UE Pharmacie - Microbiologie

Le monde Microbien : Partie 2 :

La vie des microbes

Professeur Emmanuel DROUET
Anne universitaire 2010/2011
Universit Joseph Fourier de Grenoble - Tous droits rservs.

Chapitre 5 : La cellule microbienne

Gnralits
Paroi bactrienne et membranes
Cas particulier des archbactries
La cellule eucaryote

Les structures bactriennes

Membrane cytoplasmique

Matriel gntique

Ribosomes

Cytoplasme

Paroi cellulaire

Capsule

Chromosome

Flagelles

Pilus ou Fimbrie
Capsule

Corpuscule
basal

Paroi

Pilis

Membrane
Inclusion

Pilis sexuels

Plasmide

Flagelle
Msosome

Barrire permable, slective, transport

des lments nutritifs (permase),
localisation de plusieurs processus
mtaboliques
Un seul chromosome ADN form de deux
brins dADN
Localisation cytoplasmique Synthse
protique
Localisation du matriel gntique,
rplication de lADN, ribosome synthse
protique
Protection de la membrane
cytoplasmique Proprits antigniques
Proprits structurales
Rsistance la phagocytose
Mobilit
Adhsion aux muqueuses (cellules)
Transfert de matriel gntique

La paroi bactrienne
La coloration de Gram

Bactries
Gram-

LPS

Bactries
Gram+

Riche en lipides

Coloration de Gram
Les bactries Gram-positif Les bactries Gram-ngatif
(ou Gram ngatives)
(ou Gram positives)

Bacillus subtilis

Escherichia coli

Paroi des bactries Gram versus

Gram +

Paroi paisse
Composant majeur : peptidoglycane
ou murine plusieurs couches

Paroi des bactries Gram versus

Gram +

Paroi fine : peptidoglycane beaucoup plus fin

Structure particulire : la membrane externe (situe lextrieur de la paroi)

Structure deux feuillets

Feuillet externe : LIPOPOLYSACCHARIDE ou LPS ou ENDOTOXINE

Les pili
Pilis communs = fimbriae (frange)
courts
Rle dans ladhsion = facteur de virulence
Cods par le chromosome ou les plasmides

Pilis sexuels
Plus longs
Rle dans lchange dADN (plasmide)
Cods par des plasmides

Les flagelles

Pouvoir pathogne des bactries

Pouvoir toxinogne
Bactries Gram-positif

Pouvoir de colonisation et
de multiplication (pili,
flagelles)

Rsistance la phagocytose
(capsule)

La cellule eucaryote
Organismes eucaryotes unicellulaires:
PROTISTES
Etapes cls de leur origine :
- Lincroyable symbiose : acquisition de certains organites par
endosymbiose
- Apparition dune surface cellulaire flexible,
- Apparition dune enveloppe cellulaire,
- Apparition de vsicules digestives,

- Symbiose = Vie en commun de deux organismes diffrents ou symbiontes

- Endosymbiose = Vie dun organisme lintrieur dune cellule dans une
association stable et souvent symbiotique

Tous les PROTISTES sont des Eucaryotes

et ont volu a partir des Procaryotes
Schma de lorigine de la cellule Eucaryote: thorie symbionte

1. Une grosse cellule amibode

procaryote incapable de respirer,
phagocyte de petites cellules
procaryotes arobies, capables de
transformer le glucose en CO2 +
H2O.
2. Les petites cellules continuent
de fonctionner lintrieur de leur
prdateur : symbiose
mutualiste .
3. Celles-ci se spcialisent et avec
le temps deviennent des
mitochondries grand rendezvous de lhistoire

4. Nouvelle incorporation de cellules

procaryotes, capables de photosynthse
(proches des cyanobactries actuelles)
chloroplastes des cellules vgtales.

Apparition dune surface cellulaire flexible

- Perte de la paroi cellulaire

solide de la cel. procaryote
- Apparition dune surface
cellulaire souple : membrane
plasmique
- Taille microscopique de la
cellule : les invaginations
accroissent la surface
cellulaire
Permet les changes de
matriaux avec
lenvironnement
Permet la nutrition par

endocytose (inclusion de
particules)

- Apparition de systmes de rgulation osmotique flexible

vacuole contractile.

