GENOMICA

Qu Es la Genmica?
Conjunto de estrategias tcnicas y tecnologas utilizadas para
caracterizacin molecular de genomas
En ltimo trmino, la genmica persigue la obtencin del mapa de un
genoma. Este mapa puede tener distintos grados de resolucin. Siendo la
mxima resolucin equivalente a un nucletido
- Identificar genes en cromosomas cualquiera (organizacin)
- El mximo detalle es determinar la secuencia
Qu ES UN GENOMA?

La totalidad de la informacin de una clula o un organismo. En particular,

el DNA que porta dicha informacin
- Particularmente en eucariontes hay DNA que no codifica nada, pero
sigue siendo parte del DNA que porta la informacin.
- Se muestra el genoma de un microorganismo, el mapa (mala
resolucin)
Se muestran elementos relevantes como
Origen de replicacin
Termino de la replicacin
Secuencias conservadas
Las rayitas representan genes
No se pueden distinguir genes por separado
Entre ms cerca se mire el mapa se podrn a llegar a ver los
nucletidos que componen el genoma
- Virus
Por la composicin que tienen (cido nucleico rodeado por
protenas) se pueden considerar su genoma, ya que tienen cidos
nucleicos que codifican protenas, por lo tanto se habla de genoma
viral.

DE QUE TAMAO ES UN GENOMA?

Se tienen genomas eucariontes y procariontes

Se tienen el genoma nuclear grupo tamao en kilobases nmero de
genes.
Mientras ms complejo y ms haya evolucionado el organismo, ms grande
ser el genoma.
El tamao de la secuencia con el nmero de genes no es proporcional
La secuencia puede ser lineal (L) o circular (C)

AREAS DE LA GENOMICA
Podemos distinguir 2 reas independientes en la genmica
- Genmica estructural
El estudio de las tcnicas y estrategias necesarias para obtener el
mapa fsico del genoma en sus distintas resoluciones, como la
secuencia total del DNA genmica (equivalente al mapa fsico a la
resolucin mxima)
- Genoma funcional
Caracterizacin de la expresin del genoma, todas y cada una de
las protenas generados por el genoma bajo los distintos patrones
de expresin gnica. En definitiva es el estudio funcional del DNA
codificante.
Se consideran factores ambientales que influyen en la expresin
del genoma
- Los mismos genes tienen funciones reguladoras, por lo tanto no son
totalmente independientes.
- Como disciplinas son reas separadas, solo eso
MAPAS GENETICOS
En su forma ms simple corresponden a una representacin grfica de la
ubicacin relativa de los genes en cada cromosoma o elemento gentico
- Orden de quien va primero y quien va despus
- No tienen por qu ser todos genes, ya que se considera el centrmero
- No se mide distancia
En la actualidad tambin incluyen otros elementos, por lo que se usa el
trmino ms general de marcador gentico. Este puede ser un marcador
gnico (el que forma parte de un gen o segmento codificante) o un
marcador gnico ( que no forma parte de un gen o segmento codificante)
- El origen y termino de replicacin no son genes, son secuencias
conservadas que se consideran elementos genticos
- El marcador puede ser gnico (forma parte de un gen)
Promotor
- No gnico (no forma parte de una secuencia codificante)
El origen de replicacin
Termino de la replicacin.
Enhancer
Telomeros
MAPAS FISICOS
Miden distancias entre genes u otros marcadores en forma directa. Es decir,
son una representacin de la distancia real (medida en nucletidos) entre
marcadores presentes en un cromosoma o elemento gentico.
Se presentan en varias resoluciones
- Baja resolucin distancias de varios Mb (millones de nucletidos)
- Alta resolucin hasta 105 bases
- Mxima resolucin secuencia nuleotidica
No solo se tiene el orden, sino que se agrega distancia entre genes medida
en nucletidos

MAPA FISICO DE UN PLSMIDO

Se tiene un tamao, por lo tanto se puede determinar la escala

- 4565 nucletidos es todo el circulo
- Se puede determinar distancia y tamao de cada gen
El policonector est representado en su mxima resolucin
- Es un pequeo segmento ampliado

OBTENCION DE UN MAPA FISICO

Si se quiera mxima resolucin secuenciar

Puede tomar aos secuenciar todo un genoma

- FISH
OBTENCION DE UN MAPA FISICO

FISH (Fluorescent in situ hibridization)

- Se usan cromosomas metafasicos al detener al cultivo en metafase de
la divisin celular
- A diferencia de la mayora de las tcnicas de citogentica molecular,
no necesita cromosomas metafasicos, lo que le convierte en una
herramienta muy verstil
Se puede hacer sobre DNA mucho menos condensado que los
cromosomas metafasicos
- Dependiendo de la resolucin requerida por el mapa, ser el tipo de
sonda y el tipo de cromosoma que se utilizara en el FISH
Si se quiere ms resolucin se deben usar cromosomas totalmente
laxos

 Con cromosomas metafasicos se tienen baja resolucin debido a su

alta condensacin.

