Lecture interprtative de

lantibiogramme
Jean-Didier CAVALLO
Ecole de sant des armes
1

Pourquoi un antibiogramme ?
Intrt thrapeutique (individu)
Mesurer la sensibilit dune souche bactrienne un ou
plusieurs antibiotiques et dpister les rsistances acquises
----> orientation des dcisions thrapeutiques
Intrt pidmiologique (collectif)
Suivi pidmiologique des rsistances bactriennes
---> volution des spectres cliniques des antibiotiques
---> adaptation de lantibiothrapie probabiliste

Dlai entre introduction des antibiotiques et

apparition des rsistances acquises
Antibiotique

Annes
mise sur le march
rsistances acquises
pnicilline
1943
1945 (S. aureus)
streptomycine
1947
1947
ttracycline
1952
1956
mthicilline
1960
1961 (S. aureus)
acide nalidixique
1964
1966
gentamicine
1967
1969
vancomycine
1972
1987 (entrocoques)
cfotaxime
1981
1981-1983
linzolide
2000
1999 (E. faecium)
daptomycine
2003
1991 (S. aureus)
3

Pression de slection antibiotique

les effets collatraux
gurison
Traitement antibiotique
Flores commensales

bactrie cible

chec ttt

Hte

Sensible
Rsistant

Slection des rsistances

Micro-organismes naturellement rsistants
Clostridium difficile,
Bacilles Gram ngatif naturellement rsistants: entrobactries
du groupe 3, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii
Entrocoques,
Candida spp

Rsistances acquises
mutant prexistant
acquisition de gnes par transfert gntique

La prvalence des rsistances acquises

dpend de trois facteurs
Pression antibiotique
Homme, animal

Transmission clonale de souches rsistantes

Directe (homme, animal)
Indirecte (rle de lenvironnement)
Bactries rsistantes dans lenvironnement

Transmission de mcanismes de rsistance

Entre bactries mme espces ou espces diffrentes
Chez un mme individu
6

Apparition de rsistance acquise pendant une

monothrapie (infections svres BG-)
Antibiotiques

nb ttt

% R acquise

Ticarcilline
Pipracilline
Cfotaxime
Ceftriaxone

27
71
25
103

22 %
7%
4%
8%

Ceftazidime

166

10 %

Imipnme
Ciprofloxacine

277
322

5%
12 %

Bactries

P. aeruginosa
P. aeruginosa, Serratia
P. aeruginosa
P. aeruginosa, Serratia
Acinetobacter, Enterobacter
P. aeruginosa, Enterobacter
S. maltophilia
P. aeruginosa
P. aeruginosa, Serratia
Acinetobacter,

% checs ttt
7,4 %
4%
4%
4%
4%
2,5 %
4,4 %

Milatovic D et al. Eur J Clin Microbiol 1987; 6: 234-244

7

Sensibilit (%) des E. coli isols dIUC en

fonction des antcdents d antibiothrapie
Traitement antibiotique < 6 mois
Antibiotique

non
n=

Amoxicilline
Amoxicilline + AC
Ac nalidixique
Ciprofloxacine
* diffrence significative

-lactamine

quinolone

212

66

56

68
72
92
97

41*
41*
83
94

54
59
63*
78*

Source AFORCOPI-BIO, 1999

Emergence de rsistance sous traitement par lactamines ou fluoroquinolones

Pseudomonas aeruginosa
Rsistance

Analyse multivarie
un des 4 Ab
dont lAb utilis
RR
p
RR
p

Pipracilline
Ceftazidime
Imipnme
Ciprofloxacine

1,7
0,7
2,8
0,8

NS
NS
0,02
0,6

5,2
0,8
44
9,2

0,01
NS
0,001
0,04

Carmeli Y et al Antimicrob Agents Chemother 1999; 43:1379-1382

9

Association rsistance - antcdent de

traitement par -lactamines chez S.
pneumoniae
Frquence rsistance -lactamines
Antcdent
traitement > 5 jours

