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MICROBIOLOGA AMBIENTAL
358010A_291
Autor
CARMEN JULIA PADILLA PEDROZA, MICROBIOL. M.SC
VALLEDUPAR
2011
NDICE
Pagina
UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE MICROBIOLOGA Y
METABOLISMO MICROBIANO
Captulo 1. Mundo microbiano
Leccin 1. Etapas histricas de la microbiologa
Leccin 2. Microbiologa
Leccin 3. Microorganismos como clulas
Leccin 4. Importancia de los microorganismos para el hombre
Leccin 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales
Captulo 2. Perspectiva general de la vida microbiana
Leccin 6. Estructura celular en procariotas
Leccin 7. Estructura celular en eucariotas
Leccin 8. Estructura vrica
Leccin 9. Morfologa de bacterias
Leccin 10. Microscopa ptica y electrnica
Captulo 3. Metabolismo microbiano
Leccin 11. Reacciones metablicas y conservacin de la energa
Leccin 12. Gluclisis
Leccin 13. Ciclo del cido ctrico
Leccin 14. Fotosntesis en microorganismos
Leccin 15.Alternativas catablicas
UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA
Captulo 4. Crecimiento microbiano
Leccin 16. Crecimiento celular y fisin binaria
Leccin 17. Curva de crecimiento
Leccin 18. Medidas directas del crecimiento microbiano
Leccin 19. Factores fsicos en el crecimiento microbiano
Leccin 20. Oxgeno y el crecimiento microbiano
Captulo 5. Eucariota y procariota
Leccin 21. Archea
Leccin 22. Hongos
Leccin 23. Hongos mucosos
Leccin 24. Protozoos
Leccin 25. Algas
Captulo 6. Sistema de vida anaerobio
Leccin 26. Respiracin anaerobia
Leccin 27.Reduccin del nitrato y proceso de desnitrificacin
Leccin 28. Reduccin de sulfatos
Leccin 29. Metanognesis
Leccin 30. Acetanognesis
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NOTA:
Favor ver los videos sobre historia de la microbiologa en los siguientes enlaces:
http://www.youtube.com/watch?v=vPGcszfMZjM&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=GBIw1qAOBjA&feature=related
Leccin 2. Microbiologa
Es la ciencia que trata el estudio de los microorganismos. La palabra microbiologa deriva
de las voces griegas mikros, pequeo; bios, vida y logos, estudio, es decir
etimolgicamente estudia organismos demasiado pequeos para ser observados a
simple vista. Tambin llamados microbios. El objeto de estudio de la microbiologa incluye
bacterias, hongos, protozoos y virus, estos ltimos a pesar de no ser entidades celulares
definidas pueden afectar a su husped (Llop, Valds-Dapena y Zuazo, 2001; Tortora et
al. 2007).
La microbiologa ambiental es una su disciplina que estudia la funcin, diversidad de los
microorganismos y su papel en la realizacin de procesos tanto en sistemas naturales
como artificiales. Esta rea de la microbiologa es especialmente interdisciplinaria
(Madsen, 2008).
Todos los seres vivos tienen caractersticas estructurales en comn que permite a los
taxnomos agruparlos y clasificarlos para poder asignarles un nombre cientfico. La
sistemtica o filogenia estudia la clasificacin de las especies considerando su historia
evolutiva.
La mayor categora taxonmica que divide a los organismos vivos es el Dominio,
propuesta por el cientfico estadounidense Carl Woese, existen tres dominios: Eukarya,
Bacteria y Archaea. En Eukarya se encuentran los hongos, plantas, animales y protistas.
En Bacteria, las procariotas patgenas y no patgenas presentes en aire, suelo y
agua, las procariotas fotoauttrofos. Y por ltimo en el dominio Arquea se agrupan todas
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las clulas procariotas que no tienen peptidoglicano en su pared celular, las cuales en su
mayora viven en ambientes extremos o tienen actividades metablicas poco comunes
(Tortora et al. 2007).
La unidad fundamental de la clasificacin es la especie, son el grupo ms estrechamente
relacionado que tiene la capacidad de reproducirse entre si. Las especie pueden
agruparse y formar gneros, los gneros relacionados forman una familia y las familias
similares un orden y el grupo de rdenes constituyen una clase y las clases relacionadas
forman un filo y stos un reino y los reinos relacionados se agrupan en dominios (Tortora
et al. 2007).
Los virus no estn considerados como seres vivos por lo tanto no se ubican en ninguno
de los dominios descritos anteriormente.
NOTA:
Leer la seccin 1.1 Microbiologa en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J.
(2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice
Hall.
Para descargar este libro usar este enlace:
http://www.4shared.com/get/YS071GWm/Biologa_de_los_Microorganismos.html
Dar click en descargar ahora. Esperar el tiempo estipulado en el cronmetro y
dar click en descargar archivo ahora, as obtendr el libro en formato pdf. Debe
guardarlo, se usar con frecuencia en el desarrollo del mdulo. Sera ideal revisar
la tabla del contenido del libro para reforzar todas las lecciones.
La clula es un sistema abierto que intercambia materia y energa con el entorno para
realizar todas sus reacciones bioqumicas y fsico-qumicas, es decir, su metabolismo,
ste le permite el crecimiento o reproduccin donde a partir de una clula se genera otra
clula hija gracias a las actividades de sntesis celular, el movimiento le permite
desplazamiento y la comunicacin celular capacidad para interactuar con otras clulas y
activar as ciertos genes indispensables en la supervivencia de la especie, todos ellos
importantes en la continuidad de la misma (Madigan, Martinko y Parker, 2003).
NOTA:
Leer la seccin 1.2 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Glicoclix
Es una capa gelatinosa de polisacridos y/o polipptidos secretados por las clulas al
exterior de la pared celular que est relacionada con la virulencia (capacidad de producir
enfermedad), adherencia a superficies, reservas de energa, proteccin a la
deshidratacin, lesiones y salida de nutrientes. Cuando la capa est firmemente unida y
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Figura 2. Estructura flagelar en bacterias. (a) Bacterias gramnegativas, (b) bacterias grampositivas
(tomado de Tortora et al. 2007).
Fimbrias
y pili
Son apndices ms cortos, rectos y finos que los flagelos compuestos por subunidades
proteicas de pilina. Las fimbrias pueden estar en los polos o distribuidas en toda la
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superficie celular y cumple funciones de fijacin, mientras que el pili que es ms largo
que las fimbrias y slo se encuentran uno o dos por clula; cumple funciones de
transferencia intercelular de ADN en el proceso de conjugacin, tambin es llamado pili
sexual.
Pared celular
Es una estructura compleja y rgida que delimita, da forma y brinda proteccin ante la lisis
celular dada la fragilidad de la membrana citoplasmtica y la presin osmtica a la que
est sometida por el entorno extracelular, tambin juega un papel importante en la
divisin
celular
y
en
su
propia
biosntesis.
Est
compuesta
por peptidoglucano (murena) un heteropolmero constituido por N-acetilmurmico
(NAM) y N-acetilglucosamina (NAG), aminocidos de cadena lateral y puentes
transversales de aminocidos.
Las bacterias se clasifican segn la composicin de la pared celular en grampositivas y
gramnegativas (figura 3); las grampositivas adems de una capa gruesa de
peptidoglucano tienen elevadas concentraciones de cidos teicoicos mientras que las
gramnegativas no, pero stas en cambio estn formadas por una capa ms delgada de
peptidoglucano que a su vez est cubierta por una membrana externa de
lipopolisacridos (LPS), lipoprotenas, porinas y fosfolpidos (Llop et al. 2001; Madigan et
al. 2003; Tortora et al. 2007).
Figura 3. Pared celular bacteriana. Arriba se muestra la estructura de clulas grampositivas y debajo de
clulas gramnegativas (tomado de Tortora et al. 2007).
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Existen clulas procariotas que no tienen pared celular o algunas son muy escasas como
es el caso del gnero Mycoplasma pero en cambio tienen una membrana plasmtica con
esteroles. Las procariotas del dominio archaea no constan de pared celular con
peptidoglucano, siendo esta la principal caracterstica de este dominio (Tortora et al
2007).
Membrana plasmtica, citoplasmtica o celular
Es una estructura delgada que rodea al citoplasma y acta como una barrera
semipermeable y selectiva entre el interior y exterior de la clula controlando as el
ingreso y salida de sustancias; tambin gracias a la presencia de diferentes enzimas
participa en la degradacin de nutrientes, la generacin de energa (ATP) y fotosntesis.
Est compuesta por una bicapa lipdica constituida en su mayora por fosfolpidos y
protenas, stas ltimas pueden ser de superficie (perifricas) o transmembranales
(integrales) que facilitan la catlisis y transporte de sustancias. Los iones divalentes de
calcio y magnesio contribuyen a la estabilidad inica de la membrana celular. A diferencia
de las clulas eucariotas y con excepcin de los Mycoplasmas la membrana de las
procariotas no contiene esteroles (Tortora et al 2007).
Citoplasma
Es la sustancia semifluida (citosol) al interior de la clula donde se encuentra el
cromosoma (material gentico), ribosomas y depsitos de reserva o inclusiones. Est
constituido es su mayora por agua y otras sustancias (carbohidratos, iones, lpidos,
enzimas y compuestos de bajo peso molecular) A diferencia de las clulas eucariotas no
tiene citoesqueleto ni flujo citoplasmtico (Llop et al. 2001; Tortora et al 2007).
Nucleoide o procarin
Es la zona que contiene el material gentico conformado por un cromosoma (molcula
de ADN bicatenario), unido a la membrana celular pero que a diferencia de las clulas
eucariotas no est delimitado por una envoltura o membrana nuclear. Muchas bacterias
contienen pequeas molculas de ADN circular que no estn unidas al cromosoma
bacteriano y que se replican independientemente de ste, llamados plsmidos (muy tiles
en la biotecnologa); los cuales le otorgan propiedades especiales como resistencia a
antibiticos, tolerancia a sustancias txicas, entre otras (Llop et al. 2001; Madigan et al.
