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G-101- Biologie MEDE1 -Titulaire : C.

Ledent

Guidance 07/10/10
Martine Willekens

Les Molcules de la vie


Eau Glucides Lipides - Protines et
Acides nucliques
1. FAQs

1) Que signifie le terme polymriser ?
Un polymre est une molcule constitue par un grand nombre de molcules simples, identiques ou de structure
similaire (monomres), lies entre elles par des liaisons chimiques. Polymriser signifie donc former un polymre
partir de monomre.
Ex de polymres :
Les acides nucliques (ADN et ARN) sont des polymres de nuclotides.
Les protines sont des polymres d'acides amins
L'amidon est un sucre (polyoside) form par la polymrisation du glucose.

2) La cystine est-elle un acide amin polaire ou non polaire?
La cystine est un acide amin polaire (radical SH-CH2--) et neutre (monoacide-monoamine).

3) Quel est le caractre qui rend si particulier l'acide amin proline ?
La proline est un acide amin cyclique. Observez que le radical cyclique comprend la fonction amine! L'amine est
ici secondaire. Ce radical est non polaire. Rappelons que dans les protines, ces fractions non polaires ont
tendance se regrouper l'intrieur de la molcule. Cet aa est particulirement abondant dans le collagne. Il
provoque la courbure de la chane polypeptidique.

4) Comment se ralisent les liaisons hydrophobes des protines?
Il existe dans les protines des radicaux non polaires comprenant des radicaux -CH2, -CH3 comme dans la valine,
la leucine. Ces groupements ne sont pas solubles dans l'eau, n'ont pas de charge permanente mais sont attirs
(leur proximit entrane des fluctuations de charge qui vont provoquer une lgre force d'attraction entre
radicaux non polariss). Le rapprochement des radicaux est en quelque sorte d leur exclusion par l'eau. L'eau
contraint les rsidus hydrophobes se regrouper.

5) Quelle sont les diffrences entre les hlices alfa et les feuillets plisss bta, si ce n'est la structure ? Je ne
comprends pas l'histoire des rsidus d'acides amins dans les hlices alfa et feuillets plisss bta des protines.
Hlices alpha et feuillets bta reprsentent la structure spatiale secondaire prise par les protines. Ils rsultent
de la formation de liens hydrogne entre les rsidus NH et C-O du squelette polypeptidique sans impliquer les
chanes latrales des a.a. ce qui explique que ces motifs sont retrouvs dans presque toutes les protines. Ils se
forment lorsque plusieurs rsidus successifs possdent les mmes angles phi et psi.

C'est quoi un rsidu ?
Chaque aa possde un carbone central (Carbone alpha) li par des liens covalents une fonction amine (NH3) et
une fonction acide (C'OOH). Lorsqu' un acide amin se lie un autre, il se forme un lien peptidique entre la
fonction acide de l'un et la fonction amine de l'autre (lien C'O-NH) avec dpart d'une molcule d'eau. Ces atomes
NH et C'O constituent des units appeles "rsidus".

C'est quoi ces angles psi et phi ?
Les units peptidiques (ce qu'il reste de l'aa aprs union avec un autre aa) sont des groupements rigides
puisqu'ils sont lis par des liens covalents au carbone alpha. Chaque unit peut tourner autour de 2 liaisons : la

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liaison Calpha-C' (angle psi) et la liaison NH-Calpha (angle phi). A cause de l'encombrement strique, seul un petit
nombre de combinaisons de ces angles est permis.

Hlices alpha
On trouve des hlices alpha dans les protines lorsque des rsidus successifs possdent des paires d'angles phi et
psy approximativement gales - 60 et - 50.On compte 3,6 rsidus par tour d'hlice.

Feuillets bta
Les feuillets rsultent de la combinaison de plusieurs rgions. Chaque feuillet compte en gnral 5 10 rsidus
dans une conformation tire (angles levs).Les feuillets sont aligns dans l'espace et des liens H se forment
entre rsidus de diffrents feuillets.
6) La structure secondaire en feuillet bta contient-elle bien deux chanes polypeptidiques lies par des ponts H?
Non, le feuillet bta rsulte de la combinaison de plusieurs rgions (brins bta) d'UNE SEULE et mme chane
polypetidique.