OR

Aminopnicilline

10,3

< 0,001

Cphalosporines

5,6

< 0,05

Guillemot D et al. Clin Microbiol Infect. 1999; 5: 4S38-4S42

10

Des mcanismes de rsistance et outils

gntiques varis
Mutation
prexistante

Antibiotique
2. Hyperexpression
efflux actif

1.Impermabilit
plasmide

transformation

3. Hydrolyse
enzymatique

intgron

4. modification ou
protection de la cible
transposon

11

Mcanismes de rsistance (1)

Antibiotiques

Impermabilit efflux

Enzymes
dinactivation

Modification ou
altration de la cible

Beta-Lactamines

Mutation porines
Efflux
Mutation LPS (rare)

Beta-lactamases
Pnicillinases
cphalosporinases,
carbapnmases

PLPs mutes,
recombines ou
supplmentaires
(PLP2a SARM)

Aminosides

Dfaut de transport
Efflux

Acetyltranfrases
Phosphotransfrases
Nucleotidyl transfrases

Mthylation ARN 16 S
(rare)

Quinolones

Efflux
Porines

Actylase (rare)

Mutations ADN gyrase,

topoisomrase IV
Cible protge (qnr)

Glycopeptides

Gram (-): naturelle

peptidoglycane
remani surproduit
(S. aureus)

Acquisition gnes van

13

Mcanismes de rsistance (2)

Impermabilitefflux

Enzymes
dinactivation

Modification de la
cible

Macrolides
Lincosamides
Streptogramines

Gram (-): naturelle

Efflux (cocci G+)

Estrase ou
phosphotransfrases
(rare)

Acquisition
mthylase de lARN
23S ou mutation
ARN 23S

oxazilidones

Gram (-): naturelle

Mutation ARN 23S

(rare)

Fosfomycine

Dficit transport
(systmes GlpT ou
UlpT)

Glutathion-Stransfrase (rare)

Rifampicine

Gram (-) : naturelle

ADP-ribosyl
transfrase (rare)

Acide fusidique

Gram (-): naturelle

Antibiotiques

Mutation ARNpolymrase
Mutation EF-6

14

Mcanismes de rsistance (3)

Antibiotiques

Impermabilitefflux, autres

Enzymes
dinactivation

Modification de la
cible

Ttracyclines

Mutation porines
Efflux

TetX (Bacteroides)

Protection de la cible

Chloramphnicol

Efflux

Chloramphnicol
acetyl transfrase

Sulfamides

Trimthoprime

Polymyxines

Impermabilit
membranaire (LPS)
(rare)

Mtronidazole

Dfaut dactivation

Mutation DHPS
DHPS additionnelle
faible affinit

Mutation DHFR
DHFR additionnelle
faible affinit
Surproduction DHFR

Nim (Bacteroides)
15

Antibiotique slecteur
Peut induire des rsistances croises
la mme famille dantibiotiques
dautres familles dantibiotiques
hyperexpression de lefflux
dfaut de permabilit

Peut induire des rsistances associes

slection de souches portant plusieurs mcanismes de
rsistance
intgrons multirsistants
cumul de mcanismes indpendants

16

Hyperexpression des systmes defflux

rsistances croises chez P. aeruginosa
Systme defflux

Antibiotiques touchs

MexAB-Opr M

-lactamines, Fq, Tmp, Cm, Tet

MexCD-Opr J

Fep, Cfp, Fq, Tmp, Ery, Cm, Tet

MexEF-Opr N

Fq, Tmp, Cm, Tet, (Ipm, Mpm)

MexXY-Opr M

Fep, aminosides, Ery, Tet, (Fq)

17

Rsistances associes
exemple de P. aeruginosa
Tic Pip Caz

mcanisme (frquence) % de souches I+R

Imp
Tm
An
Cip

S
S
S
I/R S S/I
I
I/R S
R
R R
R
I
I
R
R S
R
R I

aucun
(62 %)
RNE
(16 %)
Case BN (6 %)
Case HN (4 %)
Case BN + RNE
Pase
(2 %)
Pase + Case (5 %)

5
27
25
75
36
30
59

5
22
50
69
36
100
77

3
15
29
62
14
80
50

14
46
68
75
64
80
77

18

Mthodes dtude au laboratoire

en routine
Etude de la sensibilit aux antibiotiques
/ mesure directe de la CMI
dilution en glose
dilution en milieu liquide
E-test

