SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

DTERMINATION DES GNOTYPES ET PRVISION

EN GNTIQUE HUMAINE
Une banque de donnes gniques sur les individus des arbres gnalogiques
Dans les arbres gnalogiques relatifs des phnotypes cliniques, on est amen classiquement
considrer, pour chaque gne en cause, un allle normal et un allle mut. partir de l'analyse de
l'arbre, on dtermine si les individus sont homozygotes ou htrozygotes. En ralit, les conclusions
tires de cette analyse au niveau macroscopique sont hypothtiques car, comme l'a montr l'analyse
des gnes, plusieurs allles peuvent tre l'origine du phnotype normal ou l'origine d'un mme
phnotype clinique, ou encore des allles de deux gnes diffrents peuvent entraner deux phnotypes
cliniques voisins. L'analyse gntique des individus d'un arbre gnalogique permet de confirmer
ou non les conclusions tires de l'analyse classique. C'est ce que nous proposons de faire partir
d'une banque contenant les squences gniques des individus des arbres gnalogiques.

Contenu de la banque
La banque renferme :
les gnes, ou plus prcisment le brin d'ADN non transcrit de chacun d'eux limit la partie
strictement codante . Chaque squence commence donc par le triplet ATG et se termine par
un des trois triplets STOP. Pour chaque gne, les principaux allles rpertoris, en particulier
tous ceux impliqus dans les arbres gnalogiques proposs, sont donns en rfrence dans
un thme (ALL suivi du nom du gne) ;
des fichiers d'enzymes de restriction correspondant chaque gne tudi. Leur utilisation est
dtaille dans la deuxime dmarche ci-dessous ;
le gnotype (pour le gne tudi) des membres de chaque famille. L'extension de chaque nom
de squence indique le gne en cause. L'individu est repr dans l'arbre par sa Famille (F1, F2,
etc.) sa gnration (i, ii, iii, iiii) et sa position (1, 2, 3,...). Par exemple, F1-i1all1.tyr (all = allle)
et F1-ii1all2.tyr sont dans le premier arbre avec des individus albinos les 2 allles du gne de
la tyrosinase que possde la personne en position 1 la premire gnration.

Principe de la recherche du gnotype dun individu dun arbre gnalogique

avec le logiciel
L'lve doit utiliser les lments de cette banque pour dterminer les gnotypes des membres (ou de
certains membres bien choisis) de la famille tudie.
Deux dmarches sont possibles :
la premire ressemble l'utilisation vue propos du polymorphisme gnique. Pour comparer
les allles d'un individu avec un allle choisi comme rfrence, on utilise les options
Comparaison simple ou Alignement avec discontinuits. Les informations obtenues sont
exploites grce un tableau des diffrences entre l'allle de rfrence et les autres allles ce
qui permet d'identifier prcisment le gnotype des individus. Cette dmarche suppose le
parcours de l'ensemble des deux squences compares qui peuvent tre assez longues ;
la deuxime est base sur une utilisation simplifie des mthodes de diagnostic gnotypique
l'aide des enzymes de restriction : une enzyme de restriction reconnat un motif spcifique
dans une squence d'ADN et coupe cette squence au niveau du motif reconnu (ou
proximit). Pour chaque gne considr, un fichier d'enzymes permettant d'identifier les
allles impliqus dans les arbres gnalogiques et une grille de rfrence montrant l'action de
ces enzymes sur tous les allles de ce gne sont fournis.
Cette deuxime dmarche est la seule illustre dans lanalyse gntique des diffrents cas dhrdit
humaine envisags dans cette brochure. Lencart ci-aprs prcise les principes de cette dmarche.

86

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Considrons l'exemple thorique suivant :

Un gne G possde 4 allles GA1, GA2, GA3 et GA4. Les enzymes du fichier d'enzymes
(correspondant G) coupent chaque allle toutes les fois qu'elles rencontrent leur motif
spcifique. Dans le diagnostic gnotypique rel, les fragments sont spars par
lectrophorse puis hybrids avec une sonde spcifique et ainsi reprs. Le logiciel, lui,
donne pour chaque enzyme la position des sites reconnus et la longueur des fragments
obtenus aprs coupure par l'enzyme. En toute rigueur il faudrait comparer la longueur des
fragments pour identifier les allles les uns par rapport aux autres ; cela serait fort long et
l'on peut se contenter du nombre de sites reconnus dans chaque allle par les enzymes. Le
tableau ci-dessous indique, dans notre cas thorique, le nombre de sites obtenus aprs avoir
fait agir sparment 4 enzymes sur les 4 allles du gne G. Ce tableau sert de rfrence.
Allles
GA1
GA2
GA3
GA4

E1
2
3
2
2

Enzymes
E2
E3
3
2
3
2
3
3
2
2

E4
2
2
-

La lecture de ce tableau montre que :

- l'enzyme E4 a reconnu sur les allles GA1 et GA2 2 sites et qu'elle n'a reconnu
aucun site sur GA3 et GA4,
- l'enzyme E3 permet d'identifier GA3,
- l'enzyme E2 permet d'identifier GA4,
- l'enzyme E1 permet d'identifier GA2,
- les enzymes E4 et E1 combines permettent d'identifier GA1.
En soumettant un allle inconnu laction de ces enzymes on voit comment il est dcoup
par chacune dentre elles ce qui permet son identification grce au tableau de rfrence.
Ainsi, si l'enzyme E2 ne reconnat que deux sites sur cet allle cela signifie que ce dernier est
GA4.
Cette technique suppose que toutes les diffrences entre les allles sont reprables grce au
panel d'enzymes de restriction dont on dispose. En ralit, il n'en est pas toujours ainsi. Les
squences des allles des gnes contenus dans la banque de donnes concernent uniquement
les rgions strictement codantes. Lorsque pour un allle nexistait pas denzymes
reconnaissant sa spcificit, nous avons choisi de dfinir des enzymes thoriques qui
reconnaissent des motifs permettant de faire le diagnostic de ces allles. Ces enzymes
sont appeles ENZINV et concernent uniquement quelques allles de la tyrosinase impliqus
dans l'albinisme.

87

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Hrdit de lalbinisme
Informations scientifiques
Gnralits
L'albinisme humain est la plus frquente des anomalies hrditaires de pigmentation. Le phnotype
macroscopique visible (hypopigmentation de la peau, des poils, des yeux) fut pendant longtemps le
seul critre retenu pour dtecter cette anomalie due une rduction (ou absence) de synthse de
mlanine. Si cette hypopigmentation est gnrale, on parle d'albinisme oculo-cutan (OCA). Si elle est
localise aux yeux, on la nomme albinisme oculaire (OA). OCA correspond gnralement de
l'hrdit autosomale rcessive. OA est li un gne situ sur une rgion propre au chromosome X
(Nature genetics, mai 1995).
Le seul critre de la pigmentation est insuffisant pour diagnostiquer l'albinisme. Des changements
dans les yeux et le systme visuel ont t trouvs dans tous les cas d'albinisme oculo-cutan (OCA) et
d'albinisme oculaire (OA). L'iris et la rtine tant dpigments, les pupilles apparaissent rouges du fait
de la rflexion de la lumire sur la chorode trs riche en vaisseaux sanguins. D'autre part, le
dveloppement des voies optiques est altr : anomalies de decussassion des fibres nerveuses au
niveau du chiasma optique faisant que le nombre de fibres ipsilatrales est rduit ; anomalie de
l'organisation des corps genouills latraux. Tout cela fait que beaucoup d'albinos sont photophobes et
la plupart prsentent un nystagmus rsultant d'une hypoplasie fovale (associe une rduction de
l'acuit visuelle qui peut varier de 0,5 dixime 4 diximes) et aussi de la malformation des voies
optiques. Ils ont de plus une diminution de l'acuit stroscopique et un strabisme alternant. Chez une
personne qui pourrait avoir une pigmentation presque normale, l'examen ophtalmologique complet
permet donc de dpister un albinisme.
Dans la suite, seul sera envisag l'albinisme oculo-cutan (OCA) qui reprsente les formes les plus
frquentes (1 cas sur 16 000 20 000 aux USA).

