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a
Biologia Molecular da Clula, 5 Edio
Uma criatura do mar avistada entre as Antilhas e Nice, em 1562. Nunca saberemos exatamente o que a
pessoa que desenhou esta figura realmente viu, mas pouco provvel que esta criatura tenha sido totalmente
inventada. Qualquer um que tenha feito um curso de histologia sabe como difcil aprender a observar e captar detalhes relevantes e precisos a partir de uma cena no familiar. Isto importante para os bilogos celulares; muito fcil interpretar o que no familiar quando j se tem um conhecimento prvio, impossibitando a
percepo de algo novo.
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Clulas e Genomas
1-1
Falso. Os conjuntos de genes da hemoglobina se originaram nos humanos da duplicao a partir de um gene ancestral que codificava a protena globina; portanto,
eles so exemplos de genes parlogos. Os genes da hemoglobina humana e dos
chimpanzs so ortlogos, assim como os genes da hemoglobina de humanos
e de chimpanzs, etc. Todos os genes que codificam a protena globina, incluindo
o gene para a mioglobina, que apresenta uma relao evolutiva mais distante, so
homlogos uns aos outros.
1-2
Verdadeiro. Nos organismos unicelulares, o genoma tambm o material hereditrio, e qualquer modificao que ele sofra repassada para a prxima gerao. As clulas germinativas geralmente esto isoladas no interior dos organismos
multicelulares, minimizando o seu contato com clulas estranhas, vrus e DNA,
protegendo assim as espcies dos efeitos de uma possvel transferncia gentica
horizontal.
1-3
Verdadeiro. Os genomas das bactrias so reduzidos ao essencial: apenas uma pequena poro se destina ao controle da expresso gnica. J no genoma humano,
apenas cerca de 1,5% das sequncias de DNA codifica protenas.
1-4
A resistncia a mutaes, observada no cdigo gentico, sugere que ele esteja sujeito s presses da seleo natural. Dessa maneira, a resistncia a mutaes
uma caracterstica favorvel do cdigo gentico, pois permite que os organismos
mantenham informaes suficientes para especificar fentipos complexos. Esta
lgica sugere que um evento aleatrio aproximadamente de um em um milho
tenha sido responsvel pelo surgimento de um cdigo gentico prova de erros
como o nosso.
Contudo, na prtica isto no to simples. Se a resistncia a mutaes for uma
caracterstica essencial de qualquer cdigo gentico, ento os nicos cdigos que
observaramos seriam aqueles prova de erros. Um evento evolutivo menos rgido, que originasse um cdigo mais sujeito a erros, poderia limitar a complexidade
da vida.
Existem diversas provas de que o cdigo gentico no esttico e responde s
foras da seleo natural. Variantes do cdigo gentico j foram identificadas em
mitocndrias e no genoma nuclear de diversos organismos.
1-6
Alimentar-se significa obter energia livre ou substratos a partir de, seja esta
fonte a luz solar ou compostos qumicos inorgnicos. No caso da fotossntese, os
ftons da luz solar so utilizados para excitar os eltrons de algumas molculas,
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criando espcies instveis. Quando estes eltrons voltam ao seu estado natural, a
energia liberada aproveitada por mecanismos que direcionam a sntese de ATP.
De modo similar, os organismos litotrficos obtm energia livre pela oxidao de
uma ou mais molculas reduzidas obtidas das fendas termais (p. ex., H2S S +
2H+), utilizando alguma molcula comum presente no ambiente como aceptora
de eltrons (2H+ + O2 H2O). A energia liberada nestas reaes de oxidaoreduo (transferncia de eltrons) utilizada em reaes que envolvam a sntese
de ATP.
1-7
So possveis quatro rvores filogenticas (Figura R1-1). Os trs grupos podem ter
divergido de um ancestral comum ao mesmo tempo. As eubactrias e as arquebactrias podem ter divergido dos eucariotos e ento se separado. As eubactrias
e os eucariotos podem ter divergido das arquebactrias e ento formado ramos
distintos. Ou ainda, as arquebactrias e os eucariotos podem ter divergido das
eubactrias antes de divergirem entre si. Apesar de os eventos de transferncia
horizontal tornarem a anlise filogentica mais complicada, acredita-se que as
arquebactrias e os eucariotos se separaram das eubactrias e ento as arquebactrias divergiram do grupo dos eucariotos.
1-8
1-9
A. Uma vez que os genes envolvidos nos processos de fluxo de informao esto
menos sujeitos transferncia horizontal, as rvores evolutivas derivadas destes
genes so mais confiveis para estimar as relaes evolutivas entre os organismos.
Portanto, provvel que as arquebactrias tenham se separado dos eucariotos depois de ambos terem divergido do grupo das eubactrias.
B. A complexidade uma explicao lgica para as diferenas nas taxas de transferncia horizontal de genes. A transferncia bem sucedida de um gene relacionado
ao processo de fluxo de informao necessita que o seu produto gnico se encaixe
em um complexo funcional preexistente, talvez suplantando a protena original
presente no organismo. Para que esta protena se encaixe em um complexo proteico, necessrio que ela apresente superfcies de ligao complementares ao
complexo, permitindo a sua interao correta. J um produto gnico que desempenhe uma reao metablica independente pode ser perfeitamente funcional
em qualquer organismo. Se esta reao metablica conferir alguma vantagem
adaptativa ao organismo que receber este gene (ou ao menos, no conferir desvantagens), o gene em questo pode ser acomodado no genoma do organismo
receptor.
Referncia: Jain R, Rivera MC e Lake JA (1999) Horizontal gene transfer among
genomes: The complexity hypothesis. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96, 3801-3806.
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Captulo 1
Clulas e Genomas
1-10
A. A hiptese mais simples que a transferncia gnica tenha ocorrido no ponto indicado na Figura R1-2. As linhagens alm deste ponto apresentam o gene Cox2
nuclear, enquanto as linhagens que se ramificam nos pontos anteriores no apresentam.
B. Cinco gneros (Lespedeza, Dumasia, Pseudeminia, Neonotonia e Amphicarpa)
aparentemente possuem cpias funcionais dos genes mitocondrial e nuclear,
conforme indicado em cinza na Figura R1-2.
C. Dez gneros (Eriosema, Atylosia, Erythrina, Ramirezella, Vigna, Phaseolus,
Ortholobium, Psoralea, Cullen e Glycine) no apresentam o gene mitocondrial
funcional. O nmero mnimo de eventos de inativao quatro, conforme indicado pelos quadrados na Figura R1-2.
D. Seis gneros (Calopogonium, Pachyrrhizus, Cologania, Pueraria, Pseudovigna e
Teramnus) no apresentam a cpia funcional do gene nuclear. O nmero mnimo
de eventos de inativao cinco, conforme indicado pelos crculos na Figura R12.
E. Estes dados sugerem que a transferncia de genes da mitocndria para o ncleo
no um processo de apenas uma etapa; isto , simultnea perda do gene mitocondrial e aparecimento deste gene no ncleo. Este um cenrio bastante improvvel uma vez que as verses nucleares dos genes mitocondriais devem adquirir
ainda sequncias sinalizadoras que permitam o transporte das protenas sintetizadas para a mitocndria (veja o Captulo 12 da obra). Os dados apresentados na
Figura R1-2 indicam que o processo de transferncia iniciou com o aparecimento
do gene no ncleo. Esta primeira etapa no acompanhada pela perda do gene
mitocondrial. Uma vez que o gene nuclear esteja ativado, observado um estgio intermedirio onde as duas cpias do gene esto ativadas. Posteriormente,
uma das cpias inativada. Se o gene nuclear for inativado, o processo de transferncia do gene interrompido. Se o gene mitocondrial for inativado (geralmente
por mutaes pontuais), a transferncia gnica pode continuar. O estgio final da
transferncia a eliminao do gene mitocondrial no funcional, um processo
que ocorrer durante a replicao do genoma.
Referncia: Adams KL, Song K, Roessler OG, Nugent JM, Doyle JL, Doyle JJ e
Palmer JD (1999) Intracellular gene transfer in action: Dual transcription and
multiple silencing of nuclear and mitocondrial cox2 genes in legumes. Proc. Natl.
Acad. Sci. U.S.A. 96, 13863-13868.
1-11
A. Os dados da rvore filogentica (ver Figura 1-3, constante na obra, p. 43) indicam
que o gene da hemoglobina de plantas tenha se originado por transferncia horizontal. As sequncias das hemoglobinas de plantas parecem ter divergido h muito tempo na escala evolutiva, no mesmo momento, ou ainda antes, do surgimento
dos moluscos, insetos e nematoides. As relaes evolutivas indicadas na rvore
sugerem que o gene da hemoglobina surgiu a partir de algum ancestral comum.
B. Se o gene da hemoglobina de plantas tivesse se originado de transferncia horizontal a partir de um parasita nematoides, a sua sequncia estaria agrupada com
as sequncias de genes de hemoglobina de nematoides na rvore filogentica da
Figura Q1-3.
1-12
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Transferncia
gnica e
ativao
Pisum
Clitoria
Tephrosia
Galactia
Canavalia
+
+
+
+
+
+
Lespedeza
Eriosema
Atylosia
Erythrina
+
+
+
+
+
+
Ramirezzella
Vigna
Phaseolus
+
+
+
+
+
+
Dumasia
Calopogonium
Pachyrhizus
+
+
+
+
+
+
Cologania
Pueraria
Pseudeminia
Pseudovigna
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Ortholobium
Psoralea
Cullen
Glycine
+
+
+
+
+
+
+
+
Neonotonia
Teramnus
Amphicarpa
+
+
+
+
+
+
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2-3
2-4
Verdadeiro. A diferena entre animais e plantas o modo como obtm as molculas que sero oxidadas para consumo de energia. As plantas utilizam as reaes de
fotossntese, e os animais precisam ingerir suas fontes de alimento.
2-5
Verdadeiro. As reaes de oxidao-reduo se referem s reaes nas quais ocorre transferncia de eltrons entre molculas. Uma reao de oxidao deve ser
acompanhada por uma reao de reduo, pois o nmero de eltrons deve ser
mantido constante.
2-6
Falso. A constante de equilbrio para a reao A B no alterada. O acoplamento de reaes pode transformar uma reao desfavorvel em uma reao favorvel, por alterar a concentrao dos produtos da primeira reao em relao aos
seus substratos, mas no ir mudar o valor da sua constante de equilbrio, pois,
como o nome indica, este valor constante.
2-7
Verdadeiro. Uma reao com valor negativo de G no ir ocorrer espontaneamente caso a concentrao de produto exceda a concentrao esperada nas
condies de equilbrio. J uma reao com valor positivo de G ocorrer espontaneamente em condies onde exista excesso de substratos em relao
concentrao esperada nas condies de equilbrio.
2-8
Falso. A gliclise a nica via metablica capaz de gerar ATP na ausncia de oxignio. Existem diversas situaes de anoxia em que as clulas dependem da gliclise para a obteno de energia. Por exemplo, em treinos intensos de corrida, a
circulao no capaz de manter condies adequadas de oxigenao nos msculos das pernas, que dependem ento da gliclise, realizada a partir das molculas de glicognio celular. Outro exemplo so as hemcias, que, por apresentarem
mitocndrias, no realizam metabolismo oxidativo.
2-9
2-10
A qumica orgnica realizada nos laboratrios raramente realizada em gua, devido baixa solubilidade de alguns compostos e reatividade da gua com algumas reaes. No entanto, a maior diferena entre a qumica orgnica das clulas
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vivas e a realizada em laboratrio a complexidade. Um fator essencial em laboratrio o uso de reagentes com alto grau de pureza; j nas clulas vivas, milhares de reaes distintas so realizadas simultaneamente e sem interferncias. a
habilidade das enzimas de isolar ambientes timos atravs de catalisadores que
permite a realizao de tantas reaes simultneas.
2-11
A. O etanol em uma cerveja com graduao alcolica igual a 5% est na concentrao 0,86 M. O etanol puro 17,2 M ([789 g/L] [mol/46 g]).
B. No limite legal de 80 mg/100 mL, haver uma concentrao de etanol igual a 17,4
mM no sangue ([80 mg/0,1 L0 [mmol/46 mg]).
C. No limite legal (17,4 mM), o etanol de cervejas com graduao alcolica igual a
5% (0,86 M) estar diludo 49,4 vezes (860 mM/17,4 mM). Esta diluio representa 809 mL de cerveja em 40 L de gua corporal, o que equivale a 2,3 cervejas
de 355 mL.
D. Aproximadamente quatro horas. Com duas vezes o limite legal, uma pessoa ter
64 g de etanol ([0,16 g/0,1L] [40 L]). Uma pessoa capaz de metabolizar 8,4 g de
etanol por hora, levando 3,8 horas para metabolizar 32 g de etanol (equivalente
quantidade que excede o limite legal).
2-12
2-13
Quanto menor a meia-vida, maior o nmero de tomos que diminuiro por unidade de tempo, aumentando o nmero de dpm ou curies. Se tomos radiativos
estiverem presentes em quantidades equimolares, aqueles com meia-vida mais
curta apresentaro maior valor de dpm ou Ci/mmol uma atividade especfica
maior.
A. Uma soluo considerada neutra quando as concentraes de H e OH so
iguais. Isto ocorre quando a concentrao de cada um destes ons igual a 107 M,
e seu produto equivale a 1014 M2.
B. Em uma soluo de NaOH de 1 mM, a concentrao de OH 103M. Portanto, a
concentrao de H igual a 1011 M, o que corresponde a um valor de pH igual a
11.