OBTENCION DE UN MAPA FISICO

Se explica
- Sobre cromosomas metafasicos
Resolucin sper baja
Solo se deben distinguir 2 marcadores si son de varios millones de
nucletidos
- Sobre cromosoma interfasico
Se pueden distinguir marcadores con ms de decenas de kilobases
Implica mayor resolucin
- DNA distendido en forma artificial
Alta resolucin
Se distinguen marcadores separados por algunas Kb
No es DNA cortado, sino que solo indica que es una secuencia que
continua, en si se manifiesta el DNA en trozos
- Sonda segmento pequeo de DNA que puede estar modificado para
luego visualizarlo

MAPAS DE CNTIGOS

Los genes eucariontes estn interrumpidos por intrones, por eso se debe ir
secuenciando por parte
Se tienen 5 molculas de DNA idnticas que no se puede secuenciar toda
de una vez
- Se corta en segmentos pequeos manejables
- Se tienen muchas secuencias de reconocimiento para endonucleasas
de restriccin
- Se hace una digestin parcial con enzima de restriccin
Se reconoce secuencia y corta
- Se hace la digestin no por el periodo total en que corte todas las
secuencias, sino que se somete a un tiempo menor para que se
obtenga una mezcla de fragmentos que se superponen ya que no se le
dio el tiempo necesario para que la enzima cortara todo como
corresponde
- La enzima corta al azar
- Se secuencia cada fragmento

MAPAS CONTIGOS

Se analiza la secuencia y se ve que hay partes repetidas

Secuencia en comn entre la secuencia 7 y la 1
Entre 5 y 7 tambin se tiene algo en comn
- Se comienzan a pegar las secuencias a partir de las semejanza, por lo
tanto se arma la secuencia al secuenciar los contigos (como
rompecabezas)
- Si la enzima llegase a digerir toda la secuencia se tendran piezas
cuadradas sin un inicio ni un fin para unirlas con las dems
Mapas CONTIGOS

Se van clonando los fragmentos por separado

Cada clon es puesto en plsmido o en yacs transformndolos en

clulas
distintas,
armado
una
biblioteca
gentica

SECUENCIACION

Hay
-

ms de una tcnica de secuenciacin, pero esta es la ms usada

Se basa en la replicacin del DNA
Funciona similar a un PCR
Se necesita solo 1 cebador, nucletidos, polimerasa termoestable
Normalmente el cebador va a ir marcado (modificado qumicamente
para luego ser visualizado)
Fosfato radioactivo
Compuesto fluorescente
- Aqu no se amplifica, solo se hace replicacin de 1 hebra cada vez
- Se tienen nucletidos normales y tambin nucletidos especiales en
una proporcin muy pequeita (arriba a la derecha)
DIDEOXIribonucleotidos

 No solo falta el hidroxilo en 2 sino que tambin en 3 en

comparacin con un didesoxiribonucleotido
Cuando se usan se terminan la sntesis de DNA ya que a travs
del grupo fosfato en 3 se contina el agregado de nucletidos,
por lo tanto, al no tener el extremo 3 la secuencia llega a su fin,
siendo este el ultimo nucletido en la cadena.
Desoxirribonucleotidos
En 2 carbono no hay hidroxilo, solo hay hidrogeno
SECUENCIACION

Se preparan tubos como si se fuese a hacer un PCR (4 tubos distintos)

En cada tubo va un templado + cebador marcado + DNA polimerasa +
buffer + ion magnesio + nucletidos normales + proporcin de 1
dideoxiribonucleotidos (adenina, en otro tubo timina, en otro tubo
guanosina, etc.)
Se necesita conocer parte de las secuencia del DNA templado
Se comienza a sintetizar la hebra por complementariedad de bases
Cuando pone una DIDEOXI Adenina, solo la agarra y la pone
Por tubo se tienen diversos productos de replicacin, debido a que ocurren
varios procesos iguales paralelamente, pero no todos unen los
DIDEOXInucleotidos especiales en el mismo lado, pero todos tienen en
comn en que terminaran en Adenina
(Parte de debajo de la imagen)

Se separan los distintos fragmentos mediante electroforesis en gel de

policleramida
- Permite mejor separacin que se pueden distinguir diferencias de
tamao en las secuencias de 1 solo nucletido
Se ponen en una lado todos los que terminan en adenina, guanina, citosina,
timina
Los ms chicos avanzan ms y los ms grandes se quedan arriba
Se comienza a completar la secuencia segn el tamao
El gel se lee de abajo hacia arriba
No se puede determinar la secuencia total, ya que es demasiado extensa

SECUENCIACION

Se entrega la secuencia de forma sofisticada

Se separa
PROYECTO GENOMA HUMANO
Se logr su puesta en marcha a partir de 1990, gracias a la automatizacin
del mtodo enzimtico de secuencia del DNA
Se trat de un esfuerzo conjunto de arios pases, Alemania, Canad, EEUU,
Francia, Japn y el Reino Unido, a travs d varios centros de investigacin
en biologa molecular- por su complejidad se llega comparar los proyectos
Apolo y Manhattan

La muestra debe mantenerse inalterable la mayor cantidad de tiempo

posible

Resultados del proyecto genoma humano

Bases de datos con genes

Se puede descargar la secuencia del genoma humano y analizar las

secuencias
BLAST
- Comparar secuencias con el genoma humano

Se pueden ver los cromosomas y sus elementos marcados

Secuencia de uno de los contigos del cromosoma Y

Actualmente se basa en el polimorfismo de nucletidos

- Haciendo nfasis en la diferencia entre un individuo y otro
- Diferencias de 1 solo nucletido en 1 gen
- Diferencias de 1 nucletido en todo el genoma
- Variantes de la misma protena