Mutations bactriennes

Samer KAYAL

Modifications du matriel gntique

Hrdit => rplication fidle de l'ADN selon un mode semi-conservatif.
Des erreurs de lecture peuvent survenir (proba. 10-9/gnration)

Elles sont l'origine de mutations.

variations de proprits qui apparaissent spontanment au sein
dune population.
Ces changements sont rares et hrditaires.

Ces modifications ont pour causes principales :

des erreurs accidentelles, non rpares, au cours de la rplication
des modifications de l'information gntique sous l'effet d'agents
mutagnes.
Une acquisition de matriel gntique (ex: transposition)

Hrdit et transmission de l'information gntique

Souche
Souchesauvage
sauvage
(Wild
(Wildtype
type) )

Evolution
Evolution
10-8-10-11

Gnotype diffrent
Gnotype diffrent

10-8-10-11

*
Phnotype
Phnotypediffrent
diffrent
==Mutant
Mutant

*
* *

Une mutation est

stable ==> transmise la descendance ( mode semi-conservatif)
Indpendante de la survenue dune nouvelle mutation

Dfinitions
Mutation = Changement de la squence d'ADN (chromosomique, plasmidique,
ou phagique)
Mutant = souche portant une mutation dans son gnome par rapport la
souche d origine ou souche sauvage (wild type)

Gnotype = Description prcise de l tat des gnes d un organisme donn

Phnotype = ensembles de proprits observables d un organisme donn
Attention!!!
) Toutes mutations ne donnent pas lieu un phnotype

Les diffrents types de mutations

Bactrie parentale
Segment du gne

1 2

3 4

5 6

7 8 9 10 11 12

Mutations
Mutationsde
deplusieurs
plusieursbases
bases

Mutations
Mutationsponctuelles
ponctuelles

Dltion

Simple
1 2

3 4

5 6

7 8' 9 10 11 12 13 14 15

1 2

Double
1 2

3 4'

5 6

7 8' 9 10 11 12 13 14 15

Mcanismes
Substitution
Dltion ou addition
Phnotype
Silencieuse +++
Non-sens
Faux sens

3 11 12 13 14 15

Addition
1 2

3 4

5 6

8 A B C D 9 10 11 12 13 14 15

Mcanismes
Dltion par excision
Transposition
Recombinaison homologue
Phnotype
Rarement silencieuse

Mutations ponctuelles
Bases purique (Pu) = A et G;
Bases pyrimidique (Py) = C et T

Substitution = Altration d une base

Transition
ne change pas l'orientation (Pu.Py) ou (Py.Pu) du dimre
==> la substitution par une base analogue est toujours une transition
A J G et T J C ==> A.T J G.C
G J A et C J T ==> G.C J A.T

Transversion
Changement d'orientation du dimre de Pu.Py Py.Pu et vice -versa
A J C ou T
G J C ou T

Dltion d'une paire de base

Addition d'une paire de base

Mutations portant sur plusieurs paires de bases

)Dltions
Elimination de centaines voir des milliers de paires de bases
Perte de un ou plusieurs gnes et leurs fonction
Lthal si l gne concern est essentiel
Rversion impossible

)Insertion
Addition de nouvelles paires de bases
Perturbation totale de la squence
Squence d insertion, lments transposables
Rversion possible
)Translocation
Dplacement d un grand fragment du chromosome vers une autre
zone
)Inversion
Inversion d une portion du chromosome

Mutations Spontanes ou naturelle

Phnomne rare
survenant avec une probabilit de 10-7 10-9 par gnration
La frquence est variable suivant la nature de la mutation
Le plus souvent silencieuse et la modification n'est que gnotypique
Evolution
Polymorphisme gntique.
Pourquoi est-elle rare??
Il existe un systme de rparation des mesappariements ds qu'il existe
une rplication infidle du brin complmentaire
Donc le taux de mutation mesur reflte l'quilibre entre le nombre
d'vnements qui endommagent l'ADN et le nombre de ceux qui ont t
corrigs, ou ventuellement mal corrigs.
Les agents mutagnes induisent des mutations plus frquentes et rendent
les rparation de l ADN difficiles