/ mesure indirecte de la CMI

mthode de diffusion en glose
galerie antibiogramme

+ lecture interprtative
Conclusion S, I, R
19

CMI par dilution en milieu liquide

0,125mg/l
0,25mg/l

Ab 1
Ab 2
AB3
Ab4
Ab 5
AB6
Ab7
Ab8

64 mg/L

Macrodilution

64 mg/L

Microdilution

CMI par dilution en milieu solide

Botes avec dilutions antibiotiques
0,007 512 mg/L
Exemple
Neisseria meningitidis
bote pnicilline 0,03 mg/l
20

Mesure des CMI par E-test

CMI

S. pneumoniae : CMI de 0,75 mg/L

pour la ceftriaxone
21

Antibiogramme par diffusion

Courbes de concordance CMI - diamtres
D (mm)

D
d

CMI (mg/l)
22

Valeurs critiques des diamtres dinhibition (mm)

par antibiotique espce
Rsistant
<d

disque
Ab

Intermdiaire

Sensible
D

disque
Ab

disque
Ab

Diamtre (mm)
23

Pseudomonas
aeruginosa

TIC

Ticarcilline R

PIP

Pipracilline R

TCC

Ticar + ac Clav R

PTZ

Pip+Tazo R

IPM

Imipnme S

FEP

Cfpime I

CFS
FOS

Cefsulodine R

TM

CAZ

Ceftazidime S

AN

Tobramycine R Amikacine R

ATM

Aztronam S

Fosfomycine S

CS

Gentamicine R

CIP

Colistine S

SXT

Ciprofloxacine R Cotrimoxazole R
24

Galerie antibiogramme

Photo Monique Couture

25

Galerie Antibiogramme
mise en vidence de la croissance bactrienne
en milieu liquide
DO
lecture automatise
ou visuelle

Permet un rendu
en 6 heures

lecture rapide
automatise
DO

0
heures

18

26

Rle du microbiologiste
1.

Connatre les rsistances intrinsques

2.

naturelles

Dpister des phnotypes de rsistance acquise

exceptionnels

Exemples

3.

Rsistance la pnicilline chez S. pyogenes

Rsistance la vancomycine chez S. aureus
Entrobactries rsistantes aux carbapnmes

Lecture interprtative

Rgles dexpertise

CA-SFM et EUCAST

27

Choix des antibiotiques tester

Recommandations CA-SFM
Par espce ou groupe bactrien
Antibiogramme standard (liste 1)
antibiotiques ncessaires l orientation thrapeutique, en fonction des
indications cliniques (type d infection) et de la prvalence de la rsistance
acquise

Tests complmentaires (liste 2)

Intrt pidmiologique, aptitude dtecter un mcanisme de rsistance
ou antibiotique de recours

28

S. pneumoniae
Liste standard
Pnicilline G
Ampicilline ou amoxicilline
Cefotaxime ou ceftriaxone
Oxacilline*
Erythromycine
Lincomycine ou clindamycine
Telithromycine
Pristinamycine
Tetracycline
Norfloxacine*
Vancomycine ou teicoplanine

Liste complmentaire
Autres -lactamines
Doxycycline
Chloramphnicol
Rifampicine
Cotrimoxazole
Gentamicine

* Lecture interprtative

29

Antibiotiques marqueurs
et lecture interprtative
Dpistage mcanismes de rsistance +/- exprims
Molcule qui au sein dun groupe dantibiotiques est le
plus rgulirement touche
Cefoxitine et rsistance la mthicilline pour staphylocoques
Oxacilline et rsistance aux pnicillines pour S. pneumoniae
Ertapnme pour les carbapnmases chez les entrobactries

30

Equivalence pour la lecture interprtative

Certaines molcules sont reprsentatives dun groupe
dantibiotiques
Justifie lutilisation dun nombre restreint dantibiotiques
lantibiogramme
Les rsultats S,I,R obtenus pour ces molcules peuvent
tre tendus dautres antibiotiques du groupe
ex: une fluoroquinolone rpond pour les toutes les autres chez
les staphylocoques et Acinetobacter