Chaque brin bta est donc loign du suivant dans la structure primaire (contrairement aux hlices alpha
constitues d'une seule rgion continue !) , mais rapproch dans la structure secondaire.

7) Les enzymes prsentent un site de reconnaissance et un site actif. Pouvez- vous m'aider diffrencier
clairement ces 2 sites ?

On appelle site actif de l'enzyme l'ensemble des acides amins qui entrent en contact avec le substrat. On peut
distinguer dans le site actif, le site de fixation qui se lie au substrat par des liaisons faibles et le site catalytique qui
agit sur le substrat pour lui faire subir une raction chimique.
En fait, on divise structurellement les enzymes en 2 catgories :
1) les enzymes entirement protiques
2) les enzymes forms de 2 parties : une partie protique (apoenzyme) et une partie non protique (coenzyme).
Dans cette deuxime situation, la raction chimique se produit avec la coenzyme et non avec la protine. La
protine intervient dans la spcificit de la raction, c'est dire la liaison au substrat.

Il est habituel d'appeler "site actif" le "site catalytique" de l'enzyme puisque c'est ce dernier qui modifie
chimiquement le substrat...

8) Quels sont les diffrents niveaux de structure de lADN ?
a) LADN est un polydsoxyribonuclotide.
b) Il est form de deux chanes antiparallles, complmentaires hlicodales.
c) Chez les procaryotes, la double hlice est circulaire. Elle peut tre ferme telle quelle (forme relche) ou
aprs avoir subi une torsion (forme compacte). Dans ce cas, les chanes d'ADN enroules une premire fois
en double hlice, s'enroulent encore une seconde fois pour former une superhlice (structure tertiaire). Ce
sont des protines qui rglent ces changements de conformation (topoisomrases).
d) L'ADN surenroul est plus compact que son quivalent relch. Ce vrillage permet d'empaqueter une trs
longue molcule d'ADN dans un petit volume. D'autre part, les enzymes de la transcription et de la
rplication ne se lieront au DNA que s'il est dsenroul. Certains mdicaments utiliss chez l'homme pour
traiter les infections urinaires colibacilles agissent en inhibant une topoisomrase (gyrase) de la bactrie,
enzyme ncessaire au bon fonctionnement de la rplication bactrienne.

9) Comment appelle-t-on la liaison qui unit la base organique dun nuclotide au ribose ou au dsoxyribose?
La liaison ose-base est une liaison bta-osidique qui se forme par limination d'une molcule d'eau entre l'OH
semi-aldhydique de l'ose et un H de la base.
10) Comment dfinir le dalton ?

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Pour exprimer un poids molculaire, les biologistes utilisent le dalton (=d).
1d = PM de 1/12 atomegramme de Carbone.
1 atomegramme C = N atomes de C
23
12g = 6.10 X 1/12 d
23
1g = 6.10 d
23
1d = 1/6.10 g

2. QCMs
1.

2.

3.

4.

5.


Leau est une molcule

a. Organique
b. Polaire
c. Qui reprsente un solvant pour toute substance apolaire
d. Qui reprsente au moins 70% de la masse totale dun individu
e. Qui prsente deux ples porteurs de charges partielles

Parmi les saccharides,

a. Le saccharose est un dimre de glucose
b. La cellulose est un disaccharide frquent dans le monde vivant
c. Lamidon est un polymre de rserve des cellules animales
d. Les triglycrides forment la graisse comme rserve dnergie
e. La chitine est un polymre de glucoses amins

Les monosaccharides

a. Ont comme formule gnrale (CH2 O)n
b. Ne possdent jamais de groupements hydroxyles
c. Sont forms datomes de carbone unis par une liaison glycosidique
d. Forment toujours un cycle hexagonal avec un C chaque sommet
e. Prsentent une formule o les H sont numrots de 1 6

Le dsoxyribose

a. Est un hexose
b. Possde quatre fonctions OH
c. Est prsent dans les dsoxyribonuclotides
d. Est un polymre de galactose
e. Entre dans la composition de tous les acides nucliques

Les triglycrides

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a.
b.
c.
d.
e.

