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Expos sur
LA BIOLOGIE
MOLCULAIRE
Prsent par :
Benahmed Amel
Propos par :
Dr Bettache.A
Chergui Messaouda
Rebai Khalil
Prsent par :
2015-2016
Benahmed Amel
Chergui Messaouda
Rebai Khalil
Liste de figure :
Figure 01 : les structures de phosphate.
Liste de tableau :
A : Adnine.
ADN : Acide dsoxyribonuclique.
AMP : Adnosine-5'-monophosphate.
ARN : Acide ribonuclique.
ARNm : acide ribonuclique messager.
ARNpol : ARN polymrases.
ARNr : acide ribonuclique ribosomique.
ARNsn : acide ribonuclique small nuclear.
ARNt : acide ribonuclique transfire.
C : Cytosine.
dTMP : Dsoxythymidine-5'-monophosphate.
G : Guanine.
H : Hydrogne.
H1,2, 3, : Histone
RNPpn: ribonucloprotines nuclaire.
SSB: stranded binding protein.
T : Thymine.
TBP : TATA box-Binding Protein.
TFII: Transcription Factor for RNApolymerase II.
U : Uracile.
Introduction :
La biologie molculaire (parfois abrge bio. mol.) est une discipline scientifique au
croisement de la gntique, de la biochimie et de la physique, dont l'objet est la
comprhension des mcanismes de fonctionnement de la cellule au niveau molculaire. Le
terme biologie molculaire , utilis la premire fois en 1938 par Warren Weaver, dsigne
galement l'ensemble des techniques de manipulation d'acides nucliques (ADN, ARN),
appeles aussi techniques de gnie gntique.
La biologie molculaire est apparue au XXe sicle, la suite de l'laboration des lois de
la gntique, la dcouverte des chromosomes et l'identification de l'ADN comme support
chimique de l'information gntique.
Quelles sont les molcules tudie par la biologie molculaire ? Et quelle sont les
mcanismes tudie par cette discipline ?
Historique :
1953 : Dcouverte de la double hlice (Watson et Crick).
1953 : un modle du code gntique (Gamow).
1956 : l'ARN est dcouvert.
1958 : modle semi-conservatif de la rplication (Meselson et Stahl).
1960 : Dcouverte de l'ARN messager (Monod).
1961->1966 : le dcryptage du code gntique (Nirenberg et Matthaei) grce la synthse de
protines in vitro partir d'un ARN poly-U.
Affinage du "dogme central" de la biologie molculaire.
1965 : L'opron lactose (Jacob et Monod).
exemple. Le pyrophosphate est un ion driv de lacide pyrophosphorique (P 2O7H4), qui est
lui-mme un anhydride dacide phosphorique. (Housset et Raisonnier, 2009)
Ribose :
Le ribose est un pentose de la srie D, dont tous les hydroxyles sont orients droite
(reprsentation de Fisher). Dans les acides ribonucliques (RNA), il est cyclis en
ribofuranose : anomre spcifiquement. (Housset et Raisonnier., 2009)
Dsoxyribose :
Le dsoxyribose, composant des acides dsoxyribonucliques (DNA) est driv du
ribose par une rduction de la fonction alcool secondaire du carbone n2. Le
dsoxyribose confre cet acide nuclique une plus grande stabilit propre sa
fonction de conservation de linformation gntique. (Housset et Raisonnier., 2009)
10
Raisonnier., 2009).