Pigmentation de la peau et synthse de la mlanine

La pigmentation est un processus complexe qui rsulte de la synthse de pigments spcifiques, les
mlanines. Les mlanocytes sont des cellules pidermiques capables de synthtiser des pigments, les
mlanines, au sein dorganites spcialiss, les mlanosomes. Ces mlanosomes sont transfrs dans les
kratinocytes et transports par eux la surface de lpiderme. Les mlanocytes synthtisent la
mlanine ; les kratinocytes la stockent et lliminent lors de leur dsquamation.
La pigmentation rsulte donc de processus complexes. Chez les albinos, linsuffisance de mlanine
peut tre due soit une anomalie dans la chane de biosynthse (anomalie enzymatique) soit une
anomalie non spcifique la chane de synthse (par exemple, membrane dfectueuse du
mlanosome).
La tyrosinase est une enzyme cruciale de la chane de biosynthse des mlanines car elle catalyse 4
ractions : lhydroxylation de la tyrosine en dopa, loxydation de la dopa en dopaquinone et les deux
ractions aboutissant aux quinones. La banque renferme uniquement les squences des allles du gne
qui code pour la tyrosinase. Certains de ces allles sont lorigine de lalbinisme dit oculo-cutan de
type 1 (OCA-1).
Une autre forme dalbinisme oculo-cutan est due un ou plusieurs gnes autre (s) que celui qui code
pour la tyrosinase. Elle est dite albinisme oculo-cutan de type 2. En 1995, les squences de ce (s) gnes
(s) ne sont pas connues.

88

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Biosynthse de la mlanine.

L'albinisme oculo-cutan de type 1

Phnotypes cliniques

Tyrosinase ngative (cas OCA-1A)

Ce phnotype a t trouv dans tous les groupes ethniques tudis travers le monde. Il est li une
activit nulle de la tyrosinase. Les enfants naissent avec les cheveux blancs, la peau blanche, les yeux
bleus, et ces caractristiques persistent pendant toute la vie. La peau ne bronze pas et reste trs
sensible au soleil tout au long de la vie. On peut dtecter cette anomalie en pratiquant le test du bulbe
pileux qui consiste incuber des bulbes pileux d'une personne pendant 24 heures 37C dans une
solution de tyrosine. On constate qu'il n'y a aucune synthse de mlanine.

Type jaune (cas OCA-1B)

Il est reconnu dans beaucoup de populations et a t dcouvert dans la population Amish (Etat de
lIndiana aux Etats-Unis). Les enfants naissent avec les cheveux blancs et la peau blanche. Les cheveux
se colorent en blond au cours des premires annes de la vie et peuvent devenir blond fonc chez
l'adulte. La peau devient crme et peut bronzer au soleil. L'iris, bleu gris, peut aussi se pigmenter
davantage.

Type thermo-sensible (cas OCA-1TS)

Nes avec une peau blanche, des poils blancs et des yeux bleus, certaines personnes, au moment de la
pubert, dveloppent une pigmentation sur les zones les plus froides de leur corps comme les bras et
les jambes. Selon la temprature de l'endroit du corps considr, on aura une pigmentation plus ou
moins dveloppe.
Phnotypes molculaires

89

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Les allles du gne

La tyrosinase rsulte de l'expression d'un gne situ sur le chromosome 11. Le squenage du gne a
montr que l'allle normal prsentait un polymorphisme : au codon 192 TAT (srine) ou TCT
(tyrosine), avec une frquence gale chez les caucasiens alors que l'on trouve 100% de TCT chez les
orientaux ; au codon 402 CGA (arginine) ou CAA (glutamine) avec 100% de CGA pour les orientaux
alors que pour les caucasiens on a 85% de CGA et 15% de CAA. Dans la banque, nous n'avons retenu
que TAT/TCT, les deux allles normaux tant appels Tyrcod1 avec TAT et Tyrcod2 avec TCT. Le
tableau suivant fournit les caractristiques des allles lorigine de lalbinisme retenus dans la banque.

Squence nuclique

Polypeptide

Nuclotides changs Codons changs

Noms des allles
Nature - Position
Nature - Position
Tyrcod1
A575
TAT192
(Rfrence 1)
Tyrcod2
C575
TCT192
(Rfrence 2)

A.A. changs
Type de mutation
Nature - Position
Tyr192
Ser192

Substitution neutre

(1) Tyralba1

G1147 A

GAT383 AAT

Asp383Asn

Substitution faux sens

(2) Tyralba2

- TG732-733

TGT244 TGA

Cys244X

Dltion

(2) Tyralba3

G533 A

TGG178 TAG

Trp178X

Substitution non sens

(1) Tyralba4

C242 T

CCT81 CTT

Pro81Leu

Substitution faux sens

(2) Tyralba5

C242 T

CCT81 CTT

Pro81Leu

Substitution faux sens

(2) Tyralbb1

C1217 T

CCT406 CTT

Pro406Leu

Substitution faux sens

(1) Tyralbts

G1265 A

CGG422 CAG

Arg422Gln

Substitution faux sens

Quelques allles du gne qui code pour la tyrosinase.

Caractristiques des enzymes codes par ces allles

Ces mutations dterminent des enzymes ayant des caractristiques diverses :
enzymes totalement inactives ( lorigine du phnotype OCA-lA) : ce sont notamment celles
codes par les allles Tyralba1, Tyralba2, Tyralba3, Tyralba4 et Tyralba5 dans la banque ;
enzyme partiellement active ( lorigine du phnotype OCA-1B) : l'allle mut est appel
Tyralbb1 dans la banque ; la tyrosinase possde une activit rsiduelle et la dopaquinone
forme qui a une forte affinit pour les groupements sulfhydril (prsents dans la cystine) est
transforme en phomlanine (pigment jauntre). La voie mtabolique vers la phomlanine
est donc privilgie aux dpens de celle de l'eumlanine (cf. chane de biosynthse) ;
enzyme thermo-sensible ( lorigine du phnotype OCA-1TS) : l'allle mut est appel
Tyralbts dans la banque : la tyrosinase est inactive au dessus de 35C. La mutation serait
semblable celle qui existe chez le chat siamois.

90

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

L'albinisme oculo-cutan de type 2

Il est dit tyrosinase-positive car le test du bulbe pileux est positif, ce qui laisse supposer que le gne de
la tyrosinase est normal. Cette forme d'albinisme est la plus commune et la plus variable. Sa
distribution est mondiale avec une forte frquence en Afrique, notamment quatoriale.
Phnotype clinique
Il est globalement moins svre que lOCA de type 1. L'hypopigmentation cutane peut varier suivant
l'origine ethnique et l'htrozygotie ventuelle de l'individu. Cependant, certains caractres paraissent
communs : les individus ont des cheveux lgrement pigments la naissance, la peau est blanche, les
yeux sont bleus et surtout la pigmentation augmente avec l'ge.
Phnotype molculaire
Le ou les gnes responsables nont pas encore t squencs et la pathologie molculaire n'a pas t
dtermine.

Utilisations pdagogiques
Deux aspects sont envisags pour chaque exemple : lun trs sommairement car correspondant une
tude classique en gntique humaine, lautre plus en dtail car reposant sur lutilisation du logiciel
pour effectuer un diagnostic gnotypique.
Albinisme de type OCA-1 d des allles diffrents du gne de la tyrosinase
FAM1ALB

i
1

ii
1

iii
1

?
Phnotypes des individus albinos de cette famille :
- absence totale de pigmentation des cheveux, de la peau, des yeux ;
- troubles oculaires ;
- test du bulbe pileux : activit de la tyrosinase nulle.

Famille 1 ( partir de Am. J. Hum. Gen., 1993, V52, p. 406-413).

