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Objectifs de lenseignement
Faire
comprendre
les
multiples
applications
de
ces
techniques
chez
les
Contenu de la matire
Gnie gntique
I. DFINITION
Gnie gntique
II. OBJECTIFS
Le gnie gntique principalement trois buts :
1- Obtenir de grande quantits dun ou plusieurs gnes pour en analyser la squence,
lorganisation, la rgulation, etc
2- Obtenir grande chelle lexpression dun gne dont le produit est particulirement
interessant (enzyme, hormone, antigne pour vaccin, etc.
3- Modifier le phnotype dun organisme vivant (cellule, animal, vgtale, virus) en leur
insrant un gne provenant dun autre organisme.
Gnie gntique
III. APPLICATIONS
- Production de vaccins vivants
- Production de plantes rsistantes des insectes ou des pesticides
- Production danimaux transgniques comme modles de maladies humaines
- Thrapie gnique
Gnie gntique
III. METHODOLOGIE
Le clonage de gnes est la base du gnie gntique. Il implique :
- Lisolement et la fragmentation de la source de lADN et linsertion des fragments dADN
dans un vecteur (plasmides, ADN de phages ou de virus etc.)
- Lincorporation de lADN recombinant dans une cellule hte capable dassurer la rplication
du vecteur
- La dtection et lisolement du clone cellulaire contenant le gne intressant
Gnie gntique
Isolement d'ADN
provenant de
deux sources
Gnie gntique
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Conjugaison
Le mle dE. coli montre des pili, dont un pilus sexuel qui se joint une cellule
femelle . Le pilus sexuel tubulaire tablit une jonction cytoplasmique travers
laquelle le mle transmettra de lADN la femelle .
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Conjugaison
Pont cytoplasmique
permettant
lchange de
matriel gntique
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Conjugaison
Bactrie donatrice
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21942/#A1314
Chromosome
bactrien
Pont de
conjugaison
Plasmide
Pilus
Bactrie rceptrice
Le schma montre un transfert en cours : passage d'un monobrin avec rplication chez le donneur
et l'accepteur. Il ne montre pas le rsultat final : la bactrie donatrice reste F+ et la receveuse
devient F+ (le monobrin qui passe et se rplique est recircularis en plasmide F complet,
fonctionnel).
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Transduction
Figure 17.1
Virus injectant son ADN dans une
bactrie. Ce schma reprsente la premire
tape de lun des phnomne biologiques les
plus remarquables : lassujettissement
gntique dune cellule par un Virus.
Linfection dbute lorsque le Virus injecte son
ADN dans la cellule hte. Dans le cas
prsent ici, la cellule est la Bactrie E. coli
et le Virus est un Bactriophage T4. Cest en
tudiant les Virus et les Bactries que les
biologistes ont entrevenu pour la premire
fois la subtilit des mcanismes molculaires
de lhrdit.
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Transduction
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Transduction
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Transformation
Binding
DNA
(a)
(b)
Uptake of DNA
RecA-mediated
homologous
recombination
(d)
(c)
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Gnie gntique
Dveloppement du gnie gntique
Le gnie gntique sest dvelopp grce aux progrs raliss dans les domaines
de la microbiologie et de lenzymologie
Enzyme de
restriction
EcoR1
Enzyme de
mthylation
EcoR1
ADN tranger
non mthyl
5
3
GAATTC
CTTAAG
5
3
3
5
Hydrolyse
Enzyme de
restriction
EcoR1
Extrmit cohsives
5
3
AATTC
G
CTTAA
(a) : Restriction
ADN de lhte
non mthyl
GAATTC
CTTAAG
3
5
Lenzyme de restriction
EcoR1 ne peut pas cliver
lADN mthyl
CH3
3
5
5
3
GAATTC
CTTAAG
CH3
(b) : Modification
3
5
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
- Les endonuclases de restriction sont des enzymes bactriennes participant un
mcanisme de dfense des bactries vis--vis des virus : systme de restrictionmodification.