2003; Tortora et al. 2007).
Ribosomas
Son estructuras celulares que constan de dos subunidades compuestas por acido
ribonucleico ribosomal (ARNr o rRNA por siglas en ingls) y protenas, se encuentran por
millares en el citoplasma dada su funcin vital en la sntesis de protenas. Cuando se
estn agrupados en cadenas se les llama polirribosomas. Los ribosomas procariotas son
ms pequeos que los eucariotas y se les conoce como ribosomas 70S.
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Inclusiones
El citoplasma de las clulas procariotas contiene diversas estructuras de
almacenamiento, reserva o depsito de nutrientes llamadas inclusiones,que pueden ser
utilizados cuando est expuesta a medios adversos o en condiciones de inanicin. Entre
ellas tenemos:
Grnulos metacromticos o volutina
Son estructuras conformadas por reservas de fosfato inorgnico utilizados para la sntesis
de ATP, se les llama as por el color rojo que toman cuando son expuestos a colorantes
azules como es el caso del azul de metileno o azul de toluidina. Adems de las bacterias.
las algas, hongos o protozoos los pueden tener (Tortora et al. 2007).
Grnulos polisacridos
Son reservas de almidn y glucgeno que la bacteria almacena cuando crece en un
medio pobre en nitrgeno pero rico en carbono; al exponerse al yoduro de potasio el
glucgeno toma un color rojo y el almidn azul.
Inclusiones lipdicas
Son acmulos de
poli-beta
hidroxibutricos (PHB) que en
especies
como Bacillus constituyen reservas de carbono y energa durante la esporulacin.
Tambin hay bacterias que reservan poli-beta-hidroxialcanoatos (PHA), los cuales hoy
son utilizados para fabricar plsticos bacterianos biodegradables y disminuir a la
contaminacin ambiental. Se tien con colorantes como el Negro-Sudn.
Grnulos de azufre
Se forman cuando en el medio hay compuestos de azufre reducido para usarlos como
reservas de energa. Aparece en las bacterias que utilizan sulfuro de hidrgeno (SH 2)
como el gnero de Thiobacillus.
Carboxisomas
Son inclusiones compuestas por una monocapa protenica que contiene la enzima
ribulosa-bifosfato carboxilasa; utilizada por las bacterias fotosintticas y nitrificantes.
Vacuolas de gas
Son vesculas con una monocapa protenica impermeable al agua pero que acumulan
gas dependiendo de la concentracin de ste en el exterior. Estas estructuras confieren
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la flotabilidad ptima que les permite alcanzar luz, oxgeno u otros elementos. Estn
presentes en cianobacterias, halobacterias y anoxignicas.
Magnetosomas
Son partculas cristalinas de hierro magnetita (Fe3O4), sensores del campo magntico
terrestre ya que permiten la orientacin de las bacterias magnetotcticas (Aquaspirillum
magnetotacticum y Magnetospurillum magnetotacticum); en el campo industrial se
desarrollan mtodos para obtener magnetita para la fabricacin de cintas magnticas
para audio y datos.
Endosporas
Son clulas en reposo que se forman intracelularmente por la carencia de nutrientes en
ciertas bacterias (Bacillus, Clostridium, Sporosarcina). Estas estructuras pueden vivir en
ambientes adversos como calor extremo, falta de nutrientes, radiaciones, desecacin,
presencia de agentes qumicos o bactericidas etc. El proceso de formacin de
endosporas se conoce como esporulacin o esporognesis e implica la invaginacin de
la membrana celular junto con material gentico en una clula vegetativa o progenitora
que despus de lisarse libera la endospora y puede permanecer en latencia por millones
de aos, hasta que por un estmulo qumico o fsico se desencadena la germinacin
(recuperacin del estado vegetativo). Este no es considerado un proceso de
reproduccin.
NOTA:
En este enlace encontrar un video sobre bacterias:
http://www.youtube.com/watch?v=KcFjXYzGh20
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Flagelos y cilios
Al igual que en las procariotas sirven para la locomocin y desplazamiento, pueden estar
recubiertas de citoplasma y membrana plasmtica; estn conformados por microtbulos
compuestos de tubulina y didena. Si son largos se les llama flagelos y si son escasos y
numerosos cilios. Son frecuentes en protozoos y algas.
Pared celular y glicoclix
Son una estructura ms simple que en las clulas procariotas est compuesta por
celulosa (en plantas y algunos hongos) y quitina, glucano y manano en la mayora de los
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hongos. No todas las eucariotas tienen pared, las clulas animales estn desprovistas de
ella pero en cambio constan de una cubierta de carbohidratos llamada glicoclix.
Membrana celular
Est conformada por una bicapa lipdica, pero a diferencia de las procariotas contiene
carbohidratos (actan como receptores), esteroles (colesterol en animales) y ergosterol
(en hongos).
Citoplasma
Al contrario de las procariotas tiene un citoesqueleto que le da soporte y contribuye al
transporte de las sustancias gracias al flujo citoplasmtico, las enzimas no estn disueltas
en el citosol sino que estn confinadas en las organelas.
Ribosomas
Son estructuras ms grandes y densas que en procariotas, conocidas como 80S,
compuestos por ARNr y protenas, se encuentran en el retculo endoplasmtico rugoso y
libres en el citoplasma. Los cloroplastos y mitocondrias contienen ribosomas de 70S.
Pueden formar polirribosomas y su funcin es la sntesis de protenas para todas las
actividades celulares (Tortora et al. 2007).
Ncleo
Es el orgnulo ms grande de la clula, con forma esfrica u ovalada rodeado por una
doble membrana nuclear con poros nucleares que controlan el intercambio de sustancias
(ARNr, ARNmensajero y enzimas) entre el ncleo y el citoplasma. El nucleolo est
inmerso en la membrana nuclear y se encarga de sintetizar ARNr. El ncleo contiene el
material gentico (ADN y ARN). El ADN est rodeado por protenas llamadas histonas y
contiene mltiples cromosomas.
Retculo endoplasmtico
Existen dos tipos: el retculo endoplasmtico rugoso que es una red de canales o sacos
membranosos (cisternas) que se extiende desde la membrana nuclear y estn
recubiertos de ribosomas; su funcin es sintetizar protenas y catalizar las unin entre
stas y otros compuestos como carbohidratos o lpidos que luego son secretados a la
membrana.
El retculo endoplasmtico liso, no tiene ribosomas (de all su nombre) pero tiene enzimas
que sintetizan fosfolpidos, grasas, esteroides (estrgenos, tetosterona y colesterol),
adems de fagocitar sustancias txicas como el alcohol y drogas (figura 5).
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Figura 5. Estructura del retculo endoplasmtico. Se observa el retculo endoplasmtico liso (RE liso) y el
retculo endoplasmtico rugoso (RE rugoso) con ribosomas en su interior (tomado de Tortora et al. 2007).
Aparato de golgi
Es una red de canales o cisternas que recibe vesculas (con protenas) que vienen del
retculo endoplasmtico rugoso y despus de reacciones enzimticas las proteinas sufren
modificaciones para generar glicoprotenas, glucolpidos y lipoprotenas las cuales
pueden ser secretadas y transportadas hasta la membrana celular (figura 6).
Lisosomas
Son estructuras esfricas rodeadas de membrana, formados a partir del aparato de golgi,
contienen enzimas capaces de degradar diversas sustancias e incluso bacterias.
Vacuolas
Son cavidades derivadas del aparato de golgi rodeadas de una membrana llamada
tonoplasto, presentes en su mayora en clulas vegetales. Sus funciones estn
relacionadas con almacenamiento de nutrientes, desechos y agua.
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Figura 6. Aparato de golgi. Se observan vesculas que llegan desde el RE rugoso (tomado de Tortora et
al. 2007).
Mitocondrias
Son organelas esfricas o bastoniformes compuestas por una doble membrana (interna
y externa) que forma pliegues llamadas crestas y con un interior semilquido conocido
como matriz. Las mitocondrias contienen ADN y ribosomas 70S indispensables para la
produccin de enzimas que participan en varias actividades metablicas exclusivas de
esta organela. Sus funciones estn relacionadas con la respiracin celular y produccin
de ATP. Tambin pueden dividirse para generar nuevas mitocondrias en la misma clula.
Cloroplastos
Son estructuras grandes de doble membrana que contienen la clorofila necesaria para la
fotosntesis. Tambin contienen ADN, ribosomas 70S y enzimas que participan en la
sntesis de protenas; adems de poder reproducirse dentro de la misma clula. Los
cloroplastos contienen granas, las cuales son agrupaciones de sacos aplanados
llamados tilacoides donde se encuentra el pigmento de la clorofila. Estn presentes en
algas y plantas.
Peroxisomas
Son orgnulos pequeos rodeados de membranas con enzimas que oxidan sustancias
orgnicas (aminocidos, cidos grasos) y txicas (alcohol, perxido de hidrgeno). La
catalasa se encuentra en esta organela.
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Centrosomas
Est formado por material pericentriolar (zona del densa citosol de fibras protenicas) y
centriolos (nueve tripletes de microtbulos). Sus funciones estn relacionadas con la
divisin celular en la formacin del huso mittico.
Acido nucleico
Est constituido por ADN o RNA y stos pueden ser monocatenario (una cadena o
cadena sencilla) o bicatenario (dos cadenas o cadena doble) o dividido en varios
segmentos. Por lo general el material gentico viral es mucho ms pequeo que en
bacterias (5000 bases 230.000 pared de bases). Los cidos nucleicos tienen la
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Cpside y envoltura
La cpside es la cubierta protenica que envuelve al material gentico y est constituido
por subunidades estructurales proteicas llamados capsmeros, la composicin qumica
de stos puede ser de una o varias protenas y vara de acuerdo al virus. La cpside es
la que determina la forma del virus.