Rsultent de lassociation de 3 glucides avec un acides gras


Sont des molcules lectriquement charges (rgions polaires)
Constituent les graisses et huiles animales ou vgtales
Sont insolubles dans leau
Ont un point de fusion directement li aux caractristiques de leurs acides gras
constitutifs


6. Les phospholipides

a. Se nomment aussi hydrates de carbone , formule gnrale (CH2O)n
b. Sont amphiphiles (structure amphipathique) et peuvent sorganiser spontanment
en milieu aqueux
c. Sont des triglycrides insaturs
d. Forment les membranes cellulaires
e. Possdent un squelette carbon : le noyau strol
7. En ce qui concerne les acides amins, trouvez l'nonc faux parmi les suivants :

a. Ils constituent la structure de base des acides nucliques.
b. Les formes ionises prdominent dans les cellules.
c. Leur nom provient des groupements fonctionnels qu'ils portent.
d. Leur structure de base comporte au moins 2 atomes de C.

8. Acides amins

a Chaque acide amin possde dans sa formule au moins un groupe carboxyle et un
groupe amine.
b. Chaque acide amin est caractris par une chane latrale distincte, lie la
fonction amine.
c. Le radical est responsable du rle jou par l'acide amin, c'est dire qu'il est utilis
pour classer les acides amins.
d. Le radical ne contient jamais d'autres atomes que C, H, O et N.
e. Le radical d'un acide amin peut se lier au radical d'un autre aa par un lien
peptidique.

9. Acides amins

a L'enchanement des acides amins dans une chane polypeptidique met toujours en
jeu des liaisons peptidiques.
b L'enchanement des acides amins dans une chane polypeptidique se fait toujours
dans un ordre quelconque.
c L'enchanement des acides amins dans une chane polypeptidique constitue la
structure primaire de la protine.
d L'enchanement des acides amins dans une chane polypeptidique est reprsent
de telle sorte que le premier acide amin de la chane a son radical carboxyle libre.

10. La structure tertiaire d'une protine
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a donne sa forme globale la protine.
b est constitue de reploiements de la chane polypeptidique maintenus uniquement
par des liaisons hydrogne.
c ne dpend aucunement de la squence des acides amins le long de la chane.
d a une grande importance pour les proprits biologiques de la protine
e prsente plusieurs chanes polypeptidiques associes entre elles.

11. La structure secondaire d'une protine

a est une structure obtenue par le repliement alatoire de toute la chane
polypeptidique
b est une structure dans laquelle la chane polypeptidique s'organise en structures
rgulirement rptes, dites en hlice

c est le niveau d'organisation le plus lev rencontr dans la plupart des protines.
d est stabilise par des liaisons hydrogne qui s'tablissent entre le NH et le CO des
liaisons peptidiques et qui sont des liaisons intrachanes

12. Les acides amins

a . sont synthtiss au niveau des ribosomes.
b . peuvent s'associer pour former de longues chanes polypeptidiques.
c . se lient aux carbones C'3 et C'5 des riboses de la chane polynuclotidique.
d . peuvent prsenter une structure secondaire et tertiaire.
e . sont les seuls constituants de toutes les protines " actives ".

