Análisis in Silico de Un Linaje de Ursus Arctos

Revista Peruana de biologa
FACULTAD
DE
CIENCIAS BIOLGICAS UNMSM
TRABAJOS ORIGINALES
ANLISIS IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE
OSO PARDO A TRAVS DEL NORTE DE EURASIA
IN SILICO ANALYSIS OF THE SUDDEN EXPANSION OF

MITOCHONDRIAL LINEAGE ACROSS NORTHERN EURASIA AGE
BROWN
BEAR
Arturo Lian1
Facultad de Ciencias Biolgicas, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Ciudad

Universitaria, Calle Germn Amzaga N375, Lima 11, Per.
Email Arturo Lian: arturo21lt@gmail.com
Resumen
En este trabajo se realizar un anlisis filogentico, demogrfico y
se estiman los tiempos de divergencia para los osos pardos de
Eurasia continental del norte, para los tiempos de divergencia se
emplea un enfoque de calibracin mltiple con muestras con fechas
estimadas por radiocarbono (calibracin interna) y con fechas
estimadas de fsiles de osos de las cavernas (calibracin externa).
Se llega a determinar que el modelo demogrfico de los osos pardos
sigue un patrn generalizado para mamferos de Eurasia.
Palabras claves: calibracin mltiple, tiempos
Eurasia, modelo demogrfico, reloj molecular
de
divergencia,
Abstract
In this work a phylogenetic, population analysis and divergence
times performed for the brown bears of continental Eurasia north,
to estimated divergence times a approach multiple calibration was
used with samples estimated radiocarbon dates (internal calibration
and
estimated
dates
of
fossils
of
cave
bears
(external
calibration). It was determined that the demographic model of brown
bears follows a general pattern for mammals of Eurasia.
Keywords:
multiple
calibration,
demographic model, molecular clock
times,
Eurasia,
Informacin sobre el autor:
Citacin:
Lian A. 2015. Anlisis in silico de
expansin sbita de un solo linaje
ADNmt de oso pardo a travs del norte
Eurasia despus de la ltima era
hielo. Revista peruana de biologa.
divergence
la
de
de
de
El autor declara que particip en la

elaboracin del trabajo, realizando:
revisin de datos, anlisis de datos
y redaccin.
Lian A.
Introduccin
Entre las 8 especies de osos que existen, el oso pardo tiene la
distribucin histrica y actual ms amplia (Servheen, 1999).
Actualmente el oso pardo (Ursus arctos) es uno de los carnvoros
terrestres ms grandes (Davison et al., 2011) y tiene una amplia
distribucin en el hemisferio norte, tanto en regiones palerticas
como en nerticas (Hirata, Abramov, Baryshnikov, & Masuda, 2014).
Sin embargo, durante los ltimos siglos las poblaciones de osos han
sufrido persecucin humana directa y la modificacin del hbitat,
especialmente en el oeste de Europa, partes del sur de Amrica del
Norte, sur de Asia y norte de frica; en estos lugares, los osos
pardos
han
desaparecido
totalmente
o
han
disminuido
considerablemente, dejando pequeas poblaciones fragmentadas (Keis,
2013; Servheen, 1999; Swenson, Taberlet, & Bellemain, 2011).
Para evitar la extincin del oso pardo se deben desarrollar
estrategias de conservacin y para que stas sean eficientes, es
importante conocer los patrones de variacin gentica, ya que estos
pueden proveer mayor comprensin de los procesos actuales e
histricos que actan sobre las poblaciones. La filogeografa es la
disciplina que estudia los patrones de variacin gentica que pueden
ser usados para evaluar la importancia de diferentes procesos
histricos que afectan a poblaciones y especies (Avise, 2009;
Emerson & Hewitt, 2005).
Los primeros estudios filogeogrficos de osos pardos se iniciaron
por la necesidad de identificar potenciales unidades de conservacin
en Europa occidental y translocarlas hacia las pequeas poblaciones
en peligro de extincin (Kohn, Knauer, Stoffella, Schrder, & Pbo,
1995; Randi, Gentile, Boscagli, Huber, & Roth, 1994; Taberlet &
Bouvet,
1994).
Desde
entonces,
secuencias
de
cido
desoxirribonucleico mitocondrial (ADNmt) modernas y antiguas de osos
pardos
han
sido
ampliamente
estudiadas,
y
se
identificaron
diferentes clados y subclados. (Taberlet & Bouvet, 1994) por primera
vez identificaron dos linajes principales de ADNmt en osos pardos
europeos, basados en secuencias parciales de la regin control:
linaje del este y linaje del oeste. El linaje del este est
compuesto principalmente de poblaciones grandes, mientras que el
linaje del oeste comprende a poblaciones pequeas, fragmentadas y
amenazadas (Keis, 2013). Usando la terminologa ms reciente
introducida por (Leonard, Wayne, & Cooper, 2000) y extendida por (C.
R. Miller, Waits, & Joyce, 2006) y (Davison et al., 2011), el linaje
del este comprende el subclado 3a en Europa oriental, en el lejano
oriente de Rusia, Japn y Alaska; el subclado 3b en Japn y
Alaska/Canada; y el clado 4 en Japn y Canada/Estados Unidos. El
linaje del oeste incluye al clado 1 en Europa occidental (Subclado
1a-linaje iberiano y subclado 1b-linaje italiano/balcano) y el sur
2
Revista peruana de biologa-2015
ANLISIS
IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO
de Escandinavia; el subclado 2a en Alaska (grupos de islas