- Aide la cellule
survivre dans des
environnement
aquatiques hypoosmotiques.
- Potentiel hydrique
infrieur celui de
leur environnement
en eau douce :
prennent
constamment de
leau par osmose
ncessit
dliminer leau en
excs.
Exemple de la Paramcie

- Apparition de vacuoles nutritives.

Ingestion de particules de nourriture solides : digestion a lintrieur

de vacuoles alimentaires responsables la nutrition et de lexcrtion

Htrotrophie par
ingestion

Exemple de la
Paramcie ingrant
des levures.

Au total :
Cellule des Protistes : totipotente (multipotente)
Une cellule unique remplit elle seule toutes les
fonctions vitales :
nutrition,
respiration,
excrtion,
locomotion,
rgulation osmotique,
reproduction.

Trs grande diversit : varit des plans dorganisation

Classification en trois phylums, base
fondamentalement sur leur locomotion (cils, flagelles,
pseudopodes).

Mode de vie trs vari

Organismes libres, symbiotes, parasites

Intrt de nombreux protistes en pathologie humaine et vtrinaire.

Classification des protistes

Phylums

Flagelles et/ou
pseudopodes
SARCOMASTIGOPHORA

Cils, 2 noyaux

SS Phylum,
Caractristiques

Exemples

Sarcodina :
pseudopodes
Mastigophora :
flagelles

Amibes

Cilis holotriches

Paramcie

Giardia
Trypanosome

CILIOPHORA

Pas de locomotion Sporozoa

complexe apical
reproduction
sexue
APICOMPLEXA

Plasmodium

Exemple type de Protozoaire Sarcodina : Entamoeba histolytica , amibe

pathogne pour lhomme

Vacuoles pulsatiles

Vacuoles digestives

noyau

Cytoplasme :
cytosquelette

Membrane plasmique
Taille : 30 40 M

Exemple de Protozoaire flagell (tube digestif) Mastigophora Giardia intestinalis

, pathogne pour lhomme
Forme vgtative

Forme vgtative :
microscopie balayage
Kyste : forme de rsistance

Exemple de Protozoaire flagell (sang) Mastigophora :

Trypanosoma brucei : Maladie du Sommeil

sang

Vecteur : Glossine ou Mouche Ts-ts

APICOMPLEXA, Sporozoa. Cycles asexu et sexu

Plasmodium falciparum: un
des agents du paludisme
humain.
- Transmis par piqre dun
moustique infect (2-6).
Anophle

- Homme : cycle hpatique (89) puis sanguin : GR (10).

- 5 000 cas imports en
France /an
- La plus grande endmie
parasitaire au plan mondial :
2-3 millions de morts/an
(jeunes enfants)

Homme

Champignons levuriformes
Paroi cellulaire entourant la membrane plasmique et protgeant la
levure des agressions physico-chimiques du milieu extrieur.
Membrane cytoplasmique compose principalement de
phospholipides double couche (partie hydrophile l'extrieur et partie
lipophile l'intrieur). Elle contient aussi de nombreux complexes
protiques intrinsques et extrinsques dont les rles sont varis, par
exemple des enzymes appeles protases mnent les transports de
substances du milieu extrieur vers le milieu intracellulaire et/ou
inversement avec ou non transformation du substrat durant le
passage.
Noyau contenant l'information gntique du gnome
chromosomique de la levure.
Mitochondries jouant un rle important dans la respiration arobie de
la levure et la production dATP.

Candida albicans

Matriel gntique des levures

Chromosomes : les levures sont des organismes eucaryotes et possdent un noyau avec des
chromosomes linaires. Chez les saccharomyces, les chromosomes sont au nombre de 16
simples ou 16 paires selon la forme haplode ou diplode de la cellule. Il existe des gnes de
structure information continue comme chez les bactries et des gnes information
discontinue (introns et exons) comme chez les organismes suprieurs. Par ailleurs, les gnes de
rgulation sont spcifiques des levures.

