UE1 Protines

Dr Ausseuil
Cours n3

Les protines
Une protine est un peptide de plus des 50 AA. Ce qui diffrencie les
protines ce sont l'enchainement des AA et l'organisation spatiale de ces
AA, si l'organisation spatiale est diffrente la fonction sera diffrente.

I/ Les liaisons
Ces protines sont formes grce des liaisons :
- Di sulfure (covalente)
- Ionique
- Hydrogne
- Hydrophobe
Les liaisons fables :
- Hydrogne
- Electrovalantes (ionique)
- Hydrophobe
- Forces de Van Der Waals
A/ Les liaisons hydrognes
Elles ont une faibles nergie mais elles sont trs nombreuse dans les
protines, donc elles ont un rle trs important. Elles se font entre un H et
un autre atome qui porte une charge partielle ngative.

B/ Les liaisons electrovalantes

Plus fortes que les liaisons hydrognes, elles se font entre une charge
positive et une charge ngative. Dans les protines seuls certains
groupements ionisables sont totalement ioniss, cela dpend du pH.

C/ Les liaisons hydrophobes

Ce n'est pas vraiment une liaison, ce sont les AA hydrophobe qui sont
repousser par l'eau qui se rassembles (raction de rejet).
D/ Les forces de Van Der Waals
Elles se forment dans les molcules hydrophobes. Dans ces molcules il y
a un mouvement constant des lectrons autour du noyau. Il arrive un
moment donne ou tous les lectrons sont du mme cote de l'atome, on
a donc formation d'un diple passager qui a tendance attirer les atomes
voisins.

E/ Les liaisons fortes

Ce sont les ponts disulfures. Il peut se former spontanment dans une
cellule quand on est en milieu oxydant, cette formation est favorise par
une enzyme : la protine disulfure isomrase (PDI).

II/ Les diffrents niveaux de structure

On dcrit 4 niveaux d'organisation diffrente dans l'espace pour une
protine.

Primaire : ordre des AA dans la chaine polypeptidique.

Secondaire : replient local des AA en hlice alpha, feuillet beta ou en
autres formes.
Tertiaire : agencement spatial complexe de diffrentes structures
secondaires
Quaternaire : agencement des diffrents sous units entre elles formant
des oligomres (protines globulaire) ou des polymres (protines
fibreuses).

La structure primaire :
C'est la chaine polypeptidique
Quand un AA est dans une protine, on a tendance l'appeler un rsidus
1er AA gauche = extrmit N terminal
Dernier AA droite = extrmit C terminal

La structure secondaire :
Elle est fonction des AA qui constituent la protine (fonction de leurs
proprets physico-chimiques.
Elle correspond au repliement de la chaine polypeptidique en hlice alpha,
feuillet beta ou autres formes particulires.
Elle est caractrise par des motifs rptitifs et une priodicit diffrente
selon les protines.
2 types de protines :
Les protines globulaires (alpha + beta + domaines)
Les protines fibrillaires (soit alpha, soit beta)

Les hlices alpha :

Formes et stabilises par des liaisons H

Les liaisons H entre un N et un O se font

entre des rsidus sparer de 4 rsidus (1 AA
se lit avec 1 AA plus loin, spar de 4 AA).
99% prs les hlices alpha sont identiques
dans toutes les protines
0.15 nm par rsidus
pas de l'hlice de 0.54 nm et de 3.6
rsidus
Les AA de petites tailles et de faible
encombrement favorise l'hlice alpha
Au contraire la proline stoppe l'hlice alpha
de fait de l'impossibilit de crer une liaison
H cause de sa fonction imine.
Cur hydrophobe + forces de VDW
importante pour la compaction de l'hlice.
Les rsidus polaires ou encombrants sont
rejets vers l'extrieur de l'hlice.
Les domaines transmembranaires des
protines transmembranaires sont des
hlices alpha.

Cas particulier, les hlices alpha des collagnes :

Hlices trs serres
pas de 0.29 nm
Modle rptitif de 3 AA : Gly-X-Y

Les feuillets betas :

Deux types : parallles et anti parallles
Les anti parallles sont beaucoup plus stables
Forme une sorte de feuilles qui se superpose grce au replient de la chaine
poly peptidique et des liaisons H.
Parallles sont dans le mme sens
Anti parallles sont dans le sens inverses*

Les feuillets beta anti parallles :

Structure stable +++
Boucles = U-Turn en fin de chaine pour faciliter le repliement
Les feuillets beta parallles :
Boucle plus complexe, plus longue
Moins stables et irrguliers

La structure tertiaire
Fait rfrence l'organisation dans l'espace des structures secondaires
C'est les structures 3D adoptes par les feuillets beta et les hlices alpha.
Aboutit a la forme spcifique, globale d'une protine
Cette forme de repliement particulier donne sa fonction la protine
(exemple : sites actifs des enzymes, facteurs de transcriptions )
Les domaines :
Mise en lien de grandes structures
- Domaines alpha pure
- Domaines alpha beta
- Domaines beta pures
Structures thermodynamiquement stables dont la formation va tre
favorise lors de la synthse des protines.
Une protine peut contenir 1 domaine ou une association de plusieurs
domaines (exemple : la Pyruvate kinase a trois domaines
- / - ).
Les domaines pures :
On les retrouves dans de nombreuses protines fonction enzymatique
En gnrale on en trouve un nombre paire d'hlices alpha (2, 4, 6, 8...)
plus ou moins longues

Les domaines :
Constitus d'hlices alpha et de feuillet beta ^^
Frquents chez les enzymes
Tous les sont des feuillets parallles qui forment une sorte de poche
hydrophobe gnralement dans le site actif des enzymes