[H]
KW
[OH]
1014 M2
1011 M
103 M
5
C. Um valor de pH igual a 5,0 corresponde a uma concentrao de H igual a 10 M.
9
A concentrao de ons OH nesta mesma soluo ser igual a 10 M.
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2-14
Os valores de pK, do menor para o maior, sero 4, 1, 2, 3. Considere o grupo carboxila da cadeia lateral do aspartato, ou cido asprtico, na superfcie de uma protena, na ausncia de outros grupos ionizveis (condio 1). Nestas condies, o
seu valor de pK ser de aproximadamente 4,5, um valor maior do que o observado
no aminocido livre, pois no sofre a influncia do grupo amino carregado positivamente. Se esta cadeia lateral se encontrar em um ambiente hidrofbico, no interior de uma protena (condio 2), o seu valor de pK ser maior, pois a presena
de um grupo carregado em um ambiente hidrofbico desfavorvel. Havendo um
segundo grupo negativamente carregado neste ambiente hidrofbico (condio
3), o valor de pK da cadeia lateral do aspartato ser ainda maior devido repulso
eletrosttica. Caso exista um grupo de carga positiva neste ambiente (condio
4), a atrao eletrosttica favorecer a transferncia de um prton, diminuindo o
valor de pK da cadeia lateral do aspartato, mesmo quando comparado ao mesmo
aminocido exposto na superfcie de uma protena (1).
2-15
Se a atividade enzimtica for dependente de uma alterao no estado de protonao de um resduo de histidina, esta histidina dever estar no seu estado protonado (carregado), e a enzima ser ativa em valores de pH menores que o pK da
histidina (geralmente entre 6,5 e 7,0).
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2-16
Antes de uma corrida, o corredor deve respirar rapidamente. Como uma corrida
de curta distncia resultar em uma diminuio do pH do sangue, o objetivo antes
da corrida aumentar o pH sanguneo, aumentando o tempo que o atleta levar
para atingir o estado de fadiga. Segurar o flego ir aumentar a quantidade de CO2
dissolvido no sangue, deslocando o equilbrio da reao para a direita, aumentando a [H] e diminuindo o pH do sangue. Ao respirar rapidamente, a concentrao
de CO2 do sangue diminui e desloca o equilbrio da reao para a esquerda, diminuindo a [H] e aumentando o pH do sangue.
P
O
C
hidroxila HO C
grupo
carboxlico
fosfrico do
cido andrico
CH2
O
2-17
Os grupos funcionais das trs molculas esto indicados e devidamente denominados na Figura R2-1.
2-18
O
1,3-bifosfoglicerato
v (kT/m)1/2
O carboxilato
v
O fosforil
C
carbonil
v 3,78 10 cm/seg
4
2-19
CH3
piruvato
SH sulfidril
CH2
CH2
amino NH3
2-20
2-21
CH
carboxilato
C
+
cistena
Figura R2-1 Grupos funcionais nas mo-
watts
109 ATP
mol
12 kcal
5 1013 clulas
4,18 103 J
23
corpo
60 seg clula
corpo
mol
kcal
6 10 ATP
2-22
69,7 J/seg
corpo
69,7 watts
corpo
9,8 m
J
kcal
2 2.818 m
kg m2/seg2
seg
4,18 103
495,5 kcal
Este valor equivale a 1,5 barra energtica. Na realidade, o corpo humano no converte energia em trabalho com 100% de eficincia, e sim com aproximadamente
25% de eficincia, o que aumenta a necessidade calrica para cerca de 6 barras.
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10
2-24
2-25
[glicose] [ATP]
[G6P] [ADP]
[glicose] [ATP]
[G6P] [ADP]
log
[glicose] [ATP]
4,0 kcal/mol
2,44
[G6P] [ADP]
1,41 kcal/mol
log
[glicose] [ATP]
0,0015
[G6P] [ADP]
A remoo de fragmentos de dois tomos de carbono a partir da extremidade carboxlica a nica possibilidade que explica a diferena entre o metabolismo de
cidos graxos de cadeia par ou mpar. Os dois tomos de carbono terminais no
so removidos do cido fenilactico, pois o anel benznico interfere com o processo de fragmentao atravs de alteraes induzidas no terceiro tomo, a partir
da extremidade carboxlica. Como este carbono faz parte do anel benznico no
cido fenilactico, ele no metabolizado.
Alm de explicar a diferena no metabolismo de cidos graxos de cadeia par e
mpar, os resultados de Knoop tambm indicaram a direo da degradao da
cadeia do cido graxo. Se a extremidade no cida nos cidos graxos fosse degradada inicialmente, a adio do anel benznico impediria o seu metabolismo, ou o
anel benznico seria excretado sempre na mesma forma, independentemente do
nmero de tomos de carbono presentes na molcula de cido graxo.
Referncia: Knoop F (1905) Der Abbau aromatischer Fettsuren im Tierkrper.
Beitr. Chem. Physiol. 6, 150-162.
2-27
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TrpE
TrpD
TrpB
triptofano
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Captulo 2
11
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Protenas
3-1
3-2
Verdadeiro. As alas que se projetam e circundam as protenas geralmente apresentam diversos grupos qumicos que permitem a interao de outras molculas
atravs de diversas ligaes qumicas fracas.
3-3
3-4
3-5
Verdadeiro. O termo cooperatividade indica que alteraes conformacionais sofridas por uma das subunidades que compem uma protena com estrutura quaternria so comunicadas s outras subunidades idnticas da molcula, induzindo a mesma alterao conformacional em toda a protena.
3-6
3-7
Uma vez que cada posio em uma protena de 300 aminocidos pode ser ocupada por um dos 20 aminocidos de ocorrncia natural, existem 20300 (o que equivale a 10390) protenas possveis. A massa de uma destas possveis protenas seria:
massa
110 d
300 a
g
10390 protenas
a
protena
6 1023 d
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Em termos gerais, uma identidade de pelo menos 30% suficiente para a identificao de protenas homlogas nas buscas em bancos de dados. As identidades
entre 20 e 30% so problemticas, pois as protenas identificadas como possveis
homlogas podem ser falso-positivas, uma limitao da tcnica. A busca por
sequncias de protenas homlogas de relacionamento evolutivo mais distante
facilitada pelo uso de sequncias de aminocidos mais curtas, pois quando se
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14
Captulo 3 Protenas
3-10
A. Estes dados so consistentes com a hiptese de que o comportamento de mola da
molcula de titina se deve ao desenovelamento sequencial dos seus domnios Ig.
Inicialmente, o fragmento continha sete domnios Ig, havendo sete picos no grfico resultante de fora versus extenso. Os picos resultantes observados correspondem ainda ao esperado em uma perda sequencial da estrutura secundria dos
domnios da protena. A adio de um agente desnaturante elimina os picos do
grfico, pois a protena j ter perdido a estrutura dos seus domnios Ig, aumentando a extenso que ela atinge por unidade de fora aplicada. Quando estes domnios so estabilizados por ligaes entre eles e, portanto, se tornam incapazes
de se desenovelarem, os picos desaparecem do grfico e a extenso por unidade
de fora aplicada diminui.
B. O espaamento entre os picos, de aproximadamente 25 nm, corresponde quase
perfeitamente ao valor calculado para o desenovelamento sequencial dos domnios Ig. Um domnio enovelado ocupa 4 nm, mas, quando desenovelado, os seus
89 aminocidos alinhados ocupam cerca de 30 nm (89 0,34 nm), um aumento
de 26 nm.
C. A presena de picos separados indica que cada domnio se desdobra quando submetido a uma fora caracterstica, implicando que cada domnio apresenta uma
estabilidade definida. A coleo de domnios se desdobra na ordem do menos ao
mais estvel. Assim, necessrio um pouco mais de fora a cada vez para desdobrar o prximo domnio.
D. A quebra abrupta da fora reflete uma caracterstica importante das protenas: a
cooperatividade. As protenas tendem a perder a sua estrutura terciria e secundria de um modo tudo-ou-nada. Um pequeno nmero de ligaes de hidrognio
responsvel por manter a estrutura de um domnio (Figura R3-1), e o rompimento destas ligaes desencadeia o processo tudo-ou-nada de perda da estrutura tridimensional.
Referncia: Rief M, Gutel M, Oesterhelt F, Fernandez JM e Gaub HE (1997)
Reversible folding of individual titin immunoglobulin domains by AFM. Science 276, 1109-1112.
3-11
A. Estima-se que a sntese de uma protena composta por 10.000 aminocidos ocorra
da maneira correta em 37% das vezes.
PC (fc)n (0,9999)10.000
0,37
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C
N
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Captulo 3 Protenas
15
B. A premissa apresentada em A de que subunidades corretas e incorretas so incorporadas ao ribossomo com igual probabilidade no verdadeira. Qualquer
erro que interfira no enovelamento correto de uma subunidade, ou na habilidade
desta subunidade de se ligar s demais, a elimina da formao do ribossomo. Portanto, a vantagem da sntese de subunidades no est na maior taxa de sucesso de
sntese, e sim em permitir que um mecanismo de controle de qualidade rejeite as
subunidades incorretas eficientemente.
3-12
A. As concentraes relativas das protenas Src normal e mutante so inversamente
proporcionais ao volume em que elas esto distribudas. A protena mutante Src
est distribuda no mesmo volume celular, que :
Vclula (4/3)r3 4(10 106 m)3/3 4,1888 1015 m3
A protena Src normal se encontra restrita camada de 4 nm adjacente membrana, que apresenta um volume igual ao da clula, menos o volume de uma esfera
com um raio 4 nm menor que o raio da clula:
Vcamada Vclula 4 (r 4 nm)3/3
Vclula 4 ([10 106 m] [4 109 m])3/3
(4,1888 1015 m3) (4,1888 1015 m3)
Vcamada 0,0050 1015 m3
Portanto, o volume da clula 838 vezes maior que o volume da camada de 4 nm
adjacente membrana (4,1888 1015 m3/0,0050 1015 m3).
Mesmo considerando as regies internas da clula s quais a protena Src mutante no tem acesso, como ncleo e organelas, a protena mutante ainda apresentar concentrao algumas ordens de magnitude a menos que a protena Src
normal.
B. A protena mutante Src no causa a proliferao celular, pois est presente em
concentraes mais baixas na regio onde o seu alvo X se encontra. Esta afirmativa pode ser quantificada considerando-se o equilbrio de ligao de Src e seu alvo
X:
Src X Src X
K [Src X]
[Src] [X]
A baixa concentrao da protena mutante nas regies adjacentes membrana ir
deslocar o equilbrio no sentido dos componentes livres, reduzindo a quantidade
de complexos formados, resultando na ausncia de efeito da protena mutante em
induzir a proliferao celular.
3-13
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16
Captulo 3 Protenas
3-15
Quando [S] zero, a velocidade igual a 0/Km e, portanto, igual a zero. Quando
[S] Km, a razo de [S]/([S] Km) igual a , e a velocidade igual a 1/2 Vmx. Em
valores infinitos de [S], a razo [S]/([S] Km) igual a 1, e a velocidade igual a
Vmx.
3-16
A. Uma enzima composta inteiramente por D-aminocidos apresentar a mesma
conformao da enzima composta por L-aminocidos, sendo a sua imagem especular exata.
B. Espera-se que esta enzima correspondente imagem especular seja capaz de reconhecer a imagem especular do seu substrato. Desta forma, uma D-hexoinase adicionaria um fosfato a uma molcula de l-glicose, mas no molcula de
d-glicose.
Este experimento foi conduzido com a protease do HIV. A protease especular
capaz de reconhecer e clivar a estrutura especular do seu substrato.
Tabela R3-1 Valores calculados
para a frao ligada em funo
da concentrao de protena
(Resposta 3-14).
Frao
Ligada
[Protena] (%)
4
10 Kd
103 Kd
102 Kd
101 Kd
Kd
10-1 Kd
10-2 Kd
10-3 Kd
10-4 Kd
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99,99
99,9
99
91
50
9,1
0,99
0,099
0,0099
A hemoglobina capaz de ligar molculas de oxignio de maneira eficaz nos pulmes, pois ali a presso parcial de oxignio alta. Nos tecidos, a presso parcial
de oxignio mais baixa, pois ele est presente em concentraes menores, uma
vez que consumido constantemente no metabolismo. Em condies de menor
presso parcial de oxignio, a hemoglobina libera estas molculas. Este fenmeno,
que causado pelo equilbrio de ligao, favorecido por interaes alostricas
entre as quatro subunidades que compem uma molcula funcional de hemoglobina.
3-18
Uma hiptese vivel seria o excesso de AMP mediar a inibio por retroalimentao da enzima que converte E em F, e o excesso de GMP mediar a inibio por retroalimentao da etapa que converte E em H. O intermedirio E, que acumularia
pela inibio destas enzimas, por sua vez mediaria a inibio por retroalimentao da etapa que converte R5P em A. Diversas vias metablicas, que se subdivi-
Valores
arredondados
99,99
99,9
99
90
50
10
1
0,1
0,01
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Captulo 3 Protenas
R5P
50%
A
50%
100%
B
AMP
GMP
17
E
100%
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DNA, Cromossomos
e Genomas
4-1
Verdadeiro. Os homens possuem um total de 24 cromossomos diferentes (22 autossomos, um X e um Y) e as mulheres 23 cromossomos diferentes (22 autossomos e 2 cromossomos X).