La envoltura es una membrana constituida por lpidos, protenas y carbohidratos, se
forma durante la maduracin viral mediante un proceso de gemacin a travs de la
membrana celular de la clula husped. Algunos virus tienen prolongaciones por fuera
de la envoltura conocidas como peplmeros; usualmente estn conformados por
glucoprotenas virales. Tambin tienen protenas no glucosiladas por debajo de la
envoltura. Es importante aclarar que el carbohidrato que se aade a las protenas no es
de origen viral si no que es aportado por la clula husped mientras que la protena si es
codificada por el virus (Llop et al. 2001).
Cuadro 1. Comparacin de virus y bacterias (tomado de Tortora et al. 2007).
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Existen virus sin envoltura o virus desnudos, en este tipo de virus la cpside protege al
material gentico de la degradacin por parte de nucleadas (DNasa y RNasa).
Los virus se clasifican morfolgicamente con base a la simetra o arquitectura de su
cpside mediante estudios de microscopa electrnica, crioelectrnica y cristalografa de
rayos X. Los principales grupos son: virus helicoidales (virus de la rabia, virus mosaico
del tabaco, TMV), virus polidricos (virus del papiloma humano, HPV), virus con envoltura
(virus de la gripe, VIH) y virus complejos como el caso de los bacterifagos (Fago T4),
ver algunos en la figura 7.
NOTA:
En este enlace encontrar un video sobre virus :
http://www.youtube.com/watch?v=L9kwsj9h2Hg
21
Cocos: Bacterias de forma esfrica, redonda u ovalada. Cuando se dividen pueden agruparse
entre si de varias formas: diplococos (cocos en pares), tetracocos (grupos de cuatro),
estreptococos (cocos unidos en forma de cadena) y estafilococos (en agrupaciones amplias
semejantes a racimos).
Otras formas menos comunes como las bacterias en forma de estrella, rectangular y triangular.
NOTA:
En este enlace un documento para ampliar esta leccin y las anteriores:
http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/MorfologiayEstructuraBacteriana.pdf
22
Se refiere al uso de microscopios que usen luz visible con el fin de visualizar u observar
muestras. Existen varios tipos de microscopa ptica:
Microscopio ptico compuesto
Tiene varias lentes y usan luz visible como fuente de iluminacin. Con sus lentes talladas
permite aumentar muchas veces el tamao de la muestra real gracias a los rayos
luminosos que vienen de la fuente de luz y pasan por el condensador hasta llegar a la
muestra, luego los rayos pasan a travs de la lente del objetivo (lentes de 10X, 40 X y
100X) y puede finalmente observarse la muestra en el ocular (monocular o binocular),
mirar la figura 9. Es usado para observar microorganismos vivos o teidos.
Microscopio de campo oscuro
El condensador tiene un disco que bloquea los rayos de luz directa que llegara a los
objetivos, al no tener una luz de fondo directa, la muestra se observa iluminada en los
bordes pero con un fondo o campo oscuro; es una tcnica muy usada para observar
estructuras muy pequeas como flagelos y espiroquetas por la alta resolucin (capacidad
de distinguir entre dos puntos) de este tipo de microscopio. Ver figura 10.
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Figura 9. Microscopio ptico compuesto. A la izquierda partes y funciones del microscopio. A la derecha
trayecto de la luz de abajo hacia arriba hasta el ojo humano.
24
Figura 10. Imgenes de Paramecium por microscopia ptica (MO). A la izquierda fotografa con
microscopio de campo claro, en el centro con MO de campo oscuro y a la derecha con MO de contraste de
fase (Tomado de Tortora et al. 2007).
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Figura 12. Microfotografas de Paramecium con microscopa electrnica. A la derecha imagen desde un
microscopio electrnico de transmisin (MET) y a la derecha desde un microscopio electrnico de barrido
(MEB).
NOTA:
En este enlace encontrar un video de microscopa:
http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=fgnkdgHXK_Y&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=9-qps2KU7WM&feature=related
26
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Cuadro 2. Reacciones de xido reduccin para obtencin de energa por bacterias (tomado de Llop et al.
2001).
Fermentacin
Es un proceso catablico generador de ATP a partir de compuestos orgnicos en el que
stos sirven como donadores y aceptores de electrones. Aqu no existe un aceptor final
de electrones como lo es el O2 en la respiracin. Los microorganismos pueden usar como
sustrato en la fermentacin carbohidratos, cidos orgnicos, aminocidos y nucletidos.
La fermentacin es un proceso anaerbico que slo puede generar ATP a travs de la
fosforilacin a nivel sustrato. Por ejemplo la produccin de cido lctico a partir de glucosa
por Streptococcus. Este proceso es propio de microorganismos anaerobios estrictos,
facultativos y anaerobios aerotolerantes.
Respiracin
Es un proceso metablico generador de ATP a travs de la fosforilacin oxidativa donde
el oxgeno u otro aceptor de electrones pueden actuar como aceptor final de electrones.
En la respiracin compuestos orgnicos (en hetertrofos) e inorgnicos (bacterias
littrofas) pueden donar y aceptar electrones. La respiracin puede ser aerobia, donde el
oxgeno es el aceptor final de electrones y anaerobia, donde el aceptor final de electrones
puede ser sulfatos, nitratos y carbonatos (Llop et al 2001) ver cuadro 2. La respiracin
aerobia produce mucha ms energa que la fermentacin.
La respiracin aerobia consta de tres pasos: formacin de piruvato a partir de sustancias
orgnicas, ciclo de Krebs y cadena de transporte de electrones. La respiracin aerobia
produce mucha ms energa que la anaerobia.
Fotosntesis
Esta actividad metablica la veremos ms adelante en la leccin 14.
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Figura
13. Oxidacin
global
de
la
glucosa
(tomado
del
enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20%20Capitulo%208.htm)
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Figura
14. Fermentacin
para
la
produccin
de
etanol
y
lactato
(tomado
del
enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20%20Capitulo%208.htm).
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Figura
16. Ciclo
de
Krebs
o
del
cido
ctrico
(tomado
del
enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%
20-%20Capitulo%208.htm).
Figura
17. Cadena
transportadora
de
electrones
en
(tomado
del
enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%2
0-%20Capitulo%208.htm).
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Cuadro 3. Rendimiento energtico por la oxidacin de una molcula de glucosa. Tomado del
enlace:(http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20%20Capitulo%208.htm).
NOTA:
Favor ver este video en el siguiente enlace:
http://video.google.com/videoplay?docid=-4979202337380045677#
34
Las plantas, algas y cianobacterias usan el agua como fuente de hidrgeno y liberan el
oxgeno:
6CO2 + 12H2O + Luz C6H12O6 + 6H2O + 6O2
Las bacterias rojas, sulfurosas y verdes usan el H2S como fuente de hidrgeno y
producen grnulos de azufre:
6CO2 + 12H2S C6H12O6 + 6H2O + 12S
35
NOTA:
Leer en el siguiente enlace para mayor
informacin:http://web.usal.es/~jmcsil/biblioteca/biofisica/unizar/FOTO.htm
36
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Fuente de carbono
Es la principal fuente para la obtencin de energa, y composicin de elementos o
estructuras celulares. Los organismos fotosintticos (auttrofos) obtienen el carbono a
partir del CO2 y lo convierten en glucosa, mientras que los hetertrofos lo obtienen de
fuentes orgnicas como carbohidratos, protenas, y lpidos. El carbono constituye casi la
mitad de peso seco de una clula.
Fuente de nitrgeno
Sirve para la sntesis de protenas, cidos nucleicos (ADN, ARN) y enzimas. Los
microorganismos lo pueden asimilar a partir de fuentes inorgnicas o de compuestos que
lo contengan como es el caso de las protenas. Unas bacterias utilizan el nitrgeno en la
forma reducida proveniente del amonio (NH4+), otras a partir de nitratos (NO3-) o nitritos
(NO2-) y las fijadoras de nitrgeno o las simbiticas a parir de nitrgeno molecular o libre
(N2).
http://books.google.com.sv/books?id=Nxb3iETuwpIC&printsec=frontcover&dq=introd
ucci%C3%B3n+a+la+microbi%C3%
B3logia+tortora&hl=es&ei=15w9TuzyHuPX0QH3v7DDBw&sa=X&oi=book_result&ct=
book-thumbnail&resnum=1&ved=0CCsQ6wEwAA#v=onepage&q&f=false
39
Figura
22.
Curva
de
crecimiento
microbiano.
Ver
detalle
en
texto. (Tomado http://www.facmed.unam.mx/deptos/microbiologia/bacteriologia/generalidades.html).
el
Logartmica o exponencial
Es la fase de mximo crecimiento celular y actividad metablica donde las clulas
comienzan a dividirse activamente a velocidad constante Vc = constante. En este periodo
los microorganismos aprovechan al mximo los nutrientes presentes en el medio de
40
cultivo y cuando se le aportan todas las condiciones ptimas puede generar productos
de inters industrial; aunque es la fase de mayor sensibilidad a antimicrobianos.
Fase estacionaria
Cuando de agotan los nutrientes, aumentan las toxinas, cambia el pH y disminuye el
oxgeno la velocidad de crecimiento comienza a decrecer hasta llegar a cero Vc = 0, ya
que el nmero de clulas que se dividen es igual al nmero de clulas que mueren.