Induites par des mutagnes

Augmentent la probabilit de mutation+++

1- Analogue de Base
Changement d'une base au cours de la rplication
5 Bromouracil: Transition
A.T J G.C ou G.C J A.T
2 Aminopurine : Transition
A.T J G.C

2- Agents chimiques et physiques

Altration chimique d'une base ==> apparition d'une nouvelle paire de base
Acide Nitreux: G.C J A.T et A.T J G.C
Hydroxylamine: G.C J A.T
Ethyl mthane sulfonate
Transversion : G.C J C.G et G.C J T.A
Transition : G.C J T.A
UV+++ : apparition de dimre de thymine --> empche la progression de la DNA
polymrase
Radiation ionisante

3- Agents intercalants
Addition ou dltion de une ou plusieurs paires de bases
Colorants base d'acridine
Bromure d'thydium

Les consquences des mutations

sont varies
Mutation = modification du gnotype + modification ventuelle du
phnotype

Une mutation peut concerner:

)"zone muette" ou squence non codante

)La squence codant pour un gne
)Le promoteur
)Le systme de rgulation du gne ou de l'opron
Exemple de l'opron lactose

Mutations ponctuelles
Mcanisme le + frquente

) Silencieuse (mutation iso-smantique)

Ne modifie pas la squence peptidique
==>Polymorphisme gntique (intra ou extra gnique)
) Faux-sens= modification de la signification d'un codon
Pas de modification de la fonction protique
Mutation muette
Modification d'un codon stop
poursuite de l'longation (protine chimrique)

) Non-sens= substitution aboutissant l'apparition d'un codon stop

UAA, UAG, UGA
Interruption de la traduction
la protine n'est pas exprim ou elle est tronque

Pour les exemples suivants, considrons les 21 premires bases dun gne
de 1,5 kb . La phase ouverte de lecture (ORF) est comprise entre l ATG
initial et lapparition du codon stop

Gne de 1,5 kilo bases

AT G aaaaaaataatgctagtttttatta//ttaccacttgtgaaaaataga
aatatctccatctggggcaccacgctttatccgaaatatagtaataaagtagat
aatccaatcgaataa

100

200

300

400

500

600

700

1>

800

900

1000 1100 1200 1300 1400 1500

ORF (Open Reading Frame)

1>

2>

2>

3>

3>
100

200

300

400

500

600

700

800

900

1000 1100 1200 1300 1400 1500

ORF = Phase ouverte de lecture

Mutation ponctuelle par substitution

AT G AAA AAA ATA ATG CTA GTT Gne sauvage

*
Mutation ponctuelle (Transversion)
AT G AAA AAA ATA ATG CTT GTT
Squence peptidique = idem

AT G A C A AAA ATA ATG CTG GTT

Mutation silencieuse
Mutation ponctuelle (Transversion)
Squence peptidique diffrente
Phnotype ?

Mutation Faux-sens
Mutation ponctuelle (Transversion)
*
Protine tronque par l'apparition
AT G AAA T AA ATA ATG CTG GTT
d'un codon stop
M
T - I M L V
Phnotype du l'abs de protine

Mutation Non-sens
codons stop
TAA (uaa)

Mutations par insertion ou dltion

Toute insertion ou dltion d'un non multiple de 3 bases entrane
obligatoirement une perturbation du cadre de lecture ou (frame shift):
Lexpression de la mutation dpend du niveau de la mutation

) Prcoce dans le gne, prs de l'extrmit 5'

Apparition d'un codon stop prmatur
)Prs de l'extrmit 3' de la rgion codante
allongement de la squence codante
Gnralement les dltions ou insertions sont exceptionnellement
silencieuses

