INRA - Les Faits Marquants Scientifiques 2015 / Rapport Annuel

2015
RAPPORT ANNUEL
Les faits marquants scientifiques
Rapport annuel
2015
04
SOMMAIRE
DITO
06
Par Olivier Le Gall, Directeur gnral dlgu aux Affaires scientifiques
FAITS MARQUANTS
SCIENTIFIQUES
Scurit alimentaire & changements globaux
08
Intgration des performances conomiques, sociales

& environnementales de lagriculture & de la foresterie
12
Attnuation de leffet de serre & adaptation de lagriculture

& de la fort au changement climatique
24
Valorisation de la biomasse, les biomatriaux & lnergie
30
Pour des systmes alimentaires sains & durables
34
Des approches prdictives
42
Agrocologie
46
CLAIRAGE SUR...
Sant : une affaire denvironnement
54
Gnomes et vins
56
Htes et pathognes : jusquo va la manipulation ?
58
LInra et les politiques publiques
60
M Mtaprogramme
Publication dexception
(Cell, Current Biology, Nature et drivs,

Plos Genetics, Plos Biology, PNAS,
Science)
Rapport annuel
2015
06
dito
Notre stratgie, nos priorits... nos travaux

Par Olivier Le Gall,
Directeur gnral dlgu aux Affaires scientifiques
En 2015, les chercheurs de lInra se sont associs avec des collgues de plus de 130 pays
pour publier leurs rsultats dans plus de 4000 articles dans des revues scientifiques
comit de lecture. La slection prsente dans ce cahier a t douloureuse tablir. Nous
navons pas choisi les articles les plus excellents, selon je ne sais quels critres, mais des
travaux qui nous ont sembl alimenter les priorits stratgiques de lInra par une Science
belle, utile, partage et responsable.
Belle, parce que la beaut de la connaissance produite est une motivation puissante pour
les chercheurs, et pour linstitution.
Utile, parce que les missions de lInra sont au service dune Socit dont les systmes
agricoles et alimentaires, en ce dbut de millnaire, font face des transitions sans
prcdent par leur intensit, leur rapidit, et leur interconnexion: dmographique,
nutritionnelle, des usages de la biomasse, climatique, etc.
Inra 2015
Partage, parce que ces dfis ne sauraient se traiter seuls : croisement des disciplines,
des chelles, des regards partenariaux...
Responsable, parce que ses recherches traitant de questions de notre quotidien et de notre
futur, lInra fait sa Science en Socit.
Biomatriaux, bonbons, drglement climatique, huiles de friture, liens entre sant
et environnement alimentaire, parfum de rose, politiques publiques, pollinisation...
Je vous souhaite autant de plaisir la lecture de ce cahier que nous en avons mis
le prparer pour vous!
CHIFFRES CLS
8 165 agents titulaires

dont 50.8% de femmes
881,57 M de dpenses
1 815
chercheurs titulaires
250 units
dont 48 units exprimentales
M
2 616 stagiaires accueillis
& 522 doctorants rmunrs
13 dpartements scientifiques
& 8 mtaprogrammes
17
centres de recherche
354 brevets en stock

dont 55 nouveaux
14 nouvelles varits
vgtales
33 nouveaux logiciels
& bases de donnes dposs
4 081 publications dont 814 en open access

114 publications slectionnes dont 63 faits marquants ou clairages
1er rang europen et 2e rang mondial en sciences de lagriculture
Les mtaprogrammes Inra
ACCAF
GLOFOODS
Adaptation de lagriculture et de la fort

au changement climatique
tude des transitions pour la scurit alimentaire

mondiale (avec le Cirad)
DIDIT
MEM
Dterminants et impacts de la dite, interactions

et transitions
Mta-omiques des cosystmes microbiens
ECOSERV
Slection gnomique
Pratiques et services des cosystmes anthropiss
GISA
Gestion intgre de la sant des animaux
SELGEN
SMACH
Gestion durable de la sant des cultures
Rapport annuel
2015
08
1.
Scurite alimentaire
&
changements globaux
Lexposition universelle 2015 qui sest tenue Milan avait pour thme
Nourrir la plante. nergie pour la vie ... Cet enjeu conduit lInra traiter de questions
majeures - rendement des cultures, levage, commerce et dveloppement - au-del
du territoire national, une chelle mondiale...
Inra 2015
SOMMAIRE
Commerce et Dveloppement : nouveaux enjeux Bilan des recherches menes
10
Laugmentation des tempratures diminue le rendement

global du bl
10
Conception de stratgies combinant cultures et levage

pour accrotre la rsilience des petits producteurs
11
Seulement 2% des espces dabeilles sauvages participent

significativement la pollinisation des cultures
11
Les rendements des cultures de legumineuses varient

suivant les rgions du monde
11
Rapport annuel
2015
010
Scurite alimentaire & changements globaux
1.
Mtaprogramme
M GloFoods / ACCAF
Commerce et Dveloppement :
nouveaux enjeux - Bilan des recherches menes
Des chercheurs en conomie de lInra rexaminent le lien entre
commerce international et dveloppement. En combinant des
bases de donnes originales et en dveloppant de nouvelles
techniques statistiques, les chercheurs analysent le lien entre
libralisation tarifaire, mesures non tarifaires, aide au commerce
et insertion internationale des pays en dveloppement. Les
rsultats obtenus montrent tout dabord que la rduction des
droits de douane imposs par les pays dvelopps aux produits
des pays mergents et en dveloppement favorise lintgration
internationale de ces derniers. La gamme des produits cibls
par des rductions tarifaires peut servir dlment stratgique
dans les ngociations commerciales, et les rsultats soulignent
limportance de la prise en compte des rgles dorigine dans
lvaluation de limpact des accords commerciaux rgionaux. Les
chercheurs montrent de plus que les mesures non tarifaires que
constituent les normes sanitaires entranent une hausse des prix
des biens alimentaires en Afrique, qui affecte dabord les mnages
les plus pauvres mais qui peut tre rduite par lharmonisation
des normes et standards dans les accords commerciaux.
La porte des programmes de soutien aux exportations dans
les pays en dveloppement apparat au final trs limite.
Lmergence dexportations succs dans les pays mergents
ou en dveloppement reste en outre difficile expliquer et
gnraliser, mme si ces succs semblent lis aux avantages
comparatifs des pays.
http://dx.doi.org/10.1093/wber/lht039
http://dx.doi.org/10.1111/roie.12198
Mtaprogramme
M GloFoods
Laugmentation des tempratures diminue

le rendement global du bl
La modlisation du rendement des cultures est un outil essentiel
pour valuer la menace du changement climatique sur la
production alimentaire locale et mondiale. Les modles actuels
utiliss pour prdire le rendement en grains de bl en rponse aux
changements de temprature sont encore trs incertains. Trente
modles de cultures de bl du projet AgMIP (The Agricultural
Model Intercomparison and Improvement Project) sont tests
avec des tempratures moyennes de croissance allant de 15
C 32C. De nombreux modles se sont rvls moins prcis
des tempratures plus leves. Lensemble indique que le
rchauffement ralentit dj les gains de rendement pour la
majorit des emplacements de culture du bl. La production
mondiale de bl devrait diminuer de 6%/C daugmentation de
la temprature et devenir plus variable dans le temps et lespace.
Asseng S. et al. Nature Climate Change.
http://dx.doi.org/10.1038/nclimate2470
Inra 2015
Rapport annuel
2015
011
Mtaprogramme
M ACCAF / GloFoods
Mtaprogramme
M EcoSERV
Conception de stratgies combinant cultures

et levage pour accrotre la rsilience
des petits producteurs
Seulement 2% des espces dabeilles

sauvages participent significativement
la pollinisation des cultures
Les petits producteurs qui combinent cultures et levage

produisent environ la moiti de la nourriture dans le monde.
Paradoxalement, ils reprsentent aussi la moiti des personnes
sous-alimentes. partir denqutes et de modlisation, lInra,
le CSIRO de Brisbane et le CGIAR ont identifi des stratgies
innovantes, combinant cultures et levage, pour accrotre la
rsilience de petits producteurs dAfrique subsaharienne. Ces
stratgies sont mises en uvre dans des plateformes dinnovation
participatives runissant lensemble des acteurs des filires. Ces
travaux sont intgrs dans un cadre danalyse multi-chelle, avec
des tudes complmentaires fort impact lchelle mondiale et
de lAfrique subsaharienne. Frelat R. et al., PNAS.
http://dx.doi.org/10.1016/j.agsy.2015.12.017
http://dx.doi.org/10.1016/j.agsy.2015.12.006
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1518384112
http://dx.doi.org/10.1146/annurev-environ-031113-093503
La pollinisation par les abeilles, domestiques ou sauvages, est

un service cosystmique important pour la production agricole
mondiale. Mais 80% de ces services proviennent du butinage par
2% despces sauvages, les plus communes, pour un montant
quivalent la contribution des abeilles domestiques. Les efforts
de conservation ne devraient donc pas se focaliser exclusivement
sur le maintien des services cosystmiques, mais privilgier
des approches gnriques de conservation des habitats
et des espces. Kleijn D. et al. Nature communications.
http://dx.doi.org/10.1038/ncomms8414
Mtaprogramme
M GloFoods
Les rendements des cultures de legumineuses

varient suivant les rgions du monde
Malgr leur intrt agronomique, les lgumineuses sont
nettement moins cultives en Europe quen Amrique.
Les chercheurs de lInra ont mis en vidence que le rendement
des cultures varie plus en Europe quen Amrique, contribuant
ainsi a identifier les espces de lgumineuses et les rgions
les plus favorables a leur essor sous nos latitudes.
http://dx.doi.org/10.1038/srep11171
Rapport annuel
2015
012
2.
Integration
des performances
economiques, sociales
& environnementales
de lagriculture
& de la foresterie
Outre son rle nourricier, lagriculture offre des services cosystmiques varis,
que lInra sattache mieux qualifier pour en favoriser la meilleure gestion.
Services environnementaux, sociaux et bien sr conomiques sont les produits
dun levage, dune culture, dune foresterie multiperformants...
Inra 2015
SOMMAIRE
2.1 Performances conomiques et services multiples
14
Le bilan mitig de la rforme de la Politique agricole commune

Une approche socio-cologique de la gestion des services multiples
des agrocosystmes
Valeur de la durabilit sur le march : une approche exprimentale
Un cadre mthodologique pour une analyse de cycle de vie (ACV)
14
15
2.2 Reproduction, nutrition, sant : les bases dun levage

multiperformant
16
15
15
territoriale spatialise
Comment faire face aux mammites en levage laitier ?

La transmission des maladies infectieuses
Vers la matrise naturelle de la reproduction
Lendurance des chevaux de races passe au peigne fin
Un contrle gntique qui agit sur lefficacit digestive et la composition
16
17
18
18
18
du microbiote
2.3 Culture et foresterie multiperformantes

Interview Alain Gojon (Directeur de recherche - Unit Biochimie et physiologie
molculaire des plantes (B&PMP ), Montpellier)
La nutrition minrale des plantes
19
La signalisation nitrate chez Arabidopsis thaliana et ses connexions

avec celles du phosphate et de lacide abscissique
Deux innovations majeures dans les techniques de biocontrle
des lpidoptres ravageurs forestiers
La sexualit des cucurbitaces dvoile
Trois mcanismes indpendants limitent la recombinaison miotique
Le dveloppement de nouvelles ressources gnomiques chez le pois
(Pisum sativum L.) rvolutionne les applications en slection
Agriculture biologique, consommation et production
Nonicotinodes et abeilles : la dsorientation des individus confirme
en plein champ, la colonie adapte sa stratgie
Planter des arbres europens en Chine pour identifier prcocement
les espces potentiellement invasives dans nos forts
Lorigine inattendue du parfum de la rose
20
20
21
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22
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23
23
Rapport annuel
2015
Intgration des performances conomiques, sociales & environnementales de lagriculture & de la foresterie
014
2.1
PERFORMANCES CONOMIQUES ET SERVICES MULTIPLES
Le bilan mitig de la rforme de la Politique agricole commune

