Sunteți pe pagina 1din 6

Curs biochimie 4

Legatura peptidica din peptide si polipeptide prezinta o forma planara in care elecronii
pi si neparticipanti n se deplaseaza reciproc prin effect electromer si astfel se obtin structuri
cu sarcini intregi despartite, procesul fiind si reversibil, de-a lungul intregului sisitem peptidic
exista un nor electronic in care electronii sunt uniform repartizati intre atomii de N,C si O, in
care apar sarcini electrice partiale despartite si pe atomul de N exista o sarcina pozitiva care
nu mai permite acestuui atom sa constituie legaturi de H.
Solubilitatea peptidelor si polipeptidelor in apa si in lichidele biologice este dependenta de
componenta in resturile de AA. In genere, structurile cu dimensiuni relativ mici sunt solubile
in apa si lichidele biologice, iar atunci cand peptidele si polipeptidele sunt solubile in apa pot
sa apara doua fenomene: salting-in si salting-out, in prezenta electrolitilor.
Procesul salting-in (cresterea solubilitatii) la adaosul unor cantitati mici si foarte mici de
saruri solutiilor peptidice si polipeptidice se explica prin faptul ca macromoleculele sau
moleculele acestor specii sufera un proces de hidratare in prezenta apei din sistem. La
adaosul unor cantitati mici de saruri(electroliti), ionii electrolitilor se vor hidrata cu apa din
solutie si, in urma absorbtiei pe suprafta moleculei/macromoleculei, vor determina o crestere
a gradului de hidratare a acestora care se materialieaza prin cresterea solubilitatii
polipeptidelor in solutia data.
Procesul salting-out (precipitarea polipeptidelor in prezenta electrolitilor) se explica prin
faptul ca la adaosul unor cantitati mari si foarte mari de electroliti, ionii acestora se vor
hidrata prin consumul intregii cantitati de apa din solutie, iar restul de apa necesar va fii luat
de pe macromoleculele hidratate. In acest mod proteinele sufera un process de precipitare
(iesire din sistem) datorita lipsei/cantitatilor insuficiente de apa de hidratare.

Activitatea optica a peptidelor este determinata de AA constituent. Absorbanta este


determinata de prezenta resturilor a 3 AA cu radical aromatic: Tyr,Phe,Trp.
Reactivitatea peptidelor si polipeptidelor este data de existenta gruparilor amino-terminale
si carboxi-terminale existente la capatul structurilor, dar si de existenta radicalilor specifici
resturilor de AA care condenseaza in vederea obtinerii lantului macromolecular.
Pentru evidentierea analitica calitativa si cantitativa se pot utiliza atat procesele de
absorbtie in intervalul 260-280 nm din domeniul UV apropiat, reactia cu ninhidrina si reactia
cu reactivul Biuret care presupune interatia cu CuSO4 in mediu puternic bazic, cand intre
lanturile polipeptidice si ionii de Cu se constituie complecsi chelati, fotocolorimetrabili, ei
absorbind lumina vizibila la lungimi de unda mici (violet).

Evidentierea structurii primare (secventei resturilor AA) a lanturilor peptidice si polipeptidice


se poate realiza si prin alte reactii:
-metoda Sanger:
Cu ajutorul acesteia se evidentiaza numai si numai AA n-terminal, in prezenta
fluorodinitrobenzenului, acesta formeaza cu peptidul(polipeptidul) un dinitroderivat al
bezenului care in urma hidrolizei se obtine alaturi de dinitrobenzene, AA n-terminal si toti AA
in forma libera existenti in lantul polipeptidic initial. Dinitrobenzen-AA este colorat in nuante
de galben, dependent de natura AA, si astfel AA n-terminal poate fi evidentiat si calitativ si
cantitativ.
-metoda cu clorura de dansil:
Clorura de dansil este un compus care are capacitatea de a absorbi radiatia in
domeniul UV si de a emite radiatii in domeniul VIS (vizibil). Acesta are caracteristici
fluorescente. In fluorescenta, in urma absorbtiei unei cuante de energie, substanta trece din
starea fundamental ( E0) in starea excitata( E*) pe diferite niveluri vibrationale. Dupa
absorbtie, molecula devine instabila termodinamic si tinde sa se stabilizeze prin eliberarea
unei cantitati de energie sub forma de caldura (trece din starea vibrationala superioara in
starea vibrationala minim posibila V0), iar de pe starea vibrationala de energie minima a starii
excitate, compusul emite o radiatie de energie mai mica decat a radiatiei incidente in vederea
trecerii de pe E* pe E0 si in acest mod substanta initial incolora, dupa iradiere in domeniul
UV, va aparea colorata. In interactia dintre clorura de dansil si peptid (polipeptid) se
constituie dansil-AA care prezinta fluorescenta specifica doar acestui AA. Restul AA din
peptid(polipeptid) vor ramane in solutie in urma hidrolizei in amestec nedefinit.
- In aprecierea calitativa si cantitativa a tuturor AA dintr-un lant peptidic/polipeptidic se
utilizeaza metoda Edman:
Se utilizeaza ca reactant FENILIODTIOCIANAT (FITC). In acest caz se realizeaza
interactia dintre iodtiocianat si AA n-terminal cu formarea unui compus final capabil sa
absoarba radiatia dependent de natura AA legat, restul peptidului (polipeptidului) ramane
intact, astfel ca la adaosul urmatoarei cantitati de FITC, AA n-terminal ramas (initial a fost in
pozitia 2, acum 1) va interactiona similar cu acest reactiv si asa mai departe pana cand toate
resturile de AA din lantul polipeptidic au fost evidentiate analitic.
-tehnica cu brom-cian (BrCN).
Lanturile macromoleculare polipeptidice, in prezenta BrCN se rup in dreptul tuturor
resturilor de Met si se elimina metilsuflocianul (CH3-S-CN), ca produs secundar, obtinanduse la capul carboxi-terminal un sistem in care o grupare hidroxil se gaseste in pozitie
favorabila cu o grupare carboxil pentru a desfasura o reactie de esterificare interna numita
Lactona. Intotdeauna numarul de moli de BrCN in reactia cu lantul polipeptidic este in
corelatie cu nr. de resturi de Met din intreaga macromolecula.

