Lignina peroxidasa

1. Clasificacin
La lignina peroxidasa (LIP) es una enzima que desempea un papel central en
la biodegradacin oxidativa de lignina la cual es constituyente principal de la
pared celular. LIP es capaz de oxidar compuestos aromticos con potenciales
redox superior a 1,4 V por la abstraccin electrnica nica, pero el mecanismo
exacto redox an es poco conocido. (Piontek, K., Smith, A.T. y Blodig, W., 2011)
Las LIP presentan masas moleculares de aproximadamente 40 kDa, estn
glicosiladas y tienen puntos isoelctricos y pH ptimos cidos. Adems su ciclo
cataltico es comn para diversas peroxidasas. (Dvila, V. y Vzquez, R., 2006)
La LIP es una hemoprotena que es sintetizada por organismos como; hongos
basidiomicetos y hongos de la podredumbre blanca. La enzima puede actuar
sobre una amplia gama de compuestos aromticos, sin embargo no acta
directamente sobre la lignina, ya que la molcula es mucho ms grande que el
sitio activo de la enzima. Se sabe que las molculas de lignina son degradadas
en presencia de alcohol veratrlico, compuesto que es sintetizado por los
organismos lignoliticos y que sirve de cofactor a la LIP. Se ha sugerido que el
radical catin que se forma cuando la enzima acta sobre el alcohol veratrlico
pueden difundirse en la pared celular lignificadas, donde la lignina es oxidada.
Esta peroxidasa que se involucra con la despolimerizacin de la lignina fueron
descritas por primera vez en el hongo ligninoltico P. chrysosporium. De este
organismo se han purificado diez isoenzimas. De ellas, seis fueron identificadas
como isoenzimas de LIP, mientras que cuatro correspondieron a isoenzimas de
MnP (manganeso peroxidasa). Ambas son capaces de oxidar a la lignina, y
derivados de la misma. (Davila, V. y Vzquez, R., 2006)
La nomenclatura establecida por la Enzyme Commission numbers es:

EC 1.11.1.14
Dicha comisin menciona que:
CE 1. ---Oxidorreductasas
EC 1.11.--- Actuando sobre un perxido como aceptor
EC 1.11.1.--- Peroxidasas
EC 1.11.1.14--- La lignina peroxidasa

La reaccin principal realizada por la LIP corresponde a 3,4dimetoxifenilmetanol + H2O2 = 3,4dimetoxibenzaldehdo + 2H2O. (Figura 1)
Teniendo entonces:

Figura 1. Reaccin catalizada por Lignina Peroxidasa. (Imagen 1 recuperada de

Brenda, 2015)
2. Nombres
El nombre ms comn y aceptado de la enzima es Lignina Peroxidasa, el
nombre sistemtico es (3,4-dimetoxifenil) metanol: perxido de hidrgeno
oxidorreductasa, sin embargo no es reconocido oficialmente y en muchos
casos es considerado incorrecto.
La Enzyme Commission numbers clasifico por primera vez a la en sima en
1992, posteriormente fue modificado en el ao 2006, en el 2011 se propuso
una nueva nomenclatura que es la que conocemos hoy da. (EC 1.11.1.14)
Diversos nombres son usados para referirse a la LIP, sin embargo cada uno de
ellos refiere al organismo que lo puede sintetizar. (Tabla 1)

Sinnimo

Organismo

Alip-P3

Streptomyces
viridosporus
-

Oxigenasa
diarylpropano
Diarylpropano:
oxidorreductasa
de
perxido de hidrgeno
DypB
Ligninasa
dependiente
de H2O2
Lignina peroxidasa LIII
Ligninasa

Sinnim
o
Ligninas
a H8
Ligninas
a LG5
LABIO

Organismo

Rhodococcus
jostii
Chrysosporium
Phanerochaete
Phlebia radiata

Lip1

Chrysosporium
Phanerochaete

Pr-lip1

Chrysosporium
Phanerochaete
Chrysosporium
Phanerochaete
Chrysosporium
Phanerochaete
Phlebia radiata

LIP2
lipJ

Chrysosporium
Phanerochaete
Chrysosporium
Phanerochaete
Comamonas sp.

Tabla 1. Otros nombres dados a la Lignina Peroxidasa. Se muestra que en

algunos casos la enzima sintetizada por un mismo organismo puede tener
distintos nombres.