La rforme de la Politique agricole commune adopte en 2014
est un processus politique complexe dans un nouveau cadre
institutionnel europen. Si, au final, elle prsente des innovations
et laisse une grande flexibilit aux tats membres, elle peut
tre considre comme un semi-chec tant elle perptue le
statu quo, les tats membres ntant pas parvenus sentendre
sur une vision commune pour lagriculture europenne. Elle
ne remet pas fondamentalement en question des systmes
daides peu efficaces et ni le verdissement annonc de la PAC
ni sa simplification nont rellement eu de traduction concrte.
La version quen a dcline la France dans sa mise en uvre
Inra 2015
nationale se situe sur une voie moyenne, malgr quelques choix

assums (redistribution des aides en faveur de llevage, des
petites exploitations et installation des jeunes agriculteurs).
La politique reste limite un soutien largement indiffrenci
des revenus, mais ne rpond ni au dfi de la comptitivit, ni
celui de la gestion des crises ni celui de la dgradation de
lenvironnement de manire satisfaisante.
Bureau J.C. et Mah L-P. (2015) in Swinnen J. (ed). The Political
Economy of the 2014-2020 Common Agricultural Policy.
Bureau J.C., Fontagn L., Jean S. (2015) Conseil dAnalyse
conomique du Premier Ministre, Paris ( paratre).
Rapport annuel
2015
015
Mtaprogramme
M EcoSERV
Une approche socio-cologique

de la gestion des services multiples
des agrocosystmes
Les systmes agricoles doivent faire beaucoup plus que
simplement fournir des services dapprovisionnement. Ils doivent
galement fournir un rseau de soutien et de rgulation des
services, tels que la fertilit des sols, la lutte antiparasitaire ou
encore la pollinisation. Cet article propose un cadre danalyse
qui a pour objectif de faciliter la gestion des agrocosystmes
en termes de fourniture des diffrents services que ceux-ci
peuvent assurer. Ce cadre danalyse intgre une reprsentation de
lcosystme et une reprsentation du systme socioconomique
dans lequel il sinsre, et les diffrents liens entre les deux
systmes. Ce cadre peut tre mobilis pour optimiser la fourniture
simultane de plusieurs services, et grer les compromis entre
services ds lors que loffre augmente de lun dentre eux sopre
au dtriment dun ou plusieurs autres.
http://dx.doi.org/10.1016/j.cosust.2015.04.001
Valeur de la durabilit sur le march :

une approche exprimentale
Le fort dveloppement conomique observ ces dernires
dcennies sest fait souvent au dtriment des dimensions
environnementales et sociales. Un mode de dveloppement plus
durable des pays industrialiss pourrait sappuyer sur le march
avec un renforcement de la responsabilit sociale des entreprises.
Deux tudes exprimentales montrent que les entreprises ont
en effet intrt tre responsables socialement pour gagner des
parts de march face aux consommateurs mais galement pour
ne pas tre dvalorises par les investisseurs.
http://dx.doi.org/10.1016/j.jcorpfin.2014.12.006
http://dx.doi.org/10.1093/erae/jbu036
Un cadre mthodologique pour une analyse

de cycle de vie (ACV) territoriale spatialise
La mthode ACV territoriale spatialise (ACVTS) permet de
dterminer les impacts environnementaux dun territoire agricole
en prenant en compte les variations biophysiques du milieu
rcepteur et la rpartition des activits et des flux de matires
dans un territoire. La publication ci-dessous prsente le cadre
mthodologique de cette mthode. LACVTS est actuellement en
cours dapplication sur un territoire dtude, les Bassins versants
de la Lieue de Grve, situs la limite nord Finistre-Cte dArmor.
http://dx.doi.org/10.1016/j.jclepro.2015.09.138
Rapport annuel
2015
Intgration des performances conomiques,

sociales & environnementales de lagriculture & de la foresterie
016
2.2
REPRODUCTION, NUTRITION, SANT :

LES BASES DUN LEVAGE MULTIPERFORMANT
Mtaprogramme
M MEM / GISA
Comment faire face

aux mammites
en levage laitier ?
MEM & GISA
Les mammites sont un problme conomique majeur en levage
laitier et cest aussi la premire cause dutilisation dantibiotiques
chez les ruminants. Cependant, lusage massif dantibiotiques en
mdecine vtrinaire entrane un risque dmergence de souches
bactriennes rsistantes. Staphylococcus aureus, un pathogne
majeur, est la cause des mammites chroniques chez les ruminants.
Pendant linfection, il favorise la prolifration bactrienne
intracellulaire en ralentissant la progression du cycle cellulaire
de lhte. De plus, S. aureus diminue lexpression des peptides
antibactriens. Les toxines de S. aureus, sont responsables de tous
ces effets. Ces travaux constituent une avance importante en
matire dlucidation du pouvoir infectieux et de la persistance de
S. aureus, tant en mdecine humaine quen mdecine vtrinaire.
http://dx.doi.org/10.1096/fj.14-260513
GISA
Dautre part, un gne majeur de prdisposition aux mammites
a t identifi chez la brebis. Fruit dun travail conjoint de
pathologistes et de gnticiens, une analyse gntique chez
la brebis laitire permet didentifier une mutation ponctuelle
de la protine SOCS-2 qui prdispose les animaux dvelopper
des inflammations mammaires plus svres.
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.1005629
Au-del des problmes de mammites, le projet international
SAPHIR (www.h2020-saphir.eu) impliquant des partenaires
privs et publics de toutes disciplines, a pour objectif de
dvelopper des stratgies vaccinales innovantes contre des agents
pathognes responsables de pertes conomiques majeures dans
les levages bovins, porcins et avicoles.
Inra 2015
Rapport annuel
2015
017
La transmission des maladies

infectieuses
Mtaprogrammes
M MEM & GISA
Pouvoir modliser la transmission des infections animales pour mieux en prdire leurs caractristiques
et mieux les grer ou les anticiper, tel est lenjeu de tout un volet de recherches lInra qui dveloppe
des modles pidmiologiques multi-chelles de la transmission inter troupeaux dagents pathognes.
Ces travaux associent des physiologistes animaux, des microbiologistes mais aussi des mathmaticiens
et modlisateurs.
Par exemple, les mouvements commerciaux danimaux entre troupeaux constituent une voie majeure
de propagation dagents pathognes. Ils sont tracs de manire exhaustive pour les bovins en Europe.
Ils sont caractriss par une analyse fine du rseau de contacts dynamique, orient et pondr quils
constituent. Cela a permis leur intgration dans un modle pidmiologique multi-chelles original de
transmission de la paratuberculose bovine, pilot par les donnes reprsentant plus de 12000 troupeaux
en interaction. Ce modle permet de hirarchiser des stratgies complexes de matrise de la maladie
lchelle rgionale.
http://dx.doi.org/10.1016/j.prevetmed.2014.09.005
http://dx.doi.org/10.1186/s13567-015-0247-3
Rcemment, lUnion europenne a d faire face une augmentation des cas humains de Fivre Q (une
zoonose due Coxiella burnetii), en particulier aux Pays-Bas. La diffusion entre troupeaux bovins laitiers
de cet agent pathogne lchelle dune rgion est principalement due au vent. Les contributions relatives
de la transmission arienne et du commerce danimaux dans la diffusion de C. burnetii entre troupeaux
bovins laitiers sont quantifies en sappuyant sur des tudes observationnelles et sur des travaux de
modlisation pidmiologique. Il sagit de produire des connaissances permettant dorienter la nature des
mesures pour limiter de faon efficace sa diffusion aux troupeaux encore indemnes.
http://dx.doi.org/10.1017/S0950268814003926
http://dx.doi.org/10.1111/tbed.12423
Laboutissement de ces recherches conduit la mise au point dun logiciel dvelopp par lInra
(http://147.99.207.197/evalbvd/home/) pour matriser par exemple la diarrhe virale bovine en
troupeau bovin allaitant. Cet outil innovant daide la dcision et au conseil permet destimer limpact
pidmiologique et conomique de cette maladie et dvaluer le gain attendu par la mise en place
dune stratgie de matrise (vaccination ou dpistage/limination des animaux infects permanents).
Rapport annuel
2015
018
2.2
REPRODUCTION, NUTRITION, SANT : LES BASES DUN LEVAGE MULTIPERFORMANT
Vers la matrise naturelle de la reproduction

Jusqu prsent, dans aucune espce saisonnire, personne na
russi obtenir des femelles cycliques toute lanne et la matrise
de la reproduction, un enjeu majeur en levage sappuie sur
lutilisation dhormones strodiennes. Ces mthodes posent
cependant des problmes sanitaires et socitaux que deux types
de travaux mens lInra cherchent contourner. Une tude
mene par des chercheurs mexicains en collaboration avec
lInra, rvle que la prsence de boucs sexuellement actifs toute
lanne empche larrt saisonnier de lactivit sexuelle chez la
chvre. Ces rsultats mettent ainsi en vidence limportance de
mieux comprendre les mcanismes intimes sous-jacents de la
reproduction saisonnire. Ils invitent explorer de nouvelles voies
non pharmacologiques pour la matrise de la reproduction
contre-saison chez les espces dlevage.
http://dx.doi.org/10.1016/j.yhbeh.2014.12.001
Dautre part, certains traitements hormonaux chez la brebis
peuvent tre remplacs par une molcule dorigine naturelle,
la kisspeptine, pour contrler la reproduction en levage.
http://dx.doi.org/10.1021/jm5019675
Lendurance des chevaux de races

passe au peigne fin
La slection sportive et gntique des chevaux dendurance
reprsente un vritable enjeu conomique. La collecte des
donnes de phnotypage et gnotypage du projet GenEndurance
sachve avec plus de 1000 chevaux de race Arabe, spcialiss
en course dendurance. Les premires publications sur le
phnotypage mtabolomique et les facteurs cardiaques de la
performance sont disponibles. Lune delles a dj eu un impact
international en faisant changer la rglementation des preuves
dendurance par la Fdration internationale dquitation.
http://dx.doi.org/10.3389/fphys.2015.00198
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0137013
Inra 2015
Un contrle gntique qui agit sur lefficacit

digestive et la composition du microbiote
Lefficacit digestive, une composante de lefficacit alimentaire,
a un effet important sur les performances conomiques
en aviculture ainsi que sur les rejets. Nous montrons que la
slection gntique sur lefficacit digestive du poulet affecte
la composition de son microbiote digestif ccal. Cette slection
a des effets sur les quantits de certains groupes bactriens
majoritaires, ainsi que sur lquilibre entre ces groupes.
Ces travaux montrent quil existe un contrle gntique
de lhte sur son microbiote, en partie commun avec celui
de lefficacit digestive. Les rgions du gnome dtectes
incluent principalement des gnes impliqus dans les rponses
anti-inflammatoires et la motricit du tractus digestif. Ces
rsultats prouvent quil existe un lien entre gntique de lhte,
composition du microbiote et efficacit digestive.
Rapport annuel
2015
019
2.3
CULTURE ET FORESTERIE MULTIPERFORMANTES
La nutrition minrale des plantes
INTERVIEW
Alain Gojon
Directeur de Recherche - UMR B&PMP
Inra - Montpellier
Pourquoi la nutrition minrale est-elle importante

qui permet daugmenter cette disponibilit pour quelle ne limite
pour les plantes ?
pas le rendement des cultures.
Comme tous les organismes vivants, les plantes ont besoin
dlments minraux. Certains, lazote et le phosphore
Quest-ce quune voie de signalisation ? Que se passe-t-il
notamment, sont indispensables la synthse des biomolcules
si on la modifie ?
essentielles comme lADN et les protines. Les plantes prlvent
Une voie de signalisation correspond laction en cascade de
les minraux dans le sol grce leurs
biomolcules (souvent des protines)
racines, et mettent en uvre une grande
permettant de percevoir et transmettre
Une voie de signalisation
diversit de mcanismes physiologiques
de linformation importante pour la vie
pour optimiser lefficacit de ce
de lorganisme. Dans le cas de nos tudes,
correspond laction en
prlvement, car il conditionne leur
il sagit des voies permettant la plante
cascade de biomolcules
croissance et leur dveloppement.
de percevoir la disponibilit externe en
permettant de percevoir
nitrate (grce une protine senseur:
Comment et en quelles quantits
le transcepteur NRT1.1), et dactiver des
et transmettre de
lazote et le phosphore sont-ils
mcanismes de rponse aux variations
linformation importante
prsents dans les sols ?
de cette disponibilit (rgulation des
pour la vie de lorganisme.
Lazote et le phosphore sont
systmes dabsorption de nitrate et du
naturellement prsents dans les sols,
dveloppement racinaire). La modification
sous forme organique ou minrale (en particulier nitrate
de ces voies de signalisation affecte donc lutilisation du nitrate
et phosphate). Leur disponibilit est en gnral faible (la
par la plante, ce qui peut constituer un moyen de la rendre plus
concentration du phosphate libre ne dpasse souvent pas
efficace, en exploitant par exemple la diversit gntique naturelle
quelques micromoles/litre), et trs variable dans le temps et
existant pour les mcanismes impliqus.
lespace. Cest la raison de lutilisation des engrais en agriculture,
Rapport annuel
2015
020
2.3

