GENOMA

Genomas procaritico e eucaritico

Organizao do DNA nos cromossomas
Organizao dos genes nos cromosssomas
Estrutura dos genes
e ainda:
DNA repetitivo
(DNA extracromossmico)

Genomas
(generalidades)
Clula- compartimentos celulares delimitados por membranas

Eucariotas
Genoma- 2 ou mais molculas de DNA lineares
- DNA mitocondrial e plastidial
. menores dimenses
. circular
- 1x102 Mb- 1x105 MB (o mais pequeno = 10 Mb)
Clula- no compartimentalizao interna

Procariotas
Genoma- 1 molcula DNA circular
- haplides
- 1- 10 Mb
- plasmdios (1 kb-250 kb), profagos e elementos mveis
- informao gentica mais compacta
- grande diversidade de organizao
Ex: Borrelia burgdorferi
cromossoma linear: 911 kb (835 genes)
17 ou 18 molculas lineares e circulares: 533 kb (430 genes)

O que se considera Genoma?

Genoma = DNA cromossmico
Genoma = DNA cromossmico + DNA plasmdico
Vibrio cholerae: 2 molculas de DNA circulares
- 2, 96 MB (3885 genes); 71% genoma
- 1,07 MB (caract. plasmdio)

Genoma = DNA cromossmico + DNA mitocondrial e/ou plastidial

Dimenses de Genomas

Relao complexidade dos organismos com dimenso

do genoma

1) Organismos mais complexos

Genoma de maiores dimenses

ex. Homo sapiens (3 Gb) vs Drosophila melanogaster (180 Mb)

2) Paradoxo C
Salamandra- > 90 Gb vs Homem- 3 Gb

Relao do nmero de genes com dimenso do

genoma

S. cerevisae - 12 Mb

0,004 do genoma humano (3 Gb)

Genoma humano 35 000 genes x 0,004 = 140 genes para S. cerevisae

Genoma de levedura contm

aprox. 5 800 genes

ECONOMIA DE ESPAO NO GENOMA DOS ORGANISMOS MENOS COMPLEXOS

Relao de complexidade do organismo com o nmero de

genes e com dimenso do genoma

ARROZ

MILHO
Mesmo nmero
de genes

0,43 Gb

2,5 Gb

Organismos semelhantes diferem na dimenso do genoma,

mantendo o mesmo nmero de genes aproximadamente

DNA supercoiling
sobrenrolamento ou subenrolamento
DNA within the cells adopts several forms of ordered

tertiary structures begining with the formation of coiled

and supercoiled helical DNA under the control of enzymes
known as topoisomerases

A dupla hlice do DNA uma hlice

o que significa que tem enrolamento
right-handed, ie, no sentido dos ponteiros do relgio
O supercoliling consequncia de:
demasiadas rotaes (super-rotao- overwound )
da hlice sob si prpria (positive supercoiling),
ou perda de rotaes (sub-rotao- underrotating)
sob si prpria (negative supercoiling)

Neste caso a direco do enrolamento oposta do right-handed da dupla hlice

O supercoling s ocorre quando as duas cadeias de DNA no conseguem rodar
livremente uma sobre a outra, ie,
quando as extremidades esto fixas e as
superrotaes ou subrotaes
no podem ser compensadas (como o que acontece no DNA circular)

Superhelical tension in DNA

causes
DNA supercoiling

The movement of the protein causes :

- a deficit of helical turns to arise

-an excess of helical turns

in the DNA behind the protein

to accumulate in the DNA helix

ahead of the protein

Positive and negative

supercoiling
Forma relaxada
- 10 pb/rotao na conformao B

Alterao da forma relaxada

- mais ou menos de 10 pb/rotao
na conformao B

Positive supercoil

Negative supercoil

Ocorre quando o DNA

est overrotated

Ocorre quando o DNA

est underrotated

Enrolamento no mesmo
sentido do enrolamento
da dupla hlice

Enrolamento no sentido
contrrio do enrolamento
da dupla hlice

Topoisomerases
Enzimas que adicionam ou removem rotaes da dupla hlice de DNA,
quebrando temporariamente a dupla hlice, permitindo a rotao de
uma cadeia em volta da outra, e depois ligando-a de novo.

