Fiche Cours Medisup

Paris 13
UE1 : BIOCHIMIE
FICHE DE COURS N4 :
STRUCTURE ET PROPRIETES DES PROTEINES
(Thmatique aborde en sance 2)
Notion tombe 1 fois au concours

Notion tombe 2 fois au concours
Notion tombe 3 fois ou plus au concours
Nouveaut au programme cette anne
I- STRUCTURE PRIMAIRE DES PROTEINES

LA LIAISON PEPTIDIQUE
Liaison peptidique :
liaison covalente (amide, de type CONH) qui est constitue lintrieur des cellules lors de la traduction
(lecture de lARN messager par tout le systme complexe de la synthse des protines).
Elle stablit entre la fonction carboxylique dun AA et la fonction amine dun autre AA.
DEFINITIONS
Peptides : polymres dacides amins lis entre eux par une liaison peptidique.
Oligopeptides : de 10 AAs => dipeptides (2 AAs), tripeptides (3 AAs) dcapeptides (10 AAs).
Polypeptides : > 10 jusqu plusieurs dizaines de milliers dAAs , taille moyenne 1100 Da (taille moyenne
dun AA 110 Da)
Protines : polypeptides de taille > 10 kDa.
Structure primaire dune protine = nombre dAAs et ordre (squence) dans lequel ils sont associs les uns aux
autres.
La liaison peptidique est plane :

Les lectrons des orbitales sont dlocaliss entre les cortges lectroniques des atomes N, C et O (hybrids
sp2).
Elle est stabilise par rsonnance = dlocalisation des lectrons entre 2 formes msomres (neutre et charge)
PROPRIETES
Les atomes Cn, CONH et Cn+1 sont figs, immobiliss, dans le mme plan :
Ceci est d la dlocalisation dlectrons entre ces atomes
Dans la nature, les conditions qui permettraient une rotation de la liaison peptidique ne se produisent quasiment
jamais .
les atomes N, C, O ne pouvant bouger quen bloc, les probabilits de formation de structures diffrentes, de
conformations quune protine peut adopter dans lespace, sont restreintes.
Toutes les liaisons peptidiques mettant en jeu les mmes atomes, elles reprsentent des modules de longueurs
(distances inter- atomiques) exactement identiques.
La distance entre deux carbones dAAs qui se suivent est toujours de 3,6 angstrms.
La longueur dune chane peptidique est donc : nombre dAAs x 3,6
La structure des protines est modulaire parce quelles sont constitues de diffrentes chaines latrales dAAs
mais elle ne peut pas tre ralise de nimporte quelle faon car les liaisons peptidiques ont toutes de la mme
longueur.
la constance des dimensions de la liaison peptidique dtermine la structure spatiale des protines.
Les groupements autour des atomes C et N de la liaison sont en configuration
trans :
Dans cette configuration spatiale, lencombrement strique est moindre car
les forces de rpulsion entre les groupements sont moindres (moins
dinteractions striques entre les chanes latrales R de carbones adjacents).
NOMENCLATURE
1er AA = NH2 du C toujours libre et protonne (NH3+) = extrmit amino-terminale (N-terminale).

Dernier AA = COOH libre (COO-) = extrmit carboxy-terminale (C-terminale).
sens dcriture des protines = de lextrmit N-terminale vers lextrmit C-terminale (= sens de synthse dans
la cellule).
Convention dcriture des protines :
en crivant les AAs en entier, avec le code 1 lettre ou 3 lettres.
en crivant les acides amins avec le suffixe yl et le dernier AA sans suffixe (ex : Tyrosyl Alanyl- Srine)
FC : Structure et proprits des protines
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ETAPES DU SEQUENCAGE
Le squenage dune chane polypeptidique, cest dterminer sa structure primaire.
Une protine est forme dune ou plusieurs chaines polypeptidiques unies par des liaisons non peptidiques
(ex : insuline).
DEFINITION
Structure primaire = nombre dacides amins + ordre = squence des acides amins.
Le squenage permet en outre dtudier :
le lien entre la structure primaire dune protine et sa structure tridimensionnelle, sa fonction, ses proprits
biologiques
le lien entre la mutation dun AA et une pathologie
Si la protine comprend plus dune chane peptidique (ex : insuline, hmoglobine), il faut les sparer :
Si elles ntaient pas spares, des signaux doubles seraient obtenus et il ne serait alors pas possible de savoir
quelle chane appartient lAA identifi.
Pour supprimer les liaisons non-covalentes entre les chanes, il suffit de modifier la force ionique du milieu
Pour supprimer les ponts disulfures (liaisons covalentes) :
SEPARATION ET
PURIFICATION DES
CHAINES
POLYPEPTIDIQUES
ils doivent tre rduits (-mercaptothanol, dithiothritol )

les thiols rduits (SH) sont trs ractifs (ils peuvent se rassocier par oxydation) et doivent tre protgs
(stabiliss) par alkylation
Lalkylation est ralise par liodoactamide = molcule trs ractive comportant un atome diode.
Les chanes spares et stabilises peuvent alors tre tudies :

diffrentes techniques : chromatographies liquide haute pression (HPLC) en phase inverse, de filtration sur gel
sparation des chanes en fonction bien souvent de leur taille
analyse des chanes de manire indpendante.
La raction qui permet de dterminer lextrmit

N-terminale est la dgradation dEdman
= raction de carbamylation.
Elle utilise le phnylthioisocyanate
, qui
possde un atome de carbone dplt en
lectrons (car il est situ entre un atome de
souffre et un atome dazote)
Ce ractif ne ragit quavec la fonction amine de lacide amin amino-terminal (pas avec celle prsente dans certaines
chanes latrales)
formation dune liaison covalente
DETERMINATION
DE LEXTREMITE
N-TERMINALE
Le compos forme un driv PTC (phnyl-thio-carbamyl) = intermdiaire ractionnel

Par un passage en milieu acide, le driv PTC devient compltement instable
il se dcroche et forme une
phnylthiohydantone, stable, dont la partie variable correspond la chane latrale de lAA N-terminal qui sest
dcroch.
La protine ayant t tronque de son AA amino-terminal, lAA qui tait initialement en 2me position devient lAA Nterminal.
Une nouvelle raction chimique de dgradation dEdman peut alors tre initie pour dcrocher et identifier le
2me AA.
La raction peut ainsi tre rpte de faon automatise (mthode par rcurrence)
A chaque tape, une phnythiohydantone est forme et identifie par HPLC.
Le rendement de chaque raction dEdman et la ralisation de chaque raction de manire automatise
ncessitant plusieurs tapes de prparartion de lchantillon, il nest pas possible de distinguer le signal obtenu en
HPLC du bruit de fond au-del de la 15me raction.
La dgradation dEdman ne peut donc tre rpte quun quinzaine de fois
permet de dterminer les 15
premiers AAs (suffisant pour avoir des infos. sur la protine).
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LA CHROMATOGRAPHIE LIQUIDE HAUTE PERFORMANCE (HPLC) EN PHASE INVERSEE (RP HPLC)

Elle permet de dterminer chaque phnylthiohydantone forme chaque cycle de dgradation dEdman.
Elle est trs utilise pour purifier une protine.
Cest une mthode sparative, analytique, des acides amins (PTC) ou des protines selon leur coefficient de partage : elle
permet de sparer les composs dun mlange pour pouvoir les identifier.
Elle est base sur laffinit des composs entre 2 phases :
phase stationnaire apolaire
rsine compose de petites billes de silice sur lesquelles sont greffs

des chanes hydrogno-carbones (CH2-CH2--CH3).
longueur des chanes apolaires : C8 et C18 (+ la chane est longue, +
la phase stationnaire est apolaire).
Principe
colonnes (prparatives) utilises : cylindriques, mtalliques,

capables de supporter des pressions trs importantes, de tailles
variables en fonction des composs sparer.
Les AAs (PTC) ou les chanes protiques, introduits haute pression
dans la colonne, ragissent avec la rsine
phase mobile polaire : mlange de solvants organiques polaire (mthanol + actonitrile)
quand un mlange dAAs est appliqu sur une colonne contenant la rsine, ceux-ci se lient aux billes par des interactions
hydrophobes (avec C8 ou C18)
Elution :
les acides amins (PTC) ou les chanes protiques sont lus de la colonne + ou - vite selon leur coefficient de partage
le suivi de llution de chaque compos du mlange initial est ralis par un suivi de la concentration de chaque fraction
qui sort de la colonne (rcupre dans des tubes en verre).
Les conditions opratoires peuvent tre modifies de faon obtenir une meilleure sparation des fractions.
Les phnylthiohydantones obtenus aprs chaque cycle

de dgradation dEdman sont dtects
Obtention de plusieurs pics (chaque pic = 1 AA ou un PTC)
Interprtation
des rsultats
aprs talonnage, tel temps de sortie = tel AA (ex : 7 min =

Met)
les pics fantmes correspondent la sortie de
phnylthiohydantones correspondant aux AAs prcdents.
IDENTIFICATION DE LA PROTEINE APRES SEQUENCAGE DE SES PREMIERS ACIDES AMINES

Aprs plusieurs cycles de dgradation dEdman ou spectromtrie de masse (technique de squenage plus sensible, permettant de traiter
plusieurs centaines de protines simultanment), la squence des premiers AAs de la protine peut tre entre dans diffrents logiciels.
Le logiciel BLAST (Basic Local Alignement Search Tool) du site NCBI (National Center for Biology Information) recherche rapidement la protine
la plus proche de la squence entre dans le logiciel (ex : 15 premiers PTC identifis) et donne la squence de cette protine in-extenso (ex :
isoforme 7 de la fibronectine).
Le logiciel STRING recherche dventuelles protines partenaires, dune base de donnes, de la protine squence et identifie avec laquelle
elles interagissent (ex : le TGF-beta, le collagne de type 2, le collagne de type 7 sont des partenaires de lisoforme 7 de la fibronectine).
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IDENTIFICATION DES EXTREMITES N ET C-TERMINALES PAR CLIVAGE ENZYMATIQUE
Mthode
Enzymes
utilises
Clivage enzymatique de lAA N ou C-terminal par une = exopeptidase (produits par les techniques de biotechnologie)
Ces enzymes agissent lors de la digestion sur des peptides provenant de laction de la trypsine et de la chymotrypsine.
LAA C-terminal peut tre cliv par une carboxypeptidase
LAA N-terminal peut tre cliv par une aminopeptidase
Carboxypeptidase A : plus spcifique des peptides ayant un AA aromatique

leur extrmit C-terminale (Phe, Tyr,
Trp).
Carboxypeptidase B : plus spcifique des peptides ayant un AA basique leur extrmit C-terminale (Arg, Lys).
Aminopeptidases : extrmement spcifiques (ex : lalanine aminopeptidase ne coupe que les liaisons peptidiques
impliquant une alanine).
FRAGMENTATION DE LA CHAINE PEPTIDIQUE