Publications dexception
La signalisation du nitrate chez Arabidopsis thaliana et ses

connexions avec celles du phosphate et de lacide abscissique
Les plantes peroivent la disponibilit externe en minraux
essentiels comme le nitrate ou le phosphate, ce qui leur permet
de sadapter leur variation et doptimiser leur nutrition.
Lidentification des mcanismes molculaires associs aux
systmes de perception des ions minraux revt une grande
importance pour comprendre comment les plantes sadaptent
aux contraintes minrales, comment elles intgrent les diffrentes
signalisations nutritionnelles en cas de contraintes multiples, et
comment ces signalisations interagissent avec les signalisations
hormonales dans le contrle de la croissance. Une srie de trois
articles trs complmentaires permet de prciser : (i) le rle
central jou par un transcepteur (transporteur/senseur) dans de
nombreuses rponses adaptatives aux variations de disponibilit
en nitrate, (ii) limplication dun facteur de transcription dans
lintgration des signalisations nitrate et phosphate, et (iii)
le contrle du transcepteur par une phosphatase implique
dans la signalisation par lacide abscissique. Llucidation des
mcanismes de perception et de signalisation de lazote chez
les plantes ouvre un grand nombre de perspectives, aussi bien
fondamentales (comprhension des rseaux de gnes impliqus
dans les rponses lenvironnement abiotique) que finalises
(stratgies visant optimiser lefficience dutilisation de lazote
par les cultures).
Bouguyon, E. et al. Nature Plants ; Medici, A. et al. Nature
communications ; Leran, S. et al. Science Signaling.
http://dx.doi.org/10.1038/NPLANTS.2015.15
http://dx.doi.org/10.1126/scisignal.aaa4829
Deux innovations majeures dans les techniques de biocontrle

des lpidoptres ravageurs forestiers
Ces travaux ont pour objectif dlargir la gamme des produits
ou stratgies de biocontrle en alternative aux traitements
conventionnels afin de rguler des insectes ravageurs ayant un
impact fort sur la sant publique et la sant du vgtal. Elles se
situent en droite ligne du Plan Ecophyto de rduction de lusage
des pesticides. Le biocontrle des lpidoptres ravageurs en fort
sest enrichi par deux innovations majeures en 2015 : dpt en
mai dun Certificat dUtilit (Brevet dinvention) pour le pige
BUXatrap, laurat du trophe Paysalia-innovations 2015 pour
son efficacit, sa facilit dutilisation et son faible cot. Dautre
part, la technologie dveloppe avec la firme M2i Life Sciences,
de la phromone, formule en gel, et insre dans des billes de
paintball biodgradables obtient le grand prix Innovation dans les
technologies du ministre de lcologie. La gamme dutilisation de
ces technologies pourrait tre largie dautres lpidoptres et le
pige BUXatrap sera test sur les processionnaires du pin et du
chne, le bombyx disparate. Dautres usages potentiels pourraient
tre mis en vidence sur les ravageurs en agriculture.
Brevet dInvention du pige BUXatrap, codpos le 29 mai 2015
sous le N1000295576 avec la firme SANSAN Prodesing SL.
Inra 2015
Rapport annuel
2015
021
La sexualit des cucurbitaces dvoile
Trois mcanismes indpendants limitent

la recombinaison miotique
La grande majorit des vgtaux sont hermaphrodites, cest-dire que leurs fleurs renferment la fois des organes mles et
femelles. Cependant, certaines espces ont des fleurs de sexe
spar, soit sur la mme plante, soit sur des plantes diffrentes.
Ces dernires regroupent donc des espces modles pour ltude
du dterminisme sexuel chez les plantes. Cest le cas de la famille
des Cucurbitaces qui rassemble, entre autres, pastque, melon,
concombre, courgetteComment, sur une mme plante, des
fleurs mles et des fleurs femelles parviennent-elles coexister?
En tudiant le melon et le concombre, des chercheurs de lInra
rvlent des mcanismes gntiques de dtermination du
sexe chez les plantes jusque-l inconnus. Ces rsultats laissent
entrevoir des applications agronomiques considrables en termes
de matrise de la reproduction des plantes : la production plus
importante de plantes femelles ( lorigine de la formation des
fruits) permettrait damliorer les rendements. Boualem A. et al.,
Sciences.
http://dx.doi.org/10.1126/science.aac8370
Les changes entre chromosomes durant la miose, sont

lorigine du brassage gntique qui a lieu au cours de la
reproduction sexue. Lamlioration des espces vgtales et
animales repose sur ce brassage, en crant et slectionnant
des combinaisons accumulant les caractres recherchs. Aprs
avoir identifi en 2012 le premier facteur qui limite les changes
entre chromosomes (ou crossing-over) au cours de la miose,
les travaux mens lInra ont maintenant dcrypt deux autres
mcanismes indpendants de limitation des crossing-over. La
mutation de ces gnes entranent une augmentation jusqu un
facteur neuf de la frquence de crossing-over, et donc du brassage
gntique au cours de la reproduction. Une telle augmentation
permet de rduire la taille des populations pour trouver une
combinaison dintrt, ou permet de trouver de nouvelles
combinaisons cumulant plus de caractres recherchs. Des
programmes sont en cours pour tablir leffet de ces mutations
chez des plantes cultives. Sgula-Arnaud et al., Proc. Natl. Acad.
Sci. U. S. A.
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1423107112
http://dx.doi.org/10.1146/annurev-arplant-050213-035923
Mtaprogramme
M SELGEN
Le dveloppement de nouvelles ressources gnomiques chez le pois (Pisum sativum L.)

rvolutionne les applications en slection
Le pois (Pisum sativum L.) est une importante source de protines en alimentation humaine et animale et une composante
importante des systmes de cultures faibles intrants. Les technologies de squenage et de gnotypage haut dbit aident
dvelopper des ressources majeures chez le pois permettant une volution rapide vers la slection assiste par marqueurs.
Nous dveloppons un atlas dexpression des gnes, afin : (i) de rechercher, pour tout gne dintrt, la squence correspondante
exprime chez le pois et (ii) de visualiser son profil dexpression dans une vingtaine de tissus de plante. Une puce de gnotypage est
utilise pour dvelopper une carte gntique haute densit et haute rsolution, et sur un panel de ressources gntiques.
http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12967
http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2015.01037
http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2015.00941
Rapport annuel
2015
022
2.3
Agriculture biologique, consommation

et production
Mtaprogrammes
M DIDIT & SMaCH
Les produits issus de lagriculture biologique ne cessent daugmenter en France avec un march
domicile qui progresse de prs de 20 % entre 2012 et 2014. Les principales raisons de consommation
invoques par les consommateurs sont des raisons de sant et des raisons environnementales.
Dans un tel contexte daugmentation de la consommation de produits bio, les donnes issues de la
cohorte NutriNet-Sant sont analyses (DIDIT). Les habitudes et traits alimentaires et les donnes de
sant des consommateurs de bio sont tudies. Ils prsentent ainsi des caractristiques spcifiques quant
leurs comportements alimentaires, leurs connaissances nutritionnelles ou leurs historiques de maladies
(http://dx.doi.org/10.1017/S0007114515003761). La part relative de la consommation de bio dans le
rgime alimentaire et par groupe alimentaire de 28 245 participants de ltude de cohorte NutriNetSant est galement estime. Dans lensemble, les produits dorigine vgtale (fruits et lgumes,
produits complets) sont davantage consomms en bio que les produits dorigine animale, except les
ufs (http://dx.doi.org/10.3390/nu7105417).
Lagriculture biologique peut tre simplement dfinie comme un mode de production bannissant les
pesticides et les fertilisants de synthse. Mais cela cache mal la grande diversit de pratiques qui reste
accessible aux producteurs. Cette diversit des pratiques au sein de lagriculture biologique et de ses
consquences sur la biodiversit fonctionnelle est mise en vidence en verger de pommiers (SMaCH).
Quatre stratgies diffrentes co-existent au sein de lAB ; elles sont bases sur la substitution, le recours
des technologies rcentes (filets Altcarpo), lintensification cologique et enfin une stratgie dite
intgre recoupant les trois premires. Ces stratgies ont des rpercussions diffrentes en ce qui concerne
la biodiversit et labondance des auxiliaires hbergs dans ces vergers.
http://dx.doi.org/10.1016/j.agee.2015.09.026
http://dx.doi.org/10.1007/s13593-015-0282-5
Inra 2015
Rapport annuel
2015
023
Nonicotinodes et abeilles : la dsorientation Planter des arbres europens en Chine

des individus confirme en plein champ,
pour identifier prcocement les espces
la colonie adapte sa stratgie
potentiellement invasives dans nos forts
Ce travail fait suite une double recommandation de lAnses
concernant les effets toxiques des insecticides nonicotinodes :
dune part, vrifier ou infirmer en conditions dexposition relles,
au champ, limpact de la pratique denrobage des semences avec
certains insecticides sur la mortalit des abeilles pollinisatrices et
dautre part, prciser ses effets sur les performances des colonies,
donnes souvent absentes des valuations prcdentes. Une
nouvelle tude en plein champ conforte les essais en laboratoire
sur les risques de dsorientation des abeilles exposes au
traitement des semences de colza au thiamthoxame. Ltude
rvle que la proximit des parcelles traites diminue lesprance
de vie des butineuses. En rponse cette surmortalit, les
colonies modifient leur stratgie de production de couvain de
faon privilgier le renouvellement des ouvrires. Cette tude
soulve de nouvelles pistes de recherches pour lvaluation des
risques toxicologiques sur le terrain.
http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2015.2110
La majorit des espces exotiques introduites en Europe et

sattaquant aux plantes vient dAsie. Des chercheurs de lInra,
avec des collgues chinois, proposent une nouvelle mthode pour
dtecter les envahisseurs potentiels dans leur rgion dorigine,
avant leur introduction sur un autre continent. Ils plantent des
arbres europens comme sentinelles en Chine et durant quatre
annes, tudient la capacit des insectes et champignons
pathognes chinois coloniser ces arbres.
Lorigine inattendue du parfum de la rose

Les composs majeurs du parfum des roses sont produits par
une voie de synthse originale qui navait jusqu prsent jamais
t dcrite chez les plantes. Ces rsultats ouvrent de nouvelles
perspectives notamment pour la slection des rosiers.
Magnard J.L., Science.
http://dx.doi.org/10.1126/science.aab0696
Rapport annuel
2015
024
3.
Attenuation
de leffet de serre
& adaptation
de lagriculture
& de la foret
au changement
climatique
Lanne 2015 est marque par la 21e Confrence des Parties qui a lieu Paris
en dcembre. Parmi les initiatives proposes lors de cette COP21 figure le programme
4 pour mille que nous prsente le directeur scientifique du pilier environnement de lInra.
Comment estimer les missions de gaz effet de serre ? Comment mieux comprendre
le fonctionnement des forts ?... autant de questions que se pose lInra pour rpondre
ce grand dfi du changement climatique...
Inra 2015
SOMMAIRE
Quest-ce que le 4 pour mille ?
26
Interview : Jean-Franois Soussana (Directeur scientifique Environnement)
Vin et changement climatique :

les chercheurs du projet LACCAVE sengagent pour la COP21
27
Estimer les missions de gaz effet de serre dans les systmes

de tarification du carbone existant
27
Une modlisation indite permet didentifier les mcanismes

de propagation des dgts forestiers lors de temptes
27
Les arbres grossissent et prennent du poids,

mais pas en mme temps
28
la dcouverte du fonctionnement de la fort amazonienne
29
Rapport annuel
2015
026
Attenuation de leffet de serre & adaptation de lagriculture & de la foret au changement climatique
3.
Quest-ce que le 4 pour mille?
INTERVIEW
Jean-Franois Soussana
Directeur scientifique
Environnement
Inra
Quel est lobjectif du programme 4 pour 1000 ?