Topoisomerase I
quebra de uma cadeia, e reduz o
supercoiling devido a
remoo de rotaes

Topoisomerase II
quebra de ambas as cadeias,
adicionando ou removendo rotaes

Organizao do DNA cromossmico

em E. coli

Chromosome is condensed
in one part of the cell

Cromossoma de E.coli
- Molcula de DNA circular-fechada,
negativamente enrolada
- 4 600 kb
- 99-100% codificante
- aproxi. 4280 genes
Nick allows this loop
to become relaxed
-Nucleide (estrutura condensada):
. 40-50 domnios independentes
ou loops de 10-100 kb
. Topoisomerases
. Protenas de ligao ao DNA
- HU
- H-NS (H1)
- Fis
- IHF
-Diviso celular:
attachment point
(verso desactualizada)

Organizao do DNA cromossmico

em eucariotas
Estrutura dos cromossomas eucariticos

2
3

Nucleossoma- unidade elementar da cromatina

Structure of a nucleosome

H3 and H4 are among the most conserved proteins.

H2A and H2B an be recognized in all eukaryotes, but
show species-specific variation in sequence.
H1, closely related proteins that show appreciable
variation between tissues and species
(and are absent from yeast)

The nucleosome core particle consists of 146 bp of DNA wrapped 1.65 turns
around a histone octamer consisting of two molecules each of H2A, H2B, H3, and H4.
A nucleosome (chromatosome) contains two full turns of DNA locked in place by one molecule of H1.

Octmero de histonas
Dmero: H2A
Tetrmero: 2H3, 2H4
Dmero: H2B

Nuclease protection assays of chromatin

from human nuclei

Higher-level of packaging

Electron micrographs contrasting the

100 fiber with the 300 fiber (30 nm)

Diferentes nveis de organizao das fibras de cromatina

Estados de condensao do DNA

Outras protenas no-histonas presentes no

cromossoma

No cinetocro
Nos telmeros
No scaffold
Protena da maquinaria da replicao
DNA polimerases
Helicases
Primases

HMP (high-mobility-group proteins)

RNA polimerases
Acetilases
Factores de transcrio
E ainda protenas importantes na alterao do empacotamento e enrolamento
da cromatina durante a transcrio

Proteins scaffold
Papel importante na estrutura do cromossoma

MARs (matrix attachment regions) ou SARs (scaffold attachment regions)

Estruturas particulares dos

cromossomas lineares
Centrmeros
Telmeros

Principais estruturas do cromossoma

Classificao dos cromossomas em funo da

localizao do centrmero

Estrutura do centrmero de levedura

Point mutantions in the central CCG of
CDE3, completely inactivate the centromere

Mutations in CDE1 or CDE2 reduce

but do not inactivate centromere function

Proteins bind to yeast CDE elements

The centromere is identified by a

DNA sequence that binds specific proteins.
These proteins do not themselves bind to
microtubules but establish the site at which
the microtubule-binding proteins bind in turn.

Telomeres
Telomeres are required for the stability of the chromosome end

Telomeres are replicated by a special mechanism

Heterocromatina e eucromatina

Heterocromatina- geralmente mantm

estado de condensao durante o ciclo
celular. Heterocromatina facultativa vs constituitiva

Eucromatina- geralmente sofre

condensao e descondensao
durante o ciclo celular.

