REPLICAO

1. Indique as diferenas entre replicao semiconservativa, conservativa e dispersa?

Na replicao semiconservativa, cada uma das novas cadeias formadas contm uma cadeia
polinucleotdica da molcula de DNA original e outra cadeia formada por nucletidos
encontrados no ncleo. No processo conservativo, cada uma das cadeias serve de molde para
a formao da molcula-filha. A molcula original mantm-se assim ntegra. Na replicao
dispersa, a molcula-filha formada por pores da molcula inicial e por regies sintetizadas
de novo, a partir de nucletidos presentes na clula.

2. O que uma origem de replicao? Para que serve?

A posio na qual a hlice de DNA aberta chamada de origem de replicao. No caso dos
procariotas, consiste num ponto determinado pelas bases nucleotidicas, as sequncias
consenso (elementos cis) altamente especificas, que so reconhecidas por protenas
(elementos trans). No caso dos eucariotas, existem vrias origens de replicao, uma vez que
os seus genomas apresentam muitas ARS. O processo de replicao mais rpido pois a
existncia de vrios pontos de origem de replicao permite que as protenas se liguem em
vrios pontos do cromossoma.

3. O que um replisoma? Quais as protenas que o constituem?

Um replissoma um conjunto de enzimas e protenas necessrias para a replicao;
constitudo por polimerases, helicases, topo-isomerases, protenas de ligao do DNA,
primases, ligases e DNA polimerases I a III.

4. Como se forma um replisoma numa origem de replicao?

Em E. coli, a origem de replicao localiza-se ao nvel do oriC, que inclui 4 sequencias de 9 nt e
tambm 3 sequencias repetidas de 13 nt, que so reconhecidas para o inicio da replicao. Os
9 nt so reconhecidos pela DNA A, o que estimula a fuso dos 13 nt localizados esquerda do
local oriC. Consequentemente, d-se a ligao do DNA B com a formao do complexo aberto.
Esta DNA B auxiliada pela DNA C para a ligao ao local correcto do DNA. A protena HU
actua simultaneamente com a DNA A e responsvel pela fuso e dobramento da dupla
hlice. Finalmente, a DNA B (helicase) estimula a ligao da primase (DNA G), formando-se o
primossoma, responsvel pela sntese do primer para dar inicio replicao. Este primosoma
mantm-se ligado ao replisoma durante a fase de alongamento.

5. O que uma holoenzima? Quais os componentes da holoenzima DNA pol III?

A DNA polIII um exemplo de uma holoenzima, ou seja, uma estrutura cataltica que
contem varias subunidades. Os seus componentes so um core (parte central) formado pelas
subunidades , com actividade cataltica, a com actividade 3-5 exonucleastica e de
proofreading e a subunidade com funo desconhecida (talvez estimular a exonuclease ?).
Alm do core, apresenta uma subunidade que forma um gancho deslizante que auxilia a
ligao da pol III cadeia de DNA. A presenta tambm um complexo gama responsvel por
auxiliar o gancho a desempenhar a sua funo. Existe ainda a subunidade , ligada ao
complexo gama responsvel pela dimerizao do core.

6. O que uma polimerase processiva? Qual o componente da Pol III que assegura a sua alta
processividade?
A processividade de uma polimerase tem a ver com a capacidade da mesma sintetizar
nucleotidos a uma elevada velocidade sem se dissociar do molde ao qual est ligado. A pol II
lenta e tem tendncia a dissociar-se do DNA molde aps a sntese de 10 nt. No entanto, este
problema ultrapassado pela existncia da subunidade que forma um gancho deslizante que
permite que o core da pol III esteja sempre agarrado ao DNA, garantindo ento uma elevada
processividade.

7. Qual a funo do Complexo Gama?

A funo do complexo ligar a subunidade (que no se consegue ligar sozinha) ao
complexo de pr iniciao (core+DNA) com dispndio de ATP. O complexo , no
permanece ligado a holoenzima durante o alongamento, desliga-se aps a montagem
cataltica do gancho no molde de DNA.
8. Qual a funo do gancho beta?

1. Ver 6.

9. O que uma primase e para que serve?

uma enzima responsvel pela sntese de primases de RNA nos moldes de DNA de cadeia
simples que so usados pela DNA polimerase para iniciar a sntese de fragmentos de Okazaki
na lagging strand. E uma das protenas necessrias para a sntese de primers, pertencendo por
isso ao primossoma, associado ao replissoma. Esses primers consistem em pequenas
sequencias de RNA de 10-12 nt, que tm a extremidade 3-OH livre, que uma vez adicionado
na zona da forquilha de replicao, permite o inicio da replicao pela adio de nt
extremidade 3-OH livre pela DNA polimerase.

10. O que uma helicase e para que serve?

A helicase uma das enzimas presentes no replissoma. responsvel pela desnaturao da
dupla hlice cortando as pontes de H entre nt complementares, formando a forquilha de
replicao. Vai desenrolando a hlice frente da DNA polIII. A estabilidade das cadeias
desnaturadas assegurada pelas SSBs.

11. O que so fragmentos de Okasaki? Como so reparados? Porque que se formam?

So fragmentos originados na replicao descontnua da lagging strand. So segmentos
polinucleotidos curtos que so, posteriormente unidos para formar a nova cadeia continua.
Como as duas cadeias moldes de DNA so anti-paralelas, numa delas a sntese da cadeia
complementar ocorre no sentido 5-3, mas na outra cadeia teria de se dar no sentido inverso.
No entanto, as duas cadeias so sintetizadas pela pol III do DNA que catalisa o crescimento no
sentido 5-3. Esta ltima cadeia sintetizada no sentido inverso ao do deslocamento da
forquilha de replicao. Isto possvel porque a polimerase sintetiza segmentos
polinucleotidicos curtos, que depois so unidos para formar a nova cadeia contnua. Esta
cadeia que cresce no sentido inverso e cuja sntese ocorre de modo descontinuo chamada de
lagging strand.

12. O que so topoisomerases e para que servem?

So enzimas que previnem o superenrolamento do DNA, cortando-o nas zonas onde ele
comea a compactar (supercoiling). Ela detecta o superenrolamento desfazendo-o pelo corte e
reconstituiao da cadeia de DNA.

13. O que um terminador da replicao?

So sequncias no cromossoma, ao nvel do oriC, que enviam um conjunto de sinais que
indicam o fim do processo de replicao. So nomeadamente sequencias de terminao,
chamadas Ter, reconhecidas por protenas, as Tus, que impedem a progresso das polimerases
parando assim a replicao. A pol tem, gerlemente, uma velocidade de sntese constante e
face presena de tais sequncias a sua velocidade vai diminuindo at que pra e se desliga.

14. Porque que os terminais dos cromossomas bacterianos so reparados?

Os cromossomas bacterianos caracterizam-se por serem circulares (o fim da replicao
coincide com a origem). Na origem de repliao est presente um primer que foi necessrio
para o inicio da replicao, que sendo de RNA tem de ser removido. Assim, uma pol I remove o
primer presente e adiciona dNTPs para preencher a falta deixada.

15. Como que os terminais so reparados nas bactrias?

Ver 14.

16. O que um telmero?

Telmero a parte terminal dos cromossomas eucariotas constitudos por sequencias curtas
repetidas, ricas em G---C (ligao tripla) e so especificas de cada espcie. Protegem e
caracterizam as extremidades cromossmicas. No sofrem processos de reparao.

17. Como constituda a telomerase? Qual a sua funo?

A telomerase constituda por protena e RNA que serve de molde sntese dos telmeros. A
sua funo adicionar cpias destas sequncias aos terminais 3 dos cromossomas.

18. Como que os telmeros fecham as pontas dos cromossomas?

Os telomeros so estruturados, formam loopchamado loopt.

REPARAO

1. Porque que os mecanismos de reparao do DNA so necessrios?

O DNA pode ser danificado de muitas maneiras e essa danificao resulta numa alterao
qumica do DNA, diferente da mutao, mas que pode levar ao surgimento de uma, caso no
seja reparado. Torna-se, por isso, essencial desenvolver tais mecanismos de reparao que na
sua maioria, envolvem a replicao do DNA.