Les domaines pures :

Structure anti parallle trs stable
Cur hydrophobe dans le site actif des enzymes

Gomtrie particulire et association de plusieurs domaines :

Les sandwichs beta :
2 feuillet beta opposs plus un cur hydrophobe qui va pouvoir contenir le
substrat
Ex: 1 Antitrypsine, inhibiteur de llastase (protase)
Il n'existe pas de lien strict entre la forme et la fonction d'une protine, ce
qui fait la fonction de la protine c'est sa composition en AA, bien sur la
forme entre aussi en jeu mais pas seulement. Deux protines peuvent
avoir le mme forme et pourtant ne pas induirent la mme action.
Analyse des protines :
Diffraction aux rayons X : quand une protine est cristallise on peut
tudier sa structure grce aux rayons X. Premire exprience en 1933
mais premire structure tertiaire entirement dterminer en 1968
(myoglobine de cachalot).
RMN : permet de dterminer facilement la structure, mais le problme est
que cette technique est limite des chaines de 80 100 AA maximum.
La structure quaternaire :
Elle correspond a l'assemblage des sous units. Donc par consquent les
protines qui n'ont pas de sous units n'ont pas de structure quaternaire.
Exemple de l'hmoglobine (2 alpha 2
beta) :
Elle transporte O2, CO2 et H+
Elle comporte une cavit centrale, ce
n'est pas cette cavit qui fixe O2 ! Elle
sert seulement la rgulation de la
protine.
Chaque sous unit est associe un
groupe Hme qui contient un atome de
fer, c'est lui qui fixe O2

Structure quaternaire :

Protines fibreuses ou globulaires

Protines RoEL, famille des chaperonines, 7 sous units
Les protines fibreuses :
Abondance de liaisons covalentes (ponts di SS) donc de cystines
Beaucoup de structures secondaires
Gnralement structures assez simples et rptitives
Intervient dans un rle structural +++
Les protines globulaires :
Prsence de liaisons faible nergie
Structure complexe
Rle de reconnaissance +++, de rgulation et de plasticit
Exemple de protines fibreuses, les kratines :
Phanres (cheveux, ongles, poils et cornes)
galement extra cellulaire
Keratinocytes
AA apolaire riche en cyst et pont di S
Application en coiffure permanentes et mis emplies ^^
Plus d'une 20aines de kratine dcouvert ce jour

Exemple de pathologie :

Epidermolyse bulleuse congnitale : mutation des gnes codant pour

K5 ou K14 qui interviennent dans la constitution de la couche
intermdiaire entre derme et piderme. Autosomique dominante. Entraine
un clivage entre derme et piderme qui aboutit l'apparition de bulle, de
lsions. Plusieurs tats cliniques plus ou moins graves selon l'atteinte de la
malade.
Epidermolyse hyperkratosique : mutation des gnes codant pour K1
ou K10, temps de vie des cellules basales et modifi, elles se mettent donc
prolifrer beaucoup plus, ce qui produit une peau trs paisse.
Exemple de protines fibreuses, les collagnes :
-

Riche en Gly et Pro

Chaines de 1000 AA
Modle rptitif de 3 AA : Gly-X-Y
Association des 3 hlices alpha pour former le tropocollagne.
Le tropocollagne s'associe ensuite pour former les fibrilles de
collagne
La composition du collagne varie avec lge et est en partie
l'origine du phnomne de vieillissement (Rides, rhumatismes...)
Beaucoup de maladies gntiques touchent les collagnes.

Exemples de pathologies :
L'ostognse imparfaite (maladie des os de verres) : mutation du
gne qui code pour la chaine alpha 1 (1/10 000 1/20 000 naissances),
l'atteinte et la svrit est trs variable selon les types. Exemple type 3 :
pette taille, tte de forme triangulaire et dformation du rachis.

III/ Rle de la conformation protique

Exemple du prion :
Le prion est un agent pathogne
purement protique, pas d'ADN n
d'ARN.
Chez le mouton : tremblante du
mouton (Scrapi)
Chez le bovin : encphalite
spongieuses bovine
Chez l'homme : maladie de
Creutzfeldt-Jakob
Cette protine a t dcouverte
dans le annes 90 avec la vache folle.
Elle existe dans l'organisme sain mais sa conformation est tout fait
diffrente.
La protine normale contient essentiellement des hlices alpha (PrPc)
Dans la protine anormale il y a apparition de feuillet beta qui change

toutes les proprits de la protine (PrPsc)

ce jour le rle du prion n'est pas encore dfinit
La protine anormale est trs stable, rsistante la chaleur et ne peut tre
dtruite par les protases. Ce qui explique qu'elle est t transmise dans
les farines animales.
Si les protines anormale entre dans la cellule, elle peut s'associer la
protine normale et l'obliger changer de conformation, on obtient donc
une novelle protine anormale qui elle aussi va attaquer d'autre protine
normale et ainsi de suite c'est une raction en chaine qui aboutit
invitablement a la mort cellulaire, principalement la mort de neurones.

IV/ Analyse de la structure des protines

Dtermination de la structure primaire :
1) Purification de la protine
2) Sparation des sous units : agents de dislocations
3) Sparation des chaines : mercapto thanol
4) Coupure des chaines poly peptidique l'aide de protases
spcifiques
Coupure chimiques :
Le bromure de cyanogne : coupe aprs les Met
Coupure enzymatique :
Trypsine : coupe aprs Lys et Arg
Chymotrypsiine : coupe aprs les AA aromatiques