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Wolfhard Koch, Juan Francisco Snchez Ruiz

La qumica cuntica y el concepto de los quimiones Perspectivas para el diseo de molculas con actividad
biolgica
Revista Mexicana de Ciencias Farmacuticas, vol. 36, nm. 4, octubre-diciembre, 2005, pp. 48-55,
Asociacin Farmacutica Mexicana, A.C.
Mxico
Disponible en: http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=57936407

Revista Mexicana de Ciencias Farmacuticas,

ISSN (Versin impresa): 1870-0195
rmcf@afmac.org.mx
Asociacin Farmacutica Mexicana, A.C.
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Volumen 36 No. 4 octubre - diciembre 2005

Comunicacin Tcnica

La qumica cuntica y el concepto de los quimiones

Perspectivas para el diseo de molculas
con actividad biolgica
Quantum Chemistry and the Chemion Concept
Perspectives for the Design of Molecules with Biological Activity
Wolfhard Koch,1 Juan Francisco Snchez Ruiz2
1
Universidad Nacional Autnoma de Mxico, 2Facultad de Estudios Superiores Zaragoza
RESUMEN: habiendo enfatizado la necesidad de la prediccin de estructuras biomoleculares con mtodos computacionales a
partir de principios bsicos presentamos un compendio de algunos conceptos fundamentales de la qumica cuntica y sus
limitaciones. Mostramos la necesidad de abrir nuevos caminos, dibujando una imagen qumica ms que fsica. Tales mtodos
deberan ser capaces de representar la estructura modular de macromolculas como por ejemplo las protenas con sus componentes bsicos, los veinte aminocidos siolgicos. Para especicar nuestra meta ms explcita, esbozaremos las caractersticas
principales de una nueva teora no-emprica de quimiones.
ABSTRACT: having emphasized the necessity of a rst principle prediction for biomolecular structures with computational
methods, we give an outline of some fundamental quantum chemical concepts and their limitations. It is claimed that alternative
paths should be pursued, that draw a chemical rather than a physical picture including the ability to represent the modular
structure of macromolecules like proteins, for instance, with their twenty physiological amino acids as subunits. In order to
specify our intentions more explicitly, the basic ideas of a new non-empirical chemion theory will be sketched.

Palabras claves: reduccionismo, quimiones, quimiales, combinacin lineal de densidades atmicas (CLDA), combinacin lineal
de configuraciones quiminicos (CLCQ), el principio modular de
la qumica.

Correspondencia:
Dr. W. Koch
Profesor e Investigador de Qumica Cuntica
Computacional,
Fax: ++52 55 5773 6310
E-mail: koch@puma2.zaragoza.unam.mx

Fecha de recepcin: 28 de mayo de 2004

Fecha de aceptacin: 10 de junio de 2005

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Key words: reductionism, chemions, chemials, Linear Combination of Atomic Densities (LCAD), Linear Combination of
Chemionic Conguractions (LCCC), the building-up-principle
of chemistry.

Introduccin
Las molculas que gobiernan los procesos de la vida (como cidos
nucleicos o protenas) tienen un elevado peso molecular y muchos
grados de libertad internos, adems, producen sus efectos exclusivamente en conformaciones caractersticas. Una de las tareas
principales en el diseo de nuevos frmacos es investigar tales
estructuras as como la distribucin de cargas elctricas, la hidrolia o la hidrofobia. Un ejemplo impresionante para el diseo de
frmacos es el desarrollo de un inhibidor para la proteasa HIV
por un grupo de cientcos de DuPont Merck1. Esta enzima es
decisiva para la replicacin del virus del SIDA.

Con el artculo presente tenemos la intencin de familiarizar

a los especialistas de otros ramos de nuestra ciencia con algunos
conceptos fundamentales de la qumica cuntica. Mostrando
las limitaciones de sus mtodos frecuentemente aplicados en
el campo del diseo molecular moderno2,3 queremos convencer el lector de la necesidad de establecer nuevos caminos con
motivacin esencialmente qumica ms que fsica. El prrafo
siguiente trata de explicar la qumica cuntica de manera fcil sin
mencionar los detalles. Habiendo subrayado las limitaciones de
sus mtodos, en el captulo subsiguiente explicaremos las ideas
bsicas de una nueva teora no-emprica de los quimiones,
cumpliendo especialmente con los requisitos de la farmacia y la
bioqumica. Finalmente concluiremos con algunas consecuencias
de nuestra nueva teora. Entendemos que lo ms importante es
su capacidad de enriquecer el molecular modelling 2,3 por un
principio modular sinttico.