2. Qual a fidelidade da replicao dos genomas sem reparao e com reparao?

O mecanismo de proofreading um mecanismo de edio e reparao de erro desenvolvido
pela polIII e I, que aumenta a fidelidade da replicao do DNA. A parte central da pol III faz um
erro de emparelhamento em 100, o que implica que a replicao lateral introduo de erros
em percentagem significativa. Felizmente, o mecanismo de proofreading permite polimerase
outro mecanismo pelo qual consegue emparelhar devidamente as bases. O grau de erro deste
2 passo presumivelmente igual ao primeiro - 10. Isto prev que o erro com proofreading
de 10, o que considerado um nvel tolervel de fidelidade.

3. Qual a importncia evolutiva do erro basal da replicao do DNA?

O mecanismo de proofreading diminui o erro de 10 para 10, o que considerado um nvel
de fidelidade tolervel. Isto porque possibilita a existncia de erros, precursores de mutaes,
que de algum modo equipam o organismo a se adaptar a mudanas ambientais possveis de
ocorrer. O erro basal 10 portanto fundamental evoluo da vida, pela introduo da
diversidade e variabilidade gentica que garante.
4. Quais as DNA polimerases especializadas em reparao do DNA em bactrias?
As DNA polimerases I e III.

5. Quais as DNA polimerases especializadas em reparao do DNA em eucaritas?

As DNA polimerases e .

6. Qual o significado de uma danificao no DNA em termos funcionais?

Uma danificao no DNA pode ocorrer de diversas maneiras e resultam em alteraes
qumicas no DNA, alterando a sequncia base do DNA. Por exemplo, a alterao do par G-C
para um par etil-G-C uma danificao. Neste caso, o etil-G acaba por emparelhar com T em

vez de C durante a replicao. Se tal acontece, ento uma nova ronda de replicao ir colocar
um A oposto ao T desemparelhado e a converso do par normal G-C para A-T estar completa.
Assim em caso de danificaes no reparadas, podem surgir mutaes, o que induzir ao
aparecimento de clulas cancergenas.

7. Como funciona a fotoliase?

Em caso de danificao do DNA por radiao UV, h a formao de um dmero de pirimidina.
Numa situao destas, entram em aco mecanismos de reparao do DNA, que actuam, no
caso da fotoliase, na reparao directa do DNA modificado. Assim, esta enzima detecta e ligase ao local danificado dmero de pirimidina. Posto isto, a enzima absorve a luz UV, o que a
activa, levando a que a mesma quebre as ligaes que mantm o dmero unido. Isto
restabelece as pirimidinas para o seu estado inicial independente. Finalmente, a enzima
dissocia-se do DNA.

8. Como funciona a O6-metilguanina metil transferase?

Em caso de dano do DNA, provocado pela metilao do mesmo, surge uma enzima a O6
metilguanina metiltransferase, que actua na reparao do DNA danificado actuando como
aceitados do grupo metil, atravs de um resduo de cisteina no tomo S. No entanto, esta
uma enzima suicida, pois irreversivelmente inactivada aps actuar. Assim, cada processo de
reparao custa, de cada vez, uma molcula proteica de carcter enzimtico.

9. Descreva o mecanismo de reparao por exciso de bases?

Na reparao por exciso de bases (BER), a base danificada reconhecida pela DNA glicosilase
e remove-a criando uma zona apurinica ou apirimidinica stio AP. Uma vez criado, este local
reconhecido por uma endonuclease AP que corta o DNA na posio 5 do local AP.
Posteriormente, uma DNA fosfodister remove o fosfato do stio AP, seguida ento da pol I
que possibilita a reparao do DNA a jusante do local de corte ao preencher o espao vazio
deixado. No sendo capaz de ligar o DNA de novo formado, surge finalmente a DNA ligase.
Este processo de BER um exemplo de remoo da regio danificada seguida de
preenchimento com novo DNA.

10. Descreva o mecanismo de reparao por exciso de nucletideos?

Neste mecanismo de reparao, o sistema enzimtico - uma excinuclease (UvrABC), reconhece
o local danificado - falha no emparelhamento de cadeias e corta de cada um dos lados do
local descrito, removendo um oligonucletido de 12 nt ou de 13 nt caso o erro seja um dmero
de pirimidina. Posteriormente, surge a DNA pol I preenche o espao vazio deixado e, por fim, a
DNA ligase que liga o novo oligo cadeia inicial.

11. Descreva o mecanismo de mismatch-repair em procaritas, referindo-se s protenas

envolvidas neste mecanismo?
Este mecanismo ocorre quando o DNA apresenta um mismatch devido incorporao da base
errada ou pela falha do sistema de proofreading. Aparentemente, isto tornar-se-ia um
problema, j que se torna complicado de distinguir entre a cadeia original e a cadeia nova. No
entanto, para a E. coli isto no um problema uma vez que a cadeia parental apresenta
marcos de identificao que a distinguem da cadeia nova. Estes marcos so adenina metilada,
criadas por uma enzima que reconhece a sequencia GATC e coloca um grupo CH3 na base A.
Em caso de falha, as protenas codificadas pelos genes mutH, mutL e mutS reconhecem a base
no emparelhada pela ausncia do grupo CH3 na tal sequncia GATC na cadeia nova. Esta
sequncia muito frequente ocorre a cada 250 nt. Uma vez reconhecida, o complexo de
reconhecimento introduz um corte no DNA no local correspondente base metilada. A
exonuclease I juntamente com o complexo mutL, mutS, helicase e ATP, removem o fragmento
de DNA a jusante do local de corte, incluindo a base no emparelhada. A DNA pol II com a
ajuda da SSB sintetiza o novo fragmento e a DNA ligase liga os terminais livres. Por fim, uma
metil transferase metila a cadeia reparada tornando-a inacessvel ao complexo de reparao.

12. O que o Sincroma de Cockayne?

uma doena hereditria rara, onde os afectados tm um excesso de sensibilidade luz solar
e sofrem de envelhecimento precoce. causada por desordens na reparao por exciso do
DNA. Os afectados apresentam atraso no desenvolvimento fsico, mental, sensibilidade ao sol,
etc.

13. O que a Xeroderma pigmentosa?

uma desordem gentica autossmica recessiva provocada na reparao do DNA,
nomeadamente uma mutao nas enzimas envolvidas na NER. Os paciente que apresentam
esta doena apresentam uma maior vulnerabilidade para desenvolver cancro da pele do que
um paciente normal. Caracteriza-se pela fotosensibilidade, mudanas de pigmentao,
desenvolvimento de tumores malignos.

14. Descreva o mecanismo de Global Genome NER ?

uma das formas de reparao por exciso em nucletidos que ocorre nos eucariotas.
Caracteriza-se por uma monitorizao global, onde o local danificado reconhecido pelo
complexo XPC hHR23B ligando-se ao DNA e fundindo a dupla hlice. A este complexo
associa-se a XPA, que aumenta a eficincia do mecanismo, e a RPA que se liga cadeia no

danificada. A helicase TFIIH aumenta a fuso da dupla hlice. Posteriormente, a RPA auxilia ao
posicionamento de 2 endonucleases a ERCEI-XPF e a XPG em cada uma das extremidades,
que cortam a dupla hlice removendo 1 fragmento de DNA de 24-32 nt. Posteriormente, a
DNA pol preenche a regio vazia utilizando a cadeia no danificada como molde para sntese e
a DNA ligase une as extremidades do DNA.

15. Descreva o mecanismo Transcription-coupled NER?

uma mecanismo que actua acoplado transcrio e que faz uso dos mesmos factores que o
mecanismo GG-NER, excepo de XPC. Existe, contudo, a RNA pol que desempenha funes
similares, ou seja, de fuso e reconhecimento de bases danificadas.

16. Para que servem os mecanismos de tolerncia danificao do DNA?

Os mecanismos de tolerncia danificao do DNA so mecanismos que actuam em situaes
onde a maquinaria normal de replicao no repara o DNA danificado. So utilizados em
situaes de recurso e inclui mecanismos como a reparao por recombinao e o bypass com
e sem erro.