un programme de recherche qui aidera dfinir le plan dactions
Pourquoi ce chiffre ?
en tudiant les mcanismes du stockage du carbone, en estimant
On peut, en fait, parler dun objectif mais de plusieurs enjeux.
les potentiels des diffrents sols, en valuant les performances
Amliorer la teneur en matire organique des sols cest relever les
de ces pratiques agricoles et en suivant et vrifiant les rsultats
dfis la fois de la scurit alimentaire mondiale, de ladaptation
destination en particulier des agriculteurs.
des systmes alimentaires et des populations aux drglements
climatiques et de lattnuation des
Quels sont les partenaires du programme
missions de gaz effet de serre dues
4 pour 1000 ?
Augmenter la capacit de
lhomme.
En dcembre 2015 lissue de la COP21
Les sols stockent une quantit de
qui se tient Paris, plus de 30 pays signent la
stockage de 4 pour 1000
carbone qui est 2 3 fois celle du carbone
dclaration dintention de linitiative
par an sur lensemble des
atmosphrique. Si ctait possible,
4 pour 1000. De nombreuses
sols mondiaux reviendrait
augmenter cette capacit de stockage
organisations professionnelles, les principaux
de 4 pour 1 000 par an sur lensemble
bailleurs multilatraux et prs dune
stopper laugmentation
des sols mondiaux reviendrait stopper
quarantaine dorganismes de recherche et
actuelle de la quantit de
duniversits suivent ce mouvement. En
laugmentation actuelle de la quantit
CO2 dans latmosphre
de CO2 dans latmosphre.
particulier, nous signons un accord pour ce
programme de recherches entre organismes
Comment y parvenir ?
franais (Cirad, IRD, Inra), ainsi quavec le CGIAR et une universit
Il faut, dune part mettre en uvre des pratiques agricoles
amricaine qui a un leadership dans ce domaine. Nous travaillons
galement dans le cadre de lAlliance mondiale de recherche sur les
adaptes aux conditions locales et inspires de lagrocologie,
gaz effet de serre (GRA), qui rassemble 46 pays et dont la France
de lagroforesterie ; faire appel lagriculture de conservation et
co-prside un groupe prenant en charge cette mission.
adapter la gestion des paysages et de leau. Il faut galement lancer
Inra 2015
Rapport annuel
2015
027
Mtaprogramme
M ACCAF
Vin et changement climatique :

les chercheurs du projet LACCAVE sengagent pour la COP21
Avance des dates de vendanges, dficits hydriques accentus
pour la vigne, vins plus alcooliss, moins acides, avec de
nouveaux profils aromatiques... Le changement climatique
marque dj la viticulture. Le projet LACCAVE associe 21
units de lInra pour tudier les impacts long terme
du changement climatique sur le vignoble. Les rsultats
montrent que ladaptation sera plus facile dans les vignobles
si laugmentation de temprature reste sous 2C. Les voies
dadaptation combinent des innovations diffrentes chelles:
de la slection de nouveaux cpages, jusquaux techniques
nologiques, en passant par la mise au point de nouveaux
modes de conduite de la vigne ou des outils daide la dcision
pour la gestion dun terroir. Des rsultats qui ont t largement
relays dans la presse nationale, TV, radios et mdias
professionnels, en particulier dans le contexte de la COP21,
contribuant ainsi au dbat de socit sur le changement
climatique.
http://dx.doi.org/10.1016/j.plantsci.2015.04.001
Estimer les missions de gaz effet de serre

dans les systmes de tarification du carbone
existant
Une modlisation indite permet didentifier les

mcanismes de propagation des dgts forestiers
lors de temptes
Le vent est une source importante de perturbations pour les forts
europennes. Nos connaissances actuelles sur la propagation
des dgts dans les massifs forestiers lors de temptes reposent
uniquement sur lanalyse des dgts post-temptes. En simulant
pour la premire fois la propagation des dgts dans une fort
de pins maritimes, des chercheurs de lInra ont dcouvert les
mcanismes qui y prsident. Leurs travaux fournissent des indices
importants pour amliorer les prdictions des modles de risque
des forts au vent.
http://dx.doi.org/10.1016/j.agrformet.2015.07.010
Afin destimer lmission de gaz effet de serre dans les

quinze plus importants systmes de tarification de carbone
oprationnels, les rgles de suivi, la faon dont sont notifies
et rdiges les donnes et les procdures de contrle concernant
les missions de gaz effet de serre, ont t compares. Les
rgles en place ne valorisent pas la prcision des estimations.
Cela nest pas ncessairement prjudiciable pour la socit
dans son ensemble, mais certains porteurs denjeux comme les
fournisseurs de technologie en ptissent. Par ailleurs, les rgles
de suivi, notification et vrification, gnrent diffrents cots.
Les plus gros metteurs les remplissent - par tonne quivalent
de CO2 - pour quelques centimes deuros tandis que les plus petits
doivent investir jusqu plusieurs euros. Enfin, si lagriculture et
la fort restent la marge de ces systmes, cest notamment que
lincertitude du suivi des missions dans ces secteurs dpasse bien
souvent le niveau dexigence des rgles en place. Bellassen V.
et al., Nature Climat Change.
http://dx.doi.org/10.1038/NCLIMATE2544
Rapport annuel
2015
028
Attenuation de leffet de serre & adaptation de lagriculture

& de la foret au changement climatique
3.
Mtaprogramme
M ACCAF
Les arbres grossissent

et prennent du poids,
mais pas en mme temps
Laugmentation de la circonfrence des troncs et la production
de la biomasse ligneuse (bois) sont deux processus cls dans les
cosystmes forestiers, pilotant respectivement la croissance en
volume des arbres et la squestration du carbone dans le bois.
Jusqu prsent ces deux processus taient considrs comme
totalement synchrones. Un consortium international men par
des chercheurs de lInra, en collaboration avec AgroParisTech,
vient de montrer que la croissance des arbres fait intervenir des
mcanismes dissocis dans le temps. Larbre grossit dabord, en
raison de la production et de llargissement des cellules du bois
qui renforcent leurs parois dans un second temps, augmentant de
fait la masse de larbre. Ces rsultats laissent penser que les effets
du changement climatique pourraient notamment perturber la
seconde tape et in fine modifier la squestration du carbone
dans le bois, un des enjeux du dfi climatique. H. E. Cuny et al.
Nature Plants.
http://dx.doi.org/10.1038/NPLANTS.2015.160
Inra 2015
Rapport annuel
2015
029
la dcouverte
du fonctionnement de la fort amazonienne
La fort amazonienne constitue le plus grand stock de carbone terrestre, et elle fonctionne comme un
puits de carbone. Comprendre la constitution de ce stock, son volution et les impacts de lexploitation
forestire sont des enjeux importants pour prdire les effets du changement global. En 2015, trois
publications majeures concernent le cycle du carbone dans la fort amazonienne.
Publications dexception
La dynamique du puits de carbone amazonien

Alors quenviron 20% de la fort amazonienne sont jusqu prsent dfrichs pour le dveloppement
de pturages et de lagriculture, un quart de la fort restante est ddie la production de bois.
Parmi les 16 000 espces darbres qui peuplent la fort amazonienne, un peu moins de 200 (soit environ
1 %) contribuent la moiti de la croissance et du stockage du carbone dans la biomasse ligneuse.
Cest ce que rvlent des travaux coordonns par Rainfor, un rseau de chercheurs sud-amricains
et europens dont lInra, le CNRS et le Cirad. Cette dcouverte peut aider les scientifiques prdire
le comportement des forts tropicales humides dans le contexte du changement climatique. Fauset S.
et al. Nature communications. http://dx.doi.org/10.1038/ncomms7857).
LAmazonie serait en train de perdre sa capacit absorber le dioxyde de carbone atmosphrique,
principal gaz effet de serre. Laugmentation du taux de mortalit des arbres de la fort amazonienne
depuis plus de 30 ans, lie limpact de phnomnes climatiques extrmes et un vieillissement plus
prcoce dcoulant de lacclration de croissance induite par laugmentation de la concentration en
dioxyde de carbone atmosphrique, serait la premire cause de laltration de ses capacits de stockage
de carbone. R.J.W. Brienen et al., Nature. (http://dx.doi.org/10.1038/nature14283).
En revanche, la fort exploite peut reconstituer rapidement son stock de carbone sous rserve dune
exploitation raisonne. En se basant sur 79 parcelles localises 10 endroits du Bassin amazonien,
les chercheurs montrent quune exploitation adapte et durable permet de prserver une fraction plus
importante du carbone stock ainsi quune reconstitution plus rapide de ce stock.
(http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2015.07.034).
Rapport annuel
2015
030
4.
Valorisation
de la biomasse
pour la chimie,
les matriaux
& lenergie
Source de carbone renouvelable pour lnergie mais aussi source
de nouveaux matriaux ou de molcules chimiques dintrt,
la transformation de la biomasse va nous accompagner
de manire croissante dans notre vie quotidienne
Inra 2015
SOMMAIRE
De nouveaux emballages alimentaires biodgradables
32
Contrler les cosystmes microbiens grce la communication

entre bactries
32
Des matriaux en amidon pour des implants biomdicaux
33
Tournesol et colza, des rsidus susceptibles dtre convertis

en lipides dintrt
33
Rapport annuel
2015
032
Valorisation de la biomasse pour la chimie, les materiaux & lenergie
4.
De nouveaux emballages
alimentaires biodgradables
Recycler des rsidus agro-alimentaires pour la production dune
nouvelle gnration demballages alimentaires biodgradables:
cest le dfi relev par le projet europen EcoBioCAP. Destins
remplacer les plastiques dorigine ptrochimique, les
matriaux dvelopps sont des composites dont les constituants
(bio-polyesters, fibres lignocellulosiques et bio-additifs haute
performance) sont obtenus soit par fermentation deffluents
liquides : eaux de lavage dhuileries, petit lait dindustries
laitires, soit par fractionnement et traitement de rsidus solides :
pailles de crales, tourteaux dhuileries, de brasseries et plumes
dlevages. EcoBioCAP propose ainsi aux industries alimentaires
de lUnion europenne, des emballages biodgradables
et modulables faon selon les exigences des denres
alimentaires prissables, avec des bnfices directs la fois pour
lenvironnement et pour les consommateurs en termes de qualit
et de scurit alimentaire.
http://dx.doi.org/10.1016/j.compositesa.2015.02.006;
http://dx.doi.org/10.1016/j.indcrop.2015.01.028;
http://dx.doi.org/10.1002/app.42528
Mtaprogramme
M MEM
Contrler les cosystmes microbiens grce

la communication entre bactries
La production dnergie par voie biologique, et notamment de
biohydrogne partir de biomasse, constitue une voie alternative
dnergies renouvelables et durables, faible mission de gaz
effet de serre. Un grand nombre despces microbiennes, issues
denvironnements varis, peuvent produire du biohydrogne par
voie fermentaire. Toutefois, la diversit microbienne des cultures
mixtes est galement source de variabilit des procds. Des
chercheurs de lInra en collaboration avec des chercheurs du
CNRS identifient des espces cls situes au cur des rseaux
mtaboliques pouvant tre utilises en tant que modulateur
biologique des cosystmes microbiens.
Benomar S. et al., Nature Communication.
Inra 2015
Rapport annuel
2015
033
Des matriaux en amidon pour des implants biomdicaux

Les chirurgiens sont trs demandeurs dimplants raliss avec des matriaux biocompatibles et biorsorbables sur des dures
relativement courtes, de lordre de quelques jours quelques semaines. Les polymres naturels peuvent rpondre ces besoins.
Nous avons tudi in vitro et in vivo lvolution de matriaux en amidon qui prsente lavantage dtre abondant, bon march et avec
lequel des objets massifs en trois dimensions peuvent tre mis en forme. Les meilleurs rsultats en termes de tenue au vieillissement
et de biocompatibilit sont obtenus sur un amidon de pomme de terre plastifi avec du glycrol.
http://dx.doi.org/10.1016/j.carbpol.2015.02.006
Tournesol et colza, des rsidus susceptibles dtre convertis en lipides dintrt

Aujourdhui, la rduction de lutilisation des produits issus du ptrole conduit se tourner vers des matires premires issues de la
biomasse, telles que les lipides. Identifier de nouvelles ressources renouvelables, qui nentrent pas en comptition avec les filires
alimentaires, ou de nouvelles molcules pour rpondre aux besoins de la chimie verte sont des enjeux majeurs dans le contexte
conomique et cologique actuel. Des chercheurs de lInra, dAgroParisTech et du CNRS dmontrent pour la premire fois que les tiges
de tournesol et les pailles de colza sont de bons substrats pour la croissance de la bactrie Streptomyces lividans, utilise pour produire
des molcules dintrt, tels des antibiotiques ou des lipides. Ainsi, au cours de leur croissance sur ces fibres vgtales, les bactries
produisent des acides gras dont 75% sont des acides gras branchs ou comportant un nombre impair de carbones, proprits originales
et dintrt pour la chimie du carbone renouvelable.
http://dx.doi.org/10.1051/ocl/2015052
Rapport annuel
2015
034
5.
Pour des systemes
alimentaires
sains & durables
Sant, durabilit et alimentation, lInra sintresse leurs liens
qui savrent la fois troits et complexes.
Ils font lobjet davances majeures, quelles concernent
notre flore intestinale ou nos comportements alimentaires...
Inra 2015
SOMMAIRE
5.1 Notre intestin et notre sant
36
Cancer colorectal : le rle central du fer dans la viande rouge

Un catalogue du microbiote intestinal de la souris
La susceptibilit individuelle la toxicit hpatique de lalcool dpend
36
36
36
Une nouvelle molcule anti-inflammatoire provenant dune bactrie
36
du microbiote intestinal
de lintestin
5.2 Regards sur nos aliments
37
Pourquoi la coquille des ufs de poule est-elle si solide ?

