CARACTERISTICASDELASBACTERIASYSU

LOCALIZACION
1.Floramicrobianaenlasaludyenlaenfermedad.
Tradicionalmente, los microbilogos clnicos tienen como tarea la de
aislar e identificar los microorganismos de las muestras de pacientes
que sufren una enfermedad infecciosa. Por definicin, esos
microorganimos son denominados patgenos, es decir causantes de
enfermedades (infecciosas). Sin embargo, este punto de visto puede
sugerir, equivocadamente, que unicamente un pequeo numero de
microorganismos son capaces de provocar enfermedades,
independientemente de su sitio de entrada en el paciente, de su
cantidad, del estado o tipo del paciente, y de la posible presencia de
otros microorganismos. Pero sobretodo, este tipo de actitud, hace
recaer equivocadamente, exclusivamente sobre el microorganismo, el
desarrollo o no de una enfermedad infecciosa.
Sin embargo, la enfermedad infecciosa debe entenderse como slo
una de las posibles consecuencias de la interaccin entre
microorganismos y huspedes. En realidad, existen pocos
microorganismos capaces de provocar una enfermedad infecciosa en
cualquier tipo de husped y en cualquier situacin. Adems, nuestro
organismo est desde su nacimiento no slo en contacto con un
ambiente rico en microorganismos, sino poblado o colonizado por un
nmero de clulas de microorganimos superior al de nuestras
propias clulas. La mayora pues de microorganismos estn en
nuestro propio cuerpo y no representan para el individuo sano
normal un peligro para su salud. Al contrario, los microorganismos
estn en equilibrio con el resto de nuestro organismo, y la ruptura de
ese equilibrio puede provocar el desarrollo de enfermedades
infecciosas. Ejemplos de esos procesos podran ser los problemas
intestinales que se suceden tras la eliminacin de flora bacteriana
intestinal por el uso inadecuado de antibiticos, o la alteracin de
flora vaginal por una adecuada higiene o por tampones inadecuados,
con la siguiente suplantacin de Lactobacillus y otra flora normal
por otros microorganismos patgenos (por ejemplo Staphylococcus
aureus productores de toxinas).
2. Cabeza y tracto respiratorio
reas generalmente estriles.
Estas reas son la laringe, trquea, bronquios, bronquiolos, y
alvolos pulmonares. Es bastante frecuente la contaminacin
ocasional por microorganismos, sin embargo, los varios mecanismos
de defensa existente en esos lugares (principalmente los movimientos
ciliares y la mucosidad) se encargan de eliminarlos rapidamente.
La muestra de tracto respiratorio ms remitida al laboratorio es el
esputo, seguidos por los lavados bronquiales y broncoalveolares,
espcimenes broncoscpicos, fludos toracentsicos, y aspirados de
traqueotomas y de lesiones pulmonares. Los esputos y la mayora de

los dems tipos de muestras suelen estar contaminados por la flora

indgena de garganta, nariz y boca, por lo que se aconseja su rpido
procesamiento para evitar que la posible flora patgena quede
disminuida por el sobrecrecimiento de esa flora indgena.
La flora mayoritaria de los esputos son los estreptococos,
Enterobacteriaceae, Moraxella catharralis, Pseudomonas aeruginosa y
Candida albicans.
Las bronquitis (infecciones bronquiales agudas), que se observan
mayoritariamente en nios y personas mayores al comienzo del
invierno, suelen estar asociadas a infecciones por Staphylococcus
aureus, Streptococcus pneumoniae, Streptoccus pyogenes,
Haemophilus influenzae, y Miycoplasma pneumoniae, y Bordetella
pertussis en el caso de que haya tosferina.
Los abscesos pulmonares suelen estar causados por pneumonas
debidas a S. aureus y K. pneumoniae. Tambin, por microorganismos
aspirados a partir de la flora nasofarngea, y en ese caso predominan
Bacteroides, Prevotella, Porphyromonas y Fusobacterium. Las lesiones
de este tipo deben incluir siempre una tincin cido-alcohol
resistente para buscar ese tipo de organismos, as como la bsqueda
de hongos.
reas que generalmente no estn estriles.
Boca.