31

Rsistances naturelles chez les

entrobactries
Espce
Klebsiella spp.
C. koseri
C. freundii
E. cloacae
E. aerogenes
S. marcescens
P. mirabilis
P. vulgaris
M. morganii
P. stuartii
Y. enterocolitica

AM

R
R
R
R
R
R
R
R
R
R

AMC

TIC/
PIP

C1G

FOX

CTT

R
R
R
R

R
R
R

R
R
R

MA

CXM

GM

TET

COL

FT

R
R
R
R

R
R
R
R
R

R
R
R
R

R
R
R
R
R
R

R
R
R

R
R
R
R

R
R
R

R
R
R

R : rsistance naturelle
AM : aminopnicillines ; AMC : amoxicilline + acide clavulanique ; TIC : ticarcilline ; PIP : pipracilline
C1G : cphalosporines de 1re gnration ; FOX : cfoxitine ; CTT : cfottan ; MA : cfamandole ; CXM : cfuroxime ;
GM : gentamicine ; TET : ttracyclines y compris la tigcycline ; COL : colistine, polymyxine B ; FT : nitrofuranes.

32

Dmarche interprtative
du microbiologiste
Phnotype de rsistance observ in vitro

lecture des CMI, diamtres ou galeries

cohrence avec lidentification (R naturelles)
connaissance des mcanismes R acquises
tests complmentaires ventuels
Mcanismes R peu exprims

Dduction du mcanisme de rsistance probable

validation/ corrections rsultats

Rendu de lantibiogramme en S, I, R
Commentaires (quivalence, conseils)
33

Mthode de dtection des

mcanismes de rsistance
Mthodes indirectes
voquent la prsence dun mcanisme de rsistance
antibiotiques marqueurs
synergie entre deux antibiotiques

Mthodes directes
mcanismes biochimiques
ex: production de -lactamase chez N. gonorrhoeae, H. influenzae

support gntique de la rsistance

ex: mise en vidence des gnes mecA (staphylocoques), vanA,vanB
(entrocoques), rpoB (M. tuberculosis)

34

Staphylocoques
Rsistance aux -lactamines
Pnicillinase : pni A et G, carboxy, uridopnicillines
PLP2a ou PLP2c (mecA ou mecC) : toutes lactamines sauf ceftaroline, ceftobiprole

MOX

PG

CIP

FOX

Pnicillinase

MOX

CIP

PG

FOX

Pnicillinase + PLP2a

35

S. aureus et -lactamines
SASM

SASM
(Pase)

SARM
(PLP-2a ou 2c mecA ou mecC)

Pni*,AMX

FOX*,AMC,OXA

Autres -lactamines**

* Ab marqueurs

** Sauf ceftaroline et ceftobiprole

36

SARM typique
K

GM

MOX

PG

Ab
marqueurs
en rouge
CIP

FOX

VA

TEC
37

SARM communautaire

MOX

CIP

VA

PG

PCR
mecA
positive

FOX

TEC
38

Aminosides et lecture interprtative

chez les cocci Gram +
Phnotype
observ

Mcanisme
inferr

Phnotype
prdit

KaRTmSGmSANS

APH(3)-III

KaRTmSGmSANI/R

KaRTmRGmSANS

ANT(4)

KaRTmRGmSANI/R

GmR

AAC(6)-APH(2)

R tous aminosides
sauf streptomycine

40

S. pneumoniae et -lactamines

Rsistance lie des PLP mosaques

Dpistage / disque oxacilline 1 g
OXA-1 20 mm : rendu S aux -lactamines
OXA-1 < 20 mm, infection svre, chec
clinique- Faire CMI pour Ab utilis

Infection svre
Faire CMI AMOX et/ou C3G (CTX, CRO)

41

Macrolides et streptocoques
Phnotype
observ
EryRLinS

Mcanisme
inferr
Efflux

Sans antagonisme

EryRLinR

rRNA mthylase

Phnotype
prdit
R aux macrolides
14/15 carbones
R aux macrolides
14/15/16 carbones