But : scinder la chane peptidique en une srie de petits peptides par hydrolyse enzymatique et/ou chimique.
Elles peuvent permettre de couper les chanes peptidiques en fragments de 15 AAs, pouvant alors tre tudis par la
dgradation dEdman.
Les protases sont les enzymes qui catalysent lhydrolyse des liaisons peptidiques (endopeptidases) :
AAs
ramifis
AAs
aromatiques
Clivage par les

protases
Proline : seul AA fonction amine secondaire (II), dont la chane latrale contient un htrocycle
(noyau pyrrolidine : 3C saturs dont le dernier est li lamine en position alpha).
=> forme une liaison peptidique particulire avec un AA, non-reconnue par la trypsine, la chymotrypsine
ou llastase
=> ces enzymes nagissent pas si Pro est en C-term de lAA quelles reconnaissent.
Ces enzymes peut tre utilise en combinaison afin dobtenir des produits diffrents, qui seront analyss de faon isole.
Clivage chimique
Utilisation du bromure de cyanogne (BrCN), qui coupe du ct carboxylique dune Met
ETUDE DE LA COMPOSITION DES FRAGMENTS PEPTIDIQUES

Les fragments rsultant de ltape prcdente sont spars par RP-HPLC.
Pour chaque peptide, la squence en AAs est dtermine (dgradation dEdman, spectromtrie de masse).
Des logiciels permettent de reconnatre des rgions des fragments de coupure qui sont identiques entre elles pour reconstituer au final la
squence du peptide ou la protine.
La carte peptidique peut tre ainsi reconstitue partir de la squence de chaque fragment obtenu aux tapes prcdentes.
MODIFICATIONS DES EXTREMITES DES PROTEINES

But
La protine tudie peut tre courte dure de vie ou plus gnralement peut tre la cible denzymes (ex : exopeptidases)
qui circulent dans lorganisme (agissent contre les infections bactriennes et virales).
Il est alors possible de stabiliser la protine en protgeant ses extrmits N et C-terminales.
Si Glu est en N-term : formation dune liaison amide entre la fonction COOH de R et lamine terminale
formation de lac. pyroglutamique => protge des amino-peptidases.
Ractions
Si Gly (ou nimporte quel AA) est en Cter : amidification de la fonction carboxylique terminale par de lammoniac
Glycinamide => protge des carboxy-peptidases.
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II- CONFORMATION TRIDIMENSIONNELLE STRUCTURE DES PROTEINES

RELATION STRUCTURE PRIMAIRE / CONFORMATION TRIDIMENSIONNELLE
La structure primaire (enchanement en AAs) de la protine sorganise en plusieurs degrs dorganisation :
structure secondaire
structure tertiaire : assemblage de structures secondaires.
structure quaternaire : pour les protines composes de diffrentes sous units (structure frquente, en particulier pour les enzymes du
mtabolisme)
STRUCTURE SECONDAIRE
FORMATION DE LA STRUCTURE SECONDAIRE (II)
Liaisons
hydrognes
Par leur nombre, elles stabilisent les structures secondaires .

Elles stablissent entre les groupements NH et CO des liaisons peptidiques (NH dun rsidu et le CO dun autre rsidu).
La liaison peptidique est plane et rigide (rotation entre les atomes C et N impossible).
Les seules liaisons dont lorientation reste libre sont celles qui entourent les carbones asymtriques.
Nombre de
structures
secondaires
Lorientation des liaisons peptidiques est mesure par 2 angles didres :

phi () : angle entre N-H (AA1) et C
psi () : angle entre C et C=O (AA2)
Certaines valeurs de ces angles dfinissent des tats possibles et impossibles encombrement strique) : ils autorisent la
formation dhlices, dautres valeurs autorisent la formation de feuillets
Les valeurs possibles des angles didres sont rares et sont tablies par le diagramme de Ramachandran.
La formation de diffrentes structures secondaires dpend de ces 2 angles pour les AAs : le nombre de structures
secondaires est donc restreint.
TYPES DE STRUCTURES ORDONNEES

Hlices
Droite
Structure II frquente = enroulement en spirale de la chane protique formant un ensemble dot dune activit
biologique.
3,6 rsidus dAA/tour - Pas = + petite distance entre 2 points quivalents = 5,4
=> 1,5 / AA
=> longueur dune hlice alpha droite = nombre dAAs x 1,5
(chaque rsidu allonge lhlice de 1,5)
Liaisons H intra-catnaires entre le COOH et le NH2 des AAs n et n+4.
Liaisons nombreuses et rgulires = stabilisation de lhlice.
Chanes latrales des AAs lextrieur et perpendiculaires au grand axe de lhlice: font protrusion lextrieur de
lhlice => interactions avec lenvironnement en crant des rgions hydrophiles ou des rgions hydrophobes.
Elle se comporte comme un diple : les mini-diples des liaisons peptidiques sont orients dans le mme sens, vers
lextrmit N-terminale
lhlice est donc un macro-diple : - en C-term et + en N-term
3,3 rsidus/tour
Gauche
= hlice de collagne
Pas 9,6
> plus tire que droite.
Pas de liaisons H intra-catnaires car C=O et N-H trop loigns => Instable seule.
une hlice gauche nest pas symtrique dune hlice droite.
Stabilise par :
Association par 3 => Triple hlice de collagne (protine trs solide).
Modifications post-traductionnelles dAAs :
o Ralises par des lysyl- et prolyl-hydroxylases, actives par la vitamine C
o Formation dHydroxyLys et dHydroxyPro
o Formation de liaisons H inter-chanes entre les OH ajouts aux Lys et Pro
o Ces modifications permettent galement une protection contre les protases
Si dficit en vitamine C (Ex : scorbut)
collagne instable.
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Structures beta
Parallles
Association de chanes peptidiques colinaires = associs de faon latrale.

Les 2 chanes sont diriges dans le mme sens.
Les plans des liaisons peptidiques sont arrangs comme une feuille de papier plie, les C
tant situs au niveau de chaque pliure.
Stabilises par des liaisons hydrogne inter-chanes entre les segments colinaires.
50 % de liaisons hydrogne en moins par rapport aux feuillets anti-parallles.
Ex : fibrone de la soie
forme dun empilement de feuillets
plisss, riches en petits AAs (Gly, Ala,
Ser) : chanes latrales compactes.
Ces AAs permettent un plaquage
optimal des feuillets lun contre lautre,
et une plus grande stabilit des feuillets
par la formation de liaisons hydrogne.
Feuillets plisss
- structures
solides
Les chanes latrales sont orientes vers

le haut et vers le bas.
- 0,7 nm entre
les C
Chanes diriges en sens opposs (spares par une boucle).

Plus stables que les feuillets parallles
:
50 % de liaisons H en plus pour une mme longueur
Liaisons hydrognes mieux alignes (presques linaires)
Antiparallles
Un grand feuillet antiparallle peut se replier sur toute sa

longueur pour former un tonneau beta
Protine de liaison au rtinol
Formation dun cylindre ferm

Ex : protine de liaison au rtinol
La 1re chane est lie la dernire par des liaisons
hydrognes
Lintrieur est tapiss de chanes latrales
hydrophobes (fixation du rtinol, non polaire)
Structures II
en surface des
protines
et permettant
les interactions
Coudes
Ou virages
(-turn)
Boucles
Form de 4 AAs
(parfois 3) = lment le plus simple des structures
secondaires.
Sa gomtrie trs resserre permet un virage 180.
Induit un changement de direction de la chaine peptidique, ce
qui permet la formation de feuillets antiparallles.
Stabilis par une liaison H entre les AAs n (NH) et n+3 (CO) .
Form surtout par Gly (par sa petite taille).
Toujours la surface des protines.
Elles nont pas de structure rgulire priodique MAIS elles sont rigides et bien dfinies .
Elles se situent toujours la surface des protines => permettent les interactions entre les
protines et dautres molcules (protines, ligands ou substrats), ce qui dfinit la fonction
biologique des protines.
Il est form dun petit tonneau verrouill par une hlice .

Il est impliqu dans les interactions avec linositol phosphate (phosphatidyl inositol, PI).
Domaine
dhomologie de
la pleckstrine
(PH)
Le site de liaison des PI est le sillon cr par les 7 feuillets .

Permet aux protines qui en possdent un de sancrer la face interne de la membrane cellulaire (adressage
membranaire).
Ex :
La protine LNK possde un domaine PH qui lui permet de se lier linositol-phosphate (PI).
La mutation de lAA 208 (acide glutamique), prsent dans un domaine PH, entraine la perte de ladressage
membranaire de la protine.
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STRUCTURE TERTIAIRE
FORMATION DE LA STRUCTURE TERTIAIRE (III)
La structure tertiaire est le la structure spatiale que prend une protine globulaire par repliement de la chane sur
elle-mme.
Dfinitions
Pour une protine donne, une seule structure tertiaire (conformation native
Forces dinteraction
et stabilit
conformationnelle
des protines
La stabilit de la structure tertiaire est due des interactions entre les chanes latrales des acides amins
Liaisons varies entre les rsidus (AAs) distants les uns des autres dans la squence mais proches dans lespace
La plupart sont des liaisons de faible nergie.
Leur grand nombre permet la cohsion de la structure tertiaire.
Ponts disulfures
= interactions
covalentes
Classement des
liaisons par
intensits
dcroissantes
) permet la fonction biologique.
les plus rares

excessivement stables
stablissent entre 2 rsidus de cystine.
Go = -350 KJ/mol
Liaisons hydrophobes
Interactions
non-covalentes
Liaisons lectrostatiques
Liaisons hydrognes
Liaisons diple-diple
Go = - 10 KJ/mol
Les + stables des liaisons non-covalentes
Go = - 4 KJ/mol
Ex : entre le Glu 259 et les Arg 261 et 262 de la protine
LNK
Go = - 3 KJ/mol
Go = - 1 KJ/mol
RELATION STRUCTURE PRIMAIRE / STRUCTURE TRIMENSIONNELLE

Approche probabiliste : tudier la probabilit de formation dune structure II en fonction de la squence de la protine
Des algorithmes de prdiction (Garnier, Osguthorpe et Robson, 1978) MAIS utiliser plusieurs logiciels pour tre + sur.
Vrifier la prsence de Pro (forme un coude) : dstabilise les hlices et les feuillets .
Techniques
dtude
Etude de la structure tridimensionnelle par cristallographie et diffraction aux rayons X.