Plasmides : ct des chromosomes, il existe dans le noyau des petites molcules dADN
circulaire d'environ 6 000 paires de bases, les plasmides, prsents entre 50 et 100 exemplaires
par cellule. Ces plasmides sont autorplicables et autotransfrables sans affecter la viabilit de la
cellule. Ils portent l'information gntique de quelques caractres non essentiels la viabilit de la
levure. Ils ont un rle considrable dans toutes les oprations de gnie gntique.
ADN mitochondrial : chaque mitochondrie renferme plusieurs molcules circulaires d'ADN qui
portent l'information de certaines enzymes de la chane respiratoire.

Reproduction sexue
Les ascomyctes (Saccharomyces
cerevisiae, Candida albicans) qui se
reproduisent par un processus sexu dans
un asque rsultant de la transformation
d'une cellule aprs miose.
Les basidiomyctes (Cryptococcus) qui
ralisent une reproduction sexue avec
formation de basidiospores sur une baside.

Chapitre 6 : Le mode de vie des

bactries
Notion de croissance bactrienne
Les paramtres de la croissance
Exigence des bactries

Sexualit des bactries

Croissance et division cellulaire

Croissance et reproduction

1. La croissance bactrienne consiste en une

augmentation de la masse et de ses parties
constituantes
2.

Masse = croissance

3.

Parties constituantes = reproduction

Nutrition et croissance bactrienne

Macromolcules

Molcules
plus simples

Dgradation
transformation

Enzymes
endocellulaires

Enzymes
extracellulaires

Molcules
plus simples

Besoins
nutritionnels

Conditions de croissance
Energie
Lumineuse (espces photosynthtiques)
Chimique (espces chimiotrophes)

Eau
Conditions physicochimiques
Temprature
pH
Oxygne

Exigences nutritives

Sources de carbone
Autotrophe : CO2 (dvpt en milieu minral)
Htrotrophe : compos organique

Prototrophe : peut synthtiser tous ces

constituant sur un milieu minimum ex : E. Coli
Auxotrophe vis--vis dune substance : a besoin
dun nutriment donn pour sa croissance

Milieux de culture
1) Culture en milieu liquide

2) Culture en milieu solide (agarose)

Utilise pour des culture monomicrobiennes

Les bactries peuvent se dplacer librement
Les bactries donnent naissance une
par diffusion
population de bactries formant une colonie,
ou par locomotion
chaque colonie est un clone
Formation dun trouble

Etude dynamique de la croissance

Croissance de bactries exigeantes

Aspect des colonies

Milieu
enrichi
au sang

colonies hmolytiques

Culture sur
glose
chocolat

Haemophilus influenzae

Croissance de bactries exigeantes

Streptocoques alpha-hmolytiques

Streptocoques bta-hmolytiques

Streptococcus pneumoniae
(souche mucode)

Streptococcus pneumoniae

Transfert de matriel gntique

Mcanismes conduisant au transfert dune
information gntique dans une bactrie
sous la forme dun fragment dADN dune
autre origine:
Transformation
Conjugaison
Transduction

Transfert de matriel gntique

Transformation
Naturelle
(tat de comptence)

Bacillus subtilis
Haemophilus influenzae
Streptococcus pneumoniae
Neisseria

Induite
(traitement chimique)

Escherichia coli

Transfert dADN libre (bicatnaire, 5.106 daltons), en solution, entre 2 bactries

Transfert naturel (actif et spcifique) ou artificiel (transfert passif et non spcifique)

Transfert de matriel gntique

Conjugaison
Transfert de matriel gntique (total ou partiel)
sens unique entre une bactrie mle (F+) et
Une bactrie femelle (F-)
Prsence du plasmide F: synthse de pili sexuels

Transfert de matriel gntique

Transduction
Transfert de gnes bactriens dune bactrie donatrice vers une bactrie rceptrice
Par lintermdiaire dun bactriophage ouphage transducteur)

