Tutorial BLAST

Prof. Rommel Ramos

Programas Blast

Programa

Query

Banco

blastn

NT

NT

blastp

AA

AA

blastx

NT (6 frames)

AA

tblastn

AA (6 frames)

NT

tblastx

NT (6 frames)

NT (6 frames)

1.

Formatando um banco de dados

Obtenha a sequncia fasta que ser utilizada como

banco de dados, aps isto o arquivo deve ser formatado
para que possa ser usado como subject para o alinhamento
com Blast.

Linha de comando:
Windows
formatdb.exe i <banco.fasta> -n <nome_do_banco
(subject)> -p <F caso o banco seja de nucleotdeo e P caso
protena)
Linux
formatdb i <banco.fasta> -n <nome_do_banco (subject)>
-p <F caso o banco seja de nucleotdeo e P caso protena)

2.

Alinhando uma sequncia

Tendo o banco de dados formatado e uma sequncia

alvo a ser consultada, pode-se realizar o alinhamento do
alvo contra um banco dados composto por 1 ou mais
sequncias de nucleotdeos ou protenas.

Linha de comando:
Windows
blastall.exe p <programa blast> i <query.fasta> -d
<nome_do_banco> -m <formato blast> -F <Filtro de baixa
complexidade: se F desativado, se T est ativado> -o
<arquivo de sada>
Linux

blastall p <programa blast> i <query.fasta> -d

<nome_do_banco> -m <formato blast> -F <Filtro de baixa
complexidade: se F desativado, se T est ativado> -o
<arquivo de sada>

3.

Treinando Blast

Com a sequncia alvo que lhe foi passada, verifique se ela

est presente na sequncia subject Cp267.fasta. Como
base utilize os passos apresentados nos itens anteriores.

4.

Anlise metagenmica

3.1 Considerando um conjunto de dados obtidos a partir do

sequenciamento de uma amostra metagenmica, busca-se
identificar os organismos que compem a biodiversidade da
amostra. Assim, utiliza-se genes que funcionam como
marcadores, alm de 16s, com base nos artigos estudados
anteriormente, cite outros genes que pode ser utilizados
para este fim, e descreva as principais caractersticas de
um marcador filogentico.
3.2 Com os sequenciadores de nova gerao,
considerando a grande quantidade de dados produzida e
erros associados a cada plataforma de sequenciamento,
voc considera possvel realizar sequenciamento de dados
metagenmicos? Quais as vantagens e desvantagens disto
com as plataformas NGS?
3.3 Em funo da quantidade de dados gerados pelas
plataformas NGS, possvel realizar anlises mais
completas sobre sequenciamento de metagenomas como a
montagem dos genomas dos organismos ali presentes?

3.4 Tendo um sequenciamento de um metagenoma, quais

passos voc realizaria para identificar os organismos ali
presentes? Descreva cada passo em detalhes.

Prtica
Atravs do site https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRR035093 foi
obtido o sequenciamento de um metagenoma (SRR035093)
realizado com o sequenciador 454 GS FLX, a partir destes
dados preciso identificar quais organismos fazem parte
desta biodiversidade, por esta razo, foi preparado um
banco de dados de sequncias 16s do NCBI, seguindo o que
lhe foi passado anteriormente j possvel realizar a busca
dos ribossomais tratando-se de resultados obtidos atravs
de 454?
Como base nas anlises do resultado de Blast, indique
quais foram os 10 melhores hits identificados por BLAST,
descrevendo que organismo se trata SOMENTE para o
melhor hit. Considerando seus critrios.
Os resultados devem ser apresentados em formato de
relatrio, onde se deve descrever os passos realizados,
como critrios adotados e a justificativa destes para a
obteo dos resultados.

Localizao dos dados:

http://www.genoma.ufpa.br/rramos/biopro/