Un nucloside :
Est une molcule forme soit d'un ribose soit d'un dsoxyribose avec soit une base purique
soit une base pyrimidique. La liaison se fait entre le carbone c1' du pentose (ribose ou
dsoxyribose) et l'azote n9 de la base purique ou n1 de la base pyrimidique. Le pentose est
sous la forme furanose et la liaison osidique est sous la forme . (anonyme., 2012)
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Ribonucleoside
Adnosine
Guanosine
Uridine
Cytidine
Thymine ribonucloside (rare)
Desoxyribonucleoside
Dsoxyadnosine
Dsoxyguanosine
Dsoxyuridine
Dsoxycytidine
Dsoxythymidine ou thymidine
Uracile
Ribonucloside-5'-monophosphate
Adnosine-5'-monophosphate =
AMP
Guanosine-5'-monophosphate =
GMP
Uridine-5'-monophosphate = UMP
Cytosine
Cytidine-5'-monophosphate = CMP
Guanine
12
Dsoxyribonucloside-5'-mnophosphate
Dsoxyadnosine-5'-monophosphate =
dAMP
Dsoxyguanosine-5'-monophosphate =
dGMP
Dsoxyuridine-5'-monophosphate =
dUMP
Dsoxycytidine-5'-monophosphate =
dCMP
Thymin
e
Thymine riboside-5'-monophosphate
(rare)
Dsoxythymidine-5'-monophosphate =
dTMP
Symbole
Cyt
Ura
Thy
Ade
Gua
Xan
Hyp
Ribonuclosides
Nom
Symbole
Cytidine
Cyd
Uridine
Urd
thymidine* Thd
Adenosine
Ado
Guanosine
Guo
Xanthosine Xao
inosine
Ino
Dsoxyribonuclosides
Nom
2'-dsoxycytidine
2'-dsoxyuridine
(2'-dsoxy)thymidine*
2'-dsoxyadnosine
2'-dsoxyguanosine
2'-dsoxyxanthosine
2'-dsoxyinosine
Symbole
dCyd
dUrd
dAdo
dGuo
dXao
dIno
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1-8 Hybridation :
Proprit caractristique et essentielle des molcules dacides nucliques, qui leur confre
leur capacit de transfert de linformation. Deux chanes (ou brins) ont tendance sapparier
pour former des doubles brins (ADN/ADN, ADN/ARN ou ARN/ARN), selon un mcanisme
rappelant celui dune fermeture clair. Il faut pour cela que les nuclotides qui les composent
soient complmentaires, cest--dire quen face dun nuclotide (A) se trouve un (T) ou un
(U), et en face dun (C) se trouve un (G), et rciproquement. (Quinkal I., 2003)
Cette proprit intervient lors de la rplication, de la transcription et de la traduction. Cest
par ailleurs sur lhybridation que sont bass les principes de nombreuses techniques de
biologie molculaire (squenage, puces ADN) (Quinkal I., 2003)
nuclique, quon dsigne par convention comme la fin de la squence ou du fragment dacide
nuclique. (Housset et Raisonnier., 2009)
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Figure 13 : des liaisons H de type Hoogsteen dans les pseudonoeuds (anonyme., 2012)
Les structures secondaires de l'ARN permettent d'obtenir des molcules plus stables, ayant
une structure tertiaire donne, donc d'avoir une fonction catalytique donne. (anonyme., 2012)
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Figure 14 : structure de double hlice selon le modle rubans. (Housset et Raisonnier., 2009).
La structure secondaire du DNA est telle que les deux brins sont enrouls lun autour de
lautre. Chacun des deux brins est orient (53) dans le sens oppos celui de lautre brin
(35). On dit quils sont antiparallles. (Housset et Raisonnier., 2009).
Les bases azotes sont tournes vers lintrieur de la double hlice de faon ce que
chacune shybride avec une base de lautre brin (A avec T, C avec G, etc..). On dit que les
bases successives de chacun des brins sont complmentaires. (Housset et Raisonnier., 2009).
La double hlice a un pas de 3,4 nm cest dire quil y a environ 10 paires de
nuclotides pour chaque tour dhlice. (Housset et Raisonnier., 2009).
Figure 15 : structure de double hlice selon le mode traverse (Housset et Raisonnier., 2009).
Une vue perspective de la double hlice montre bien comment les bases azotes sont
parallles entre elles, leurs noyaux empils comme des assiettes au centre de la double hlice.
(Housset et Raisonnier., 2009).
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2-8 nuclosome :
La chromatine est forme par lassemblage de lADN avec des petites
protines de 11 14 kD, appeles histones. Riches en rsidus basiques,
elles sont charges positivement, ce qui permet des interactions de type
lectrostatique avec lADN.
Lunit de base de la chromatine est le nuclosome, constitu par
lenroulement de 147 paires de bases dADN autour dun octamre
dhistones H3, H4 H2A et H2B. Chaque octamre est compos de deux
dimres H3-H4 agencs en ttramre stable au centre du nuclosome
encadr par un dimre H2A-H2B de chaque ct. La prsence dune queue
N-terminale non structure dune trentaine dacides amins qui merge du
nuclosome
permet
aux
histones
20
de
subir
diffrents
types
de
nuclosomes en zigzag (modle "zigzag"). Cette dernire famille peut encore tre sous-divise
en plusieurs sous familles selon la manire dont le zigzag seffectue. (Moindrot B., 2012)
Dans le modle "solnode", lempilement des nuclosomes dcrit une simple hlice, alors
que dans le modle "zigzag", ce sont deux hlices dempilement de nuclosomes qui sont
relies par lADN de liaison. Rcemment, de nombreuses tudes ont cherch dterminer
laquelle des deux familles de modles est la plus proche de la ralit, notamment en jouant sur
la taille de lADN de liaison. Modifier la taille de lADN de liaison devrait affecter
diffremment les dimensions de la fibre de 30 nm selon le modle considr. Nobservant pas
de relation directe entre ces deux paramtres pour toutes les longueurs dADN de liaison
testes, il a t propos que la fibre de 30 nm puisse adopter alternativement la configuration
solnode ou la configuration zigzag. (Moindrot B., 2012)
La fibre de 30 nm, mme si sa structure nest pas encore bien connue, constitue un niveau
additionnel de repliement. (Moindrot B., 2012)
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23
son phosphate sur la fonction alcool libre du carbone 3 du ribose qui constitue lextrmit de
lacide nuclique. (Housset et Raisonnier., 2009)
Inversement, en ajoutant une molcule deau sur cette liaison ester, on provoquera une
raction dhydrolyse qui dtachera le dernier nuclotide et librera le carbone 3 du nuclotide
prcdent. (Housset et Raisonnier., 2009)
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Dans un second temps, cette squence complmentaire isole, sera elle aussi capable de
diriger la synthse de la squence originale dont elle est le complment. (Housset et
Raisonnier., 2009)
25
peu
la
molcule
d'ADN
en
deux
chanes
nuclotidiques
groupements
phosphate.