4-2
Verdadeiro. Camundongos e humanos divergiram a partir de um ancestral comum. Suas sequncias de DNA sofreram mutaes aleatrias. As regies que foram conservadas so aquelas com funes importantes. Quando as mutaes tm
efeitos deletrios, a seleo natural se encarrega da eliminao.
4-3
4-4
Falso. O movimento dos nucleossomos ao longo do DNA ou mesmo entre segmentos de DNA pode ser catalisado pelos complexos de remodelamento da cromatina utilizando a energia da hidrlise de ATP.
4-5
Verdadeiro. A duplicao gnica permite que um dos dois genes sofra divergncia,
isto , adquira funes diferentes, mas relacionadas.
4-6
4-7
4-8
Como C sempre forma par com G nos DNAs de fita dupla, ento a quantidade de
G igual a de C, ou seja, 20% em base molar. O restante a quantidade de A e T,
que tambm se equivalem, sendo de 30% cada.
4-9
4-10
Primeira
inverso
Segunda
inverso
Figura R4-1 Inverses e cromossomo
Orangotango
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Intermedirio
Humano
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20
4-11
4-12
A presena de dois centrmeros torna o cromossomo instvel, pois os microtbulos de cada polo se ligariam aos cinetocoros que esto associados com cromtides
diferentes. Quando isso ocorre, cada cromtide ser puxada para os polos opostos
dos fusos com fora suficiente para quebrar os cromossomos.
4-13
4-14
Como os blocos dos gene Hox so ricos em segmentos no codificantes conservados e, provavelmente, elementos reguladores, as inseres de elementos transponveis nesses blocos so eliminadas por seleo de purificao. Essas inseres
provavelmente interrompem a regulao apropriada dos genes Hox.
Referncia: Lander ES et al. (2001) Initial sequencing and analysis of the human
genome. Nature 409, 860-921.
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Replicao, Reparo e
Recombinao de DNA
5-1
Esta afirmao pode ser verdadeira. A cada diviso celular existe a chance de
ocorrerem mutaes (6,4 mutaes cada vez que o genoma copiado). Dessa forma, normalmente duas clulas-filhas sero diferentes uma da outra e diferentes
da clula parental. Ocasionalmente, o genoma pode ser copiado perfeitamente e
dar origem a clulas-filhas idnticas.
5-2
5-3
Verdadeiro. Considerando uma fita-molde simples e o sentido da transcrio sempre 5-3, a fita-lder sempre encontra uma fita descontnua, independentemente
da origem.
5-4
5-5
Se as enzimas de reparo no distinguissem entre a fita-molde e a recm-sintetizada, haveria uma chance de apenas 50% do erro ser corrigido, resultando em
50% de mutantes e 50% de no mutantes na prognie, nmero equivalente ao do
reparo indiscriminado.
5-7
A maioria dos nucleotdeos pareados incorretamente removida pela exonuclease de reparo associada com a DNA-polimerase, mas as DNA-polimerases tambm
so capazes de estender um iniciador mal pareado.
Referncia: Johnson KA (1993) Conformational coupling in DNA polymerase fidelity. Annu. Rev. Biochem. 62, 685-713.
5-8
5-9
Em vrios locais nas clulas de vertebrados, a sequncia CG metilada. A desaminao espontnea do C metilado d origem a um T. Esse T removido por uma
DNA-glicosilase que o reconhece como mal pareado. Com o tempo, as mutaes
elevadas dos dinucleotdeos CG resultaram em sua perda preferencial, levando a
sua subrepresentao no genoma humano.
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22
5-10
3
ou
5-11
Duas verses da juno Holliday dupla resultante de uma invaso de fitas esto
mostradas na Figura R5-2.
5-12
Figura R5-2 Juno Holliday dupla (Resposta 5-11). A nova sntese de DNA est
indicada por linhas onduladas.
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Verdadeiro. Quando ocorre um erro na duplicao do DNA, isso poder afetar todas as clulas que se originarem a partir da clula que carrega a alterao. No caso
de clulas mitticas, as clulas-filhas e as geraes celulares posteriores sero potencialmente afetadas, e no caso de clulas da linhagem germinativa, o novo organismo que for gerado carregar a alterao em todas as suas clulas. Quando se
consideram erros de transcrio, apenas algumas molculas de RNA produzidas
vo conter estes erros. Como as molculas de RNA geralmente apresentam uma
meia-vida curta, sendo degradadas com relativa rapidez, e como tambm existem
outros mecanismos de controle de qualidade em pontos posteriores da cascata,
alteraes na transcrio so menos perigosas do que alteraes na duplicao do DNA. Entre as evidncias que apontam para esta diferena entre as consequncias de alteraes sobre a duplicao e a transcrio salienta-se o fato de
RNA-polimerases apresentarem uma taxa de erro de aproximadamente um erro a
cada 104 nucleotdeos copiados, ao passo que as DNA-polimerases cometem um
erro a cada 107 nucleotdeos. Assim, em termos de seleo natural, parece que
erros cometidos por RNA-polimerases so mais tolerados do que erros cometidos
por DNA-polimerases.
6-2
6-3
Falso. O pareamento oscilante ocorre entre a terceira posio do cdon e a primeira posio do anticdon. Lembre-se sempre que a contagem dos nucleotdeos
feita na direo de 5 para 3 da fita de cidos nucleicos que est sendo considerada.
6-4
Falso. Este argumento sempre levou em considerao que poucos tipos de reaes
esto representados nas ribozimas das clulas atuais, mas sabe-se que muitos
processos catalticos nas clulas atuais so realizados por ribozimas (a traduo
o melhor exemplo). Alm disso, experimentalmente j foi possvel identificar
diversas ribozimas com capacidades de catlise relativas a uma ampla gama de
reaes biolgicas e to ou quase to eficientes quanto enzimas proteicas. Se as ribozimas esto subrepresentadas nas clulas modernas isso provavelmente ocorra
devido disponibilidade de 20 aminocidos, em contrapartida s quatro bases.
Essa diferena entre os componentes de cidos nucleicos e protenas permite potencialmente que as enzimas proteicas utilizem um nmero maior de estratgias
catalticas e lhes fornece maior possibilidade de ligao a diferentes substratos.
6-5
Na Figura Q6-1 (p. 409, do original), a RNA-polimerase deve estar se movimentando da direita para a esquerda e no apresenta possibilidade de girar livremente
em torno da fita-molde, pois pode-se observar tanto supertores positivas, a sua
frente (representando uma compactao), quanto supertores negativas, atrs
dela (representando relaxamento da fita de DNA). Isso s est ocorrendo porque,
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24
como salientado anteriormente, algo impede que a RNA-polimerase gire livremente em torno do molde medida que se movimenta sobre o DNA. Caso no
houvesse esse impedimento, a RNA-polimerase poderia girar sobre a fita de DNA
e no haveria nem compactao e nem relaxamento da fita e, consequentemente,
no haveria formao das supertores.
Referncia: Liu LF e Wang JC (1987) Supercoiling of the DNA template during
transcription. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 84, 7024-7027.
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6-6
A fosforilao do CTD permite o incio da transcrio, pois libera a RNA-polimerase das outras protenas, fazendo com que ela possa movimentar-se sobre a
fita-molde. Ao ocorrer a fosforilao do CTD, e a consequente dissociao destas
protenas, criam-se as condies para que um outro grupo de protenas se associe RNA-polimerase. Estas novas protenas associadas RNA-polimerase so de
extrema importncia para o processamento da fita de RNA que est sendo sintetizada, e entre as funes que desempenham pode-se citar o capeamento da
extremidade 5, o splicing de ntrons e a poliadenilao da extremidade 3.
6-7
Para responder esta questo, deve-se inicialmente considerar que a fase de leitura
de qualquer um dos transcritos maduros originados dada pelo xon 1. Assim,
seja qual for a sequncia ou o nmero de nucleotdeos dos demais xons, impreterivelmente a fase de leitura j estar estabelecida quando a maquinaria de traduo alcanar um ponto determinado qualquer. As afirmaes A e B podem
ser verdadeiras, mas no so obrigatoriamente verdadeiras. Tanto no caso dos
xons 2 e 3 quanto no caso dos xons 7 e 8, o importante que a fase de leitura definida no seja alterada, visto que a sequncia proteica deve ser a mesma para os
segmentos do mRNA que correspondem aos xons 1 e 10. Assim, se for utilizado
o xon 2 ou o xon 3 (ou o 7 versus o 8), o importante que a entrada no xon
a seguir respeite a fase de leitura normal (ou padro) para aquele xon, e isso s
poder ocorrer seguindo-se obrigatoriamente a afirmao C, ou seja, os xons alternativos devem possuir um nmero de nucleotdeos que, quando dividido por
trs (o nmero de nucleotdeos em um cdon), apresente o mesmo resto. Pode-se
testar este exerccio visto que a sequncia do gene da -tropomiosina conhecida: tanto o xon 2 quanto o xon 3 contm o mesmo nmero de nucleotdeos
(126), que divisvel por trs, sem resto, e portanto permitem a entrada no xon
seguinte na mesma fase. Os xons 7 e 8 tambm contm o mesmo nmero de
nucleotdeos, que dividido por trs fornece um resto igual a um. Conforme salientado anteriormente, apesar de conterem o mesmo nmero de nucleotdeos (o que
parece dar razo resposta A), este fato no obrigatrio. Se o xon 2 tivesse 126
nucleotdeos e o xon 3 possusse 129 nucleotdeos, a entrada no xon seguinte
ocorreria na mesma fase de leitura.
6-8
Como est sendo considerado que todas as mutaes envolvem uma nica alterao nucleotdica, consultando uma Tabela do cdigo gentico pode ser concludo
que s os seguintes cdons poderiam estar envolvidos: GUG para valina, GCG
para alanina, AUG para metionina e ACG para treonina. Para que houvesse isolamento de um mutante valina para treonina em um nico passo, seria necessrio
que dois nucleotdeos adjacentes sobre o cdon GUG (valina) fossem alterados
(o primeiro G para A e o U para C), originando o ACG que codifica para treonina. Deve ser considerado que, apesar de estarmos trabalhando com mutagnese
induzida, cada uma das alteraes, individualmente, resultante de um evento
relativamente pouco frequente e que, portanto, a ocorrncia de dois eventos de
mutao em dois nucleotdeos adjacentes seria ainda menos frequente; ou seja,
um duplo mutante deve ser bastante raro.
6-9
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Captulo 6
25
6-11
6-12
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26
acar ribose um agente para a catlise da ligao fosfodister 3-5, que une os
nucleotdeos adjacentes. Como o DNA usa desoxirribose, escapa deste mecanismo de quebra da cadeia. Alm disso, como a hlice dupla do DNA composta por
duas fitas complementares, no caso de leso ou mesmo de incorporao de um
nucleotdeo errneo durante o processo de duplicao do DNA, h a possibilidade de que estes danos sejam reparados eficientemente pela comparao com a
sequncia da fita complementar. A prpria composio de bases do DNA torna-o
mais eficiente como estoque mais estvel de informao. O uso de timina no DNA
(no RNA usada a uracila) estabelece uma proteo contra os efeitos da deaminao. A deaminao de T d origem a uma base anormal (metil C), que facilmente
identificada como estranha aos cidos nucleicos, ao passo que a deaminao de U
d origem a um C, que uma base normalmente presente.
C U
5 G C A
C C G
3 C G U
G G C
A C
5 GCACUCCGUCGGCAUGC 3
3 CGUGAGGCAGCCGUACG 5
G
5 G C A U
C C G
3 C G U G
G G C
A
Figura R6-1 Estruturas em grampo
formadas por uma fita de RNA, cuja sequncia foi dada na Questo 6-13, e sua
fita complementar (sequncia inferida a
partir da sequncia de RNA original fornecida). Na parte central da figura esto
ilustradas as sequncias de RNA de fita
simples (emparelhadas para evidenciar
sua complementaridade), e acima e
abaixo esto ilustradas as respectivas
estruturas em grampo derivadas. O pareamento incomum GU na estrutura em
grampo, abaixo do dplex, est salientado em um quadro tracejado.
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6-13
O sistema de complementaridade reversa faz com que uma molcula complementar a este RNA possua uma sequncia que formar um grampo bastante semelhante ao desta molcula, como ilustrado na Figura R6-1.
As estruturas destas duas molculas em grampo sero bastante semelhantes,
sendo idnticas nas regies de fita dupla que envolvem pareamentos de base GC
e AU tradicionais. As regies de fita simples seriam distintas entre as duas molculas em grampo. Alm dos pareamentos tradicionais de base (GC e AU), no RNA
pareamentos GU tambm podem estar presentes e so estveis. Desta forma, a
molcula complementar sequncia de RNA que foi dada nesta questo formaria
um grampo com um pareamento a mais do que o grampo da molcula original.
Essa diferena est representada na Figura R6-1.
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7-2
7-3
7-4
Cada fosfato adicionado altera a carga da protena em uma unidade, mas tem pouco efeito sobre a sua massa molecular. Como consequncia, as protenas que diferem apenas no nmero de fosfatos adicionados iro apresentar a mesma massa,
mas diferentes pontos isoeltricos, formando um conjunto de bandas horizontais,
conforme mostrado na Figura R7-1. importante ressaltar que um conjunto de
bandas horizontais no prova que estas protenas estejam relacionadas por fosforilao; podem ser protenas de mesma massa molecular e pontos isoeltricos
distintos. Para resolver este problema, possvel tratar as amostras com fosfatase
antes da separao por eletroforese.