Position-effect variegation in Drosophila is a phenotypic effect

of facultative heterochromatin

A chromosomal rearrangement (inversion or translocation) silence w+ in some cells

and not others, produces a position-effect variegation
The heterochromatin can spread into de euchromatic regions, shutting off gene
expression of euchromatic genes localized in the vicinity of heterochromatin,
in those cells

Tcnicas de colorao para produzir padres de bandas

cromossmicos

Tcnica

Padro de bandas

G-banding

Bandas escuras so ricas em AT

Bandas claras em GC

Q-banding

Bandas escuras so ricas em GC

Bandas claras em AT

C-banding

Bandas escuras contm

heterocromatina constituitiva

Padres citogenticos

Estrutura dos genes

e
Organizao dos genes
Procariotas
Eucariotas

O que um gene?
-Unidade de informao gentica contida num segmento de DNA, logo uma sequncia de
nucletidos. O produto final pode ser uma protena ou um transcrito (ex. tRNA)
-Pode variar entre 75 pb e 2 300 000 pb
- A informao biolgica est contida na sequncia de nucletidos e
tornada disponvel atravs da expresso gentica, que altamente REGULADA

Quaisquer 6 nts podem originar 4096 sequncias diferentes (46)

Os genes esto organizados de diferentes modos

nos diferentes organismos

Operes: possvel organizao dos genes em

procariotas
Alguns genes de procariotas esto organizados linearmente
sob o controlo da mesma regio reguladora da transcrio
formando um OPERO
Regulao da expresso coordenada
Genes com funes relacionadas
Ocorre em bactrias
DNA
Regio
reguladora

lacZ

lacY

lacA

Estrutura de um gene eucaritico

Identificaram-se intres nos genes de tRNAs e rRNAs de Archaea

Organizao geral dos genes

Topografia dos genes em 4 organismos diferentes

13

11

Compactamento do genoma em organismos diferentes

Feature

Yeast

Fruit fly

Human

Gene density (average number per Mb)

479

76

11

Introns per gene (average)

0.04

Amount of the genome that is taken up

by genome-wide repeats

3.4%

12%

44%

Exemplos de organizao, pouco usual, de genes

Genes que se sobrepem

-Alguns vrus (ex, fago X174 de E. coli)
-Traduo dos mRNAs em diferentes grelhas
abertas de leitura
-Muito raro nos organismos superiores, mas
h exemplos nos genomas mitocondriais de
alguns animais e no Homem

Genes dentro de genes

- Frequente nos genomas nucleares
- Genes dentro de intres de genes
Ex. no genoma humano o gene da
neurofibratose de tipo I, que contm trs
pequenos genes (OGMP, EVI2B, EVI2A),
dentro do intro 27
- Muitos snoRNAs so codificados por genes
dentro de intres

DNA repetitivo

Equilibrium density gradient centrifugation of DNA

is also analytical useful , since the precise buoyant density
of the DNA (p) is a linear function of its G+C content

p= 1.66 + 0.098% (G+C)

DNA satlite no genoma humano

DNA fraccionado
em gradiente
de densidade

% G/C muito diferente nas bandas satlites, em relao encontrada na banda principal
DNA repetitivo
Nota: existem outras sequncias repetitivas para alm das observadas no DNA satlite

Renaturao dos cidos nucleicosnucleicos- Cot

Cot- Concentrao em moles (Co) de nucletidos, por litro, de determinada molcula de DNA,
e o tempo (t) de reaco.
O tempo de reassociao proporcional concentrao

Set of Cot curves for various DNA samples

O componente que renatura

mais rapidamente no genoma
eucaritico o
DNA altamente repetitivo

Influncia do tipo de sequncia de nucletidos

nucletidos,, no tempo de renaturao do DNA
A cintica de reassociao identifica dois tipos de sequncias genmicas:
-DNA NO REPETITIVO (nicas) e DNA repetitivo (mais do que uma cpia), este subdividido em
MODERADAMENTE REPETITIVO e ALTAMENTE REPETITIVO

DNA repetitivo
(DNA altamente e moderadamente repetitivo)
vs
DNA cpia nica
DNA altamente repetitivo
at 105 cpias/genoma
Ex. DNA satlite centromrico, SINEs, LINEs etc

DNA moderadamente repetitivo

10 a 1000 cpias/genoma
Ex. famlias de genes relacionados (rRNAS, tRNAs, histonas, cinases
etc.),alguns transposes, mini e microsatlites etc.