Almirantazgo, Baranof y Chichagof (ABC)); y el subclado 2b incluye a
osos polares (Ursus maritimus) en la regin circumpolar; anlisis de
ADNmt mostraron que el oso polar est estrechamente relacionado a
los osos pardos de las islas ABC (subclado 2a)(Cronin, Amstrup,
Garner, & Vyse, 1991; W. Miller et al., 2012). Existen otros clados
como el clado 5, 6 y osos iranes, pero sus posiciones
filogeogrficas an no son claras, mientras que hay poblaciones en
grandes partes de Eurasia continental que han recibido poca atencin
debido a la limitada disponibilidad de muestras (Keis, 2013; C. R.
Miller et al., 2006). Anlisis adicionales de muestras de osos
pardos antiguos han revelado clados y subclados extintos (2c, 3c y
del norte de frica) en Europa, norte de frica y norte de Amrica,
sugiriendo que la diversidad de osos pardos fue mayor en el pasado
(Barnes, Matheus, Shapiro, Jensen, & Cooper, 2002; Calvignac et al.,
2008; Valdiosera et al., 2007).
Se
han
sugerido
diferentes
modelos
para
describir
procesos
histricos
que
produjeron
patrones
filogeogrficos
para
las
poblaciones de osos pardos. Para poblaciones europeas, se han
propuesto variaciones del modelo de expansin-contraccin para
explicar la divergencia y mantenimiento de diferentes linajes y
ciertas
caractersticas
demogrficas
de
las
poblaciones,
se
argumenta que la presencia de diferentes linajes se debe a
fluctuaciones pasadas del clima, en el cuaternario, que provocaron
el aislamiento de los osos en diferentes refugios glaciales (Hewitt,
2000; Saarma et al., 2007). De manera similar, en Norteamrica se ha
propuesto que el aislamiento en refugios de Beringia, islas de la
costa del pacfico o reas continentales del sur explicaran el
mantenimiento de clados divergentes (Barnes et al., 2002). Sin
embargo, los estudios genticos realizados por Valdiosera et al.
2007 con restos de osos antiguos de periodos glaciares revelan un
historia filogeogrfica compleja para el clado 1, esta historia
indica que las poblaciones de este clado no fueron aisladas por un
largo plazo en refugios especficos; sino que ocurri flujo gnico a
travs del sur de Europa incluso durante periodos de fro
(Valdiosera et al., 2007, 2008). Sin embargo, una falta de datos ha
impedido una extensin de la teora para abarcar la seccin de
Eurasia situada entre el este de Europa y Alaska. Si se llegaran a
tener los datos faltantes se podra esclarecer la evolucin
generalizada del linaje del este, que ha sido detallado en Japn
(Matsuhashi, Masuda, Mano, Murata, & Aiurzaniin, 2001), Norteamrica
(Waits, Talbot, Ward, & Shields, 1998) y el este de Europa (Saarma
et al., 2007), pero es prcticamente desconocida en Asia.
Para
inferir
modelos
demogrficos
a
partir
de
procesos
filogeogrficos, es esencial estimar las escalas de tiempo para la
divergencia de diferentes taxones. Con tal informacin, es posible
Lian A.
vincular patrones genticos con parmetros histricos, tales como

fluctuaciones climticas o domesticacin. Las estimaciones se
calculan usando enfoques de reloj molecular, que dependen de una
calibracin adecuada. Usualmente una de tres formas es usada para
incorporar calibracin dentro de un anlisis: (1) obtener la edad de
un evento de divergencia filogentica a partir de evidencia fsil o
biogeogrfica independiente (Weir & Schluter, 2008), (2) importar
una tasa de substitucin obtenida de datos independientes (p.e. de
otros estudios y/o especies), o (3) incluir secuencias heterocronas
de edades conocidas (p.e. secuencias de ADN de especmenes datados
por radiocarbono) (Ho & Phillips, 2009). Dentro del trmino de
calibracin se han denominado dos tipos: calibracin interna y
calibracin externa, la primera consiste en la incorporacin de
calibracin a partir de muestras fsiles de especmenes datados por
radiocarbono
(intraespecfica)(Ho,
Saarma,
Barnett,
Haile,
&
Shapiro, 2008), y la segunda incorpora calibracin a partir de
edades de antigedad basadas en fsiles que pueden ser de la misma
especie o especie emparentada, pero que tienen mayor antigedad que
los fsiles empleados en la calibracin interna (interespecfica)
(Hofreiter et al., 2002). Cuando se investigan procesos evolutivos
muy
antiguos,
la
calibracin
interna
puede
conducir
a
subestimaciones de los tiempos de divergencia y cuando se investigan
procesos evolutivos ms recientes la calibracin externa puede
conducir a una sobrestimacin de los tiempos de divergencia (Ho
et al., 2008). Usando tasas de substitucin calibradas internamente,
se han calculado los tiempos para los ancestros comunes ms
recientes (ACMR) para muchos linajes de osos pardos existentes. Los
resultados indican que los ACMRs coinciden con los tiempos de
periodos fros del pleistoceno tardo y son consistentes con la
hiptesis que sostiene que los linajes fueron formados en reas de
refugios glaciares separados durante estos periodos (Ho et al.,
2008; Saarma et al., 2007).
Para anlisis de alineamientos que contienen mezclas una mezcla de
secuencias interespecficas e intraespecficas, tales como un
conjunto de datos que comprenden representantes mltiples de osos
pardos y osos de las cavernas (Ursus spelaeus), es probable que una
combinacin de una calibraciones internas y externas reflejen la
metodologa ms adecuada, como fue propuesta por (Ho et al., 2008).
Esto es apoyado por la evidencia que indica que las calibraciones
intraespecficas son probablemente inapropiadas para estimar de
edades
profundas
de
divisin
de
poblaciones
o
divergencias
interespecficas (Gilbert et al., 2008), mientras que los datos
fsiles
antiguos
no
son
adecuados
para
calibrar
anlisis
intraespecficos (Ho & Larson, 2006; Ho et al., 2008).
En el presente trabajo, se abordan varios vacos pendientes en la
comprensin de la filogeografa del oso pardo. Se analizaron
4
ANLISIS
secuencias de ADNmt que fueron las mismas que se emplearon en el