91

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Analyse classique
Aprs la prsentation des donnes de base sur la synthse de mlanine et le rle jou par la tyrosinase,
lanalyse de cet arbre dbouche sur :
le constat quil sagit dune hrdit autosomale rcessive ;
les gnotypes possibles des individus (en utilisant le symbolisme a+ pour dsigner tout
allle fonctionnel, et a pour dsigner tout allle lorigine de lalbinisme) ;
le calcul de la probabilit qua un couple davoir un enfant albinos.
Par exemple, on peut rechercher la probabilit qua iii1 davoir un enfant albinos sachant que sa
femme ne prsente aucun antcdent d'albinisme dans sa famille. iii1 est normal mais il a 2 chances
sur 3 de porter l'allle mut responsable de l'albinisme de sa sur et de son frre. Sachant que dans la
population la frquence des allles de l'albinisme est de 1%, ce couple a une probabilit de 2/3 x 1/100
= 2/300 d'tre form de deux htrozygotes ; si cest le cas, ils ont 25% de chances d'avoir un enfant
albinos. La probabilit qua le couple davoir un enfant albinos est donc de : 2/300 x 1/4 = 1/600.
Analyse gnotypique
Elle peut permettre de tester les hypothses mises sur le gnotype des individus, par exemple le
gnotype de iii1, et daffiner en consquence le calcul de probabilit de naissance dun individu
albinos.

Reconnaissance des allles Tyrcod1 et Tyrcod2 par la mthode des enzymes de restriction
Dans cet exercice prliminaire, il sagit damener les lves sapproprier la technique didentification
dun allle grce aux enzymes de restriction afin quils puissent par la suite utiliser librement le
logiciel pour dterminer le gnotype dun individu. Pour cela :
comparer ces squences et reprer lexistence dune seule diffrence au niveau de la base 575 :
A dans Tyrcod1 devient C dans Tyrcod2 ;

introduire la notion denzyme de restriction et utiliser la banque des enzymes de restriction :

reprer dans la liste des enzymes une enzyme susceptible de diffrencier les deux allles
Tyrcod1 et Tyrcod2. L'lve doit arriver la conclusion que XhoII (GGATCT) coupe Tyrcod2
dans la rgion 575 mais pas Tyrcod1 ;

Enzymes du fichier des enzymes de restriction de la tyrosinase

Nom
Motif (s) reconnu (s)
Msp I
CCGG
Mnl I
CCTC
Hae III
GGCC
EINV2
CAATC
Xho II
GGATCT
Xba I
TCTAGA
EINV4
AGTGTG

vrifier cette conclusion en faisant agir cette enzyme et d'autres appartenant au fichier des
enzymes de restriction de la tyrosinase sur Tyrcod1 et Tyrcod2.

92

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Action enzymatique

Visualisation de laction enzymatique sous la forme dun graphique. XhoII coupe 2 fois Tyrcod1 (en 1135 et 1418) et 3 fois
Tyrcod2 (en 571, 1135 et 1418). Le rsultat obtenu signifie aussi qu'il y a plusieurs motifs GGATCT dans les squences.

Pour les autres enzymes, il n'existe aucune diffrence dans le nombre de coupures entre les deux
squences.

93

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Visualisation de laction enzymatique sous la forme dun tableau.

Pour bien faire saisir la signification des informations fournies par le logiciel (nombre de sites et
dimensions des fragments) on peut leur demander de reporter sur une reprsentation schmatique de
chaque allle les sites de coupure et les longueurs des fragments. Il peut tre intressant de faire
lanalogie avec la sparation des fragments de restriction par lectrophorse.

Reconnaissance de tous les allles du gne de la tyrosinase ;

construction du tableau de rfrence
Pour appliquer cette technique tous les allles du gne de la tyrosinase, il convient de les analyser
avec le fichier des enzymes de restriction de la tyrosinase. Les lves doivent obtenir le tableau cidessous qui sert de rfrence pour la dtermination des gnotypes de tous les individus.

Nombre de sites reconnus dans les allles du gne de la tyrosinase.

partir de ce tableau, les lves doivent dterminer lenzyme ou les enzymes permettant didentifier
tel ou tel allle. On remarquera que Tyralba4 et Tyralba5 prsentent la mme mutation lorigine de
lalbinisme mais cette mutation est porte dans un cas par Tyrcod1 et dans lautre par Tyrcod2.

Dtermination des gnotypes de larbre gnalogique

La technique tant acquise, les lves peuvent maintenant tester les hypothses sur les gnotypes et
faire des prvisions sur le phnotype dun descendant.
On peut cibler lanalyse gnotypique sur lindividu iii1 prolongeant ainsi les suppositions mises
partir dune analyse classique de larbre gnalogique. Pour cela, il convient daccder aux squences
de la famille 1. Lanalyse des allles de lindividu iii1 (iii1ALL1.TYR et iii1ALL2.TYR) avec le fichier
enztyr rvle que cet individu a comme gnotype Tyrcod2/Tyrcod2. Il est donc homozygote et ne
risque donc pas davoir un enfant albinos. Ainsi lanalyse gntique permet daffiner les prvisions
faites sur des bases phnotypiques. On peut aussi chercher identifier les allles ports par les
individus albinos de cette famille (iii2 et iii3). Lanalyse montre quils sont htrozygotes
Tyralba1/Tyralba2 et remet en cause partiellement le gnotype a/a tabli partir des phnotypes.
Il reste prciser les caractristiques de ces allles morbides par rapport aux allles de rfrence et
den tudier les consquences au niveau polypeptidique.

94

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Le tableau ci-dessous renseigne sur les gnotypes de tous les individus de la famille FAM1ALB.

Allles
des
individus
F1-i1all1
F1-i1all2
F1-i2all1
F1-i2all2
F1-i3all1
F1-i3all2
F1-i4all1
F1-i4all2
F1-ii1all1
F1-ii1all2
F1-ii2all1
F1-ii2all2
F1-ii3all1
F1-ii3all2
F1-ii4all1
F1-ii4all2
F1-iii1all1
F1-iii1all2
F1-iii2all1
F1-iii2all2
F1-iii3all1
F1-iii3all2

Nombre de sites reconnus par

Msp I
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2

Mnl I
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11

Hae III
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7

EINV2 Xho II Xba I

3
3
3
3
2
1
2
3
2
3
3
3
3
3
1
2
1
2
2
3
3
3
1
2
1
2
3

Allles
du
gne
EINV4
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
-

Tyralba2
Tyrcod2
Tyrcod2
Tyrcod2
Tyrcod1
Tyralba1
Tyrcod2
Tyrcod1
Tyrcod2
Tyrcod2
Tyrcod2
Tyralba2
Tyrcod2
Tyralba1
Tyralba1
Tyrcod1
Tyrcod2
Tyrcod2
Tyralba2
Tyralba1
Tyralba1
Tyralba2

Allles du gne de la tyrosinase chez les individus de FAM1ALB.

95

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Albinisme d des gnes diffrents

FAM2ALB

i
3

ii
1

iii
1

Phnotype de l'individu ii2 :

- absence totale de pigmentation des cheveux, de la peau, des yeux ;
- troubles oculaires ;
- test du bulbe pileux : activit de la tyrosinase nulle.
Phnotype de l'individu ii3 :
- pigmentation des cheveux, de la peau, des yeux, faible la naissance ;
elle augmente durant la vie sans atteindre le niveau normal ;
- troubles oculaires ;
- test du bulbe pileux : positif.
Famille 2 ( partir de Brit. J. Ophtal., 1952, V 36, p. 37).

