas variaciones apoyadas por frecuencias allicas pesadas y valores de Fst
entre grupos tnicos o poblaciones con diferentes orgenes geogrficos [21-24]. Con una
informacin limitada[3,4,21,24,25], se encontr una gran diferencia gentica entre poblaciones
Africanas Americanas y Egipcias apoyada por 3 de los 12 marcadores Alu usados en los tetraplexes.
Adicionalmente, cuando se evalu en genotipo elegido al azar, la probabilidad de que el individuo
tuviese ancestros Africanos americanos era cercana a un orden de magnitud menor que Egipcio.
Cobinados, estos descubrimientos ilustran el potencial de este sistema para distinguir una muestra
entre grupos tnicos. El uso de Alu 100 dimorfico para inferir orgenes geogrficos ya sea desde
Europa, Asia, africa o India, ha sido correctamente asignado en 14 de 18 muestras desconocidas a
una de estas 4 poblaciones geogrficas mayores y determin correctamente lasotras 4 puesto que
posean ancestros mezclados [26]. Como se esperaba, los ancesotros no se limitan a uno de las 4
poblaciones globales. Adicionalmente, Cordaux et al. [23] identific 2 Alus dimorficos en que la
presencia de alelo se limitaba a las poblaciones africanas. El desarrollo de un mapa altamente
comprehensivo de Alu y otros elementos mobiles deinsercion polimrfica [27] provee un
constructo continuo de informacin de poblacin avanzando el poder de estos marcadores para
evaluar ancestros. Por tanto el anlisis continuo de dimorfismos Alu y avances ode la tcnica para
estudiar estas cariaciones, se anticipa que podrn proveer contribuciones importantes en el campo.
Se ha demostrado que el uso de aproximadamente 30 dimorfismos Alu [15,16] tiene poder
resolutivo acercndose al de el Combined DNA Index System (CODIS= Sistema de ndice
combinado de ADN) usado por el FBI, que involucra 13 locis de repeticin tndem corto (STRs=
Short tadnem repeat loci) consistente e entre 8-22 alelos que ofrecen aproximadamente un 10 -15
probabilidades de match exacto [28.29]. Las ventajas del sistema basado en Alu incluyen la
estabilidad de las integraciones Alu y la falta de integraciones separadas en la misma localizacin
exacta, haciendo estos marcadores libres de homoplasia, mientras las STRs tienen un potencial
cambio en el numero de repeticiones [30]. Al identificar un dimorfismo Alu adicional con tcnicas
tales como el PCR ancla [23], hibridacin sustractica [31] y secuenciacin de genomas del ADN
[32] , entonces los sistemas basados e Alu tienen un gran potencial de avanzar como una
herramienta formidable en anlisis forenses. Un acercamiento incorpora analizar el dimorfismo Alu
individualmente con PCR y electroforesis en gel [16]. Esta es una simple tcnica que provee
resultados claros sin equipamiento especializado y realizable en laboratorios estander de biologa
molecular. Un novedoso mtodo alternativo al anlisis de dimorfismo Alu es el uso de un sistema de
PCR multiplex usando tintes fluorescentes y se basa en la duplicacin de un sitio objetivo, en el
cual el tamao se puede diferenciar en 3-6 nucleotidos analizado por electroforesis capilar en gel
para distinguir los alelos [15].Encontraste a estas tcnicas , a pesar que de este modo apenas unas 12
variantes Alu estn siendo analizadas, el sistema tetraplex provee un mecanismo para analizar varias

variantes de una sola vez, utiliza menos reactantes y tiempo que un anlisis individual de variantes,
y tmapoco requiere el uso de maquinaria ni de tints fluorescentes para etiquetar. El tiempo y costo
son importantes consideraciones para laboratorios bsicos particularmente en un encuadre
educacional. El desarrollo de un tercer tetraplex basado en Alu aument las posibilidades de perfiles
y mejora esta herramienta para usarse en anlisis de paternidad, mapeo gentico, poblacin y
estudios forenses ademas del uso potencial en evaluar ancestros y/u progenes geogrficos.