artculo cientfico Sudden expansion of a single brown bear
maternal lineage across northern continental Eurasia after the last
ice age: a general demographic model for mammals? (Korsten et al.,
2009). Se busc reconstruir la filogeografa materna de Eurasia;
tener una mayor comprensin de la relacin de los linajes de Eurasia
y de linajes adyacentes a esta rea; y se calcularon tiempos de
divergencia para linajes de osos pardos y osos de las cavernas,
usando un enfoque basado en calibracin mltiple de secuencias
divergentes e incorporacin de muestras antiguas asociadas a
datacin de estratos.
Materiales y mtodos
Muestra
Las secuencias analizadas en este estudio son las mismas que
trabajaron Korsten et al., 2009, ellos secuenciaron ADNmt de 205
osos pardos (Estonia, Finlandia y Rusia) del linaje del este; de
estos osos se secuenci una porcin 1951-1956 pb de ADNmt: la
secuencia completa del citocromo b (1140pb), la seccin 5 y la
seccin media de la regin control (662-667pb) y las secuencias
adicionales que flanquean el gen del citocromo b y la regin control
(149pb). Por lo tanto, la secuencia incluye la seccin parcial
complementaria de la regin 3 del gen ND6 (pos. 15199-15232); la
secuencia completa complementaria de tRNA-Glu (pos. 15233-15301); la
secuencia completa del citocromo b (pos. 15306-16445); la secuencia
parcial de tRNA-Thr (pos. 16446-16487) y la regin control (pos. 1196 y 16554-17020, que incluye de la posicin 16554-16580 a la
secuencia parcial complementaria del gen tRNA-Pro). Todas las
posiciones se determinaron en base al genoma, mitocondrial completo
del oso pardo con nmero de accesin AF303110 en el GenBank. Todas
las secuencias de los haplotipos estn depositadas en el GenBank con
nmeros de accesin EU567097-EU567120 (1289pb), que corresponden a
los genes ND6, tRNA-Glu, citocromo b y tRNA-Thr; y EU526765-EU526814
(662-667pb), que corresponden al gen tRNA-Pro y la regin control
(Tablas 1 y 2 de Korsten et al. 2009). Se debe mencionar que las
secuencias correspondientes a los nmeros de accesin EU526765,
EU526783 y EU526784 resultan ser las mismas, a pesar de que en el
artculo de Korsten et al. 2009 se menciona que estas corresponden a
haplotipos diferentes (ver tabla 2 de Korsten et al. 2009). Por ese
motivo se le escribi a uno de los autores, el doctor Urmas Saarma,
y este respondi remitiendo un archivo con las secuencias correctas.
Adems
Korsten
et
al.
2009
incluyeron
145
secuencias
que
corresponden a 23 haplotipos (ver tabla suplementaria 1 de Korsten
Lian A.
et al. 2009) del gen citocromo b completo (15 haplotipos de Alaska,

5 haplotipos de Japn y 3 haplotipos del linaje del este) para la
construccin de la primera red de haplotipos en el presente
artculo, ellos combinaron estas 145 secuencias con las otras 205
secuencias de su propia fuente.
Korsten et al. 2009 incluyeron secuencias de la regin control de
otras publicaciones para estimar tiempos de divergencia por
filogenia bayesiana. Ellos combinaron las secuencias de regin
control que secuenciaron con las de osos pardos y osos de las
cavernas de otros estudios: Taberlet & Bouvet 1994; Masuda et al.
1998; Waits et al. 1998; Matsuhashi et al. 1999; Loreille et al.
2001; Barnes et al. 2002; Hofreiter et al. 2002, 2004; Orlando et
al. 2002; Matheus et al. 2004; Valdiosera et al. 2007; Calvignac et
al. 2008; Jackson et al. 2008 (ver tabla suplementaria 2 de Korsten
et al. 2009).
Anlisis filogenticos y demogrficos

Se construyeron redes de haplotipos con el programa Network 4.613
usando un enfoque median-joining. Se realizaron dos anlisis de
redes de haplotipos:(i) basado en la secuencia completa del
citocromo b (1140pb) de todas las secuencias determinadas por
Korsten et al. 2009 ms las 145 secuencias del gen citocromo b
completo que ellos incluyeron en su anlisis y (ii) basado en
secuencias de 1943 pb de los 205 osos secuenciados por Korsten et
al. 2009. Para realizar los anlisis se ordenaron las secuencias de
Korsten et al. 2009: En el primer anlisis, para obtener las
secuencias de citocromo b, se descargaron las secuencias de los
haplotipos de 1289 pb del GenBank, se alinearon online en MAFFT v7
(http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/) y se extrajo la secuencia
de 1140pb del citocromo b con la ayuda del software BioEdit v7.2.5 ;
y en el segundo anlisis, para obtener las secuencias de 1943pb, se
descargaron las secuencias de 1289pb y las de 662-667pb y se
concatenaron manualmente en un block de notas, luego se alinearon en
MAFFT v7 y finalmente con la ayuda de Bioedit V7.2.5, se excluy el
tracto de pirimidina (pos. 16667-16677) de la regin control, esto
debido a que presenta un alto nivel de homoplasia (es por eso que se
trabaj con 1943pb en vez de 1951-1956 pb). Las secuencias
adicionales de citocromo b empleadas en el primer anlisis estn
depositadas en el GenBank sin estar unidas a otras secuencias, es
decir los nmeros de accesin solo llevan a 1140pb correspondientes
a la secuencia completa del citocromo b. Como no se contaba con
todas las secuencias, pero si con las frecuencias de los haplotipos,
cada haplotipo se copi tantas veces de acuerdo a su frecuencia,
esto se realiz para los 2 anlisis. Los archivos .aln se
6
ANLISIS
transformaron a formato .meg en MEGA v6, se gener un archivo .nex

en DnaSP v5.10.1 el cul finalmente se us para la construccin de
las redes de haplotipos.
Se realizaron pruebas estadsticas en DnaSP v5.10.1. stas fueron

usadas para evaluar hiptesis de seleccin neutral de variantes
mitocondriales y para detectar el comportamiento demogrfico de la
poblacin. Se calcularon Fus Fs, Ramos-Onsins and Rozas R2, Tajimas
D, Fu and Lis F. Estos estadsticos se calcularon para el total de
datos como para subconjuntos del total de los datos.
Estimacin del tiempo de divergencia

Como se mencion en la seccin de muestra, para estimar tiempos de
divergencia por filogenia bayesiana se combinaron las 205 secuencias
de la regin control determinadas por Korsten et al. 2009 con las
secuencias de otros estudios. El resultado del alineamiento se
constituy de 113 secuencias de osos pardos (incluy 47 secuencias
antiguas, con un rango de edad de 400-50800 aos) ms 25 secuencias
de osos de las cavernas (con un rango de edad de 26500-80000 aos),
haciendo un total de 138 secuencias. El conjunto de datos consisti
de 193 sitios alineados (posiciones 16589-16650 y 16724-16854).
Los anlisis filogenticos se realizaron en BEAST v1.4.7, usando el
modelo de substitucin nucleotdica Hasegawa-Kishino-Yano (HKY). Se
especific un rbol coalescente separado prior para el clado de
osos pardos y otro para osos de las cavernas, cada uno asumi un
modelo de crecimiento exponencial, esto se hizo manualmente, para
ello se edit un archivo .xml en el block de notas, ya que en el
software Beauti no se puede especificar un rbol coalescente prior
para cada clado; la edicin en el block de notas se hizo a partir de
un archivo .xml enviado por el doctor Urmas Saarma. Este modelo
incluye 2 parmetros: el producto del tamao efectivo poblacional
terminal y el tiempo de generacin, y la tasa de crecimiento
poblacional. Se eligi un modelo de reloj relajado lognormal sin
correlacionar (uncorrelated lognormal relaxed-clock model) para
permitir la tasa de variacin entre ramas, particularmente entre
ramas intraespecficas e interespecficas. Para examinar el efecto
de variacin de la tasa entre sitios, se repitieron anlisis con el
modelo de substitucin HKY + G. Se estim el parmetro alfa de la
distribucin gamma con un valor de 0.269, con un 95% de probabilidad
posterior alta (highest posterior density) del intervalo 0.1880.358.
Lian A.
La filogenia y tiempos de divergencia fueron co-estimadas, con dos