17. Como funciona a reparao por recombinao?

A reparao por recombinao entra em aco quando a maquinaria de replicao ignora um
local com um dmero de pirimidina, deixando uma falha na cadeia reparada. A presena do
dmero de pirimidina faz parar o processo de replicao. O recomeo do processo exige a
presena de um novo primer, deixando-se para trs uma falha no local do dmero. Para
ultrapassar este problema, d-se uma recombinao entre a cadeia com a falha e o seu
homlogo na cadeia dupla filha. Esta recombinao dependente do produto do gene recA,
que liga as duas cadeias de DNA homlogas. A reparao final feita pela maquinaria normal
de replicao: DNA pol e ligase.

18. Como funciona a reparao por Bypass com erro e sem erro? Qual a diferena entre os
dois mecanismos?
Tratam-se de mecanismos que lidam com DNA danificado sem o reparar. um mecanismo de
recurso que permite ultrapassar um bloqueio que poderia levar morte da clula. So
desenvolvidos em condies de stress, como resposta SOS e que, no caso do bypass com erro,
leva introduo de erros. Este ultimo dependente do produto do gene recA e induzida

como resposta aco da luz UV. Esta aco activa a recA coprotease, que tem vrios alvos,
sendo um dos mais importantes os produtos do gene LexA que um repressor de muitos
genes. Quando estimulado pela coprotease recA, o Lex A cliva-se a si prprio e liberta-se do
opero UmuDC, formado por genes reparadores UmUC e UmUD. Agora activado, o opero
permite que a maquinaria de replicao ultrapasse o dmero de timina, com a introduo de
pares de bases. Uma vez que este opero tem preferncia pela introduo de bases G e T, isto
leva introduo de erros. Ambos os tipos de mecanismos baseiam-se no mesmo principio.
Contudo, o bypass com erro dependente da DNA pol zeta, que insere bases para apenas
deixar passar a falha, em resposta a dmeros de pirimidina. O bypass sem erro, por seu lado,
apresenta um baixo nvel de erro e dependente da DNA pol eta, que insere dAMPs em
resposta a dmeros de pirimidina. O nvel de erro associado baixo, j que a maior parte
destes dmeros so de timina.

RECOMBINAO

1. Quais os tipos de recombinao homloga?

A recombinao homloga o processo de crossing que liga segmentos de DNA que estavam
separados, permitindo que 2 cromossomas homlogos, ou seja, semelhantes entre si, possam
emparelhar e trocar fragmentos de DNA entre si. Pode ser de 2 tipos: recombinao
intramolecular, ou seja, recombinao que ocorre dentro do prprio cromossoma, entre
diferentes partes da mesma molcula; e recombinao intermolecular, ou seja, troca de
segmentos de DNA entre diferentes molculas de cromossomas.

2. O que a recombinao recproca?

Dizer que a recombinao recproca significa que ambas as molculas de DNA trocam
fragmentos entre si.

3. Porque que as sequncias repetidas so importantes na recombinao intramolecular?

Qual a diferena em sequncias repetidas na mesma orientao e as invertidas em termos
dos resultado final da recombinao?
As sequncias repetidas na mesma direco pressupe, durante o processo de recombinao,
a dobra do DNA correspondente sequencia e posterior exciso do DNA dobrado, resultando
na formao de 2 molculas. Quando as sequencias tm direces opostas, h apenas um
rearranjo do DNA durante o processo de recombinao, no havendo a formao de dobras
nem excises. A mesma molcula, no final, mantida, apenas com variao das direces da
sequncia.

4. O que o crossing over? Que tipos de crossing over que existem?

O processo de crossing over patente na recombinao homloga o processo pelo qual os
cromossomas homlogos emparelham e trocam seces de DNA entre si. O crossing over pode
ser do tipo simples, onde a troca de segmentos entre os cromossomas homlogos se d em
apenas um local, ou do tipo duplo, quando essa troca ocorre em 2 locais distintos dos
cromossomas, resultando num padro de recombinao complexo.

5. Explique o modelo de Holliday?

O modelo de Holliday um modelo geral que tenta explicar o mecanismo de recombinao.
Segundo este modelo, h uma clivagem das duas cadeias homlogas, seguido de crossing-over
entre as cadeias cortadas. De seguida, d-se a ligao entre essas duas cadeias ligadas, ficando
os cromossomas ligados entre si ao nvel de uma juno, conhecida como juno de Holliday.
Esta juno, migra ao longo do brao do cromossoma, atravs de sucessivos cortes e ligaes,
o que permite a troca recproca de material gentico entre os 2 cromossomas. Por fim, d-se a
dobra do DNA que seguida do corte no local da juno. Esse corte pode ser feito na horizontal,
o que se traduz num crossing-over sem recombinao, ou ento na vertical, traduzindo-se num
crossing-over com recombinao, que contribui para uma maior diversidade gentica.

6. Explique o modelo de Meselson e Radding?

O modelo de Meselson Radding para o mecanismo de recombinao, envolve 2 hipteses:
uma baseada na recombinao por replicao, outra baseada na recombinao por reparao
do DNA. Na primeira hiptese, a replicao do DNA num local em que uma das cadeias est
cortada, leva ao deslocamento da cadeia simples a jusante. Esta vai ento invadir a dupla
hlice do cromossoma homlogo, formando um loop, o loop-D. Este loop ento removido,
com consequente formao da juno de Holliday e sua migrao no brao. Na segunda
hiptese, h um emparelhamento de uma cadeia de dupla hlice com uma cadeia de DNA com
um local de cadeia simples. Ao invadir e emparelhar com a cadeia homloga, a cadeia invasora
quebra, havendo, posteriormente, necessidade de replicao para preenchimento do espao
vazio deixado, possvel porque a duplex quebrada tem um terminal 3-livre que pode ser usado
como primer. O brao da juno migra, com consequente formao da juno de Holliday, que
migra ao longo do brao. As 2 cadeias, por fim, so ligadas pela DNA ligase.

7. Descreva o mecanismo de recombinao via RecBCD mencionando a funo de cada

protena envolvida neste mecanismo?
No mecanismo de recombinao via recBCD, esta protena reconhece uma sequncia chi,
que ocorre a cada 5000 bp e que aps esse reconhecimento, corta uma das cadeias da dupla
hlice no terminal 3 desse local. Para alm de ser uma endonuclease, a recBCD tambm
uma helicase, abrindo, por isso, a dupla hlice junto ao local de corte, produzindo uma cadeia
de DNA simples livre. A esta cadeia associam-se as SSB, que vo impedir a formao de uma
cadeia duplex e a Rec A, que ajuda a cadeia simples a invadir a cadeia dupla homloga e a
encontrar uma regio de homologia, Com a invaso da cadeia simples, forma-se um loop-D.
Quando as regies de homologia so encontradas, d-se a quebra de uma das cadeias
homologas, com ajuda da recBCD. Entretanto, a recA e a SSB formam uma nova cauda de
cadeia simples, que pode emparelhar com a sua homologa. De seguida, vem uma DNA ligase
que une as 2 cadeias com a consequente formao da juno de Holliday. Posto isto, ocorre a
migrao do brao. As helicases ruvA e B ajudam na migrao do brao, abrindo a dupla hlice,
na presena de ATP, sendo, posteriormente, a juno resolvida com ajuda da ruvC, que corta
as cadeias.

8. Porque que as helicases so necessrias na recombinao? Quais so e onde actuam?

Para que serve o ATP na recombinao?
A recombinao pressupe a existncia de uma cadeia de DNA simples que inicie o processo
de troca de cadeia, por invaso de uma cadeia dupla homloga. Este processo envolve ajuda
da recA, que permite a tal invaso at zona de homologia para a recombinao ser possvel.
Contudo, esta protena apenas funciona com uma cadeia simples e uma cadeia dupla. Tornase, por isso, necessrio obter uma cadeia simples, j que o DNA genmico de cadeia dupla.
Isso torna-se possvel pela aco da protena recBCD, que funciona como helicase, necessria
recombinao, abrindo a dupla cadeia, produzindo, ento, ssDNA que invade a outra dupla
cadeia (tambm na degradao do loop-D).