La qumica cuntica en una cscara de nuez

La qumica cuntica moderna5,6 se puede considerar un ensayo que enriquece la qumica experimental con un nuevo tipo
de experimento: el clculo numrico.
El modo de concebir la qumica no es como una enseanza
de la materia macroscpica, sino como la ciencia de los tomos,
las molculas y los cristales. Adems, los tomos de los elementos
qumicos de la tabla peridica son considerados como partculas
elementales que componen la materia microscpica.
Figura 1. La proteasa HIV-1

7,8

Figura 2. Un inhibidor de la proteasa HIV-1

7,9

Figura 3. La proteasa HIV-1 inhibida 7

Con ideas tan simples y fuertemente reduccionistas 10-12, se
trata de comprender algo esencial por parte de nuestra especia-

Una imagen tan reduccionista ha posibilitado una mejor

comprensin, ya que en realidad las reacciones qumicas tienen
lugar en tubos de ensayo a nivel macroscpico. En este sentido,
la abstraccin molecular logra resumir los innitos procesos
qumicos en una mezcla de reaccin, por ejemplo:
2H2 + O2 2H2O
Aunque formulada como reaccin molecular, tal ecuacin es
adems tambin capaz de representar la contraccin del volumen
de esta reaccin del gas fulminante, un fenmeno macroscpico.
Tales frmulas de reaccin - los libros de texto estn llenos de
ellas - no consideran las inuencias de las molculas vecinas, ni
el medio de solucin presente en casi todos los casos. Adems,
la importancia de los procesos de difusin, la velocidad de la
reaccin, los efectos de la temperatura y de la presin tampoco
son consideradas.
Surge la idea fuertemente simplicada de N tomos interdependientes con posiciones jas y denidas por tres coordenadas
cartesianas del espacio.
La abstraccin dibujada as corresponde a la imagen de
Born y Oppenheimer de la qumica cuntica numrica. Aqu la
energa del sistema es una funcin de 3N coordenadas atmicas
del espacio:
BO
BO(x1, y1, z1, x2, y2, z2, . . . , xN, yN, zN) def
(R)
=
def
=

R1

R2

def
=

(1)

Los mtodos de primeros principios para contestar a tales

preguntas incluyen los algoritmos de la qumica cuntica, aplicables por medio de algunos programas computacionales de
amplia difusin 2,3. Aplicando este software sobre problemas
similares para molculas comparablemente pequeas, la qumica
cuntica fue extraordinariamente exitosa. Por esos desarrollos,
dos pioneros de nuestra ciencia, Walter Kohn y John A. Pople
fueron distinguidos con el Premio Nobel en 19984.

lidad. El conocimiento de estructuras moleculares y cristalizadas

sirve como base para entender las propiedades fsicas, qumicas
y biolgicas de la materia.

{
{

Es posible predecir por rst principles las cualidades fsicas,

qumicas y biolgicas de molculas de inters farmacutico?

RN

def
=

Solamente pocas series de coordenadas R de esta funcin de

alta dimensin son muy interesantes:
Mnimos locales describiendo el sistema metaestable de los
reactivos.
Puntos de silla representando los estados de transicin entre
los reactivos y sus productos.
El mnimo global de la funcin caracterizando los productos
nales y estables.
Figura 4. La funcin f(x, y) = x4 + 4x2y2 2x2 + 2y2 x x
tiene un mnimo local, un punto de silla y el mnimo global
En primer lugar no es importante si se trata de modicaciones
de la conformacin (como rotaciones de ciertas subestructuras

