Liste de sujets Virologie

Cette liste de 66 questions est assez exhaustive. En effet, il ne s'agit pas de restreindre les
parties du cours apprendre mais de vous guider dans vos rvisions en vous indiquant les
points qu'il me semble utile que vous ayez acquis et de mieux saisir l'esprit dans lequel il vous
faut prparer cette partie de l'examen. Ces questions s'attachent plus aux concepts en virologie
qu'aux donnes ponctuelles, mme si pour la partie "rtrovirus" il faut ncessairement entrer un
peu plus dans les donnes concrtes. Pour l'examen, je choisirai quelques questions parmi ces
67 (sans exclure quelques re-formulations de dernires minutes). Cela signifie que vous
rponses seront forcment succinctes (3 6 minutes par question) et il ne s'agit pas de me
rendre une dissertation avec luxe de dtails pour chacune d'entre elles, mais de me montrer
que vous avez assimil les points importants en me les restituant en quelques lignes, et
ventuellement un schma.
1. Dfinissez les deux notions suivantes, en insistant sur les diffrences entre elles : virus, virion
2. Qu'entend-on par nature mtastable des particules virales
3. Citer des ordres de grandeurs approximatifs des valeurs suivantes : tailles minimales et maximales
des particules virales, tailles minimales et maximales des gnomes viraux (en kb), nombre maximal
et minimal de gnes contenus dans les gnomes viraux.
4. Qu'est-ce qu'un virus satellite.
5. Quels sont les constituants minimaux d'une particule virale ? Citez deux types d'agent infectieux
sub-cellulaires qui ne sont pas des virus.
6. Expliquez succinctement l'organisation de particules virales symtrie hlicodale. Quelles en sont
les consquences en terme de morphologie de ces particules.
7. Expliquez succinctement l'organisation des particules virales symtrie icosadrique. Citer les trois
types d'axe de symtrie de ces particules, et quoi ils correspondent dans la structure de la
particule
8. Qu'est-ce que le nombre de triangulation (T) ? Dans quels types de particules virales peut-il tre
dfinit ? Pouvez-vous donner le nombre de triangulation du virus prsent la figure suivante ?
9. Dcrivez par un schma la structure typique d'une bactriophage ADN double-brin ? Quel est le
rle fonctionnel des diffrentes parties ?
10. Quels sont les diffrents niveaux taxonomiques dfinis dans la classification internationale des
virus ? Donnez les rgles de nomenclatures donnes pour chacun de ces niveaux et indiquez quels
niveaux taxonomiques sont obligatoires ou facultatifs.
11. Dcrivez le principe gnral et l'intrt de la classification virale de Baltimore. Quelles sont les 6
classes dfinies ?
12. Qu'est-ce qu'un virus ARN de polarit positive ? de polarit ngative ? ambisens ? Citez une
consquence fonctionnelle importante de cette polarit.
13. Expliquez pourquoi lors de la pntration virale, certains virus ARN de polarit positive n'injectent
que leur gnome dans la cellule cible, alors que ce n'est jamais observ pour les virus ARN de
polarit ngative.
14. Le gnome de certains virus ARN de polarit positive (par exemple les Picornaviridae) ne contient
qu'une unique rgion codante (ORF). Expliquez par un schma accompagn d'une courte
explication leur cycle de rplication.
15. Le gnome de certains virus ARN eucaryotes de polarit positive (autres que les Retroviridae, par
exemple les Togaviridae) contient plusieurs rgions codantes (ORFs). Expliquez par un schma
accompagn d'une courte explication leur cycle de rplication, et comment sont traduites chacune
des rgions codantes.
16. Le cycle de rplication des virus ARN ngatifs non segments (Mononegavirales) fait intervenir
deux activits distinctes de l'ARN-polymrase : activit transcriptase et activit rplicase. Quelles
sont les diffrences entre ces deux activits ? Placez leur rle dans un schma du cycle de
rplication du virus.
17. Quelles sont les diffrences en terme de taux de mutation entre virus ARN et virus ADN ?
Expliquez les raisons de ces diffrences et leurs consquences en terme volutif.
18. Qu'est-ce qu'une quasi-espce. Pour quels types de virus observe-t-on leur dveloppement ?
Quelles en sont les consquences biologiques ?

19. Quelle est la structure des particules virales et du gnome des Orthomyxovirus (virus de la grippe) ?
Quelle modalit volutive particulire dcoule de cette structure ? Expliquez son mcanisme.