NOTA:
Leer en el siguiente enlace para mayor informacin:
http://www.ucv.ve/fileadmin/user_upload/facultad_farmacia/catedraMicro/08_Tema_6_crecim
iento.pdf
41
Esta tcnica se fundamenta en que cada colonia est compuesta por un solo tipo de
bacteria. Los recuentos se informan en unidades formadoras de colonias (UFC). Existen
dos mtodos para realizar el recuento en placa: el mtodo de placa vertida o el mtodo
de extensin en placa (figura 23). Cuando el nmero de colonias en placa supera el de
300 UFC es recomendable realizar diluciones seriadas para diluir el inculo original y
facilitar el conteo.
Figura 23. Mtodos de recuento en placa de clulas viables (tomado de Madigan et al. 2003).
resultados confiables; luego de las diluciones se siembran las placas y se procede a hacer
el conteo del nmero de colonias que debe ser multiplicado por el factor de dilucin para
obtener las UFC por mililitro de muestra original (figura 24).
Filtracin
Es un mtodo muy usado en microbiologa de aguas cuando la concentracin de
bacterias presentes en la muestra es muy baja. Para la filtracin por membranas 100 ml
de agua atraviesan un filtro con poros muy pequeos que no pueden pasar las bacterias,
las cuales se quedan en la superficie del filtro, ste se transfiere a una almohadilla con
medio de cultivo donde las colonias pueden crecer y con una incubacin previa hacer el
recuento. Es una tcnica muy usada para detectar y cuantificar bacterias de
contaminacin fecal (coliformes fecales).
NOTA:
Leer las secciones 6.5, 28.1 y 20.3 en: Madigan, M., Martinko, J &
Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed).
Madrid: Pearson Prentice Hall
Figura 24. Mtodo de diluciones seriadas para recuento en placa de colonias (tomado de Tortora et al.
2007).
43
Temperatura
44
Sicrfilos
Son aquellos microorganismos afines al fro o con temperaturas de crecimiento bajas (0
20 C). Existen sicrfilos estrictos que crecen a 0 C pero con una T ptima de 15C;
mientras que los sicrotrofos o sicrofilos facultativos pueden crecer a 0 C pero tienen
temperaturas ptimas entre 20 y 30C. Este grupo se encuentran en ocanos, zonas
polares y contaminando alimentos refrigerados.
Las algas (Chlamydomonas Nivalis) estn dentro de los sicrfilos ms estudiados las
cuales crecen en zonas nevadas dando tonalidad roja o verde a la superficie (Madigan et
al. 2003).
Mesfilos
Aquellos microorganismos con afinidad a temperaturas moderadas y con temperatura
ptima de crecimiento entre 25 y 40 C. En este grupo encontramos a la mayora de los
microorganismos ambientales y patgenos.
Termfilos
La mayora de las eucariotas estn por fuera de este grupo, son aquellos
microorganismos capaces de crecer a temperaturas elevadas y con afinidad por el calor.
Tienen temperaturas ptimas entre 50 y 60 C. Los hipertermfilos o termfilos extremos
tienen temperaturas ptimas de crecimiento de 80 C o ms, cierto miembros del
dominio Archaea hacen parte de este grupo. La mayora se encuentran en compost,
aguas termales y fumarolas hidrotermales de volcanes.
pH
NOTA:
Ver en el siguiente enlace para mayor informacin (desde la pgina 8):
http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/FisiologiayMetabolismoBacteriano.pdf
45
Aerobios estrictos
Anaerobios facultativos
Utilizan el oxgeno cuando est presente pero cuando no hay pueden continuar su
crecimiento a travs de la fermentacin o respiracin anaerobia. Aunque su
crecimiento es mayor en presencia de oxgeno as como su produccin de energa.
Ejemplo, Escherichia coli.
Figura 26. Efecto del oxgeno en el crecimiento microbiano. (a) Microorganismos aerobios; (b)
anaerobios estrictos; (c) anaerobios o aerobios facultativos (c); (d) microaerfilos y (e) anaerobios
aerotolerantes. (Tomado de Madigan et al. 2003).
46
Anaerobios estrictos
Anaerobios aerotolerantes
Toleran el oxgeno porque tiene una enzima (SOD), que neutraliza las formas txicas
del oxgeno pero no lo usan para su crecimiento ni para la obtencin de energa. Los
de este grupo fermentan los carbohidratos para formar cido lctico. Ejemplo, los
lactobacilos usados en la produccin de quesos, yogures y alimentos fermentados.
Microaerfilos
NOTA:
Leer la seccin 6.13 oxgeno y crecimiento microbiano en: Madigan, M.,
Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos.
(10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
47
48
Halfilos extremos
Metangenos
Thermoplasmatales
Contiene tres gneros que adems de ser termfilos son acidfilos extremos. El
gnero Thermoplasma, es aerobio facultativo, crece a pH 2.0, no tienen pared celular
pero si flagelos, es quimioorganotrofo; se pueden encontrar en restos orgnicos del
carbn. El gnero Ferroplasma, es quimiolittrofo y auttrofo, obtiene la energa a
49
partir del in frrico y usa el CO2, crece a 35 C, tampoco tiene pared celular. Por
ltimo el gneroPicrophilus, puede crecer en pH de 0.06, tiene pared celular a pH
moderados de 4.0 las clulas se desintegran (Madigan et al 2003) (figura 29).
Figura
29. Microfotografa
de Thermoplasma
acidophilum.
enlace: http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Thermoplasma
Tomado
del
Pueden vivir a temperaturas de 100 C, en este grupo est el gnero Sulfolobus, que
crece en manantiales ricos en azufre y a pH cidos, es quimiolitotrfico aerbico, este
microorganismo se adhiere a los cristales de azufre pero tambin puede usar iones
de hierro y cobre (Madigan et al 2003) (figura 30).
Figura
30. Solfulobus
archaea.
Microfotografa
enlace: http://www.sciencephoto.com/media/13222/enlarge
tomada
del
NOTA:
Leer en el captulo 13 Diversidad procariota Archaea en: Madigan, M., Martinko, J &
Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson
Prentice Hall.
50
Estn compuestos por hifas o filamentos que se pueden unir y entrelazar de forma
abundante hasta formar el micelio que puede verse a simple vista. Las hifas pueden estar
divididas por tabiques llamados septos, con la presencia de un ncleo o tambin pueden
ser aseptadas o cenocticas (con muchos ncleos). Tienen pequeos poros que permiten
el intercambio.
El micelio se clasifica en areo (o reproductivo), ste crece en la superficie del medio de
cultivo y contiene las estructuras reproductivas (conidias o esporas) y el micelio
vegetativo, que est dentro del medio de cultivo para absorber y obtener los nutrientes
(figura 31).
Figura 31. Ejemplos de hongos filamentosos. A la derecha Aspergillus sp. (Tomado del
enlace: http://www.emlab.com/s/sampling/env-report-09-2006.html) y a la izquierda cultivo en agar
de Aspergillus fumigatus tomado del enlace: http://es.wikipedia.org/wiki/Aspergillus_fumigatus.
51
Hongos levaduriformes
Son microorganismos unicelulares, de forma ovalada ms grandes que las bacterias, se dividen
por gemacin o brotacin (figura 32), su hbitat es generalmente en ambientes con azcares:
frutos, cortezas, flores; tambin pueden infectar insectos o animales. Es importante aclarar que
no todas son patgenas, por ejemplo, Saccharomyces es muy usada en procesos fermentativos
en la industria alimentaria.
Reproduccin
Los hongos tienen reproduccin sexual y asexual a travs de esporas, las cuales no
podemos confundir con las endosporas de las bacterias que son estructuras de
resistencia y no reproductiva. Son dos los tipos de esporas (esporas sexuales y conidias
o esporas asexuales). Las esporas asexuales (conidias) se desprenden de una hifa, y
cuando germinan se convierten en un individuo idntico al parental; mientras que, las
esporas sexuales fusionan ncleos e intercambian material gentico de tal manera que
la clula hija tendr caractersticas de ambas cepas parentales (Tortora et al. 2007).
Nutricin y aplicaciones ambientales
Los hongos son hetertrofos (quimioorganotrofos que necesitan compuestos orgnicos
como fuente de energa y carbono), crecen en ambientes con pH cidos (alrededor de 4
y 5) y altas concentraciones de azcares porque su requerimiento de carbohidratos es
ms alto que el de las bacterias, mientras que el del nitrgeno es menor, los hongos
filamentosos son aerobios entretanto las levaduras son anaerobias facultativas, no
existen hongos anaerobios estrictos.
Los hongos tienen la capacidad de degradar carbohidratos complejos como la lignina y
celulosa en sus actividades metablicas, compuestos que se encuentra en grandes
cantidades en las plantas, por lo tanto tienen un papel beneficioso en la descomposicin
de material vegetal muerto, leoso o de desecho en los bosques. Tambin establecen
relaciones simbiticas con las plantas (micorrizas) y le ayudan a la absorcin y
asimilacin de minerales que seran muy difciles de captar por la planta individualmente.
Los hongos tambin producen sustancias de inters industrial y farmacolgico (etanol,
52
bebidas, antibiticos, etc), adems de utilizarse como fuente de alimentos ya que mucho
de ellos son comestibles (championes) y tienen importantes calidades nutricionales de
carbohidratos, protenas y vitaminas.
Algunos filos de importancia
Zygomycota
Basidiomycota
Ascomycota
53
NOTA:
Leer la seccin 14.9 sobre hongos en: Introduccin a la microbiologa en:Madigan, M.,
Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
54
55
NOTA:
Leer la seccin 14.10 sobre hongos mucosos en: Introduccin a la microbiologa
en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los
microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
56
microbiota. Unos pocos son patgenos humanos pero lo que estn en este grupo tienen
una gran repercusin en la salud pblica.