Analyse classique
Lanalyse classique doit dboucher sur lapparente contradiction souleve par la descendance du
couple ii2 et ii3 : alors quils sont albinos et que le phnotype albinos est rcessif, leurs trois enfants ont
un phnotype non albinos. Les donnes sur la tyrosinase conduisent proposer une interprtation de
cette contradiction : lalbinisme du pre serait d des allles morbides du gne de la tyrosinase et
lalbinisme de la mre serait d des allles dun ou dautres gnes. Cette hypothse peut tre teste
grce lanalyse gnotypique en utilisant le fichier des enzymes de restriction enztyr.
Analyse gnotypique
La dmarche est identique au cas prcdent. Lanalyse gnotypique confirme cette interprtation
puisque lindividu ii2 possde deux allles morbides de la tyrosinase et ii3 deux allles fonctionnels
Tyrcod1/Tyrcod2. Cette analyse est nanmoins incomplte car on ne dispose pas dinformations sur le
ou les autres gnes responsables de lalbinisme de lindividu ii3. On peut aussi sintresser au
gnotype dautres individus de cette famille pour corroborer cette interprtation et prciser les
caractristiques des allles morbides.

96

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Allles des
individus

Msp I Mnl I
F2-i1all1
F2-i1all2
F2-i2all1
F2-i2all2
F2-i3all1
F2-i3all2
F2-i4all1
F2-i4all2
F2-ii1all1
F2-ii1all2
F2-ii2all1
F2-ii2all2
F2-ii3all1
F2-ii3all2
F2-ii4all1
F2-ii4all2
F2-ii5all1
F2-ii5all2
F2-iii1all1
F2-iii1all2
F2-iii2all1
F2-iii2all2
F2-iii3all1
F2-iii3all2

Allles du
gne

Nombre de sites reconnus par

2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2

11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11

Hae
III
6
7
7
7
7
7
7
7
7
7
6
7
7
7
7
7
7
7
6
7
7
7
7
6

EINV
2

Xho II Xba I
2
3
3
3
2
2
3
2
3
3
2
3
2
3
2
2
3
2
2
2
2
3
3
2

1
1

EINV
4
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

Tyralba4
Tyrcod2
Tyrcod2
Tyralba3
Tyrcod1
Tyrcod1
Tyrcod2
Tyrcod1
Tyrcod2
Tyralba3
Tyralba4
Tyralba3
Tyrcod1
Tyrcod2
Tyrcod1
Tyrcod1
Tyrcod2
Tyrcod1
Tyralba4
Tyrcod2
Tyrcod1
Tyralba3
Tyrcod2
Tyralba4

Allles du gne de la tyrosinase chez les individus de FAM2ALB.

97

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Phnotypes diffrents de lalbinisme OCA-1 dus des allles diffrents du gne de la

tyrosinase

FAM3ALB

i
1

ii
3

iii
1

Phnotype de l'individu ii3 :

- absence totale de pigmentation ;
- activit de la tyrosinase nulle.
Phnotypes des individus iii1, iii2, iii3 :
- pas de pigmentation la naissance, mais accumulation d'une faible
quantit de mlanine jaune au cours de l'enfance et l'ge adulte ;
- activit de la tyrosinase faible trs faible.

Famille 3 (daprs Am. J. Hum. Gen., 1980, V32, p. 387-395).

Analyse classique
Deux phnotypes albinos sont prsents dans l'arbre gnalogique de cette famille, l'un traduisant un
albinisme oculo-cutan svre, l'autre marqu par une pigmentation rsiduelle augmentant au cours
de la vie. L'analyse classique conduit soulever le problme de l'origine de cette diversit
phnotypique : est-elle due des allles de deux gnes diffrents ou des allles d'un mme gne.
L'analyse gntique classique n'apporte pas de rponse (il n'y a pas dans la famille une union entre
deux albinos de phnotypes diffrents pouvant rvler une complmentation). Toutefois, puisque le
test du bulbe pileux rvle que l'activit de la tyrosinase est affecte chez les deux phnotypes, la
deuxime hypothse est la plus probable.
L'analyse des allles du gne qui code pour la tyrosinase possds par les membre de cette famille
permet de tester cette dernire hypothse. S'il en est bien ainsi, les individus phnotype albinisme
moins svre doivent possder au moins un allle la fois diffrent des allles normaux Tyrcod1 et
Tyrcod2 et des allles morbides de la personne ii3.
Analyse gnotypique
C'est ce que confirme l'analyse gnotypique des personnes iii1, iii2, iii3 et ii3 ralise avec le fichier des
enzymes de restriction enztyr. Le tableau rsume les diffrents gnotypes des individus de l'arbre.

98

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Allles des
individus

Nombre de sites reconnus par

Msp I Mnl I

F3-i1all1
F3-i1all2
F3-i2all1
F3-i2all2
F3-i3all1
F3-i3all2
F3-i4all1
F3-i4all2
F3-ii1all1
F3-ii1all2
F3-ii2all1
F3-ii2all2
F3-ii3all1
F3-ii3all2
F3-iii1all1
F3-iii1all2
F3-iii2all1
F3-iii2all2
F3-iii3all1
F3-iii3all2
F3-iii4all1
F3-iii4all2
F3-iii5all1
F3-iii5all2

2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2

11
11
11
11
11
11
11
11
11
10
11
11
11
11
11
10
11
10
11
10
10
11
11
11

Hae
III
7
7
7
6
6
7
7
6
7
7
7
6
6
6
6
7
6
7
6
7
7
7
7
7

EINV
2

Xho II Xba I
2
3
2
2
2
2
2
2
2
3
3
2
2
2
2
3
2
3
2
3
3
3
3
2

Allles du
gne
EINV
4
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

Tyrcod1
Tyrcod2
Tyrcod1
Tyralba4
Tyralba4
Tyrcod1
Tyrcod1
Tyralba4
Tyrcod1
Tyralbb1
Tyrcod2
Tyralba4
Tyralba4
Tyralba4
Tyralba4
Tyralbb1
Tyralba4
Tyralbb1
Tyralba4
Tyralbb1
Tyralbb1
Tyrcod2
Tyrcod2
Tyrcod1

Allles du gne de la tyrosinase chez les individus de FAM3ALB.

La personne ii3 est homozygote Tyralba4/Tyralba4. Les individus iii1, iii2 et iii3 ont hrit de leur
mre, cousine germaine de ii3, l'allle Tyralba4. Ils possdent en commun lallle Tyralbb1 qui
provient de leur pre. Comme leur phnotype est diffrent de celui de ii3, cette diffrence ne peut tre
attribue qu' la prsence de l'allle Tyralbb1 ; cela corrobore lide que cet allle doit coder pour une
tyrosinase activit rduite l'origine de leur faible pigmentation. Tyralba4 et Tyralbb1 sont tous les
deux des allles rsultant d'une substitution faux sens qui entrane le remplacement d'un rsidu
proline par de la leucine, l'une en position 81, l'autre en 406, occasion de rappeler que les
consquences d'une mutation au niveau polypeptidique dpendent non seulement de la nature de la
substitution mais aussi de son emplacement.

99

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Phnotype albinos temprature dpendant

FAM4ALB

i
1

ii
1

iii
1
Phnotypes des individus ii2, ii5, ii6 :
- cheveux trs peu pigments, poils pubiens et du tronc lgrement pigments,
poils des bras et des jambes pigments ;
- activit de la tyrosinase : trs faible au dessus de 35.
Phnotype de l'individu iii1 :
- test
... du bulbe pileux : activit de la tyrosinase nulle
Famille 4 (d'aprs J. Clin. Inv., 1991, V87, p. 1119-1122).

Analyse classique
L'analyse de cet arbre gnalogique enrichit le spectre des phnotypes de l'albinisme. Les donnes
laissent penser que le phnotype composite observ est d un allle codant pour une tyrosinase
dont l'activit dpend de la temprature. La naissance d'un enfant albinos iii1 partir du couple ii6 et
ii7 peut paratre tonnante. Elle signifie en effet que iii1 n'a reu ni l'allle fonctionnel de sa mre ni un
allle de tyrosinase thermo-dpendante de son pre. Cela ne se comprend que si ii6 et ii7 possdent
tous deux un allle morbide codant pour une tyrosinase activit nulle.