7-5
7-6
Sob condies especficas (mesma concentrao de DNA e de protenas reguladoras), uma protena encontrar o seu stio de reconhecimento com a mesma eficcia no ncleo de uma clula eucaritica e no interior de uma bactria. Considere
o volume do ncleo de uma clula eucaritica, que diretamente comparvel ao
interior de uma bactria. Nestes volumes aproximados, a habilidade de uma pro-
maior
7-1
menor
cido
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bsico
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28
7-9
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Captulo 7
29
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Manipulao de Protenas,
DNA e RNA
8-1
8-2
Referncia: Castagnola M (1998) Sensitive to the yoctomole limit. Trends Biochem. Sci. 23, 283.
8-3
Falso. A determinao das velocidades de associao e dissociao permite o clculo da constante de ligao por SPR, K = koff/kon
8-4
8-5
A tripsina uma protease que cliva a maioria das protenas. A colagenase es2+
pecfica para o colgeno e o EDTA quela Ca , que necessrio para manter as
caderinas unidas nas ligaes entre as clulas. O tratamento no mata as clulas,
pois os danos ocorrem nos componentes extracelulares que as clulas podem restabelecer.
8-6
8-7
8-8
8-9
A. Como mostrado na Figura R8-1A, no incio o DNA est distribudo uniformemente na soluo de CsCl de densidade uniforme. Aps a centrifugao, o CsCl empurrado para baixo no tubo, formando um gradiente linear em equilbrio (Figura
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32
Densidade do CsCl
1,76
CsCI
1,70
CsCI
1,64
DNA
R8-1B), onde o DNA vai se concentrando na sua densidade de flutuao, formando uma banda.
B. No centro do tubo de centrifugao, a densidade da soluo de CsCl se iguala
densidade mdia. Como o DNA forma uma banda prximo ao centro, sua densidade de flutuao de cerca de 1,71 g/mL.
C. A espessura da banda no gradiente de CsCl pode ser influenciada pela velocidade
de centrifugao. Quanto mais alta a fora centrfuga, mais estreita a banda. A
expessura tambm pode ser influenciada pela composio dos nucleotdeos. Nesse experimento, os fragmentos possuem composies diferentes, cada uma com
uma densidade levemente diferente, contribuindo para a espessura da banda observada. Alm desses dois fatores, ainda existe a difuso do DNA.
Referncia: Meselson M e Stahl FW (1958) The replication of DNA in Escherichia
coli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 44, 671-682.
8-10
A tecnologia do hibridoma bastante trabalhosa e demorada. A tcnica de adicionar um eptopo marcador e depois usar um anticorpo comercial muito mais
simples. A adio do eptopo na extremidade terminal N ou C da protena normalmente compatvel com a sua funo.
8-11
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8-12
O iniciador 1 hibridizar com a fita inferior e realizar a sntese para a direita, enquanto o iniciador 8 hibridizar com a fita superior e realizar a sntese para a
esquerda. Os iniciadores 2, 3, 6 e 7 no hibridizariam com as fitas. Os iniciadores 4
e 5 hibridizariam, mas sintetizariam as fitas para as direes erradas.
8-13
8-14
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33
3
SEGUNDO CICLO
3
TERCEIRO CICLO
5
priados. Uma mutao dominante negativa dominante, pois um nico alelo defectivo capaz de determinar o fentipo, ou seja, mesmo na presena de um alelo
normal, o produto gnico mutante interfere com a funo do produto normal,
causando uma perda de funo.
8-15
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Com certeza, assim como ocorreu com outras enfermidades, se a doena no existisse, o papel da insulina e de outras protenas no seria notado e a identificao e
o seu papel na fisiologia no seriam to bem estudados.
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Visualizao de Clulas
9-1
Falso. Os cromossomos humanos condensados tem mais de 1 m de largura, sendo possvel visualiz-los por microscopia de contraste de fase ou por contraste de
interferncia diferencial Nomarski.
9-2
9-3
Verdadeiro. Um feixe de laser pode ser focado com preciso, e assim ativar molculas encarceradas em um determinado momento e local preciso na clula.
9-4
9-5
9-6
Como o ndice de refrao da gua muito prximo ao da crnea, a principal fora refratria da crnea eliminada. culos melhoram a viso embaixo da gua,
pois colocam ar em frente da crnea, restaurando a diferena normal nos ndices
refratrios nessa interface.
9-7
Resoluo se refere habilidade de ver dois objetos pequenos como entidades separadas, e magnificao se refere ao tamanho da imagem em relao ao tamanho
do objeto.
9-8
Ambos os tipos de anticorpos secundrios amplificam o sinal inicial, mas a amplificao por anticorpos que carregam enzimas ligadas pode ser at 1.000 vezes
mais eficiente e mais sensvel.
9-9
GFPs mutantes foram geradas com diferentes aminocidos em torno do cromforo, o que influencia a capacidade do cromforo de interagir com a luz. O comprimento de onda no qual o cromforo excitado e no qual ele emite fluorescncia
depende do seu ambiente molecular.
Referncia: Service RF (2004) Immune cells speed the evolution of novel protein.
Science 306, 1457.
9-10
9-11
0,61
n sin
0,61 (0,004 nm)
sin
(0,1 nm)
arcsin 0,0244 = 1,4
Resoluo
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36
(B) FOSFORILADA
(A) NO FOSFORILADA
434 nm
476 nm
434 nm
P
CF
ET
FR
Cinase + ATP
P
CF
Substrato
fosfatase
YF
526 nm
YFP
Protena de
ligao
fosfotirosina
depresses
protuberncias
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Estruturas protuberantes lanam uma sombra atrs delas mesmas, enquanto que
depresses no. Como mostrado na Figura R9-2, na microscopia a sombra parece
mais brilhante pela ausncia de metal.
23.11.09 10:54:33
Estrutura da Membrana
10-1
Verdadeiro. Embora os fosfolipdeos difundam rapidamente no plano da membrana, os seus grupos polares no podem passar facilmente atravs do centro hidrofbico da bicamada, limitando a sua difuso nessa dimenso. Assim, este evento
ocorre muito raramente, e tipos especficos de molculas lipdicas inseridas em
uma monocamada ali permanecem, a menos que sejam transferidos ativamente
por translocadores de fosfolipdeos.
10-2
10-3
10-4
Qualquer ruptura na bicamada cria uma ponta exposta gua. Como isso energeticamente desfavorvel, as molculas da bicamada rompida se arranjaro de
forma espontnea para eliminar a extremidade livre, pois a conformao de bicamada mais favorvel energeticamente do que a de micelas.
10-5
Este processo converte cido graxo insaturado em saturado, j que ocorre reduo
das ligaes duplas por hidrogenao. O leo vegetal convertido em margarina
porque as cadeias de cidos graxos das molculas lipdicas ficam bem prximas
umas das outras, aumentando a viscosidade. A margarina feita a partir de leos
vegetais hidrogenados, cujas ligaes duplas foram removidas pela adio de tomos de hidrognio, tornando-a mais slida temperatura ambiente.
10-6
Uma balsa lipdica composta somente por lipdeos dever possuir 19.000 molculas de lipdeos por monocamada, portanto 38.000 molculas por balsa. O clculo
feito considerando que uma balsa de 70 nm de dimetro tem aproximadamente
3,8 103 nm2 de rea (3,14 352) e uma molcula lipdica de 0,5 nm de dimetro
tem 0,2 nm2 (3,14 0,252). Logo, o nmero de molculas dado por 3,8 103/0,2.
Cerca de 760 protenas devero estar presentes nessa mesma balsa (38.000/50).
10
10-7
A. Ocorre que o fosfolipdeo 1 est mais acessvel ao ascorbato que o fosfolipdeo 2,
sendo reduzido mais rapidamente. Mais detalhadamente, o radical nitrxido do
fosfolipdeo 1 est na cabea hidroflica que, por sua vez, est em contato direto
com o meio extracelular. Essa proximidade propicia uma rpida reao com o ascorbato. J o radical nitrxido do fosfolipdeo 2 encontra-se ligado cadeia de cido graxo, estando parcialmente enterrado no interior da membrana e, portanto,
menos acessvel ao ascorbato.
B. Percebe-se que no h alterao no perfil da perda de sinal da ESR dos eritrcitos
fantasmas, com relao ausncia ou presena de ascorbato, em comparao ao
perfil dos eritrcitos normais. provvel que exista algum agente redutor no citoplasma dos eritrcitos normais que seja capaz de reduzir o fosfolipdeo 1 (mais
exposto), mas no o fosfolipdeo 2 (menos exposto). Em resumo, nos eritrcitos
normais, o fosfolipdeo 2 fica estvel na ausncia de ascorbato e o fosfolipdeo 1
fica instvel, pois os fosfolipdeos da monocamanda citoplasmtica so expostos
ao agente redutor citoplasmtico, eliminando metade do sinal.
C. Sim. possvel observar na Figura Q10-3 (p. 649 da obra) que a metade dos fosfolipdeos 2 era sensvel ao ascorbato, quantidade esta equivalente ao marcador
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38
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10-8
A sequncia A a candidata mais provvel a formar uma hlice transmembrana, visto que composta principalmente por aminocidos hidrofbicos, podendo, portanto, estar integrada bicamada lipdica de forma estvel. O fato desta
sequncia conter os aminocidos polares treonina e serina no excludente, j
que no so incomuns em domnios hlice . J a sequncia B contm trs prolinas, o que ocasionaria a interrupo da hlice , expondo os grupos polares ao
ambiente hidrofbico da bicamada lipdica. A sequncia C, por sua vez, possui
trs aminocidos carregados (cido glutmico, arginina e cido asprtico), que
seriam energeticamente desfavorveis no interior hidrofbico de uma bicamada
lipdica.
10-9
10-10
Essa associao pode ser mediada por foras de van der Waals, as quais tm papel
fundamental em biologia estrutural. Embora sejam relativamente fracas, as foras
de van der Waals tornam-se importantes quando duas superfcies macromoleculares so complementares e muitos tomos esto envolvidos, pois desta forma so
capazes de manter as molculas unidas.
23.11.09 10:54:33
Transporte de Membrana
de Pequenas Molculas e as
Propriedades Eltricas das
Membranas
11-1
11-2
Falso. A saturao dos transportadores fcil de imaginar, pois eles devem ligar-se
molcula que ser transportada e, portanto, sua capacidade de carga limitada pela disponibilidade dos stios de ligao. No caso dos canais, pode-se fazer
uma analogia com uma autoestrada interrompida por um tnel estreito atravs do
qual os veculos devem passar em fila nica. Apesar de ainda no ser totalmente
compreendido como ocorre a passagem dos ons nos canais, acredita-se que ons
permeveis devem esconder a maior parte das molculas de gua associada a eles
para poder atravessar, em fila nica, a poro mais estreita o filtro de seletividade do canal. Como no caso do tnel estreito com uma nica pista de passagem,
esta situao limita a passagem dos ons, e conforme as concentraes inicas
aumentam, o fluxo de ons atravs do canal tambm aumenta, at alcanar um
nvel de saturao devido ao efeito de gargalo da entrada do tnel (lembre-se que
a passagem deve ser feita em fila nica). Assim, tanto os transportadores como os
canais sofrem saturao.
11-3
Verdadeiro. O potencial de membrana, por suas prprias caractersticas, extremamente sensvel a pequenas flutuaes no nmero de ons. Uma alterao de
um nmero bastante pequeno de ons suficiente para disparar o potencial de
membrana.
11-4
11
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40
camada lipdica: tamanho (pequena > grande) e polaridade (no polar > polar >
carregada).
11-5
11-6
11-7
Dois gradientes so determinantes para o equilbrio de distribuio de uma molcula atravs de uma membrana: o gradiente qumico e o gradiente eltrico, os
quais refletem, respectivamente, a concentrao da molcula e o potencial de
membrana. Ao considerar uma molcula no carregada, nota-se que ela no estar sob a ao de um gradiente eltrico e que, portanto, seu equilbrio de distribuio depende unicamente da concentrao. Neste caso especfico, o equilbrio
ser alcanado quando a molcula estiver na mesma concentrao em ambos
os lados da membrana. Uma molcula carregada, no entanto, estar sob a ao
dos dois gradientes citados acima e se distribuir de acordo com esta situao. Se
tomarmos os ons K como exemplo, veremos que, mesmo que haja uma grande diferena entre a sua concentrao no interior da clula e a sua concentrao
externa, eles estaro bastante prximos do seu equilbrio de distribuio atravs
da membrana plasmtica. Essa situao ocorre devido ao balanceamento da diferena na concentrao pelo potencial de membrana (negativo no interior), que se
ope ao movimento de ctions para o exterior da clula.
A. Sim, eles podem normalizar tanto as concentraes de H quanto de Na. Para
cada trs ciclos de antiporte Na-H, que importa um Na e exporta um H, a
bomba de Na-K cicla uma vez, exportando trs ons Na em cada operao. A
cada ciclo da bomba de Na-K ocorrer tambm hidrlise de ATP. Esta hidrlise
de ATP por H2O gera ADP e H2PO4 (o qual possui um pK de 6,86). Assim, em
um pH intracelular de 7,2, aproximadamente 70% sero ionizados em HPO42 e
H. No h necessidade de preocupao com a ocorrncia de hidrlise e o consequente possvel desbalano das concentraes de H, pois, em outros pontos da
clula, diferentes processos convertem os produtos de hidrlise novamente em
ATP e mantm uma concentrao basal.