Desarrollo futuro de un cuarto perfil de marcadores Alu IF impulsara estratosfricamente el
numero de posbiles genotipos a 43.046.721 genotipos posibles, avanzando gradualmente a un rango
de potencial uso comercial.
Un avance futuro en el sistema absado en Alu con el descubrimiento de la presencia de alelos Alu
adicionales que son posteriores al evento de integracin [9]. Basado en un pequeo poro notable
tamao de variantes de marcador Alu 225 como se ve en Alutetraplex 2 (Figura 2B), el cual
demostr a patrn Mendeliano de herencia para los 3 sistemas alelicos, entonces la presencia del
alelo fue previamente investigada [9]. Interesantemente, se identific la presencia de 3 alelos
ademas de la forma que no los tienen y el orden evolucionario de los alelos puede ser evaluado. Un
PCR con enzimas de restriccin se realiz para para distinguir los 4 alelos. El sistema arrojo
hallazgos adicinales no observados por presencia/ausencia. Un alelo de presencia estaba ausente en
los Europeos Caucasicos y SudAmericanos analizados, mientras que otro alelo de presencia estaba
ausente en todos los individuos asiticos de varios paisis, indicarivo de variacin geogrfica
distinta. Las poblaciones Afroamericanas y varias poblaciones adricanas echibian los 4 alelos,
consistente con la hiptesis del origen africano. Este descubrimiento sugiere que pueden haber
variaciones allicas ms inforativas que las integraciones de Alu post-data, esta hiptesis est aun
en investigacin.
La aplicacin a mepro gentico tambin fue mejorada por el dearrollo del tercer alutetraplex al
proveer marcadores bialelicos adicionales. Dado que no todos los marcadores bialelicos generan
datos informativosm como se muestrar en este estudio, este avance la posibilidad de identificar
maarcadores para que los estudiantes determinen puntajes Lod para evaluar ligaciones de los
marcadores con las caractersticas. En este caso el mapeo del gen del sindrome ACHOO fue
escogido dado que casi el 30% de la poblacin tiene esta caracterstica que no es un riesgo para la
salud [14], y debiese ser relativamente fcil encontrar una que quisiera participar. Dado que la
determinacin de los punatjes Lod es aditiva, entonces se puede generar una base de datos para
diferentes cursos de laboratorio para incorporar su informacin para los 12 marcadores distintos
asta que haya muestras significativas de ligaiento o no-ligamiento, los estudiantes participaran y
contribuiran a la informacin real en el mapeo del sindorme ACHOO.
En conclusin, a pesar que los proyectoa a gran escala y los avances en la tecnologa estn siendo
usados para icorporar los marcadores Alu dimorficos en las aplicaciones forenses, el sistema
Alutetraplax con su recientemente desarrollado tercer perfil ofrece una herramienta que es
tecnolgicamente simple y barata, accesible para el uso en la sala de clase y permite obtener
resultados altamente informativos en estudios forenses ademas de de aumentar la bsqueda
ancestral. Este simple mtodo para generar perfiles complejos ofrece muchas ventajas opor osobre
el D1S80 VNTR y los mtodos de una sola variante Alu, particularmente en un curso de colegio de
nivel superior. Tambin se present su uso en el mapeo gentico para demostrar l ametodologia de
la clonacin posicional. Por ultimo, esta tcnica tiene el potencial de avanzar en el futuro
particularmente con el creciente numero de elementos Alu dimorficos.

Existe el CODIS que se usa en el Fbi, usa una secuencia tndem corta (STR) de
8-22 alelos con alta probabilidad de match, al usar ~30 dimorfismos Alu, tienen
poder resolutivo, se podra decir que el Alu tiene como ventaja que las interaciones son ms
estables y no tienen integraciones en separadas en las mismas ubicaciones, asique es libre de
hemoplasia . Como nueva tcnica alternativa surge el PCR multiplex que permite
hacer esta tcnica al duplicar el sitio objetivo, pueden tener una difernsia de 36 nucleotidos y se ve por electroforesis de capilaridad