- Elles catalysent la coupure de lADN non mthyl en des endroits caractriss par
une squence spcifique de nuclotides (site de restriction). Les produits de cette
digestion sont les fragments de restriction, dont la longueur, toujours la mme pour
un ADN donn, ne dpend que de la squence primaire de cet ADN.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Il existe trois types isols des bactries
Type II
Gnie gntique
Type 1
Type III
Exemple
EcoB
EcoRI
EcoPI
Site de reconnaissance
TGAN8TGCT
GAATTC
AGACC
Entre G et A
24-26 pb 3 au site
(des deux brins) de reconnaissance
TGAN8TGCT
ACTN8 ACGA
GAATTC
CTTAAG
AGACC
Un seul brin
mthyl
Non
Oui
Site de mthylation
Mg2+, Mn2+
Mg2+, S-AdoMet
S-AdoMet
Mg2+, S-AdoMet
S-AdoMet : S-adnosyle-mthionine
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
- Lanalyse de la longueur des fragments de restriction, la recherche de variations
individuelles (polymorphismes de longueur des fragments de restriction = RFLP) est
une des techniques danalyse de la squence primaire de lADN la recherche
de substitutions, dinsertions ou de dltions qui modifient le nombre de sites de
restriction et donc la longueur des fragments de restriction.
- Le type II est le plus utilis car le site de reconnaissance est lui-mme le site de
coupure,
- Les extrmits des fragments de restriction peuvent tre formes de deux brins
dgale longueur (bouts francs) ou bien prsenter un brin plus long que lautre de
quelques nuclotides (bouts collants).
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
bouts francs
bouts collants
(cohsifs)
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Nomenclature des enzymes de restriction
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Nomenclature des enzymes de restriction
- Les enzymes de restriction sont des hydrolases (classe 3 de la E.C.) agissant sur des
liaisons esters (sous-classe 3.1), cest--dire des estrases.
- Parmi les estrases on distingue celles qui hydrolysent un acide nuclique en
fragments polynuclotidiques (endonuclases) et en particulier celles dont les produits
gardent leur phosphate 5 initial (sous-sous-classe 3.1.21).
- Enfin en fonction des cofacteurs, les enzymes de restriction ne ncessitent que la
prsence de lion Mg++ dans le milieu (3.1.21.4)
- Le nom de chaque enzyme est driv du nom despce ou de varit de la Bactrie qui
la produit. On crit linitiale du nom du genre, les deux initiales du nom de lespce, 1
lettre ou 1 nombre pour dsigner la varit (ou souche) et aprs un espace un chiffre
romain pour dsigner successivement les diffrentes enzymes de restriction obtenues
partir de la mme souche.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Restriction (raction gnrale)
Substrat
(ADN)
Produit
(ADN digr)
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Tampons dincubation (restriction)
- Diffrents tampons sont utiliss pour les enzymes de restriction permettant
loptimisation des ractions de multiples enzymes avec le mme tampon.
- Toutes les enzymes de restriction ncessitent la prsence de lion Mg++
- Le pH (7,0 - 7,9), le potentiel doxydo-rduction (dithiothritol 1 mM), la force
ionique (NaCl ou CH3COOK de 0 100 mM) varient dun tampon lautre.
- De rares enzymes ncessitent des conditions spciales prcises par leur mode
demploi.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Tampons dincubation (restriction)
10 mM Tris propane-HCl
(pH 7,0 25 C)
10 mM MgCl2
(1 mM DTT)
10 mM Tris-HCl
(pH 7,9 25 C)
10 mM MgCl2
50 mM NaCl
(1 mM DTT)
10 mM Tris-HCl
(pH 7,9 25 C)
10 mM MgCl2
100 mM NaCl
(1 mM DTT)
20 mM Tris-CH3COOH
(pH 7,9 25 C)
10 mM Mg(CH3COO)2
50 mM CH3COOK
(1 mM DTT)
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
EcoR I
NNNNGAATTCNNNN
2H2O Mg++
NNNNCTTAAGNNNN
NNNNG
NNNNCTTAA
AATTCNNNN
GNNNN
ADN digr
- EcoR I est une enzyme de restriction produite par Escherichia coli, souche R.
- Le site de liaison lADN est form de six paires de nuclotides :
5 GAATTC 3
3 CTTAAG 5
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
EcoR I
- Les sites de restriction sont souvent de type palindrome, cest dire quils sont
identiques sur les deux brins de lADN (mais antiparallles sur lautre brin).
Lorsque lhydrolyse des liaisons phosphodiester se fait loin du centre de symtrie
du palindrome certaines paires de nuclotides restent non apparies : les
fragments qui en rsultent sont dits bouts collants .
5 GAATTC 3
3 CTTAAG 5
- La mthylation des adnines ou de la cytosine du site dhydrolyse inhibent la
reconnaissance du site par EcoR I. LADN de la bactrie ainsi mthyl nest pas
hydrolys alors que lADN parasite qui nest pas mthyl sera hydrolys.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
EcoR V
Mthylation (-)
NNNNGATATCNNNN
2H2O Mg++
NNNNCTATAGNNNN
NNNNGAT
NNNNCTA
ATCNNNN
TAGNNNN
ADN digr
- EcoR V est une enzyme de restriction produite par Escherichia coli, souche R.