13. La spcificit d'une enzyme
a . est lie la structure primaire de la molcule.
b. est lie l'arrangement tridimensionnel de domaines particuliers de la molcule.
c . explique le fait que la plupart d'entre elles peuvent catalyser plusieurs ractions
diffrentes.
d . est lie au fait que son site actif a une forme telle que le substrat peut sy lier
spcifiquement
e. est conserve aprs dnaturation de la molcule


14. Les protines

a . sont constitues de chanes linaires de nuclotides
b . possdent toujours un site actif
c . sont toutes des enzymes spcifiques
d . peuvent tre constitues de plusieurs chanes polypeptidiques.
e . peuvent former des doubles hlices d'acides amins complmentaires

15. La structure tridimensionnelle d'une protine

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a . peut tre altre par la chaleur.
b . peut tre spcifie notamment par des ponts disulfures.
c . dpend de la structure tridimensionnelle du mRNA.
d . intervient dans la spcificit et le rle de la molcule.
e. dpend notamment de la nature des acides amins qui la constitue


16. Si on comptait le nombre de bases de chaque type contenues dans un chantillon d'ADN,
quel rsultat serait en accord avec les rgles d'appariement des bases ?

a. A = C
b. A + G = C + T
c. A + T = G + C
d. A = 2 C
e. A = 2 T

17. Un certain gne mesure environ 1m de long sur une molcule d'ADN double brin.
Sachant qu'un tour de spire complet mesure 3,4nm, quel est approximativement le
nombre de paires de bases que porte ce gne ?

a. 3
b. 10
c. 1000
1 tour <-> 3,4 nm et 1 tour <-> 10 pb
d. 3000
294,1 tour <-> 1* 10^-6 => 294,1 tour <-> 2941
e. 30 000

pb

18. Structure de lADN



a. molcule d'ADN est forme de deux chanes ribonuclotidiques antiparallles
b. Dans l'ADN, les paires de base A-T sont stabilises par 3 liaisons hydrogne, les paires
C-G par 2
c. Dans la chane polynuclotidique, l'enchanement entre monomres se ralise grce
l'acide phosphorique qui est li en 2' et 3' deux dsoxyriboses.
d. Toute chane polynuclotidique est caractrise par une extrmit dite 3' OH et une
extrmit 5' phosphate
e. Les molcules d'acides nucliques sont constitues d'une succession irrgulire de 4
monomres qui les composent. Leur ordre constitue une "information" linaire.

19. Acides nucliques

a. Les monomres destins former des acides nucliques sont appels "nuclosides"
b. Un monomre d'acide nuclique est compos d'un acide organique 5 carbones,
d'une base organique cyclique et d'une molcule d'acide phosphorique (phosphate)
c. existe deux types de bases organiques : les bases puriques deux cycles et les bases
pyrimidiques qui en ont un seul.
d. On appelle "liaison hydrogne le lien qui unit la base organique au ribose

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20. Dans les acides nucliques



a. Les bases azotes sont lies aux groupes phosphates.
b. les bases azotes sont lies au carbone C1' des sucres.
c. les bases azotes complmentaires sont lies entre elles par des liaisons covalentes.
d. les bases azotes sont localises l'extrieur de la double hlice.
e. le carbone C5' des bases azotes forme une liaison covalente avec le groupement
phosphate.

21. Dans la double hlice dADN

a. les ponts hydrognes maintiennent attaches les paires thymine- cytosine.
b. les deux chanes sont complmentaires et parallles.
c. les groupes sucre-phosphate forment les barreaux de lchelle .
d. la guanine et la cytosine sont apparies.
e. des ponts disulfures se forment entre molcules de cystine.

22. Choisissez la paire de mots qui compltent la phrase : Les nuclotides sont aux...ce
que les ..sont aux protines

a. acides nucliques, acides amins
b. acides amins, polypeptides
c. liens glycosidiques, liens polypeptidiques
d. polymres, polypeptides
e. gnes, enzymes


23. L'uracile

a. ne se retrouve jamais dans l'ADN.
b. contient plusieurs bases azotes.
c. peut former avec l'adnine, une paire de bases complmentaires.
d. se lie de manire covalente au carbone C5 d'un ribose-phosphate pour former un
nuclotide.
e. est une base azote qui ne se rencontre que dans l'ARN messager.

24. Identifiez les nuclosides dans la liste ci-dessous

a. cytosine
b. dsoxyguanosine
c. uracile
d. adnosine
e. thymine

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