Comment mieux comprendre la synthse des armes en fermentation
37
37
Qui a dit que les produits frits devaient tre gras ?
37
nologique
5.3 Quels sont les dterminants de notre comportement

alimentaire ?
38
Interview : Jean Dalongeville (Chef du dpartement Alimentation humaine, Inra)
Diminuer la consommation de produits dfavorables
Limpact du code couleur sur la consommation et la sant

Impact du choix de laliment sur le comportement alimentaire
Impact dun amorage olfactif et dun message de prvention sur les choix
39
40
40
Des aliments plus attractifs pour stimuler lalimentation des personnes
40
daliments haute densit nergtique
ges atteintes de troubles cognitifs

Lalimentation dcouvert
Comportements alimentaires et liens sociaux
40
41
Rapport annuel
2015
036
Pour des systemes alimentaires sains & durables
5.1
NOTRE INTESTIN ET NOTRE SANT
Cancer colorectal : le rle central

du fer dans la viande rouge
Le lien entre alimentation et risque de cancer du clon
est maintenant bien tabli au niveau international : selon
lpidmiologie, prs de 15% de ce cancer seraient attribuables
une consommation excessive de viande rouge et de charcuterie.
Afin de mieux comprendre et prvenir ce risque, des chercheurs
de lInra, en collaboration avec lcole nationale vtrinaire de
Toulouse et luniversit de Reading en Angleterre, explorent les
mcanismes possibles de ces associations. Ils montrent que le fer
hminique de la viande rouge est le principal facteur en cause
dans la promotion du cancer du clon. De plus, ils expliquent
cet effet via une raction de ce fer avec des lipides alimentaires
aboutissant la formation de composs fortement toxiques pour
les cellules pithliales coliques. De tels rsultats vont permettre
daffiner les recommandations alimentaires afin de dfinir une
stratgie de prvention nutritionnelle efficace.
http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-14-2554
Mtaprogramme
M MEM
Un catalogue du microbiote
intestinal de la souris
Le rle essentiel du microbiote intestinal dans la sant humaine
(immunit, digestion, dtoxification...) commence tre
compris grce lanalyse massive de lADN des bactries qui le
composent. La connaissance du microbiote intestinal danimaux
modles comme la souris peut tre dun grand intrt pour
tudier les relations microbiote-nutrition-sant. Dans cette
tude, un catalogue du mtagnome intestinal de souris est
tabli, comprenant environ 2,6 millions de gnes uniques par
squenage de lADN. Si le microbiote intestinal de la souris est
fonctionnellement similaire son homologue humain, seulement
4% des gnes microbiens de lintestin de la souris sont identiques
ceux du microbiote intestinal humain. Xiao L. et al. Nature
biotechnology.
http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3353
La susceptibilit individuelle la toxicit

hpatique de lalcool dpend du microbiote
intestinal
La maladie alcoolique du foie est un problme majeur de sant
publique. Latteinte hpatique est variable, stendant de la
simple accumulation de graisse lhpatite alcoolique aigu
et la cirrhose. Nanmoins, toutes les personnes ne sont pas
gales devant la toxicit de lalcool sur le foie. Malgr une
consommation dalcool excessive, certaines personnes restent en
bonne sant alors que dautres dveloppent une maladie du foie.
Cette ingalit devant la toxicit hpatique de lalcool dpend
du microbiote intestinal. Ces rsultats ouvrent ainsi de nouvelles
perspectives, non seulement pour dpister les personnes
susceptibles dtre sensibles la toxicit de lalcool, mais
galement pour amliorer le traitement des lsions hpatiques
induites par lalcool en modulant le microbiote intestinal.
http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2015-310585
Une nouvelle molcule anti-inflammatoire

provenant dune bactrie de lintestin
Des chercheurs de lInra, de lInserm, des hpitaux de Paris et de
luniversit Pierre et Marie Curie viennent didentifier une protine
scrte par la bactrie Faecalibacterium prausnitzii, quils ont
appele MAM - Microbial Anti-inflammatory Molecule et qui
joue un rle actif dans la lutte contre linflammation intestinale.
Cette dcouverte constitue un pas dcisif dans le dveloppement
dune nouvelle stratgie thrapeutique pour les maladies
inflammatoires chroniques de lintestin.
http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2014-307649
Inra 2015
Rapport annuel
2015
037
5.2
REGARDS SUR NOS ALIMENTS
Pourquoi la coquille des ufs

de poule est-elle si solide ?
Comment mieux comprendre

la synthse des armes en fermentation
nologique
Les ufs sont utiliss soit comme aliment de haute qualit

nutritionnelle pour un cot faible ou bien comme chambre
embryonnaire pour produire les futurs poulets de chair.
La coquille de luf de poule assure la protection physique
de luf, garantit au consommateur un produit exempt de
pathognes et protge lembryon lors de son dveloppement.
Les chercheurs de lInra obtiennent des avances majeures
sur les mcanismes de minralisation en caractrisant le rle
prpondrant du carbonate de calcium amorphe qui agit en
interaction avec une cohorte de protines pour donner la
coquille ses proprits mcaniques remarquables. Ces protines
constituent des marqueurs biologiques potentiels de la solidit
de la coquille.
http://dx.doi.org/10.1186/s12864-015-2013-3
http://dx.doi.org/10.1016/j.jprot.2015.05.034
http://dx.doi.org/10.1016/j.jsb.2015.04.014
La synthse des armes fermentaires pendant la fermentation

alcoolique est un phnomne majeur pour la qualit des vins.
Toutefois, les poids relatifs des paramtres environnementaux
et du choix de la souche de levure sur la production de ces
armes sont encore mal connus. Les rsultats obtenus par une
approche multidisciplinaire clarifient limpact de la temprature
et des nutriments (azote, lipides) sur la synthse de composs
marqueurs et identifient des interactions entre ces trois
paramtres. En parallle, une tude spcifique permet de mieux
comprendre le mtabolisme dune souche surproductrice desters
impliqus dans larme fruit des vins.
http://dx.doi.org/10.1007/s00253-014-6210-9
Qui a dit que les produits frits

devaient tre gras ?
Lhuile du bain de friture pntre dans les produits frits (frites,
chips, nuggets) principalement quand ces derniers sont retirs
du bain. Lors de ltape dimmersion, la sortie de la vapeur au
travers de la crote cre une surpression interne qui soppose
limprgnation en huile. Au contraire, quand la friture est
retire du bain, la condensation de la vapeur met en dpression
le cur du produit. Le retour la pression atmosphrique est
alors obtenu la fois par la pntration de lhuile, qui adhre
la surface du produit et par la pntration de lair extrieur. Ces
deux phnomnes rapides sont imags et modliss lchelle
microscopique pour la premire fois. La production de produits
frits non gras est aujourdhui devenue possible.
http://dx.doi.org/10.1002/aic.14801
http://dx.doi.org/10.1002/aic.14744
Rapport annuel
2015
038
5.3
QUELS SONT LES DTERMINANTS DE NOTRE COMPORTEMENT ALIMENTAIRE ?
Diminuer la consommation de produits dfavorables

INTERVIEW
Jean Dallongeville
Chef du dpartement Alimentation humaine
Inra
Pourquoi imposer un code pour les aliments ?

des produits favorables pour couvrir au mieux lensemble
La proposition dimposer un code pour les aliments a pour but de
des besoins des individus.
fournir une information objective sur la qualit des aliments en
regard des recommandations (normes)
Quest-ce que ce code va changer pour
en vigueur dans la pays, par exemple
les producteurs ?
Un produit nest
le PNNS en France. On peut trs bien
ventuellement, la lablisation des
imaginer des codes respectant dautres
aliments peut conduire les industriels
pas dangereux en
normes comme la prservation de
de lalimentation modifier la formulation
soi ou, linverse,
lenvironnement, circuits courts, produits
de leurs produits pour amliorer leur impact
exclusivement sain pour
de terroir
sur la sant, par exemple diminuer les
concentrations de sel ou de sucre.
la sant. Le principe dune
Doit-on considrer un produit E comme
alimentation saine
dangereux pour la sant ?
Et pour le consommateur ?
est la varit
Un produit nest pas dangereux en soi ou,
Le consommateur va gagner en simplicit
linverse, exclusivement sain pour la
dinformation. terme une lablisation
sant. Le principe dune alimentation saine est la varit. Lide
bien conue doit laider faire son choix sur un critre sant
gnrale est donc de diminuer la consommation de produits
et laider ainsi mieux quilibrer son rgime alimentaire tout
dfavorables et daugmenter la consommation
en prservant la diversit.
Inra 2015
Rapport annuel
2015
039
Limpact du code couleur

sur la consommation
et la sant
Le systme 5-C repose sur le calcul dun score de qualit nutritionnelle dvelopp par la Food Standards
Agency britannique (FSA) qui prend en compte plusieurs lments prsents sur ltiquetage nutritionnel
(calories, sucres simples, acides gras saturs, sodium, fibres, protines et pourcentage de fruits et
lgumes pour 100g de produit) pour aboutir a un indicateur unique et global de la qualit nutritionnelle
de laliment.
Plusieurs tudes contribuent a la validation du score FSA en montrant, dune part que le systme
dinformation nutritionnelle coloriel 5 couleurs (5-C) est le plus efficace pour permettre aux
consommateurs de reconnatre et comparer la qualit nutritionnelle des aliments y compris dans
des populations risque (sujets gs, bas revenus, faible niveau dducation, faible niveau de
connaissance en nutrition, personnes en surpoids ou obses).
(http://dx.doi.org/10.3390/nu7085325 ; http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0140898).
Dautre part, lintrt de lutilisation du code 5-C est mis en vidence de faon prospective pour prdire,
au niveau individuel, le risque de prise de poids et dapparition dun surpoids et dune obsit chez les
hommes (http://dx.doi.org/10.1016/j.ypmed.2015.08.022) et le risque de maladies (cancers, maladies
cardio-vasculaires). (http://dx.doi.org/10.017/S0007114515003384).
Ltude suivante va plus loin, en testant limpact de diffrentes signaltiques nutritionnelles (dont le
logo coloriel 5-C) apposes sur la face avant des emballages de divers aliments sur les intentions dachat
des consommateurs. Un essai randomise contrl est mis en place chez 11 981 individus participant a la
cohorte NutriNet-Sante. Un supermarch exprimental similaire aux sites de vente en ligne, est utilise et
regroupe 269 produits diffrents, de marques nationales ou distributeurs prsents avec les informations
habituelles sur ce type de site : nom, prix et photo du produit avec le logo correspondant. Il est demande
aux participants de faire leurs courses dans ce supermarch en ligne et de choisir les aliments pour une
semaine de consommation pour lensemble de leur foyer. Les rsultats de cette tude soulignent lintrt
dapposer une signaltique dinformation nutritionnelle sur la face avant des emballages des aliments
pour guider les consommateurs lors de leurs choix alimentaires. Le logo 5-couleurs (5-C) sest avr
tre le plus efficace pour amliorer la qualit nutritionnelle du panier dachat et ce, dans la majorit des
sous-groupes dindividus, y compris ceux risquant davoir un rgime alimentaire de moins bonne qualit.
Il apparat donc comme un levier efficace pour guider de faon quitable, lensemble des consommateurs
vers des produits de meilleure qualit nutritionnelle.
Le code cinq couleurs, pour mieux aider les consommateurs se reprer dans les aliments, divise.
Les tenants de la sant publique rencontrent sur ce sujet lopposition la fois de lindustrie agroalimentaire et de la grande distribution, opposes la stigmatisation de certains produits
et lutilisation de la couleur rouge.
http://dx.doi.org/10.1016/j.amepre.2015.10.020
Rapport annuel
2015
040
5.3
QUELS SONT LES DTERMINANTS DE NOTRE COMPORTEMENT ALIMENTAIRE ?
Mtaprogramme
M DIDIT
Impact du choix de laliment