En la boca se deben considerar la cavidad bucal, dientes, lengua,

paladar y saliva. En esta regin solemos encontrar S. aureus y S.
epidermidis, as como sus variantes anaerbicas. Varias especies de
Streptococcus, particularmente S. salivarius y S, mitis, estn
ampliamente repartidas por toda la boca, con predominancia de
algunas esopecies particulares en determinados sitios concretos. En
la saliva suele ser comn las cepas pigmentadas de especies de
Neisseria, Moraxella (Branhamanella) catharralis, Veillonella,
corinebacterias aerbicas, etc. Igualmente, podemos encontrar
especies de enterobacterias como E. coli y K. pneumoniae en la saliva.
Finalmente, en los dientes abundan especies bacterianas
anaerbicas.
En los casos de enfermedades de estos sitios, podremos encontrar
una variedad todava mayor de microorganismos, entre ellos los
hongos filamentosos o no(p.ej. en pacientes debilitados o con

quimioterapia), asi como virus.

Garganta (incluyendo nasofaringe, orofaringe y amgdalas).

Los micrococos son quizs los ms representativos. S. aureus se aisla

frecuentemente de nasofaringe y amgdalas. Las amgdalas pueden
albergar estreptococos y enterococos. En la garganta adulta normal
podemos encontrar especies de Neisseria (incluyendo N.
meningitidis) y Streptococcus pneumoniae sin necesidad de
correlacionar su presencia con enfermedad alguna.
Las enfermedades infecciosas de la garganta pueden estar causadas
por muchos microorganismos. En algunos casos, estas infecciones
comienzan por virus para rapidamente ser suplantados por bacterias
y hongos. En muchos pases Streptococcus pyogenes es el agente
causal ms importante, y su deteccin debe seguirse con terapia
antimicrobiana para evitar sus posibles secuelas (fiebres reumticas
postestreptoccicas). Sin embargo, el hallazgo de Streptoccus
pneumonie (pneumococos) debe tomarse como parte de la flora
normal de los adultos. El papel de S. aureus es ms controvertido ya
que se encuentra en pequeo nmero en la garganta normal, aunque
su aislamiento repetido y en nmero elevado puede sugerir que se
trata del agente causal. Las infecciones por Candida suelen asociarse
a regmenes quimioterpicos, a pacientes inmunocomprometidos,
debilitados, o neonatos. Las faringitis virales suelen estar causadas
por adenovirus, coxsackievirus, herpesvirus, rhinovirus y virus
influenza o parainfluenza.
Nariz.

Es el sitio tpico de predominio de los estafilococos,

fundamentalmente S. aureus y S. epidermidis. Ocasionalmente
podemos encontrar tambin Streptococcus pyogenes y S. pneumoniae,
as como especies no patgenas de Neisseria, pero siempre tomando
todas ellas como flora no residente sino ocasional o contaminante.
Estos aspectos de residencia o no son particularmente importantes y
difciles de apreciar en la flora de la nariz. Igualmente, la presencia
de especies tipicamente fecales en nios no es infrecuente y debe
tomarse como de contaminacin.

En nios prematuros pueden aparecer infecciones por E. coli, P.

aeruginosa y C. albicans, generalmente como indicacin de una
infeccin ms generalizada. La ozena, una infeccin que puede
provocar la atrofia de la mucosa nasal, est causada por BGNs, como
varias especies de Klebsiella.
3. Tracto gastrointestinal.
reas generalmente estriles.
El esfago y el estmago estn contaminados con bacterias que
provienen de los alimentos, pero esa flora generalmente es eliminada
rapidamente (excepcin Helicobacter pylori que puede soportar el pH
del estmago). Igualmente, el intestino delgado, hgado y vescula
biliar estn estriles o llevan poblaciones microbianas ocasionales y
de forma transitoria. Igual sucede con el peritoneo. Cuando
encontramos microorganismos en esas reas suele deberse a efectos
secundarios de enfermedades subyacentes (p.ej. cncer) o por
ruptura del intestino.
La peritonitis puede estar causada por muchos microorganismos
diferentes, todos ellos de origen fecal, y a ella cooperan generalmente
bacterias aerobias y anaerobias, gram positivas y gram negativas. La
peritonitis puede dar lugar a la aparicin de abscesos
intraabdominales (plvicos, retroabdominales, etc.). Todos ellos
pueden mostrar una o varias especies de microorganismos,
predominando las especies de Bacteroides, S. auresus, P. aeruginosa y
E. coli.
reas generalmente no estriles.
La parte del tracto gastrointestinal que invariablemente lleva
microorganismos es el intestino grueso. La informacin existente
acerca de la flora fecal normal es sorprendentemente pequea, ya
que generalmente los microbilogos se han centrado en definir las
especies patgenas, desdeando casi sistematicamente otras especies
aparentemente no patgenas. Por ejemplo, la presencia de virus en la
flora normal de individuos sanos no se ha estudiado en detalle.
Aunque la variedad de bacterias es enorme, predominan las especies
anaerbicas. Igualmente, el rea geogrfica del paciente, sus hbitos
alimentarios y sanitarios, influyen decisivamente en el tipo de flora
microbiana que puede aislarse.
Los microorganismos tpicamente indgenas de esta parte del
organismo son:
S. epidermidis y S. aureus, lactobacilos (particularmente en nios),
Enterobacteriaceae, especies de los gneros Flavobacterium,
Fusobacterium, Eubacterium, Propionibacterium, Bifidobacterium,