B. A ao conjunta destas duas bombas promove o aumento tanto da concentrao
interna de K quanto do potencial de membrana, pois remove 3H a cada 2K que
so introduzidos na clula.
Para calcular o aumento na rea de superfcie devido presena de microvilosidades, deve-se inicialmente calcular, de acordo com os dados da Figura Q11-1 (p.
693 da obra), as dimenses de cada microvilosidade, considerando que cada uma
destas estruturas corresponde a um cilindro de 0,1
m de dimetro e 1,0
m de
altura. A rea lateral do cilindro corresponde rea de superfcie nova que no
estaria presente em um tecido totalmente plano, e o topo do cilindro equivalente membrana plasmtica que estaria presente mesmo que no houvessem microvilosidades. A rea dos lados de um cilindro (2rh, onde r o raio e h a altura)
de 0,31
m2 (2 3,14 0,05
m 1,0
m); a rea do topo do cilindro (r2)
de 0,0079
m2 (3,14 [0,05] 2). Assim, o aumento na rea de superfcie para uma
microvilosidade de 0,31
m2/0,0079
m2 ou 40. O valor obtido corresponde
razo entre a rea lateral e a rea do topo e, portanto, indica um acrscimo da
ordem de 40X na rea disponvel. No entanto, este valor s poderia ser considerado por completo se as microvilosidades recobrissem totalmente a superfcie, sem
que houvesse espaamento entre elas, o que no corresponde realidade. Ao observar a seco transversal na Figura Q11-1 (p. 693 da obra), pode-se estimar que
as microvilosidades ocupam aproximadamente metade da superfcie das clulas
intestinais e, portanto, deve-se dividir o valor obtido por dois, chegando concluso que as microvilosidades so capazes de aumentar a rea da superfcie de
contato entre as clulas do intestino e o lmen em um fator de aproximadamente
20 vezes.
Referncia: Adaptada de Kristic RV (1997) Ultrastructure of the Mammalian Cell,
p.207. Berlin, Alemanha: Springer-Verlag.
11-8
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41
11-10
C0
Ci
V 58 mV log
9 mM
344 mM
V 92 mV
O mesmo raciocnio aplicado ao Na resulta em um valor de 48 mV. De acordo
com a questo, o potencial de membrana medido em um axnio gigante de lula
intacto (potencial de repouso) igual a 70 mV, valor este que se aproxima do
valor calculado considerando-se apenas o K. Ainda na questo, informado que,
quando o axnio, suspenso em gua do mar, estimulado para a conduo do impulso nervoso, o potencial de membrana transientemente alterado e alcana um
valor de 40 mV (potencial de ao). Este valor bastante semelhante ao obtido
quando o potencial de membrana devido apenas ao Na considerado.
Para entender estas duas situaes (potencial de repouso com valor semelhante ao potencial de membrana considerando-se apenas o envolvimento de K e
potencial de ao com valor semelhante ao potencial de membrana no momento
em que se considera apenas o envolvimento de Na), preciso lembrar que o K
responsvel majoritariamente pelo potencial de repouso e o Na responsvel
pelo potencial de ao. Uma membrana em repouso 100 vezes mais permevel ao K do que ao Na, pois canais de liberao de K permitem a sada do K
at que o potencial de membrana seja suficientemente elevado para se opor ao
gradiente de concentrao de K. A entrada de Nacompensa a perda de cargas
positivas representada pela sada de K e reduz o gradiente mximo. Se no fosse
a bomba de Na-K, que continuamente remove Na, o potencial de repouso da
membrana seria completamente dissipado.
O canal de Na controlado por voltagem, por sua vez, controla o potencial de
ao. Quando a membrana estimulada, h a abertura deste canais, permitindo
que ons Na entrem na clula. A magnitude do potencial de membrana resultante limitada pela diferena nas concentraes de Na atravs da membrana. O
influxo de Na reverte o potencial de membrana localmente, o que leva abertura
de canais de Na adjacentes e, em ltima instncia, faz com que um potencial de
ao se propague a partir do stio de estmulo original.
a
Referncia: Hille B (1992) Ionic Channels of Excitable Membranes, 2 edio, p.
23-58. Sunderland, MA: Sinauer.
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Compartimentos Intracelulares
e Endereamento de Protenas
12-1
12-2
12-3
Falso. O trfego ocorre pelos poros em ambas as direes e no est claro como os
poros coordenam este trfego para evitar colises.
12-4
12-5
12-6
12
12-7
A. Neste caso, em que o sinal de importao ao RE est localizado na regio N-terminal da protena e atua antes que o sinal interno de importao ao ncleo seja
sintetizado, a protena entrar no RE. Uma vez dentro do RE, a sequncia-sinal
de importao ao ncleo no funcionar mais, pois os receptores citoslicos de
importao nuclear estaro ausentes.
B. Como anteriormente, o sinal de importao ao RE atuar antes que o sinal interno
de importao ao peroxissomo seja sintetizado. Logo, a protena entrar no RE e o
sinal de importao ao peroxissomo no poder funcionar.
C. Para que o sinal de reteno no RE pudesse atuar, a protena deveria possuir tambm o sinal de importao ao RE. Portanto, seu destino ser a mitocndria.
D. Neste caso, a protena iria alternar entre o citosol e o ncleo, pois os sinais responsveis no so excludentes.
12-8
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Considerando que, a cada 24 h, o equivalente a uma membrana plasmtica transita no RE e que as protenas de membrana permanecem no RE por 0,5 h, tem-se
que, em um dado momento, 0,021 equivalente de membrana plasmtica est presente no RE (0,5 h/24 h). J que a rea da membrana plasmtica do RE 20 vezes
maior que a rea da membrana plasmtica, a frao de protenas de membrana
no RE de 0,001 (0,021/20). Logo, de cada mil protenas presentes na membrana
plasmtica do RE, apenas uma est em trnsito para a membrana plasmtica.
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44
12-9
A. As cabeas foram as nicas formas que no se acumularam no ncleo quando
injetadas no citoplasma, logo a poro da nucleoplasmina responsvel pela localizao no ncleo deve estar presente na cauda.
B. Os resultados a partir de nucleoplasmina completa ou de seus fragmentos contendo a cauda no so suficientes para distinguir entre difuso passiva e transporte ativo; eles apenas mostram que a cauda carrega uma poro importante da
nucleoplasmina, podendo ser um sinal de localizao ou um stio de ligao. J
os resultados com as cabeas de nucleoplasmina so mais determinantes e corroboram contra a possibilidade de difuso passiva. As cabeas no difundem para
o citoplasma quando injetadas no ncleo e vice-versa, sugerindo que so muito
grandes para passar pelos poros nucleares.
Referncia: Dingwall C, Sharnick SV e Laskey RA (1982) A polypeptide domain
that specifies migration of nucleoplasmin into the nucleus. Cell 30, 449-458.
12-10
Aproximadamente uma histona deve ser transportada por cada poro nuclear a
cada segundo:
32.000.000
octmeros
8 histonas
dia
1
n de molculas de histona
4
3.000 poros
dia
octmero
8,64 x 10 s
0,99 histonas/segundo/poro
durante a fase S do ciclo celular que as histonas so sintetizadas e importadas ao
ncleo. Esta fase normalmente dura 8 h. Logo, a taxa de transporte fica a 3 histonas por segundo e restrita fase S do ciclo celular.
12-11
A. Isso se deve ao fato de RanQ69L no ser capaz de hidrolisar GTP eficientemente.
Se fosse utilizado Ran-GTP, parte dele seria convertida em Ran-GDP, deixando os
resultados inconclusivos. Utilizando uma forma de Ran que no hidrolisa GTP,
pode-se assumir que a forma de Ran presente no ensaio ser Ran-GTP.
B. A protena candidata est entre as presentes na canaleta 1, entre 7 kD e 14 kD (ver
Figura Q12-3 (p. 747 da obra)), j que o fator de importao nuclear foi eludo a
partir da coluna de afinidade por Ran-GDP e no RanQ69L-GTP. Esta, por sua vez,
capturou um conjunto de protenas entre 97 kD e 116 kD que a coluna de RanGDP no capturou. Trata-se de receptores de importao nuclear, os quais no
possuem envolvimento algum na internalizao de Ran-GDP no ncleo.
C. Outra protena qual o fator de importao de Ran-GDP liga-se a NTF2 (Fator
de transporte nuclear 2). Aps se ligar fortemente a Ran-GDP, a NTF2 se liga s
regies repetidas de FG (fenilalanina-glicina) das nucleoporinas do complexo
de poro nuclear. O complexo NTF2-Ran-GDP cursa a trilha de FG at entrar no
ncleo, onde Ran-GDP convertido em Ran-GTP por Ran-GEF. Assim, o complexo se desfaz e NTF2 retorna ao citoplasma para trazer uma nova molcula de
Ran-GDP.
D. Poderiam ser utilizadas formas de NTF2 contendo mutaes em regies crticas
para sua interao com Ran-GDP. Se a protena portadora de uma substituio
de aminocido impedir a formao do complexo, ela no ser mais capaz de promover a captao de Ran-GDP para o ncleo, comprovando sua participao no
processo.
Referncia: Ribbeck K, Lipowsky G, Kent HM, Stewart M e Grlich D (1998) NTF2
mediates nuclear import of Ran. EMBO J. 17, 6587-6598.
12-12
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Captulo 12
12-15
CONFORMAO ORIGINAL
COOH
1
Citosol
2
NH2
Os poros formados pelas porinas permitem a passagem de todos os ons e intermedirios metablicos, porm seu tamanho no comporta protenas maiores que
10 kD.
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NOVA CONFORMAO
Nas clulas sem peroxissomos, a catalase est localizada no citosol, como mostra
a colorao uniformemente distribuda fora do ncleo (Figura Q12-4B, p. 747 da
obra). Nas clulas normais, a catalase aparece como pequenos pontos, justamente por estar internalizada nos peroxissomos.
Referncia: Kinoshita N, Ghaedi K, Shimozawa N, Wanders RJA, Matsuzono
Y, Imanaka T, Okumoto K, Suzuki Y, Kondo N e Fujiki Y (1998) Newly identified
Chinese hamster ovary cell mutants are defective in biogenesis of peroxisomal
membrane vesicles (peroxisome ghosts), representing a novel complementation
group in mammals. J. Biol. Chem. 273, 24122-24130.
12-17
Lmen
do RE
NH2
COOH
1
12-16
Para que a DHFR possa entrar na mitocndria, ela precisa desdobrar-se. Ocorre
que o metotrexato se liga fortemente ao stio ativo da enzima, que impede a atuao de chaperonas e consequentemente qualquer modificao de conformao.
Referncia: Eilers M e Schatz G (1986) Binding of specific ligand inhibits import
of a purified precursor protein into mitochondria. Nature 322, 228-232.
12-14
45
5
Citosol
Lmen
do RE
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Trfego Intracelular
de Vesculas
13-1
Verdadeiro. Se no fosse esse padro de fuso, a topologia das protenas de membrana no seria mantida e os domnios proteicos poderiam mudar de face (citoslica ou no citoslica) a cada mudana de compartimento. Logo, as lminas
citoslicas das duas bicamadas so sempre as primeiras a entrar em contato e fusionar.
13-2
13-3
13-4
13-5
13-6
A prpria clatrina no participa na captura de molculas especficas para transporte. Esta a funo de uma segunda classe de protenas de revestimento as
protenas adaptadoras as quais mantm a capa de clatrina membrana da vescula e ajudam a selecionar as molculas a serem carregadas no transporte. As molculas de transporte carregam sinais de transporte especficos, que so reconhecidos por receptores de carga localizados na membrana do compartimento. Dessa
forma, um conjunto selecionado de molculas-carga, ligadas aos seus receptores
especficos, incorporado ao lmen de cada vescula.
13
13-8
Como abordado na resposta Questo 13-1, as lminas citoslicas das duas bicamadas so sempre as primeiras a entrar em contato e fusionar, e todas as SNAREs
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48
ligam-se superfcie citoslica. Os vrus envelopados no podem utilizar as SNAREs da clula porque precisam fusionar sua superfcie externa com a superfcie
externa da membrana. Por isso, codificam suas prprias protenas de fuso, as
quais so glicoprotenas que contm uma sequncia de aminocidos com grande
nmero de resduos hidrofbicos e glicinas, capaz de interagir com a membranaalvo, conhecida como peptdeo de fuso.
13-9
Aproximadamente 88 molculas de gua poderiam permanecer entre as membranas. Considerando que o cilindro tem um volume de 2,65 1024 (3,14 [0,75
nm]2 1,5 nm) e que a gua 55,5 M, tem-se:
23
molculas de gua
55,5 mol
2,65 1024
6 10 molculas
cilindro
cilindro
L
mol
88,2
Cerca de 9 fosfolipdeos deveriam estar presentes em cada uma das monocamadas opostas no local da fuso (3,14 [0,75 nm]2 [PL/0,2 nm2] 8,8). Consequentemente, haveria em torno de 5 molculas de gua para cada grupo-cabea
hidroflico, sendo menor do que a quantidade normalmente associada nessas
circunstncias.
Referncia: Meuse CW, Krueger S, Majkrezak CF, Dura JA, Fu J, Connor JT e Plant
AL (1998) Hybrid bilayer membranes in air and water: infrared spectroscopy and
neutron reflectivity studies. Biophys. J. 74, 1388-1398.