Comme
dans
l'ATP,
les
phosphates
vieille
chane
nuclotidique
et
d'une
chane
nouvellement
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2- la transcription :
La transcription est le processus qui synthtise un ARN en recopiant la
squence dun gne. Ce processus se dcompose en trois tapes :
linitiation, llongation et la terminaison. (Fontaine A., 2009)
1. Etape de transcription :
La phase dinitiation de la transcription :
LARN polymrase, un complexe protique, se fixe sur une rgion
particulire de lADN, situe en amont du gne transcrire : le site
promoteur. La liaison entre lADN et lARN polymrase permet dune part
douvrir la double hlice et dautre part de catalyser linsertion des
ribonuclotides pour former un brin dARN. (Fontaine A., 2009)
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a)- linitiation.
b)- llongation.
c)- la terminaison.
2. La maturation de lARN :
Un ARN nouvellement transcrit est appel transcrit primaire. Chez les
eucaryotes et les arches les transcrits primaires dARN subissent
quelques transformations post transcriptionnelles. Cette phase dite de
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de
longueurs
diffrentes
issus
dpissages
alternatifs.
Aujourdhui, il est admis que prs de 60% des gnes chez ltre humain
subissent
lpissage
alternatif.
Quelques
cas
extrmes
dpissage
3- la Traduction :
La traduction suit un ordre prcis d'vnements : initiation, longation et terminaison
de la traduction. La traduction est un processus cyclique au cours duquel la terminaison
suit l'longation qui elle-mme suit l'initiation et ainsi de suite. Les sous-units du
ribosome sont dissocies la fin de la terminaison avant qu'un nouveau cycle ait lieu.
(Jaspard E., 1994)
Ces vnements requirent un trs grand nombre de protines appels facteurs.
(Jaspard E., 1994)
La synthse peptidique s'effectue de l'extrmit N-terminale vers l'extrmit Cterminale de la chane polypeptidique : l'longation s'effectue par addition squentielle
d'un acide amin l'extrmit C-terminale de la chane polypeptidique lie au ribosome.
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eIF-2 (protine G)
eIF-2B ou GEF
("Guanine Nucleotide
Exchange Factor") : 5 sousunits ( )
eIF-3 (13 sous-units :
eIF-3A eIF-3M / chez
l'homme : p170, p116,
p110, ...)
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eIF-4F : complexe
d'initiation compos de 3
sous-units (eIF-4E, eIF-4A
et eIF-4G) et d'au moins 2
facteurs additionnels (PABP,
Mnk1 ou Mnk2)
PABP ("PolyA-Binding
Protein")
Mnk1 et Mnk2 : eIF-4E
kinases
eIF-4A
eIF-4E
eIF-4G
eIF-4B
eIF-5 (GTPase)
GTP]
eIF-6
les toutes premires tapes de l'initiation de la traduction. S'ensuivent : (Jaspard E., 1994)
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Figure 26 : modle d'une sous-unit 40S avec eIF-3. (Jaspard E., 1994)
Le site P ou Peptidyl est le site ribosomique le plus frquemment occup par le peptidylARNt, c'est--dire l'ARNt qui porte la chane polypeptidique en croissance. Le site P est
aussi appel le site sensible la puromycine, un antibiotique qui a des similitudes
structurales avec une partie de l'aminoacyl-ARNt. Quand la puromycine se trouve au site A,
elle peut former une liaison peptidique avec la chane polypeptidique en croissance par. Le
site E ou Exit est le site ribosomique occup par l'ARNt qui part du ribosome. (Jaspard E.,
35
1994)
Elongation de la traduction
L'longation ncessite des facteurs d'longation :
EF-Tu et EF2 sont des petites protines fixant le GTP ("small GTP-binding
proteins") (Jaspard E., 1994).
