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Resumen
Aminocidos
Aminocidos estndar
Propiedades de los
aminocidos
Aminocidos no
estndar
El enlace peptdico
Propiedades
Pptidos y protenas
Niveles de estructura
Estructura primaria
Estructura secundaria
Diagrama de Ramachandran
Hlice
Hoja
Giros
2
Luis Martinez Gil
-aminocidos
Dos estereoismeros
posibles
Enantimeros L y D
4
Luis Martinez Gil
Carga neta +1
K1; pK1
Carga neta 0
Forma (neutra)
K2; pK2
Carga neta -1
Forma aninica
Forma catinica
5
Luis Martinez Gil
Aminocidos estndar
Se diferencian por su cadena lateral (R)
Todas las protenas de todas las especies se
constituyen de estos 20 amino cidos
Se representa normalmente el estado de protonacin
a pH 7,0
Los aminocidos se clasifican (generalmente) segn las
propiedades de sus cadenas laterales (a pH 7,0)
Neutros no polares (hidrofbicos)
cidos a pH 7
Bsicos a pH 7
6
Luis Martinez Gil
Aminocidos
estndar
Glicina
Fenilalanina
Alanina
Triptfano
Valina
Leucina
Metionina
Cisteina
Isoleucina
Prolina
Serina
Treonina
Aminocidos cidos
Tirosina
Asparagina
Glutamina
Aminocidos bsicos
7
Luis Martinez Gil
Aspartato
Glutamato
Lisina
Arginina
Histidina
Aminocidos estndar
Isoleucine
8
Luis Martinez Gil
Aminocidos no polares
(hidrofbicos)
Aminocidos no polares contienen fundamentalmente R alifticas
Aquiral
Glicina
Gly, G
Leucina
Leu, L
Luis Martinez Gil
Alanina
Ala, A
Metionina
Met, M
Isoleucina
Ile, I
Prolina
Pro, P
Aminocidos aromticos
Polar
Fenilo
Fenilalanina
Phe, F
Luis Martinez Gil
No polar
(hidrofbico)
Indol
No polar
(hidrofbico)
Tirosina
Tyr, Y
Triptofano
Trp, W
10
Tiene
carga
positiva a
pH<6
Lisina
Lys, K
Arginina
Arg, R
Histidina
His, H
12
Aspartato
Asp, D
Glutamato
Glu, E
13
Serina
Ser, S
Treonina
Thr, T
Tirosina
Tyr, Y
Asparagina
Asn, N
Cistena
Cys, C
Puede
encontrarse
cargado a
pH>9.5
Puede
encontrarse
cargado a
pH>8,5
El grupo -SH es
muy reactivo.
Dos molculas
de Cys se oxidan
formado cistina
mediante un
puente disulfuro
(-S-S-)
Glutamina
Gln, Q
14
Aminocidos no estndar
Aminocidos distintos de los 20 estndar y derivados de
stos realizan funciones biolgicas importantes como
mensajeros o precursores
Neurotransmisores
Hormonas
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Luis Martinez Gil
Aminocidos esenciales y no
esenciales
Esenciales
Alanina
Histidina
Arginina
isoleucina
Asparagina
Leucina
Aspartato
Lisina
Cistena
Metionina
Glutamato
Fenilalanina
Glutamina
Treonina
Glicina
Triptfano
Prolina
Valina
Serina
Luis Martinez Gil
Tirosina
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-amino
terminal
Cadena
lateral
ionizable
pKR<pK2
pKR>pK17
2
Valores de pK de la Histidina
Carga neta +2
Carga neta +1
pK1=1.82
Carga neta 0
pKR=6.0
Carga neta -1
pK2=9.17
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Luis Martinez Gil
Carga -2
Carga -1
Carga 0
Carga +1
Cuando pH= pI
La solubilidad en agua
disminuye
pI= (2.19+4.25)/2 = 3.22
Luis Martinez Gil
19
20
Aparece normalmente en
conformacin trans
Los grupos C=O y N-H peptdicos son
polares
Participan en la formacin de
enlaces de hidrgeno
CN
O
C=N
O-
C
O
H
CN
C
C
O
C
CN
H
21
Trans
Distances in
22
Ser, Thr, Cys Tyr Asn y Gln son aminocidos neutros polares
Esqueleto peptdico
Una cadena polipeptdica consta de:
...