13-10
No experimento 1, a alta atividade de fosfatase alcalina foi gerada porque as vesculas de cada linhagem carregavam tanto v-SNAREs quanto t-SNAREs. No caso de
alguma das vesculas no possuir v-SNAREs ou t-SNAREs, a atividade reduz para
30-60%, como pode ser visto nos experimentos 3, 4, 6, 7, 8 e 9. Nos experimentos
2 e 5, nos quais ambas as vesculas no apresentam vSNAREs ou t-SNAREs, respectivamente, a atividade da fosfatase to baixa quanto a detectada para uma
vescula que no possui as duas SNAREs (experimentos 10 e 11). Logo, na fuso de
vesculas vacuolares, no importante qual tipo de SNARE est em que vescula,
e sim que a vescula correspondente esteja portando uma SNARE complementar.
Referncia: Nichols BJ, Undermann C, Pelham HRB, Wickner WT e Haas A (1997)
Homotypic vacuolar fusion mediated by t-and v-SNAREs. Nature 387, 199-202.
13-11
Sem o sinal de recuperao, a PDI seria enviada para fora da clula. Isso aconteceria porque o fluxo de PDI do RE para o Golgi seria unicamente de ida devido
ausncia do sinal de recuperao e, a partir do Golgi, a PDI seria secretada assim
como o restante das protenas que no possuem sinal de localizao.
Referncia: Munro S e Pelham HR (1987) A C-terminal signal prevents secretion
of luminal ER proteins. Cell 48, 899-907.
13-12
O receptor tem uma alta afinidade pela sequncia KDEL nos agrupamentos tubulares das vesculas e do aparelho de Golgi, de forma que captura protenas residentes no RE que escaparam ou que estejam presentes em baixas concentraes,
e apresenta uma baixa afinidade pela sequncia KDEL no RE, para descarregar a
carga, apesar da altssima concentrao de protenas residentes do RE que contm
KDEL. Acredita-se que este controle de afinidade esteja relacionado s diferentes
condies inicas e de pH estabelecidas nos diferentes compartimentos.
Como mencionado anteriormente, o receptor de KDEL tem como principal
funo capturar protenas que escaparam do RE. Logo, o sistema ideal o que
concentra os receptores de KDEL no aparelho de Golgi. No seria esperado que o
receptor de KDEL apresentasse um sinal de recuperao para o RE, j que ele deve
ficar o maior tempo possvel no aparelho de Golgi. Porm, ele possui um sinal
condicional capaz de se ligar COPI e, assim, pode ser internalizado em vesculas
que tm o RE como destino.
Referncia: Teasdale RD e Jackson MR (1996) Signal-mediated sorting of
membrane proteins between the endoplasmic reticulum and the Golgi apparatus.
Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 12, 27-54.
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13-13
Todas as enzimas hidrolticas dos lisossomos possuem atividade tima em condies cidas (pH ~5). A membrana dos lisossomos normalmente mantm essas
enzimas destrutivas fora do citosol (cujo pH em torno de 7,2), mas sua dependncia de um pH cido protege o contedo do citosol contra danos, mesmo que
ocorra um vazamento.
13-14
As protenas adaptadoras selecionam a carga a ser internalizada nas vesculas revestidas por clatrina. Assim, fica claro que a perda de AP3 resulta em um defeito
na rede trans de Golgi. Logo, o transporte de pigmento do Golgi para os lisossomos fica prejudicado, resultando no fentipo apresentado. Em humanos, acredita-se que a sndrome de Hermansky-Pudlak seja decorrente de uma deficincia
na produo de lisossomos especializados. Portadores dessa sndrome possuem
alterao de pigmentao similar do camundongo Mocha, com tendncia hemorrgica e doena pulmonar.
49
Referncias: Kantheti P, Qiao X, Diaz ME, Peden AA, Meyer GE, Carskadon SI,
Kapfhamer D, Sufalko D, Robinson MS, Noebels JL e Burmeister M (1998) Mutation in AP-3 delta in the mocha mouse links endosomal transport to storage deficiency in platelets, melanosomes, and synaptic vesicles. Neuron 21, 111-122.
Zhen L, Jiang S, Feng L, Bright NA, Peden AA, Seymour AB, Novak EK, Elliot R,
Gorin MB, Robinson MS e Swank RT (1999) Abnormal expression and subcellular
distribution of subunits proteins of the AP-3 adaptor complex lead to platelet storage pool deficiency in the pearl mouse. Blood 94, 146-155.
13-15
A. Como as clulas Hurler suplementam a enzima que falta nas clulas Hunter e
vice-versa, pode-se concluir que os fatores corretivos so as prprias enzimas
lisossomais. Essas enzimas vo para o meio provavelmente porque escapam da
via lisossomal e so secretadas. Aps serem internalizadas pela clula, as enzimas
chegam aos lisossomos via endocitose mediada por receptor (M6P) e ali permanecem, pois o local de atuao dessas enzimas de degradao.
B. A protease degrada as enzimas diretamente. O periodato e a fosfatase alcalina inativam o receptor M6P, que crucial para a entrada das enzimas na clula.
C. Dificilmente um programa de compensao como esse funcionaria para enzimas
citoslicas. Mesmo que conseguissem atravessar a membrana, as protenas externas ficariam retidas em algum compartimento e, finalmente, seriam levadas aos
lisossomos para serem degradadas.
Referncia: Kaplan A, Achord DT e Sly WS (1977) Phosphohexosyl components
of a lysosomal enzyme are recognized by pinocytosis receptors on human fibroblasts. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 74, 2026-2030.
13-16
A membrana deve ser retornada a uma taxa de 100% a cada meia hora, pois o
macrfago mantm sua rea de membrana relativamente constante ao longo do
tempo.
13-17
A. Os formatos das curvas de HRP e EGF so diferentes porque s EGF se liga a um
receptor especfico para ser internalizado. O HRP entra por endocitose de fase
fluida. Assim, sua taxa de internalizao contnua e depende apenas da sua concentrao no meio. J a taxa de captao de EGF depende do nmero de receptores presente nas clulas, sendo passvel de saturao.
B. Tem-se que a taxa de captao de EGF de 16 pmol/h na concentrao de 40 nM
e que HRP capturado a uma taxa de 2 pmol/h na concentrao de 40
M. Logo,
a taxa de captao de HRP na concentrao de 40 nM de 2 103 pmol/h, j que
ocorre uma diluio de 1.000 vezes. Comparando-se as duas taxas na concentrao de 40 nM, o EGF seria internalizado 8.000 vezes mais rpido do que o HRP
(16/2 103).
A 40
M, tanto EGF como HRP seriam captados por pinocitose a uma taxa de
2 pmol/h. A diferena que o EGF tambm seria internalizado por endocitose
mediada por receptor a uma taxa de 16 pmol/h, o que faria sua internalizao ser
9 vezes mais rpida do que a do HRP (216/2).
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50
40 mol HRP
L
17
L
6 10 molculas
1.000 mL
mol
16
2,4 10 molculas/mL
O nmero de molculas de HRP por vescula dado por 2,4 1016 3,4 10-17
0,8.
D. Os cientistas quiseram enfatizar que, ao utilizar receptores especficos, a clula
consegue captar molculas do seu meio a taxas muito maiores do que por endocitose de fase fluida. O receptor aumenta as chances de uma molcula ser internalizada, levando em considerao as baixas concentraes em que essas molculas
se encontram nos fluidos biolgicos.
Referncia: Haigler HT, McKanna JA e Cohen S (1979) Rapid stimulation of pinocytosis in human A-431 carcinoma cells by epidermal growth factor. J. Cell Biol.
83, 82-90.
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Converso de Energia:
Mitocndrias e Cloroplastos
14-1
Falso. Os dois componentes que carregam eltrons entre os trs principais complexos enzimticos da cadeia respiratria ubiquinona e citocromo c difundemse rapidamente no plano da membrana mitocondrial interna. A taxa de colises
aleatrias entre os carreadores mveis e os complexos enzimticos explica as taxas
de transferncia de eltrons. Assim, no h necessidade de postular uma cadeia
estruturalmente ordenada na bicamada lipdica; na verdade, os trs complexos
enzimticos existem como entidades independentes no plano da membrana interna, e a transferncia ordenada de eltrons devida inteiramente especificidade das interaes funcionais entre os componentes da cadeia.
14-2
14-3
14-4
14-5
14
8
23
3
L
H
3,16 10 mol H
6 10 H
(4/3)(3,14)(0,5
m)
15
3
mitocndria
L
mitocndria
mol H
10
m
9,9
Considerando que a matriz da mitocndria iniciou com pH 7 (10-7 M H), ela deveria conter aproximadamente 31 prtons (31,4), e teria de bombear para fora cerca de 21 prtons para alcanar o pH 7,5.
14-6
Tem-se que cada par de eltrons reduz um tomo de oxignio. Logo, 12 pares reduziriam 6 tomos de oxignio e, consequentemente, 30 ATPs seriam gerados.
Como no estado estacionrio a taxa de produo de ATP igual de consumo, o
corao levaria 6 segundos para consumir uma quantidade de ATP igual aos seus
nveis de estado estacionrio:
6 O2
min g
60 s
Tempo 5
mol ATP
min
g
30 ATP
10
mol O2
6s
14-7
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52
14-8
O denitrofenol no mais prescrito pois seu uso levou vrias mortes. Esse desacoplador da fosforilao oxidativa reduz a eficincia da fosforilao oseidativa e
com isso no h ATP suficiente para suprir todas as funes celulares.
14-9
A. Considerando que a energia de um mol de ftons dada pela energia de um fton
vezes o nmero de Avogadro (N), a energia a 400 nm ser:
E Nhc/
23
1
1,58 10-37 kcal/s
3 1017 nm
6 10 ftons
mol
fton
s
400 nm
71 kcal/mol
Para os comprimentos de 680 nm e 800 nm, tem-se 42 kcal/mol e 36 kcal/mol,
respectivamente.
B. Levaria 140 segundos para que um mol de ftons atingisse um metro quadrado.
Considerando que um metro quadrado recebe 0,3 kcal de uma luz cujo comprimento de onda gera 42 kcal/mol, o clculo dado por:
s
42 kcal
0,3 kcal
mol
140 s/mol
Tempo
C. Uma planta de tomate com uma folha de um metro quadrado de rea levaria menos de duas horas para fazer um mol de glicose a partir de CO2:
140 s
8 moles de ftons
6 moles de CO2
mol de ftons
mol de CO2
mol de glicose
6.720 s (112 min)
Tempo
Eficincia
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14-10
14-11
A variegao um fentipo decorrente da mistura de cloroplastos normais e defectivos, produzindo um padro de manchas verdes e amarelas nas folhas. Nas
regies verdes, existem clulas que ainda podem ser portadoras de cloroplastos
deficientes, alm dos funcionais. Por ocasio da diviso celular, essas clulas podem dar origem a uma ilha de clulas s com cloroplastos deficientes, resultando
na mancha amarela circundada por verde. No entanto, no existem manchas verdes circundadas por amarelo, porque clulas com cloroplastos defectivos no so
capazes de dar origem a clulas com cloroplastos funcionais.
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Mecanismos da
Comunicao Celular
15-1
Falso. Os receptores envolvidos em diferentes tipos de sinalizao possuem afinidades distintas a seus ligantes. Esta situao pode ser inferida a partir da concentrao dos diferentes tipos de ligantes. Por exemplo, a concentrao de um
neurotransmissor em uma fenda sinptica bastante elevada e muito maior do
que a concentrao de um hormnio na circulao sangunea ou a de um mediador local na vizinhana de uma clula sinalizadora. Pode-se dizer que receptores de neurotransmissores possuem, em geral, uma afinidade mais baixa por
seus ligantes em comparao aos receptores de hormnios e aos receptores para
mediadores locais. A combinao destas duas caractersticas (alta concentrao
de neurotransmissor e baixa afinidade de seus receptores) permite uma rpida
dissociao do complexo neurotransmissor receptor e favorece respostas rpidas
a um dado estmulo.
15-2
15-3
Falso. Assim como na questo anterior, na biologia existem regras gerais, mas no
necessariamente universais. Se podemos dizer que as protenas de ligao a GTP
esto uniformemente ativas quando esto ligadas a GTP e inativas quando esto
ligadas a GDP, de forma que GEFs ativam protenas ligadas a GTP e GAPs as inativam, o mesmo raciocnio no verdadeiro para protena-cinases e fosfatases.
Dependendo do stio de ligao de fosfato que est sendo usado, poder mesmo
ocorrer ativao ou inativao de uma dada protena. Alm disso, a ligao de um
fosfato pode ativar algumas protenas-alvo e inativar outras, ou seja, comutadores
moleculares acionados por protena-cinases podem responder tanto por ativao
quanto por inativao.
15-4
15-5
15-6
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15
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A.
B.
C.
D.
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Captulo 15
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15-14
So diversos os cenrios imaginveis em termos de respostas do tipo tudo-ounada em sistemas de resposta sinalizao extracelular. a) Se for necessria a ligao de duas ou mais molculas efetoras para ativar uma nica molcula-alvo,
sob baixas concentraes de molculas efetoras, a maioria das protenas-alvo
estar inativa, pois possuir uma nica cpia efetora ligada a ela. Conforme houver aumento na concentrao de molculas efetoras, o nmero de protenas-alvo
ligadas (com o nmero necessrio de efetoras para proporcionar a ativao) aumentar rapidamente, gerando um forte e correspondente aumento na resposta
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celular. b) Se a efetora simultaneamente ativar uma enzima e inibir outra que catalisa a reao reversa, a reao direta responder fortemente a um aumento gradual da concentrao da efetora. Esta uma estratgia comum muito utilizada em
vias metablicas envolvidas na produo e no consumo de energia. c) Apesar de
as duas proposies anteriores serem capazes de gerar respostas abruptas, uma
resposta verdadeiramente do tipo tudo-ou-nada ocorrer se a molcula efetora
induzir uma retroalimentao positiva envolvendo uma molcula-alvo ativada,
o que contribuir para sua prpria ativao futura. Isso acontece, por exemplo,
quando o produto de uma enzima ativada liga-se enzima para ativ-la.