3. Sustrato principal y alternativos

La LIP es parte de un complejo enzimtico no especifico que cumple sus
funciones extracelularmente. El mecanismo del sistema degradador de lignina
est basado en la produccin de radicales libres lo que estas enzimas sean
catalticamente activas sobre una gran diversidad de sustratos orgnicos.
Siendo el (3,4-dimetoxifenil) metanol; H2O2 el principal.
El amplio rango de sustratos para la LIP, que incluye molculas aromticas
pequeas y de mayor peso, sugiere que debe haber al menos un sitio de unin
localizado en la superficie de la enzima. As, se ha confirmado la participacin
de un triptfano superficial (ubicado en la posicin 171 en la LIP) en la
oxidacin de alcohol veratrlico. Se propone que en este residuo se inicia la
transferencia de los electrones a larga distancia hacia el grupo hemo. (Davila,
V. y Vzquez, R., 2006)
Como ya se mencion la LIP es una enzima con poca especificidad por lo cual
cuenta con una amplia gama de sustratos alternativos, lo cual depende del
organismo que la sintetice. (Tabla 2)
Sustrato
1,2-bis
(3,4dimetoxifenil)
propano-1,3-diol +
H2O2
1- (4-etoxi-3metoxifenil)
propano + O2 +
H2O2
1- (3-metoxifenil-4hidroxi)
-2-(2metoxifenoxi)
propano-1,3-diol +
H2O2
2,6-dimetoxifenol +
H2O2
3,4-dimetoxibencilo
alcohol + H2O2
n-propanol + H2O2
2,2'-azino-bis(3-

Producto

Organismo

3,4-dimetoxibenzaldehdo
+
1(3,4-dimetil-fenil) etano-1,2-diol +
H2O

Chrysosporium
Phanerochaete

1- (4-etoxi-3-metoxifenil) 1hidroxipropano

Chrysosporium
Phanerochaete

guayacol
vainillina
hidroxiacetaldehido

Rhodococcus
jostii

coerulignino + ?

Bjerkandera sp

3,4-dimetoxibenzaldehdo + H2O

Bjerkandera sp

propanaldehdo + H2O
oxidada 2,2'-azino-bis-

Comamonassp
Trametopsis

(3-cido

cido
ethylbenzthiazole6-sulfnico) + H2O2
Alcohol veratrlico
+ H2O2

ethylbenzthiazole-6-sulfnico)
H2O
3,4-dimetoxibenzaldehdo + H2O

cerval

Setas Straw

Tabla 2. Algunos sustratos alternativos de LIP. Mltiples organismos pueden

generar diferentes productos a partir de un mismo sustrato, en algunos casos
no se sabe los productos finales o si las reacciones son reversibles.
4. Sntesis
Las LiPs de Phanerochaete chrysosporium son codificadas por un familia de
10 genes (lip) estructuralmente cercanos, designados de la A hasta la J. En
1992, cuatro subfamilias lip fueron propuestas basadas en la estructura de
intrones/exones de las cinco secuencias lip conocidas de P. chrysosporium. La
segregacin de polimorfismos de longitud de fragmentos de restriccin y
marcadores para alelos especficos demostraron el vnculo de lipA, lipB, lipC,
lipE, lipG, lipH, lipI y lipJ. Los genes lipD y lipF mantienen un vnculo gentico y
estos se encuentran en un cromosoma diferente al resto. (Stewart y Cullen,
1999).
Cuando P. chrysosporium crece en un medio que contiene cantidades limitadas
de carbono o nitrgeno, los genes lip son activados. Los genes lipA y LipB
mantienen niveles de transcripcin similares cuando se limita de carbono o
nitrgeno, lo que sugiere que mantienen una regulacin coordinada. Sin
embargo, los patrones de transcripcin de otros genes, emparejados o no,
cambia dependiendo la limitacin de nutrientes, lo que indica que estn
regulados diferentemente. LipC tiene el nivel de transcripcin ms alto bajo la
limitacin de nitrgeno pero el nivel de transcripcin ms bajo cuando hay
limitacin de carbono. L (Stewart y Cullen, 1999).
5. Parmetros cinticos
Los estudios en estado estabe de la oxidacin del alcohol veratrlico (VA) para
lignina peroxidasa proveniente de Phanerochaete chrysosporium, indica que
el mecanismo de ctalasis es del tipo Ping-pong. La tasa de produccion de
uniones para la lignina peroxidasa con H 2 O2 (V/K) es de 1.0x10-5 M-1 seg -1
( Tien y Kirk, 1988)
Sin embargo para la lignina peroxidasa proveniente de Phanerochaete sordida
YK-624, el patrn cintico que se muestra en la familia de graficas en la Fig. 3.
Indica un mecanismo secuencial bi-reactante de la oxidacin del VA por la
peroxidasa proveniente de. La Km y la kcat por VA a 100 mol de perxido de
hidrgeno fueron determinadas de 28,5 M y 1.8 s -1, respectivamente (Sugiura
et al, 2003).