Reproduccin
Su reproduccin en forma asexual es por fisin o esquizogonia (el ncleo sufre mltiples
divisiones para formar varios ncleos que luego son rodeados por citoplasma para formar
nuevas clulas hijas). En la reproduccin sexual (conjugacin) de algunos ciliados como
el Paramecium como lo muestra la figura 37, dos clulas con ncleos haploides se
fusionan donde un ncleo migra hacia el otro y al separarse las dos clulas cada una
queda fecundada donde luego de la divisin producirn clulas hijas con ADN
recombinante (Tortora et al 2007).
Clasificacin
Basados en el tipo de locomocin o movimiento podemos clasificarlos en varios grupos:
Mastigophora: flagelados
Ciliophora
Figura
37. Conjugacin
del
protozoo Paramecium.
enlace: http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
Tomado
del
57
Sarcodina
Esporozoos
Figura
39. Ejemplo
de
ciliophora. Paramecium y
sus
enlace: http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
partes.
Tomado
del
58
Figura 38. Phylum del reino protista. Este reino incluye hongos mucosos, protozoos y algas. En el cuadro
se describen algunas caractersticas y ejemplos. (Tomado del
enlace: http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB%C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/).
NOTA:
Leer por favor las pginas 8 hasta la 11 del siguiente enlace:
http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7.pdf
59
Nombre
Phaeophyta
Algas pardas
Pared
Celular
Celulosa
o
alginato
Rhodophyta
Algas rojas
Celulosa
Morfologa
Pigmentos
Reserva
Aplicacin/caracterstica
Multicelulares
con filamentos
o
ramificaciones
semejantes a
plantas
Unicelulares y
multicelulares,
filamentosas
con
ramificaciones
Clorofilas
acy
xantfilas
Carbohidratos
(laminaria)
Clorofilas a
y d,
ficocianina
y ficoeritrina
Polmeros de
glucosa,
floridean
El alginato se usa en la
industria
de
alimentos(helados,
repostera), neumticos,
lociones.viven
en
ambientes marinos
Obtencin de agar y
carragenina / algunas
algas producen toxinas
mortales.
Viven
en
ambientes marinos
60
Phylum
Nombre
Chlorophyta
Algas verdes
Bacillariophyta
Diatomeas
Pyrrophyta
Dinoflagelados
o plancton
Pared
Celular
Celulosa
Morfologa
Pigmentos
Reserva
Aplicacin/caracterstica
Unicelular y
multicelular
Clorofilas a
yb
Almidn
Pectina
y slice
Unicelulares
Lpidos o
aceite
Celulosa
Unicelulares
Clorofilas a
y c,
carotenos y
xantfila
Clorofila a y
ce,
carotenos y
xantinas
Forman el verde en
estanques. Viven en agua
dulce y suelo
Algunas pueden causar
intoxicaciones por el cido
domoico. Presentes en
agua dulce y marina
Algunas algas producen
neurotoxinas, producen la
marea roja. Viven en
ambientes marinos.
Almidn
61
NOTA:
Leer por favor el siguiente enlace para mayor informacin:
http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7.pdf
62
63
NOTA:
Leer la seccin 17.13 sobre respiracin anaerobia en: Madigan, M., Martinko, J
& Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
64
Cada reaccin es catalizada por las cuatro enzimas descritas arriba en su orden. La
nitrato reductasa (que contiene molibdeno) inicia la reduccin del nitrato a nitrito y la nitrito
reductasa lo reduce a xido ntrico y as sucesivamente hasta obtener nitrgeno gaseoso.
Al ser el nitrato una forma de nitrgeno accesible para las plantas las desnitrificacin es
considerada una prdida para la agricultura porque este pasa a la atmsfera como N 2.
Este proceso puede presentarse cuando los suelos estn anegados y la concentracin
de oxgeno disminuye. Pero puede convertirse en un beneficio para le tratamiento de
aguas residuales porque la reduccin de nitrato desfavorece el crecimiento de algas.
En bacterias como Escherichia coli el nitrato slo se reduce a nitrito mientras que el las
bacterias Paracoccus denitrificans yPseudomonas stutzeri es reducido hasta nitrgeno
molecular adems durante el transporte de electrones en la cadena respiratoria
anaerobia se genera un fuerza motriz protnica que produce ATP (figura 44).
Figura 44. Posible transporte de electrones en Pseudomonas stutzeri durante la desnitrificacin. Note que
hay enzimas inmersas en la membrana celular y periplsmicas. Fp = flavoproteinas, Q= ubiquinona y Cyt=
citocromos. (Tomado de Madigan et al. 2003).
65
NOTA:
Leer por favor el siguiente artculo para mayor informacin:
http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/NOVA6_ARTORIG4.pdf
66
Figura 45. Reduccin del sulfato. Esquema de reduccin asimiladora y desasimiladora del sulfato (tomado
de Madigan et al. 2003).
Durante la reduccin del sulfato el transporte de electrones genera una fuerza motriz
protnica til para la produccin de ATP por la accin de una enzima APT asa. En este
transporte de electrones participan varias protenas periplsmicas (enzima hidrogenasa,
citocromo c3, complejo de citocromo Hmc). Primero los electrones donados por el sustrato
citoplasmtico son recibidos por la enzima hidrogenasa las cual los transfiere al
citocromo c3 y ste a su vez al complejo Hmc el cual finalmente los transporta por la
membrana celular hasta el citoplasma donde los recibe la molcula de APS que
finalmente puede reducirse por la accin de la sulfato reductasa hasta formar sulfuro.
Entonces finalmente, un sulfato reducido a sulfuro genera fuerza motriz protnica que
produce una molcula de ATP. Pero cuando el lactato o piruvato es el donador de
electrones se genera otra molcula de ATP producida por la oxidacin del piruvato a
acetato (Madigan et al 2003) ver figura 46. Este es un proceso tpico en Desulfovibrio
desulfuricans.
67
Figura 46. Transporte de electrones en bacterias reductoras de sulfato. Para mayor detalle leer el texto
(tomado de Madigan et al. 2003).
En el metabolismo asimilador del sulfato, es decir el que tiene como finalidad la formacin
de compuestos orgnicos de azufre o biosntesis, la enzima APS quinasa aade otro
grupo fosfato a la molcula de APS para formar fosfoadenosina fosfosulfato (PAPS) el
cual puede continuar sus etapas hasta la formacin de sulfuro.
Todos los microorganismos reductores de sulfato son anaerobios obligados. El acetato
tambin es usado por muchas bacterias como donador de electrones para la reduccin
del sulfato. Otras bacterias sulfato reductoras usan compuestos de azufre en estado de
oxidacin intermedio para reducir desproporcionadamente compuestos de azufre.
Tambin se ha aislado una bacteria auttrofa y anaerobia estricta (Desulfotignum
phosphitoxidans) que acopla la reduccin del sulfato a la oxidacin del fosfito (HPO3-)
obteniendo como productos fosfatos y sulfuro. Como el fosfito se oxida espontneamente
en el aire todava no se conoce el sustrato que usa para obtenerlo pero se asume que
puede estar presente en ambientes anaerbicos (Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer por favor el siguiente artculo para mayor informacin:
http://www.scielo.org.bo/pdf/rbfb/v17n1/v17n1a02.pdf
68
Transportan la unidad de carbono desde el sustrato inicial que puede ser CO 2 hasta
el sustrato final CH4. Participa en la primera etapa de la metanognesis.
Coenzima M (CoM)
Coenzima F430
Su estructura est formada con un tetrapirrol con nquel, participa en el paso final de
la metanognesis como un complejo enzimtico de metilreductasa. A diferencia de
las anteriores no porta la unidad de carbono.
Coenzima F420
Coenzima B (CoB)
69
Proceso de metanognesis
Aunque la reduccin del dixido de carbono a metano usualmente depende del hidrgeno
molecular (H2), otros compuestos (acetato, formiato, monxido de carbono, alcoholes,
etc) tambin pueden actuar como donadores de electrones para la reduccin del CO 2.
En la metanognesis el CO2 es activado por la enzima que contiene metanofurano (MF)
y reducido a formilo, luego ste se transfiere a la enzima que tiene metanopterina (MP),
aqu se produce una molcula de agua y lo reduce a metileno, posteriormente lo vuelve
a reducir a metilo. El grupo metilo es transferido a la enzima CoM para formar metil-CoM y
reducirse finalmente a metano por la accin del complejo enzimtico metil reductasa
donde participan activamente F430 y CoB. La F430quita el CH3 del CH3-CoM y forma el
complejo Ni2+-CH3 que es reducido por los electrones aportados por el complejo unido
por puentes disulfuro CoM-S-S-CoB; para mayor ilustracin ver la figura 47. (Madigan et
al 2003).
La enzima que contiene F430 genera una fuerza motriz protnica capaz de generar ATP,
adems de las reducciones asociadas a la enzima heterodisulfuro reductasa que generan
reacciones exergnicas y extrusiones a travs de la membrana celular (Madigan et al
2003).
Los
microorganismos
metangenos (Methanosarcina
barkeri,
Methanobacterim formicicum, Methanopyurus,
etc) pueden encontrarse en materias orgnica
en
descomposicin,
zonas
pantanosos,
sedimentos, hidrotermales, reservas de petrleo
y ambientes anoxignicos con materias
orgnica, aunque tambin pueden estar
presentes en el trato digestivo de animales.
70
Figura 48. Produccin de acetato a travs de la va acetil coenzima A. (Tomado de Madigan et al. 2003).
71
NOTA:
Por favor leer el siguiente texto:
http://www.ingenieroambiental.com/4014/tratamiento545.pdf
72
Medios definidos
Son aquellos medios de cultivo a los que se les conoce la composicin qumica y
concentracin de todos sus componentes, es decir fuente de carbono, nitrgeno, sales,
etc., o sustancias particulares como vitaminas, factores de crecimiento. Estos medios
suelen usarse para trabajos experimentales o para cultivar microorganismos
quimiohetertrofos o auttrofos.
