Rede de Biodiversidade e Biotecnologia da Amaznia Legal

Programa de Ps-Graduao da Bionorte

FUNDAO UNIVERSIDADE FEDERAL DE RONDNIA
NCLEO DE SADE
DEPARTAMENTO DE MEDICINA
PROGRAMA DE PS-GRADUAO EM BIOLOGIA EXPERIMENTAL

O surgimento da Bioinformtica
Banco de Dados Biolgicos

Retrospectiva da Biologia Molecular

1951

Fred Sanger, Amino Acid Sequence of Insulin

1953

Watson/Crick, Estrutura do DNA

1957

Francis Crick, Central Dogma, DNA RNA Protein

1960s Nirenberg & Matthaei, The Genetic Code

1967

Shapiro and Beckwith, First gene cloned, LacZ

1972

Paul Berg, First recombinant DNA molecule

1973

Cohen/Boyer, First recombinant organism

1977

Maxam/Gilbert and Fred Sanger, DNA sequencing

1977

Fred Sanger, Complete sequence of phage X174

1978

David Botstein, Restriction Fragment Length

Polymorphisms (RFLP)

1980

Kerry Mullis, PCR

1983

Lee Hood, First Automated DNA Sequencer

Sequenciamento Automtico

Leroy Hood

30kb por corrida

A era genmica
(gerao de muitos dados)

International Consortium
Grupos acadmicos

Celera Genomics
Companhia Privada

A revoluo da Genmica

454
~120 MB de DNA
por corrida
12KB/US$

Solexa - Illumina
~01 GB de DNA
por corrida
100KB/US$

SOLiD - ABI
~03 GB de DNA
por corrida
300KB/US$

Dispensa clonagem dos fragmentos em sistemas

bacterianos

Dispensa a preparao de DNA molde para

sequenciamento

Reaes feitas em paralelo em volume

extremamente pequeno - nanotecnologia

Bioinformtica O Incio
NASA coleta informaes sobre a atmosfera de Venus

Bioinformtica O Incio
Com dados da NASA, Carl Sagan (Havard) e Lippincot (Maryland) orientam a tese de
doutorado em Fisico-Qumica de Margaret Dayhoff, onde ela Desenvolve sistemas de
computador para clculos de bioqumica.

Bioinformtica O Incio

1965, Margaret Dayhoff, Atlas of Protein sequence and

structure.

1966, Margaret Dayhoff, matriz de substituio PAM

1970, Needleman/Wunch, Alinhamento Global.

1979, Walter Goad, GenBank.

1981, Smith/Waterman, Alinhamento Local.

1989, NHGRI, Projeto Genoma Humano.

1990, Altschul/Gish/Miller/Myers/Lipman, BLAST.

Bioinformtica O Incio

Na dcada de 1970 a unidade bsica de armazenamento de

informao era o kilobyte -- 1024 bytes (1024 caracteres)
Um computador de grande porte daquela poca tinha alguns
kbytes de memria (hoje so da ordem de Gbytes (1.000 x)
Com tal memria um computador desses no seria capaz de

processar nem sequer o genoma de um vrus, que pode

chegar a 20 kilobases (20 mil letrinhas); que dir o genoma
humano, com seus 3 bilhes de letrinhas

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics

Desenvolvimento de ferramentas.

Forma de explorar novos dados.

Processamento de dados gerados por projetos

em larga-escala.

Uma nova forma de se fazer cincia dirigida

por hipteses.

Biologia em larga-escala. Produo de dados

em massa gera uma demanda para anlises
computacionais.
Economiza tempo e dinheiro.
Poucas pessoas adequadamente treinadas em
Biologia e Computao.

NCBI (The National Center for Biotechnology Information;

EBI (The European Bioinformatics Institute)

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

SwissProt/ExPASy (Swiss Bioinformatics Resource)

http://www.ebi.ac.uk/

DNA Data Bank of Japan

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://expasy.cbr.nrc.ca/sprot/

PDB (The Protein Databank)

http://www.rcsb.org/PDB/

Acesso aos bancos de dados via Entrez

Servidor de BLAST

Medline/OMIM
Genbank/Genpept/Structures
Todos os tipos de Blast

Portal do Genoma Humano

Muito, muito mais..

Acesso a bancos de dados via SRS

EMBL, SwissProt,

Muitas outras ferramentas

ClustalW, DALI,

Outro Banco de dados de armazenamento e

anlise de genomas e seqncias diversas
Muitas outras ferramentas

Blast, alinhamentos mltiplos, filogenia, etc.

Checagem manual.

O nmero de entradas errneas bastante reduzido.

Cross-link extensivo com outros bancos

SwissProt o gold-standard em termos de

bancos de dados e o melhor lugar para se

comear uma anlise se voc procura info para

uma ou poucas sequncias.

Armazena a estrutura tri-dimensional para

milhares de protenas
Acesso a vrios servios relacionados a biologia
estrutural

Comunicao entre os Bancos de

Sequncia Primrios

International Nucleotide Sequence Database Collaboration

Vamos explorar os Bancos de Dados:

-Pubmed

- Nucleotide
-Protein