Mutation par dltion

AT G AAA AAA ATA ATG CTA GTT

Gne sauvage

Dltion d'une base (mutation ponctuelle)

Protine tronque car apparition d'un codon

AT G AAA AAA TA A TG C TA G TT stop par dphasage du cadre de lecture

Phnotype d l'abs de protine

codons stop: TAA (uaa), TAG ( uag) et TGA(uga)

AT
AT G AAA AAA A AT G CT A GT T Dltion d'un segment de 2 bases

S
Dphasage du cadre de lecture
Phnotype d une protine anormale ou
l'abs de protine

L'addition ou l'insertion d'un segment d'ADN au sein de la squence d'un

gne ont les mmes consquences qu'une dltion lors de la transcription.

Mutations et intrt d'une association de deux antibiotiques

NB : les antibiotiques n'induisent pas de mutations mais slectionnent les mutants ++++
Exemple thorique pour Staphylocoque aureus (sauvage)
Fosfomycine ------------- Sensible
Probabilit
Rifampicine ------------- S
de Mut spontane
Pnicilline G ------------- S
10-4
Oxacilline
------------- S
RMP
Suspension
bactrienne
FOS

109

Bact

10-5

<105 CFU

<104 CFU

10-9
PeniG

PeniG
+
RMP

< 1 CFU
< 10-13
0 CFU
H16 de culture

Milieu
Milieucontenant
contenantdes
des
antibiotiques
antibiotiques

Nb
Nbde
decolonies
colonies
Sur
la
Sur labote
bote

Phnomne de rversion et rvertants

Bactrie w.t.

Bactrie mute

10-8 10-10
Suppose une mutation inverse suppressive
en pratique rare, sauf si pression de slection

Il faut distinguer :
Une vraie rversion ( gnotype identique la souche w.t.)
Une pseudorversion ou mutation suppressive

Frquence de la rversion spontane dpend du type de mutation

initiale
Mutation ponctuelle simple.

10-8

Mutation ponctuelle double.

10-16

Dltion..

Transposition.

Dpend de la nature du transposon

Systmes de rparations

Correction des erreurs de la rplication

Systme de correction des erreurs de la rplication par lADN
polymrase: correction d preuves
Toutes les ADN polymrases bactriennes possdent une activit
exonuclase 3 --->5 ==> contrle post synthtique

Systme de correction des msappariements

Les causes de msappariements
Imperfections de la correction des preuves par les ADN
polymrases I et la polymrase III
Tautomrisation spontane

Systme de rparation des msappariements

Mthylation du brin ADN mre reconnu
par la Dam mthylase
GATC

GATC

CTAG

CTAG

GATC

SB

CTAG

B
S
S

CTAG

Coupure simple brin par une endonuclase

(MutL) et Excision par Mut H du brin le
moins mthyl

GATC

GATC

CTAG

CTAG
T

Ouverture de la double hlice par

MutU(hlicase)

GATC

5'

Reconnaissance du
msappariement par MutS

5'

Synthse rparatrice par l'ADN polymrase I

AG
CT

GATC

GATC

CTAG

CTAG

ADN ligase

Molcule d'ADN rpare

Conclusion
Les erreurs de rplication, instabilit chimique et lsions
de l'ADN sont des vnements distincts, qui, malgr les
mcanismes de correction et de rparation maintiennent
un certain taux de mutation et introduisent donc une
variabilit de l'information gntique.
La permanence d'un certain taux de mutations spontanes
joue un rle important dans le maintien de la diversit
biologique, au moins intraspcifique.

Perspective volutive
Variabilit gntique par mutation et recombinaison
Maintien des mutations au sein de la population

Le stress, facteur d'volution

Provoque des mutations viables mieux adaptes au nouvel environnement

Mutations chromosomiques et spciation.

tablissement de barrire disolement reproductif et gntique==>
spciation