Biochimie 02

LES PROTEINES
15/10/14
Les protines sont une classe de molcules biologiques de premire importance
Les protines sont des macromolcules de type polymre.
Dans une cellule procaryote, le nombre de protines diffrentes varie entre 1500 et
2000
Dans les cellules eucaryotes, le nombre de protines diffrentes varie entre 12000 et
15000
Chaque protine prsente dans les cellules a une structure qui est dtermine
gntiquement, et de ce fait possde une taille prdfinie (altre parfois lors des
traductions).
Elles ont des rles trs varis au sein dune cellule et au sein dun organisme.
Les protines sont synthtises et dgrades en permanence dans les cellules.
Elles jouent le rle de transporteurs : de sucres, acides amins, lipides entre
organismes (albumine, apo-lipoprotine).
Elles
-

interviennent dans limmunit

anticorps : immunoglobulines (Ig)
protines du systme du complment
protines de cicatrisation : fibrine
protines du CMH I et CMH II (complexe majeur dhistocompatibilit)

Elles
-

ont des rles structuraux :

cytosquelette : tubuline, actine
contraction musculaire : myosine
vacuole : clathrine
organisation de lADN : histones

I. La liaison peptidique
La liaison peptidique est trs stable. Elle conduit la libration dune molcule deau
(et une seule !!!) et la formation dune liaison amide. Elle comprend 6 atomes
coplanaires.

Linus Oruling et Robert Corey (1930 1940) ont dtermine par rayon X les structures
de plusieurs acides amins et de dipeptides
1

Biochimie 02
Ces tudes ont montr que le groupement peptidique possde une structure plane
rigide, due des interactions en rsonance, qui confrent la liaison peptidique un
caractre partiel - environ 40% - de double liaison

II. Les diffrents

protique

niveaux

dorganisation

dune

structure

La structure primaire est une succession linaire des acides amins les uns la suite
des autres sans rfrence une configuration spatiale. Elle correspond lordre
denchainement des acides amins. La squence est donne en partant de l'acide
amin N-terminal (extrmit NH2) vers le C-terminal (extrmit COOH) qui correspond
au sens de la synthse des protines
La structure secondaire correspond un repliement local de la chaine principale dune
protine
Dans la structure tertiaire les chaines polypeptidiques se replient dans lespace
Lassociation dau moins deux chanes polypeptidiques relies par des liaisons noncovalentes correspond la structure quaternaire.
Quelques exemples de peptides dintrt
Enkphalines : neuropeptide endogne dcouvert par Hugues et Kosterlist en 1975
(galement produits dans les cellules cardiaques).
Enchainement : Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu
Ils agissent sur les mmes rcepteurs que les opiacs (morphine et drivs).
Vasopressine : 9 acides amins associs
Agit sur le rein en provoquant la rtention deau : cest un vasoconstricteur
Ocytocine : hormone trs voisine de la vasopressine, fabrique par la posthypophyse.
Locytocine stimule la contraction du muscle, en particulier sur lutrus lors de
laccouchement

Locytocine stimule la contraction du muscle utrin alors que la vasopressine

augmente la pression sanguine et a une action antidiurtique.

Le glutathion : g-glutamyl-cystine-glycine
Il existe sous la forme rduite et oxyde, ce qui lui permet de jouer un dans certaines
ractions doxydo-rduction.
Linsuline : permet le passage du glucose sanguin lintrieur des cellules
Dverse dans le sang, elle va agir sur tous les organes qui consomment du glucose
Cest une Hormone hypoglycmiante scrte par les cellules bta des lots de
Langerhans.
Linsuline comporte 2 chanes : la chane A de 21 acides amins et la chane B de 30
acides amins relies par deux ponts disulfures S-S
2

Biochimie 02
Scrte sous forme de pro-insuline de 84 acides amins, elle sera clive pour donner
linsuline active de 51 acides amins
La premire dtermination de la squence complte en acides amins dune
protine : linsuline de buf par Fred Sanger en 1953
Llucidation de la structure primaire a ncessit plus de 10ans de travail et environ
100g de protines !
(Wahou !!!........)
Aspartame : dulcorant alimentaire denchainement : phnylalanine acide
aspartique - mthanol

III. Squenage

EXAM

Il existe des coupures enzymatiques et des coupures chimiques qui vont couper
lextrmit N-term, soit lextrmit C-term, soit couper lintrieur de la chaine dun
acides amins particulier.
Dans un premier temps, on dfinit des aminopeptidases qui permettent lidentification
de lextrmit N-term et des carboxypeptidases qui permettent lidentification de Cterm
A. Coupure enzymatique
Des enzymes peuvent tre utiliss pour des identifications :
- la trypsine : coupure aprs les acides amins basiques lysine et arginine
- la chymotrypsine : coupe aprs les acides amins aromatiques cycliques
phnylalanine, tyrosine, tryptophane
B. Coupure chimique
Lhydrolyse acide (HCl 6N) permet
- la coupure de toutes les liaisons peptidiques
- la destruction du tryptophane
Lhydrolyse basique (NaOH = soude 6M) permet la rupture de toutes les liaisons
peptidiques
Le dinitrofluorobenzne (DBNF ou ractif de Sanger), le chlorure de Dasbyl ou
Dansyl et la mthode dEdman (PICT) permettent lidentification de lextrmit Nterm
Le mercaptothanol, le DTT, le KCN, l'ure coupent les ponts disulfures.
Le bromure de cyanogne coupe du ct carboxylique des rsidus mthionine.