Bacteroides, etc. y P. aeruginosa. Igualmente encontramos como flora

normal gran variedad de protozoos como Enatmoeba histolitica,
Trichomonas hominis, etc., y de hongos filamentosos y levaduras.
Las diarreas intestinales son una de las mayores causas de
morbilidad en el mundo. Aunque muchas de ellas estn causadas por
bacterias y parsitos, en nios son particularmente una serie de
virus como los de tipo Norwalk, los adenovirus "entricos" y en
particular los rotavirus. Adicionalmente en nios pequeos (hasta 2
aos) son importantes los astrovirus y calicivirus.
Los agentes causales ms comunes de las gastroenteritis son las
salmonellas, shigellas, campilobacter y Helicobacter pylori.
Adicionalmente, son importantes las especies de Vibrio (p.ej. Vibrio
choleare), algunas cepas de E. coli que expresan ciertas toxinas
(enterotoxignicas) o con determinadas caractersticas
(enteroadherentes, enteroagregativas, etc.).
Tambin hay que tener en cuenta la posible infeccin ligada al
consumo de alimentos, entre las cuales debemos citar las debidas a
Bacillus cereus, Clostridium difficile, Aeromonas hydrophila y
estafilococos, que causan vmitos y-o diarreas debidas a la
produccin de varias toxinas. Adicionalmente, sobretodo en nios,
debemos tener en cuenta las patologas debidas a protozoos y
helmintos, y Giardia.
4. Tracto genitourinario.
reas generalmente estriles.
Estas reas son por definicin todo lo que no son los genitales
externos, la uretra anterior y la vagina. Las enfermedades
infecciosas de los riones no estn totalmente entendidas, pero se
suponen dos vas de entrada de los microorganismos en los riones:
sangre y ascendentes (de las vas urinarias). Los ms frecuentes
agentes causales son BGNs del tipo Klbsiella-Enterobacter, P.
aeruginosa, E. coli y especies de Proteus. Adems de ellos, podremos
encontrar infecciones por muchos tipos diferentes de bacterias y
virus
reas no estriles.

Genitales externos.

La flora indgena est compuesta de S. epidermidis, varias

Enterobacteriaceae, streptococos, enterococos, corinebacterias,
Bacteroides, Prevotella, Fusobacterium, y C. albicans. Generalmente
los genitales externos estn sujetos a las mismas infecciones qe otras

reas de la piel. Particularmente, aqu podremos encontrar lesiones

de tipo venreo causadas por Treponema (sfilis), N. gonorrhoeae
(gonorrea), Haemophilus ducreyi (chancro), as como el
linfogranuloma venreo causado por Chlamydia trachomatis.

Uretra anterior.

Est colonizada por un nmero apreciable de microorganismos en

individuos sanos normales. Entre ellos, los ms frecuentes son:
estafilococos, enterococos, neiserias no patgenas, bacilos entricos
gramnegativos, clamideas, Acinetobacter baumanii, Gardnerella
vaginalis, C. albicans. En ocasiones puede aislarse Trichomonas
vaginalis sin desarrollar enfermedad.
Las uretritis pueden estar causadas por muchos tipos de
microorganismos, especficamente por en gonococo (N. gonorrhoeae)
o no especificamente por otros como estafilococos, clamideas, y
bacilos gram negativos de la flora fecal. En la mujeres, la
contaminacin de la parte anterior de la uretra por la flora vaginal
es casi universal.