Analyse gnotypique
La dtermination des gnotypes des individus cits permet de corroborer ces hypothses.

100

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Allles des
individus

F4-i1all1
F4-i1all2
F4-i2all1
F4-i2all2
F4-ii1all1
F4-ii1all2
F4-ii2all1
F4-ii2all2
F4-ii3all1
F4-ii3all2
F4-ii4all1
F4-ii4all2
F4-ii5all1
F4-ii5all2
F4-ii6all1
F4-ii6all2
F4-ii7all1
F4-ii7all2
F4-iii1all1
F4-iii1all2

Nombre de sites reconnus par

Msp I

Mnl I

2
1
2
2
2
2
1
2
1
2
1
2
1
2
1
2
2
2
2
2

11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11

Hae
III
7
7
6
7
7
7
7
6
7
7
7
7
7
6
7
6
6
7
6
6

EINV
2

Xho II Xba I
3
2
2
2
2
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
3
2
2
3

Allles du
gne
EINV
4
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

Tyrcod2
Tyralbts
Tyralba4
Tyrcod1
Tyrcod1
Tyrcod2
Tyralbts
Tyralba4
Tyralbts
Tyrcod1
Tyrcod1
Tyrcod1
Tyralbts
Tyralba4
Tyralbts
Tyralba4
Tyralba5
Tyrcod1
Tyralba4
Tyralba5

Allles du gne de la tyrosinase chez les individus de FAM4ALB.

Conclusions
Ces arbres gnalogiques sur l'albinisme permettent de faire percevoir la complexit des maladies
hrditaires traduite par une htrognit phnotypique. Cette dernire est due une htrognit
gntique lie des allles diffrents d'un mme gne ou due des allles de gnes occupant des loci
diffrents. Cette complexit gntique fait saisir toute la difficult du diagnostic gntique. Les
donnes de la banque et les fonctions du logiciel aident comprendre les principes d'utilisation des
enzymes de restriction pour la dtermination du gnotype et montrent tout l'intrt dans le domaine
prvisionnel de la dtermination des gnotypes par rapport l'analyse classique.

101

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Hrdit des rtinites pigmentaires

Informations scientifiques
Maladies hrditaires, les rtinites pigmentaires sont la cause principale des malvoyances (30% des
dficiences visuelles). La maladie dbute par une atteinte de la vision nocturne avec rduction du
champ visuel cause par la dgnrescence progressive des btonnets. La dgnrescence de la rtine
s'accrot et finit par atteindre la rgion de la fova (cellules en cnes) ce qui entrane une baisse de
l'acuit visuelle et une ccit presque complte.
Le phnotype rtinite pigmentaire est trs htrogne sur le plan clinique, se traduisant par une
variabilit de la prcocit des premiers signes et de la dure d'extension de la maladie. Cette diversit
phnotypique a pour support une diversit gntique lie au fait que plusieurs gnes peuvent tre
impliqus (trois gnes ont t clairement identifis) et qu'il existe pour chacun de ces gnes plusieurs
allles. Les gnes connus l'origine des rtinites codent pour des protines intervenant dans des
processus de phototransduction (gense d'un potentiel de rcepteur partir d'un stimulus lumineux).
Ce sont les gnes qui codent pour :
la rhodopsine : pigment situ dans la membrane des disques des segments externes des
btonnets et qui capte les photons ;
la priphrine : protine de la membrane des disques des btonnets responsable du maintien
de la structure des disques membranaires ;
la phosphodiestrase : enzyme directement implique dans la gense du potentiel de
rcepteur aprs absorption de photons par la rhodopsine.
L'analyse gntique a montr que certaines formes de rtinite sont dues d'autres gnes que les trois
cits ; ainsi, 15% des rtinites pigmentaires sont dues des gnes situs sur le chromosome X. En
fonction du mode de transmission, on reconnat les rtinites pigmentaires dominantes, les rtinites
pigmentaires autosomales rcessives et les rtinites rcessives lies au sexe.
Gnes des rtinites autosomales dominantes
Gne de la rhodopsine situ sur le chromosome 3
Plusieurs allles de ce gne sont l'origine de rtinites svres apparaissant au cours de la premire
dcennie et entranant des atteintes graves de la fonction visuelle vers la fin de la deuxime dcennie,
la gravit variant selon la nature de l'allle.

Squence nuclique
Noms des
allles

Polypeptide

Codons changs
Nature - Position

A.A. changs
Nature - Position

Type de
mutation

Rhonorm

Nuclotides
changs
Nature - Position
(Rfrence)

(Rfrence)

(Rfrence)

(Rfrence)

Rhoret1

C68 A

CCC23 CAC

Pro23His

Rhoret2

C1040 T

CCG347 CTG

Pro347Leu

Rhoret3

GG404-405 TT

CGG135 CTT

Arg135Leu

Rhoret4

C403 T

CGG135 TGG

Arg135Trp

Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens

102

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Rhoret5

-Leu68Arg69
Thr70Pro71

Dltion

Rhoret6

- CTG68 CGC69
CTGCGCACGCCT ACG70 CCT71
202 213
A886 G
AAG296 GAG

Lys296GLU

Rhoret7

- ATC763-764-765

- ATC255

- Ile255

Substitution
faux sens
Dltion

Rhoret8

C403 G

CGG135GGG

Arg135Gly

Rhoret9

G745 T

GAG249 TAG

Glu249X

Substitution
faux sens
Substitution
non sens

Caractristiques de quelques allles du gne de la rhodopsine.

Ce tableau rsume les caractristiques des principaux allles morbides du gne de la rhodopsine qui
rsultent de mutations diverses (substitutions faux sens, non sens, dltions). L'incorporation des
rhodopsines mutes dans la membrane, au cours du renouvellement des disques, est plus ou moins
entrave selon les mutations, ce qui entrane une dgnrescence plus ou moins rapide des
photorcepteurs par des mcanismes non encore lucids.
Gne de la priphrine
Situ sur le chromosome 6, ce gne s'exprime dans les cellules en cnes et en btonnets. Plusieurs
allles morbides de ce gne ont t identifis.

Squence nuclique
Noms des
allles
Pernorm
Perret1
Perret2
Perret3
Perret4
Perret5

Polypeptide

Nuclotides
Codons changs
changs
Nature - Position
Nature - Position
(Rfrence)
(Rfrence)

A.A. changs
Nature Position
(Rfrence)

Type de mutation

-TGC355-356-357 -TGC119
-TG73-74
TGG25 GTT......
TGA43
C647 T
CCT216 CTT

- Cys119
Trp25Val........
43X
Pro216Leu

Dltion
Dltion

- CCA655-656657
T554 C

- CCA219

- Pro219

CTG185 CCG

Leu185Pro

(Rfrence)

Substitution faux
sens
Dltion
Substitution faux
sens

Caractristiques de quelques allles du gne de la priphrine.

Ces allles sont l'origine de rtinites pigmentaires modres qui se manifestent au cours de la
deuxime dcennie. L'acuit visuelle est gnralement conserve pendant 20 30 ans d'volution car
la dgnrescence des cellules visuelles est lente (plus de 40 ans).

103

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Gne des rtinites autosomales rcessives

- Gne de la sous-unit bta de la phosphodiestrase (PDE du guanine monophosphate
cyclique - GMPc)
Ce gne est situ sur le chromosome 4. Plusieurs allles morbides ont t identifis : les mutations
affectent l'activit catalytique de l'enzyme et empchent la gense du potentiel de rcepteur.

Pdenorm

Squence nuclique
Nuclotides
Codons changs
changs
Nature - Position
Nature Position
(Rfrence)
(Rfrence)

(Rfrence)

Pderet1

C892 T

CAG298 TAG

Gln298X

Pderet2

C1591 T

CGA531 TGA

Arg531X

Pderet3

- C1486

Pderet4

C1669 T

CCC497CCA........ Thr497Pro....
.............TGA574
X574
CAC557 TAC His557Tyr

Noms des
allles

Polypeptide
A.A. changs
Nature Position

Type de
mutation

Substitution
non sens
Substitution
non sens
Dltion
dcalante
Substitution
faux sens

Caractristiques de quelques allles du gne de la PDE.