recursos distintos para la calibracin. Primero, las fechas de
radiocarbono de todas las secuencias antiguas fueron usadas para
calibrar las edades de los nodos terminales. Solamente se incluyeron
en el anlisis secuencias con una fecha exacta.
Las secuencias de osos de las cavernas que presentaban edades en
intervalos se sometieron a estimacin con un prior uniforme para
modelar la incertidumbre en sus edades. Segundo, un prior con
distribucin normal fue especificado para el tiempo de divergencia
entre osos pardos y osos de las cavernas, con una media de 1.45
millones de aos y una desviacin estndar de 127550 aos. Esto se
basa en la evidencia fosil para su supuesto ancestro comn, el oso
estruscano (Ursus etruscus)(Hofreiter et al., 2002).
En total se realizaron 4 anlisis, el primero fue con todos los
datos ya mencionados, que incluye calibracin interna y externa; un
segundo anlisis se realiz sobre el total de datos, pero sin
calibracin externa de estratos fsiles; un tercer anlisis se
realiz usando solamente secuencias de osos pardos; y finalmente, un
cuarto anlisis se realiz usando solamente secuencias de osos
pardos y con un modelo de substitucin nucleotdica HKY + G.
Las distribuciones posteriores de parmetros, incluyendo el rbol,
fueron estimadas por Markov Chain Monte Carlo (MCMC) en BEAST
v1.4.7. La longitud de la cadena que se emple fue 10000000
con
valor de Echo state to screen every de 1000 y Log parameters
every de 1000. Con TreeAnnotator v1.7.2 se eligi un burn in de
1000 y con FigTree v1.4.0 se visualiz el rbol filogentico
bayesiano. Se us Tracer v1.6 para verificar una aceptable
distribucin
de
las
valores
posteriores
de
los
parmetros
analizados.
Resultados
Relaciones filogenticas basadas en la secuencia mitochondrial del
citocromo b (1140pb)
Como ya se mencion anteriormente, para este anlisis se trabaj 205
secuencias de Korsten et al. 2009 ms 20 haplotipos (15 de Alaska y
5 de Japn), los 15 haplotipos de Alaska con 135 secuencias y los 5
haplotipos de Japn con 5 secuencias, ms 5 secuencias de los
haplotipos E1, E2 y E19. En total se trabaj con 350 secuencias (46
haplotipos) (ver tabla 1 y tabla suplementaria 1 de Korsten et al.
2009. Se identificaron 26 haplotipos en las secuencias de Eurasia
continental del norte y 2 haplogrupos fueron distinguidos de la red
de haplotipos: Eurasian (E) y Kamchatkan (K). El haplogrupo E estuvo
8
ANLISIS
muy relacionado al haplogrupo K y a un haplogrupo de Alaska (A) y de

Japn (JA) (Figura 1). Todos estos haplogrupos corresponden al
subclado 3a.
Dos haplogrupos, denominados Alaska (AL) y un japons (JB1), fueron
agrupados junto al subclado 3b. El haplogrupo japons (JC) fue
genticamente
ms
distante,
este
haplogrupo
fue
agrupado
estrechamente con los osos de Norteamrica que pertenecen al clado 4
en el presente anlisis filogentico bayesiano (Figura 3). La
mayora de los haplotipos de Eurasia continental del norte (19 de
26) pertenecen al haplogrupo E. Los haplotipos E1, E11, E13 y E15
fueron presentados en ms de una regin en Eurasia continental del
norte y tambin son los haplotipos ms numerosos del haplogrupo E.
El haplotipo E1 fue el haplotipo central y el ms abundante en el
haplogrupo E y se encontr a travs de Eurasia continental del
norte.
El haplogrupo K fue caracterstico de la pennsula de Kamchatka; sin
embargo los haplotipos E1 y E3 tambin estaban presentes en
Kamchatka. El haplotipo K1 fue el haplotipo central y el ms
abundante en el haplogrupo K.
Relaciones filogenticas basadas en la secuencias mitocondriales

flanqueantes, de la regin control y del citocromo b (1943pb)
Las secuencias de 1943pb de los 205 osos han revelado un total de 50
haplotipos. La poblacin de oso pardo en Eurasia continental del
norte se dividi en 4 haplogrupos: haplogrupos EA y EB, que se
encontraron ampliamente distribudos; haplogrupos KA y EC, que
fueron
especficos
de
las
regiones:
Kamchatka
y
Estonia,
respectivamente (Figura 2).
El haplogrupo EA fue el ms abundante (28 haplotipos y 155
individuos) y el ms distribuido, presentndose en gran parte del
noreste de Europa y Rusia europea, pero no se encontr en Kamchatka.
Dentro del haplogrupo EA, el haplotipo EA1 fue el ms abundante y
estuvo presente a travs de una gran parte de Eurasia continental
del norte. El haplotipo EA20 fue el predominante en Estonia, pero no
se encontr en otras localidades. Haplogrupo EB no fue muy comn,
pero aun as present una distribucin amplia y estrechamente
relacionado al haplogrupo EA. El haplogrupo EC tambin estuvo
estrechamente relacionado con el haplogrupo EA, fue el haplogrupo
ms pequeo, con sus 2 haplotipos encontrados solamente en Estonia.
El haplogrupo KA, que contiene 2 haplotipos centrales, KA1 y KA5,
estuvo estrechamente relacionado al haplogrupo principal de Eurasia
continental del norte, EA.
Lian A.
Figura 1. Red de haplotipos del gen citocromo b (1140pb) perteneciente a osos

de Eurasia continental del norte, Japn y Alaska. En verde se muestran el
haplogrupo E, en naranja el haplogrupo K, en gris oscuro el haplogrupo A, en
gris
claro el haplogrupo AL y en rojo los haplotipos pertenecientes a Japn.
Los haplogrupos E, K, A y JA pertenecen al subclado 3a. Los haplogrupos AL y JB1
pertenecen al subclado 3b. Los haplogrupos JC pertenecen al clado 4.
10
ANLISIS
Anlisis de polimorfismo gentico y demogrfico