49

Volumen 36 No. 4 octubre - diciembre 2005

Toma en cuenta, que BO (R) no existe como una funcin dada

analticamente (contrariamente al ejemplo bi-dimensional); ms
bien tenemos que determinar los mnimos estacionarios de la
hiperrea de energa de 3N dimensiones en puntos por medio
de costosos clculos.
El procedimiento se compone de varios pasos:
La aproximacin segn Born y Oppenheimer se basa en la
suposicin de que podamos separar el movimiento lento de los
ncleos atmicos con carga positiva (compuestos de pesados
protones y neutrones) del movimiento rpido de los electrones
de la molcula.
Por eso, BO (R) se divide en dos partes:

BO (R) = n(R) + e(R)

(2)

(R) representa la constante energa de repulsin de los

ncleos completos (suprimiendo la distincin de protones y neutrones). La expresin e (R) signica la energa de los electrones
en el campo de las cargas nucleares, consideradas como puntos.
Es solamente esta parte electrnica la que se analiza de acuerdo a
la teora cuntica. Para ello, tenemos que resolver explcitamente
la ecuacin independiente del tiempo segn Schrdinger:
e
(R)ei (R) = ei (R) ei (R) { i = 1, 2, . . . .

(3)

Como el subndice i lo indica, hay innitas funciones discretas ei(R) de solucin. Las energas pertenecientes ei(R) son
igualmente cuantizadas, de donde viene el nombre de la teora
cuntica.
La ecuacin estacionaria de Schrdinger es uno de los postulados fundamentales de la mecnica cuntica. Es esencial para
el clculo de las energas de enlace. Los otros componentes de
la ecuacin (3) son:
En la mecnica cuntica el operador Hamiltoniano electrnico
e
(R) es el representante de la energa electrnica completa del
sistema molecular. Se compone de:
De la energa cintica de los electrones.
De la energa de atraccin entre los electrones cargados negativamente y los ncleos positivos y jados.
De la repulsin interelectrnica.

50

Salta a la vista que el operador Hamiltoniano no contiene

ninguna magnitud dependiente del espn. Es debido a que cada
electrn se puede encontrar en dos diferentes estados individuales
caracterizados por medio de dos funciones () y (). Generalmente, el espn es una cualidad tpica de las partculas elementales
de la fsica cuntica, que no tiene analoga en la mecnica clsica.
(Por ejemplo, ste es responsable para el magnetismo de los metales hierro, cobalto y nquel. Adems, se recuerda la tomografa
de espn nuclear utilizada para diagnstico mdico.)
El espn de los electrones requiere agregar a las tres coordenadas de espacio una cuarta, la coordenada . Si juntamos
las cuatro en un vector de espacio-espn cuatro dimensional q,
obtendremos:
(4)
q def
; {q1, q2, . . . , qn} def= Q
= {x, y, z, }

moleculares) o de rupturas y formaciones de nuevos enlaces

(como en las reacciones qumicas).

def
=

Cada funcin de estado para n electrones e(R;Q) (llamado

tambin funcin de onda) depende paramtricalmente del vector
R de las 3N coordenadas espaciales de los ncleos atmicos, y
explcitamente de las 4n coordenadas espacio-espn del vector
Q de los n electrones indistinguibles. (Por simplicacin, ms
adelante vamos a omitir la dependencia paramtrica de la funcin e).
A causa del requisito de antisimetra segn Pauli, el signo de
esta funcin de estado tiene que cambiar sobre un intercambio
de dos coordenadas electrnicas cualquiera.
En notacin simblica:

(5)

e(q1, . . . , qa, . . . , qb, . . . , qn) = e(q1, . . . , qb, . . . , qa, . . . , qn)

Debemos mencionar que detrs de la ecuacin de Schrdinger
(3) est una ecuacin diferencial parcial de segundo orden con
las 4n variables de la funcin de onda. Siempre que las variables
de una ecuacin diferencial parcial prueban ser independientes
la una de la otra, sta se puede tratar de resolver por medio de
un planteamiento de separacin multiplicativa. As, una ecuacin
diferencial parcial 4n-dimensional podra ser transformada en
4n ecuaciones diferenciales ordinarias:
(6)

e (q1, q2, . . . qn) : = a(q1) b(q2) c(qn)

Sin embargo, a causa del tercer trmino en el operador Hamiltoniano (la repulsin interelectrnica) es imposible realizar
la independencia de las coordenadas (qi). Por eso, un planteamiento de solucin multiplicativa es inadecuado por considerar
la correlacin electrnica.