25
Luis Martinez Gil
Pptidos
Son polmeros de unos pocos aminocidos
La cadena polipeptdica tiene direccionalidad
Ejemplos de pptidos importantes
Glutatin (tripptido)
Vasopresina (Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly-NH2)
Oxitocina (Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly-NH2)
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Protenas
Catlisis
Transporte
Estructura
Almacenamiento
Movimiento
Detoxificacin
Defensa
Regulacin
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Tipos de protenas
Segn su forma
Fibrilares / Fibrosas
Globulares
Segn su composicin
Simples/Holoprotenas
Conjugadas/Heteroprotenas
Formadas por una cadena polipeptdica (apoproteina) + Grupo
prosttico
Se agrupan segn sea el grupo prosttico:
glucoprotenas
lipoprotenas
metaloprotenas
hemoprotenas
Luis Martinez Gil fosfoprotenas
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Estructura secundaria
Plegamiento local
Estructura terciaria
Plegamiento global
Estructura cuaternaria
Organizacin multimrica de
varias cadenas
Luis Martinez Gil
29
Estructura primaria
Secuencia de aminocidos
Especfica de cada protena
Permite establecer relaciones
evolutivas
Las protenas homlogas
tienen secuencias semejantes
Identity vs Similarity
HistoneH1
Human KKLAATPKKAKKPKTWKAKPVKASKPKKAKPVK
Mouse KKPAATPKKAKKPKVWKVKPVKASKPKKAKTVK
Rat
KKPAATPKKAKKPKIWKVKPVKASKPKKAKPVK
Cow
KKPAATPKKTKKPKTWKAKPVKASKPKKTKPVK
Chimp KKLAATPKKAKKPKTWKAKPVKASKPKKAKPVK
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Luis Martinez Gil
Estructura primaria
Secuencia de aminocidos
Mutaciones --> Variaciones en la
secuencia
Residuos poco variables
Importantes para la funcin
Mutaciones conservadoras
Entre residuos qumicamente
semejante
Existen mutaciones asociadas a
enfermedades
Eliminacin de la Phe508 en
la protena CFTR causa
Fibrosis Cstica.
H275Y/ N295S en la
protena M2 de la gripe
causa resistencia a Tamiflu
31
Estructura secundaria
Enlace
peptdico
Patrones repetitivos de
conformacin local de la cadena
polipeptdica
Dependen de los valores de los
rotmeros y
Hay un nmero limitado de
conformaciones posibles debido a
impedimentos estricos entre los
grupos -NH, -CO y -R
La conformacin ms favorable
depende de la secuencia de
aminocidos
Phi
psi
Carbono
Cadena
lateral
Plano
amidapeptdico
32
Luis Martinez Gil
33
Luis Martinez Gil
Conformaciones posibles y
prohibidas
El choque estrico (solapamiento de los radios de van der Waals) al girar los
rotmeros y impide gran nmero de conformaciones. Las conformaciones
posibles se representan en el diagrama de Ramachandran
Conformacin Posible
Choque
de los
grupos
-CO
Choque
de los
grupos
-NH
=0o, =180o
Luis Martinez Gil
=180o, =0o
Choque
-NH con
-CO
=-60o, =180o
Grupos -CO lejos
entre ellos y lejos de
la cadena lateral R
=0o, = 0o
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Diagrama de Ramachandran
Distribucin de ngulos y
en un polipptido de polialanina
Cadenas
G.N Ramachandran
Tipos principales de
estructura secundaria
Hlices
Cadenas
(grados)
En blanco: Valores
prohibidos
Hlice
(a izquierdas)
Hlice
(a derechas)
(grados)
35
Diagrama de Ramachandran
Distribucin de ngulos y en un polipptido de poli-alanina
Cadenas
Hlice
(a izquierdas)
Hlice
(a derechas)
36
Luis Martinez Gil
Hlice (3,6)
N-ter
Conformacin helicoidal a
derechas
=-60o, =-40o -50o
3,6 residuos por vuelta (paso
de vuelta)
avance de 5,4 por vuelta
1
2
3
Residuo i
4
Residuo i+4
5
3,6 residuos
5,4
(1,5 por residuo)
13 tomos por cada bucle
cerrado por un enlace de H
C-ter
Cadenas
laterales
hacia afuera
Hlice (3,6)
Vista desde arriba
N-ter
1
Residuo i
2
3,6 residuos
5,4
(1,5 por residuo)
C-ter
Luis Martinez Gil
Residuo i+4
Cadenas
laterales
hacia afuera
38
Estabilidad de la hlice
N-ter
1
2
3
4
5
39
Luis Martinez Gil
C-ter
Estabilidad de la hlice
N-ter
1
Residuo i
Electrostticas
Atractivas (estabilizadoras, entre residuos de distinta carga)
Repulsivas --> desestabilizadoras (entre residuos con la misma
carga)
Efecto hidrofbico
Residuo i+4
C-ter
Luis Martinez Gil
40
41
Luis Martinez Gil
Dipolo de la Hlice
Momento
dipolar
3,6
residuos
5.4
42
Luis Martinez Gil
Cadenas/Hebras y Hojas
Cadenas : Segmentos en
conformacin extendida
Hojas : Dos o ms cadenas
adyacentes
3.5
43
Luis Martinez Gil
7.5
Orientaciones de hojas
Hoja
Paralela
Peor orientacin de
enlaces de H (ms
dbiles)
Hoja
Antiparalela
Enlaces de H mejor
orientados (ms fuertes)
44
Representaciones de hojas
Hlice
Otras
estructuras
Sin estructura
Hoja
45
Luis Martinez Gil
Giros
Cambian la direccin de la
cadena 180o
Conectan entre s cadenas
antiparalelas
3
4
Tipo I
Tipo II
46
Estructuras supersecundarias y
motivos estructurales
47
Luis Martinez Gil