Medios complejos
Son aquellos medios a los que no se les conoce la composicin qumica exacta de sus
componentes, como los que contienen extracto de levadura, peptona, extracto de carne,
etc. Son muy usados en el laboratorio para microorganismos ambientales y patgenos.
Medios selectivos
Medios diferenciales
Cultivo de enriquecimiento
Se usa cuando el/los microorganismo (s) deseado est en pequeas cantidades mientras
que los indeseados estn presentes en altas proporciones de tal manera que con los
sustratos selectivos aportados se promueva el crecimiento de los microorganismos de
inters hasta obtener concentraciones detectables. Por ejemplo, si queremos aislar de
una muestra de sedimento bacterias que degraden o metabolicen lpidos a travs de
lipasas, lo ideal es sembrar el inculo directamente en un medio enriquecimiento lquido
que contenga lpidos (como el aceite de oliva) como nica fuente de carbono y energa,
de tal manera que slo los microorganismos que tengan estas enzimas puedan crecer en
l. Es muy prctico realizar pases sucesivos a medios enriquecidos frescos con el
sustrato limitante para asegurar que toda la poblacin que se obtuvo tiene lipasas (figura
49). Pero si en el estudio queremos no slo detectar y aislar cepas lipolticas sino tambin
termoflicas lo indicado sera adems de usar aceite de oliva como fuente de carbono y
energa usar condiciones de incubacin a altas temperaturas; de esta manera slo lo
lipolticos termoflicos podran sobrevivir en estas condiciones.
Otro ejemplo de cultivo de enriquecimiento es la columna de Winogradsky, en honor al
investigador que la dise. Esta columna es un sistema anaerobio para el
enriquecimiento y aislamiento de bacterias fototrficas (rojas y verdes), sulfato
reductoras, anaerobias, algas o cianobacterias; la columna de Winogradsky se realiza en
un cilindro que contiene material orgnico, lodo y agua de lagos, charchos o acequia;
donde los microorganismos se van desarrollando estratificadamente de acuerdo a sus
actividades metablicas y requerimientos ambientales (figura 50).
Figura 49. Medio de enriquecimiento. Medio de enriquecimiento FAM + aceite de oliva al 1% (izquierda)
para aislar microorganismos lipolticos a partir de muestras de sedimentos (a la derecha). Fuente Carmen
Julia Pedroza.
74
Figura
50.
Columna
de
Winogradsky.
Imgenes
tomadas
enlace: http://biosonia.blogspot.com/2008/12/webquest-la-columna-de-winogradsky.html
del
NOTA:
En el siguiente enlace encontrar mayor informacin:
http://www.unavarra.es/genmic/microgral/Tema%2002.%20Cultivo%20de%20microorganismos.pdf
Se toma el inculo de un cultivo mixto con un asa y se extiende sobre la superficie del
medio de cultivo slido contenido en una caja de petri, luego se hacen estras en forma
de zigzag, posteriormente debe esterilizarse el asa con calor, girar la caja e iniciar en la
ltima lnea que se sembr para trazar de nuevo la lneas en formar de zigzag, se
esteriliza de nuevo el asa y se repite el procedimiento de tal manera que el inculo se va
agotando y las colonias que crecern despus del periodo y temperatura de incubacin
tendrn una distribucin aislada unas de otras, de tal manera que cada colonia pueda
aislarse de nuevo por agotamiento y comprobar por medio de otras tcnicas que el
microorganismo est puro (figura 51).
Figura 51. Mtodo de siembra por estras o agotamiento. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Las colonias tienen caractersticas especficas que ayuda a diferenciarlas (color, borde,
elevacin, brillo, etc); pero adems de estos detalles es muy importante apoyarse con
tinciones y observaciones microscpicas para determinar morfologas o estructuras.
Pinzar de lser
Figura 52. Pinzas lser. Tambin conocidas como pinzas pticas lser (tomado de Madigan et al.
2003).
NOTA:
Figura 53. Tinciones fluorescentes de clulas. (A) Tincin con DAPI, los ncleos de las clulas se ve en
azul. (B) Tincin de clulas viables, las clulas vivas se observan verdes mientras que las muertas rojas.
Tincin de viables
A diferencia de la anterior esta tcnica permite diferenciar y contabilizar clulas vivas y
muertas. En este mtodo se usan dos colorantes fluorescentes, verde y rojo, el verde
puede penetrar todas las clulas muertas o vivas (viables); mientras que el rojo (yoduro
de propidio) slo penetra las clulas cuya membrana est daada, es decir clulas
muertas. Por lo tanto las clulas viables al teirse de verde pueden cuantificarse. Esta
tcnica puede ser inespecfica con materiales inertes por lo tanto no se recomienda su
uso en ambientes naturales si no en cultivos de laboratorio (figura 53).
Anticuerpos fluorescentes
Esta tincin no se realiza sobre los microorganismos sino en anticuerpos; entre los
colorantes tiles para teir anticuerpos est la Rodamina B y el isotiocianato de
fluorescencia, los cuales emiten una fluorescencia roja o amarillo verdosa
respectivamente. Esta tcnica es muy especfica porque permite la deteccin de
anticuerpos unidos a la clula o antgenos de la superficie celular, por la emisin de
fluorescencia del colorante que puede ser detectada con un microscopio. Es muy til en
estudios de ecologa microbiana porque permite identificar microorganismos en
ambientes naturales sin tener que aislarlos o cultivarlos adems de rastrearlos en hbitats
complejos. Su desventaja radica en que la preparacin de anticuerpos especficos para
microorganismos puede ser larga y laboriosa. Para diagnsticos clnicos es una tcnica
muy comn por la mayor disponibilidad comercial (figura 54).
78
Figura 54. Tincin con anticuerpos fluorescentes y con FISH. A la izquierda identificacin de Yersinia pestis
con anticuerpos fluorescentes CDC y a la derecha FISH mltiple para identificar bacterias nitrificantes de
aguas residuales. En rojo oxidadotas de amoniaco y en verde oxidadotas de nitritos. (Tomado de Brock et
al. 2003)
79
NOTA:
Leer la seccin 18.3 y 18.4 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock
biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
80
Figura
55.
Reaccin
en
cadena
de
la
polimerasa
(PCR).
enlace: http://es.wikipedia.org/wiki/Reacci%C3%B3n_en_cadena_de_la_polimerasa
Tomado
del
ADN molde
Contiene la regin del ADN que se quiere amplificar, se puede usar segmentos de ADN
o incluso genomas completos.
Desoxirribonucleosidos-trifosfato (dNTP)
Son los nucletidos que componen el ADN (adenina, timina, guanina y citosina) y los que
la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) usar para polimerizar y sintetizar nuevas
copias de ADN.
Son fragmentos u oligonucletidos complementarios a cada cadena del ADN molde, los
cuales apuntan entre si en direcciones opuestas. Flanquean la regin a amplificar.
Usualmente se usan primers de 17-20 nucletidos (merts). El uso de primers muy
pequeos o grandes genera limitantes para la PCR.
Iones
Buffer
DNA polimerasa
Usualmente se emplea la taq polimerasa, es la enzima que se encarga de unir los dNTPs
al ADN molde para sintetizar una nueva cadena de ADN que a su vez servir como molde.
Desnaturalizacin
82
Alineacin
Extensin
Los productos de PCR pueden tener varias finalidades: gel de electroforesis, clonacin
o secuenciacin. Todas estas tcnicas son indispensables para el desarrollo de
microorganismos recombinantes que tengan caractersticas especiales como
degradacin de contaminantes ambientales, transgnicos, resistentes, etc.
Electroforesis en gel
Permite separar molculas a travs de una matriz porosa (gel de agarosa o
poliacrilamida) donde la muestra (cidos nucleicos o protenas) migra por un campo
elctrico con base a su carga, forma, masa o tamao. Despus de terminado el corrido
las muestras menos pesadas migrarn ms rpido y quedarn en la parte de abajo del
gel mientras que las ms grandes en la parte superior. Para conocer el tamao se usan
marcadores de peso molecular conocido y programas informticos. Comnmente los
fragmentos se pueden observar con tinciones del ADN (bromuro de etidio, con la ayuda
de una cmara de luz U.V) o protenas (con colorantes como el azul de Coomassie)
(figura 56).
83
Figura 56. Electroforesis de protenas y gel de corrido. A la izquierda electroforesis en gel de poliacrilamida
de protenas (lipasas) y a la derecha corrido electrofortico de producto de PCR. Fuente Carmen Julia
Pedroza.
Secuenciacin de ADN
Es una tcnica que permite conocer el orden exacto de los nucletidos en una muestra
de ADN (ADN genmico, mitocondrial o de cloroplastos, producto de PCR, plsmidos,
etc); existen varios mtodos para la secuenciacin, entre ellos el mtodo de terminacin
en cadena o el de degradacin qumica.
Clonacin
La clonacin permite obtener muchas copias de un gen determinado, por ejemplo, se
quiere estudiar un producto de PCR ste se puede introducir con la ayuda de enzimas de
restriccin a un vector (plsmido o fago) para obtener muchas copias del gen de inters
el cual puede tener alguna caracterstica especial (como la produccin de protenas o
resistencia). Esta informacin gentica puede llevarse hasta organismos vivos pero son
varios los procedimientos que se realizan para lograr transformaciones o expresiones
gnicas.
NOTA:Leer la seccin 10.14 en el libro: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Los fundamentos de tcnicas como Southern y Northern blot y RFLP aparecen en este
enlace:
http://seqcore.brcf.med.umich.edu/doc/educ/dnapr/mbglossary/mbgloss.html
y leer temas relacionados en los libros de Lodish o Brown (ver la bibliografa del mdulo para
mayor detalle.
84
Radioistopos
Se usan las transformaciones qumicas que sufren los compuestos por la actividad
metablica de los microorganismos para evaluar lo que se da en el ambiente, marcando
los productos de esas transformaciones con radioistopos, stos son istopos
radiactivos.