9. Quais os passos importantes do mecanismo RecBCD? Como se caracterizam?

O mecanismo de recombinao recBCD distingue-se em 3 etapas importantes,
nomeadamente, a pr-sinapse e a ps-sinapse ou troca de cadeias. A pr-sinapse caracterizase por ser a fase de recombinao onde a recA e a SSB se ligam ao DNA da cadeia simples,
sendo a SSB responsvel por impedir a formao de uma nova heteroduplex e a rec A auxilia
invaso da ssDNA na cadeia dupla homloga, at um local de homologia ser encontrado. Na
fase sinapse, d-se o alinhamento entre as sequencias homlogas de DNA, sem no entanto
haver formao de ligaes Watson-Crick, h apenas alinhamento lado a lado, sem se
entrelaarem. Na ltima etapa, ps sinapse, verifica-se a quebra de uma cadeia no duplex,
com a formao de uma nova hlice. Forma-se uma molcula tripla onde as cadeias esto
interligadas.

10. O que so locais Chi?

Locais chi, so locais de reconhecimento protena recBCD. So sequncias de 5-GCTGGTGG3 que se repetem ao longo do cromossoma a cada 5000 pb.

11. Descreva a funo de Ruv A e RuvB na recombinao? Como interagem com o DNA?
A ruvA e a ruvB formam ambas um complexo proteico, uma helicase, que catalisa a migrao
do brao da juno de Holiday, na presena de ATP. A ruvA liga-se sozinha juno de
Holliday, possibilitando a posterior ligao juno da ruvB. Esta, sozinha no capaz de se
ligar juno. Assim, a ruvA fundamental apenas no reconhecimento da juno, para
posterior ligao de ruvB que se torna essencial migrao do brao, na presena de ATP, j
que esta uma ATPase. A interaco com o DNA inicia-se pela ligao do tetramero ruvA com
simetria planar quadrada ao centro da juno de Holliday, que reconhece especificamente,
induzindo a prpria juno a adquirir uma conformao semelhante. Esta vai, assim, promover
a ligao de ruvB em 2 locais diametricamente opostos juno.

12. Porque que a juno de Holliday migra durante a recombinao? Para que serve esta
migrao?
A juno de Holliday migra graas presena do complexo ruvAB-juno pois as protenas
ruvA e B funcionam como uma helicase que vai abrindo a dupla cadeia ao longo do brao,
possibilitando a migrao da juno. Esta migrao possibilita, assim, a troca de cadeias de
DNA por sucessivos cortes, possibilitando, ento, a recombinao.

13. O que um resolvasoma? E para que serve?

No processo de migrao do brao da juno de Holliday, intervm as protenas ruvA e ruvB.
Contudo, tem de intervir outra, a ruvC, para possibilitar a resoluo da juno. A ruvC apenas
se liga juno e a cliva, segundo duas vias possveis de resoluo, por interagir com a ruvB,
no sendo capaz de interagir com a ruvA. Assim, e como a ruvB tambm interage com a ruvA ,
a ruvB funciona com intermedirio, interagindo com a ruv A e C , sugerindo que as 3 protenas
formam um complexo, que se liga juno e o resolve o complexo ruvABC-juno o
resolvasoma, onde ruvC a resolvase.

14. O que um Hot spot de recombinao?

15. Qual a importncia evolutiva da recombinao homloga? Qual a sua funo principal?

TRANSCRIO

A) POLIMERASES EUCARIOTAS
1. Que tipo de polimerases que existem em eucariotas?
Existem 3 tipos de polimerases, I, II e III.
2. Quais os genes transcritos por cada tipo de polimerase?
A polimerase I transcreve os precursores dos rRNAs 5,8S , 18S e 28S.
A polimerase II transcreve hnRNAs (RNA nuclear heterognico) e so precursores do
mRNA.
A polimerase III transcreve precursores do rRNA 5S, tRNAs e outros RNAs pequenos.
3. Quais os elementos principais dos promotores das Classes I, II e III?
Promotores da classe I: um tipo de gene do rRNA mas mltiplas cpias. Tm 2 caixas
muito importantes: o core element que se localiza entre 45 e + 20.
o upstream control eluent CUCE, que se localiza entre 156 e + 107.
Promotores da classe II: alguns tm TATA box outros no tm. Tm vrios elementos
reguladores da TATA box (upstream elements). Tm tambm downstream elements
que so sequencias para a mxima eficincia de iniciao.
Promotores de classe III: possuem genes que codificam RNAs curtos.
4. Nos promotores da classe II, qual a funo da Caixa TATA? Que protena reconhece a
caixa TATA?
A caixa TATA pode ser essencial para o funcionamento; pode servir apenas para
posicionar correctamente a pol no local de iniciao da transcrio. A TATA box
reconhecida pela TBP (TATA binding protein).
5. Como que se forma um complexo de pr-iniciao nos promotores da classe II sem
caixa TATA?
O pr-complexo de iniciao dos promotores da classe II contm pol II e um conjunto
de 6 factores gerais de iniciao: TFIIA,B,D,E,F e H. Os promotores sem TATA tem um
elemento iniciador. A TBP no se liga sozinha. O complexo TFIID (que nos promotores
com TATA se liga TATA box com ajuda do TFIIA) completo pode ligar-se atravs de
interaces entre TAF250 e TAF150 (elementos constituintes do TFIID para alem de TBP).
Contudo, o complexo TAFII250 e TAFII150 suficiente para trazer a TBP para o elemento
de iniciao. Ordens de ligao: TFIID, TFIIB (liga-se a seguir formando um complexo
DAB), TFIIF (ajuda a polimerase a ligar-se ao complexo DAB); TFIIE e H.
6. Qual a funo das caixas GC nos promotores da classe-II? Que protena reconhece as
caixas GC?
Os elementos GC estaona luz da caixa TATA, servindo para a TBP se ligar ao promotor.
A protena que reconhece a caixa GC a SP1

7. Para alm das caixas GC, que outras caixas conhece nos promotores da classe-II?
As caixas Gal 4- NTF 1, halo- TFIID.
8. Qual a funo dos iniciadores dos promotores da classe II?

9. Como so constitudos os promotores da Classe I?, onde se localizam os elementos

regulatrios?
Os promotores da classe I so constituido pelo core element e pelo upstream
control element. Os elementos regulatorios situam-se no UCE.
10. Como so constitudos os promotores da Classe III?
Os promotores da classe III so constitudos por genes que codificam para RNAs
curtos.
11. O que um enhancer? Onde se localizam? Como funcionam?
Os enhancer so elementos que existem principalmente nos genes da pol III e que
estimulam a transcrio. Em geral localizam-se a montante da caixa TATA, contudo,
em alguns casos, so intragnicos. Estimulam a transcrio atravs de protenas. Estas
protenas estimulam a transcrio interagindo no promotor com outras protenas que
se ligam ao DNA.
12. O que um silenciador? Onde se localizam e como funcionam?
O silenciador um elemento que inibe a trancrio. Reprimem a transcrio
condensando a cromatina, tornando-a inacessvel s polimerases. A sua dependncia
de trans-acting factors (protenas) confere-lhe especificidades tecidulares.

B) Factores gerais da transcrio

1. Quais os componentes do complexo de pr-iniciao da transcrio?
So a polimerase II e um conjunto de cofactores gerais de iniciao: TF IIA,B,D,E,F e H.
2. Como se forma um complexo de pr-iniciao?
A TFIID liga-se TATA box aparentemente com a ajuda do TFIIA formando o complexo
DA. A seguir liga-se a TFIIB formando um complexo DAB. O TFIIF ajuda a polimerase a
ligar-se ao complexo DAB. Finalmente ligam-se os factores TFIIE e TFIIH formando o
complexo DABpolFEH de pr-iniciao. A participao do TFIIA parece ser opcional,
pelo menos in vitro.
3. O que o complexo DAB? Qual a sua funo?
o complexo formado pela TFIID ligado TATA box, mais o TFIIB. Tem como funo
servir de receptor para a polimerase.