- Le site de liaison lADN est form de six paires de nuclotides :
5 GATATC 3
3 CTATAG 5
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
EcoR V
- Les sites de restriction sont souvent de type palindrome, cest dire quils sont
identiques sur les deux brins de lADN (mais antiparallles sur lautre brin).
Lorsque lhydrolyse des liaisons phosphodiester se fait au centre de symtrie du
palindrome toutes les paires de nuclotides restent apparies : les fragments qui
en rsultent sont dits bouts francs .
5 GATATC 3
3 CTATAG 5
- La mthylation des adnines du site dhydrolyse inhibent la reconnaissance du site
par EcoR V. LADN de la bactrie ainsi mthyl nest pas hydrolys alors que lADN
parasite qui nest pas mthyl sera hydrolys.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
Pvu II
Mthylation (-)
NNNNCAGCTGNNNN
2H2O Mg++
NNNNGTCGACNNNN
NNNNCAG
NNNNGTC
CTGNNNN
GACNNNN
ADN digr
5 CAGCTG 3
3 GTCGAC 5
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
Pvu II
- Les sites de restriction sont souvent de type palindrome, cest dire quils sont
identiques sur les deux brins de lADN (mais antiparallles sur lautre brin).
Lorsque lhydrolyse des liaisons phosphodiester se fait au centre de symtrie du
palindrome toutes les paires de nuclotides restent apparies : les fragments qui
en rsultent sont dits bouts francs .
5 CAGCTG 3
3 GTCGAC 5
- La mthylation des cytosines au niveau du site dhydrolyse inhibe la
reconnaissance du site par Pvu II. LADN de la bactrie ainsi mthyl nest pas
hydrolys alors que lADN parasite qui nest pas mthyl sera hydrolys.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
Hae III
Mthylation (-)
NNNNGGCCNNNN
2H2O Mg++
NNNNCCGGNNN
NNNNNGG
NNNNNCC
CCNNNNN
GGNNNNN
ADN digr
- Hae III est une enzyme de restriction produite par Haemophilus aegypticus.
- Le site de liaison lADN est form de quatre paires de nuclotides :
5 GGCC 3
3 CCGG 5
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
Hae III
- Les sites de restriction sont souvent de type palindrome, cest dire quils sont
identiques sur les deux brins de lADN (mais antiparallles sur lautre brin).
Lorsque lhydrolyse des liaisons phosphodiester se fait au centre de symtrie du
palindrome toutes les paires de nuclotides restent apparies : les fragments qui
en rsultent sont dits bouts francs .
5 GGCC 3
3 CCGG 5
- La mthylation de la cytosine immdiatement en aval du site dhydrolyse inhibe la
reconnaissance du site par Hae III. LADN de la bactrie ainsi mthyl nest pas
hydrolys alors que lADN parasite qui nest pas mthyl sera hydrolys.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
Pvu I
Mthylation (-)
NNNNCGATCGNNNN
2H2O Mg++
NNNNGCTAGCNNNN
NNNNCGAT
NNNNGC
CGNNNN
TAGCNNNN
ADN digr
5 CGATCG 3
3 GCTAGC 5
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
Pvu I
- Les sites de restriction sont souvent de type palindrome, cest dire quils sont
identiques sur les deux brins de lADN (mais antiparallles sur lautre brin).
Lorsque lhydrolyse des liaisons phosphodiester se fait loin du centre de symtrie
du palindrome certaines paires de nuclotides restent non apparies : les
fragments qui en rsultent sont dits bouts collants .
5 CGATCG 3
3 GCTAGC 5
- La mthylation de la deuxime cytosine proche du site dhydrolyse inhibe la
reconnaissance du site par Pvu I. LADN de la bactrie ainsi mthyl nest pas
hydrolys alors que lADN parasite qui nest pas mthyl sera hydrolys.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
Pst I
Mthylation (-)
NNNNCTGCAGNNNN
2H2O Mg++
NNNNGACGTCNNNN
NNNNCTGCA
NNNNG
GNNNN
ACGTCNNNN
ADN digr
5 CTGCAG 3
3 GACGTC 5
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Exemples denzymes de restriction
Pst I
-
Les sites de restriction sont souvent de type palindrome, cest dire quils sont
identiques sur les deux brins de lADN (mais antiparallles sur lautre brin).
Lorsque lhydrolyse des liaisons phosphodiester se fait loin du centre de symtrie
du palindrome certaines paires de nuclotides restent non apparies : les
fragments qui en rsultent sont dits bouts collants .