Microelectrodos
Son pequeos electrodos (dispositivos de oro, vidrio y platino) de cristal para medir pH,
oxgeno, NO2, CO2, H2, H2S o salinidad. Son muy tiles para cuantificar la actividad de
los microorganismos en la naturaleza y se puede usar para estudiar diversos
microorganismos en muchos ambientes, zonas intermareales, fuentes termales, suelos,
etc.
Istopos estables
Son istopos que no se destruyen como resultado de la degradacin radiactiva, los ms
usados en la ecologa microbiana son los istopos de carbono (12C) y azufre (32S) y los
menos abundantes en la naturaleza son el carbono 13 y el azufre 34. Cuando el carbono
y el azufre son metabolizados en las actividades celulares las reacciones bioqumicas
favorecen al istopo ms liviano es decir al 12 y al 13. De tal manera que cuando el
dixido de carbono es usado por un microorganismo fottrofo el carbono celular se
enriquece en 12C y se empobrece en 13C, esto se conoce como fraccionamiento isotpico
(Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer la seccin 18.6 y 18.7 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
85
Biomasa
Biotopo
Biocenosis
Ecosistema
86
Biosfera
Hbitat
Es el sitio o ambiente donde vive una especie o poblacin. Debe tener las condiciones
adecuadas para que los organismos que la conforman realicen todas sus actividades
celulares y reproductivas que permita la supervivencia de la especie.
Nicho
Neutralismo
Comensalismo
Amensalismo
Mutualismo
Implica una relacin entre microorganismos que reciben beneficios mutuos; esta relacin
puede ser o no obligada. Ejemplo, los lquenes que estn conformados por hongos y
algas donde el alga proporciona nutrientes mientras que el hongo anclaje y proteccin.
87
Figura
57.
Ejemplo
de
micorriza.
Relacin
simbitica
entre
hongo
y
planta.
Enlaces:http://www.forestales.net/archivos/forestal/pdfs%2024/ecologia_hongos_2.html y http://greismicorrizas.blogspot.com/
Competencia
Es una relacin en la que ambos organismos se ven perjudicados donde uno suprime al
otro, usualmente compiten nutrientes, territorio, etc. Puede ser intra o interespecfica.
Parasitismo
88
del agua potable tambin puede verse muy afectada porque a pesar que muchas de las
bacterias que se desarrollan en las tuberas no son patgenas algunas como la Vibrion
cholera pueden causar graves enfermedades en la poblacin cuando parte de la
biopelcula de microorganismo se desprenden de las tuberas y llegan hasta los
consumidores. En las aguas residuales tambin se forman biopelculas o floc.
Figura 58. Biopelcula microbiana. A la izquierda flujo de la corriente de agua a travs de la Biopelcula y
a la derecha Biopelcula bacteriana sobre una superficie de acero de un sistema de provisin de agua
vista desde MEB. Los valos grandes son diatomeas. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Figura 59. Modelo de interferencia de mecanismo de QS dependiente de AHL, (tomado de Zhang y Dong
(2004).
90
Figura 60. Ciclo de oxido reduccin del carbono. Las flecha amarillas indican oxidaciones y las rojas
reducciones. Tomado de Madigan et al. 2003.
91
(luz)
(luz u oscuridad)
92
Los microorganismos fijadores de nitrgeno (N2) pueden ser de vida libre o simbitica.
Las bacterias de vida libre fijadoras de nitrgeno estn en altas concentraciones en la
rizsfera, entre ellas la bacteria aerobiaAzotobacter, este gnero que tiene gran demanda
93
Amonificacin
Es la actividad hidroltica de microorganismos descomponedores (bacterias y hongos)
que permite degradar protenas (a travs de proteasas) en aminocidos para eliminar el
grupo amino presente en los monmeros de las protenas y convertirlos en amoniaco
(NH3).
Protenas de clulas muertas aminocidos (descomposicin microbiana)
Aminocidos NH3 (Amonificacin microbiana)
Nitrificacin
Es la oxidacin del amonio a nitrato (NO3-) por bacterias nitrificantes del suelo. Se realiza
en dos etapas, en la primera fase especies de Nitrosomonas oxidan el nitrato y lo
convierten a nitrito (NO2-).
NH4+ NO2-
94
Luego en la segunda etapa bacterias de Nitrobacter oxidan el nitrito a nitrato, una fuente
de nitrgeno mvil y asimilable para la sntesis de protenas. El amonio es un in que
requiere menos energa para hacer parte de la constitucin de las protenas pero al tener
una carga positiva es atrapado por las partculas de arcilla con carga negativa, mientras
que los iones de nitrato estn libres en el suelo y dispuestos para ser asimilados.
NO2- NO3
Desnitrificacin
95
96
el sulfuro en la naturaleza depende del pH, es decir, en pH = 7.0 predomina H 2S, mientras
a pH > 7.0 predominan las formas HS - y S2-.
Estas reacciones estn implicadas cuando se vierten al mar lodos, basuras y aguas
residuales los cuales aumentan la cantidad de materia orgnica de los sedimentos
favoreciendo la contaminacin (Madigan et al. 2001).
El sulfato (SO4-2) puede ser utilizado por plantas y bacterias para incorporarlo a los
aminocidos o protenas que tienen los puentes disulfuro (asimilacin), luego tras la
muerte celular microorganismos descomponedores degradan las protenas y permiten
que el azufre se libere como H2S (desasimilacin o desulfurilacin) para volver de
nuevo al ciclo (figura 63). Estos procesos pueden darse en condiciones aerobias o
anaerobias.
Luego el sulfato tambin puede
reducirse por la accin de bacterias
(Desulfovibrio o Desulfobacter) en
condiciones anoxignicas a sulfuro
de hidrgeno. El azufre elemental se
reduce
u
oxida
por Desulfuromonas o archaeas en
condiciones anaerobias o se usa
como fuente de energa inorgnica
por bacterias como Beggiatoa.
SO4-2 H2S
S0 H2S
Todas las reacciones del ciclo del azufre son aprovechadas para el tratamiento de aguas
residuales, lodos o incluso cultivos donde a suelos muy alcalinos se les aade azufre de
tal manera que las bacterias puedan bajar el pH mediante la oxidacin del azufre que
genera cido sulfrico (H2SO4).
S + 11/2 O + H2O H2SO4
El azufre elemental tambin es un producto con valor comercial usado como materia prima en la
industria qumica para la produccin de H2SO4.
NOTA:Por favor leer el siguiente artculo:
http://b-dig.iie.org.mx/BibDig/P04-0721/D/D-03.pdf
97
Su composicin vara de acuerdo a la zona, poca del ao, poblacin, etc. Entre este tipo
de residuos podemos encontrar: residuos de construccin y demoliciones, residuos
especiales (de calles, jardines, etc), desperdicios (papel, cartn, plstico, vidrio, etc) y
residuos orgnicos (provenientes de comida como frutas, verduras, cereales, etc),
cenizas y residuos (material sobrante de quema de combustibles).
Residuos Industriales
Son aquellos que generan las actividades industriales y pueden incluir las clasificaciones
descritas arriba.
Residuos peligrosos
Son aquellos que por su naturaleza producen dao a seres humanos, animales o plantas.
Este tipo de residuos pueden ser corrosivos, reactivos, txicos o incandescentes.
Para minimizar el impacto de este los residuos en el ecosistema y en la salud pblica los
desechos slidos son tratados con un conjunto de operaciones fsicas, qumicas,
biolgicas o trmicas que tienen como finalidad disminuir o eliminar su potencial
peligroso, reutilizar desechos o adaptar sus propiedades fsicas, qumicas o biolgicas a
los requerimientos de su disposicin final (Campos, 2000).
La disposicin de residuos slidos tiene varias alternativas, entre ellas el relleno sanitario,
el compostaje y la incineracin. En este mdulo nos enfocaremos en el proceso de
compostaje donde los microorganismos tienen un papel protagnico e indispensable.
Compostaje o compost
Los residuos slidos usualmente se disponen en grandes terrenos donde se forman
montaas de basura generando condiciones anaerobias que afectan la biodegradacin
de compuestos orgnicos, sin embargo en estas condiciones se pueden desarrollar
98
Figura 64. Pila de compost. Formada a partir de residuos municipales (tomado de Tortora et al. 2007).
Para realizar el compostaje primero hay que separar la materia orgnica de la inorgnica
y se forman pilas de compostaje para facilitar el proceso biolgico de los organismos
presentes en ella.
El proceso de compostaje se inicia con quimiohetertrofos mesfilos (bacterias y hongos)
que oxidan aerbicamente los residuos y como resultado de este metabolismo aumentan
la temperatura en pila, permitiendo entonces el desarrollo de microorganismos
termofilicos (actinomicetos); eventualmente la temperatura del compost disminuye de tal
99
manera que se reestablecen los mesfilos (hongos y actinomicetos) para que consuman
los sustratos disponibles. La temperatura de una pila puede subir de 76-80 C, este
incremento permite la muerte de muchos microorganismos patgenos pero usualmente
se trabaja con temperaturas de 60 y 65 C, por sto para prevenir el exceso de calor se
emplea la aireacin o el riego.
Dentro
de
las
bacterias
importantes
del
compostaje
estn, Bacillus
stearothermophilus, Clostridium
thermocellum,Thermomonospora y Thermoactinomyces. Entre los hongos, Geotrichum,
Aspergillus y Mucur.