Vagina.

La flora dominante son los lactobacilos (bacilos de Dderlein) tales

como Lactobacillus acidophilus y especies relacionadas. A pesar de
esta predominancia, de la vagina de mujeres normales sanas pueden
aislarse otros microorganismos como: S. aureus y S. epidermidis,
bsicamente los mencionados antes en la uretra anterior ms
Streptococcus agalactiae. Mucha de esa flora se supone que puede ser
de origen o contaminacin fecal.
Las enfermedades infecciosas ms importantes de la vagina son las
enfermedades de transmisin sexual (ETSs): clamidiasis, gonorrea,
sfilis (Treponema pallidum), herpes (virus herpes simplex y
papilomavirus), candidiasis, tricomoniasis, y las vaginosis causadas
directamente por una gran variedad de microorganismos o por
microorganismos que actan como colonizadores oportunistas en el
marco de otra infeccin o durante su tratamiento. Entre esos
causantes secundarios de las vaginitis, los ms frecuentes son
Gardnerella vaginalis y varias especies de Mobiluncus, pero podemos
encontrar todo tipo de microorganismos, en particular los tpicos

habitantes de la flora fecal y de la piel. Entre las mujeres con abortos

de repeticin se ha aislado Campylobacter fetus frecuentemente.
5. Piel, heridas, y quemaduras.
La piel supone la interfase entre el organismo y el medio ambiente,
por lo que su flora microbiana est muy influenciada por y refleja el
medio ambiente concreto en el que se mueve el individuo. A pesar de
esta gran variabilidad, existe una flora tpica de la piel, compuesta
de especies de Staphylococcus, Corynebacterium, Propionibacterium,
Mycobacterium, y varios hongos.
Las enfermedades infecciosas ms normales de la piel estn causadas
por estafilococos, como S. aureus en granos, y S. epidermidis y
Propionibacterium acnes en el acn.
Los microorganismos aislados de heridas reflejan la flora del sitio
donde se producen y la forma como se produce (p.ej. traumtica,
quirrgica, etc.), as como el grado de contaminacin del rea que se
perfor en el proceso.
Las heridas producidas por traumatismo generalmente se complican
con la flora aerbica indgena de la piel, en particular S. aureus y S.
epidermidis, Streptococcus de grupo A, P.aeruginosa, E. coli, Proteus,
y Acinetobacter. Entre la posible flora anaerobia asociada con
heridas traumticas estn varias especies de Clostridium, en
particular C. perfringens y C. tetani, que, en condiciones adecuadas
pueden producir gangrena gaseosa. La inmunidad frente al toxoide
tetnico delimita el riesgo.
Las infecciones postquirrgicas podemos dividirlas en dos tipos. Las
primeras se originan a partir de una intervencin limpia, es decir
realizada en las mejores condiciones de higiene posibles y sobre
superficies corporales no fuertemente contaminadas. De estas
heridas suelen aislarse estafilococos, enterococos o bacilos gram
negativos, y raramente otros como Streptococcus pyogenes,
corinebacterias, pneumococos, clostridios o Bacillus subtilis. El
segundo grupo de infecciones provienen de intervenciones sobre
reas fuertemente contaminadas del organismo. Este tipo de
infecciones, adems del procedimiento quirrgico, dependen en gran
parte del estado de salud inicial del paciente, y estn causadas por
los microorganismos ms abundantes del sitio concreto donde se
realiz la intervencin. Los microorganismos ms frecuentemente
asociados con estas infecciones son: E. coli, P. aeruginosa, KlebsiellaEnterobacter-Serratia, Acinetobacter, Bacteroides, etc.
Las contaminaciones bacterianas de heridas graves se consideran
unas afecciones muy comprometidas y su tratamiento puede
extenderse durante aos. Aunque la flora ms frecuentemente
asociada es muy variada e incluye especies de enterococos,