sur le comportement alimentaire
La gnralisation de la restauration hors domicile (cantine
scolaire, restaurants dentreprises) saccompagne
frquemment dune augmentation de la possibilit de choisir:
choisir son entre ou son dessert, choisir laccompagnement
de la viande, choisir son assaisonnement Si de nombreuses
tudes montrent un impact du choix sur le comportement
dachat, il existe encore peu dtudes sur limpact du choix sur
le comportement table. Pouvoir choisir un plat, par exemple
choisir son dessert parmi trois propositions galement apprcies,
entrane une augmentation des quantits consommes chez
des adultes sains de poids normal.
http://dx.doi.org/10.1016/j.appet.2015.11.018
Des aliments plus attractifs pour stimuler

lalimentation des personnes ges atteintes
de troubles cognitifs
Lapprciation pour un aliment reste un moteur de sa
consommation malgr la maladie. En revanche, les facteurs
de lapprciation sont modifis : les facteurs sensoriels, lis
laliment, deviennent prpondrants face aux facteurs
cognitifs, lis au sujet et ses reprsentations en mmoire. Il est
essentiel dadapter loffre alimentaire de faon volutive selon
les spcificits engendres par la maladie dAlzheimer afin de
redonner ou stimuler le plaisir de manger et de lutter ainsi contre
le risque de dnutrition.
http://dx.doi.org/10.1016/j.foodqual.2013.12.011
Lalimentation dcouvert
Mtaprogramme
M DIDIT
Impact dun amorage olfactif et dun message

de prvention sur les choix daliments
haute densit nergtique
Il est maintenant admis quune grande part de nos choix
alimentaires est davantage guide par des processus non
conscients que par une rflexion consciente. Cette tude montre
que lexposition incidente une odeur daliment gras sucr et/
ou un message auditif de prvention peut influencer les choix
alimentaires subsquents chez des adultes.
http://dx.doi.org/10.1016/j.appet.2015.06.012
Inra 2015
Lalimentation des enfants et des personnes ges ?

Manger de la viande aujourdhui ? La faim dans le monde ?
Les rgimes amaigrissants ? Quels impacts des circuits courts ?
Lalimentation suscite aujourdhui de multiples interrogations
dans notre quotidien. Pour en comprendre les enjeux dans toute
leur diversit, CNRS ditions publie un ouvrage de rfrence:
Lalimentation dcouvert, auquel ont particip
163 scientifiques, notamment de lInra.
Rapport annuel
2015
041
Comportements alimentaires
et liens sociaux
Les bonbons au collge, entre objet de transgression et instrument de lien social

En France, les bonbons sont synonymes de plaisir, de fte et de partage. la faveur dune vaste tude de
terrain, une sociologue de lInra rvle quau collge, les bonbons sont un lment, voire un instrument,
de construction des liens sociaux qui permet aux pradolescents de trouver leur place au sein de la classe.
http://aof.revues.org/7848
Mtaprogramme
M DIDIT
Manger mieux avec un petit budget, cest possible mais cest plus difficile
Sil est acquis que les populations les plus dfavorises ont une alimentation moins en accord avec les
recommandations nutritionnelles, le lien entre budget et quilibre alimentaire nest pas aussi simple.
Une revue bibliographique ralise en collaboration avec lUniversit de Washington porte sur la
contribution du prix des aliments aux ingalits sociales en matire de choix alimentaires et de nutrition.
http://dx.doi.org/10.1093/nutrit/nuv027
Sauter les repas : un indicateur dingalits sociales ?

Une analyse, mene par des chercheurs Inra et Inserm sur un chantillon de 2994 adultes habitant
lagglomration parisienne, montre que les de la population continuent de prendre trois repas par jour.
Ne dclarent que deux repas par jour, soit des jeunes peu insrs socialement soit des jeunes urbains
diplms qui dbutent leur vie professionnelle. Le modle des trois repas reste fortement ancr dans les
habitudes alimentaires. Prendre deux repas est, dans certains cas, la manifestation dingalits sociales.
Rapport annuel
2015
042
6.
Des approches
prdictives
Simuler la forme dune plante ou dun arbre, prdire les anomalies gntiques
pour viter les maladies ou encore faire fabriquer une molcule dimportance
par un microorganisme minimum, tels sont les enjeux de la modlisation conduite
lInra
Inra 2015
SOMMAIRE
Dialogue gne-forme : les gnes contrlent la forme
du tissu et inversement !
44
Prdire les anomalies gntiques rcessives

chez les animaux de rente
44
Un acide gras comme biomarqueur de lobsit
44
Biologie des systmes - Biologie de synthse
45
Rapport annuel
2015
044
Des approches predictives
6.
Dialogue gne-forme : les gnes contrlent la forme du tissu

et inversement !
une modification de la forme des tissus et comment cette forme
influence en retour leur rgulation. Pour ce faire, des outils
de simulations numriques permettant de coupler donnes
biochimiques et biophysiques sont en cours de dveloppement.
(http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003950)
Aujourdhui, la question est de savoir si, en retour, ces mmes
proprits peuvent agir sur lactivit des gnes. Comme lart de
lorigami le dmontre, toutes les formes peuvent tre gnres
partir de plis successifs. En biologie, de nombreux gnes sont
impliqus dans la formation des plis, un processus cl pour le
dveloppement. Des chercheurs dmontrent quen retour, chez les
plantes, la forme en plis peut contrler et stabiliser lexpression
des gnes via des signaux mcaniques.
(http://dx.doi.org/10.7554/eLife.07811.001)
Comment les plantes acquirent-elles leur morphologie ?

Comment la prdire ? Quels mcanismes gntiques rgissent
la forme des plantes au cours de leur dveloppement ?
Les scientifiques montrent comment les gnes contrlent la
gomtrie des tissus en affectant les proprits chimiques et
mcaniques des cellules. Maintenant, un enjeu majeur est de
comprendre comment ces signaux biochimiques conduisent
Inra 2015
De la mme manire, lexpression dun gne dans la couche

mcano-sensible de lenveloppe de la graine rpond la fois la
pression interne, et aux stress externes imposs sur les graines
en dveloppement (http://dx.doi.org/10.1038/ncomms7382).
Ces travaux apportent un nouveau regard sur la biologie du
dveloppement et ouvrent des perspectives en recherche
biomdicale et agronomique.
Prdire les anomalies gntiques rcessives

chez les animaux de rente
Un acide gras comme biomarqueur

de lobsit
Les races bovines, en particulier laitires, sont des populations

gntiquement petites et cela se traduit par une augmentation
progressive de la consanguinit, favorisant lmergence
danomalies gntiques rcessives comme le Syndrome
dhypoplasie gnralise caproliforme (SHGC) en race
Montbliarde. Le syndrome SHGC se rapproche du syndrome de
Seckel chez lhomme. Lanalyse cartographique dune collection
de cas recenss par lObservatoire national des anomalies bovines
(Onab) permet la localisation du gne et lidentification de la
mutation causale, permettant ainsi la mise en place dun test
gntique pour radiquer cette anomalie en race Montbliarde.
Lobsit est devenue un enjeu socital et de sant majeur ces

dernires annes. Le nombre dobses ne cesse de crotre et la
restriction alimentaire est une stratgie couramment propose
aux patients atteints de cette maladie. Une approche dintgration
de donnes par rseau met en vidence le rle dun acide gras qui
nest pas prsent dans la nourriture dans le contrle pondral et
permet de comprendre comment les signatures molculaires du
tissu adipeux ragissent au contrle pondral chez des obses.
Cette approche reprsente une mthode alternative de traitement
de lobsit base sur des biomarqueurs.
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004047
Rapport annuel
2015
045
Biologie des systmes Biologie de synthse
Le couplage de la biologie des systmes - qui analyse et modlise les systmes biologiques du rseau de
gnes au rseau mtabolique - et de la biologie de synthse - qui, par ingnirie, conoit, construit et
introduit des systmes dans des souches chssis pour produire des molcules dintrt est un enjeu
majeur, soulign par le prsident de la rpublique en 2014.
La France est active dans le domaine de la biologie de synthse mais manque de visibilit
linternational. Afin de rendre plus visible cette communaut et dinciter les collaborations entre
les quipes franaises, le GDR BioSynSys est cr en 2015 par le CNRS et lInra
(http://biosynsys2015.sciencesconf.org). Le GDR regroupe environ 120 quipes de recherche (secteurs
public et priv) et le premier congrs du GDR runit 170 participants Paris en septembre 2015.
Comment prdire et quantifier les composants infra cellulaires dune bactrie

en croissance ?
En biologie des systmes, la mise jour de principes gnraux permettant de mieux comprendre
les systmes biologiques aux chelles infra cellulaires est videment centrale. Nous avons introduit,
dvelopp et publi une nouvelle mthode thorique de prdiction quantitative de lensemble des
composantes infra des cellules bactriennes en phase de croissance exponentielle dans un milieu
quelconque. Nous avons valid biologiquement la mthode et les principes quelle formalise.
http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2015.10.003
Biosynthse dantibiotiques chez les bactries : un mcanisme complexe lucid

Des chercheurs de lInra, en collaboration avec luniversit du Michigan (tats-Unis), dmontrent
comment de nouvelles enzymes bactriennes ralisent des ractions indites pour la biosynthse
dantibiotiques. Leurs rsultats expliquent un nouveau type de mcanisme capable de transformer un
simple acide amin en molcule complexe et active. Ces travaux sont prometteurs pour la synthse de
molcules dintrt pharmaceutique, notamment la conception de nouveaux antibiotiques (Bendjia A.,
Nature communications).
http://dx.doi.org/10.1038/NCOMMS9377
Rapport annuel
2015
046
7.
Agrocologie
Agronomie et cologie se croisent pour mieux comprendre
le fonctionnement des cultures, des sols, des levages et pour imaginer
de nouveaux systmes productifs qui utilisent au mieux les rgulations naturelles.
Les recherches menes lInra soulvent de nombreuses questions,
quelles sadressent des communauts doiseaux, des symbioses
entre champignons et plantes ou encore des pathognes menaants...
Inra 2015
SOMMAIRE
Caractrisation fonctionnelle dune large gamme despces
utilises comme cultures intermdiaires
48
La mineuse de la tomate qui envahit le pourtour

mditerranen provient du centre du Chili
48
De la diversit dans les prairies pour faire face

aux alas climatiques
49
Un exemple de phyto-signal chimique au service

du bio-contrle
49
La processionnaire du pin : les arbres ornementaux,

acteurs cls dans la progression des ravageurs
49
50
Lintensit de lagriculture et sa rpartition sur le territoire

affectent la composition des communauts doiseaux
50
Aux racines des symbioses mycorhiziennes
51
LBioS, un modle 3D pour lucider le rle de la structure
du sol
51
Lutilisation de rseaux trophiques pour la conservation
des cosystmes
Rapport annuel
2015
048
Agrocologie
7.
Caractrisation fonctionnelle
dune large gamme despces
utilises comme cultures
intermdiaires
Les mlanges de cultures intermdiaires sont utiliss pour
produire divers services ecosystemiques de gestion de lazote
pendant linterculture. Cependant, il existe peu dinformations
permettant dadapter le choix des espces a associer en mlange
pour avoir une bonne complmentarit des services (par exemple
vitesse de croissance et dacquisition de lazote). Les travaux
montrent que, contrairement aux espces dcosystmes naturels,
les traits fonctionnels foliaires sont imprcis pour prdire ces
caractres chez les espces utilises en culture intermdiaire.
La slection vgtale peut avoir induit cette d-corrlation et il
est donc ncessaire de revenir a lanalyse de traits plus en relation
directe avec les objectifs agronomiques et de fonctionnement
physiologique des espces.
http://dx.doi.org/10.1016/j.agee.2015.04.016
La mineuse de la tomate qui envahit le pourtour

