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ANLISIS EN SOFTWARE
Se realizo el anlisis de esta protena atreves de el software Cn3D, el cual
nos permite observar la estructura tridimensional de cualquier protena
siempre y cuando el archivo que contiene la informacin de la protena
este el formato indicado (NCBI Chemical Data (ASN)). Este formato es
fcil de adquirir atraves de la web de National Center for Biotechnology
Information quien es el fabricante de este programa. (3)
Se hizo una comparacin con otro software, ZMM, el cual es
proporcionado por protein data bank y fabricado por MVM ingeniera de
software S.A, (2) el software permite observar la estructura de la protena
atreves de sus tomos constituyentes, presenta la secuencia de
aminocidos(al igual que el utilizado) en la nomenclatura de una letra. A
diferencia del programa utilizado, este software permite seleccionar
cualquier tipo de tomo y seala el aminocido del cual hace parte. (4)
ESTRUCTURA PRIMARIA
El lactato deshidrogenasa presenta una secuencia de 322 residuos de
aminocidos. A continuacin se presenta la secuencia:
mapkakivlvgsgmiggvmatlivqknlgdvvlfdivknmphgkaldtshtnvmaysnckvsgsnty
ddlagadvvivtagftkapgksdkewnrddllplnnkimieigghikkncpnafiivvtnpvdvmvqllh
qhsgvpknkiiglggvldtsrlkyyisqklnvcprdvnahivgahgnkmvllkryitvggiplqefinnklis
daeleaifdrtvntaleivnlhaspyvapaaaiiemaesylkdlkkvlicstllegqyghsdifggtpvvlga
ngveqvielqlnseekakfdeaiaetkrmkalahhhhhh
Laminas beta
Giros y bucles
Hlices alfa
aminocido
Metinina
Alanina
Prolina
Lisina
Isoleucina
Valina
Leucina
Lisina
Serina
Treonina
Asparagina
Ac.
Aspartico
Fenilalanin
a
Histidina
Tirosina
Glutamina
Cistena
Ac.
Glutamico
Arginina
Triptfano
cantida
d
10
27
12
27
27
32
31
25
15
15
23
Porcentaje
(%)
3.1
8.36
3.72
8.38
8.38
9.93
9.9
7.76
4.05
4.05
7.14
14
4.34
2.17
16
8
8
6
4.96
2.48
2.48
1.86
15
4.05
3
1
0.93
0.34
ESTRUCTURA SECUNDARIA
1. Alfa hlice:
Secuencia de aminocido
matlivqknlgdvvlfdivk
Ubicacin en la estructura
mphgkaldtsh
lplnnkimieigghikkn
vdvmvqllhqhs
vldtstlkyyisqk
lqefinnk
daeleaifdrtvnt
vapaaaiiemaesylk
eekakfdeaiaetkrnkal
40 48
99 116
129 140
153 167
200 207
211 224
237 252
297 315
14 25
2. Estructuras laminares:
Secuencia de aminocido
akivlvg
gdvvlfd
ckvsgsn
dvvivta
afiivvt
Kiigl
dvnahivga
Knvll
Yitvg
lkkvlicstll
Ifggtpvvlga
gveqvi
Ubicacin en la estructura
5-11
29-35
59-65
74-80
120-126
146-150
173-181
185-189
192-196
253-264
273-283
285-290
3. Giros o bucles:
Secuencia de aminocido
apk
sg
Nl
ivkn
shtnvmaysn
tyddlaga
gftk
nrddl
cpn
np
gvpkn
gg
nvcpr
hgn
kr
gip
lis
aleivnlhaspy
egqyghsd
n
elqln
ahhhhh
Ubicacin en la estructura
2-4
12-13
27-28
36-39
49-59
66-73
81-84
94-98
107-109
127-128
141-145
151-152
168-172
182-184
191-192
197-199
208-210
225-236
265-272
284
291-295
316-321
ESTRUCTURA TERCIARIA
1. Enlaces disulfuro:
La lactato deshidrogenasa del plasmodium falciparum no presenta
enlaces disulfuro aunque en su secuencia estn presentes
aminocidos que tienen en su estructura tomos de azufre (10
metionina y 6 cistena).
2. Interacciones hidrofobicas:
BIBLOGRAFIA
(1) Wikipedia:
enciclopedia
libre.
plasmodium
falciparum.
http://es.wikipedia.org/wiki/Plasmodium_falciparum. consulta hecha
el da 17 de octubre del 2010.
(2) Wikipedia:
enciclopedia
libre.
Lisis.
http://es.wikipedia.org/wiki/Lisis. consulta hecha el da 17 de
octubre del 2010.
PREDICCION DE PROTEINAS
LACTATE DESHIDROGENASA EN PLASMODIUM
FALCIPARUM
Presentado a:
PH.D. Rubn Jaramillo
Universidad de Sucre
Facultad de Educacin y Ciencias
Programa de Biologa
Bioqumica I
2010