Estructura primaria de la molcula: esqueleto covalente y bases laterales

Un nuclesido est hecho de un azcar + una base nitrogenada.

Un nucletido est hecho de un grupo fosfato + un azcar + una base nitrogenada. En el
ADN, el nucleotide es un desoxirribonucletido (en el ARN, el nucletido es un
ribonucletido).
I-1 cido fosfrico
Suministra un grupo fosfato.

I-2 Azcar:
Desoxirribosa, que es una pentosa cclica (azcar de 5 carbonos). Nota: el azcar en el
ARN es una ribosa.
Los carbonos del azcar se numeran de 1' a 5'. El atomo de nitrgeno de la base
nitrogenada se une a C1' (por un enlace glicosdico), y el grupo fosfato se une al C5' (enlace
ster) para formar el nucletido. El nucleotide es, por lo tanto: fosfato - C5' azcar C1'
base nitrogenada.

I-3 Bases nitrogenadas:

Son
heterociclos
aromticos;
hay
purinas
y
pirimidinas.
Purinas:
adenina
(A)
y
guanina
(G).
- Pirimidinas: citosina (C) y timina (T) (Nota: la timina es reemplazadas
por uracilo (U) en el ARN).

Nota: pueden existir otras bases nitrogenadas, en particular bases metiladas

derivadas de las anteriores; este tipo de bases tienen un papel funcional (ver captulo
correspondiente).

Glosario:
- Nombres de nuclesidos: desoxirribonuclesidos en el ADN: desoxiadenosina,
desoxiguanosina, desoxicitidina, desoxitimidina (ribonucletidos en el ARN: adenosina,
guanosina,
citidina,
uridina).
- Nombres de nucletidos: desoxirribonucletidos en el ADN: cido desoxiadenlico, cido
desoxiguanlico, cido desoxicitidlico, cido desoxitimidlico (ribonucletidos en el ARN:
cido adenlico, cido guanlico, cido citidlico, cido uridlico).

II Estructuras secundaria y terciaria de la molcula Conformacin

tridimensional del ADN
II.1 Dinucletidos
Los dinucletidos se forman a travs de un enlace fosfodister entre dos mononuclotidos.
Este enlace se forma entre el grupo fosfato de un mononucletido (en C5' de su azcar) y el

C3' del azcar del anterior mononucletido. As, comenzando con un grupo fosfato,
tenemos un azcar en 5' (+ su base) y cuyo extremo en 3', est unido a un segundo grupo
fosfato en 5' de otro azcar, cuyo extremo 3' est libre para un siguiente enlace. La unin
y la orientacin de la molcula es, por tanto 5' -> 3'.
Los polinucletidos estn formados por la sucesiva adicin de monmeros en una
configuracin general 5' -> 3'. El esqueleto de la molcula est hecho por una sucesin de
grupo fosfato-azcar (n nucletidos) fosfato - azcar (nucletido n+1), y as
sucesivamente, unidos covalentemente, con las bases nitrogenadas situadas lateralmente.

II.2 Molcula de ADN

El ADN est formado de dos ("ADN dplex") cadenas o hebras dextrgiras (como un
tornillo; con giro hacia la derecha) enrolladas alrededor de un eje formando una hlice
doble
de
20A
de
dimetro
("la
doble
hlice").
Las dos cadenas son antiparalelas (esto es: sus orientaciones 5'->3' estn en direcciones
opuestas). La apariencia general del polmero muestra una periodicidad de 3,4 A,
correspondiente a la distancia entre dos bases, y otra de 34 A, correspondiente a una vuelta
completa de la hlice (y tambin a 10 pares de bases).

II.2.1 Puentes de hidrgeno: emparejamiento entre las bases

Las bases nitrogenadas (hidrofbicas) se encuentran apiladas en el interior de la doble
hlice, en planos perpendiculares a su eje. La parte exterior (grupos fosfato y azcares) es
hidroflica.
Las bases de una de las cadenas o hebras estn unidas mediante puentes de hidrgeno con
las bases nitrogenadas de la otra cadena o hebra, uniendo ambas cadenas (lneas
discontinuas en la figura).
De esta manera, una purina de una de las cadenas se encuentra enfrentada y unida a una
pirimidina en la otra cadena. Por ello, el nmero de purinas es igual al nmero de
pirimidinas.
A
se
une
a
T
(con
dos
puentes
de
hidrgeno).
G se une a C (con tres puentes de hidrgeno: enlace ms estable: 5,5 kcal vs 3,5 kcal).
Nota: el contenido de A en el ADN es por lo tanto igual al contenido en T, y el contenido en
G
es
igual
al
contenido
en
C.
Esta correspondencia estricta (A<->T y G<->C) hace a las dos cadenas o hebras

complementarias. Una es el molde para la otra, y recprocamente tambin: esta propiedad

permitir una replicacin exacta (replicacin semi-conservativa: una cadena -la molde- se
conserva, mientras que la otra se sintetiza de nuevo por completo, y lo mismo ocurre con la
otra cadena complementaria, se conserva, que hace de molde tambin para la sntesis de
otra nueva; ver captulo correspondiente).

Notas:
Los puentes de hidrgeno existentes en el emparejamiento entre las bases nitrogenadas son
a veces distintos de los descritos arriba para el modelo de Watson y Crick, utilizando el
tomo N7 de la purina en lugar del N1 (modelo de Hoogsteen).

II.2.2 Surco mayor y surco menor

La doble hlice es una molcula bastante rgida y viscosa de una longitud inmensa y un
dimetro pequeo. En esta molcula se puede observar un surco mayor y un surco menor.
El surco mayor es profundo y amplio, el surco menor es poco profundo y estrecho.
Las interacciones ADN-protena son procesos esenciales en la vida de la clula (activacin
o represin de la transcripcin, replicacin del ADN y reparacin).
Las protenas se unen a la parte interior de los surcos del ADN, mediante uniones
especficas: puentes de hidrgeno, y uniones no especficas: interacciones de van der
Waals,
y
otras
interacciones
electrostticas
generales.
Las protenas reconocen donantes y aceptores de puentes de hidrgeno, grupos metilo
(hidrofbicos), stos ltimos exclusivos del surco mayor; hay cuatro patrones posibles de
reconocimiento en del surco mayor , y slo dos en el surco menor (ver figuras).
Algunas protenas se unen al ADN por el surco mayor, algunas otras por el surco menor, y
algunas necesitan unirse a ambos.