Adems, el mismo trmino impide escribir el operador

Hamiltoniano como suma de operadores parciales, cada uno
dependiente de las coordenadas de un electrn individual. Consecuentemente, ese segundo requerimiento para la aplicacin de
la separacin de las variables queda insatisfecho tambin.
En lugar del mtodo exacto de separacin debemos estar
satisfechos con tcnicas aproximadas de solucin con base en el
teorema de variacin:
(7)
... ei(Q) ei (Q)dQ
_______________________e (Q)
ei (Q)]2 dQ

Estas funciones ei (Q) deben ser comprendidas como funciones de prueba que contienen parmetros libres de variacin.
La mejor solucin en el sentido del teorema de variacin (la de
ms baja energa) es aquella en donde desaparecen todas las derivaciones parciales con respecto a los parmetros de la izquierda
de la ecuacin (7).
Por esta razn es importante para este proceso escoger un
planteamiento de separacin ptimo:
Las funciones multiplicativas (productos segn Hartree), como
en la ecuacin (6), son menos apropiadas. Aqu, establecemos
una asignacin nica entre el electrn 1 y la funcin Xa, el espn
orbital a; as mismo entre el electrn 2 y el espnorbital b, etc.,
el cual contradice a la indistinguibilidad de los electrones. Adems, de esta manera no respetamos el principio de antisimetra
segn Pauli.
La forma que satisface ambos requerimientos ha sido hallada
primero por Slater: el determinante de Slater (DS). Contiene todas
las permutaciones de productos antisimetrizdos del tipo Hartree.
Tan slo para molculas pequeas, el nmero

( )

(8)

(9)

eiIC(Q):=

a=1

eDS
a

(Q) CeIC
ai

{ i = 1, 2, ,D

Despus, calculamos los coecientes de expansin por medio

del principio de variacin. Implica nalmente resolver un problema
de valores propios en forma de una matriz de dimensin D D:
HeICCeIC = CeICEeIC ;

(D D)

(10)

Sin embargo, primero tenemos que calcular los integrales de la

ecuacin (7) incluidos en la matriz Hamiltoniana HeIC. Por medio
de una diagonalizacin de HeIC recibimos los coecientes ptimos CeIC y las correspondientes energas de estado aproximadas,
situadas en la matriz EeIC diagonal de los valores propios. Segn la
ecuacin (7), estos son limitados de las energas de estados exactos
(siempre ms bajos) de la ecuacin de Schrdinger.
Sin embargo, debido a que la longitud de la expansin es
impracticable, normalmente el camino real estar cerrado para
la qumica cuntica numrica.
Adems, ntese lo siguiente: los determinantes de Slater
tambin son construidos a partir de productos de funciones, que
han sido considerados inadecuados para describir la correlacin
de los electrones. Pero, a causa de la enorme exibilidad de la
expansin IC, la falta de correlacin inevitable ser pequea. Alternativamente se trata de arreglar con pocas conguraciones, hechas
dependientes explcitamente de las distancias interelectrnicas
en forma de funciones de correlacin.
Hasta el momento, hemos presupuesto que se conocen los
orbitales (q) de espn, necesarios para construir las funciones
de base con respecto del sistema de los n electrones ejDS(Q)
(determinantes segn Slater, conguraciones). Ahora tenemos
que explicar la construccin y evaluacin de estos.