Utilisations pdagogiques
La banque de donnes contient, pour les trois gnes, les squences relatives aux gnotypes des
individus appartenant 5 arbres gnalogiques. Cette richesse permet des dmarches trs diverses
recoupant plus ou moins celles vues dans l'tude de l'albinisme. Nanmoins, cette banque a surtout
t conue en vue de mettre les lves en situation d'autonomie au cours d'un travail de recherche
impliquant le rinvestissement de mthodes de raisonnement rencontres prcdemment. Le
problme rsoudre consiste identifier le ou les gnes pouvant tre l'origine des rtinites
pigmentaires des diffrentes familles gnalogiques. La recherche peut tre rpartie entre plusieurs
groupes d'lves, chaque groupe s'occupant d'un ou de deux arbres gnalogiques. Les informations
suivantes peuvent tre fournies au pralable :
les caractristiques des phnotypes rtinites pigmentaires ;
les noms et localisations des gnes connus pouvant tre l'origine de ce phnotype, avec
indication succincte du rle des protines qu'ils codent ;
la dominance ou rcessivit de ces gnes ; certaines formes de rtinites rcessives sont dues
un (ou des) gne (s) situ (s) sur un chromosome X mais non encore identifi (s) ;
les tableaux de rfrence permettant l'identification de chaque allle grce un fichier
d'enzymes de restriction propre chaque gne (enzrho, enzpde, enzper).

104

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Enzymes du fichier enzrho.zym

Nom
Alu I
Hpa II
Mnl I
Fsp I

Motif(s) reconnu(s)
AGCT
CCGG
CCTC,GAGG
TGCGCA
Alu I

Rhonorm
(Rfrence)
Rhoret2
Rhoret3
Rhoret5

Mnl I

Fsp I

Hpa
II
4

12

2
3
2

3
4
4

12
12
11

1
1
-

Nombre de sites reconnus dans quelques allles du gne qui code pour la rhodopsine.

Enzymes du fichier enzpde.zym

Nom
Mae I
Ava II

Pdenorm
(Rfrence)
Pderet1
Pderet2

Motif(s) reconnu(s)
CTAG
GGACC,GGTCC
Mae I Ava II
10
1
-

10
9

Nombre de sites reconnus dans quelques allles du gne qui code pour la PDE.

105

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Enzymes du fichier enzper.zym

Nom
reconnu(s)
Bbv I

Motif(s)
GCAGC,GCTGC
Bbv I
10

Pernorm
(Rfrence)
Perret1

Nombre de sites reconnus dans deux allles du gne de la priphrine.

Munis de ces renseignements, les lves doivent exploiter les informations tires de l'analyse des
arbres gnalogiques pour argumenter sur le ou les gnes en cause possibles et tester leurs
suppositions par la dtermination des gnotypes d'individus bien choisis.
Rtinite due des allles du gne de la rhodopsine
FAM1RET

i
1

ii
4

iii
4

Rtinite pigmentaire :
- ccit priphrique et nocturne
- apparition rapide des symptmes ds la premire dcennie
- dtection par un lectrortinogramme
- destruction des cnes en fin de maladie (ccit complte)
Famille 1 (d'aprs Genomics, 11, 1991).

De l'analyse de cet arbre l'lve doit conclure que le phnotype rtinite pigmentaire est dominant et
que la transmission peut s'expliquer par un gne autosomal ou par un gne port par X. Etant donn
les informations fournies au pralable, il doit songer soit au gne de la rhodopsine soit celui de la
priphrine, mais plus probablement au gne de la rhodopsine vu la gravit des symptmes dans
cette famille. En identifiant les gnotypes des individus malades, il constate que tous ces individus
possdent des allles normaux du gne de la psiphrine ; en revanche, ils ont pour le gne de la
rhodopsine un allle connu comme tant l'origine d'une rtinite et un allle normal.

106

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

On pourrait prolonger l'tude en demandant en quoi les donnes sur les gnotypes de cet arbre
confirment que les allles Rhoret3 et Rhoret5 sont bien causes de rtinites : on ne les retrouve pas chez
les individus de la famille phnotype normal.

Allles des
individus
F1-i1all1
F1-i1all2
F1-i2all1
F1-i2all2
F1-ii1all1
F1-ii1all2
F1-ii2all1
F1-ii2all2
F1-ii3all1
F1-ii3all2
F1-ii4all1
F1-ii4all2
F1-iii1all1
F1-iii1all2
F1-iii2all1
F1-iii2all2
F1-iii3all1
F1-iii3all2
F1-iii4all1
F1-iii4all2
F1-iii5all1
F1-iii5all2

Nombre de sites reconnus par

Alu I
2
3
2
2
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
3
2
2
2
2
2
2

Hpa II
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4

Mnl I
12
12
11
12
12
12
12
12
12
11
12
12
12
12
12
12
11
12
12
12
12
12

Allles du
gne
Fsp I
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

Rhonorm
Rhoret3
Rhoret5
Rhonorm
Rhoret3
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhoret5
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhoret3
Rhoret5
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm

Allles du gne de la rhodopsine chez les individus de la famille FAM1RET.

107

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Rtinite due des allles du gne de la phosphodiestrase

FAM2RET

i
1

ii
2

iii
1

Rtinite pigmentaire :
- ccit nocturne et priphrique
- dgnrescence des batonnets (qui tendent disparatre + ou - long terme)
- dtection par un lectrortinogramme
- destruction des cnes en fin de maladie (ccit complte)

Famille 2 (d'aprs Nature Genetics, vol. 4, juin 1993).

L'analyse classique conduit conclure un cas d'hrdit autosomale rcessive ou un cas d'hrdit
lie au sexe. D'aprs les donnes fournies, c'est plutt le gne de la phosphodiestrase qui pourrait
tre impliqu. La dtermination des gnotypes de ii2 et ii3 montre qu'ils possdent deux allles
morbides du gne de la PDE. On peut poursuivre l'tude en mettant en vidence les consquences des
mutations sur les polypeptides : dans les deux cas, les polypeptides sont tronqus (cf. tableau des
caractristiques des allles de ce gne).

Allles des
individus
F2-i1all1
F2-i1all2
F2-i2all1
F2-i2all2
F2-ii1all1
F2-ii1all2
F2-ii2all1
F2-ii2all2
F2-ii3all1
F2-ii3all2
F2-ii4all1
F2-ii4all2
F2-ii5all1

Nombre sites reconnus par

Ava II
1
1
1
1
-

Mae I
10
10
9
10
10
10
10
9
9
10
10
10
9

Allles du
gne
Pdenorm
Pderet1
Pderet2
Pdenorm
Pdenorm
Pdenorm
Pderet1
Pderet2
Pderet2
Pderet1
Pdenorm
Pderet1
Pderet2

108

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

F2-ii5all2
F2-iii1all1
F2-iii1all2
F2-iii2all1
F2-iii2all2

1
1

10
10
10
10
10

Pdenorm
Pdenorm
Pderet1
Pdenorm
Pderet1

Allles du gne de la PDE chez les individus de la famille FAM2RET.

Rtinite rsultant d'une nomutation dans le gne de la rhodopsine

FAM3RET

i
1

ii
1

iii
2
1
Rtinite pigmentaire :
- ccit priphrique et nocturne
- apparition prcoce des symptmes ds la premire dcennie
- volution rapide de la maladie
- dtection par un lectrortinogramme
- destruction des cnes en fin de maladie (ccit complte)

Famille 3 (d'aprs Proc. Nat. Acad. Sci. USA, vol. 88, oct. 1991).