Coyne, (1999) menciona que para un proceso de compostaje ptimo es importante que
se tengan las siguientes consideraciones:
Disponibilidad de microorganismos
Aireacin
Temperatura
100
pH
NOTA:
Por favor leer los siguientes artculos:
http://ojs.uo.edu.cu/index.php/cq/article/viewFile/2648/2178
http://www.scielo.cl/pdf/infotec/v18n6/art10.pdf
Captacin
Aunque es preferible elegir una fuente de agua que requiera un mnimo tratamiento, la
captacin del agua se escoge de acuerdo a las fuentes disponibles (metericas,
superficiales o subterrneas).
Sedimentacin
Consiste en la precipitacin de partculas slidas o suspendidas por la accin de
gravedad despus de un tiempo determinado. La sedimentacin ayuda a reducir la
turbiedad, el contenido bacteriano, el color y la produccin de algas (para este fin se usa
el sulfato de cobre).
Coagulacin y floculacin
Consiste en la aglutinacin de partculas no eliminadas en la sedimentacin con la ayuda
de sustancias qumicas floculantes (sulfato de potasio, cloruro frrico y sulfato de aluminio
o alumbre) que forma agregados conocidos como floc. Durante este proceso se realiza
una agitacin lenta por medios mecnicos y adems acidifica el agua.
Decantacin
Los floc se precipitan en el fondo o base del recipiente decantador eliminando as un gran
nmero de virus y bacterias.
Alcalinizacin
Busca disminuir la acidez (aumentar el pH) lograda en la floculacin, para sto se usa la
cal, el carbonato o hidrxido de sodio.
Filtracin
Consiste en el flujo del agua a travs de lechos constituidos por arena fina o carbn de
antracita triturado, de tal manera que muchos microorganismos quedan atrapados en la
103
arena por adsorcin superficial. Este proceso ayuda a disminuir la turbiedad, los
microorganismos, quistes u ovoquistes de protozoos. Algunos sistemas tambin usan
carbn activado para eliminar sustancias qumicas txicas disueltas.
Desinfeccin
Consiste en la eliminacin o reduccin de bacterias patgenas. Para este fin existen
varios mtodos: entre los fsicos tenemos al calor, la radiacin con luz ultra violeta,
ultrafiltrado con membranas; entre los qumicos, la cloracin, el ozono, el permanganato
de potasio, el exceso de cal, y la oligodinamia.
NOTA:
Por favor leer desde la pgina 55 hasta la 66 en el siguiente enlace:
http://books.google.com.sv/books?id=g7YIShBSXsC&pg=PA55&dq=potabilizaci%C3%B3n+del+agua&hl=es&ei=FJxeTpDlJ8zAtgeNhImmC
w&sa=X&oi=book_
result&ct=result&resnum=3&ved=0CDcQ6AEwAg#v=onepage&q=potabilizaci%C3%B3n%20
del%20agua&f=false
Fitorremediacin
Es la descontaminacin de suelos, agua o aire de sustancias orgnicas o inorgnicas con
la actividad biolgica/metablica de plantas (arbreas, arbustivas, herbceas, etc)
actuando solas o en simbiosis con algas (ficorremediacin) u hongos (micorremediacin)
para almacenar, absorber, reducir movilidad, modificar, degradar o eliminar las
sustancias txicas. Entre los elementos contaminantes ms utilizados con este conjunto
de tecnologas estn los metales pesados, hidrocarburos, pesticidas y herbicidas (figura
65).
105
Figura 65. Sistema de fitorremediacin. Para este sistema se usan 75 hectreas de sauces en
Suecia Central: en primer plano planta de tratamiento de aguas residuales, al fondo las albercas
para aguas en invierno y campos de sauces regados con efluentes de fangos. Tomado del
enlace:http://www.fao.org/docrep/008/a0026s/a0026s11.htm
Remediacin microbiana
como el PBC, cromo, pueden ser parcialmente degradados y algunos como el uranio,
mercurio o cadmio no pueden ser biodegradados pero si almacenados y concentrados
por los microorganismos de tal manera que se puedan aislar fcilmente del ambiente
contaminado.
Respecto al sitio, la biorremediacin se puede realizar in situ, es decir en el lugar
contaminado o ex situ fuera de sitio contaminado.
En la biorremediacin in situ, se usan bacterias nativas o forneas que degraden o
minimicen el potencial txico del contaminante en el lugar afectado. Cuando se emplean
cepas nativas se realiza un tipo de biorremediacin intrinseca o pasiva, porque depende
de la capacidad de los microorganismos para responder y metabolizar los contaminantes.
Por sto para fomentar y mejorar la capacidad del microorganismo para transformar o
biodegradar el contaminante se usan estrategias de ingeniera que ayudan a hacer ms
eficiente el proceso de biorremediacin, como el control del flujo de agua, aireacin,
modificaciones qumicas y fsicas que influyan en las poblaciones microbianas y en el
contaminante. Es importante medir la eficiencia del proceso con el anlisis qumico del
agua, aire o suelo contaminado. El lugar contaminado tambin puede ser modificado por
excavaciones, manipulaciones hidrolgicas, instalacin de biorreactores o materiales que
apresuren la biorremediacin (Madsen, 2008).
En la biorremediacin ex situ, el contaminante debe almacenarse y trasladarse del lugar
contaminado para ser tratado. Un ejemplo de sto es el sistema de tratamiento de aguas
municipales donde se dirigen a travs de una serie de ambientes controlados que
estimulan el crecimiento y actividad metablica microbiana sobre los contaminantes en
filtros, tanques, digestores o biorreactores, de tal manera que las descargas a los ros,
lagos u ocanos tengan los controles fsicos, qumicos y microbiolgicos (Madsen, 2008).
NOTA:
Por favor leer el siguiente artculo:
http://www.scielo.org.mx/pdf/rica/v23n3/v23n3a4.pdf
107
El sitio contaminado
Microorganismos
Seleccin de estrategia
Procedimientos de ingeniera
108
Poblaciones microbianas
Concentracin de nutrientes
Temperatura
pH
Concentracin de oxgeno
Humedad
Esta relacionada con el contenido de materia orgnica y las caractersticas fsicas del
suelo. Suelos de estructura franca mejoran la degradacin mientras que los arcillosos la
dificultan. Para solucionar problemas de humedad, drenaje y propiedades fsicas del
suelo se pueden usar materiales como la arena, cscara de arroz o nuez, entre otros.
110
Figura 66. Biorremediacin de petrleo en suelos. Imagen de la izquierda en enero del 2008, imagen
central en junio del 2008 e imagen de la derecha en septiembre de 2008. Tomado del siguiente
enlace: http://eninteriores.com/2010/05/27/biorremediacion-opcion-contra-derrames-de-petroleo/
El petrleo es una fuente orgnica muy rica que puede ser usada como sustrato por
muchos microorganismos en condiciones aerobias. Su biodegradacin tiene lugar en la
interfase petrleo agua donde ste compuesto est mezclado con el sustrato hmedo
que facilita la accin microbiana. Para hacer ms eficiente el proceso de biorremediacin
es importante fertilizar la zona afectada con compuestos inorgnicos como el nitrgeno,
fsforo y potasio. La eficiencia de la biodegradacin tambin depende de la disponibilidad
de oxgeno y de la temperatura.
111
Temperatura
El rango de temperatura puede variar de -2 a 35 C, donde la velocidad de degradacin
y volatilidad disminuye a medida que baja la temperatura y se incrementa la viscosidad.
Oxgeno
La biodegradacin del petrleo es mayor en condiciones aerobias que anaerbias. En el
caso de los vertimientos marinos usualmente no es un limitante pero cuando el petrleo
alcanza los sedimentos marinos la biodegradacin disminuye. Cuando la permeabilidad
se reduce y se obstruyen los espacios intersticiales de los sedimentos se deben recurrir
a tcnicas que ayuden la aireacin como la labranza, rastrillado o arado en forma
peridica.
Nutrientes
En muchos ambientes contaminados los nutrientes esenciales como el nitrgeno, fsforo,
hierro o potasio puede ser deficientes para el proceso degradativo porque sus
concentraciones no favorecen el crecimiento y el metabolismo microbiano. En estos
casos es usual agregarlos al ambiente, como fertilizantes lquidos y agrcolas, o en forma
de liberacin lenta, briquetas, grnulos o con aspersores.
Usualmente se usa una proporcin de C:N:P de 120:10:1. Es importante aclarar que la
fuente de carbono es el petrleo.
La biorremediacin del petrleo como cualquier otro proceso de limpieza tiene sus
ventajas y desventajas, entre las ventajas tenemos:
Los cambios fsicos que origina sobre el sitio afectado son menores.
112
Es un proceso largo.
NOTA:
Por favor leer el siguiente artculo:
http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/ARTREVIS1_5.pdf
Biodegradacin de xenobiticos
Los xenobiticos son compuestos desarrollados por sntesis qumica por el hombre y no
existen en la naturaleza. Como resultado de las actividades industriales, agrcolas y
mineras se han desarrollado una gran variedad de estos componentes de difcil
degradacin o tratamiento, los cuales son persistentes en los ambientes
contaminados (recalcitrantes). Entre ellos estn: insecticidas clorados (DDT, lindano,
clordano), insecticidas organofosforados (palatin, malatin), herbicidas, PCB, etc.
Entre los procesos ms usados para degradar estos compuestos esta la fotodegradacin
por radiaciones solares, los procesos de oxidacin y reduccin qumica y la
biorremediacin o biodegradacin microbiana; nos enfocaremos en esta ltima.
Aunque no existen en la naturaleza, la estructura de los plaguicidas o xenobiticos puede
estar sujeta a la actividad microbiana donde algunas sustancias sirven como fuentes de
carbono y energa o como donadores de electrones. La degradacin de estos
compuestos puede ser total o incompleta dependiendo de la toxicidad y complejidad del
113
NOTA:
Para mayor informacin sobre biorremediacin de metales pesados por
accin microbiana ver este enlace:
http://binational.pharmacy.arizona.edu/documents/Biorem-HM-es-JAF.pdf
114
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