Donne la structure exacte de la protine, correspondant valablement son repliement dans la cellule.
RMN bidimensionnelle
Permet de mettre en vidence des parties constantes (structures secondaires ordonnes) et des parties variables
( random coil , trs peu organises) dune protine.
certaines parties de la protine sont flexibles .
Hypothse : la structure primaire des protines, qui drive directement de la structure gnique, contient-elle suffisamment
dinformations pour que la protine se replie sur elle-mme et adopte une structure spatiale native et une activit
biologique ?
Lien entre les

structures
primaire et
tertiaire
Exprience dAnfinsen
la structure primaire dune protine contient suffisamment dinformation pour permettre une
rorganisation fonctionnelle.
Dnaturation de la ribonuclase par le -mercaptothanol et l'ure (rupture des ponts disulfures et des liaisons
faibles) : perte de la conformation native et de lactivit enzymatique.
Elimination de ces agents dnaturant par dialyse => la protine retrouve spontanment sa conformation native (roxydation des thiols par contact avec lair) et son activit enzymatique.
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ADAPTATION DES PROTEINES A LEUR ENVIRONNEMENT

Les protines solubles
Dfinition
Elles sont nombreuses.

Elles comprennent les protines vhicules par le torrent circulatoire, dans le srum (ex : albumine, pralbumine) et les protines retrouves dans le cytosol.
Il existe des facteurs intrinsques et des facteurs environnementaux.
Leur structure va leur permettre de se replier en une sorte de structure globulaire (rayon de la sphre
= rayon de Stokes).
Structure des protines solubles
Lintrieur de ces protines contient une zone hydrophobe, dans laquelle sont situs les AAs plutt
hydrophobes (chanes apolaires).
Lextrieur de ces protines est constitu des AAs plutt hydrophiles (chanes polaires), pouvant
interagir avec les molcules deau par des liaisons hydrognes.
Exemple de la myoglobine
Elle est prsente dans les muscles.

Son rle est de transporter loxygne lintrieur des muscles pour permettre lexercice musculaire.
Cest une petite protine trs compacte constitue 70% dhlices alpha.
Ses AAs hydrophobes sont plutt lintrieur ( corps hydrophobe ) de la protine et ses AAs
hydrophiles plutt lextrieur de la molcule.
Des protines hydrosolubles sont situes la face interne des membranes cellulaires.
Adressage membranaire
Les ancrages membranaires peuvent se faire par un ancrage de la protine par une chane dacide gras :
liaison amide entre lextrmit aminoterminale dune protine et lacide myristique
liaisons thio-ester entre le carbonyle de la protine et lacide palmitique
Lancrage membranaire dune protine hydrosoluble peut aussi tre ralis par une liaison thio-ther
dun radical Cys avec un groupe farnsyl (prnyl).
Les protines membranaires
Dfinition
Elles sont complexes.

Elles sont adaptes un environnement multiphasique.
Certaines sont totalement incluses dans la membrane, dautres la traversent.
Un domaine hydrophile leurs extrmits.
Une rgion plutt hydrophobe qui leur permet de traverser la membrane, en interagissant avec les
chanes latrales des lipides de la membrane.
une juxtaposition de domaines ayant une affinit diffrente pour leau et les lipides.
Des logiciels qui permettent de dterminer les possibilits de la prsence de domaines hydrophobes
(transmembranaires) dans les protines.
Hlices :
Structure des protines

membranaires
cas des glycophorines : une hlice membranaire constitue majoritairement dAAs dont R
porte des groupements hydrophobes
cas des rcepteurs coupls aux protines G tels que la bactriorhodopsine (RCPG)
o 7 hlices membranaires qui interagissent entre elles et avec les phospholipides
membranaires).
o cibles de la moiti des mdicaments.
Tonneaux bt :
constitus par le repliement de feuillets bta (nombre variable)
forms par lassociation de feuillets par des liaisons hydrognes
Ex : porines
o les R hydrophiles des AAs chargs ou polaires sont situes lintrieur pour dlimiter
un canal rempli deau, laissant passer les molcules deau de faon trs restreinte
o les R hydrophobes des AAs sont situes vers lextrieur = membrane.
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DIFFERENTES STRUCTURES TERTIAIRES

Structure super-enroule (coiled-coil )
Correspond des hlices alpha composes dune squence de 7 AAs.
Structure
Les AAs en position 1 et 4 (a et d) sont hydrophobes.

Les hlices alpha droites tant constitues de 3,6 AAs par tour, il y a un dcalage de la position de ces 7 AAs
chaque tour dhlice
Formation de bandes
hydrophobes
Les AAs hydrophobes forment ainsi une bande hydrophobe tout au long de lhlice.
Des interactions hydrophobes peuvent alors se mettre en place entre les bandes hydrophobes de
diffrentes protines qui senroulent lune autour de lautre
Formation dun super-enroulement qui stabilise la structure tridimensionnelle des protines.
Domaines structuraux
Ce sont de petites units fonctionnelles retrouves dans la chane peptidique des protines de grande taille.
Ils peuvent avoir des fonctions spcifiques.
Dfinition
Ils rsultent vraisemblablement de gnes distincts ayant volus en parallle et fusionns au cours de lvolution, permettant ainsi
une protine davoir une activit supplmentaire (complexification) : un gne ancestral sest complexifi lors de lvolution des
levures vers le ver puis lhomme.
Ex : domaine SH3, jelly-roll (gteau roul).
Les domaines peuvent tre constitus de motifs structuraux trs basiques ( super structures II).
4 feuillets antiparallles
relis par des boucles
3
Motif rpandu.
Aucune fonction particulire.
Cl Grecque
Plusieurs peuvent sassocier pour former des structures complexes les boucles
permettant les interactions essentielles lactivit biologique de la protine.
Faisceaux
dhlices
Motifs
structuraux
Cylindre alphabta
(motif mixte)
Hlice Boucle
Hlice (HLH)
Hlices connectes de
faon antiparallle par de
courtes boucles
Le plus simple : 4 hlices (ex : cytochrome C)
Tonneau entour dun

faisceau dhlices
Il est possible de supposer que les protines possdant ce motif ont une activit
triose phosphate isomrase, enzyme qui possde ce type de structure.
Les boucles constituent le site actif de la protine.
1 grande et 1 petite hlices

connectes par une boucle
Interactions hydrophiles ou hydrophobes entre les hlices pour constituer un

ensemble biologique cohrent.
Se retrouve dans des facteurs de transcription dimriques (Ex : c-Myc, associ

la croissance cecllulaire).
Petite hlice sert la dimrisation.
Grande hlice sert lactivit de la protine : comporte le site de liaison
lADN (AAs basiques)
Dans des protines dont les activits biologiques sont identiques ou proches.
Modules
Ex : module du complment (rle non spcifique), module de la fibronectine de type 1 ou de la fibronectine

de type 3, module des immunoglobulines, module des facteurs de croissance.
Il existe donc une relation troite entre la structure tridimensionnelle des protines et leur fonction.
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STRUCTURE QUATERNAIRE
DEFINITION
Une protine a une structure quaternaire (oligomrique) quand elle est compose de plusieurs sous-units (chanes).
De nombreuses protines, dont les enzymes du mtabolisme, sont actives sous forme de multimre.
Les monomres peuvent tre :
diffrents (ex : hmoglobine = htrottramre 22)
identiques (ex : insuline = homodimre).
Structure de lhmoglobine
STRUCTURE
Les sous-units sassocient par des liaisons hydrophobes

pour former une unit biologiquement fonctionnelle,
elles nont pas daction sparment : dissociation des sous-units => perte de lactivit de la protine.
Il existe une coopration des sous-units (allostrie) : les modifications structurales dune sous-unit vont retentir sur
la structure dans lespace et donc sur la fonction biologique des autres sous-units.
III- PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES DES PROTEINES

Elles dcoulent pour la plupart de la composition en acides amins des protines.
DENATURATION
La dnaturation est la perte de lactivit biologique
native
.
Elle naltre pas la structure primaire
DEFINITION
dune protine due une altration de sa conformation
: les liaisons peptidiques sont conserves.
Elle peut tre :

Rversible :
Les modifications structurales sont discrtes.
Lorsque lagent dnaturant est limin, la protine retrouve sa structure primaire, secondaire, tertiaire et
son activit biologique.
Irrversible :
La protine est incapable de reprendre sa conformation native.
Elle perd sa fonction biologique.
A lhpital : antisepsie et strilisation, en luttant contre les protines virales, bactriennes, et fongiques.
BUTS
Dans la recherche : antisepsie, strilisation, extraction de protines et maintien de leur activit biologique.
Dfinition
AGENTS
DENATURANTS
Les agents dnaturants sont trs varis : ce sont tous les facteurs capables dinduire la
dnaturation des protines.
Les agents dnaturants peuvent agir par des mcanismes physiques, chimiques ou mixtes.
Mcanismes
daction
Ils perturbent la formation de toutes les interactions importantes pour lorganisation spatiale
des protines (liaisons hydrognes, hydrophobes, covalentes, lectrostatiques).
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AGENTS PHYSIQUES
Elvation de la
temprature
Lapport dnergie au milieu augmente les mouvements browniens (vibrationnels) entre les atomes
Il y a alors rupture des liaisons hydrognes et hydrophobes.
Ex : cuisson des aliments, strilisation par chaleur humide lautoclave.
Radiations UV
UV trs nergtiques => photolyse des ponts disulfures .