En caso de la descripcin de base mnima para la molcula

de benceno, por el nmero D de conguraciones resulta el valor
72
de (42
) = 16431 x 1016

Por regla general, obtendremos los orbitales de espn por

medio del bien conocido mtodo segn Hartree y Fock (HF).
ste trata solamente con el estado fundamental, es decir con la
funcin de onda con la energa e1(Q). e1HF(Q) tambin tiene
la forma de un determinante de Slater, que se construye a partir
de varios espnorbitales:
(11)
(r) . ( )
(q) : = o
(r) . ( )

El siguiente proceso (llamado Interaccin de conguraciones

(IC)) podra ser considerado como camino real para solucionar
aproximadamente la ecuacin de Schrdinger: Se expande eiIC como
combinacin lineal de todos los determinantes eaDS (Q) de Slater:

Dentro de ellos mismos, las partes (r) dependientes nicamente del espacio (los orbitales moleculares OM), se obtienen a
travs de un clculo variacional con la expansin CLOA (Combinacin Lineal de Orbitales Atmicos)

D=

2d
n

(2d)!
=
n!(2d n)!

de determinantes construibles ya es astronmicamente alto. D

depende del nmero d de orbitales de base para ser dados, que
ser explicado ms adelante.

51

Volumen 36 No. 4 octubre - diciembre 2005

(12)

a(r) : =

N M

M=1 =1

(r RM) CeMHF { a = 1,2, ,d

a

Fijando d orbitales atmicos localizados (OA, su forma es

conocida por la solucin propia de la ecuacin de Schrdinger
del tomo de hidrgeno), el mtodo Hartree-Fock otra vez terminar en que la solucin de un problema (esta vez generalizado)
de valores propios:
(13)
FeHFCeHF = SeHFCeHFEeHF ; (d d)
La dimensin d de esta ecuacin de matrices se puede resolver
para molculas de tamao pequeo. SeHF contiene los as llamados
integrales de solapamiento de la base de los orbitales atmicos. La
matriz de Fock FeHF es dependiente de sus propios coecientes
de solucin, porque tenemos que repetir (iterar) la ecuacin (13)
hasta su autoconsistencia. Adems, FeHF contiene aproximadamente d 4 integrales sobre los orbitales atmicos. Su clculo es
otro problema principal de la qumica cuntica numrica.
A propsito, el peso del determinante del estado fundamental
segn Hartree-Fock es tan dominante, que puede restringirse
(con buen xito) al mtodo de Hartree-Fock por investigar
hiperreas energticas meta principal de nuestra labor.

Quimiones, quimiales
y el principio modular de la qumica
Hasta el momento hemos descrito algunas caractersticas de la
qumica cuntica y su aplicabilidad computacional. A esta teora
electrnica conocida y establecida, qu quiere contraponer el
nuevo concepto de los quimiones?
La teora de los prrafos precedentes se basa en conceptos
preponderantemente fsicos, lo que sugiere que pudiramos
reducir la qumica a la fsica. Es realmente verdad?
La motivacin matemtica y fsica de la expansin IC, con
su gigantesco nmero de conguraciones, nutre la sospecha,
que tal planteamiento podra ser inadecuado para el mundo
atomstico de la qumica. Tambin la dimensin de las matrices
de la representacin Hartree-Fock creciendo con el nmero d de
las funciones de base y los gastos de integracin incrementando
con d 4 excluye completamente el tratamiento sobre primeros
principios de protenas, como por ejemplo la proteasa HIV. Lo
que hace falta, es un principio de construccin modular qumicocuntico y sinttico.
La sntesis qumica es un arte para desarrollar una estrategia
y encontrar caminos propios de reaccin a travs de algunos
compuestos intermedios estables. Sin embargo, el arte de cons-

52

truir funciones de onda electrnicas es muy diferente: Nuestros

formalismos no-empricos no hacen ningn esfuerzo de construirlas por medio de componentes prefabricados y modulares.
Ms bien, cada operador Hamiltoniano molecular, considerado
como magnitud esencialmente fsica, debe ser construido siempre de nuevo a partir de contribuciones elementales de energa.
En la qumica cuntica de dicho tipo ab initio casi no existen
estrategias de sntesis comparables.
Dejmonos dirigir por las siguientes convicciones:
La correlacin electrnica es tpicamente un fenmeno con
carcter dominantemente local. Por eso, las correlaciones
intra- e intermoleculares pueden ser tratadas independientemente.
Molculas con elevado peso molecular normalmente se hallan
en un estado fundamental con capas llenas del tipo singulete.
Nos adherimos a Margenau13 y Primas14 y preguntamos: Is
the Pauli principle a universal and inviolable fac of nature? La
teora de los quimiones poseer el atrevimiento de proclamar
inecaz esta ley fundamental. Consecuentemente no necesitamos una representacin particular del espn electrnico.
Con respecto de los electrones de las capas internas se tienen
que considerar los efectos relativsticos. Cierto que para los
electrones de enlace podemos ignorarlos.
Para acentuar la importancia del tomo, el componente
ms importante de nuestros modelos moleculares, la teora de
los quimiones intenta una descripcin atomstica y condensada.
De ahora en adelante no sumaremos en detalle las energas de
electrones singulares, sino solamente contribuciones precalculadas
de densidades electrnicas. Los orbitales atmicos (OA) son
remplazados por densidades atmicas (AD). Los tomos en la
mayora de las veces tienen capas abiertas; por eso ser necesario
determinar las densidades y separadamente. Los orbitales
Aa (r) ahora centrados en el lugar de los tomos son escritas con
las especicaciones y :
(14)
(r) =