RESPOSTA GRADUAL
RESPOSTA TUDO-OU-NADA
100
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50
0
1
0,001 0,01 0,1
Progesterona (M)
10
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15-16
15-17
A fosforilase-cinase composta por trs subunidades reguladoras e uma subunidade cataltica. O grau de modificao das subunidades reguladoras determinante para definir quanto tempo a subunidade cinase cataltica permanecer em
sua conformao ativa. Cada modificao por fosforilao ou por ligao a Ca2+
sobre as subunidades reguladoras impele o equilbrio rumo conformao ativa
da subunidade cinase; ou seja, cada modificao aumenta o tempo despendido
no estado ativo. Assim, pela soma dos impulsos provenientes de mltiplas vias, a
fosforilase-cinase integra os sinais que controlam a degradao do glicognio.
15-18
Para que a ativao de Ras dependa da inativao de uma GAP, tanto GAP quanto
GEF devem ser ativas na ausncia do sinal. Desta forma, a GEF ir constantemente carregar Ras com GTP, e a GAP ir manter a concentrao de Ras-GTP baixa
via induo constante de hidrlise de GTP, para fazer com que Ras retorne a seu
estado ligado a GDP. Sob estas condies, a inativao de GAP resultaria em um
rpido aumento nos nveis de Ras-GTP, permitindo uma rpida sinalizao. Apesar de ser efetivo em termos de regulao dos nveis de Ras ativo, este processo
tambm leva a um grande desperdcio de energia. Para manter Ras em seu estado
inativo, o GTP deve ser constantemente hidrolisado para GDP, o qual deve ento
ser reconvertido em GTP (por ATP) via energia desviada do metabolismo energtico celular. A regulao via ativao de uma GEF evita este problema.
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Captulo 15
15-19
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Citoesqueleto
16-1
Verdadeiro. No entanto, importante salientar que a hidrlise de ATP nos filamentos de actina ou a hidrlise de GTP nos microtbulos no promove a despolimerizao, mas direciona o equilbrio rumo despolimerizao. Isso acontece
porque, quando ocorre a hidrlise de ATP ou GTP, dependendo de estarmos falando de actina ou microtbulos, grande parte da energia livre liberada pela clivagem da ligao de alta energia estocada na estrutura do polmero. Assim, a energia livre de polmeros que contm ADP (ou GDP) maior do que a de polmeros
que contm ATP (ou GTP). Esta maior energia livre direciona o equilbrio rumo
despolimerizao, como comentado anteriormente, e faz com que os filamentos
de actina que contm ADP dissociem mais rapidamente do que os filamentos de
actina que contm ATP. O mesmo raciocnio se aplica aos microtbulos contendo
GDP ou GTP.
16-2
16-3
Falso. Apesar de estar parcialmente correta no que se refere entrada de Ca2+ atravs de canais de Ca2+ sensveis voltagem nos tbulos T, a afirmao est incorreta
ao definir que este estmulo suficiente, per se, para gerar uma contrao muscular rpida. Para que essa contrao muscular rpida ocorra, e para que a contrao
seja organizada, a entrada inicial de Ca2+ deve atuar abrindo canais de liberao
de Ca2+ no retculo sarcoplasmtico. Estes canais de liberao de Ca2+ permitem
um rpido e organizado fluxo de Ca2+ no citoplasma, o que ento propiciar uma
contrao muscular rpida e coordenada atravs de sua ligao troponina C.
16-4
Para responder a esta questo, deve-se partir do comprimento referente a um dmero de -tubulina (8 nm de comprimento). Assim, uma taxa de crescimento de
2 m/min (2.000 nm/60 s = 33 nm/s) corresponde a uma adio de 4,2 dmeros de
-tubulina ([33 nm/s] X [-tubulina/ 8 nm] = 4,17 dmeros/s) a cada um dos 13
protofilamentos, ou seja, 54,21 dmeros de -tubulina/s (4,17 dmeros por filamento X 13 protofilamentos) s extremidades de um microtbulo.
16
Referncia: Detrich WH, Parker SK, Williams RC, Nogales E e Downing KH (2000)
Cold adaptation of microtubule assembly and dynamics. J. Biol. Chem. 275, 3703837047.
16-5
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Captulo 16 Citoesqueleto
a partir do centrossomo que se estende um arranjo tridimensional de microtbulos, em forma de estrela em crescimento (como discutido na Resposta 16-2).
Os microtbulos esto permanentemente sob a ao do fenmeno de instabilidade dinmica e em geral estendem-se at que um obstculo, frequentemente
representado pela membrana plasmtica, interponha-se em seu caminho. Neste
momento, e devido instabilidade dinmica, o microtbulo exerce um impulso
sobre o obstculo em questo. Considerando-se que o centrossomo lana microtbulos em crescimento em todas as direes, o impulso exercido pelos diferentes microtbulos em crescimento sobre a membrana celular tende a posicionar o
centrossomo no centro da clula. O centrossomo sabe que ali seu lugar, pois
as diferentes foras exercidas pelos microtbulos em crescimento sobre a membrana, em direes opostas, so somadas e tendem a se anular (microtbulos de
comprimentos iguais, crescendo em sentidos opostos a partir do centrossomo,
devem exercer foras iguais, mas opostas). O equilbrio alcanado e o centrossomo posicionado.
16-7
16-8
A. A cinesina apresenta movimento unidirecional sobre um microtbulo. Este movimento unidirecional ditado pela ligao e pela hidrlise de ATP, etapas que
esto associadas a alteraes conformacionais na cabea de cinesina. Estas alteraes conformacionais so finamente coordenadas e resultam no deslocamento
dos domnios motores da cinesina sobre o microtbulo.
B. Os pequenos traos que, em conjunto, indicam a caminhada da cinesina refletem
os movimentos desta molcula sobre um microtbulo. possvel observar que
a cinesina locomoveu-se 80 nm em 9 s, o que resulta em uma velocidade mdia
Crescimento linear
Associao lateral
Figura R16-1 A adio rpida de dmeros de -tubulina para a nucleao estrutural (Resposta 16-5).
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Captulo 16
Citoesqueleto
61
de 9 nm/s. A velocidade in vivo da cinesina 100 vezes mais rpida. Nesse experimento, as condies de concentrao de ATP e a fora exercida pelo padro de
interferncia foram ajustadas para facilitar a observao dos passos individuais da
cinesina.
C. Contando os passos da molcula de cinesina na Figura Q 16-2 (p. 1.051 da obra),
chega-se a um total de 10 passos em um percurso de 80 nm de comprimento, o
que indica um comprimento mdio de cada passada individual de aproximadamente 8 nm.
D. Tanto o comprimento dos passos da cinesina, apresentado na resposta anterior
(letra C), quanto o intervalo entre as subunidades de cada -tubulina sobre um
protofilamento de microtbulo igual a 8 nm. Visto que a cinesina possui dois
domnios que podem se ligar -tubulina, pode-se imaginar um movimento
sequencial de cada domnio, ou seja, ela provavelmente mantm um dos domnios ancorados e d uma passada com o outro domnio rumo ao prximo stio
de ligao da -tubulina. Assim, uma cinesina parece se mover saltando de uma
-tubulina para a prxima sobre o protofilamento, como se fosse uma pessoa que
atravessa um riacho sobre pedras.
E. No so fornecidos dados sobre o nmero de ATPs hidrolisados a cada passada.
Experimentos realizados pelos mesmos pesquisadores sugerem que a hidrlise
de um ATP no capaz de induzir vrios passos: uma menor concentrao de ATP
foi capaz de promover o mesmo padro de passos, mas estes foram realizados em
uma escala de tempo mais longa. Ou seja, se a hidrlise de um nico ATP pudesse
gerar vrios passos sob estas condies experimentais, deveriam ter sido observados agrupamentos de passos. Nenhum dos experimentos realizados conseguiu
eliminar a possibilidade de que a hidrlise de um ATP necessria para a realizao de cada passo.
Referncia: Svoboda K, Schimidt CF, Schnapp BJ e Block SM (1993) Direct
observation of kinesin stepping by optical trapping interferometry. Nature 365,
721-727.
16-9
16-10
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3,6
1,0
disco Z
1,6
1,0
I
2,2
2,0
II
III
1,6
IV
1,3
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Ciclo Celular
17-1
Falso. Vrias clulas do corpo humano adulto so substitudas por novas a cada
trs anos, mas nem todas so substitudas mesma taxa. As clulas sanguneas e
aquelas do epitlio intestinal, por exemplo, so repostas a taxas elevadas, mas as
clulas da maioria dos rgos so repostas mais lentamente. Os neurnios raramente so repostos.
17-2
Falso. A regulao dos complexos de ciclina-Cdk no depende somente de mecanismos de fosforilao e desfosforilao, pois os complexos tambm podem
ser regulados pela ligao de protenas inibidoras de Cdk (CKIs), que suprimem
a atividade das Cdks. Deve-se tambm considerar que as taxas de sntese e degradao (protelise) das subunidades de ciclinas so fundamentais regulao da
atividade de Cdk.
17-3
Verdadeiro. A durao do ciclo celular deve, de fato, condizer com o tempo que a
clula leva para dobrar de tamanho. Se a durao do ciclo celular fosse diminuda
(ou aumentada) em relao ao tempo requerido pela clula em proliferao para
dobrar de tamanho, a clula se tornaria gradativamente menor (ou maior) a cada
ciclo de diviso, levando a problemas de multiplicao.
17-4
Verdadeiro. Nas clulas eucariticas, as protenas do complexo de reconhecimento da origem permanecem constantemente ligadas ao DNA e constituem um importante ponto de apoio nas origens de replicao, permitindo que vrias outras
protenas sejam agrupadas e ativadas durante a replicao do DNA.
17-5
17-6
17-7
Tal fato pode ser considerado notvel porque os genes e as protenas do ciclo celular, diferentemente das enzimas da maioria das reaes metablicas (que em
geral funcionam bem isoladamente, ou seja, na ausncia de outras protenas
essenciais sua atividade), devem necessariamente interagir com vrias outras
protenas. A formao de complexos proteicos entre os diferentes componentes
do ciclo celular uma caracterstica importante e crtica progresso do ciclo,
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17
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64
A fim de isolar o gene selvagem correspondente ao gene defeituoso no mutante Cdc, deve-se, inicialmente, crescer as clulas do mutante Cdc temperatura
de 25C. Essas clulas sero transfectadas com a biblioteca de DNA preparada a
partir de clulas selvagens de levedura e crescidas a 37C. As clulas que forem
transformadas com um plasmdeo contendo um DNA que no corresponde ao
gene mutante no sero viveis e no formaro colnias na temperatura restritiva.
Por outro lado, as clulas que receberem o plasmdeo contendo um DNA que corresponde ao alelo selvagem do gene mutante sero viveis, completando o ciclo
celular normal e formando colnias na temperatura restritiva. Assim, o DNA plasmidial dessas colnias pode ser extrado e sequenciado, determinando-se precisamente a sequncia de bases do gene isolado.
17-9
A. O ponto de execuo do mutante sensvel temperatura est indicado na Figura
R17-1. Quando a temperatura foi aumentada, as clulas que no haviam alcanado o ponto de execuo no ciclo celular se multiplicaram e formaram brotos
grandes, mas no se dividiram. Paralelamente, as clulas que haviam ultrapassado o ponto de execuo no ciclo celular se dividiram e ento interromperam
sua multiplicao, originando a morfologia-marco caracterstica do prximo ciclo
celular.
B. A morfologia-marco define o momento exato em que a clula pra sua progresso
ao longo do ciclo celular. No caso deste mutante sensvel temperatura, como indicado na Figura R17-1, a morfologia-marco claramente distinta da morfologia
no ponto de execuo. Portanto, o ponto de execuo e o ponto de parada do ciclo
celular no so equivalentes no mutante que foi isolado.
Referncia: Hartwell LH (1978) Cell division from a genetic perspective. J. Cell
Biol. 77, 627-637.
17-10
ponto de
execuo
aumento do
tamanho do
broto com a
mudana de
temperatura
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ponto de
parada no
ciclo celular
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Captulo 17
Ciclo Celular
65
Isso possvel porque a maior parte das molculas de coesina liberada dos braos cromossmicos no incio da mitose, quando, ento, as molculas de condensina comeam a efetuar a condensao dos cromossomos. Assim, na ausncia de
uma grande quantidade de molculas de coesina, as condensinas compactam as
cromtides-irms como domnios separados, sendo que a pequena quantidade
de molculas de coesina restante suficiente para que as cromtides-irms se
mantenham unidas at o estgio de anfase.
17-12
Os mdicos ainda no emitiram alerta sobre o consumo excessivo de cafena porque a dose necessria para a interferncia no mecanismo do ponto de verificao
da replicao do DNA extremamente alta, muito maior que a quantidade ingerida por pessoas que consomem muito caf (ou caf forte) e bebidas base de cola.