42

S. pneumoniae OXA R NOR S

ERY

LIN

OXA

NOR

43

S. pneumoniae OXA R
E-test

PG : 1 mg/L

AM : 0,38 mg/L
CTX : 0,5 mg/L

CRO : 0,25 mg/L

44

Glycopeptides et entrocoques

45

Glycopeptides et entrocoques

Van A

Van B

Van C*

Vancomycine

Teicoplanine

* Rsistance naturelle: E. gallinarum et E. flavescens

46

E. faecalis sauvage
L

AM

Enterococcus
FUR

TEC

E. faecium sauvage
AM

FUR

TEC

AM
GM
500

VA

VA

E. faecium vanA et GM R

CRO

GM
500

CRO

FUR

CRO

TEC

GM
500
VA
47

Haemophilus influenzae
Stratgies pour les -lactamines
Disque Pni g 1 UI 12 mm : S -lactamines
Disque Pni G 1 UI < 12 mm, faire test chromognique
Si + (-lactamases +), rendre
Rsistance toutes pnicillines
Voir pnicilline + inhibiteur

dpistage rsistances non enzymatiques (PLP 3 mute)

Disque amoxicilline + acide clavulanique < 15 mm

48

Haemophilus influenzae et -lactamines

Sauvage

Pase

PLP3**

Pni G 1 UI

12 mm

<12 mm

Amoxicilline

Amox + Ac Clav*

Cfotaxime,cfpime

<12 mm

Ab marqueurs pour PLP

** Mesure les CMI pour la -lactamine utilise

49

Entrobactries
Mthode de diffusion en glose
glose MH

Dpistage des BLSE

si pnicillinase

Dpistage des carbapnmases

ertapnme

50

-lactamines et entrobactries
Phnotype
observ

Mcanisme
inferr

Phnotype
prdit

AMRTicR

TEM-1/2
ou SHV-1

PipI/R MecR

AMRTicR

BLSE

R toutes -lactamines

Synergie AC+CTX
ou CRO ou CAZ ou ATM

sauf cphamycine, carbpnmes

moxalactam

51

Dpistage qualitatif des BLSE

Synergie C3G acide clavulanique

Images de synergie
C3G et acide
clavulanique

52

E. coli communautaire produisant CTX-M

ERT

IPM

FOX

KF

PTZ

CTX

TCC

PIP

ATM

AMC

CAZ

TIC

CRO

FEP

CFM

AMX

53

PCR positive CTX-M

54

K. pneumoniae OXA 48

ERT

FOX

KF

IPM

CTX

TCC

ATM

AMC

CRO

FEP

(carbapnmase)

PTZ

PIP

CAZ

TIC

CFM

AMX
55

P. aeruginosa
-lactamases spectre tendu et carbapnmases
Enzymes

TIC

PIP

CAZ

ATM

IPM

AC/EDTA

BLSE
PER-1

+/-

VEB-1,3

+/-

TEM

+/-

SHV 2a

+/-

OXA

-* / -

IMP 1, 7

I/R

-/+

VIM 1, 2, 3

I/R

-/+

4, 42

11,14, 15,16,18,19,28

Carbapnmases

* Sauf OXA 18 : + / -

56

Pseudomonas aeruginosa BLSE

IPM

CFS

PIP

FEP

TM

TCC

ATM

PTZ

CAZ

TIC

GM

CIP

FOS

AN

CS

SXT
57

P. aeruginosa avec BLSE PER-1

TIC

ATM

PIP

TCC
FEP

TZP

SYNERGIE

CAZ

58

P. aeruginosa
Synergie avec lacide clavulanique mieux
vue sur MH + Cloxacilline
FEP

ATM

TCC

CAZ

59

Pseudomonas aeruginosa
avec carbapnamase VIM-2
TIC

IPM

CFS

FOS

PIP

FEP

TM

AN

Aztronam
moins touch
TCC

ATM

TM

CS

TZP

CAZ

CIP

SXT
60

Carbapnmases mtallo-enzymes
Inhibition par lEDTA

IPM = 12 mg/L

IPM + EDTA = 2 mg/L

Mais
Attention la spcificit
Faux positifs avec OprD2
Confirmer par PCR ++

61

Conclusion
Rle du biologiste
Identifier les rsistances acquises
Antibiotiques vise thrapeutique

Lecture interprtative de lantibiogramme

Aide pour le clinicien

Dpister les mcanismes sous surveillance

Isolement des patients
Dialogue biologiste-clinicien ++

62