Cuando en el anlisis se adiciona las regiones flanqueantes y regin
control (en total 1943 pb) los valores aproximadamente se duplican, el
nmero de haplotipos de la secuencia de 1943 pb (E + K) es 1.9 veces el
nmero de haplotipos del citocromo b (1140 pb) (EA, EB, EC, KA).
De acuerdo a la secuencia completa del citocromo b, la poblacin de

osos pardos holrticos representados en este estudio (Eurasia
continental del norte, Japn y Alaska) estuvieron en una expansin
demogrfica en el pasado (resultado de todos los estadsticos, tabla
1, fila 1). Se observa una expansin marcada dentro de los
haplogrupos E, A, K y JA de las poblaciones de osos relacionados
estrechamente y estos tambin se observa dentro del haplogrupo E
solo. Usando las secuencias de 1943 pb, todos los estadsticos
resultan consistentes con la expansin poblacional en los niveles
del total de datos, excepto cuando se analizan los haplogrupos EB y
KA solos (tabla 1).
Anlisis filogentico bayesiano

El anlisis filogentico bayesiano mostr monofilia para los osos
pardos y monofilia para los osos de las cavernas (Figura 3). Las
relaciones entre los principales clados de oso pardo son similares a
los inferidos por Korsten et al. 2009 y por Ho et al., 2008. El
rbol tambin mostr los dos principales clados de osos de las
cavernas que se determinaron por Orlando et al., 2002 (clado formado
por A+D = clado 1, clado formado por B+C = clado 2).
Usando una combinacin de calibracin fsil y de radiocarbono, la
edad del ACMR de osos pardos se estim sobre 208000 aos, con
intervalo de 95% de probabilidad posterior alta (en ingls highest
posterior density, siglas HPD) de 112000-329000 aos (tabla 2). La
edad del ACMR de osos de la caverna fue estimada sobre los 127000
aos (95% HPD, 87000-123000 aos). Las probabilidades posteriores
estimadas para los nodos fueron de 1 para los clados de osos pardos y de
osos de las cavernas. Para el clado 1 de los osos de las caverna fue 0.5126
y para el 2 fue 0.9629; para el clado 1 de los osos pardos fue 1, para el 2
fue 0.9998, para el 2a fue 0.9937, para el 2b fue 0.816, para el 2c fue 1,
para el 3 fue 0.8556, para el 3a fue 0.9748, para el 3b fue 0.5992 y para
el 4 fue 0.7944.
11
Lian A.
Figura 2.
Red de haplotipos de secuencias mitocondriales flanqueantes, de la
regin control y del citocromo b (1943pb) perteneciente a osos de Eurasia
continental del norte. En verde se muestran el haplogrupo EA, en naranja el
haplogrupo KA, en amarillo el haplogrupo EB y en azul el haplogrupo EC. Todos
los haplogrupos pertenecen al subclado 3a.
12
ANLISIS
Tabla 1.
Medidas de polimorfismo gentico y expansin demogrfica para
diferentes subgrupos de poblaciones de osos pardos de Eurasia y Norteamrica:
I(n), nmero de individuos; H(n), nmero de haplotipos; Hd, diversidad
haplotpica; , diversidad nucleotdica; SD, desviacin estndar; haplogrupos
del citocromo b: eurasitico (E), Kamchatkan (K), Alaska (A), Alaska (AL),
japons (JA), japons (JB), japons (JC). Haplogrupos basados en regiones
flanqueantes, regin control y citocromo b: eurasitico (EA), eurasitico (EB),
eurasitico (EC), Kamchatkan (KA).
Subgrupos de
Poblacin
I(n)
H(n)
Hd(SD)
Haplogrupos basados en Citocromo b (1140

1.E,A,AL,K,JA,JB,JC
350
46
0.832
0.017
2.E,A,K,JA
325
39
0.807
0.019
3.E,K,JA
212
28
0.623
0.038
4.E
176
19
0.466
0.047
5.AL,JB
23
5
0.644
0.092
6.A
113
11
0.725
0.035
7.K
34
7
0.635
0.085
(SD)
pb)
0.00234
0.00020
0.00133
0.00007
0.00092
0.00009
0.00056
0.00007
0.00143
0.00034
0.00086
0.00007
0.00105
0.00020
Fu
&Lis
F
TajimaD
Fus Fs
RamosOnsins &
Rozas R2
-2.62*
-2.15*
-34.09*
0.020*
-3.54*
-2.17*
-39.99*
0.018*
-3.69*
-2.29*
-30.40*
0.017*
-3.54*
-2.17*
-21.41*
0.018*
-1.11
-0.81
0.34
0.13
-1.11
-1.21
-5.00*
0.05
-0.86
-1.37
-1.90
0.07
Haplogrupos basados en regiones flanqueantes, regin control y citocromo b (1943 pb)

8.EA,EB,EC,KA
205
50
0.872 0.00124 -3.73*
-2.25*
-53.12*
0.021*
0.019 0.00009
9.EA,EB,EC
171
38
0.820 0.00081 -4.40*
-2.34*
-44.02*
0.019*
0.026 0.00007
10.EA
155
28
0.782 0.00065 -4.34*
-2.30*
-28.20*
0.020*
0.029 0.00005
11.EB
13
8
0.808 0.00069
-1.64
-1.55
-5.33
0.080
0.113 0.00016
12.KA
34
12
0.902 0.00129
-1.01
-1.33
-3.69
0.070
0.025 0.00016
* Indica que son valores significativos.
13
Lian A.
En el segundo anlisis, se obtuvieron casi los mismos resultados.