Transduction gnralise ou non spcifique

(nimporte quelle rgion dun chromosome
bactrien

Transduction spcialise ou spcifique

Chapitre 7 : Gntique microbienne et

gnomique
Bactries
Le gnome est constitu dADN:
chromosomique et extra-chromosomique
(plasmidique)

Virus
Le gnome peut tre soit de lADN soit de
lARN

Membrane
Plasmique
Cytoplasme
Paroi
peptidoglycane
Membrane
externe
Chromosome

Plasmide

Chromosome (1 chromosome/bactrie)
Plasmide (100 1000 copies/bactries)
(applications en clonage molculaire)

Echanges gntiques et apparition de

la rsistance aux antibiotiques
Ce mcanisme peut tre
transmis d'autres
bactries vivant dans le
voisinage d'une bactrie
rsistante

Gne de rsistance: transposons

Les transposons sont des
lments gntiques
mobiles (cf squences
dinsertion) codant pour des
fonctions qui vont confrer
la bactrie qui les porte, un
phnotype particulier (ex
une rsistance un
antibiotique)
Ce mcanisme est
hrditaire : une bactrie le
transmet sa descendance.

C'est ainsi que des bactries

qui vivent sur notre corps
(commensales) deviennent
elles aussi rsistantes.

Les gnomes viraux

Le gnome des virus est constitu dun seul type

dacide nuclique : de lADN ou de lARN, soit sous
forme monocatnaire ou bicatnaire, soit linaire ou
circulaire, soit en une seule molcule ou en plusieurs
segments.

Le gnome viral est haplode cest dire quil nexiste

quune seule copie de chaque gne lexception du
gnome des rtrovirus qui contient deux molcules
identiques dARN (gnome diplode).

Selon la taille du gnome le nombre de gnes peut

aller de 4 plus de 200 gnes codant pour autant de
protines. Celles-ci sont des protines structurales
constitutives du virus et des protines non
structurales qui interviendront lors du cycle de
multiplication intracellulaire du virus mais ne sont
pas incorpores dans le virion.

Virus ADN Virus ARN

Virus ADN : gnome gnralement

bicatnaire (sf les Parvoviridae). La taille

du gnome schelonne entre 3,2 kpb pour
le virus de lhpatite B (VHB) 375 kpb
pour les Poxvirus des insectes.

Les virus
ARN: gnome gnralement
monocatnaire (sf les Reoviridae). La taille
du gnome varie de 1,7 kb (3,5 kb pour la
coliphage) 27 kb pour les Roviridae.

LARN est habituellement linaire. Certains

virus ont un gnome segment comme les
Orthomyxoviridae (virus de la grippe) 7 ou
8 fragments ou les Bunyaviridae 3
segments. Cette structure fragmente de
lARN favorise les recombinaisons et
rassortiments
gntiques
entre
des
souches diffrentes: consquences sur
lpidmiologie dune infection par exemple
celle de la grippe.

Il est gnralement linaire mais il y a des

exceptions: par exemple celui du VHB, est
circulaire et partiellement bicatnaire .

La constitution des gnomes de grande

taille est complexe: certains contiennent
des squences rptitives, internes ou aux
extrmits du gnome, des rgions
codantes appeles cadres de lecture
ouverts (ORF soit Open Reading Frame)
et des rgions non codantes qui

interviendront dans le droulement du

cycle de rplication.
Enfin certains gnomes sous la forme
circulaire ont la capacit de sintgrer dans
le gnome de la cellule hte ( VHB, virus
Epstein-Barr).

Sur le plan structural, les gnomes linaires

et monocatnaires diffrent entre eux par
leurs extrmits 5 et 3. Lextrmit 5 peut
tre soit libre soit coiffe ou lie une
protine. Lextrmit 3 peut tre soit libre
soit polyadnyle. Comme dans les virus
ADN, certains contiennent des squences
rptitives, des rgions codantes et non
codantes.