QA

nA

a=1

A
a

(r) +
2

nA

b=1

(r) 2

A
b

{A = 1, 2, . . . ,N

(nA signica el nmero de electrones con espn del tomo

A; analgicamente nA son los electrones correspondientes con
espn ).
Como en los orbitales locales aA(r) y aA(r) as como en
las funciones de base a(r-RA), las densidades electrnicas son
dependientes solamente de tres coordenadas espaciales. Consecuentemente son apropiadas para utilizarlas como funciones de
base de la imagen atomsticamente condensada.

Para determinar estas nuevas magnitudes atmicas, debemos aplicar los mtodos ms apropiados y sosticados de la
fsica atmica que consideran los efectos relativsticos y los de
la correlacin15.
Como las funciones de base (OA) de la teora electrnica han
sido substituidas a travs de densidades atmicas, ahora tambin
podemos sustituir los orbtales moleculares anteriores (OM)
por magnitudes condensadas. No obstante, para garantizar su
normalizacin, las consideramos en esta ocasin como densidades
electrnicas enraizadas:
Denimos los quimiones (en ingls: chemions) como casipartculas indistinguibles y libres del espn
con masa /N (en unidades de la masa electrnica) y
n

con carga n/N (en unidades de la carga elemental)

Tanto la masa electrnica completa as como la carga electrnica total de la molcula ser dividida en N porciones iguales.
Estas porciones son representadas por N funciones normalizadas,
cada una por un quimin en particular:
(15)
Xa(ri)def
=

a(ri) .
n

En analoga a los orbitales de la teora electrnica queremos

llamarlos quimiales (en ingls: chemials).
La pareja del determinante de estado fundamental de la teora
electrnica segn Hartree y Fock ser una conguracin Hartree
(qCH) sin espn como representante del estado fundamental
por N quimiones:
(16)

(r1, r2, . . . , rN) a(r1) a(r2) . . . a(rN): =

qCH
a

i=n

a ri) .
n

Es una consecuencia de nuestra concepcin libre del espn en

donde no tenemos que considerar el principio de la antisimetra.
Ms bien, segn la ecuacin (16) el quimin a ser ocupado
N veces. Igualmente como los electrones, los quimiones son
indistinguibles.
El operador Hamiltoniano quiminico tiene la misma forma que el electrnico con sus partes cinticas, atractivas y
repulsivas. Pero esta vez, los componentes son comprimidos
atmicamente.
Lo nico que falta es traducir los conceptos de la qumica
cuntica molecular (los formalismos Hartree e IC) a la imagen
de los quimiones (qCH o bien qIC).

En analoga al mtodo CLOA, expandemos las quimiales

moleculares (QM) como una combinacin lineal de densidades
atmicas (CLDA):
(17)

a(ri)

a(ri)
n

:=

A=1

q CH
(ri)C Aa
{a = 1,2, ,N

Las QA (ri) son las densidades atmicas ya precalculadas.