Sin embargo, la edad estimada para la divergencia entre osos pardos
y los osos de la caverna fue solamente 200000 aos (95%, HPD,
125000-350000 aos) cuando la calibracin fsil fue excluida. De
acuerdo a la evidencia paleontolgica, esto es claramente una
subestimacin de la antigedad del nodo. Los tiempos para ACMR de
clados importantes de osos pardos y osos de las cavernas se muestran
en la tabla 2. Las secuencias cortas de la regin control que fueron
usadas para calcular la filogenia (Figura 3) proveen resolucin
insuficiente para calcular las edades de los diferentes haplogrupos
identificados en la figura 1 y 2.
La tasa de substitucin estimada fue 2x10-7 Substituciones/sitio/ao
(95% HPD, 1.44x10-7 2.58x10-7 Substituciones/sitio/ao). Los
parmetros demogrficos estimados en el anlisis bayesiano revelan
la evidencia de crecimiento poblacional significativo en osos
pardos, con un parmetro de tasa de crecimiento estimado en 1.65x10-5
(95% HPD, 4.53x10-6 -2.91x10-5). En contraste, no hay evidencia para
crecimiento poblacional en osos de las cavernas, ya que el estimado
est en un rango muy cercano a cero (95% HPD, 5.84x10-8 -6.93x10-5).
Discusin
Eurasia continental del norte
La variacin morfolgica entre los osos pardos condujo a la
enumeracin de 200 subespecies en Eurasia en las primeras
clasificaciones (Ognev, 1931) y 8 en la revisin sistemtica ms
reciente (Baryshnikov 2007). Sin embargo, el anlisis del gen
citocromo b completo revel un solo haplogrupo con la mayora de
osos pardos del norte de Eurasia continental (rea con extensin de
este a oeste de 12 000 km como mximo). Las muestras de 205 osos
colectados por Korsten et al. 2009 pertenecen al subclado 3a, usando
la terminologa de (Leonard et al., 2000). De la muestra de 205 osos
no se obtuvo alguno que pertenezca al subclado 3b, mientras que en
un estudio previo se registr solamente un oso portador del
haplotipo 3b en el extremo oriente de Rusia (Miller et al., 2006).
Se debe realizer un mayor muestreo para clarificar la distribucin
del subclado 3b. Como el haplotipo E1 es el central en la red de
haplotipos (Figura 1) y el ms abundante y el ms distribuido en el
haplogrupo E de Eurasia continental del norte, es muy probable que
se trate de un haplotipo ancestral y fundador de mayor xito del
subclado 3a.
14
ANLISIS
TACMR
114
127
107
91
57
33
49
102
74
208
79
41
100
66
Figura 3. rbol filogentico de linajes de osos pardos y de osos de las

cavernas, basado en una seccin de 193pb de la regin control del ADNmt. Los
clados y subclados fueron designados siguiendo la terminologa de Leonard et al.
2000, y los tiempos de divergencia se determinaron haciendo uso de una
calibracin multiple. Las probabilidades posteriores fueron de 1 para los clados
de osos pardos y de osos de las cavernas. Para el clado 1 de los osos de las
caverna fue 0.5126 y para el 2 fue 0.9629; para el clado 1 de los osos pardos
fue 1, para el 2 fue 0.9998, para el 2a fue 0.9937, para el 2b fue 0.816, para
el 2c fue 1, para el 3 fue 0.8556, para el 3a fue 0.9748, para el 3b fue 0.5992
y para el 4 fue 0.7944.
15
Lian A.
Tabla 2.
Estimacin posterior de edades para los ancestros comunes ms
recientes de varios grupos de osos, calculados por un anlisis bayesiano de
reloj relajado, usando un modelo de substitucin nucleotdica HKY.
Nodo (ACMR)
Osos pardos
y de las
cavernas
Osos de las
cavernas
Clado 1
Clado 2
Estimacin de edad posterior (en miles de aos)

Calibracin fsil
y por
Solamente calibracin por radiocarbono
radiocarbono
Solamente osos
Osos pardos y de
Osos pardos y
Solamente osos
pardos (modelo
las cavernas
de las cavernas
pardos
HKY + G)
95%
95%
Mediana 95% HPD Mediana
Mediana
Mediana 95% HPD
HPD
HPD
1357
10991612
200
125350
127
87-173
190
53-618
114
107
83-158
58-166
69
69
44-184
48-155
Osos pardos
208
112-329
245
65-733
1398
11561663
Clado 1
91
46-154
55
40-147
66
Clado 2
107
58-166
82
48-155
82
Clado 2a
Clado 2b
Clado 2c
38
67
59
11-71
22-136
48-77
17
24
53
10-41
19-46
48-77
18
25
55
Clado 3
107
68-156
98
53-266
145
Clado 3a
46
18-77
26
7-88
30
Clado 3b
83
40-134
47
26-130
61
Clado 3c
82
58-113
70
51-132
81
Clado 4
91
41-158
49
36-120
56
11441663
40243
48228
10-46
19-54
48-90
55449
7-122
25171
51170
36163
16
1405
66
40-234
79
48-226
17
25
55
10-46
19-52
48-88
139
54-504
28
4-118
57
27-177
79
51-173
55
36-172
ANLISIS
Cuando se analiza la secuencia de 1943pb, el haplotipo EB1 se

encuentra tanto en el noroeste como noreste de Eurasia, incluyendo
Kamchatka, mientras que el haplotipo EA1 se encuentra en todo
Eurasia continental del norte, excepto Kamchatka.
Este resultado permite llegar a las siguientes conclusiones: (i) se
produjo una repentina expansin demogrfica en la poblacin del oso
pardo de Eurasia continental del norte. Esto es reforzado por las
pruebas estadsticas, que indican una fuerte expansin demogrfica
de los haplogrupos que se originaron en Eurasia. El tiempo para ACMR
del clado 3a (30000 aos atrs; tabla 2; solamente osos pardos)
sugiere que la expansin fue reciente y probablemente ocurri
despus del ltimo mximo glacial (aprox. 22000-17000 aos atrs);
(ii) la poblacin fundadora se someti a un cuello de botella
demogrfico severo antes de la expansin. Es probable que el
subclado 3a presente en Eurasia continental del norte fue fundado
por un nmero limitado de individuos del haplotipo E1 (EA1 y EB1);
(iii) poblaciones de Eurasia continental del norte radiaron desde un
solo refugio despus del ltimo mximo glacial (UMG). Esto es
apoyado por la estrecha relacin entre todos los haplotipos
existentes en toda la zona y la evidencia de un severo cuello de
botella; y (iv) no hubo ninguna barrera geogrfica significativa que
limite las migraciones de los osos pardos en Eurasia continental del
norte despus de la ltima era de hielo. Esto es apoyado por la
distribucin amplia de ciertos haplotipos como EA1 y EB1.
Kamchatka
Aunque la mayora de los osos pardos en Eurasia continental del
norte forman un solo haplogrupo, E (segn la secuencia el citocromo
b, 1140pb), los linajes de osos pardos en la pennsula de Kamchatka
se agrupan fuera de los actuales linajes euroasiticos. Por lo
tanto, los osos de Kamchatka, aunque estn enlazados a la poblacin
principal de Eurasia, forman un haplogrupo separado. Solo el
haplotipo E1 es compartido por poblaciones del interior de Eurasia y
Kamchatka, lo que indica un flujo de genes por la lnea materna,
pero limitado. Con las secuencias de 1943pb, el haplotipo EB1 est
presente tanto en los linajes principales de Eurasia continental del
norte como en los de Kamchatka, mientras que los haplotipos EB5 y
EB6 que irradian del EB1 se encontraron solamente en Kamchatka,
sugiriendo que mutaciones caractersticas solamente de estos
haplotipos pueden haber surgido despus de la expansin del
haplotipo EB1 a Kamchatka. Sin embargo, Korsten et al. 2009
mencionan que el muestreo fue relativamente escaso en reas vecinas
de Kamchatka, y la presencia de ciertos haplotipos pueden haber sido
desapercibidos.
17
Lian A.
Como el haplogrupo K es muy relacionado al E, es probable que ellos

