FACULTE DE MEDECINE D'ALGER CBM DERGANA

MODULE DE GENETIQUE- SERIE DE TD N3

Exercice 1
On se propose dtudier la synthse du facteur IX, un facteur plasmatique de la
coagulation. La squence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gne normal
codant ce facteur :
ACC GGG AAT TTC CTA AGC
1) Donner la polarit de ce fragment de gne (brin transcrit) et la squence dADN
complmentaire.

Exercice 2
COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS
Fusion ou dnaturation
La temprature de fusion (ou dnaturation) Tm (melting temperature) des
.....................comme l'ADN est la temprature pour laquelle 50% des molcules d'ADN
sont dsapparies (i.e. sous forme simple brin). Cette proprit est visible par lecture de
la ............................de la solution contenant l'ADN ......... nm : la densit optique
augmente au cours du .............................(effet hyperchrome). L'nergie thermique
apporte devient alors suffisante pour rompre les liaisons ..................inter brins. Cette
temprature dpend donc de la quantit de liaisons hydrognes prsentes. Ce sont
d'abord les appariements ..........qui se sparent les premiers au cours de la monte de la
temprature car ils ne possdent que deux liaisons hydrognes contrairement aux
appariements ...........qui en possdent trois. Ainsi, lors d'une lvation progressive de la
temprature, il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. Plusieurs formules
empiriques permettent de calculer la valeur de la temprature de fusion. Elles tiennent
compte du pourcentage de base (G+C), de la salinit du milieu ainsi que de divers
facteurs correctifs, tels que la prsence de structures secondaires intra ou extra
molculaires (repliement de l'ADN sur lui-mme, formation d'appariements entre deux
brins. Plus il y a ...................................dans une molcule d'ADN, plus l'nergie de liaison
est leve et plus sa temprature de fusion sera leve.
Ainsi une molcule d'ADN double brin compose uniquement d'appariements de C (de
G) avec des G (des C) (3 liens H) ncessitera ..........d'nergie pour tre dnature sous la
forme de molcules simple brins, qu'un ADN de mme taille compos d'appariements de
A (de T) avec des T (des A) (2 liens H). Ceci explique pourquoi la temprature de fusion
de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux :

sa taille (exprime en nombre de bases, gnralement en kilobase kb)

son rapport (A+T)/(C+G), appel relation de..................., donnant un indice des
proportions de paires A-T versus C-G.

Exercice 3
Comment lopron lactose est-il activ ?

Exercice 4
Soit une squence de bases prsente sur un brin dADN (brin 1)
....-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-....
a. Recopiez cette squence et crivez la squence du brin dADN complmentaire (brin
2)
b. Sachant que lARNm issu de la transcription de ce fragment dADN code le dbut
dune protine :
- dterminez quel est le brin matrice (justifiez votre rponse) et crivez la squence de
lARNm.
- orientez toutes les squences des acides nucliques ;
- crivez la squence du polypeptide traduit partir de cet ARNm.
c. A la suite dune mutation, la 10me base (G) du brin 1 reprsent ci-dessus, a t
remplace par une adnine. Dans un autre mutant, cette mme base G a t remplace par
une cytosine. Chez un troisime mutant, la mme base G a t remplace par une
thymine. Enfin, chez un quatrime mutant, ce mme nuclotide G a t perdu.
Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les squences.
Quadvient-il de la protine dans chaque cas ?

Exercice 5
Le code gntique est dit redondant ou dgnr.
Comment sexprime cette dgnrescence ?