Digestia enzimatica. Enzime proteolitice.

Digestia, in toate sistemele vii, se realizeaza in prezenta apei, iar enzimele sunt
hidrolaze (catalizeaza hidroliza) si, pentru ca se realizeaza degradarea hidrolititca a lanturilor
polipeptidice, enzimele se numesc peptidaze. Peptidazele se subimpart la randul lor in :
-exopeptidaze
-endopeptidaze
Exopeptidazele au capacitatea de a cataliza hidroliza primului rest sau ultimului rest
de AA din lantul polipeptidic si se numesc amino-peptidaze sau carboxi-peptidaze. Acestea
actioneaza de regula la invelul peretelui intestinal (cel subtire) in vederea obtinerii
moleculelor AA individuale din lanturile polipeptidice care, doar sub aceasta forma, vor
suferii procese difuzive in vederea absorbtiei, trecerii in fluxul sangvin.
Endopeptidazele actioneaza hidrolitic la nivelul oricarei legaturi peptidice, CU
EXCEPTIA celor marginale. Endopeptidazele se intalnesc in tubul digestiv la nivelul
stomacului (pepsina) cat si la nivelul intestinului subtire (tripsina,chimotripsina etc.).
Dependent de natura restului AA existent in lantul polipeptidic, endopeptidazele pot actiona:
-Pepsina: actioneaza la nivelul legaturii peptidice in care participa cu gruparea NH2
(amino) AA: Phe, Tyr, Trp, Leu. (1,5-3 Ph)
-Tripsina: actioneaza de-a lungul lantului polipeptidic, la nivelul legaturii peptidice in
care Lys sau Arg participa cu gruparea carboxi. In mod similar chimotripsina ( phe,
tyr,trp,ile,val) si papaina.
Absorbtia
Peptide cu importanta fiziologica: TEMA:
-glutation (structura ) si denumire
-carnosina
-ocitocina
-vasopresina
-angiotensinele
-bradikinina
-insulina (structura)
-glucagon
-ACTH

-gastrine
-colecistokinina
-endorfine
-gramicidine
-valinomicina
-bacitracina
-polimixine
-acitomicine

PROTEINE

Proteinele sunt produsi naturali, de natura macromoleculara si sunt simple sau


conjugate: fibrilare (insolubile in apa si lichide biologice) globulare (solubile) si mixte.
In biosinteza proteinelor intervin direct doar AA standard,care conform codului
genetic (inmagazinat in moleculele de DNA), prin care secventa nucleotidica se transforma in
secventa aminoacidica. Chiar daca in urma hidrolizei proteinelor rezulta alaturi de AA
standard si AA nestandard, acestia din urma rezulta in urma transformarilor posttranslationale
(dupa biozinteza proteica, la nivelul resturilor de AA se produc reactii de derivatizare prin
intermediul carora se introduce noi grupari fuctionale la nivelul unor radicali ai resturilor de
AA). Prin intermediul celor 20 de AA standard pot fi biosintetizate 20 la puterea n secvente
care pot conduce la tot atatea structuri polipeptidice cu functii individualizate.
Rol proteine:
-sursa primara de AA
-cataliza (enzime)
-pigmenti respiratori
-anticorpi
-mentinerea echilibrului acido-bazic

STRUCTURA PROTEINELOR

Legatura peptidica din moleculele proteinelor este planara si in jurul atomului de C si