Radiations ionisantes-rayons gamma encore + puissants => strilisation extrmement rapide.
Ex : strilisation rapide et pratique des plans de travail lhpital par des rampes UV.
Les pH trs acides (acidose si pH < 7,35) ou trs basiques (alcalose si pH > 7,45) provoquent la rupture des liaisons
lectrostatiques et hydrognes.
pH extrmes
Ex : prcipitation des protines du lait par ajout de citron ou par lacidification bactrienne (fabrication des yaourts).
AGENTS CHIMIQUES
Solvants organiques
De formule CCl4.
Ractifs rompant les

ponts disulfures
Petites molcules
polaires
(solution concentre)
Deffet rversible
(rducteurs)
Bta-mercaptothanol (BME)
Dithiothritol
Deffet irrversible
(oxydants)
Chlorates : sulfochlorates, hypochlorite de sodium (eau de javel)

Permanganate de potassium (KMnO4)
Ure, chlorure de guanidinium : molcules hydrophiles, trs solubles dans leau (ex : ure soluble 8 mole/L).
Chaotropiques : analogie de structure avec la liaison peptidique => suppriment toutes les liaisons hydrogne
intra- et inter-protiques par comptition, rversible par dialyse.
Molcules amphiphiles car constitues dune partie:
hydrophobe, trs stable : gnralement constitue d'une chane hydrocarbone de longueur variable
(CH2-CH2-CH2 ) se liant aux parties hydrophobes des polypeptides
hydrophile, plus variable : permet de classer les dtergents et interagit avec la phase aqueuse
Dissocient les structures III et IV + effet dissolvant (pas de prcipitation).
Proprits
Ex : pour une protine membranaire

Les molcules de dtergents, en excs, forment des micelles (leur partie hydrophobe est au centre
du micelle).
Elles simmiscent entre les protines et les phospholipides membranaires et les sparent :
Elles forment des micelles avec les phospholipides membranaires
Le centre des micelles, contenant les parties hydrophobes des dtergents et des
phospholipides, interagit avec les parties hydrophobes des protines
Dtergents
Triton X-100
non-ionique
Partie hydrophile
Partie hydrophobe
Proprits
9-10 rgions
ther-dthyl
noyau aromatique +
chane CH ramifie
prserve lactivit de la protine

particulirement peu dnaturant
trs puissant = assez dnaturant .

dans le dentifrice, les shampoings.
utilis pour les lectrophorses car il permet :
de transfrer des charges - aux protines
de les linariser (de les dplier)
Dodcyl-sulfate
de sodium
= SDS
anionique
Petite : sulfate (SO3-)

pouvant tre li un Na
chane hydrognocarbone (12 C)
Bromure de
ctrylmthylammonium
CTAB
cationique
ammonium quaternaire
(charge + sur le N)
longue chane
hydrogno-carbone
Les antiseptiques possdent ce type de structure.
Sulfobtane
zwiterrionique
ammonium quaternaire
(+) + sulfate (-)
longue chane CH
trs peu dnaturant .

nombreuses sulfobtanes, de pHi diffrents.
utilises dans lindustrie pharmaceutique
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SOLUBILITE
DEFINITION
La solubilit des protines dans leur solvant naturel, solution saline isotonique, dpend de leur structure III
Elle peut tre modifie par diffrents facteurs : TC, pH, constante dilectrique, force ionique.
Manipuler ces facteurs permet dextraire et de purifier une protine avec le meilleur rendement possible.
Les protines ont un optimum de fonctionnement 37C (= TC du corps humain).

une lvation modre (0 40C) augmente lgrement la solubilit, par augmentation des
mouvements browniens (interactions avec les molcules deau ).
Temprature
Elle diminue fortement aprs 40C

par dnaturation
= prcipitation par thermo-coagulation.
Seules certaines protines des fosses ocaniques peuvent rsister des TC extrmes.
Pour pH < pHi, toutes les protines sont charges +
Pour pH > pHi, toutes les protines sont charges
en-dehors du pHi, les protines ont la mme charge => meilleure solubilit grce aux forces de
rpulsion entre les protines.
Au pHi, les protines sont lectriquement neutres :
pH
suppression des forces de rpulsion entre les molcules

formation dagrgats insolubles = prcipitation
solubilit minimale
mais non nulle
une fraction des protines reste en solution
cristallisation plus rapide
Au pH extrmes, la solubilit diminue car dnaturation.
Elle dtermine linfluence du solvant sur les interactions lectrostatiques inter-protines.
Sans molcule deau, les protines charges + sassocient aux protines charges => agrgation
Si forte constante dilectrique
cas des molcules de solvant qui ont un moment dipolaire non ngligeable
(= polarises = diples) => cas des molcules deau
Les molcules deau sorganisent autour des zones charges des protines :
FACTEURS
INFLUENCANT
LA SOLUBILITE
les parties protoniques de leau ( +) se disposent du ct des COO- des protines

latome doxygne de leau (-) sorganisent prs des fonctions NH3+ des protines.
Formation dune coquille de solvatation, forme de plusieurs couches de molcules deau,
autour des zones charges des protines.
Constante
dilectrique
cela permet de tamponner (damoindrir) les interactions lectrostatiques entre groupements
chargs entre protines.
peu de tendance lagrgation => effet solubilisant
- Si faible (thanol ou actone) :
interactions lectrostatiques
(floculation des protines)
Force ionique
=> formation dagrgats insolubles
ces solvants organiques, miscibles leau, sont utiliss des basses TC (pas de dnaturation) pour
prcipiter les protines
Ex : prcipitation des hormones du cycle menstruel partir de liquide folliculaire, o elles sont peu
concentres.
Cest le reflet de la concentration et de la charge des ions dans le solvant.
Si faible (sels neutres NaCl ou (NH4)2SO4 0,1-0,2 M) :
effet solubilisant
utilis pour un meilleur rendement de lextraction de protines
Si leve :
insolubilisation (= relargage) car diminution de la disponibilit des molcules
dH2O qui concourent la stabilit des protines
lhydratation des protines est diminue => favorise les interactions hydrophobes et la
prcipitation.
Page 13
APPLICATION DE LAUGMENTATION DE LA FORCE IONIQUE AU FRACTIONNEMENT DES PROTEINES

Le fractionnement des protines par un relargage par les sels consiste purifier une ou plusieurs protines
dun mlange en utilisant des concentrations croissantes de sels dions divalents trs solubles dans leau.
Dfinition
Les protines ne prcipitent pas la mme force ionique.

Laugmentation progressive de la concentration dions divalents permet daugmenter
progressivement la force ionique pour prcipiter une une les protines du mlange.
Ex : utilisation dune solution sature de sulfate dammonium (4M, 0C) :

prcipitation des globulines (sulfate dammonium 2M)
lalbumine reste en solution => elle est purifie
Exemple :
Fractionnement des
protines du srum sanguin
Mthode de Cohn :
Permet de sparer les protines du srum sanguin en 5 fractions
Cette mthode consiste modifier la fois le pH, la constante dilectrique (thanol) et la force ionique
(sulfate d'ammonium)
Permet de sparer assez grossirement le fibrinogne des globulines et de lalbumine (fraction V).
POIDS ET MASSE MOLECULAIRE

POIDS MOLECULAIRE
Il correspond la masse molculaire relative.

Il na pas de dimension.
Ex : le poids molculaire de lalbumine est 67 000.
MASSE MOLECULAIRE
METHODES DETUDE
Elle sexprime en dalton .

Ex : la masse molculaire de lalbumine est 67 000 Daltons (67 kDa).
Filtration sur gel (chromatographie dexclusion).
Electrophorse sur gel en gradient de poly-acrylamide.
Page 14
IV- TECHNIQUES DETUDES DES PROTEINES

CHROMATOGRAPHIE DEXCLUSION (FILTRATION SUR GEL SEPHADEX)
BUT
Cest une technique de chromatographie donc de fractionnement de mlange de protines globulaires, en fonction de
leur affinit pour une phase stationnaire, une phase mobile.
Base sur la proportionnalit entre le poids molculaire et la taille de la protine assimile une sphre (rayon = rayon
de Stokes).
Structure de la phase
stationnaire
PREPARATION
Etalonnage
La phase stationnaire est une structure poreuse, contenant un gel compos de petites billes.
Chaque bille est constitue de chanes de polymres linaires de glucose, relies par
des ponts covalents => formation dun rseau tridimensionnel.
Le diamtre des pores est standardis => la porosit du gel est bien dfinie.
La porosit dpend du nombre de ponts (= degr de rticulation)
rticulation
=> porosit .
Les colonnes sont talonnes avec :
des solutions pures de protines de PM connus, le graphe Ve/Vo = f(LogMr) est ralis
(= droite)
du bleu de mthylne : grande taille donc exclu des billes => permet par sa couleur de
dterminer le volume mort Vo.
Aprs passage des phases mobiles dans la colonne, un suivi de la vitesse de sortie des protines du gel est ralis.
PRINCIPE
La vitesse de dplacement des protines au travers du gel de la colonne est fonction de leur poids molculaire.
Les protines :
de petite taille (<diamtre des pores du gel), vont pouvoir traverser les billes en suivant un chemin alatoire:
lues les dernires
Dont la taille est suprieure : traversent les billes avec plus de difficults
chemin + court
lues + rapidement
De grande taille (> diamtre des pores) : passent lextrieur des billes = exclues du gel : lues en 1er
Vi ou volume intrieur de la colonne

= volume de solvant imprgnant les billes
de gel
SEPARATION
Vo ou volume mort de la colonne = volume
de solvant prsent dans la colonne
lextrieur des billes de gel (V total de la
colonne = V0 + Vi).
Ve ou volume dlution dune molcule est le
volume de solvant (mL) faire circuler dans la
colonne pour rcuprer cette molcule en
sortie de colonne.
Une quation permet de calculer le Ve partir de Vi et Vo : Ve = Vo + KD x Vi
KD est la constante de diffusion de la protine, elle est fonction de la taille des molcules et varie entre 0 et 1.
0 : pour une trs grosse molcule (Ve = Vo)
Proche de 1 : pour les molcules les plus petites qui passent dans les billes (Ve = Vo + Vi) en suivant des chemins
alatoires
Ve se situe entre V0 et V0 + Vi
Aprs avoir dpos le mlange de protines en haut de la colonne, on obtient Ve puis le rapport Ve/Vo permet de
calculer Mr partir de la droite dtalonnage.
Page 15
TECHNIQUES UTILISANT LE CARACTERE AMPHOTERE DES PROTEINES

PROPRIETES ELECTRIQUES DES PROTEINES
Proprits
amphotres
Les proprits amphotres des acides amins se retrouvent chez les protines.
La charge globale dune protine varie avec le pH.
La proportion entre amino-acides diacides et dibasiques conditionne la charge de la molcule :
Charges des
protines
pH acide, les rsidus basiques sont protons, les protines sont charges positivement (cations).
pH alcalin, les rsidus acides sont dissocis, les protines sont charges ngativement (anions).
Au pH isolectrique, la protine nest pas charge.
APPLICATIONS
Prcipitation au
point isolectrique
Isolement dune protine.