Por medio de la ecuacin (17) volvemos a llegar a un problema
generalizado de valores propios:
(18)
HqCHCqCH = SqCHCqCHEqCH ; (N N),
esta vez conteniendo matrices cuadrticas solamente N-dimensionales. Ahora, la extensin de una molcula est medida por
el nmero de tomos, en vez del nmero, mucho ms grande, de
orbitales atmicos. De nuevo, el clculo de la matriz HqCH supone
conocer los coecientes lineales de la ecuacin (17); por eso debemos repetir la ecuacin (18) (as como la ecuacin (13)) hasta su
autoconsistencia. En ese proceso, siempre tenemos que ocupar
a(ri)
N veces el quimial a(ri)
con energa ms baja.
n

As, en la ecuacin (18) no slo entregamos la conguracin

del estado fundamental, sino tambin los quimiales no-ocupados
con a = 2, 3, . . . ,N. Similar a la expansin IC electrnica, vamos
a utilizar esas N conguraciones para construir la ptima funcin
de onda quiminica. Por eso, en este caso IC signica Combinacin Lineal de Conguraciones Quiminicos (CLCQ)
(19)
N

iqIC(r1, r2, . . . , rN) : =

a=1

(r1, r2, . . . , rN)CqIC

ai { i = 1, 2, . . . ,N .

qCH
a

Nota: en el lugar de los D = (2d

n ) determinantes electrnicos
ponemos solamente N Hartree-conguraciones quiminicas.
El correspondiente problema algebraico N-dimensional se
escribe:
(20)
HqICCqIC = SqICCqICEqIC
(N N)
En el espritu del principio de variacin, la ecuacin (20) es
una representacin aproximativa de la ecuacin quiminica de
Schrdinger
(21)

q
(R)qi (R) = qi (R) qi (R) { i = 1, 2, . . . .
En analoga a la ecuacin (2), adicionada la repulsin internuclear

53

Volumen 36 No. 4 octubre - diciembre 2005

BO(R) = n(R) + q(R),

(22)

nalmente obtenemos el punto de la hiperrea segn Born y

Oppenheimer, denido por el vector de coordenadas R.

Conclusiones
Qu logramos con el concepto quiminico?
A travs de una condensacin del modelo orbital por densidades atmicas y moleculares, hemos reinstalado la idea qumicaclsica del tomo en el espritu de las formulas espaciales segn
vant Ho16. Ahora, los gastos para la computacin de funciones
de onda moleculares con sus energas no aumentan astronmicamente, sino estn en buena proporcin con el nmero N de
densidades atmicas, precalculados ptimamente por medio de
mtodos modernos de la fsica atmica.
As, hemos introducido una jerarqua en la teora cuntica
de las molculas, un principio modular sinttico: empezando
con unidades predeterminadas precisamente en donde las ms
amplias sern compuestas. Por eso, tambin posibilitamos la investigacin no-emprica de hiperreas energticas de molculas
muy grandes (como por ejemplo la proteasa HIV) con base en
principios fundamentales.
An ms, la idea de este principio modular nos llevar ms
lejos:
La qumica es una ciencia experimental que ordena el
mundo material. Clasicando los compuestos (como alcoholes,
cetonas, cidos carbnicos, as como azcares, grasas y protenas) y los tipos de reacciones (como las substituciones, las
eliminaciones y las recombinaciones), ella aclara las relaciones
de diferentes materias y describe sus transformaciones. Por
todo esto, una qumica cuntica reduccionista es incapaz de
dar respuesta a muchos interrogantes. Para ella, una pregunta simple como Qu es una cetona? es una pregunta mal
formulada. Sin embargo, no se puede contestar fcilmente:
Un compuesto clasicado por un distintivo tpico: el grupo
carbonilo -CO- (como en la acetona H3C-CO-CH3, por
ejemplo).
Hasta ahora, hemos escogido tomos como si fueran componentes elementales de construccin. La imagen de los quimiones puede substituirlos por unidades ms grandes como el
mencionado grupo funcional carbonilo. Con frecuencia, familias
de compuestos y tipos de reacciones son caracterizados por estos
mismos, o fragmentos tpicos similares, como por ejemplo los
grupos hidrxilo, aldehdo, carboxilo, amonio o tambin por el
rgido grupo fenilo con sus once tomos.