Exercice 6
Soit la squence dun brin dun fragment dADN isol partir dE.Coli :
5-GTAGCCTACCCATAGG-3
a. On suppose quun ARNm est transcrit partir de cet ADN, en utilisant comme brin
matrice le brin complmentaire. Quelle sera la squence de cet ARNm ?
b. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commenait prcisment lextrmit 5
de cet ARNm. ? (On admettra ici quaucun codon de dpart nest ncessaire, comme cela
se prsente in vitro dans certaines conditions exprimentales). Quel ARNt se liera au
ribosome aprs le dpart de lARNtAla ? Quelles sont, sil y en a, les liaisons rompues
lorsque le groupement amine de lalanine sengage dans une liaison peptidique, et
quarrive-t-il lARNtAla ?
c. Combien de peptides diffrents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mmes
peptides si, pour la transcription, ctait lautre brin de lADN qui servait de matrice ?
d. Cette portion dADN est transcrite comme indiqu en (a), mais vous ne savez pas
quelle est la phase de lecture utilise ; cet ADN peut-il provenir du dbut dun gne ?
Exercice 6' : Aprs quelle a t synthtise, on enlve quelques acides amins
lextrmit C terminale de la bta-lactamase de B. lichenformis. On peut dduire la
squence Cterminale de cette enzyme en la comparant celle dun mutant pour lequel la

phase de lecture a t dcale la suite de linsertion ou de la dltion dun nuclotide ;

On donne ci-dessous les squences en acides amins, du rsidu 263 lextrmit
Cterminale, de lenzyme sauvage purifie et du mutant frameshift (dcalage de la phase
de lecture) :
Sauvage : N M N G K
Mutant: N M I W Q I C V M K D
a. Quel vnement mutationnel a donn naissance au mutant frameshift ?
b. En dduire le nombre dacides amins et si possible la squence C-terminale de
lenzyme

Exercice 7
On tudie l'expression du gne de la globine (constituant de l'hmoglobine) dans des
cellules de souche sanguine et de cerveau. On utilise pour cela une analyse par
Southern de fragments d'ADN gnomique obtenues aprs coupures par 2 enzymes de
restriction, MspI et HpaII, dont le site de coupure est la squence palindromique
CCGG. Lorsque la premire base de cette squence est mthyle, seul MspI conserve sa
capacit de reconnaissance.
L'hybridation, ralise au moyen d'une sonde marque d'ADNc du gne de la globine,
rvle un fragment de 1,45 kb dans 3 conditions :
- ADN souche sanguine + MspI
- ADN souche sanguine + HpaII
- ADN cerveau + MspI
L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en vidence un fragment plus grand.
a. Quelles diffrences de mthylation sont ainsi mises en vidence ?
b. Quelle hypothse peut-on mettre quant au rle de la mthylation dans la rgulation
de l'expression du gne de la globine

Exercice 8
Squenage d'un ADN par la technique de Sanger:
a. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique.
b. Soit reprsent ci-dessous sur la ligne, un segment d'ADN monobrin. Son squenage
est effectu par la technique de Sanger, avec une amorce XY. En examinant le schma
reprsentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration, crire :
la squence nuclotidique lue directement sur ce schma du film.
la squence relle du segment d'ADN monobrin correspondant.
'

Exercice 9
Diagnostic d'une maladie gntique
Au cours de lexploration dune famille atteinte dhypercalcmie hypocalciurique
familiale, des mutations inactivatrices du rcepteur sensible au calcium,
(responsables dune augmentation du niveau de calcmie partir duquel la scrtion de
PTH et la rabsorption du calcium par le tubule rnal sont inhibes) ont t mises en
vidence par la technique de squenage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie.
a. O est situe la mutation sur le gel de squence ci-dessous ?
b. De quel type est-elle ?
c. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ?

Sujet normal

sujet malade

FACULTE DE MEDECINE D'ALGER CBM DERGANA

MODULE DE GENETIQUE- SERIE DE TD N3
Corrig
Exercice 1
On se propose dtudier la synthse du facteur IX, un facteur plasmatique de la
coagulation. La squence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gne normal
codant ce facteur :
ACC GGG AAT TTC CTA AGC
1) Donner la polarit de ce fragment de gne (brin transcrit) et la squence dADN
complmentaire.
-3ACC GGG AAT TTC CTA AGC5

Avec lautre polarit 3ATC5 donnera 5UAG3 sur lARNm se qui

correspondrai au codon stop en dbut de lecture.
- squence dADN complmentaire : 5TGG CCC TTA AAG GAT
TCC3
Exercice 2
COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS
