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Ledent
Guidance 07/10/10
Martine Willekens
liaison Calpha-C' (angle psi) et la liaison NH-Calpha (angle phi). A cause de l'encombrement strique, seul un petit
nombre de combinaisons de ces angles est permis.
Hlices alpha
On trouve des hlices alpha dans les protines lorsque des rsidus successifs possdent des paires d'angles phi et
psy approximativement gales - 60 et - 50.On compte 3,6 rsidus par tour d'hlice.
Feuillets bta
Les feuillets rsultent de la combinaison de plusieurs rgions. Chaque feuillet compte en gnral 5 10 rsidus
dans une conformation tire (angles levs).Les feuillets sont aligns dans l'espace et des liens H se forment
entre rsidus de diffrents feuillets.
6) La structure secondaire en feuillet bta contient-elle bien deux chanes polypeptidiques lies par des ponts H?
Non, le feuillet bta rsulte de la combinaison de plusieurs rgions (brins bta) d'UNE SEULE et mme chane
polypetidique.
Chaque brin bta est donc loign du suivant dans la structure primaire (contrairement aux hlices alpha
constitues d'une seule rgion continue !) , mais rapproch dans la structure secondaire.
7) Les enzymes prsentent un site de reconnaissance et un site actif. Pouvez- vous m'aider diffrencier
clairement ces 2 sites ?
On appelle site actif de l'enzyme l'ensemble des acides amins qui entrent en contact avec le substrat. On peut
distinguer dans le site actif, le site de fixation qui se lie au substrat par des liaisons faibles et le site catalytique qui
agit sur le substrat pour lui faire subir une raction chimique.
En fait, on divise structurellement les enzymes en 2 catgories :
1) les enzymes entirement protiques
2) les enzymes forms de 2 parties : une partie protique (apoenzyme) et une partie non protique (coenzyme).
Dans cette deuxime situation, la raction chimique se produit avec la coenzyme et non avec la protine. La
protine intervient dans la spcificit de la raction, c'est dire la liaison au substrat.
Il est habituel d'appeler "site actif" le "site catalytique" de l'enzyme puisque c'est ce dernier qui modifie
chimiquement le substrat...
8) Quels sont les diffrents niveaux de structure de lADN ?
a) LADN est un polydsoxyribonuclotide.
b) Il est form de deux chanes antiparallles, complmentaires hlicodales.
c) Chez les procaryotes, la double hlice est circulaire. Elle peut tre ferme telle quelle (forme relche) ou
aprs avoir subi une torsion (forme compacte). Dans ce cas, les chanes d'ADN enroules une premire fois
en double hlice, s'enroulent encore une seconde fois pour former une superhlice (structure tertiaire). Ce
sont des protines qui rglent ces changements de conformation (topoisomrases).
d) L'ADN surenroul est plus compact que son quivalent relch. Ce vrillage permet d'empaqueter une trs
longue molcule d'ADN dans un petit volume. D'autre part, les enzymes de la transcription et de la
rplication ne se lieront au DNA que s'il est dsenroul. Certains mdicaments utiliss chez l'homme pour
traiter les infections urinaires colibacilles agissent en inhibant une topoisomrase (gyrase) de la bactrie,
enzyme ncessaire au bon fonctionnement de la rplication bactrienne.
9) Comment appelle-t-on la liaison qui unit la base organique dun nuclotide au ribose ou au dsoxyribose?
La liaison ose-base est une liaison bta-osidique qui se forme par limination d'une molcule d'eau entre l'OH
semi-aldhydique de l'ose et un H de la base.
10) Comment dfinir le dalton ?
Pour exprimer un poids molculaire, les biologistes utilisent le dalton (=d).
1d = PM de 1/12 atomegramme de Carbone.
1 atomegramme C = N atomes de C
23
12g = 6.10 X 1/12 d
23
1g = 6.10 d
23
1d = 1/6.10 g
2. QCMs
1.
2.
3.
4.
5.
Leau est une molcule
a. Organique
b. Polaire
c. Qui reprsente un solvant pour toute substance apolaire
d. Qui reprsente au moins 70% de la masse totale dun individu
e. Qui prsente deux ples porteurs de charges partielles
Parmi les saccharides,
a. Le saccharose est un dimre de glucose
b. La cellulose est un disaccharide frquent dans le monde vivant
c. Lamidon est un polymre de rserve des cellules animales
d. Les triglycrides forment la graisse comme rserve dnergie
e. La chitine est un polymre de glucoses amins
Les monosaccharides
a. Ont comme formule gnrale (CH2 O)n
b. Ne possdent jamais de groupements hydroxyles
c. Sont forms datomes de carbone unis par une liaison glycosidique
d. Forment toujours un cycle hexagonal avec un C chaque sommet
e. Prsentent une formule o les H sont numrots de 1 6
Le dsoxyribose
a. Est un hexose
b. Possde quatre fonctions OH
c. Est prsent dans les dsoxyribonuclotides
d. Est un polymre de galactose
e. Entre dans la composition de tous les acides nucliques
Les triglycrides
3
a.
b.
c.
d.
e.