4. Como constitudo o complexo DABPolFEH?

constituido pelo TFIID ligado TATA box, mais o TFIIB, a polimerase e o TFIIF,E e H.
5. O que so factores TAFIIS? Quantos factores constituem o complexo TFIID?
O factor de transcrio TFIID um dos responsveis pela ligao da polimerase ao
promotor, promovendo a transcrio. o primeiro factor a completar-se com a zona
do promotor, sendo responsvel pelo reconhecimento da TATA box. ,por isso,
constitudo por TATA binding protein (TBP) e 8 a 10 factores associados a TBP-TAFIIS.
Estes TAF11S so evolutivamente conservados nos eucariotas, e tem varias funes,
sendo as + obvias a interaco com outros elementos da core promotor e com
factores de transcrio especficos de determinados genes.
- Auxiliam ligao da TBP TATA box.
6. Qual a Funo da TAFII250 e TAFII110?
Ambos so exemplos TAFIIS do factos TFIID. TAFII110, juntamente com TAFII250
responsvel por promover a interaco entre TFIID e Sp1 que se liga s caixas GC.
(quando no existem caixas TATA no promotor, e TBP no se consegue ligar) TAF II250
tem 2 actividades enzimticas: uma acetiltransferase de histonas e uma cinase.
7. Qual o significado funcional da actividade da acetil-transferase de histonas e de
cinases TAFII250?
Enquanto acetil transferase, responsvel pela transferncia de grupos acetilo para as
lisinas nas histonas, o que permite uma descondensao da cromatina, permitindo o
fcil acesso da pol ao DNA para a transcrio. Enquanto cinase, transfere grupos
fosfatos, o que permite a fosforilao de TFIID.
8. Como que a TBP se liga caixa TATA?
No caso de haver um promotor com TATA, TBP pode ligar-se sozinha TATA, ou ento
liga-se em conjunto com todos os TAFIIS ou com um subconjunto dos TAFIIS (TAFII250 e
TAFII150). Interage com o seu terminal C na minor groove do DNA, introduzindo
uma curvatura pela abertura da dupla hlice.
9. Nos promotores sem TATA, como que se liga o complexo TFIID ao promotor?
Nos promotores sem TATA, mas com elementos iniciadores, a TBP do TFIID no se liga
sozinha segundo o complexo TFIID completo, atravs das interaces entre TAFII250 e
TAFII150, sendo a ligao destas 2 ultimas suficiente para trazer TBP para o elemento
de iniciao.
Nos promotores sem TATA mas com elementos GC, TBP no se liga sozinha mas o
complexo TAFIID pode ligar-se atravs de TAFII110, que se liga a Sp1 que reconhece GC.
O sub-complexo TAFII250, TAFII110 e TAFII150 suficiente para ancorar TBP a Sp1 que liga
s caixas GC.
10. Qual a funo das caixas GC na ligao do complexo TFIID ao promotor?
Na ausncia da caixa TATA, serve como activador, ao permitir que os factores
transcrio, atravs de Sp1, se liguem zona do promotor, para a montagem do

complexo de pr iniciao. Permite recrutar TBP com ajuda de todo o complexo TF IID
montado ou apenas do subconjunto TAFII250,150 e 110.
11. Qual a funo de TFIIA e TFIIB na formao do complexo de pr-iniciao? Como so
constitudos estes complexos?
TFIIA constitudo por 3 subunidades de 30, 20 e 13 KDA, sendo as 2 subunidades
maiores codificadas para um nico gene. Tem como funo ligar-se TBP e estabilizar
o complexo TFIID-promotor. TFIIB tem uma nica subunidade de 35 KDA e 2 dominios
estruturais, um liga TFIID e outro necessrio para promover a montagem do resto do
complexo de pr-iniciao - serve de ponte de ligao entre TFIIF e a polimerase.
12. Qual a funo de TFIIF e como constituda?
constituda por 2 subunidades RAP30 e RAP70. A funo de RAP30 ligar TFIIF
polimerase. TFIIF responsvel por reduzir interaces no especificas entre pol II e o
DNA; liga-se pol e dirige-a para os promotores quem tem 1 complexo DAB j
montado.
13. Qual a funo de TFIIE e como constituido?
constituido por 2 subunidades de 56 e 34 KDa, sendo que ade 56 KDa tem um zincfinger, sendo este o domnio capaz de ligar DNA. essencial para o inicio da
transcrio.
14. Qual a funo de TFIIH?
o ultimo dos factores a juntar-se ao complexo, tendo como principal funo fosforilar
a pol II. A pol II apresenta 2 estados fisiolgicos: o desfosforilado (no complexo de priniciao) e o fosforilado (no complexo de alongamento). No seu estado
desfosforilado, a pol tem maior afinidade pela TBP do que no estado fosforilado.
Assim, quando fosforilado pela TFIIH, perde afinidade, e liberta-se do promotor,
iniciando o alongamento. tambm uma helicase, responsvel por remover a RNA pol
do promotor, e uma ATPase, j que o processo exige o dispndio de ATP.
15. Qual o significado funcional da fosforilao do terminal carboxilico da RNA pol
(CTD)?
A fosforilao do CTD da pol funciona como sinalizao celular que indica pol que a
transcrio deve prosseguir. Isto porque uma vez fosforilada, a pol perde afinidade
para com o promotor, iniciando ento a fase de alongamento.
16. Qual a funo dos factores de alongamento da transcrio?
Factores como TFIID, em clulas HeLa, estimulam o alongamento da transcrio in
vitro, ajudando a abrir o DNA ou a regular a cromatina para que o DNA esteja + livre.
17. Quais os factores gerais da transcrio dos genes da classe I?
Existem apenas 2 factores de transcrio, factor SL1 e o UBF (upstream binding factor).
18. Qual a funo e como constitudo o complexo SL1?

 constitudo por TBF e 3 TAFs, de diferentes tamanhos e diferentes TAF II da TFIID.

especifica para cada espcie de organismos e interage com a pol, promovendo a sua
ligao VCE, perturbando, tambm, a estrutura do DNA no care do promotor.
19. Qual a funo do complexo UBF? Como funciona?
responsvel por estimular a transcrio atravs do UCE, ligando-se a esta zona.
Funciona como factor acessrio, ajudando o factor SL1 a ligar-se ao care do
promotor.
20. Como funcionam os factores TFIIIA,B e C?
So factores necessrios formao do complexo de pr-iniciao. FTIIIC e A ligam-se ao
promotor interno, sendo que TFIIIC funciona como a TBP. De seguida, associa-se a
TFIIIB, regio a montante do local de iniciao da transcrio, ajudando a pol III a
ligar-se ao local de inicio da transcrio. A ordem de ligao dos factores ao promotor
muito importante o factor TFIIIB s se liga ao promotor caso IIIA e C j estejam.
21. Qual a funo do TBP na formao do complexo de pr-iniciao da classe III?
Na classe III, os promotores clssicos utilizam a TBP, mas no tem caixas TATA. TF IIIC
desempenham uma funo organizadora do complexo de pr-iniciao semelhante
TBP na classe II. No o 1 factor a ligar-se aos promotores da classe III, mas aps a
sua ligao, ajuda a ligar a pol III e a formar o complexo de pr-iniciao.

C Activadores da transcrio

1. Qual a funo dos activadores da transcrio?

Os factores gerais da transcrio dirigem a polimerase para o local de iniciao e
asseguram a montagem de um complexo de pr-iniciao. Garantem, por isso, um
nvel basal de transcrio. Os activadores surgem para assegurar e regular nveis
elevados de expresso gentica, sendo que estes activadores so factores especficos
de cada gene, permitindo tambm clula o controlo da expresso dos seus prprios
genes. Actuam estimulando ou reprimindo a aco da polI.
2. Quais os domnios estruturais dos activadores da transcrio?
Os activadores, na sua maioria, estimulam ou reprimem a transcrio da pol, sendo a
sua estrutura constituda por 2 domnios: o domnio de ligao ao DNA e o domnio da
activao da transcrio. Poder ter, tambm, um domnio de dimerizao e alguns
tambm ligam molculas efectoras, como hormonas esterides.
3. Quais os sub-tipos de domnios de ligao ao DNA dos activadores?
Os sub-tipos de domnios de ligao ao DNA so os motivos Zn, que incluem os zincfingers de TFIIIA e Sp1, os mdulos de Zn dos receptores nucleares e os de GAL4, so
tambm os homeodominios os motivos bzip e bHLH e os tambores .