Obtention dune protine ltat cristallis.
Elle diffre de celle utilise pour sparer les acides amins (de type sulfonique).
2 types utiliss, drivs de la cellulose, sur lesquels sont greffs des groupements chargs.
Phase
stationnaire
changeur danions :
de type dithylaminothyl cellulose (DEAE-cellulose)
charge positivement
fixe des protines charges ngativement.
changeur de cations :
de type carboxymthyl cellulose (CM-cellulose)
charge ngativement
fixe des protines charges positivement.
Phase
mobile
Chromatographie
dchange dions
Les protines sont initialement places dans une phase mobile dont le pH est choisi de manire ce
quelles possdent toutes la mme charge.
Ex : dans une solution dans laquelle elles sont toutes charges ngativement si un changeur DEAEcellulose est utilis.
Les protines saccrochent la phase stationnaire, de charge oppose.
Une variation du pH (et ventuellement de la force ionique) permet alors de dcrocher les protines
les unes aprs les autres lorsque leur pHi est atteint.
Un suivi de la densit optique 275 nm de la phase mobile qui sort de la colonne permet alors de
dtecter la sortie des protines de la colonne.
Sparation
Les 1ers pics de DO correspondent au fond de solvant (non-spcifiques, permettent de vrifier

linjection de solvant dans la colonne).
Les pics suivants correspondent la sortie des protines au moment o la phase mobile a
atteint son pHi.
lintensit du pic va tre proportionnelle la quantit de protine dans le milieu.
Si la mthode nest pas assez rsolutive pour sparer efficacement 2 protines, il est possible :
De raliser un gradient de pH plus progressif.
De modifier la force ionique ou la constante dilectrique du milieu.
Un systme automatique permet alors le retour du pH la valeur initiale et permet un rinage de la
colonne : elle est alors rutilisable pour une autre prparation.
Selon le type de colonne utilise, la finalit de la sparation est analytique (identification des protines
dun mlange) ou sparative (purification).
Page 16
ANNALES CLASSEES
[Notion non traite dans ce chapitre et corrige sur la base du cours de lanne prcdente]
Item modifi pour correspondre au programme du concours de cette anne
QUESTIONS A COMPLEMENTS SIMPLES

2015
QUESTION N 38
Lanalyse du peptide ALM47 par chromatographie dexclusion laide dune colonne de
Sphadex rvle un volume dlution de 30 mL. Sachant que les volumes mort (Vo) et
intrieur (Vi) de la colonne sont respectivement de 15 mL et 150 mL, quelle est la
constante de diffusion KALM47 de ce peptide ?
A.
B.
C.
D.
E.
0,60
0,40
0,20
0,10
0,05
2014
QUESTION N38
Pour dterminer sa masse molculaire, on a analys un peptide WQ24 par chromatographie dexclusion
laide dune colonne de Sphadex. Le volume dlution pour le peptide WQ24 tait de 60 ml. Sachant que
les volumes mort (Vo) et intrieur (Vi) de la colonne taient respectivement de 20 ml et
400 ml, quelle est la constante de diffusion (K DWQ24) de ce peptide?
A. 0.05
B. 0.10
C. 0.20
D. 0.40
E. 0.60
2013
QUESTION N37
Parmi les variations dnergie libre suivantes (G), quelle est celle de la liaison hydrogne ?
A. -1 kJ.mol-1
B. 2 kJ.mol-1
C. -3 kJ.mol-1
D. -4kJ.mol-1
E. Aucune des propositions prcdentes
Page 17
QUESTION N39
Pour dterminer sa masse molculaire, on a analys un peptide XU27 par chromatographie dexclusion
laide dune colonne de Sphadex. Le volume dlution (Ve) pour le peptide XU27 tait de 60 ml.
Sachant que les volumes mort (Vo) et intrieur (Vi) de la colonne taient respectivement de 20 ml et
200 ml, quelle est la constante de diffusion (K DXU27) de ce peptide ?
A. 0.10
B. 0.20
C. 0.40
D. 0.60
E. 0.05
2012
QUESTION N38
Concernant les liaisons hydrogne", toutes les proprits suivantes sont exactes, SAUF UNE,
laquelle ?
A.
B.
C.
D.
E.
Elles sont dtruites par les agents chaotropiques

Elles mettent en jeu des atomes porteurs de charges lectriques partielles
Ce sont des liaisons de faible intensit
Elles sont essentielles pour la structure secondaire des protines
Elles sont plus stables que les liaisons hydrophobes
QUESTION N39
Concernant les domaines structuraux des protines, parmi les schmas suivants, lequel correspond au motif
dit "en cl grecque" ?
QUESTION N41
Parmi les variations d'nergie libre suivantes (G), quelle est celle de la liaison lectrostatique ?
A. - 1 kJ.mol-1
B. - 4 kJ.mol-1
C. - 350 kJ.mol-1
D. - 3 kJ.mol-1
E. - 10 kJ.mol-1
Page 18
2009
QUESTION N68
Concernant les protines :
A)
B)
C)
D)
E)
les protines sont gnralement plus solubles en eau distille qu'en solution saline faible force ionique
la squence en acides amins d'une protine conditionne sa configuration spatiale
toute protine possde une structure primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire
la conformation tridimensionnelle des protines n'est maintenue que par des liaisons de faible nergie
la solubilit des protines s'lve en gnral quand la temprature dpasse 40C
2008
QUESTION N9
La solubilit des protines :
A)
B)
C)
D)
E)
Est toujours accrue par lvation de la temprature

Est maximale aux pH extrmes
Augmente dans le sens inverse de la constante dilectrique du solvant
Est toujours accrue lorsque la force ionique du milieu slve
Est minimale au pH isolectrique
2007
QUESTION N65
Toutes les propositions suivantes concernant la conformation tridimensionnelle des protines sont exactes, SAUF
UNE, indiquez laquelle :
A) la conformation dans laquelle une protine est stable et active est appele conformation native
B) les hlices alpha et les feuillets bta sont des structures secondaires ordonnes
C) les virages bta sont constitus de quatre rsidus
D) les boucles sont des structures flexibles et non dfinies
E) la stabilit de la structure tertiaire est assure par lintervention des chanes latrales des acides amins
QUESTION N66
On veut dterminer la masse molculaire, de la protine CGI-58 par chromatographie dexclusion. Le volume
dlution (Ve) pour la protine CGI-58 est gal 200 ml.
Sachant que les volumes mort (Vo) et la constante de diffusion (K CGI-58) de la protine CGI-58 sont
respectivement gaux 20 ml et 0.60, quel est le volume intrieur (Vi) de la colonne ?
A) 100 ml
B) 200 ml
C) 300 ml
D) 400 ml
E) 500 ml
QUESTION N67
Toutes les propositions suivantes concernant la structure des protines sont exactes, SAUF UNE, indiquez
laquelle :
A) des liaisons faibles stabilisent la structure quaternaire
B) le collagne est form par lassemblage de trois hlices alpha droites
C) les structures tertiaires peuvent tre stabilises par des liaisons covalentes
D) dans les hlices alpha, les chanes latrales R sont tournes vers lextrieur de lhlice
E) la prsence dune proline dans la squence primaire nest pas ncessaire pour la formation dun coude bta
Page 19
2006
QUESTION N8
Les propositions suivantes concernant les liaisons hydrogne sont exactes, SAUF UNE, indiquez laquelle :
A)
B)
C)
D)
E)
Ce sont des liaisons de faible intensit

Elles sont toutes essentielles pour la structure secondaire des protines
Elles mettent en jeu des atomes porteurs de charges lectriques partielles
Elles sont plus fortes que les liaisons hydrophobes
Elles sont dtruites par les agents chaotropiques
2005
Enonc concernant les questions 65 67 : un laboratoire a montr que lexon 16 de la protine 4.1 tait essentiel
pour la stabilit mcanique de la membrane rythrocytaire. La squence protique dun peptide recombinant cod
par cet exon et appel pE16 est : Lys-Lys-Lys-Arg-Glu-Arg-Leu-Asp-Gly-Glu-Asn-Ile-Tyr-Ile-Arg-His-Ser-AsnLeu-Met-Leu.
QUESTION N66
Lacide amin N-terminal du peptide pE16 est :
A) Neutre non polaire
B) Neutre polaire
C) Acide
D) Basique
E) Aromatique
QUESTION N67
Le bromure de cyanogne coupe le peptide pE16 du ct de la fonction :
A) Carboxyle des acides amins basiques
B) Carboxyle des acides amins aromatiques
C) Amine des acides amins basiques
D) Carboxyle de la mthionine
E) Amine de la mthionine
QUESTION N68
La masse molculaire du peptide pE16 est dtermine par chromatographie dexclusion laide dune colonne de
Sephadex R. Le volume dlution (Ve) pour le peptide pE16 est gal 80 mL. Sachant que les volumes mort (Vo)
et intrieur (Vi) de la colonne sont respectivement de 20 mL et 100 mL, quelle est la constante de diffusion
(KD) du peptide pE16 ?
A)
B)
C)
D)
E)
0,10
0,20
0,40
0,60
0,05
Page 20
2004
QUESTION N8
Lidentification de lacide amin C-terminal dun peptide est effectue par :
A) action de liodoactamide
B) raction dune carboxypeptidase
C) raction du dithiothritol
D) dgradation dEdman
E) raction du Triton X100

QUESTION N9
La chymotrypsine catalyse lhydrolyse :