6. Les phospholipides
a. Se nomment aussi hydrates de carbone , formule gnrale (CH2O)n
b. Sont amphiphiles (structure amphipathique) et peuvent sorganiser spontanment
en milieu aqueux
c. Sont des triglycrides insaturs
d. Forment les membranes cellulaires
e. Possdent un squelette carbon : le noyau strol
7. En ce qui concerne les acides amins, trouvez l'nonc faux parmi les suivants :
a. Ils constituent la structure de base des acides nucliques.
b. Les formes ionises prdominent dans les cellules.
c. Leur nom provient des groupements fonctionnels qu'ils portent.
d. Leur structure de base comporte au moins 2 atomes de C.
8. Acides amins
a Chaque acide amin possde dans sa formule au moins un groupe carboxyle et un
groupe amine.
b. Chaque acide amin est caractris par une chane latrale distincte, lie la
fonction amine.
c. Le radical est responsable du rle jou par l'acide amin, c'est dire qu'il est utilis
pour classer les acides amins.
d. Le radical ne contient jamais d'autres atomes que C, H, O et N.
e. Le radical d'un acide amin peut se lier au radical d'un autre aa par un lien
peptidique.
9. Acides amins
a L'enchanement des acides amins dans une chane polypeptidique met toujours en
jeu des liaisons peptidiques.
b L'enchanement des acides amins dans une chane polypeptidique se fait toujours
dans un ordre quelconque.
c L'enchanement des acides amins dans une chane polypeptidique constitue la
structure primaire de la protine.
d L'enchanement des acides amins dans une chane polypeptidique est reprsent
de telle sorte que le premier acide amin de la chane a son radical carboxyle libre.
10. La structure tertiaire d'une protine
4
a donne sa forme globale la protine.
b est constitue de reploiements de la chane polypeptidique maintenus uniquement
par des liaisons hydrogne.
c ne dpend aucunement de la squence des acides amins le long de la chane.
d a une grande importance pour les proprits biologiques de la protine
e prsente plusieurs chanes polypeptidiques associes entre elles.
11. La structure secondaire d'une protine
a est une structure obtenue par le repliement alatoire de toute la chane
polypeptidique
b est une structure dans laquelle la chane polypeptidique s'organise en structures
rgulirement rptes, dites en hlice
c est le niveau d'organisation le plus lev rencontr dans la plupart des protines.
d est stabilise par des liaisons hydrogne qui s'tablissent entre le NH et le CO des
liaisons peptidiques et qui sont des liaisons intrachanes
12. Les acides amins
a . sont synthtiss au niveau des ribosomes.
b . peuvent s'associer pour former de longues chanes polypeptidiques.
c . se lient aux carbones C'3 et C'5 des riboses de la chane polynuclotidique.
d . peuvent prsenter une structure secondaire et tertiaire.
e . sont les seuls constituants de toutes les protines " actives ".
13. La spcificit d'une enzyme
a . est lie la structure primaire de la molcule.
b. est lie l'arrangement tridimensionnel de domaines particuliers de la molcule.
c . explique le fait que la plupart d'entre elles peuvent catalyser plusieurs ractions
diffrentes.
d . est lie au fait que son site actif a une forme telle que le substrat peut sy lier
spcifiquement
e. est conserve aprs dnaturation de la molcule
14. Les protines
a . sont constitues de chanes linaires de nuclotides
b . possdent toujours un site actif
c . sont toutes des enzymes spcifiques
d . peuvent tre constitues de plusieurs chanes polypeptidiques.
e . peuvent former des doubles hlices d'acides amins complmentaires
15. La structure tridimensionnelle d'une protine
5
a . peut tre altre par la chaleur.
b . peut tre spcifie notamment par des ponts disulfures.
c . dpend de la structure tridimensionnelle du mRNA.
d . intervient dans la spcificit et le rle de la molcule.
e. dpend notamment de la nature des acides amins qui la constitue
16. Si on comptait le nombre de bases de chaque type contenues dans un chantillon d'ADN,
quel rsultat serait en accord avec les rgles d'appariement des bases ?
a. A = C
b. A + G = C + T
c. A + T = G + C
d. A = 2 C
e. A = 2 T
17. Un certain gne mesure environ 1m de long sur une molcule d'ADN double brin.
Sachant qu'un tour de spire complet mesure 3,4nm, quel est approximativement le
nombre de paires de bases que porte ce gne ?
a. 3
b. 10
c. 1000
1 tour <-> 3,4 nm et 1 tour <-> 10 pb
d. 3000
294,1 tour <-> 1* 10^-6 => 294,1 tour <-> 2941
e. 30 000
pb
23. L'uracile
a. ne se retrouve jamais dans l'ADN.
b. contient plusieurs bases azotes.
c. peut former avec l'adnine, une paire de bases complmentaires.
d. se lie de manire covalente au carbone C5 d'un ribose-phosphate pour former un
nuclotide.
e. est une base azote qui ne se rencontre que dans l'ARN messager.
24. Identifiez les nuclosides dans la liste ci-dessous
a. cytosine
b. dsoxyguanosine
c. uracile
d. adnosine
e. thymine