estafilococos y bacilos gram negativos, el ejemplo ms frecuente y

ms difcil de erradicar es Pseudomonas aeruginosa.
6. Ojos y odos.
La flora ms abundante refleja normalmente la de la piel. Los
microorganismos aislados ms frecuentemente del ojo son los
estafilococos, y menos frecuentemente algunos estreptococos,
neiserias y corinebacterias. De las enfermedades infecciosas de los
ojos suelen aislarese S. aureus, P. aeruginosa, y especies de
Haemophilus, particularmente H. influenzae y H. aegyptius.
Los microorganismos ms aislados del odo son quizs Streptococcus
pneumoniae y los bacilos gram negativos, incluida P. aeruginosa. El
odo medio e interno se consideran reas generalmente estriles,
aunque en ocasiones puede colonizarse a travs de la trompa de
Eustaquio con flora nasofarngea. Los microorganismos que afectan
a estas partes son generalmente Streptococcus pyogenes, S.
pneumoniae, S. aureus y P. aeruginosa.
7. Sangre, Sistema Nervioso Central y Exudados.
La sangre y el lquido cefalorraqudeo (LCR) deben considerarse
como lquidos estriles. Ocasionalmente pueden aislarse en
microorganismos en pequeo nmero de sangre, como reflejo de
lesiones de la piel u otros sitios que han pasado inadvertidas. Aunque
eso en teora puede complicar el diagnstico desde el punto de vista
microbiolgico, esas situaciones son claramente diferentes del
aislamiento en sagre de microorganismos que de forma transitoria o
permanente se aislan en el curso, o como consecuencia de,
infecciones primarias. Los cultivos positivos a partir de sangre
pueden deberse a muchos orgenes: heridas quirrgicas o
traumticas, quemaduras, meningitis, pneumonia, obstrucciones
biliares, intestinales, o urinarias, mucoviscidosis, etc. Los
tratamientos inmunosupresores, radiaciones, cncer, etc. pueden
asimismo acompaarse por cultivos positivos.
No puede indicarse una regla a seguir sobre qu microorganismos se
aislan ms frecuentemente, dada la variedad de orgenes de los
cultivos positivos, ni sobre la mayor o menor significacin de
encontrar uno u otro concreto. Ciertamente, en los ltimos aos, las
especies de Staphylococcus aparecen muy frecuentemente y
representan un procentaje importante de los aislamientos en sangre.
A continuacin podramos incluir los bacilos gram negativos,
comenzando por E. coli y siguiendo por sus parientes KlebsiellaEnterobacter, y tal vez a continuacin Enterococcus, y Candida.
Desde el punto de vista de los virus, encontramos el VIH y los virus
B y C de la hepatitis y los citomegalovirus. Muchos de esos virus
persisten en las clulas pero tambin en circulacin, por lo que es
importante el riesgo de transmisin.

Los cultivos positivos a partir de LCR tambin pueden reflejar una

gran variedad de condiciones. Adems de la meningitis, los traumas,
complicaciones infecciosas de la ciruga, abscesos craneales y
espinales, etc. pueden ser el origen de cultivos positivos.
Las causas de meningitis pueden ser muy variadas, y no slo
bacterianas, y dependen mucho del tipo de paciente que se considere.
Entre las bacterias, existen infecciones sistmicas que pueden afectar
a las meninges, incluyendo las salmonelosis, neumonas por
pneumococos y por Haemophilus influenzae, tuberculosis,
septicemias de recin nacidos por Acinetobacter, candidiasis
generalizadas, y sepsis por practicamente cualquier bacilo gram
negativo, particularmente E. coli y P. aeruginosa. La meningitis
neonatal est mas frecuentemente causada por Streptococcus
agalactiae (estreptococos del grupo B), y en nios ms mayores
podemos aislar Haemophilus influenzae serotipo B, Escherichia coli
K1 y Neisseria meningitidis, mientras que en adultos predomina
Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, y el neumococo.
Las meningitis pueden ser causadas tambin por varios tipos de
virus. Algunos de ellos se recogen de meningitis "aspticas" como
enterovirus (coxsackievirus y ecovirus) y el virus de las paperas.
Otros estn asociados a las verdaderas encefalitis, como el virus de la
rabia, aunque se aislan menos frecuentemente.
Finalmente, como aislamientos que podemos encontrar estn los
hongos (Cryptococcus neoformans) y los parsitos como Toxoplasma
gondii.