L'analyse classique laisse penser un cas d'hrdit rcessive et autosomale ce qui implique que ii1
soit htrozygote comme i1 et i2. D'aprs les informations dont on dispose, on peut souponner le
gne de la phosphodiestrase. L'analyse gnotypique concernant ii2 et iii2 indique qu'ils possdent 2
allles normaux de ce gne. Pour rechercher d'autres solutions, l'lve peut examiner le gnotype de
ii2 dans les autres gnes disponibles et dcouvrir qu'il possde un allle morbide du gne de la
rhodopsine. Cette conclusion est en contradiction avec la rcessivit apparente de la transmission de la
rtinite dans cette famille. En analysant les gnotypes de i1 et i2, l'lve doit conclure que la rtinite de
ii2 s'explique par une mutation nouvelle lors de la formation des gamtes de i1 ou i2.

Allles des
individus
F3-i1all1
F3-i1all2
F3-i2all1
F3-i2all2
F3-ii1all1
F3-ii1all2

Nombre de sites reconnus par

Alu I
2
2
2
2
2
2

Hpa II
4
4
4
4
4
4

Mnl I
12
12
12
12
12
12

Allles du
gne
Fsp I
1
1
1
1
1
1

Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm

109

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

F3-ii2all1
F3-ii2all2
F3-ii3all1
F3-ii3all2
F3-ii4all1
F3-ii4all2
F3-iii1all1
F3-iii1all2
F3-iii2all1
F3-iii2all2

2
2
2
2
2
2
2
2
2
2

3
4
4
4
4
4
4
4
4
3

12
12
12
12
12
12
12
12
12
12

1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

Rhoret2
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhonorm
Rhoret2

Allles du gne de la rhodopsine chez les individus de la famille FAM3RET.

Rtinite due des allles du gne qui code pour la priphrine

FAM4RET

i
1

ii
1

iii
1

Rtinite pigmentaire :
- ccit priphrique et nocturne
- dgnrescence des batonnets (qui tendent disparatre + ou - long terme)
- apparition des symptmes assez tardive
- dtection par un lectrortinogramme
- volution lente de la maladie
- destruction des cnes en fin de maladie (ccit complte)

Famille 4 (d'aprs Nature Genetics, vol. 3, mars 1993)

L'analyse classique de cet arbre exclut une hrdit rcessive lie au sexe ; elle laisse possible, avec une
probabilit faible, une hrdit autosomale rcessive. Les interprtations les plus probables sont soit
une hrdit autosomale dominante, soit une hrdit lie au sexe dominante. Les symptmes
orientent plutt vers la priphrine. L'analyse gnotypique corrobore ce point de vue : tous les
individus s'avrent normaux pour la rhodopsine.

Allles des
individus
F4-i1all1
F4-i1all2
F4-i2all1
F4-i2all2
F4-ii1all1

Nombre de sites reconnus

par Bbv I
10
10
10
9
10

Allles du
gne
Pernorm
Pernorm
Pernorm
Perret1
Pernorm

110

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

F4-ii1all2
F4-ii2all1
F4-ii2all2
F4-ii3all1
F4-ii3all2
F4-ii4all1
F4-ii4all2
F4-iii1all1
F4-iii1all2
F4-iii2all1
F4-iii2all2
F4-iii3all1
F4-iii3all2
F4-iii4all1
F4-iii4all2

10
10
10
9
10
10
10
10
9
9
10
10
10
10
10

Pernorm
Pernorm
Pernorm
Perret1
Pernorm
Pernorm
Pernorm
Pernorm
Perret1
Perret1
Pernorm
Pernorm
Pernorm
Pernorm
Pernorm

Allles du gne de la priphrine chez les individus de la famille FAM4RET.

Rtinite lie un allle d'un gne non identifi port par un chromosome X
FAM5RET

i
2

ii
1

iii
1

iiii
1

Rtinite pigmentaire :
- ccit priphrique et nocturne
- dgnrescence des batonnets (qui tendent disparatre + ou - long terme)
- dtection par un lectrortinogramme
- destruction des cnes en fin de maladie (ccit complte)

Famille 5 avec rtinite.

L'analyse classique conduit une hrdit rcessive soit autosomale soit lie au sexe. On peut
suspecter le gne de la phosphodiestrase ; par ailleurs, l'apparition d'une nomutation expliquant le
phnotype malade chez deux individus de la deuxime gnration peut tre exclue (trs faible
probabilit de deux mutations).
L'analyse gntique des individus malades infirme l'hypothse du gne de la phosphodiestrase. Les
autres gnes pourraient-ils avoir des allles rcessifs l'origine de rtinites ? L'analyse gntique des
individus malades montre qu'ils possdent des allles normaux pour les gnes de la rhodopsine et
pour celui de la priphrine.

111

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

La seule conclusion possible est que cette rtinite est due un ou des allles d'un gne autre que ceux
de la rhodopsine, de la priphrine et de la phosphodiestrase. Ce gne est probablement situ sur le
chromosome X tant donn l'aspect de l'arbre gnalogique.

Les dficiences en glucose 6 phosphate dshydrognase (G6PD)

Donnes scientifiques
Rle de l'enzyme G6PD
C'est une enzyme cytoplasmique prsente dans toutes les cellules. Elle catalyse la premire raction de
la voie des pentoses phosphates. Cette autre voie du catabolisme glucidique produit du ribose 5
phosphate (qui servira ultrieurement la synthse des nuclotides) et du NADPH, coenzyme qui est
le principal donneur d'hydrogne dans de nombreuses ractions de biosynthse. NADPH est aussi
indispensable pour que se ralise la destruction du peroxyde d'hydrogne hautement toxique pour la
cellule. La chane de raction est la suivante :

G6PD

glucose-6-phosphate + NADP+ 6-phosphogluconate + NADPH, H+

Glutathion rductase

+
NADPH, H + glutathion oxyd glutathion rduit + NADP+
Glutathion peroxydase

Glutathion rduit + H2O2 glutathion oxyd + H2O

La catalase catalyse la raction : H2O2 H2O + 1/2 O2
Ces quelques ractions nous montrent que pour la destruction du peroxyde d'hydrogne (H2O2), la
catalase et le glutathion sont indispensables. Avec une G6PD inactive ou de trs peu active, il y a un
arrt de production de NADPH par la voie des pentoses phosphates. Cela empche la rduction du
glutathion et par l la destruction de H2O2. On sait d'autre part que le NADPH stabilise la
catalase. Donc sans NADPH, H2O2 ne sera pas dtruit et la cellule sera tue. Dans les globules rouges
cette situation est d'autant plus dramatique que d'autres enzymes permettant la production de
NADPH manquent.
Le polymorphisme du gne G6PD
Le gne codant pour la G6PD est situ dans la partie tlomrique du bras long du chromosome X ; il
est form par 13 exons et mesure 18 kilo paires de bases environ. Toutefois, sa rgion codante ne
comprend que 1545 paires de bases ce qui correspond une protine enzymatique forme par 515
acides amins. On connat de trs nombreux allles (plus d'une centaine), dont certains ont une
frquence suprieure 1%.

112

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Allles

G6pdb
G6pda

Frquence

Activit enzymatique
(% par rapport au
normal)

Manifestations cliniques

100
85

Aucune
Aucune
Jaunisse no-natale ; anmie
hmolytique aigu (mdicaments,
infection)
Jaunisse no-natale ; anmie
hmolytique aigu (mdicaments,
infection)
Jaunisse no-natale ; anmie
hmolytique aigu (mdicaments,
infection)
Jaunisse no-natale ; anmie
hmolytique aigu (mdicaments,
ingestion de fves, infection)
Rares

Afrique Europe Mditerrane

65 %
99,7 %
90-99 %
20 %
<1%

G6pda-1

12

G6pda-2

15 %

< 12 %

12

G6pda-3

12

G6pdm

< 0,1 %

1-8%

25

G6pdseat

Frquence de quelques allles de la G6PD contenus dans la banque.