Considerando que uma xcara de caf tpica (150 mL) contm 100 mg de cafena
(196 g/mol), chegamos concluso de que a concentrao de cafena em uma
xcara de caf de cerca de 3,4 mM, estando, portanto, abaixo dos 10 mM necessrios para a interferncia no mecanismo do ponto de verificao da replicao do
DNA. Devemos levar em considerao, ainda, que a cafena ingerida ser diluda
no volume de gua (cerca de 40 L) presente no corpo de um adulto tpico. Assim,
supondo que a cafena ingerida no ser metabolizada ou excretada pelo organismo, seriam necessrias 784 xcaras de caf (contendo 100 mg de cafena cada
xcara) para que se alcanasse a concentrao de 10 mM.
17-13
A ordem : prfase (Figura Q17-3E), prometfase (Figura Q17-3D), metfase (Figura Q17-3C), anfase (Figura Q17-3A), telfase (Figura Q17-3F) e citocinese (Figura Q17-3B), ver p. 1.113 da obra.
17-14
Como existem 46 cromossomos na espcie humana e cada um possui dois cinetocoros, existem, no total, 92 cinetocoros em uma clula humana em mitose.
17-15
A. Basicamente, os microtbulos do cinetocoro so estveis porque suas duas extremidades no so desagregadas, o que possvel pela ligao do centrossomo em
uma extremidade e do cinetocoro na outra.
B. A desagregao dos microtbulos astrais ocorre quando as molculas de tubulina esto abaixo da concentrao celular mnima necessria montagem dessas estruturas, uma vez que a taxa de adio no equilibra a taxa de dissociao.
Desse modo, os microtbulos se tornam cada vez mais curtos. Devido presena
e estabilidade dos microtbulos do cinetocoro, o destacamento do centrossomo
e a desintegrao ao acaso dos microtbulos no so explicaes plausveis ao
desaparecimento dos microtbulos astrais aps a diluio.
C. O nmero e o comprimento dos microtbulos possibilitariam a identificao dos
provveis mecanismos de desaparecimento dos microtbulos astrais operantes
ao longo do tempo. Na hiptese de destacamento dos microtbulos, o nmero de
microtbulos por centrossomo diminuiria, mas seu comprimento permaneceria
igual. Na hiptese de despolimerizao dos microtbulos, o nmero de microtbulos por centrossomo permaneceria constante, mas seu comprimento diminuiria uniformemente. Na hiptese de desintegrao aleatria dos microtbulos
(isto , ao longo de sua extenso), o nmero de microtbulos por centrossomo
permaneceria constante, mas seu comprimento seria varivel.
Referncia: Mitchison TJ e Kirschner MW (1985) Properties of the kinetochore in
vitro. II. Microtubule capture and ATP-dependent translocation. J. Cell. Biol. 101,
766-777.
17-16
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As duas mquinas citoesquelticas montadas nas clulas animais para a execuo dos processos de mitose e citocinese so o fuso mittico e o anel contrtil.
O fuso mittico responsvel pela segregao e distribuio dos cromossomos
s clulas-filhas durante a mitose, sendo composto de microtbulos e uma srie
de outras protenas, incluindo protenas motoras. O anel contrtil responsvel
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Apoptose
18-1
18-2
Verdadeiro. O citocromo c um mediador de apoptose que atua na via intrnseca da apoptose, dependente da liberao no citoplasma de protenas mitocondriais que ativam a cascata proteoltica de caspases. A gerao de fibroblastos
embrionrios de camundongos deficientes na produo de citocromo c sustenta
a afirmao de que clulas de mamferos que no possuem citocromo c podem
ser resistentes apoptose induzida por luz UV. Quando cultivados sob condies
especiais, esses fibroblastos embrionrios so resistentes a uma srie de agentes
indutores da via intrnseca da apoptose.
18
A superexpresso da protena secretada que se liga ao ligante Fas poderia contribuir sobrevivncia dessas clulas tumorais protegendo-as contra o ataque de
linfcitos T citotxicos. No momento em que se liga ao ligante Fas presente na
superfcie dos linfcitos T citotxicos, a protena secretada impede o ligante Fas
de se ligar ao Fas presente na superfcie das clulas tumorais. Desta maneira, as
clulas tumorais estariam protegidas contra a atividade indutora de morte celular
dos linfcitos T citotxicos.
Referncia: Pitti RM, Marsters SA, Lawrence DA, Roy M, Kischkel FC, Dowd P,
Huang A, Donahue CJ, Sherwood SW, Baldwin DT, Godowski PJ, Wood WI, Gurney
AL, Hillan KJ, Cohen RL, Goddard AD, Botstein D e Ashkenazi A (1998) Genomic
amplification of a decoy receptor for Fas ligand in lung and colon cancer. Nature
396, 699-703.
18-4
18-5
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68
Captulo 18 Apoptose
Referncia: Wei MC, Zong W-X, Cheng EH-Y, Lindsten T, Panoutsakopoulou V, Ross AJ, Roth KA, MacGregor GR, Thompson CB e Korsmeyer SJ (2001)
Proapoptotic BAX and BAK: A requisite gateway to mitochondrial dysfunction and
death. Science 292, 727-730.
18-6
18-7
As duas clulas na Figura Q18-2 (p. 1.129 da obra) liberaram a protena de fuso
citocromo c-GFP de suas mitocndrias dentro de alguns minutos: 6 minutos para
a clula na Figura Q18-2A e 8 minutos para a clula na Figura Q18-2B. O tempo aps a exposio luz UV em que a liberao ocorreu variou muito entre as
duas clulas, o que indica que as clulas individuais liberam citocromo c de suas
mitocndrias muito rapidamente, mas que a liberao acionada em diferentes
intervalos de tempo, sendo, portanto, dependente de cada clula.
Referncia: Goldstein JC, Waterhouse NJ, Juin P, Evan GI e Green DR (2000) The
coordinate release of cytochrome c during apoptosis is rapid, complete and kinetically invariant. Nat. Cell Biol. 2, 156-162.
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Falso. No provvel que as adeses clula-clula dependentes de Ca2+ sejam reguladas por alteraes nas concentraes de Ca2+, uma vez que as clulas no so
capazes de modular a concentrao externa de Ca2+ do meio.
19-2
19-3
Verdadeiro. As integrinas constituem uma grande famlia de protenas heterodimricas transmembrana que promovem a ligao das clulas matriz celular e
tambm fazem as importantes adeses clula-clula. Basicamente, as integrinas
podem existir em duas conformaes: uma forma de baixa afinidade (inativa) e
uma forma de alta afinidade (ativa), que se refletem na conformao dos domnios
que compem o stio de ligao e no posicionamento das caudas citoplasmticas.
A ligao de certas molculas da matriz extracelular (assim como a aplicao de
certos sinais mecnicos) integrina faz com que a molcula assuma uma posio
estendida (ativa) e, assim, separe as caudas citoplasmticas. Isso percebido por
molculas sinalizadoras intracelulares, que se ligam ou se dissociam das integrinas. As mudanas observadas nessas molculas sinalizadoras podem, ento, alterar o citoesqueleto e ativar ou inibir diversas vias de sinalizao intracelular.
19-4
Falso. A elastina composta principalmente por dois tipos de pequenos segmentos que se alternam na cadeia polipeptdica: segmentos hidrofbicos (responsveis pelas propriedades elsticas da molcula) e segmentos de hlice ricos em
lisina e alanina (que formam ligaes cruzadas entre as molculas adjacentes). A
elasticidade da elastina essencialmente devida falta de estrutura secundria.
19-5
A citao de Warren Lewis est correta, pois as propriedades de adeso das clulas
(entre si e com a matriz extracelular) so fundamentais estruturao e manuteno dos diferentes tecidos do corpo. Contudo, deve-se ressaltar que uma grande
frao do corpo constituda de tecido conjuntivo (ossos e tendes) e, nesse caso,
a coeso e a integridade dependem primordialmente da qualidade da matriz extracelular, e no das clulas l presentes.
19-6
Os fragmentos Fab, derivados da digesto de anticorpos IgG com papana (que separa os dois stios de ligao do anticorpo), foram utilizados no bloqueio da agregao celular porque os dois stios de ligao dos anticorpos IgG so idnticos.
Isso gera a possibilidade de ligaes cruzadas entre as molculas reconhecidas
por esses anticorpos. Assim, se os anticorpos intactos fossem utilizados no bloqueio da agregao celular, poderiam ocorrer ligaes cruzadas entre as molculas de superfcie das clulas em estudo, que no seriam adequadamente separadas (Figura R 19-1).
19
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70
TRIPSINA,
EDTA
LAVAR,
ADICIONAR
Fab
19-9
Tal afirmao remete atual percepo dos diversos papis desempenhados pela
lmina basal das fibras musculares, que no se restringem sustentao estrutural de clulas e tecidos. As clulas podem, de fato, deixar mensagens qumicas na
lmina basal, as quais dirigem a diferenciao e a funo das clulas subjacentes,
como no caso da regenerao de msculos e neurnios motores. Molculas especficas contidas na lmina basal, por exemplo, definem o local exato da juno
neuromuscular e orientam sua reconstituio, o que tambm pode ocorrer e ser
importante durante o desenvolvimento embrionrio e fetal do organismo.
Referncia: Sanes JR (2003) The basement membrane/basal lamina of skeletal
muscle. J. Biol. Chem. 278, 12601-12604.
19-10
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Como a substituio de uma alanina por D723 na cadeia e por R995 na cadeia
levou a altos nveis de ativao espontnea da integrina IIb3, isso sugere que
23.11.09 10:54:36
71
A resina incha devido a efeitos osmticos. Como o polmero negativamente carregado, ele aprisiona um nmero equivalente de ctions (presentes no gel ainda
seco) para manter a neutralidade eltrica. Devido a foras eletrostticas, essas cargas (negativas e positivas) esto confinadas ao volume ocupado pelo polmero. A
Sephadex incha rapidamente quando em contato com a gua porque a concentrao de partculas no volume do gel maior que na gua, o que faz com que a
gua, para equilibrar as concentraes dentro e fora das unidades da estrutura,
flua para dentro do gel. O efeito osmtico contrrio ocorre quando o tampo contendo 50 mM de NaCl adicionado ao gel inchado: a concentrao de partculas
muito maior na soluo salina que no gel inchado, o que faz com que a gua, para
equilibrar a concentrao de ons, flua para fora do gel.
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Verdadeiro. provvel que a terapia anticncer direcionada somente eliminao das clulas que se dividem rapidamente em um tumor no elimine o cncer
de muitos pacientes, porque muitos tipos de cncer so mantidos por um pequeno grupo de clulas-tronco. Em comparao s clulas de multiplicao rpida,
as clulas-tronco que mantm o tumor em geral se dividem mais lentamente e
so mais resistentes ao das drogas anticancergenas, exigindo um tratamento
especfico para serem eliminadas.
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Falso. Existem poucas evidncias que sustentam tal afirmao, com exceo de
casos bastante especficos, como 2-naftilamina e asbestos.
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Referncia: Knudson AG (2001) Two genetic hits (more or less) to cancer. Nat.
Rev. Cancer 1, 157-162.
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Em mulheres com mais de 50 anos, as taxas de morte por cncer de mama e crvice se reduzem devido menopausa, quando a produo de hormnios (principalmente estrognio) diminui. O estrognio promove a proliferao de clulas
nos seios e no tero. Portanto, com a diminuio da produo de estrognio, a
populao de clulas em proliferao nesses rgos tambm diminui, o que reduz
o risco de desenvolvimento de cncer.
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Referncia: Armitage R e Doll R (1954) The age distribution of cancer and a multistage theory of carcinogenesis. Br. J. Cancer 8, 1-12. Reimpresso em (2004) Br. J.
Cancer 91, 1983-1989.
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A base biolgica dos dados observados est relacionada noo de que o desenvolvimento do cncer pode ser encarado como um processo microevolutivo no
qual o acmulo crescente de mutaes em determinados genes leva perda dos
controles que regulam o crescimento e a multiplicao celular. No caso dos homens que continuaram a fumar aps os 50 anos, o risco de acmulo dessas mutaes aumentado devido contnua exposio aos efeitos txicos das substncias
presentes no cigarro. O contrrio ocorre naqueles que pararam de fumar aos 30
anos, nos quais a taxa de acmulo de mutaes bastante diminuda e comparvel de pessoas que nunca fumaram, reduzindo, assim, o risco de ocorrncia de
neoplasias.
Referncia: Peto R, Darby S, Deo H, Silcocks P, Whitely E e Doll R (2000) Smoking,
smoking cessation, and lung cancer in the UK since 1950: combination of national
statistics with two case-control studies. Br. Med. J. 321, 323-329.
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A. Neste estudo, seis filtros de seleo foram aplicados para eliminar as alteraes de
sequncias que aparentemente no contribuem para o tumor.
1. Filtros para mutaes silenciosas que geram cdons sinnimos (eliminao
de 163.006 alteraes).
2. Filtros para alteraes tambm presentes no DNA dos indivduos normais (eliminao de 163.006 alteraes).
3. Filtros para alteraes que correspondem a polimorfismos conhecidos (eliminao de 11.004 alteraes).
4. Filtros para alteraes de sequncias que no podem ser confirmados aps
reamplificao e novo sequenciamento (eliminao de 9.295 alteraes).
5. Filtros para alteraes que tambm esto presentes nos tecidos normais do
mesmo indivduo com tumor (eliminao de 4 alteraes).
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