A) des liaisons peptidiques impliquant les acides amins basiques
B) des liaisons peptidiques impliquant lacide amin N-terminal
C) des liaisons peptidiques impliquant des acides amins aromatiques
D) des ponts disulfures impliquant deux cystines
E) des liaisons peptidiques impliquant des acides amins ramifis
QUESTION N10
Toutes les propositions suivantes concernant la conformation tridimensionnelle des protines sont exactes, SAUF
UNE, indiquez laquelle :
A) la conformation pour laquelle une protine est stable et active est appele conformation native
B) les hlices alpha et les feuillets bta sont des structures secondaires ordonnes
C) les virages bta sont constitus de quatre rsidus
D) les boucles sont des structures flexibles et non dfinies
E) la stabilit de la structure tertiaire est assure par lintervention des chanes latrales des acides amins.
QUESTION N11
Pour dterminer la masse molculaire dune protine X par chromatographie dexclusion, on dispose dune colonne
de Sephadex R dont les caractristiques sont les suivantes : volume mort (Vo) = 10 mL, volume intrieur (Vi) = 100
mL. Quel sera le volume dlution (Ve) de la protine X dont la constante de diffusion (K DX) est gale 0,5.
A) 10 mL
B) 100 mL
C) 50 mL
D) 60 mL
E) 110 mL
Page 21
2003
Enonc concernant les questions 2 5 : Un laboratoire a tent didentifier un auto-antigne impliqu dans
larthrite rhumatode. Cet antigne est une protine connue sous le nom de p86. Ce nom lui a t donn suite la
dtermination de sa masse molculaire relative (Mr) dtermine par lectrophorse en gel de polyacrylamide. La
squence de lextrmit N-terminale de p86 a t lucide : Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-Lys-Glu-Asp-Val--Gly--ThrVal-Val-Gly-Ile. Cette squence N-terminale est identique celle dune protine connue sous le nom de BiP ou
GRP78. Cette similitude a ensuite t confirme en utilisant des anticorps anti-p86 et anti BiP.
QUESTION N2
La squence N-terminale de p86 a-t-elle t dtermine par :
A) action dune carboxypeptidase
B) action de lure
C) clivage de la trypsine
D) dgradation dEdman
E) Raction de liodoactamide
QUESTION N4
Lacide N-terminal de p68 est :
A) Neutre non polaire
B) Neutre polaire
C) Acide
D) Basique
E) Aromatique
QUESTION N5
Une possibilit pour confirmer lhypothse dune analogie entre p68 et BiP a t de rechercher si ces deux
protines possdaient une mme charge pH basique par :
A) Dnaturation par lure
B) Protolyse par la trypsine
C) Rduction des ponts disulfure

D) Raction dEdman
E) Electrophorse
QUESTION N6
Concernant les protines :
A) le rle de lenvironnement est diffrent pour les protines solubles et membranaires
B) Les structures en cylindre alpha-bta ne sont formes que de feuillets bta

C) Il ny a pas de lien entre la squence et la formation dhlice alpha
D) Liaisons hydrognes et lectrostatiques sont indpendantes du solvant
E) Les interactions hydrophobes ne se forment pas en milieu aqueux
Page 22
QUESTIONS A COMPLEMENTS MULTIPLES

2015
QUESTION N 56
Concernant la structure des protines, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s).
A. la longueur dune chane peptidique comportant 200 acides amins est de 720
B. le pas de lhlice alpha droite est de 5,40
C. dans une hlice alpha droite, les diples de chaque liaison peptidique sont orients
vers lextrmit C-terminale
D. dans une liaison peptidique, la rotation entre les atomes de carbone et dazote est
impossible
E. dans une hlice alpha gauche, chaque rsidu allonge lhlice de 2,91
QUESTION N 57
Concernant les mthodes dtude des protines, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s).
A. la raction dEdman est utilise pour squencer lextrmit C-terminale dune
protine
B. la chromatographie liquide haute pression en phase inverse utilise une phase
stationnaire apolaire
C. la fonction thiol des srines est trs ractive et doit tre protge par alkylation
D. la carboxypeptidase A est plus spcifique des peptides ayant un acide glutamique ou
un acide aspartique en position C-terminale
E. le dithiothritol est un agent dnaturant utilis pour rduire les ponts disulfures
QUESTION N 58
Concernant leffet des endopeptidases sur le peptide A, indiquer la (les) proposition(s)
exacte(s).
Squence du peptide A :
A.
B.
C.
D.
E.
Glu-Ala-Tyr-Phe-Leu-Lys-Pro-Gly-Ser-Trp
Trypsine
:
Glu-Ala-Tyr-Phe-Leu-Lys + Pro-Gly-Ser-Trp
Elastase
:
Glu-Ala + Tyr-Phe-Leu-Lys-Pro-Gly + Ser + Trp
Chymotrypsine :
Glu-Ala + Tyr + Phe-Leu-Lys-Pro-Gly-Ser-Trp
Thermolysine :
Glu-Ala-Tyr-Phe-Leu + Lys-Pro-Gly-Ser-Trp
aucune de ces propositions nest exacte
QUESTION N 59
Concernant la structure des protines, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s).
A. lisoleucine est souvent prsente au niveau des coudes beta
B. les coudes beta sont stabiliss par une liaison hydrogne tablie entre le proton de la
fonction amide du rsidu n et loxygne du carbonyle du rsidu n+3
C. les feuillets beta parallles sont plus stables que les feuillets beta anti-parallles
D. la triple hlice de collagne est stabilise par des liaisons hydrogne inter-catnaires
E. la structure tertiaire des protines enzymatiques est fixe et rigide
Page 23
QUESTION N 60
Concernant la solubilit des protines cytoplasmiques, indiquer la (les) proposition(s)
exacte(s).
A.
B.
C.
D.
E.
elle est toujours minimale au pH isolectrique

elle diminue toujours lorsque la force ionique du milieu augmente
elle augmente toujours lorsque la temprature augmente
elle varie toujours dans le mme sens que la constante dilectrique du solvant
aucune de ces propositions nest exacte
QUESTION N 61
Concernant les liaisons hydrognes , indiquer la (les) proposition(s) exacte(s).
A.
B.
C.
D.
E.
elles sont dtruites par les agents chaotropiques

elles mettent en jeu des atomes porteurs de charges lectriques partielles
elles sont plus stables si les atomes impliqus sont aligns
elles sont essentielles pour la structure primaire des protines
elles sont plus stables que les liaisons hydrophobes
QUESTION N 63
A propos de la dnaturation des protines, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s).
A.
B.
C.
D.
E.
les chlorates rompent les ponts disulfures de manire rversible

lure dtruit les liaisons lectrostatiques stabilisant les structures secondaires
la dnaturation altre la structure primaire des protines
les radiations ionisantes induisent une photolyse des ponts disulfures
le triton X-100 est un dtergent particulirement peu dnaturant
2014
QUESTION N51
Soit un peptide de squence :
Met-Gly-Trp-Lys-Gln-Val-Ala
Concernant lhydrolyse de ce peptide, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) :

A.
B.
C.
D.
E.
La chymotrypsine gnre : Met-Gly-Trp et Lys-Gln-Val-Ala

Llastase gnre : Met-Gly et Trp-Lys-Gln-Val-Ala
La thermolysine gnre : Met-Gly-Trp-Lys-Gln-Val et Ala
La trypsine gnre : Met-Gly-Trp et Lys-Gln-Val-Ala
La pepsine gnre : Met-Gly et Trp-Lys-Gln-Val-Ala
QUESTION N 52
Concernant la solubilit des protines, quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) ?
A.
B.
C.
D.
E.
Elle augmente toujours lorsque la force ionique du milieu diminue

Elle est toujours minimale au pH isolectrique de la protine
Elle augmente toujours lorsque la temprature augmente
Elle varie toujours dans le mme sens que la constante dilectrique du solvant
Elle dpend toujours de la structure tertiaire des protines en solution saline
Page 24
QUESTION N 54
A propos des protines, quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) ?
A. Elles ne sont stabilises que par des liaisons covalentes

B.
C.
D.
E.
Dans une hlice droite, la plus petite distance entre deux points quivalents est de 1,5
Dans une hlice gauche, la plus petite distance entre deux points quivalents est de 3,3
Dans un feuillet antiparallle, la distance entre deux carbones est de 7
Les coudes sont constitus de cinq acides amins et sont stabiliss par une liaison hydrogne
2013
QUESTION N59
A propos de la structure des protines, quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) ?
A.
B.
C.
D.
E.
Le motif en cl grecque est compos de cinq feuillets antiparallles

Les feuillets beta antiparallles sont plus stables que les feuillets parallles
Les coudes beta sont des structures fixes composes de cinq rsidus
La longueur dune hlice alpha droite compose de 50 rsidus mesurer 75
Une suite dacides amins dots de radicaux compacts tend former des feuillets beta
2012
QUESTION N68
Concernant la dnaturation des protines, quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) ?
A.
B.
C.
D.
E.
Elle est associe une altration de la structure primaire des protines

Elle est toujours irrversible
Elle correspond une altration de la structure native des protines
Elle induit une diminution de la viscosit des solutions protiques
Elle est associe une perte d'activit biologique
QUESTION N69
A propos de la solubilit des protines, quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) ?
A. La solubilit dpend de la structure tertiaire des protines en solution saline isotonique
B. Un solvant de faible constante dilectrique a un effet solubilisant sur les protines
C. La solubilit des protines augmente en gnral quand la temprature dpasse 45C
D. Les protines sont plus solubles en solution saline faible force ionique que dans l'eau
E. Les forces de rpulsions inter-molculaires sont maximales au point isolectrique
QUESTION N70
A propos des protines, quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) ?
A. Le domaine dhomologie de la pleckstrine permet la fixation des protines aux phosphoinositides

B. Dans un feuillet antiparallle, la distance entre deux carbones est de 7
C. Le domaine cylindre alpha-bta permet aux facteurs de transcription de se lier aux promoteurs
D. Les protines peuvent tre lies la membrane par des liaisons thio-ester avec lacide palmitique
E. La masse molculaire est une grandeur sans dimension
Page 25
20111
QUESTION N58
Soit un peptide de squence :
Ala-Glu-Thr-Val Phe-Lys-Pro-Ala.
Concernant l'hydrolyse de ce peptide, indiquez la (les) proposition(s) exactes(s)