20. Chez les virus virus de la grippe de type A, une classification en sous-types est couramment utilise,
par exemples les sous-types H1N1, H3N2 ou H5N1. Expliquez quoi correspond cette
nomenclature.
21. Les oiseaux et les porcs jouent frquemment un rle important dans la survenue de pandmies du
virus de la grippe. Expliciter le rle de chacun d'entre eux.
22. Expliquez ce que sont les mcanismes de cassures (shift) et de glissement (drift) au cours
des mcanismes volutifs du virus de la grippe et leurs consquences fonctionnelles et
pidmiologiques.
23. Donnez deux raisons pour lesquels il peut tre difficile (voire impossible) d'tudier certains virus par
des techniques de biologie molculaire (par exemple en ralisant exprimentalement des altrations
gntiques cibles). Expliquer la nature des difficults.
24. Expliquez le mcanisme d'entre virale utilis par les virus envelopps
25. Expliquez ce qu'on entend par mcanismes d'entre virale pH-dpendants ou pH-indpendants ? A
quels types de virus ces notions s'appliquent-elles ? Quelles en sont les consquences en terme
d'effet cytopathognes ?
26. Comment dfinit-on les phases prcoce et tardive du cycle d'infection viral ? Pourquoi cette
dfinition est-elle importante en ce qui concerne l'expression des protines virale, pour beaucoup de
virus ?
27. Dfinissez prcisment ce qu'on entend en virologie par protine structurale et une protine
non-structurale . En dehors de la proprit qui les dfinit, quelles sont les caractristiques
frquemment rencontres pour chacun de ces types de protines virales.
28. Qu'est-ce que le phnomne de shut-off ?
29. Quelles peuvent tre les consquences physiologiques pour la cellule d'une infection virale ?
30. Qu'entend-on en virologie par phnomne de neutralisation ?
31. Expliquez succinctement quels rles respectifs peuvent jouer l'immunit adaptative humorale et
cellulaire dans la dfense contre les virus.
32. Par quels grands mcanismes la rponse immunitaire peut-elle participer la pathognicit des
virus ?
33. Comment dfiniriez-vous respectivement les infections virales aigus et chroniques ? Quelles sont
les grandes caractristiques qui les diffrencient ?
34. Citez cinq mcanismes par lesquels les virus peuvent chapper aux dfenses immunitaires de
l'hte.
35. L'tude le l'volution au cours du temps du taux de rplication virale chez un individu infect permet
de dfinit plusieurs type de profils d'infection. Dfinissez chacun de ces profils par un schma de
cette volution.
36. Qu'est-ce qu'une infection virale latente ? Citer les deux types de virus donnant ce type d'infection.
37. Dcrivez succinctement l'histoire naturelle de l'infection dans le cas du virus de la rage.
38. Par quels grands mcanismes les virus peuvent-ils provoquer des effets pathognes in vivo ?
39. L'adaptation long terme d'un virus son hte tend minimiser ces effets pathognes. Expliquez
pourquoi.
40. L'adaptation long terme d'un virus son hte tend minimiser ces effets pathognes. Quels sont
les mcanismes qui peuvent expliquer la prsence d'effets pathognes malgr cela ?
41. Citez trois virus lis la survenue de cancers chez l'homme et les cancers correspondants, dont au
moins un virus ARN.
42. D'un point de vue mdical, quels peuvent tre les consquences pratiques du fait qu'un cancer soit
li une infection virale ?
43. Expliquez succinctement pourquoi l'utilisation les premiers traitements antiviraux du SIDA (l'AZT)
taient inefficaces contrairement l'utilisation combine de 3 antiviraux diffrents, utilise partir de
1996 ?
44. Tous les rtrovirus possdent en commun huit protines virales : de matrice (MA), de capside (CA),
de nuclo-capside (NC), protase (PR), reverse transcriptase (RT), intgrase (IN), de surface (SU),
et trans-membranaire (TM). Faites le schma d'une particule rtrovirale et d'un gnome rtroviral, et
placer dessus ces diffrentes protines et les rgions codantes correspondantes.
45. Les LTR de rtrovirus et les rgions non-codantes qui les entourent prsentent des motifs agissant
en cis impliqus diffrentes tapes du cycle viral. Faites un schma reprsentant ces motifs, et
indiquez pour chacun d'eux quelles tapes du cycle viral ils interviennent.
46. Donnez la classification en sous-familles et familles des Retroviridae. Placez dans cette

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classification les virus sur lesquels vous avez travaill en TP (Murine Leukemia Virus) et les virus
HIV
Expliquez ce qu'est une rtrovirus endogne. Que savez-vous sur l'abondance et la diversit des
rtrovirus endognes humains ?