Figura. 3. Grficas Lineweaver-Burk (a) y Eadie-Scatchard (b) de la oxidacin de VA por YK-LiP.

Esta reaccin contiene 20 mol (cuadrado), 20 mol (rombos), 60 mol (crculos), o 100 mol
(triangulo) de perxido de hidrgeno (Sugiura et al, 2003).

LIP
tiene un tpico
ciclo cataltico
de peroxidasa, sin embargo tiene
caractersticas nicas. La enzima tiene un inusual bajo pH ptimo bajo, que
est entre 3.0 (Wariishi et al, 1990).
6. Estructura
El modelo molecular de LiP mostrado en la Fig.5. Ilustra la disposicin de 11
segmentos helicoidales y una cantidad limitada de estructura en el prximo
dominio (inferior). Tiene residuos adicionales que se extienden desde el
segmento C-terminal que atraviesa sobre la superficie de la enzima sin
elementos reguladores de una estructura secundaria. Los 6 residuos finales no
han sido incluidos en el modelo comn de LiP (Edwards et al, 1993).
LiP tiene 4 enlaces disulfuro como se muestra en la Fig. 5. El grupo hemo est
esta entre la hlice B y la G (fig. 6). Un grupo hemo est situado en la parte
inferior de una hendidura formada por las superficies de ambos dominios. Este
grupo hemo no est disponible para la modificacin con hidracinas arilo, como
es el caso para CCP. Los residuos presentes en los bolsillos del sito activo en LiP
es fenilalanina. Esto probablemente explica en parte por que LiP componente I
tiene un catin porfirina como radical (fig. 7). (Edwards et al, 1993)
En la estructura del sitio activo, extendindose desde la hlice distante hay 3
residuos clave: ARg-43, Phe-46 y Hist-52 que forman el bolsillo de unin del
perxido (Fig. 8). Varias molculas de agua forman puentes de hidrgeno
entre la His-47 y otras regiones de la protena. El tomo N1 de la Hist-47
dona un enlace de hidrogeno al oxigeno de la cadena lateral de Asn-84,
mientras que el nitrgeno de la cadena lateral de Asn-82 dona un enlace de

hidrgeno a la Glu-78. Este patrn de unin tiene relevancia en el mecanismo

cataltico. (Poulos et al, 1993)

Fig.5. Molculas de LiP con hlices

marcadas con rosa. Los enlaces de
disulfuro
estn indicados y se
emparejan de la siguiente manera: 3:
15, 14:285, 34:120 y 249:317 .
(Edwards et al, 1993)

Fig. 6. Stereo C backbone models de LiP. Hlices estn etiquetadas de la A a la J. Debido a que
hlice G esta algo oscurecida en esta vista, la hlice no est etiquetada. Esta vita es enfocado
en el canal abierto, que conecta la superficie de la enzima con el bolsillo del grupo hemo
(Edwards et al, 1993).

Fig.7. Sitio activo de LiP. Ntese que LiP tiene residuos de fenilalanina en contacto con el grupo
hemo y prximo al ligando de histidina. Asp-183 forma un puente de hidrogeno con un
propionato hemo. Esto tal vez explique en parte el pH optimo bajo de la LiP, estabiliza el puente
de hidrogeno con el cido asprtico y por consiguiente estabiliza el bolsillo hemo (Edwards et
al, 1993).

Fig. 8. Vista estreo del sitio active de LiP. Las esferas negras pequeas representan molculas
del solvente, y las lnea punteas puentes de hidrogeno (Poulos et al, 1993).

Referencias:

BRENDA: The Comprehensive Enzyme Information System (2015)

Information on EC 1.11.1.14 - lignin peroxidase. Recuperado de
http://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=1.11.1.14#
Dvila, V. y Vzquez, R. (2006) Enzimas Ligninolticas Fngicas Para Fines
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Edwards, S., Raag, R., Wariishi, H., Gold, M. y Poulos, T. (1993) Crystal
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