4. O que um zinc-finger?
um domnio de ligao ao DNA que tem uma estrutura semelhante a um finger e
que formado por uma folha anti-paralela seguida de uma hlice . A folha
contm 2 cisteinas e a hlice 2 histideinas que esto coordenadas por um io Zn no
centro. A coordenao dos a.a. ao metal permite a formao sa estrutura zinc-finger,
cuja especificidade garantida pela sequncia de a.a. e no pela estrutura em si.
5. Como que os zin-fingers interagem com o DNA?
Os zinc-fingers arranjam-se, numa sequncia de 3, em curva, a qual coincide com a
curva maior major groove do DNA. Todos os fingers se ligam ao DNA segundo o
mesmo ngulo para que a geometria do contacto DNA-protena seja semelhante.
6. O que um domnio de dimerizao de um activador da transcrio?
Domnio de interaco dos activadores entre si, para que se liguem entre si, podendo
formar homodimeros/heterodimeros ou at mesmo multmeros.
7. Qual a estrutura de um Homeodomneo? Como que interage com o DNA?
Os homeodomnios tm60 a.a. e tm uma estrutura do tipo helix-term-helix. Cda
domnio dos HDs tm 3 hlices , onde a segunda ou terceira dessas hlices forma um
motivo helix-term-helix. A maioria dos HDs apresenta um outro domnio de ligao,
um terminal-N que forma um brao que se insere no minor groove do DNA. As 3
hlices interagem na major groove.

8. Qual a estrutura de um tambor beta? Com o que interage com o DNA?

Um tambor formado por folhas anti-paralelas. Liga-se no major groove, o que
leva curvao do DNA.
9. Qual a estrutura de um bZip ou bHLH? Como que interage com o DNA?
Estes motivos de bZip ou bHLH so simultaneamente domnio de ligao ao DNA
(bsico) e domnio de dimerizao da protena. O motivo bZip refere-se existncia de
2 monmeros, onde cada um contm metade do zipper: uma hlice- com leucinas
espaada entre si de 7 a.a. para que todos possam estar de um mesmo lado da hlice.
O espao entre os a.a. permite a interaco similar com os a.a. do outro monmero: as
2 hlices funcionam como 2 metades de um zipper (fecho). O domnio de dimerizao
assume uma estrutura paralela coiled coil, sendo que os motivos bsicos
posicionam-se no major groove do DNA. O domnio bHLH apresenta uma estrutura do
tipo helix-loop-helix que integra o motivo de dimerizao, mas a hlice longa hlic 1
contm a regio bsica, a qual agarra o DNA na major groove.
10. O que um leucine-zipper?
Dmeros bsicos com repeties de leucina de 7 em 7 a.a., o que faz com que as
leucinas fiquem viradas para o mesmo stio e do outro lado tambm para a mesma
direco. Isto faz com que elas encaixem em fecho clair, chamado leucine zipper. A

dimerizao faz-se pelo leucine zipper (Bzin) formado como que uma pina e a
extremidade da pina que liga ao DNA pelo major groove.
11. O que o domnio de activao dos activadores da transcrio? Como funciona?
O domnio de ligao ao DNA dos activadores desenvolve interaces DNA-protena,
ou seja, est envolvido no reconhecimento do DNA e na sua estabilizao, mas no
activa a transcrio. O domnio de activao estabelece interaces do tipo protenaprotena, com a RNA pol, permitindo, deste modo, a activao da transcrio.
12. Indique as caractersticas gerais dos domnios acdicos, ricos em glutamina e ricos em
prolina?
O domnio acdico tem um domnio estrutural com 49 a.a., das quais 11 so acdicas.
Exemplo tpico do GAL4. O domnio rico em glutamina tem 2 domnio com 25 % de
glutamina. Um desses domnios tem 39 glutaminas numa sequncia de 143 a.a.
Exemplo tpico o Sp1. O domnio rico em protena um peptdeo de 84 a.a., onde 19
so prolinas, sendo o CTF o exemplo clssico.
13. Os domnios de ligao ao DNA e de activao so separados fisicamente? Explique o
significado funcional deste arranjo estrutural?
Estes 2 domnios esto fisicamente separados e so independentes. Enrolam-se
independentemente um do outro e formam estruturas 3D distintas. Esto ligadas
entre si por uma ponte de ligao. Isto indica que os factores gerais garantem um nvel
basal da transcrio, mas numa condio de stress, por exemplo, isto exige o aumento
da eficincia da transcrio como forma de resposta ao stress. aqui que entram os
activadores, que assim, garantem um sinal muito forte.
14. O que o recrutamento da RNA polimerase? Como ocorre? Qual a funo do factor
geral TFIIB, dos activadores e enhancers no recrutamento?
O recrutamento consiste no processo de activao, onde os activadores recrutam a pol
e do incio transcrio. Nos procariotas, funciona estimulando a formao do
complexo fechado e estimulando a isomerizao do fechado em complexo do
promotor aberto. Nos eucariotas, funciona no estimulo da ligao dos factores da
transcrio, para depois estimularem a ligao da pol, potenciando a montagem do
complexo de pr-iniciao. O factor TFIIB fundamental, conjuntamente com os
activadores, no recrutamento, pois a RNA pol apenas se liga depois de TFIIB j estar
ligado, montando-se o restante complexo. Os activadores so tambm importantes
pois TFIIB apenas se liga na presena dos mesmos (interage com os seus domnios de
activao da transcrio). Os enhancers so os locais de ligao dos activadores, que
auxiliam a estimulao da transcrio.
15. Como que um activador localizado a grande distncia do ponto de iniciao da
transcrio e da TATA-box activa a transcrio?
Os activadores, geralmente, esto localizados a grande distncia do local de incio da
trancrio. A activao ocorre ento por diversas maneiras pela alterao da topologia
do DNA, onde o activador se liga ao enhancer e altera a topologia do DNA causando
supercoiling que abre o promotor aos factores de transcrio; pela ligao do
activador ao enhancer e deslize ao longo do DNA, at encontrar o promotor; ou pela

ligao do activador ao enhancer e dobra do DNA , promovendo a interaco entre os

vrios factores de transcrio.
16. Qual o significado funcional da existncia de enhancers mltiplos nos promotores da
classe-II?
A existncia de enhancers mltiplos garante uma elevada flexibilidade no controlo de
expresso gentica, permitindo a activao gentica em resposta a um nmero
variado de estmulos externos. o exemplo do gene da metalotiamina humana, que
activado para diferentes agentes pesados, pela ligao de cada activador aos
respectivos locais de activao mltiplos. Permite clula um controlo requintado dos
seus genes em diferentes etapas do desenvolvimento ou em diferentes condies
celulares.
17. O que um enhanceosoma?
A activao do gene IFN humano requer a montagem de vrios activadores e a
cooperatividade entre eles, levando formao de um complexo de arquitectura
definida o enhanceosoma. Apenas aps a montagem deste complexo na
conformao devida que a activao do gene ocorre, o que requer a presena de
todos os activadores de uma s vez.
18. Qual a funo das protenas HMG?
As protenas HMG do enhanceosoma no se ligam directamente ao DNA, mas
modulam as ligaes ricas no DNA em A-T para que a dupla hlice possa interagir com
outros activadores, o ATF-2 e o NF-KB . Tem, portanto, uma funo de remodelar o
enhancer de DNA para que outros activadores se liguem, permitindo a formao do
enhanceosoma.
19. O que um mediador da transcrio? Como funciona?
Os mediadores da transcrio medeiam a interaco entre os activadores e o
complexo basal de transcrio. So, geralmente, activados por fosforilao. Por
exemplo, na activao da CREB. No seu estado desfosforilado, este liga-se ao enhancer
CRE mas o complexo basal no se liga em quantidade suficiente pelo que no h
transcrio. Quando CREB fosforilado pela PKA, CREB associa-se a CBP que, por sua
vez, se associa a pelo menos um componente do complexo basal, recrutando-o para o
promotor. A transcrio assim activada.
20. Como que uma cascata de sinalizao activa a transcrio?
As cascatas de sinalizao celular desempenham um importante papel no controlo e
activao da transcrio. Isto acontece pois as clulas em geral, esto rodeadas por
uma membrana semipermevel que confere proteco clula. Torna-se, por isso,
necessria a existncia de mecanismos que funcionem como sensores das condies
externas que permitam s clulas responder devidamente. Como na maioria dos casos
a resposta celular ao ambiente envolve alterao expresso dos genes, as vias de
sinalizao geralmente activam os factores de transcrio que activam os genes.