mditerranen provient du centre du Chili
Le ravageur de la tomate, Tuta absoluta, est originaire
dAmrique du Sud et est envahissante dans lensemble du bassin
mditerranen. Une analyse par une mthode baysienne de la
variabilit gntique dchantillons de lensemble de son aire de
rpartition fournit des preuves solides que son origine est unique
et se situe probablement dans le centre du Chili. Des parasitodes
ou pathognes sont chantillonns dans cette rgion pour les
importer en guise dagents de lutte biologique.
http://dx.doi.org/10.1038/srep08371
Inra 2015
Rapport annuel
2015
049
Mtaprogramme
M ACCAF
De la diversit dans les prairies

pour faire face aux alas climatiques
Pour une production de fourrage optimale dans les prairies mieux
vaut semer plusieurs espces et plusieurs gnotypes de la mme
espce. En utilisant un dispositif exprimental original de 124
micro-peuplements, des chercheurs de lInra, en collaboration
avec le CNRS, dmontrent les effets positifs et complmentaires
dune diversit spcifique (mlange despces) et dune diversit
intraspcifique (diversit gntique au sein dune mme
espce) dans des prairies soumises la scheresse. Ces deux
niveaux de diversit peuvent ainsi constituer un levier important
pour la productivit, la qualit et la prennit des systmes
agronomiques face au changement climatique.
Prieto I. et al., Nature Plants.
http://dx.doi.org/10.1038/nplants.2015.33
Un exemple de phyto-signal chimique

au service du bio-contrle
Le cadre national des plans co-phyto et le cadre europen
drglementent lutilisation de nombreux insecticides. Certaines
cultures se retrouvent sans solutions phytopharmaceutiques. Les
enjeux sont maintenant de proposer des solutions de biocontrle
compatibles avec la durabilit de la production de semences et
de protagineux en Europe. La bruche de la fverole, Bruchus
rufimanus, et son hte constituent un modle de couple insecte
spcialiste/plante-hte dans lequel linsecte reconnat sa plante
sur la base de signaux chimiques ; son olfaction est connecte
sa propre physiologie et celle de la plante. Ltude de lcologie
chimique de linsecte conduit lidentification
et la formulation dun mlange attractif qui peut tre utilis par
les slectionneurs dans la lutte contre linsecte, facteur limitant de
la culture. Le mlange fait lobjet dun dpt de brevet.
Mtaprogramme
M SMaCH / ACCAF
La processionnaire du pin :
les arbres ornementaux, acteurs cls
dans la progression des ravageurs
La processionnaire du pin est un insecte forestier en expansion
du Sud vers le Nord de la France sous leffet du changement
climatique et qui soulve de nombreux problmes phytosanitaires
et de sant publique. En tudiant cette progression travers la
Beauce, les chercheurs dmontrent le rle crucial des arbres hors
fort dans la dispersion des ravageurs forestiers. Ils ouvrent ainsi
des perspectives en matire de gestion des paysages, y compris en
zone urbaine, notamment par le choix des essences plantes ; les
arbres choisis pouvant limiter ou au contraire favoriser lexpansion
des organismes nuisibles.
http://dx.doi.org/10.1007/s10980-015-0239-8
Rapport annuel
2015
050
Agrocologie
7.
Mtaprogramme
M EcoServ
Lintensit de lagriculture et sa rpartition sur le territoire affectent la composition

des communauts doiseaux
Si lintensification de lagriculture joue, au cours des dernires dcennies, un rle crucial pour augmenter la production alimentaire,
elle engendre aussi des dommages environnementaux, affectant notamment la biodiversit des oiseaux des milieux agricoles. partir
dune tude mene sur 152 petites rgions agricoles, les chercheurs de lInra montrent que lagriculture intensive avait un effet sur la
composition des communauts doiseaux des milieux agricoles mais pas sur la taille de ces communauts. Ils dmontrent aussi que cet
effet est renforc par la rpartition sur le territoire de lintensit agricole. Ainsi, les oiseaux spcialistes des prairies sont-ils dautant plus
affects par lintensit agricole que celle-ci est homogne sur le territoire. Des rsultats dterminants en vue damliorer lefficacit des
mesures environnementales.
Mtaprogramme
M MEM
Aux racines des symbioses mycorhiziennes

Au cours de lvolution, les champignons se sont spcialiss
afin dutiliser toutes les sources de carbone disponibles dans
leur environnement. Un consortium international, coordonn
par une quipe du centre Inra de Nancy-Lorraine et impliquant
le Joint Genome Insitute (JGI), la Clark University, le CNRS,
et les universits de Lorraine et dAix-Marseille effectuent
le squenage de 13 nouveaux gnomes de champignons
symbiotiques mycorhiziens. Par son ampleur, cette avance
permet de reconstruire lhistoire volutive de ces champignons
associs aux plantes depuis leur origine et didentifier les
mcanismes cls de la symbiose. Les champignons sont tudis
pour leur importance conomique (bolet, pisolithe) ou culturelle
(amanite tue-mouche). Kohler A. et al. Nature Genetics.
http://dx.doi.org/10.1038/ng.3223
Inra 2015
Rapport annuel
2015
051
LBioS, un modle 3D pour lucider

le rle de la structure du sol
La prdiction des pertes en carbone des sols est un enjeu
majeur qui reste encore mal apprhend par les modles
macroscopiques. Cette tude quantifie le rle de la structure du
sol et des interactions entre les processus biotiques et abiotiques
sur la biodgradation des substrats carbons dans les sols.
Un modle dcrivant dans les trois dimensions lhtrognit
des microenvironnements du sol lchelle des habitats
microbiens est dvelopp pour mieux prvoir le comportement
des dcomposeurs microbiens.
http://dx.doi.org/10.1016/j.advwatres.2015.05.020
Lutilisation de rseaux trophiques

pour la conservation des cosystmes
Les rseaux trophiques sont un outil courant pour modliser les
interactions entre espces au sein dun cosystme. En quipant
cet outil avec une smantique probabiliste permettant dvaluer
la probabilit de survie des espces, et en ajoutant des variables
reprsentant des actions de conservation, nous proposons un
cadre novateur et des outils pour optimiser la conservation
de la biodiversit au sein dun cosystme complexe. Au-del
des publications, la valorisation de ces travaux consiste en une
production logicielle commune MIAT-CSIRO. McDonald-Madden et
al., Nature communications.
Rapport annuel
2015
052
clairage sur...
Inra 2015
SOMMAIRE
Les proprits molculaires des contaminants organiques sont des cls
pour prdire leur devenir dans lenvironnement

Chlordcone et filires animales antillaises: distribution tissulaire
et stratgies de dcontamination chez les ruminants
Identification de nouvelles espces zoonotiques de Bartonelles
chez des patients piqus par des tiques
La dconjugaison du bisphenol A glucuronide est un facteur dterminant
de lexposition ftale au bisphnol A
Des cartes sanitaires pour rechercher les contaminants environnementaux
dans les aliments
Gnomes et vins
Des transporteurs doligopeptides acquis par transfert horizontal confrent

un avantage comptitif aux levures nologiques
Les origines mditerranennes de la domestication des levures de vin
rvles par des approches gnomiques
Lhistoire du Pinot noir qui devient Pinot gris puis Pinot blanc...
Phoma du colza : jeu de cache-cache entre le champignon et sa plante hte

Gupe parasite Venturia : le complice viral dmasqu
Comment les pucerons manipulent les plantes
Un leurre pour tromper ladversaire : les ruses molculaires de lArabette
Une nouvelle dfense antivirale des plantes inhibe par les virus
54
54
54
55
55
55
56
56
57
57
58
58
59
59
59
59
60
La mission dexpertise sur Xylella fastidiosa en Corse

Dfauts et corrections des mthodes conomtriques dvaluation de leffet
60
60
Une aide la conception dune politique agricole et alimentaire urbaine

Le logiciel Urbansimul, un outil danalyse et de prospective sur le foncier
61
61
des politiques publiques
Rapport annuel
2015
054
clairage sur...
Sols, aliments, emballages, insectes les sources de dangers pour

la sant sont prsents de faon quelquefois imperceptible dans
notre environnement. Mieux les connatre pour mieux se protger
fait partie des objectifs de lInra.
Les proprits molculaires

des contaminants organiques
sont des cls pour prdire leur devenir
dans lenvironnement
De nombreux contaminants organiques (pesticides, hydrocarbures

aromatiques polycycliques - HAP, polychlorobiphnyles - PCB)
sont susceptibles dtre prsents dans lenvironnement mais il
est impossible dy tudier leur devenir au cas par cas. Ce travail
recense 790 relations structure-activit quantitatives (QSAR)
permettant de prdire le devenir de ces composs partir de leurs
proprits molculaires. Il aide notamment slectionner les
QSAR les plus pertinentes pour des composs (synthtiss ou non)
examiner et/ou pour leurs mtabolites. Ce travail identifie aussi
les proprits molculaires expliquant la variabilit du devenir des
contaminants organiques dans lenvironnement.
http://dx.doi.org/10.1080/10643389.2014.955627
Inra 2015
Chlordcone et filires animales antillaises:

distribution tissulaire et stratgies de
dcontamination chez les ruminants
Le chlordcone est un pesticide organochlor dont lutilisation
prolonge conduit la contamination dau moins 20% des
sols agricoles des Antilles franaises, ce qui entrane un risque
de contamination des animaux qui se rpercute sur la sant
des consommateurs. Ce travail vise estimer la rpartition du
chlordcone dans diffrents tissus des ruminants en fonction
de leur adiposit, et tester leffet de cette adiposit et de
lajout de charbon actif ou dhuile de paraffine sur la cintique
de dcontamination. Une priode de dcontamination de
30 jours est suffisante pour observer une diminution des
niveaux de chlordcone de plus de 75% dans les deux groupes
exprimentaux qui ont suivi.
http://dx.doi.org/10.1007/s11356-015-5833-4
Rapport annuel
2015
055
Mtaprogramme
M MEM
Identification de nouvelles espces

zoonotiques de Bartonelles chez des patients
piqus par des tiques
Les tiques sont les premiers vecteurs dagents pathognes pour
lhomme et lanimal en Europe. Malgr leur frquence et leur
importance clinique, les maladies transmissibles par les tiques
restent peu connues et mal diagnostiques. En analysant du sang
de patients piqus par des tiques, nous identifions et isolons pour
la premire fois chez lhomme des espces de Bartonella issues de
la faune sauvage dans un contexte de piqre de tique. Ce travail
illustre parfaitement la ncessit de prendre en considration
conjointement lhomme et les animaux (faune sauvage + faune
dlevage) pour comprendre lcologie des maladies infectieuses
afin de mieux les diagnostiquer pour les traiter dans une
dynamique Sant-Environnement .
http://dx.doi.org/10.2217/FMB.15.15
http://dx.doi.org/10.3201/eid2203.150269
La dconjugaison du bisphenol A glucuronide

est un facteur dterminant de lexposition ftale
au bisphnol A
Chez le ftus ovin qui est un modle dtude de la physiologie
ftale humaine, nous montrons que lhydrolyse du bisphnol A
glucuronide (BPAG), pig dans le compartiment ftal, prolonge
de faon considrable la demi-vie du bisphnol A (de 20 minutes
plusieurs centaines dheures) et augmente de 43% lexposition
ftale au BPA. Ceci signifie que mme si le BPAG est inactif par
lui-mme, il constitue un dterminant de lexposition ftale au
BPA. Il sagit typiquement dune dmarche de nature une seule
sant applique aux contaminants perturbateurs endocriniens
qui affectent lhomme comme lanimal.
http://dx.doi.org/10.1016/j.envint.2015.10.006
Des cartes sanitaires pour rechercher

les contaminants environnementaux
dans les aliments
De trs nombreux polluants environnementaux sont
retrouvs dans les aliments en particulier les dioxines et
polychlorobiphnyles (PCB) toxiques mme faible dose. En
prenant comme aliment modle la viande, nous mettons au point
une mthode danalyse pour suivre simultanment lensemble
des composs de ces familles de polluants en mettant en uvre la
chromatographie exhaustive en phase gazeuse bidimensionnelle
couple la spectromtrie de masse temps de vol. Nous
dressons des cartes sanitaires comprenant 17 dioxines et 189
des 209 PCBs qui peuvent tre utilises pour tudier dautres
aliments contamins. Nous les mettons en uvre pour tudier
limpact sanitaire de ces contaminants sur le consommateur.
http://dx.doi.org/10.1016/j.chroma.2015.02.054
http://dx.doi.org/10.1016/j.chroma.2015.01.045
Rapport annuel
2015
056
clairage sur...
Gnomes et vins
Nous savons depuis quelques annes que les gnomes ne sont

