Secuenciacin de ADN: Nuevas tecnologas de

secuenciacin masiva
Andrea Puebla
Unidad de Genmica

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN
PROYECTO GENOMA HUMANO

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN por Mtodo de Sanger

Secuenciacin de ADN por terminadores de la polimerizacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN
Desarrollo de Secuenciadores automticos y Robots de manejo de lquidos

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN
PROYECTO GENOMA HUMANO

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Preparacin de ADN

Multiplex por etiquetado

Pirosecuenciacin
Amplificacin por emPCR

http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E&feature=related

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Preparacin del ADN: Fragmentacin.

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Bibliotecas
genmicas .
Preparacin del
ADN: Fragmentacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Bibliotecas Genmicas :

Pair ends
Mate pairs

Bibliotecas
genmicas .
Preparacin del
ADN: Fragmentacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Multiplex por etiquetado

Bibliotecas
genmicas .
Preparacin del
ADN: Fragmentacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Un fragmento= Una cuenta.

Bibliotecas
genmicas .
Preparacin del
ADN: Fragmentacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

454 ROCHE
emPCR:
Amplificacin por PCR en Emulsin

Bibliotecas genmicas

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Un fragmento= Una cuenta.

Bibliotecas
genmicas .
Preparacin del
ADN: Fragmentacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Procesamiento de datos y anlisis

Un fragmento= Una cuenta.

Bibliotecas
genmicas .
Preparacin del
ADN: Fragmentacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Procesamento de datos y anlisis

Un fragmento= Una cuenta.

Procesamiento de datos y anlisis

Bibliotecas
genmicas .
Preparacin del
ADN: Fragmentacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE

Procesamento de datos y anlisis

Un fragmento= Una cuenta.

Procesamiento de datos y anlisis

Bibliotecas
genmicas .
Preparacin del
ADN: Fragmentacin

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Sntesis: Illumina

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Sntesis: Illumina

HiSeq 2000 System Performance Parameters

Read Length

Single Flow
Cell Run
Time

Dual Flow
Cell Run
Time

Dual Flow
Cell
Output

1 x 36 bp

~ 1.5 days

~ 2 days

95-105 Gb

2 x 50 bp

~ 4.5 days

~ 5.5 days

270-300 Gb

2 x 150 bp

~ 8.5 days

~ 11 days

540-600 Gb

Throughput
Up to 55 Gb per day for a 2 x 150 bp run.
Reads
Up to three billion clusters passing filter and up to six billion
paired-end reads

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Sntesis: Illumina

1 o 2 clulas de flujo
8 canales
0.11.0 g (single- and paired-end
reads), 10 g (Mate Pair reads).

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Sntesis: Illumina

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Sntesis: Illumina

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Sntesis: Illumina

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Sntesis: Illumina

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Sntesis: Illumina

http://www.youtube.com/watch?v=HtuUFUnYB9Y&NR=1

Illumina HiSeq 2000

Up to 1 billion clusters
0-600 Gb with 8 day run time
$690K, ~$10000 per human genome sequencing
4 cameras, 50 MB/s of imaging, 4 x 625 MB images every 30
seconds 32 TB if raw images stored

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies

http://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=related

http://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=related

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

COMPARACION 3 SISTEMAS SECUENCIACION DE ALTO RENDIMIENTO

Roche (454)

Illumina

SOLiD

Chemistry

Pyrosequencing Polymerasebased

Ligation-based

Amplification

Emulsion PCR

Bridge Amp

Emulsion PCR

Paired ends

Yes

Yes

Yes

Mb/run

600 Mb

600 Gb

200 Gb

Time/run

9h

11 days

10 days

Read length

600 bp

150 bp

50 bp

Instituto Nacional de
Tecnologa
Agropecuaria

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

COMPARACION DE LA CALIDAD DE LAS LECTURAS

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

OTROS SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO

PACific BIOsciences

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

OTROS SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO: Secuenciacin de molula simple

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

SEGUNDA GENERACIN DE SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO

Ion Torrent ( Life Technologies)

http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94

http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94
http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

SEGUNDA GENERACIN DE SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO

Ion Torrent Life Technologies

http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94

http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94
http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94

Instituto Nacional de
Tecnologa
Agropecuaria

Instituto de Biotecnologa

Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

SEGUNDA GENERACIN DE SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO

Nanotecnologa: Oxford Nanopore

http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94

http://www.youtube.com/watch?v=_rRrOT9gfpo&NR=1

http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94

Instituto de Biotecnologa

Unidad de Genmica
GRUPO DE TRABAJO

GRACIAS!

Vernica Nishinakamasu
Pablo Vera
Natalia Aguirre
Andrea Puebla
Directora: Norma Paniego

CONTACTOS
genomica@cnia.inta.gov.ar
Dra. Norma Paniego:
npaniego@cnia.inta.gov.ar

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