N din legatura peptidica nu pot sa se desfasoare procese de rotatie, datorita prezentei unei
duble legaturi partiale. In schimb, intotdeauna atomii de C aflati in pozitiile alfa in raport cu
lergatura peptidica se vor aseza in pozitii transrepetante, in asa fel in cat impendimentarile
sterice (deranjamente spatiale) intre gruparile functionale sa fie minime de-a lungul lantului.
In schimb, intre C din legatura peptidica si C alfa si intre N din legatura peptidica si C alfa
pot sa apara rotatii LIMITATE, tot datorita impedimentarilor sterice care pot fi angrenate si
care tind sa destabilizeze sistemul.
Unghiurile de rotatie limitate C-C alfa N-C alfa se numesc respectiv psi si fi
(grecesti). Pentru discutarea structurii proteinelor se iau in calcul mai multe niveluri de
aranjare in spatiu a componentelor lantului polipeptidic.
I.Structura primara:
-presupune cunoasterea nr. , tipului, proportiei si modului de insiruire al resturilor de
AA in lanturile polipeptidice (secventa este nivelul de structura care determina toate celelalte
niveluri structurale deoarece toate celelalte niveluri structurale sunt dependente de structura
resturilor de AA din secventa). Secventa resturilor de AA in lantul polipeptidic se supune
controlului genetic si, dependent de aceasta secventa, fiecare structura polipeptidica poseda o
anumita activitate biologica. In lanturile polipeptidice se pot succeda AA din cele 3 clase
distincte sau AA apartinatori unei clase se pot grupa la un anumit nivel al lantului
polipeptidic. Dependent de aceasta secventa de AA si de posibilitatile de interactie
intramoleculara (intramacromoleculara) sau extramoleculara, se pot manifesta diferite
caracteristici ale proteinelor legate de solubilitate, capacitate de cristalizare (aranjare
ordonata) sau functie. La nivelul unor specii distincte pot sa apara structure proteice care au
functie identica, dar prezinta structuri apropiate : proteine omoloage/ omologie proteica.
In genere, proteinele omologe poseda unele pozitii care sunt invariante la unlele specii
si anumite pozitii ale AA care sunt variabile de la o specie la alta. Diferenta structurala, chiar
daca este neinsemnata pentru functie, este insemnata pentru recunoasterea self-non-self.
Administrarea pe cale circulatorie a unei protein omoloage de la o specie altei specii
poate sa induca in specia acceptoare biosinteza de anticorpiiindreptati impotriva proteinei
omoloage (proteina omoloaga este introdusa ca antigen), astfel este preluata, transportata, in
vederea degradarii la nivelul unor celule efectoare.
Citocromii:
Sunt structuri macromoleculare in care un lant/mai multe lanturi polipeptidice
leaga structuri hem. Rolul lor in organismele vii este de a transfera electronii prin
intermediul modificarii starii de oxidare a ionului de Fe.Acestia, independent de
specie, chiar daca au acelasi rol, se deosebesc la nivelul secventei resturilor de AA.

Hemoglobina si mioglobina: sunt proteine capabile sa transporte O molecular si


acestea poseda un stramos comun de natura polipeptidica (ancestral), care leaga 1
(mioglobina) sau 4(hemoglobina) grupari hem.
II.Structura secundara:
Satisfacerea intregului potential de constituire a legaturilor de H, atat intramolecular
cat si intermolecular, se materializeaza prin descrierea structurilor secundare. In constituirea
structurilor secundare in care intervin numai legaturile de H intramacromoleculare, determina
constituirea alfa-helixului (Pauling-Corey). Calculele mecanic-cuantice au demonstrat ca
pentru constituirea unui alfa-helix este necesar sa fie respectati unii parametrii:
-fi: 57 grade
-psi: 47 grade
- pasul: 5,4 armstromi
-n ( nr de AA)=3,6/spira
S-a demonstrat ca majoritatea proteinelor nu prezinta o structura total alfa-helicata,
deoarece AA din secventa de resturi aminoacidice nu permit constituirea legaturilor de H
intramoleculare de-a lungul intregului lant polipeptidic. Exista resturi de AA care
stabilizeaza structurie alfa-helix si acestia , in genere, sunt neramificati si au lanturi
hidrocarbonate mai mari: Ala, Leu, Glu, Met, Lys, Phe, Gln, Trp. Alaturi de acestia se
intalnesc si resturi de AA destabilizatori ai sistemului alfa-helical, care ,in genere , sunt
ramificati si polari (pot constitui legaturi de H suplimentare): Ile, Val, Thr, Pro, Cys,Tyr, Ser,
Gly. Satisfacerea constituirii legaturilor de H intermacromolecular poate conduce la
constituirea structurilor de tip : foaie plisata (structuri beta). Lanturile macromoleculare pot
fi paralele si pot constitui legaturi de H distorsionate (sistem instabil) sau pot fi antiparalele,
cand se obtin structuri deosebit de stabile.

S-ar putea să vă placă și