pas des objets immobiles mais quils voluent au cours du temps,
sous leffet de contraintes environnementales ou sous leffet de la
domestication par lhomme. Celui-ci cherche encore et encore
adapter les espces sauvages pour les lever ou les cultiver sa
faon et en particulier pour fabriquer le vin !
Des transporteurs doligopeptides acquis par transfert horizontal

confrent un avantage comptitif aux levures nologiques
Les levures nologiques, Saccaromyces cerevisiae, sont utilises depuis des millnaires pour llaboration du vin et prsentent des
caractristiques uniques au sein de lespce. Les mcanismes impliqus dans ladaptation de ces souches leur environnement, qui
les expose de nombreux stress, restent mal connus. Ce travail rvle que des gnes codant pour des transporteurs de petits peptides,
acquis il y a quelques milliers dannes par les levures de vin, S. cerevisiae, partir dune autre espce de levure, leur apporte un
avantage slectif dans le mot de raisin. Ces rsultats mettent en lumire les bnfices des transferts horizontaux de gnes dans
lvolution des gnomes et dans ladaptation des levures nologiques leur environnement.
http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.13117
http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msv057
Inra 2015
Rapport annuel
2015
057
Mtaprogramme
M MEM
Les origines mditerranennes de la domestication des levures de vin

rvles par des approches gnomiques
Le dveloppement des levures de vin de lespce Saccharomyces cerevisiae est suppos tre contemporain de lexpansion de la culture
de la vigne autour du bassin mditerranen. Jusqu prsent, la faible disponibilit de lignes sauvages a empch lidentification des
ressources gntiques les plus proches des S. cerevisiae de vin. Ce travail montre lexistence dune population de levures S. cerevisiae
sauvages isoles partir de chnes autour du bassin mditerranen. Lanalyse de donnes gnomiques et la comparaison un modle
de simulation de lvolution des populations permettent didentifier que ce groupe de levures sauvages est lorigine de la population
de levures de vin.
http://dx.doi.org/10.1111/mec.13341
Lhistoire du Pinot noir qui devient Pinot gris

puis Pinot blanc...
Pour un cpage donn, tous les pieds de vigne sont identiques
ou presque. En effet, des changes de chromosomes de grande
ampleur peuvent entraner la perte de la synthse des pigments
rouges, les anthocyanes, responsables de la couleur des baies.
On peut ainsi comprendre la diversit de couleur de la baie de la
famille des Pinots (Pinot noir, gris ou blanc) et comment partir
dun Pinot noir produisant des baies noires peuvent apparatre
des pieds de Pinot gris et de Pinot blanc.
Rapport annuel
2015
058
clairage sur...
Camouflage, vitesse, illusions doptique le rgne animal regorge

de stratgies permettant aux prdateurs de capturer leurs proies ou,
inversement, ces dernires de leur chapper. De telles ruses sont
galement dployes lchelle molculaire dans le monde vgtal.
Mtaprogramme
M SMaCH
Phoma du colza : jeu de cache-cache entre le champignon

et sa plante hte
La slection et lutilisation de varits de colza naturellement rsistantes au champignon responsable des ncroses du
collet, Leptosphaeria maculans, sont largement rpandues pour lutter contre cet agent pathogne. De manire inattendue,
puisquhabituellement chaque rsistance est spcifique dune seule race de pathogne, les deux rsistances Rlm3 et Rlm7 interfrent:
lapparition de souches capables dattaquer des plantes porteuses de Rlm7 saccompagne de la rapparition de souches capables
dattaquer celles porteuses de Rlm3. Ces travaux ouvrent la voie de nouvelles perspectives en matire de lutte gntique contre
cette maladie en dployant les varits rsistantes de manire raisonne pour en accrotre la durabilit.
http://dx.doi.org/10.1111/nph.13736
Inra 2015
Rapport annuel
2015
059
Gupe parasite Venturia :

le complice viral dmasqu
Un groupe de chercheurs, conduit par des entomologistes de lInra
et du CNRS, en collaboration avec des gnticiens du CEA, lve le
voile sur un nouveau cas de gupe parasite ayant intgr dans son
gnome de lADN de virus lui permettant de contrer les dfenses
immunitaires des chenilles htes. Au-del de son intrt pour la
comprhension du rle des virus dans les mcanismes volutifs
des organismes vivants, cette tude ouvre des perspectives pour
amliorer les stratgies de dlivrance de mdicaments dans le
cadre dapplications thrapeutiques.
http://dx.doi.org/10.1126/sciadv.1501150
Comment les pucerons manipulent les plantes

Pour se nourrir, les pucerons dveloppent un mcanisme inhibant
les dfenses immunitaires de la plante. Des chercheurs de lInra et
du CNRS rvlent pour la premire fois que le puceron dtourne
lun de ses propres mcanismes de dfense pour attaquer et
rprimer les rponses immunitaires de la plante hte.
http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2015.05.047
Une nouvelle dfense antivirale des plantes inhibe

par les virus
Un leurre pour tromper ladversaire : les ruses

molculaires de lArabette
Des chercheurs du CNRS, de lInra, du CEA et de lInserm montrent
que lune des bactries phytopathognes les plus dvastatrices de
la plante, Ralstonia solanacearum, court-circuite les dfenses des
cellules vgtales en empchant le dclenchement dun signal
dalarme immunitaire. Plus tonnant encore, des cellules
vgtales dveloppent un rcepteur intgrant un leurre destin
prendre lenvahisseur son propre pige. Le Roux C. et al., Cell.
http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.025
Des chercheurs de lInra et du CNRS identifient une nouvelle

enzyme, induite en rponse une infection virale. Sils rvlent
lexistence dune nouvelle ligne de dfense antivirale chez les
plantes, les scientifiques montrent galement quelle est inhibe
par les virus qui en manipulent leur avantage les diffrentes
proprits.
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.1002326
Rapport annuel
2015
060
clairage sur
Lune des missions de lInra est dclairer les prises de dcision
des politiques publiques accompagnant les volutions du monde
agricole ou lors de crises majeures. Ce travail seffectue au sein de
la Dlgation lExpertise scientifique collective, la Prospective
et aux tudes (DEPE), mais aussi au travers de travaux mens
directement par les quipes de recherche.
Mtaprogramme
M SMaCH
La mission dexpertise
sur Xylella fastidiosa en Corse
la suite de la premire dtection de Xylella fastidiosa en Corse
le 22/07/15 le ministre de lAgriculture, de lAgroalimentaire et
de la Fort sollicite lInstitut pour raliser une mission dexpertise
afin de formuler des recommandations sur les dispositifs
rgionaux et nationaux ainsi que sur les besoins en termes
de connaissances scientifiques. La mission comporte quatre
points : 1) appui des services de ltat en Corse lors de lenqute
pidmiologique sur lorigine du foyer, 2) chantillonnage et
analyse des insectes potentiellement vecteurs de la bactrie,
3) analyse des connaissances scientifiques actuelles sur les
vecteurs potentiels de Xylella, 4) analyse prliminaire des facteurs
de risque dexpansion de la maladie.
Dfauts et corrections des mthodes

conomtriques dvaluation de leffet
des politiques publiques
Un chercheur de lInra montre quune mthode dvaluation
conomtrique de limpact des politiques publiques, trs
utilise notamment pour mesurer les effets des politiques
environnementales, souffre dun problme majeur et lauteur fait
des prconisations mthodologiques pour le rsoudre.
http://dx.doi.org/10.1016/j.jeconom.2014.09.013
Inra 2015
Rapport annuel
2015
061
Mtaprogramme
M GloFoods
Une aide la conception dune politique

agricole et alimentaire urbaine
Un partenariat Inra-Montpellier Mditerrane mtropole est cr
pour accompagner le processus de dfinition dune politique
agricole et alimentaire porte conjointement par la mtropole et
les 31 communes qui la composent. Les chercheurs ralisent un
diagnostic interdisciplinaire sur la situation agricole et alimentaire
du territoire, et animent une rflexion avec les lus et agents des
services sur des orientations et actions possibles. Les rsultats
de ces travaux sont remis la mtropole qui sen est servie pour
dfinir une politique agrocologique et alimentaire dont la mise
en uvre a dbut.
Le logiciel Urbansimul, un outil danalyse

et de prospective sur le foncier
Dans le cadre dun partenariat avec la rgion PACA, lInra et
le Cerema Mditerrane dveloppent Urbansimul, un logiciel
danalyse et de simulation de loccupation du sol et sa rgulation
lchelle parcellaire sur lensemble de la rgion PACA. Lampleur
du systme dinformation gographique quil propose constitue
une premire lchelle internationale. la fois outil de recherche
intgr plusieurs projets et outil daide la dcision dans le
cadre de la planification urbaine, Urbansimul est mis disposition
des collectivits territoriales et des services de ltat ds la fin de
lanne 2015.
Directeur de la publication : Franois Houllier

Coordination ditoriale : Franoise Vedele, Jean-Franois Launay et Eric Connehaye
Relecture : Frdrique Chabrol
Crdits photos : Photothque Inra - Wiki media Commons
Conception graphique et ralisation : Studio Cration Inra
Coordination de la traduction : Christine Young
Imprimerie : POINT 44 - 342, rue du Prof Paul Milliez - 94500 Champigny sur Marne
Inra 147, rue de lUniversit - 75338 PARIS I Tl. : +33(0)1 42 75 90 00
Inra.fr
2015
RAPPORT ANNUEL
Inra 147, rue de lUniversit - 75338 PARIS I Tl. : +33(0)1 42 75 90 00

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INRA - Les Faits Marquants Scientifiques 2015 / Rapport Annuel

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Les faits marquants scientifiques

Par Olivier Le Gall, Directeur gnral dlgu aux Affaires scientifiques

Intgration des performances conomiques, sociales

Attnuation de leffet de serre & adaptation de lagriculture

Valorisation de la biomasse, les biomatriaux & lnergie

Pour des systmes alimentaires sains & durables

Des approches prdictives

Htes et pathognes : jusquo va la manipulation ?

LInra et les politiques publiques

(Cell, Current Biology, Nature et drivs,

Les faits marquants scientifiques

Notre stratgie, nos priorits... nos travaux

8 165 agents titulaires

354 brevets en stock

4 081 publications dont 814 en open access

1er rang europen et 2e rang mondial en sciences de lagriculture

Les mtaprogrammes Inra

Adaptation de lagriculture et de la fort

tude des transitions pour la scurit alimentaire

Dterminants et impacts de la dite, interactions

Mta-omiques des cosystmes microbiens

Pratiques et services des cosystmes anthropiss

Laugmentation des tempratures diminue le rendement

Conception de stratgies combinant cultures et levage

Seulement 2% des espces dabeilles sauvages participent

Les rendements des cultures de legumineuses varient

Scurite alimentaire & changements globaux

Laugmentation des tempratures diminue

Conception de stratgies combinant cultures

Seulement 2% des espces dabeilles

Les petits producteurs qui combinent cultures et levage

La pollinisation par les abeilles, domestiques ou sauvages, est

Les rendements des cultures de legumineuses

Le bilan mitig de la rforme de la Politique agricole commune

2.2 Reproduction, nutrition, sant : les bases dun levage

Comment faire face aux mammites en levage laitier ?

2.3 Culture et foresterie multiperformantes

La signalisation nitrate chez Arabidopsis thaliana et ses connexions

Les faits marquants scientifiques

PERFORMANCES CONOMIQUES ET SERVICES MULTIPLES

Le bilan mitig de la rforme de la Politique agricole commune

nationale se situe sur une voie moyenne, malgr quelques choix

Une approche socio-cologique

Valeur de la durabilit sur le march :

Un cadre mthodologique pour une analyse

Intgration des performances conomiques,

Les faits marquants scientifiques

REPRODUCTION, NUTRITION, SANT :

Comment faire face

La transmission des maladies

M MEM & GISA

Les faits marquants scientifiques

REPRODUCTION, NUTRITION, SANT : LES BASES DUN LEVAGE MULTIPERFORMANT

Vers la matrise naturelle de la reproduction

Lendurance des chevaux de races

Un contrle gntique qui agit sur lefficacit

CULTURE ET FORESTERIE MULTIPERFORMANTES

La nutrition minrale des plantes

Pourquoi la nutrition minrale est-elle importante

Les faits marquants scientifiques

CULTURE ET FORESTERIE MULTIPERFORMANTES

La signalisation du nitrate chez Arabidopsis thaliana et ses