CROMATINA E TRANSCRIO
1. Quais so os diferentes tipos de histonas? Identifique as histonas de cada tipo.
Existem 3 tipos de histonas, 2 core histones e 1 histona do tipo H1.
As que fazem a montagem do DNA em partculas. Neste grupo esto as histonas H3 e
H4.
As mais perifricas. Neste grupo esto a H2A e H2B.
Histonas do tipo H1. Deste grupo fazem parte a H1 e H5.
2. Quais a modificaes das histonas? Para que servem?
As modificaes das histonas so a acetilao, metilao, o-fosforilao de serinas e
treoninas e N-fosforilao de lisina e histadina. As modificaes das histonas servem
para tornar o DNA acessvel para a transcrio.
3. O que a cauda das histonas? Qual a sua funo?
A cauda das histonas uma sequncia N-terminal flexvel de 11 a 37 a.a. que
apresentam a.a. lisina e arginina. Estas caudas saem do nucleosoma e tm como
funo manter o DNA muito compactado e agarrado ao nucleosoma.
4. O que o nucleosoma? Como formado?
O nucleosoma a unidade fundamental da cromatina. formado por uma unidade de
DNA, dividida em 2 espirais, que se enrolam em torno de um disco proteico,
constitudo por 4 pares de protenas, as histonas H2A, H2B, H3 e H4.
5. O que um filamento de nucleosomas? Qual a funo das protenas H1?
Filamentos de nucleosomas um conjunto de nucleosomas ligadas entre si por uma
histona H1. A histona H1 fora o enrolamento.
6. O que uma fibra de cromatina de 30nm? E de 50nm?
Uma fibra de cromatina de 30 nm so um conjunto de vrios nucleosomas
constituindo o 2 nvel de compactao. Uma fibra de cromatina de 50 nm so fibras
de 30 nm que se enrolam formando as de 50 nm
7. Qual a diferena entre acetilao citoplasmtica e nuclear de histonas?
A acetilao citoplasmtica feita pela HAT do tipo B. Prepara as histonas para a
incorporao em nucleosomas, sendo os grupos acetil posteriormente removidos no
ncleo.
8. Qual a funo das acetilazes de histonas?
Fazer a acetilao, ou seja, transferir grupos acetil da acetil-coA para as histonas
core.

9. Qual a relevncia funcional da acetilao e desacetilao das histonas?

A acetilao ocorre nos resduos de Arg e Lys (a.a. com carga positiva), o que activa a
transcrio, para que estes acetilados passem a ter carga negativa, deixando de ter
interaces muito fortes com o DNA que tem tambm carga negativa. Assim o DNA
fica mais exposta, mais fluido. A desacetilao inibe a transcrio. Ento a relevncia
funcional da acetilao e desacetilao das histonas e a regulao da transcrio.
10. Como que a desacetilao das histonas reprime a transcrio? Como funciona o
mecanismo de silenciamento da transcrio?
A desacetilao das histonas reprime a transcrio por estabilizao dos nucleosomas.
O heterodimero do receptor do cido retinico e receptor do cido retinico x ligamse a um enhancer. Na ausncia do cido retinico, o receptor (dmero RAR-RXR) liga-se
ao co-repressor (NCOR/SDRT). Esta desacetilase remove grupos acetil das lisinas das
histonas core de nucleosomas adjacentes. Ao processo de represso (inibio) chamase silenciamento da transcrio.
11. Descreva um mecanismo hipottico de represso da transcrio por cromatina
repressiva?
O receptor nuclear liga-se ao enhancer TRE na ausncia da hormona da tiride (TH). O
receptor nuclear interage com os co-repressores SINB e NCOR, que interagem com a
desacetilase de histonas MRPD3. Esta desacetilase remove grupos acetil das caudas
das histonas de nucleosomas adjacentes. A desacetilao torna a ligao entre
histonas e DNA mais compacta, reprimindo a transcrio.
12. Como se caracteriza a cromatina activa?
A cromatina activa caracterizada por um elevado nvel de acetilao de histonas e
transcrio.
13. O que a remodelao da cromatina?
A acetilao das histonas geralmente necessria para a desrepresso dos genes.
Contudo, por si s, no suficiente porque apenas so desacetiladas as caudas das
histonas core, que ficam localizadas na parte externa nos nucleosomas. A estrutura
dos nucleosomas alterada (remodelada) por 4 classes de protenas que permitem o
acesso dos factores de transcrio aos promotores. A remodelao da cromatina
dependente de ATP.
14. Quais os factores envolvidos na remodelo da cromatina?
Factores envolvidos: Famlia dos factores swi/ snf (switch-sniff); ISWI (imitation
switch); Famlia dos factores NURD; Famlia INO8O
15. O que o cdigo das histonas?
O cdigo das histonas so padres especficos de processamento de protena pstraducional das histonas, isto , acetilao, metilao, fosforilao e ubiquitinao das
histonas em resduos de a.a. especficos, que esto implicados na montagem,
manuteno e modificao de diferentes estados estruturais da cromatina, como a
eucromatina e heterocromatina.

16. Quais as diferenas principais entre eucromatina e heterocromatina?

A eucromatina relativamente aberta e potencialmente activa. A heterocromatina
altamente condensada e inacessvel ao DNA. Esta pode silenciar a expresso gentica
at 3kb de distncia.
17. Qual a funo da metilao das histonas?
A metilao das histonas serve para reprimir ou activar a transcrio.
18. Como que a remodelao das histonas facilita ou bloqueia a transcrio?

Splicing
1- 1. Como constitudo o sinal de splicing?
O sinal de splicing so sequncias consenso que onde se ligam as enzimas
efectoras.
Estas so os limites do intro e o ponto de ramificao.
2. O que o ponto de ramificao?
2-Um ponto de ramificao um dos sinais de splicing. Esta uma estrutura
consenso onde se liga o RBP (que reconhece o intro), e SNURPS.
TRADUO:
3. Nas junes Exo intro, quais os sinais importantes? Para que servem?
3-So os consensos, estas esto na extremidades 3' e 5' do intro e no ponto de
ramificao so importantes, porque onde se ligam os SNURPS do
repliossoma.
4. O que o contexto do sinal de splicing? Para que serve?
4- uma sequncia bem definida de nucleotidos, depende de espcie para
espcie. So importantes porque onde se ligam os SNURPS do spliciossoma
e RBP.
*3-spliciossoma e RBP
5. O que o spliceosoma? Como constitudo?
5-O spliciossoma composto por SNURPS, esses so o U1, U2, 4,5,6. Estes so
constitudos por uma parte de RNA e outra de protena.
6. O que so e quais so os Snurps do spliceosoma?
SNURPS so pequenas protenas com sequncias de RNA que reconhecem as
sequencias consenso dos intres ( U1,2,4,5,6). Estes promovem a remoo
do intro.

7. Qual a funo do U1 no splicing?

U1 tem uma sequncia complementar das sequncias consenso dos locais de
splicing 5' a 3' mas a U1 no suficiente para o splicing

8-Qual a funo do U2 no splicing?