se hayan originado de una poblacin ancestral comn reciente y que
su divergencia se deba a patrones migratorios diferentes despus de
la ltima era de hielo. Kamchatka fue cubierta en gran parte por
hielo durante el UMG (Bigg, Clark, & Hughes, 2008)y esto la hizo
inhabitable para los osos pardos. Despus del UMG, cuando las
condiciones ecolgicas en Kamchatka fueron favorables para los osos
pardos, un grupo de la poblacin de Eurasia coloniz Kamchatka.
Individuos que portaban los haplotipos fundadores probablemente
ocuparon la mayor parte de las reas habitables rpidamente, y al
hacerlo, ellos en gran parte restringieron an ms el flujo de genes
maternos entre la parte continental de Eurasia y la pennsula de
Kamchatka. Por lo tanto, el linaje de oso pardo actual en Kamchatka
es caracterizado en gran medida por su propio haplogrupo, K. Sin
embargo, para obtener una mayor comprensin en el nivel de flujo
gnico entre poblaciones actuales en Kamchatka y el interior de
Eurasia, se debera realizar un anlisis de microsatlites.
Alaska y Hokaido
En Alaska, los haplogrupos A y AL estn bien separados. El
haplogrupo A esta estrechamente relacionado al E y al K, y tambin
al Ja de Hokkaido, todos estos haplogrupos corresponde al subclado
3a, usando la clasificacin de Leonard et al., 2000. El segundo
haplogrupo materno, AL, est estrechamente relacionado al JC de
Hokkaido (ambos correspondes al subclado 3b).
El haplogrupo A representa a la primera poblacin que por radiacin
surgi recientemente en Eurasia. Estos osos por lo tanto son los ms
probables de haber colonizado Alaska despus del UMG, pero antes de
la aparicin del estrecho de Bering (aprox. 11 000 aos atrs,
(Elias, Short, Nelson, & Birks, 1996)). Por el contrario, el
haplogrupo AL pudo haber sido confinado en un refugio glacial en
Norteamrica durante el UMG. Esto se refleja por la distribucin
geogrfica actual de los haplogrupos continentales de Alaska, con el
haplogrupo A distribuido hacia la costa oriental, cerca del estrecho
de Bering, y el haplogrupo AL ms situado al interior de Alaska
(Figura 1). Esto es apoyado por estudios de ADN antiguo, que
desmuestran que el subclado 3b estuvo presente en Norteamrica antes
del UMG, mientras que no se demostrado la presencia de restos de
osos pertenecientes al subclado 3a antes del UMG (Barnes et al.,
2002; Leonard et al., 2000). La aparicin del subclado 3b aprox.
20000 aos atrs (Barnes et al., 2002) puede representar una onda
temprana de osos del linaje del este que colonizaron Norteamrica.
La existencia de un linaje extinto del este, el subclado 3c, en el
registro fsil de Alaska y que est relacionado al clado 4 (Barnes
18
ANLISIS
et al., 2002; Leonard et al., 2000)hace alusin a otra ola de

colonizacin por el linaje del este en algn momento despues de
50000-70000 aos atrs, cuando se cree que los osos pardos fueron
los que colonizaron primeto el continente (Craighead & Mitchell
1982; Matheus 1995).
La poblacin de osos pardos en Hokkaido esta actualmente aislada,
por barreras de agua, del resto de poblaciones de Eurasia,
incluyendo el mar de Japn entre Eurasia continental y Hokkaido.
Hokkaido estuvo conectado con la isla de Sakjalin y el territorio
continental hasta aprox. 12000 aos atrs (Bezverkhniy et al. 2002).
Todos los haplogrupos maternos (JA, JB y JC) probablemente migraron
a Hokkaido en olas separadas.
Como el haplogrupo JA est muy relacionado al haplogrupo principal
de Eurasia, el E, es probable que este haya descendido recientemente
de una poblacin ancestral comn. Por lo tanto, es probable que JA
haya colonizado el norte de Hokkaido por medio del puente de tierra
poco despus del UMG. Los haplogrupos JB y JC divergen del JA y E y
probablemente tienen sus orgenes en Eurasia continental antes del
UMG. El haplogrupo JC es ms similar al AL (ambos incluidos en el
subclado 3b), esto sugiere que estos haplogrupos pueden descender de
la misma poblacin ancestral de Eurasia. Por el contrario, el
haplotipo JB es genticamente distante de los subclados 3a y 3b,
pero parece agruparse con el clado 4, que ahora est presente en
Norteamrica. Por lo tanto, el haplotipo JB y el clado 4 pueden
derivar de una poblacin de Eurasia ancestra comn, que al parecer
ya no est presente en Eurasia continental.
Estimacin del tiempo de divergencia
En este estudio se usan fechas estimadas por radiocarbono para
calibrar los nodos terminales y fechas estimadas de fsiles para
calibrar la raz del rbol. La combinacin de estas fechas permiten
estimar de manera ms confiable los tiempos de divergencia a travs
de todo el rbol filogentico. Estudios anteriores indican que los
anlisis que solo utilizan un tipo de calibracin tiende a
estimaciones errneas (Gilbert et al., 2008; Ho et al., 2008).
De acuerdo a los resultados del presente estudio, el ACMR de la
muestra de osos pardos existi hace 208000 aos atrs, y est muy
relacionado al tiempo estimado para el ACMR de osos pardos europeos
(174000 aos atrs) (Saarma et al., 2007). Es probable que estos
estimados representen el mismo evento. El ACMR de la muestra de los
osos de las cavernas existi hace 125000 aos. Esta cifra claramente
no se corresponde con el origen de la especie, ya que la evidencia
paleontolgica sugiere que la divisin entre osos de las caveras y
osos pardos ocurri aprox. hace 1.2-1.7 millones de aos (Kurtn
1968). Sin embargo, las muestras de osos de las cavernas incluidas
19
Lian A.
en este estudio representan un fenotipo particular de gran tamao,