5 CTGCAG 3
3 GACGTC 5
- La mthylation de la premire cytosine ou de ladnine du site dhydrolyse inhibent
la reconnaissance du site par Pst I. LADN de la bactrie ainsi mthyl nest pas
hydrolys alors que lADN parasite qui nest pas mthyl sera hydrolys..
Gnie gntique
Alphabet dgnr
Alphabet dgnr du code gntique
A = Adnosine
C = Cytosine
G = Guanine
T = Thymidine
H = non G (A, C ou T)
R = A ou puRine
V = non T (A, C ou G)
D = non C (A, G ou T)
Y = C ou T
pYrimidine
B = non A (C, G ou T)
K = G ou T ctone
(keto en anglais)
S = C ou G 3 liaisons H
(strong en anglais)
M = A ou C aMine
W = A ou T 2 liaisons H
(weak en anglais)
N = A, C, G ou T
Le complment de
ACGT
RY
KM
SW
BDHV N
est
TGCA
YR
MK
SW
VHDB N
Gnie gntique
Alphabet dgnr
- La spcificit large de certaines enzymes ou encore la dgnrescence du code
gntique implique quon doit indiquer quelquefois dans les squences des lettres
correspondant plusieurs bases azotes diffrentes pour le mme nuclotide prsent
une position.
- Le choix peut porter sur deux des 4 nuclotides : A ou G, C ou T, G ou T, A ou C, C
ou G, A ou T ; ou bien sur 3 nuclotides : C, G ou T, A, G ou T, A, C ou T, A, C ou G ;
ou enfin sur les 4 nuclotides : A, C, G ou T.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Ava II
Mthylation (-)
NNNNGGWCCNNNN
2H2O Mg++
NNNNCCWGGNNNN
NNNNG
NNNNCCWG
GWCCNNNN
ADN digr
5 GGWCC 3
3 CCWGG 5
GNNNN
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Ava II
-
Les sites de restriction sont souvent de type palindrome, cest dire quils sont
identiques sur les deux brins de lADN (mais antiparallles sur lautre brin).
Lorsque lhydrolyse des liaisons phosphodiester se fait loin du centre de symtrie
du palindrome certaines paires de nuclotides restent non apparies : les
fragments qui en rsultent sont dits bouts collants .
5 GGWCC 3
3 CCWGG 5
-
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Hind II
Mthylation (-)
NNNNGTYRACNNNN
2H2O Mg++
NNNNCARYTGNNNN
NNNNGTY
NNNNCAR
RACNNNN
YTGNNNN
ADN digr
souche Rd.
Haemophilus influenzae,
5 GTYRAC 3
3 CARYTG 5
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Hind II
- Les sites de restriction sont souvent de type palindrome, cest dire quils sont
identiques sur les deux brins de lADN (mais antiparallles sur lautre brin). Lorsque
lhydrolyse des liaisons phosphodiester se fait au centre de symtrie du palindrome
toutes les paires de nuclotides restent apparies : les fragments qui en rsultent
sont dits bouts francs .
5 GTYRAC 3
3 CARYTG 5
-
Gnie gntique
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Digestion dune squence (Hae III)
- Voici le rsultat de la digestion du gne de lapoA-II (brin codant) par Hae III.
- Les apolipoprotines A et B (Apo A et B) sont des lipoprotines fabriques par le
foie, intervenant dans le mtabolisme des lipides (graisses). L'ApoA1 sert au retour
du cholestrol vers le foie o il va tre dtruit : de ce fait, elle est surtout un
marqueur de protection vis--vis des maladies cardio-vasculaires. L'ApoB participe
plutt au transport et aux dpts de cholestrol sur les parois des artres. Elle est
donc un marqueur d'athrosclrose, responsable de maladies cardio-vasculaires
(notamment d'infarctus du myocarde).
- Chacune des squences GGCC engendre une coupure de lADN, ce qui produit des
fragments de restriction dont le longueur dpend de la frquence de cette squence
sur lADN.
Gnie gntique
Les enzymes de restriction
Digestion dune squence (Hae III)
- On peut tablir des cartes des emplacements de ces sites sur lADN (cartes de
restriction).
- La recherche de ces sites sur lADN extrait dun sujet permet de dtecter des
squences diffrentes qui ajoutent ou suppriment des sites de restriction. Il en
rsulte que les fragments de restriction chez ces individus nont pas la mme
longueur que les mmes fragments chez les autres individus : il y a un
polymorphisme de longueur des fragments de restriction (RFLP = Restriction
Fragment Length Polymorphism).