U2: interage com uma sequncia conservada do intro localizada no ponto de
ramificao A. U2 emparelha com U6 formando a hlice 1. O terminal 5' e a 3' com
U6 forma a hlice 2

9. Qual a funo do U4, U5 e U6 no splicing

U4 emparelha com o U6. Aparentemente, a sua funo ligar-se e estabilizar o U6
at este ser usado no splicing. U5 emparelha com o ltimo nucletido de um exo
e o primeiro do seguinte. A sua funo alinhar os dois exes para o splicing O U6
hibrida com o terminal 5' do intro, esta associao ocorre antes da formao do
Lariat intermedirio. A associao entre U6 e o intro essencial para O U6
hibrida com o terminal 5' do intro, esta associao ocorre antes da formao do

Lariat intermedirio. A associao entre U6 e o intro essencial para o splicing

ocorrer. O U6 tambm hibrida com o U2 durante o splicing

10. O que o ciclo do spliceosoma? Como funciona?

O ciclo do spliciosoma refere-se montagem, funcionamento do complexo.
A U1 a 1 a ligar-se ao intro na posio 5', logo a seguir liga-se a U2 no
ponto de ramificao esta necessita de ATP, seguido dos outros trs
elementos ( U4/U6 e o U5) . A U2 provoca o dobramento do intro ficando o
terminal 5' e o terminal 3' lado a lado. Quando o complexo U4/u6 se separa o
U6 passa a interagir com o
U2. H ligao do terminal 5' a uma adenina do ponto da ramificao ficando
um exo livre. Esse exo com tem o terminal 3' livre vai atacar o outro exo
com a ajuda da U5 e consequentemente liga os dois exes e h separao do
intro.

11. O que o processo de deciso (commitment) no splicing?

O commitment "a deciso" de fazer o splicing. Essa deciso feita pela RBP
que se liga ao ponto de ramificao. Esse RBP que promove a ligao da
U1 extremidade 5' e consequentemente h ligao da U2.
12. O que so splicing factors? Para que servem?
Splicing Factor: So protenas que se ligam ao intro que tm o papel de
remover o mesmo. A formao do complexo do splicing factor chamado
spliciosoma.
13. Qual a funo principal do splicing alternativo?
Splicing Alternativo: permite que vrias protenas diferentes sejam codificadas
a partir de uma mesma cadeia de RNA, dependendo como se remove o intro
ou a sequncia que removida, vai codificar uma sequncia diferente.
14. Explique qual o efeito duma mutao no meio de um intro em termos de
expresso gentica.
Caso essa mutao esteja no local onde se ligam os SNURPS ou a RNA
binding protein, o splicing pode ser feito de modo diferente ou pode no ser
feito. Isto leva a que haja um mRNA diferente e consequentemente uma
protena diferente.
15. Quais os tipos de splicing autocataltico? Quais as diferenas entre eles?
Tipos de auto-splicing: Tipo 1 e tipo 2 - a diferena reside no mecanismo de
splicing
16. Descreva o mecanismo do splicing autocataltico do tipo-I?
O grupo 1: o intro pode ser removido caso a T e a concentrao de Mg2+
sejam elevadas. Uma guanina liga-se extremidade 5' do intro e deixa a
extremidade 3' do primeiro exo livre. Este vai atacar a extremidade 5' do
outro exo fazendo com que haja remoo do intro.
17. Descreva o mecanismo de splicing autocataltico do Tipo-II?
Grupo 2: h formao do lariat de forma semelhante do spliciossoma.
Contudo, em vez de serem utilizados os factores do spliciossoma so
usadas partes do RNA do intro.

Este mecanismo utilizado por mitocndrias.

18. Como feito o splicing dos intres dos pr-tRNAs?
O intro dos tRNAs localizam-se sempre a um nucleotido do lado 3' do anticodo. Primeiro passo, o intro clivado por uma endonuclease ligada
menbrana. Segundo passo, as duas metades do tRNA so ligados por uma
ligase.

Traduo
1. Como se processa a iniciao da traduo nos eucariotas?
Primeiro ligam se os elementos eIF (3,1,2), sendo que o eIF3 liga s por si so a
30S sendo que a eIF1 e eIF2 estbilizam esta ligao, sendo que a Eif2 liga se
sozinha mas estabiliza com ajuda da 1 e da 3. A seguir liga se a metionina a
subunidade pekena com o respectivo trna de seguida a subunidade gande liga
se.
2. Quais e como se caracterizam as etapas da traduo?
Iniciao- mltiplos eif reconhecem e ligam se aos 5 cap. Elas interagem com
a cauda poly A.Formama uma estrutura fechada: traduo competente. 40 S
mais iniciador mais um eif (complexo ternario) reconhecem e ligam se apenas
ao ciclo fechado. Complexo ternrio varre a jusante (3) de AUG. 60 S junta se
para formar ribossoma 80 S. eEF trazm trna ao ribossoma e ajuda
translocao.
-Alongamento- complexo eEF1 traz amino acyl trna para o local A do
ribossoma. O codao correcto: anti codo colocado induz hidroloze de GTP, os
aa trna ficam fechados la. Peptydil transferase ocorre na grande subunidade:
rRNA catalizada. A eEF2 promove translocao atravs da hidrolize de GTP.
Ribossoma move precisamente um codao a jusante. Ciclo de alongamento
recomea.
Terminao- o codao de terminao entra no sitio A. No contem tRNA.
Complexo eRF3/eRF1 entra no sitio A. Estimula a hidrolise da ligao peptidica
de peptidyl de tRNA. No existe tRNA para akela sequencia. Peptido libertado.

3. Faa um esquema de um ribossoma eucariotico a traduzir um mRNA.

Desenha foda se
4. Quais so os principais components de um ribossoma eucariotico?
Constituida por RNA e uma pekena poro de protena. Subunidade pekena
40 S (rRNA tipo,18 S ) e subunidade grande 60 S(5S,5,8S,28S)
5. O que so polissomas?
um mRNA a ser traduzido por vrios ribossomas ao mesmo tempo.
6. Como a estructura secundria de um tRNA eucaritico?
constituido por uma cabea aminoacil, uma loop extra, uma cabea anticodo e loop
(ASL), a cabea D e o loop (DSL) e a cabea T e loop (TSL).
7. Como se processa a aminoacilao dos tRNAs?
O aminocido activado por ATP, formando um aminocido ligado a AMP (adenina
fosfato) e PPi, depois este transferido para o tRNA, formando 2 ou 3 aminoacil
tRNA, libertando AMP.
8. O que cdigo gentico? Como est organisado?
O cdigo gentico uma sequncia de cidos nucleicos que contem toda a informao
da vida. lido numa sequncia de 3 bases chamada tripleto no DNA, codo no mRNA
e anticodo no tRNA. Cada tripleto codifica para um aminocido. Cada tripleto
codifica apenas um aminocido, no entanto, cada aminocido ter at 6 tripletos
diferentes, devido redu redundncia do cdigo. Temos ainda os codes SAR
9. O que so factore de iniciao da traduo?
Sao protenas que se ligam a subunidade pekena do ribossoma que vo ajudar a
ligao da subunidade pekena ao mRNA.
10. O que uma sequncia Kozak e para que serve?
Sequencia onde se encontra o AUG favorvel a iniciao.
11. O que um complexo ternrio? Qual a sua funo?
Subunidade pekena mais Trna iniciadora mais um eIF. Serve pa procurar as seqeuncias
Kozak.
12. Qual o papel de eEF1alfa na traduo?
Serve para acoplar o Trna referente ao codao a ser traduzido no local A.
13. Para que serve eRF?
Liga se no local A kuando encontrado o codao de terminao finalizando a
traduo.
14. Explique o modelo de traduo em loop.

O eIF4E liga-se cap do terminal 5' do mRNA, o PabIP liga-se

extremidade 3' do RNA, o eIF4E e o PabIP so ligados pela eIF4G , assim
o mRNA forma um loop. O eRF3/eRF1 ligam-se PabIP.
As extremidades 5' e 3' do mRNA esto ligadas por interaces entre factores
de protenas para formar uma mRNP translational competente