1.
2.
3.
4.
La trypsine gnre : Ala-Glu-Thr-Val-Phe-Lys et Pro-Ala

Le bromure de cyanogne gnre : Ala-Glu-Thr et Val-Phe-Lys-Pro-Ala
La thermolysine gnre : Ala-Glu-Thr-Val et Phe-Lys-Pro-Ala
La pepsine gnre : Ala-Glu-Thr-Val et Phe-Lys-Pro-Ala
QUESTION N59
1.
2.
3.
4.
Elle est toujours accrue lorsque la force ionique du milieu sabaisse

Elle est toujours minimale au pH isolectrique de la protine
Elle est toujours accrue par une baisse de la temprature
Elle varie dans le mme sens que la constante dilectrique du solvant
QUESTION N60
Concernant les agents dnaturants, indiquez quelle(s) est (sont) la (les) propositions(s) exacte(s) :
1.
2.
3.
4.
L'ure est un agent dnaturant amphiphile d'effet irrversible

Le triton X100 est un dtergent anionique peu dnaturant
Le SDS et les sulfobtanes sont des agents trs peu dnaturants
Le bromure de ctrylmthylammonium (CTAB) est un dtergent cationique
2010
QUESTION N76
Concernant la liaison peptidique
1.
2.
3.
4.
Elle est forme par estrification

Elle est dtruite par l'action de la chaleur
Elle est rduite par le -mercaptothanol ou le dithiothritol
Les trois atomes (azote, oxygne et carbone) qui la constituent sont immobiliss dans un mme plan
QUESTION N77
Soit le peptide suivant Ala-Phe-Asn-Trp-Met-Arg :
1.
2.
3.
4.
Son hydrolyse par la trypsine gnre deux fragments

Son hydrolyse par la chymotrypsine gnre trois fragments
Son hydrolyse par le bromure de cyanogne gnre trois fragments
Cet hexapeptide absorbe dans l'UV
QUESTION N78
A propos de la structure tridimensionnelle des protines :
1. Les coudes sont des structures fixes composes de cinq rsidus
2. Les feuillets antiparallles sont plus stables que les feuillets parallles
3. Les virages permettent un changement de direction de la chane protique 90

4. Les boucles sont plutt localises la surface des protines
1
Avant lanne 2011/2012, le concours ne comportait pas de QCM mais des QCG
Page 26
QUESTION N79
Concernant la structure des protines :
1. Les structures secondaires dpendent de l'tablissement de liaisons hydrognes
2. Les ponts disulfures peuvent s'tablir entre des chanes diffrentes ou au sein d'une mme chane d'acides
amins
3. En milieu aqueux, les groupements hydrophobes des protines sont, pour la plupart, orients vers l'intrieur
de la molcule
4. Une protine multimrique est constitue de diffrentes sous-units toujours actives individuellement
QUESTION N80
Concernant les hlices :
1.
2.
3.
4.
Elles comportent en moyenne 5,4 rsidus par tour d'hlice

Elles sont le plus souvent riches en glycine
Les chanes latrales des acides amins sont toujours orientes vers l'intrieur de l'hlice
Elles s'enroulent le plus souvent droite
2009
QUESTION N87
A propos de la dnaturation des protines :
1. les chlorates rompent les ponts disulfures de manire rversible
2. l'ure dtruit les liaisons hydrognes stabilisant les structures secondaires
3. la dnaturation altre la structure primaire des protines
4. les rayons UV induisent la rupture des ponts disulfures

QUESTION N88
A propos de la solubilit des protines
1.
2.
3.
4.
la solubilit des protines, en solution saline isotonique, dpend de leur structure tertiaire
un solvant de forte constante dilectrique a un effet solubilisant sur les protines
l'effet des sels neutres sur la solubilit des protines dpend de la force ionique de la solution
au pHi, les forces de rpulsions intermolculaires sont maximales
2008
QUESTION N25
Soit un peptide Pro Arg Trp Met Cys Tyr, la coupure par :
1. le bromure de cyanogne gnre : Pro Arg Trp et Met Cys Tyr
2. la trypsine gnre :
Pro Arg
et Trp Met Cys Tyr
3. la thermolysine gnre :
Pro Arg Trp et Met Cys Tyr
4. la chymotrypsine gnre :
Pro Arg Trp et Met Cys Tyr
QUESTION N27
1. les feuillets antiparallles sont les plus stables que les feuillets parallles
2. les coudes sont des structures fixes composes de cinq rsidus
3. les boucles sont localises la surface des protines
4. le motif en cl grecque est compos de feuillets parallles.
Page 27
2007
QUESTION N86
1. slve en gnral quand la temprature dpasse 40C
2. est maximale au pH isolectrique
3. est accrue en solution ionique concentre
4. dpend de leur structure
2006
QUESTION N28
1. Les boucles sont localises la surface des protines.
2. Le motif en cl grecque est compos de feuillets Bta antiparallles
3. Les feuillets bta antiparallles sont plus stables que les feuillets Bta parallles
4. Les coudes bta sont des structures fixes composs de cinq rsidus.
QUESTION N29
1.
2.
3.
4.
Est toujours accrue lorsque la force ionique du milieu slve

Varie dans le mme sens que la constante dilectrique du solvant
Nest pas accrue par une lvation de la temprature
Est minimale au pH isolectrique
QUESTION N32
Soit un peptide Gly Arg Trp Met Cys Thr, la coupure par :
1.
2.
3.
4.
La trypsine gnre Gly - Arg et Trp Met Cys Thr

Le bromure de cyanogne gnre Gly Arg Trp et Met Cys Thr
La Chymotrypsine gnre Gly Arg - Trp et Met Cys Thr
La thermolysine gnre Gly Arg Trp et Met Cys Thr
2005
QUESTION N87
La dnaturation des protines :
1.
2.
3.
4.
correspond une altration de la structure native des protines

est associe une altration de la structure primaire des protines
est toujours associe une perte dactivit biologique
est toujours irrversible
QUESTION N90
Soit le peptide Leu Asp Lys Phe Val Pro Leu :
1.
2.
3.
4.
la
la
la
la
trypsine gnre : Leu Asp - Lys et Phe-Val Pro Leu

pepsine gnre : Leu Asp Lys - Phe et Val et Pro Leu
chymotrypsine gnre : Leu Asp Lys Phe et Val Pro Leu
thermolysine gnre : Leu et Asp Lys Phe et Val Pro et Leu
Page 28
2004
QUESTION N29
1.
2.
3.
4.
dpend de leur structure

slve en gnral quand la temprature dpasse 40C
est minimale au pH isolectrique
est accrue en solution ionique concentre
QUESTION N31
Une variation isole de pH affecte :
1.
2.
3.
4.
la solubilit des protines
la charge lectrique globale des acides amins

lactivit biologique des protines
la stabilit de la liaison peptidique
2003
QUESTION N23
La dtermination de la squence dune protine peut utiliser :
1.
2.
3.
4.
laction de la trypsine
la dgradation dEdman
laction du bromure de cyanogne

laction dune carboxypeptidase
QUESTION N24
On distingue plusieurs types de structures secondaires dans les protines, indiquez laquelle ou lesquelles ?
1.
2.
3.
4.
domaines structuraux
hlice
assemblage oligomrique
coude
Page 29
QUESTIONS DE TYPE ASSOCIATION

2014
Parmi les composs suivants :
A.
B.
C.
D.
E.
Sulfate dammonium
Bromure de cyanogne
Iodoactamide
Chlorure de guanidinium
Dithiothritol
QUESTION N 95
Lequel peut tre utilis comme agent chaotropique permettant dinduire une dnaturation des protines
rversible par dialyse ?
QUESTION N 97
Lequel peut tre utilis lors de la purification des protines pour protger les fonctions thiols aprs
rduction des ponts disulfure ?
***************************************************************************
Parmi les proprits structurales des dtergents suivantes :
A.
B.
C.
D.
E.
Ple hydrophile ne comportant pas de charge lectrique

Ple hydrophile comportant une structure zwitterionique
Ple hydrophile comportant une charge lectrique ngative
Ple hydrophile comportant une charge lectrique positive
Ple hydrophile comportant une dizaine de fonctions ther thylique
QUESTION N 98
Laquelle caractrise le CTAB ?

QUESTION N 99
Laquelle caractrise les sulfobtanes ?
2013
Parmi les composs suivants :
A.
B.
C.
D.
E.
Sulfate dammonium
Bromure de cyanogne
Iodoactamide
Permanganate de potassium
Phnyl-thio-isocyanate
QUESTION N101
Lequel est utilis comme agent dnaturant ?
QUESTION N102
Lequel est utilis pour squencer lextrmit N-terminale dune protine ?
Page 30
QUESTION N103
Lequel est utilis pour prcipiter des mlanges protiques ?

****************
Parmi les squences suivantes :

A. ---Gly-Cys-Val-Ile-Val-Met-Lys-Pro-Asn-Leu-Gly-Thr---
B. ---Ala-Met-Gly-Asp-Ile-Ala-Cys-Gly-Asn-Ala-Ser-Leu--C. ---Arg-Thr-Ser-Ser-Ser-Gln-Leu-Lys-Gly-His-Cys-Val--D. ---Lys-Ser-Ala-Arg-Pro-Tyr-Lys-Gly-Cys-Met-Ala-Val--E. ---Gly-Ser-Gly-Pro-Lys-Asn-Glu-Thr-Cys-Arg-Pro-Gly--QUESTION N104

Laquelle comporte un seul site de coupure par la trypsine ?
QUESTION N106
Laquelle peut tre clive par la pepsine ?
2011
A. Bromure de cyanogne
B. Carboxypeptidase B
C. Iodoactamide
D. Phnyl-Thio-Isocyanate
E. Chlorure de guanidinium
Parmi les ractifs prcdents utiliss pour l'tude des proprits des protines :
QUESTION N90
Lequel est utilis pour identifier l'acide amin N-terminal d'une protine ?
QUESTION N91
Lequel est utilis pour identifier l'acide amin C-terminal dune protine ?
QUESTION N92
Lequel est utilis afin de dnaturer une protine de manire rversible ?
Page 31
2010
Parmi la srie suivante de spcificits de coupure par des endopeptidases :
A.
B.
C.
D.
E.
Coupure du ct carboxy-terminal des acides amins basiques