Noms des
allles
G6pdb

Squence nuclique
Nuclotides changs
Codons changs
Nature - Position
Nature - Position
(Rfrence)
(Rfrence)

Polypeptide
A.A. changs
Type de
Nature - Position mutation
(Rfrence)

G6pda

A376 G

AAT126 GAT

Asn126Asp

G6pda-1

A376 G

AAT126 GAT

Asn126Asp

G202 A

GTG68 ATG

Val68Met

A376 G

AAT GAT

Asn126Asp

G680 T

CGC227 CTC

Arg227Leu

A376 G

AAT126 GAT

Asn126Asp

T968 C

CTG323 CCG

Leu323Pro

G6pdm

C563 T

TCC188 TTC

Ser188Phe

G6pdseat

G844 C

GAT282 CAT

Asp282His

G6pda-2

G6pda-3

Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux sens

Caractristiques de quelques allles du gne de la G6PD.

113

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Les allles de ce gne peuvent donc servir de support pour tudier la notion de polymorphisme
gnique. Certes, les allles diffrent uniquement par des substitutions faux sens et ne permettent pas
d'illustrer les diverses modalits des diffrences allliques (les allles rsultant de mutations non sens,
d'insertions et dltions dcalantes codant pour des protines tronques totalement non fonctionnelles
sont sans doute rapidement limines par la slection naturelle). Mais ce systme alllique est
probablement le meilleur outil pour faire saisir la micro volution d'un gne et sa diversification au
cours de l'volution des populations humaines.
L'allle G6pdb, le plus frquent dans toutes les populations, est sans doute l'allle ancestral (c'est aussi
le plus proche de celui squenc chez le Chimpanz). L'allle G6pda, rpandu en Afrique, rsulte
d'une substitution au nuclotide 376 de la rgion codante (A376G) dans l'allle G6pdb. Les trois allles
G6pda- prsentent cette mme diffrence avec G6pdb plus une autre : tous les trois rsultent de
mutations survenues au cours de la gamtogense d'individus G6pda et sont donc apparus
postrieurement cet allle. Par contre, l'allle G6pdm diffre de G6pdb par une substitution autre
que celle trouve dans G6pda : il provient d'une mutation intervenue chez un individu G6pdb mais on
ne peut situer chronologiquement sa formation par rapport G6pda.
Populations
humaines
actuelles

G6PDA-3

G6PDA-2

G6PDA-1

G6PDA

G6PDB

G6PDBM

G6PDBSEAT

G6PDA

Premires populations humaines : tous les individus

possdent l'allle G6PDB.

G6PDB

Filiation possible entre les allles de G6PD. Les pointills indiquent seulement que le moment et l'ordre d'apparition
des allles par mutation au cours de l'histoire de l'humanit sont inconnus.

La dficience en G6PD
La dficience en G6PD est l'enzymopathie la plus rpandue : elle affecterait 400 millions de personnes
dans le monde. Les rgions les plus touches sont l'Afrique tropicale, le moyen Orient, l'Asie tropicale
et subtropicale. Un certain nombre d'allles codent pour une enzyme G6PD dficiente. La dficience
n'est jamais totale : l'absence d'enzyme G6PD est sans doute incompatible avec la vie. Les
manifestations cliniques sont la jaunisse nonatale, une anmie hmolytique, et dans des cas svres
des squelles neurologiques. Des crises aiges d'anmie hmolytique peuvent tre dclenches par
des infections, des ingestions de fves et divers mdicaments (comme la primaquine). Heureusement,
seule une faible proportion des malades dficients en G6PD prsentent une anmie hmolytique
chronique et pour les autres, en dehors des crises hmolytiques, il n'y a aucun symptme particulier.
L'action favorisante de l'ingestion de fves sur le dclenchement des crises hmolytiques est surtout
nette chez les personnes possdant l'allle G6pdm.

114

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Le phnotype des femmes htrozygotes possdant un allle normal et un allle

dficient
Il est classique de considrer comme rcessif le phnotype G6PD dficient et c'est ce que traduit l'arbre
gnalogique soumis l'analyse. En ralit, la situation est plus complexe et le phnotype des femmes
htrozygotes variable, certaines pouvant manifester des signes cliniques de dficience. Cela est en
relation avec l'inactivation au hasard d'un des chromosomes X dans chacune des cellules de
l'organisme, inactivation qui peut atteindre l'un ou l'autre des chromosomes X. La femme
htrozygote possde deux populations d'hmaties, l'une G6PD dficiente, l'autre avec une enzyme
G6PD efficace. L'importance relative de ces deux populations varie d'une femme l'autre.

Utilisations pdagogiques en gntique humaine

FAMG6PD

i
2

ii
1

iii

?
1

Dficience en G6PD mais faible sensibilit l'ingestion de fves

Dficience en G6PD trs forte
Crise hmolytique aige suite l'ingestion de fves

Famille avec dficit en G6PD.

L'tude du polymorphisme gnique partir de G6PD peut tre conduite en adoptant une dmarche
voisine de celle suivie pour l'alpha-antitrypsine.
Analyse classique
L'analyse de l'arbre gnalogique conduit la rcessivit du phnotype G6PD dficient. En revanche,
les deux interprtations, hrdit autosomale rcessive ou hrdit rcessive lie au sexe, sont
plausibles mme si la seconde apparat plus probable.
L'interprtation suivant laquelle le gne serait situ sur un autosome implique que les individus non
apparents i2, ii1 et ii6 soient htrozygotes ; l'interprtation suivant laquelle l'hrdit serait lie au
sexe ncessite seulement que la femme ii1 soit htrozygote. En outre, la diffrence entre les deux
phnotypes G6PD dficients des personnes iii1 et iii3 doit conduire supposer que des allles G6PD
dficients diffrents existent dans cette famille.

115

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES

Analyse gnotypique
La dtermination des gnotypes des individus de l'arbre ralise grce l'utilisation des enzymes de
restriction (fichier enzg6pd.zym) permet de tester ces hypothses.

Enzymes du fichier enzg6pd.zym

Nom
Nla III
Fok I
Mbo II

Motif(s) reconnu(s)
CATG
GGATG,CATCC
GAAGA,TCTTC

Nla III
7
8
7
7

Fok I
8
8
7
7

Mbo II
10
10
10
11

Allles reconnus
G6pda
G6pda-1
G6pdb
G6pdm

Allles de la G6PD reconnus par les enzymes de restriction.

Allles des
individus
F1-i1all1
F1-i1all2
F1-i2all
F1-ii1all1
F1-ii1all2
F1-ii2all
F1-ii3all
F1-ii4all
F1-ii5all1
F1-ii5all2
F1-ii6all
F1-iii1all
F1-iii2all
F1-iii3all1
F1-iii3all2
F1-iii4all1
F1-iii4all2
F1-iii5all
F1-iii6all
F1-iii7all1
F1-iii7all2
F1-iii8all

Nla III
8
8
7
7
7
8
8
8
8
7
7
7
7
8
7
7
7
8
8
8
7
7

Nombre de sites reconnus par

Fok I
Mbo II
8
10
8
10
7
10
7
10
7
11
8
10
8
10
8
10
8
10
7
10
8
10
7
11
7
10
8
10
7
11
7
10
8
10
8
10
8
10
8
10
8
10
7
10

Allles
du gne
G6pda-1
G6pda-1
G6pdb
G6pdb
G6pdm
G6pda-1
G6pda-1
G6pda-1
G6pda-1
G6pdb
G6pda
G6pdm
G6pdb
G6pda-1
G6pdm
G6pdb
G6pda
G6pda-1
G6pda-1
G6pda-1
G6pda
G6pdb

Allles du gne de la G6PD chez les individus de FAMG6PD.

L'existence d'un seul allle G6PD dans la banque pour les hommes et de deux allles pour les femmes
doit conduire les lves bien s'approprier la notion d'hrdit lie au sexe. La dtermination du
gnotype de iii1 met bien en valeur que dans un cas d'hrdit lie au sexe, le chromosome X d'un
garon et les allles des gnes qu'il porte proviennent de sa mre.

116