IV.

Repliement protique
3

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Quatre grands types dinteraction interviennent
dans le repliement de la chaine
La structure primaire dune protine
dtermine sa structure tertiaire

Biochimie 02
C. Structure primaire
Les interactions protiques
- liaisons hydrophobes : les acides amins ont plus daffinit entre eux
(interactions de VdW)
- liaisons ioniques ; les radicaux sionisent
- liaisons H : liaisons intramolculaires entre C=O et N-H peptidiques.
- ponts disulfures S-S : liaison covalente entre 2 cystines par leur atome de
soufre
D. Structure secondaire
La structure correspond aux structures spatiales rgulires : hlices alpha, plis bta,
feuillets bta ...
Elle correspond un arrangement rgulier des acides amins selon un axe
La structure secondaire est la rsultante des contraintes striques dues la structure
propre des acides. Elle correspond lorganisation ou repliement local dacides
amins conscutifs
1.

Hlice alpha

Elle est caractrise par lenroulement des liaisons peptidiques autour dun axe.
Cet enroulement se fait vers la droite (hlice droite) et comporte 3,6 rsidus par
tour soit 5,41 A
Les rsidus se retrouvent la priphrie.
Cette structure est stabilise par des liaisons hydrogne H entre les
groupements CO et NH de deux liaisons peptidiques superposes.
La chaine dacides amins prend la forme dun tire-bouchon.
Acides amins possdant une hlice alpha : Ala, Leu, Met, Glu
La glycine
dstabilise les
hlices
La proline interrompt
une hlice : pas de
libert de rotation

Biochimie 02
2.

Feuillet bta

Les 2 chanes sont disposes paralllement l'une l'autre et orientes en sens inverse
(Nt->Ct/Ct->Nt). Cette disposition est dite antiparallle. Les Chanes sont relies entre
elles par des liaisons hydrognes entre les CO et les NH de deux liaisons peptidiques
superposes.
Il se forme des liaisons hydrogne entre certains acides amins de la chane disposs
paralllement les uns par rapport aux autres, ou dune faon antiparallle (membrane
plisse).
Une liaison H est une interaction faible entre les NH et CO de segments diffrents
pouvant appartenir la mme chane ou des chanes diffrentes.
Acides amins : Val, Ile, Tyr, Trp, Phe
La Proline dstabilise le feuillet

3.

Coude bta

Conformation non rptitive rsidus polaires

Indispensable pour la formation des feuillets de chaines antiparallle bta.
Ils permettent un changement de direction de la chaine polypeptidique
Coudes et boucles : Gly, Asp, Ser, Asn, Pro
Souvent dans sites de liaison et/ou sites actifs des protines
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E. Structure tertiaire
La structure tertiaire concerne larrangement dans lespace des structures
secondaires cest dire la position dans lespace
Elle correspond au repliement de la chaine protique. Ce repliement tant li
lexistence de rsidus encombrants ou chargs. La structure de la molcule sorganise
alors selon les trois directions de lespace.
Cette structure est stabilise par :
- des liaisons H entre les rsidus dacides amins (Ser-Lymphocytes)
- des liaisons ioniques (glu-lymphocytes)
- des liaisons hydrophobes ou de VdW entre les rsidus apolaires
- des ponts disulfures S-S entre les rsidus de cystine (nexiste pas dans le cas
de la myoglobine)
De plus, pour ce type de structure (structure globulaire), les rsidus dacides amins
apolaires se situent prfrentiellement au centre de la structure o ils peuvent
s'associer par liaisons hydrophobes. Tandis que les rsidus polaires ou ioniques se
situent la priphrie o ils peuvent s'associer entre eux par liaison hydrogne ou
ionique, ou encore avec l'eau par liaison hydrogne.

F. Structure quaternaire
La structure quaternaire est une association de structures tertiaires : certaines
protines existent sous forme de complexes comportant alors plusieurs sous-units
(exemple ATPase-synthtase a3b3dge).
Elle correspond l'association de plusieurs sous units protiques (les monomres)
pour former une protine dite oligomrique. Les sous units peuvent tre lies entre
elles par :
- Des liaisons hydrognes entre les rsidus d'acides amins de deux sous units
Exemple : ser --- lymphocytes
-

Des liaisons ioniques de deux sous units

Exemple : glu ---lymphocytes

Des liaisons hydrophobes (ou Van der Waals) entre les rsidus apolaires de deux
sous units.

Des ponts disulfures entre les rsidus de cystine de deux sous-units (ils
n'existent pas dans le cas de l'hmoglobine).

Hmoglobine
Transport de lO2 et du CO2

Biochimie 02
Les dterminations des premires structures de protines par rayon X est celle de la
Membrane de cachalot (John Kendrew, 1959) et de l'Hb de cheval (Max Perutz, 1968)
a provoqu une rvolution dans la manire de penser biochimique qui a rnov notre
comprhension de la chimie de la vie

Structure de lHb :
Ttramre constitus de 2 sous units alpha et de 2 sous units bta. Quasi
homottramre
Les sous units alpha et bta sont des homologues de la myoglobine
- 18% didentit
- prsence de rsidus invariants (ex HisE7 et HisF8)
Chaque sous-unit possde un hme et est donc capable de fixer un O2 (donc 4 O2 au
total)
Arrangement des sous-units : dimres de dimres
Contacts : a1-1 ou a2-2: 35 rsidus
a1-2 ou a2-1: 19 rsidus
a1-a2 ou 1-B: gure dinteractions