Mini and microsatellites

Minisatellites
usually few tens of nucleotides in length repeated in tandem
(repeating unit from 10 to 100 nts). Also called VNTR (variable
number of tandem repeats).
Ex. telomeric DNA

Microsatellites
usually, di- tri- or tetranucleotides repeated 10-20 x in tandem
(repeating unit <10 pb).
Also called a simple tandem repeat (STR).

DNA repetitivo agrupado e disperso

Repeties agrupadas: micro- e minisatlites

Repeties dispersas: Lines, Sines, transposes e retrotransposes

Localizao (mapeamento) de algumas sequncias de DNA

(repetitivo agrupado) no cromossoma 1 humano

Estas sequncias de DNA funcionam como marcadores genticos

What is a genetic marker or DNA marker?

A distinctive feature of a genome map
ex.
- Any polymorphic mendelian character that can be used
to follow a chromosomal segment through a pedigree.
Genetic markers are usually DNA polymorphisms

- A gene carried by a cloning vector, that codes a distinctive protein and/or

phenotype and so can be used to determine if a cell contains a copy of the cloning
vector (we can follow plasmid transference)

DNA polymorphisms
DNA polymorphisms are sequence variations at specific sites (loci), in noncoding regions of the genome. The precise sequence of DNA tends to
differ in unrelated individuals

These polymorphisms when found in genes, accounting for the differences

in phenotype, are usually referred as mutations or variants

DNA polymorphisms of a specific locus, as well as variants of a gene, are

alleles

VNTR detection by PCR

I

Ex: D1S80

VNTR detection by PCR

II

VNTR detection by PCR using multiple primers

Multiplex reaction

Composio dos ribossomas eucaritico e bacteriano

Gene families
Famlias Multignicas Simples
ex. genes de rRNAs
Gene de rRNA 5S

1)

DNA intergnico
No Homem h 2000 cpias do gene que codifica rRNA 5S,em tandem no cromossoma 1

2) Gene de 45 S (28 S, 5.8 S, 18 S)

28 S 5.8 S 18 S

28 S 5.8 S 18 S

Cromossomas 13, 14, 15, 21, 22

28 S 5.8 S 18 S

X 50 70/
cromossoma

Gene families
Famlias Multignicas Complexas
Agrupadas (clustered
(clustered or tandem
tandem))
Gene clusters de - e -globulina humana

Cromossoma 16

Cromossoma 11

Dispersas
Ex: genes da aldolase que se localizam nos cromossomas 2, 9, 10, 16, 17

Famlias Multignicas
-

Simples e Agrupadas- vrias cpias em tandem, de um mesmo gene, no mesmo cromossoma

(ex. rRNA 5S)

Simples e Dispersas- vrias cpias de um mesmo gene em cromossomas diferentes (ex. gene
do RNA 45S (rRNA 15S, 23S, 5.8S))

Complexas e Agrupadas- diferentes cpias de genes que codificam protenas com funo
semelhante,mas com algumas diferenas na sua sequncia de aminocidos, localizando-se
todos no memsmo cromossoma e com alguma proximidade (ex. e globulina)

Complexas e Dispersas- diferentes cpias de genes que codificam protenas com funo
semelhante,mas com algumas diferenas na sua sequncia de aminocidos,, que se
encontram em cromossomas diferentes (ex. gene da aldolase)

Sequncias de Insero (IS) e transposes

Grande parte do DNA moderadamente repetitivo pertence a uma classe de elementos
ELEMENTOS MVEIS
So sequncias de DNA mveis que se encontram no genoma de todos os organismos
Transpem-se deixando cpias (da o repetirem-se)
Podem j estar fixas ou ainda terem a capacidade de se transpr
MECANISMO DE TRANSPOSIO
No utiliza a maquinaria de recombinao homloga da clula
e
Podem transpr-se atravs de
intermedirio deDNA ( o caso da maioria dos procariotas)
ou RNA ( o caso da maioria dos eucariotas)
inserindo-se em
sequncias preferenciais ou sem sequncia alvo
Ser leccionado nas aulas de recombinao