que de acuerdo a la evidencia fsil, apareci hace 150000 aos y fue
predominante en el periodo de tiempo que precedi la extincin de
las especies (Kurtn 1976). Por lo tanto, el ACMR estimado de 125000
aos atrs puede reflejar el origen de un clado que caracteriz por
su fenotipo particular. El tiempo estimado para el ACMR de osos
polares (37000 aos atrs, tabla 4, solo osos pardos) tambin
discrepa con la evidencia paleontolgica, que sugiere que la especie
ya estaba presente alrededor de 110000 a 130000 aos atrs
(Professor . Inglfsson, comunicacin personal). Esta discrepancia
probablemente refleje el hecho de que los clculos de los ACMR
dependen por completo de la serie de muestras incluidas para el
anlisis. La ausencia de taxones extintos o de poblaciones no
muestreadas dara lugar a estimaciones que no necesariamente
corresponden a los tiempos de origen de los clados de inters. Por
lo tanto, un ms muestras representativas pueden mejorar la
comprensin de la sincronizacin de eventos evolutivos.
El oso pardo como un modelo para la filogeografa en el norte de

Eurasia
Estudios con otras especies de mamferos como topillos de campo
(Microtus agrestis,(Jaarola & Searle, 2002)), ardillas voladoras
(Pteromys volans, (Oshida, Abramov, Yanagawa, & Masuda, 2005)) y
musaraas pigmeas y comunes (Sorex minutus y S. araneus, (Bilton
et al., 1998)) han revelado patrones filogeogrficos que son
similares al descrito por este presente estudio. As como los osos
pardos,
las
poblaciones
actuales
de
estas
especies
exhiben
haplotipos maternos relacionados estrechamente en toda Eurasia
continental del norte. En el caso de los topillos de campo, los
datos fsiles indican que los montes Urales pueden haber servido de
refugio glacial nico en el centro de Eurasia. Mientras que los
datos de osos pardos en el presente estudio no permiten identificar
a las montaas de los Urales como una localizacin de un rea de
refugio glacial nico para estos osos, por otro lado, la similaridad
encontrada entre los patrones filogeogrficos de las 5 especies
sugieren que estos patrones haciendo uno solo pueden representar un
modelo general para la filogeografa de mamferos en Eurasia
continental del norte: expansin sbita de un linaje materno sobre
el vasto territorio de Eurasia del norte desde un solo refugio con
barreras que no son importantes para la dispersin. Por otra parte,
se han obtenido resultados similares de varias especies de aves
(pico picapinos, Dendrocopos major, (Zink, Drovetski, & Rohwer,
2002); el avin zapador, Riparia riparia, (Pavlova, Zink, Drovetski,
& Rohwer, 2008); el andarros chico, Actitis hypoleucos, (Zink,
Pavlova, Drovetski, & Rohwer, 2008)) y una especie de planta (Dryas
20
ANLISIS
octopetala, (Skrede, Eidesen, Portela, & Brochmann, 2006)), esto

destaca la generalidad de este modelo de migracin filogeogrfica.
Conclusiones
Usando la calibracin mltiple se puede determinar con mayor
precisin los tiempos de divergencia para un determinada poblacin
en anlisis.
El modelo demogrfico de osos pardos es un modelo generalizado para
poblaciones Eurasiticas de mamferos.
Agradecimientos
Yo agradezco al doctor Urmas Saarma por su ayuda en
reconstruccin del trabajo desarrollado por Korsten et al. 2009.
enviarme las secuencias correctas para el anlisis de 1943pb
ADNmt y por enviarme un file en formato xml para comprender
anlisis desarrollado en Beast.
la
Por
de
el
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Análisis in Silico de Un Linaje de Ursus Arctos

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Revista Peruana de biologa

CIENCIAS BIOLGICAS UNMSM

IN SILICO ANALYSIS OF THE SUDDEN EXPANSION OF

Facultad de Ciencias Biolgicas, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Ciudad

Informacin sobre el autor:

El autor declara que particip en la

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

de Escandinavia; el subclado 2a en Alaska (grupos de islas

vincular patrones genticos con parmetros histricos, tales como

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

secuencias de ADNmt que fueron las mismas que se emplearon en el

et al. 2009) del gen citocromo b completo (15 haplotipos de Alaska,

Anlisis filogenticos y demogrficos

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

transformaron a formato .meg en MEGA v6, se gener un archivo .nex

Se realizaron pruebas estadsticas en DnaSP v5.10.1. stas fueron

Estimacin del tiempo de divergencia

Revista peruana de biologa-2015

La filogenia y tiempos de divergencia fueron co-estimadas, con dos

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

muy relacionado al haplogrupo K y a un haplogrupo de Alaska (A) y de

Relaciones filogenticas basadas en la secuencias mitocondriales

Revista peruana de biologa-2015

Figura 1. Red de haplotipos del gen citocromo b (1140pb) perteneciente a osos

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

Anlisis de polimorfismo gentico y demogrfico

De acuerdo a la secuencia completa del citocromo b, la poblacin de

Anlisis filogentico bayesiano

Revista peruana de biologa-2015

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

Haplogrupos basados en Citocromo b (1140

Haplogrupos basados en regiones flanqueantes, regin control y citocromo b (1943 pb)

* Indica que son valores significativos.

Revista peruana de biologa-2015

En el segundo anlisis, se obtuvieron casi los mismos resultados.

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

Figura 3. rbol filogentico de linajes de osos pardos y de osos de las

Revista peruana de biologa-2015

Estimacin de edad posterior (en miles de aos)

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

Cuando se analiza la secuencia de 1943pb, el haplotipo EB1 se

Como el haplogrupo K es muy relacionado al E, es probable que ellos

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

et al., 2002; Leonard et al., 2000)hace alusin a otra ola de

en este estudio representan un fenotipo particular de gran tamao,

El oso pardo como un modelo para la filogeografa en el norte de

Revista peruana de biologa-2015

IN SILICO DE LA EXPANSIN SBITA DE UN LINAJE MITOCONDRIAL DE OSO PARDO

octopetala, (Skrede, Eidesen, Portela, & Brochmann, 2006)), esto

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Revista peruana de biologa-2015