54

La reinspeccin de las molculas proteicas nos ensea, que

una macromolcula de este tipo tambin es construida modularmente. Al lado de veinte aminocidos naturales como estructuras
repetidas en las protenas, buscamos otras estructuras tpicas
como las hlices y las hojas plegadas. Si pudiramos representar unidades grandes a travs de correspondientes densidades
locales, progresaramos a comprender el enigma del plegamiento
de las protenas en su complejo entorno celular. Pero todava
suponemos, que el mencionado problema de integracin sobre
densidades locales tiene que resolverse17-20.
La potencia particular del concepto quiminico consiste
en su exibilidad sinttica la cual puede signicar e interpretar
un resultado numrico. ... give us insight, not numbers. es la
oracin de uno de nosotros los pioneros cientcos21. Esperamos
que sus rezos sean escuchados en breve.

Referencias bibliogrcas
1. Lam P. Y. S., Jadhav P. K., Eyermann C. E., Hodge C. N.,
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8. Modelo de la proteasa HIV-1 dimrica con dos cadenas
idnticas en simetra C2.
En la parte izquierda superior: representacin por enlaces
atmicos. En la parte derecha superior e inferior: representacin de la estructura secundaria (Cdigo de colores: rojo =
hlices , amarillo = folletos , blanco = bucles). En la parte
izquierda inferior: representacin por volumen molecular.
Berman H. M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.

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9. Modelo del compuesto (4R, 5S, 6S, 7R)-1,3-dibencil-4,7bis(fenoximetil)-5,6- dihidroxil-1,3-diacepan-2-ona con
simetra C2, un inhibidor de la proteasa HIV- 1. Backbro
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Unexpected binding mode of a cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitor. Journal of Medical Chemistry, 40:898-902. En
la parte izquierda y derecha superior: representaciones por
enlaces atmicos. En la parte derecha inferior: representacin
por volumen molecular. En la parte izquierda inferior: bolas
y bastones. (Cdigo de colores: C = blanco, O = rojo, S =
amarillo y N = azul; H omitido para mejorar la visibilidad).
10. Primas H. 1985. Kann Chemie auf Physik reduziert werden?
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Chemistry), Houston, p. 117.13

Reconocimientos
Muchas gracias a los siguientes profesores, colegas y amigos por sus comentarios, discusiones o alguna otra ayuda:
Gerd Folkers y Hans Primas (Zrich, Suiza), Ulrich Hoyer
(Mnster, Alemania), Michael C. Bhm y Sabine Philipp
(Darmstadt, Alemania), Georg Becker y Jrgen Voigt (Leipzig, Alemania), Laszlo v. Szentpaly (Stuttgart, Alemania),
Christian Carola (Karlsruhe, Alemania), Zerrin Akkan
(Freiburg, Alemania), Markus Pernpointner (Heidelberg,
Alemania), Christian Kollmar (Erlangen, Alemania), Walter
Nadler (Kln, Alemania), Klaus Strecker (Heilbronn, Alemania), Hanno Klomp (Hamburg, Alemania), Lilian Berlu
(Clermont-Ferrand, Francia), Martin Ebeling y Heinrich R.
Karfunkel (Basel, Suiza), Hermann P. T. Ammon, Michael
Bcker, Usch Bchtemann, F.-W. E., Bastian Frey, Gnter
Hfelinger, Michael Hanack, Frieder Hoeckh, Dietrich
Hoffmann, Claus Kahlert, Stefan Laufer, Martin E. Maier,
Wolfgang Maier, Adolfo Murgua, Otto E. Rssler, Eberhard Schweda, Friedrich-Franz Seelig, Klaus Sonnleitner,
Christine Theiss y Brigitte Wandel (Tbingen, Alemania),
Rocio Myriam Figueroa Vzquez, Javier Garcs Eisele y
Thomas Scior (Puebla, Mxico), Gerold Baier y Markus F.
Mller (Cuernavaca, Mxico), Antonio Godnes Gmez,
Sylvia Guzmn Tello, Vicente Hernndez Abad, Valentn
Islas Prez, Gina y Nora Moore Herrero, Fortunato Prez
Bojorges, Anglica Beatriz Raya Rangel, Irma Romo Cabral
y Catalina Soriano Correa (D.F., Mxico).
Dedicado al Prof. Dr. Ulrich Hoyer

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