Quelle est la relation phylogntique existant entre les virus HIV (HIV-1 et HIV-2) et les autres
Lentivirus ?
Il est aujourd'hui considr comme admis que les les virus HIV-1 et HIV-2 rsultent d'vnements de
transmission inter-espce survenus au dbut du 20eme sicle. Quels arguments scientifiques
viennent tayer cette thorie ?
Chez les eucaryotes, les mcanismes traductionnels ne permettent que l'expression d'un seul
cistron (une seule ORF) partir d'un ARN. Citez, dans le cas des rtrovirus, les diffrents
mcanismes permettant l'expression de nombreuses protines virales partir de l'ARN gnomique
viral.
Chez les rtrovirus, o a lieu l'assemblage des particules virales ? Quels mcanismes permettent
l'adressage des diffrents constituants des particules virales en ce lieu unique ?
Dans le cas du virus HIV-1, quels rles jouent les diffrents domaines de Gag dans l'assemblage
viral ?
Chez les rtrovirus, entre la rgion U5 et le dbut du gne Gag se trouve une rgion dnomme Psi
ou E/DLS. Quelles sont les fonctions de cette rgion. Quel est le mcanisme molculaire mis en jeu ?
Quel est l'acteur protique primordial pour ce mcanisme ?
Chez les rtrovirus, les particules virales n'acquirent leur pouvoir infectieux que quelques minutes
aprs leur bourgeonnement. Quel est le mcanisme molculaire mis en jeu ? Quel est l'acteur
protique primordiale pour ce mcanisme ? Comment s'explique le timing de cette acquisition ?
L'entre des rtrovirus dans une cellule hte dpend des protines codes par le gne env.
Comment est organis le complexe molculaire correspondant ? Quel est le rle respectif de ces
protines dans l'entre virale ?
Quels sont les rcepteurs (y compris les co-recepteurs ) du virus HIV-1 ? En quoi la nature de
ces rcepteurs influence-t-elle la physiologie de l'infection virale ?
Le virus HIV-1 infecte deux types cellulaires principaux : les monocytes-macrophages et les
lymphocytes T CD4+. En quoi l'infection de ces types cellulaire se diffrentie ? En quoi cela est-il
impotant d'un point de vue physiopathologique ?
Expliquez succinctement en quoi, chez les rtrovirus, les versions ARN et ADN du gnome viral
diffrent en structure ? En quoi ces diffrences de structures sont-elles ncessaires au
fonctionnement viral ?
La rverse transcriptase des rtrovirus possde 4 activits : ADN-polymrase ARN-dpendante,
ADN-polymrase ADN-dpendante, RNAse H, et activit de dplacement de brin. Pour chacune,
indiquez en quoi cette activit est ncessaire la reverse transcription, et citez une tape o elle
intervient.
Au cours de l'intgration du gnome des rtrovirus dans le gnome de la cellule-hte, la squence
cible de l'intgration est duplique sur quelques nuclotides de part et d'autre du site d'intgration.
Expliquez le mcanisme de formation de cette duplication.
Expliquez pourquoi les virus HIV peuvent infecter les cellules quiescentes contrairement aux virus
tels que le Murine Leukemia Virus (Gammaretrovirus) ?
Le virus HIV-1 exprime 6 petites protines en plus des protines drives des gnes gag, pol et env.
Parmi elles, on distingue des protines essentielles et accessoires . Expliquez cette
distinction. Donnez le nom et la fonction des deux protines essentielles .
Au stade de SIDA, les virus HIV provoquent la survenue d'infections opportunistes . Expliquez ce
qu'est une infection opportuniste.
Au stade de SIDA, en plus de provoquer la survenue d'infections opportunistes , les virus HIV
provoquent la survenue de 3 types de cancers : les leucmies/lymphomes B, des sarcomes de
Kaposi et des cancers pithliaux (cancers gnitaux ou anaux). Quels sont les grands mcanismes
impliqus dans la survenue de ces cancers ?
Dfinir la multiplicit d'infection (MOI = Multiplicity Of Infection) ? Quelle est l'utilit de cette notion ?
Parmi les mthodes de titration virale, on distingue des mthodes de titration physiques et des
mthodes de titration infectieuses . Comment dfiniriez-vous ces deux types de mthodes ?
Donner la dfinition des deux notions virologiques suivantes : infectivit des particules virales et
virulence. Comment peut-on les valuer quantitativement ?