Coupure du ct amino-terminal des acides amins basiques
Coupure du ct carboxy-terminal des acides amins aromatiques
Coupure du ct amino-terminal des acides amins aromatiques
Coupure du ct amino-terminal des acides amins ramifis
Laquelle correspond :
QUESTION N98
La spcificit de la pepsine ?
QUESTION N99
La spcificit de la thermolysine ?
2009
Parmi les ractifs suivants utiliss pour l'tude des proprits des protines :
A) phnyl-thio-isocyanate
B) bromure de cyanogne
C) carboxypeptidase A
D) iodoactamide
E) thermolysine
lequel est utilis pour :

QUESTION N101
protger par alkylation les fonctions thiols rduites ?
QUESTION N102
squencer l'extrmit N-terminale d'une protine ?
QUESTION N103
identifier l'acide amin C-terminal d'une protine ?
Page 32
QUESTIONS DE TYPE CAUSE A EFFET 2

2011
QUESTION N104
A propos d'une chane peptidique de synthse dont la structure est une unique hlice droite et dont la longueur
est de 150 :
La longueur de cette chane peptidique entirement tire est de 360 .
CAR
Le nombre d'acides amins composant cette chane peptidique est de 100.
2009
QUESTION N107
A propos de la chromatographie d'exclusion : l'ordre d'lution des protines d'une colonne remplie
d'un gel de Sephadex suit l'ordre des poids molculaires dcroissants
CAR
plus la rticulation d'un gel de Sephadex est importante, plus sa porosit augmente.
2008
QUESTION N50
Il existe dune faon gnrale une faible variabilit entre les squences des chanes polypeptidiques
CAR
Les polypeptides solubles ne sont forms que dune dizaine dacides amins.
QUESTION N51
On ne trouve dans la structure secondaire des protines solubles quun nombre limit de conformations stables
(alpha et bta)
CAR
La conformation tri-dimensionnelle des protines nest maintenue que par des liaisons hydrognes.
Ce type de questions nexiste plus au concours depuis lanne 2011/2012, les rponses sont indiques de la
manire suivante : 1 : seule la 1re proposition est vraie, 2 : seule la 2me proposition est vraie, 1+2 NL : les 2
propositions sont vraies main non lies, 1+2 L : les 2 propositions sont vraies et lies, TF : les 2 propositions sont
fausses
Page 33
QUESTION N52
La dithylaminothyl cellulose est un changeur de cations couramment utilis en chromatographie dchange
dions
CAR
En solution dans un milieu de pH infrieur leur pHi, les protines portent une charge lectrique positive.
2007
QUESTION N108
La dnaturation altre la structure primaire des protines
CAR
Les agents dnaturants sont capables de rompre les liaisons hydrognes et hydrophobes
2006
QUESTION N48
En chromatographie dexclusion-diffusion, le volume dlution dune protine est directement proportionnel sa
masse molculaire
CAR
la constante dlution KD est donne par la formule : KD = (Ve-Vo)/Vi.
2005
QUESTION N105
La dgradation dEdman est utilise pour dterminer la squence N-terminale des protines et des peptides
CAR
La carboxypeptidase A permet lidentification des acides amins N-terminaux des protines et peptides.
QUESTION N106
La structure secondaire des protines solubles ne compte quun nombre limit de motifs structuraux
CAR
la conformation tridimensionnelle des protines nest maintenue que par des liaisons hydrophobes.
Page 34
2004
QUESTION N46
La dnaturation naltre pas la structure primaire des protines
CAR
Les agents dnaturants sont capable de rompre les liaisons hydrognes et /ou hydrophobes.
2003
Enonc : ltude structurale de diffrentes protines solubles conduit formuler des hypothses. Dterminer si
ces hypothses sont fondes et sil existe entre elles des liens de cause effet.
QUESTION N45
Dans la structure primaire, il existe dune faon gnrale une faible variabilit entre les squences des chaines
polypeptidiques
CAR
Les polypeptides solubles ne sont forms que dune dizaine dacides amins.
QUESTION N46
Dans les structures secondaire et tertiaire, on ne trouve, dans la structure secondaire des protines solubles,
quun nombre limit de motifs structuraux.
CAR
La conformation tri-dimensionnelle des protines nest maintenue que par des liaisons hydrognes.
Page 35
ANNALES CLASSEES CORRIGEES
QUESTIONS A COMPLEMENTS SIMPLES

2015
2014
2013
2012
Q38 :
B
Q38 :
B
Q37 :
C
Q39 :
B
Q38 :
E
Q39 :
B
Q41 :
B
2011
2010
2009
2008
2007
2006
2005
2004
2003
Q68 :
B
Q9 :
E
Q65 :
D
Q66 :
C
Q67 :
B
Q8 :
D
Q66 :
D
Q67 :
D
Q68 :
D
Q8 :
B
Q9 :
C
Q10 :
D
Q11 :
D
Q2 :
D
Q4 :
C
Q5 :
E
Q6 :
A
QUESTIONS A COMPLEMENTS MULTIPLES

2015
2014
2013
2012
2011
2010
2009
2008
2007
2006
2005
2004
2003
Q56 :
ABDE
Q51 :
ABE
Q59 :
BDE
Q68 :
CE
Q58 :
4
Q76 :
4
Q87 :
24
Q25 :
24
Q86 :
4
Q28 :
123
Q87 :
13
Q29 :
13
Q23 :
1234
Q57 :
BE
Q52 :
BDE
Q69 :
AD
Q59 :
24
Q77 :
24
Q88 :
123
Q27 :
13
Q29 :
24
Q90 :
13
Q31 :
123
Q24 :
24
Q58 :
B
Q54 :
D
Q70 :
ABD
Q60 :
4
Q78 :
24
Q59 :
BD
Q79 :
123
Q60 :
AD
Q80 :
4
Q32 :
13
Q61 :
ABC
Q63 :
DE
Page 36
QUESTIONS DE TYPE ASSOCIATION
2014
2013
Q95 :
D
2012
2011
2010
2009
Q101 :
D
Q90 :
D
Q98 :
D
Q101 :
D
Q97 :
C
Q102 :
E
Q91 :
B
Q99
E
Q102 :
A
Q98 :
D
Q103 :
A
Q92 :
E
Q99 :
B
Q104 :
E
Q103 :
C
Q106 :
D
QUESTIONS DE TYPE CAUSE A EFFET
2011
Q104 : 1+2
NL
2010
2009
2008
2007
2006
2005
2004
2003
Q107 : 1
Q50 : TF
Q108 :
TF
Q48: 2
Q105 :
1
Q46 : 1
Q45 : TF
Q51 : 1
Q106 :
1
Q46 : 1
Q52 :2
Page 37

Fiche Cours Medisup

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Paris 13

Notion tombe 1 fois au concours

Nouveaut au programme cette anne

I- STRUCTURE PRIMAIRE DES PROTEINES

La liaison peptidique est plane :

1er AA = NH2 du C toujours libre et protonne (NH3+) = extrmit amino-terminale (N-terminale).

FC : Structure et proprits des protines

ils doivent tre rduits (-mercaptothanol, dithiothritol )

Les chanes spares et stabilises peuvent alors tre tudies :

La raction qui permet de dterminer lextrmit

Le compos forme un driv PTC (phnyl-thio-carbamyl) = intermdiaire ractionnel

FC : Structure et proprits des protines

LA CHROMATOGRAPHIE LIQUIDE HAUTE PERFORMANCE (HPLC) EN PHASE INVERSEE (RP HPLC)

rsine compose de petites billes de silice sur lesquelles sont greffs

colonnes (prparatives) utilises : cylindriques, mtalliques,

Les phnylthiohydantones obtenus aprs chaque cycle

aprs talonnage, tel temps de sortie = tel AA (ex : 7 min =

IDENTIFICATION DE LA PROTEINE APRES SEQUENCAGE DE SES PREMIERS ACIDES AMINES

FC : Structure et proprits des protines

IDENTIFICATION DES EXTREMITES N ET C-TERMINALES PAR CLIVAGE ENZYMATIQUE

Carboxypeptidase A : plus spcifique des peptides ayant un AA aromatique

FRAGMENTATION DE LA CHAINE PEPTIDIQUE

Clivage par les

Utilisation du bromure de cyanogne (BrCN), qui coupe du ct carboxylique dune Met

ETUDE DE LA COMPOSITION DES FRAGMENTS PEPTIDIQUES

MODIFICATIONS DES EXTREMITES DES PROTEINES

FC : Structure et proprits des protines

II- CONFORMATION TRIDIMENSIONNELLE STRUCTURE DES PROTEINES

Par leur nombre, elles stabilisent les structures secondaires .

Lorientation des liaisons peptidiques est mesure par 2 angles didres :

TYPES DE STRUCTURES ORDONNEES

> plus tire que droite.

FC : Structure et proprits des protines

Association de chanes peptidiques colinaires = associs de faon latrale.

Les chanes latrales sont orientes vers

Chanes diriges en sens opposs (spares par une boucle).

Un grand feuillet antiparallle peut se replier sur toute sa

Protine de liaison au rtinol

Formation dun cylindre ferm

Il est form dun petit tonneau verrouill par une hlice .

Le site de liaison des PI est le sillon cr par les 7 feuillets .

FC : Structure et proprits des protines

) permet la fonction biologique.

les plus rares

RELATION STRUCTURE PRIMAIRE / STRUCTURE TRIMENSIONNELLE

Etude de la structure tridimensionnelle par cristallographie et diffraction aux rayons X.

Lien entre les

FC : Structure et proprits des protines

ADAPTATION DES PROTEINES A LEUR ENVIRONNEMENT

Elles sont nombreuses.

Structure des protines solubles

Elle est prsente dans les muscles.

Les protines membranaires

Elles sont complexes.

Structure des protines

FC : Structure et proprits des protines

DIFFERENTES STRUCTURES TERTIAIRES

Les AAs en position 1 et 4 (a et d) sont hydrophobes.

Le plus simple : 4 hlices (ex : cytochrome C)

Tonneau entour dun

1 grande et 1 petite hlices

Interactions hydrophiles ou hydrophobes entre les hlices pour constituer un

Se retrouve dans des facteurs de transcription dimriques (Ex : c-Myc, associ

Ex : module du complment (rle non spcifique), module de la fibronectine de type 1 ou de la fibronectine