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Etape 1 : dcodage
EF-Tu-GTP se fixe et dlivre un aminoacyl-ARNt au site A du ribosome. EF-Tu reconnat
et fixe tous les aminoacyl-ARNt avec peu prs la mme affinit (quand chaque ARNt est
li l'acide amin correct). (Jaspard E., 1994)
L'ARNt doit avoir l'anticodon correct pour interagir avec le codon de l'ARNm positionn
sur le site A pour tablir une paire de bases avec la bonne gomtrie. Les bases
universellement conserves de l'ARNr 16S (chez les Procaryotes) interagissent avec et
imprime la configuration du petit sillon ("minor groove") de la courte portion de double
hlice forme par les 2 premires paires de bases du complexe [codon/anticodon]. (Jaspard
E., 1994)
Une conformation particulire du ribosome est stabilise par cette interaction, ce qui
fournit un mcanisme pour dtecter si l'ARNt li est correct. La relecture - correction
37
38
39
Les codons STOP n'ont aucun ARNt correspondant. Au lieu de cela, les codons STOP sont
reconnus par la protine RF1 ("Releasing Factor 1" - facteur de libration 1) ou eRF chez les
Eucaryotes (il y a 2 facteurs de terminaison chez les Procaryotes et un seul chez les
Eucaryotes). L'activit de RF1 est stimule par RF3 (une protine fixant le GTP). (Jaspard
E., 1994)
Le complexe [RF1 / RF3] se lie aux ribosomes qui ont un codon STOP au site A : il stimule
le clivage de la liaison ester entre le peptide et le peptidyl-ARNt, librant ainsi la nouvelle
protine du ribosome. Les facteurs sont librs du ribosome aprs hydrolyse du GTP.
(Jaspard E., 1994)
Le ribosome commence un nouveau cycle de traduction sur l'ARNm mme dans la plupart
des cas. (Jaspard E., 1994)
Code gntique :
Systme de correspondance permettant de traduire une squence
dacide nuclique en protine. Dans ce systme, un tripl de nuclotides,
ou codon, dsigne un acide amin.
Comme il existe 4 nuclotides, il y a 4x4x4 = 64 codons diffrents. un
codon donn correspond un seul et unique acide amin. Par contre, il
nexiste que 20 acides amins diffrents dans les protines, cest
pourquoi plusieurs codons peuvent dsigner un mme acide amin on
dit que le code gntique est redondant. (Quinkal I., 2003)
Certains de ces 64 codons ne dsignent aucun acide amin. Ces triplets
non-sens indiquent la machinerie cellulaire la fin de la lecture de
linformation
contenue
dans
les
gnes,
et
provoquent
larrt
de
fabrication des protines. On les appelle codons STOP. (Quinkal I., 2003)
Tous les tres vivants ( quelques variantes prs) possdent le mme
code gntique : il est universel. (Quinkal I., 2003)
Tableau 05 : Code gntique. (Jaspard E., 1994)
1re
2me position
40
3me
position
U
UUU
UUC
UCU
UCC
UAU
UAC
srine
UCA
UUG
UCG
UAG
CCU
CAU
CUC
leucine
CCC
UAA
CAC
proline
CUA
CCA
CUG
CCG
CAG
AUU
ACU
AAU
ACC
AAC
ACA
AAA
AUC
isoleucine
AUA
A
codon
initiation
GUU
GUC
GUA
valine
GUG
CAA
tyrosine
STOP
histidine
glutamine
asparagine
G
UGU
UGC
UGA
cystine
STOP
position
U
C
A
UGG tryptophane
CGU
CGC
CGA
arginine
CGG
AGU
AGC
C
A
G
srine
AGA
U
C
A
thronine
mthionine
AUG
UUA
CUU
C
phenylalanine
ACG
AAG
GCU
GAU
GCC
GCA
GCG
alanine
GAC
GAA
GAG
lysine
aspartate
glutamate
AGG
arginine
GGU
GGC
GGA
GGG
U
glycine
C
A
G
Conclusion :
La biologie molculaire cest un discipline qui explique les diffrents types des molcules
comme phosphate, les riboses et les acides amins et les nuclotides (rsulte de la
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Rsume :
La structure des acides nucliques commence par lassociation des molcules simples
comme phosphates et ribose, dsoxyribose, les bases puriques et bases pyrimidiques et leur
assemblage produise des nuclosides et nuclotides.
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Cest dernire sont lunit structurale des acide nuclique : Acide ribonuclique et Acide
dsoxyribonuclique. Qui sont participe la formation des macromolculaires protine par
la traduction et la transcription.
Mot cl : Acides Nucliques, Phosphates, Ribose, dsoxyribose, Bases Puriques, Bases
Pyrimidiques, Acide Ribonuclique, Acide Dsoxyribonuclique.
.
. :
. " "
Rfrence :
1. Anonyme., 2007., Chapitre 5 la synthse protique. croissance et
reproduction de la cellule. Cycle cellulaire., rycajal@aol.com., 1re
dition
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