Polarit des gnomes virus ARN

LARN viral simple brin se prsente sous forme soit dARN de

polarit positive (ARN+) soit dARN de polarit ngative (ARN-).
LARN+ a le mme sens quun ARNm, il se comporte comme
un messager et peut tre traduit directement en protines
virales par la cellule. Dans ce cas le gnome viral est
directement infectieux.
LARN-, de polarit anti-messager doit tre transcrit au
pralable en ARNm par une ARN polymrase associe au
virion. Dans ce cas le gnome nest pas directement infectieux.

ARN viral +

ARN viral + transcriptase

Traduction

Polyprotine

Clivage
(Protases)

Protines
virales

Rplication

ARN -

Rplication
(ARNpolARNdep)

ARN +

Nuclocapside

Rplication

ARN + ( = messager)

Traduction

Rplication
(ARNpolARNdep)

Protines
virales

ARN -

( dont transcriptase)

Nuclocapside

DEUX STRATEGIES POUR LA REPLICATION DES VIRUS A ARN

( ARN + = poliovirus; ARN - = influenzavirus )

Variabilit gntique des virus

Nature et gnration des virus mutants
Fidlit des enzymes de rplication virale
Processivit des enzymes de rplication virale

Slection et capacit rplicative des virus

mutants

Exemple de virus hautement variable :

Le VIH
Le virus du SIDA prsente une incroyable variabilit
gntique. Cet art de se transformer volont lui
permet de se maintenir et dchapper nos dfenses
immunitaires
Il existe deux types principaux : le VIH1 et le VIH2
VIH-1 PANDEMIQUE (Groupe M ( majority ) Groupe N
( non M /non O , Cameroun) Groupe O ( outlier ,
Cameroun, Gabon, Guine Eq.
VIH-2: NON PANDEMIQUE

Groupe Majeur M

Dix sous-types gntiquement proches, mais distincts

Ces sous-groupes se sont crs avec la progression de lpidmie travers le
monde. Leur distribution varie en fonction des rgions

Groupe Majeur M

Europe et Amrique du Nord

Groupe Majeur M

Europe et Amrique du Nord

Afrique

La variabilit du VIH ne sarrte pas l

Alors que le virus se rplique chez le
malade, des erreurs de copie ont lieu (une
mutation par copie)
Ces erreurs conduisent la gense de
variants dautant plus nombreux que la
rplication virale est intense (environ
mille milliards de virus infectent une
seule personne)

Groupe Majeur M

Europe et Amrique du Nord

Bn
B1
B6
B
B2
B7
B
B3
B8
B
B4
B9
B
B5
B10

Notion de quasi-espces
Ces milliards de virus ont tous un petit
quelque chose de diffrent du une
erreur de copie
Il sen trouvera un pour rsister aux
attaques du systme immunitaire et/ou
au traitement

Groupe Majeur M

Europe et Amrique du Nord

Bn
B1
B6
B
B2
B7
B
B3
B8
B
B4
B9
B
B5
B10

Echappement vis--vis des anticorps neutralisants: Le virus chappe la

rponse humorale en gnrant de nouveaux variants non reconnus par les
anticorps initiaux
Source de copies futures (chappement viral)

Divergence des souches de VIH

Grippe saisonnire 1996

Divergence du VIH chez un seul sujet infect 6 ans PI

Ensemble de sujets infects VIH

(Congo 1997)
Cohorte de sujets infects VIH
1991

Les Variations Antigniques des Virus

Influenza Humains
Types
Mcanismes

Modificationsantigniques

Cassures

Glissements

TypeA

TypesAetB

Rassortimentdegnes
(virusanimaux)
Changementsmajeursdes
gnesdeNAetHA
Majeures

Mutationsponctuelles
Drivesantigniques
progressives
Mineures

Consquences
Taxonomiques

Apparitiondenouveaux
soustypesA

Apparitiondenouveaux
variants

Immunitaires

Pasoupeudimmunit
croiseentredeuxsous
typesA

Immunitcroiseentre
deuxvariantsconscutifs

pidmiologiques

Pandmies

pidmiesannuelles

pidmiologie de la Grippe

Mentions lgales
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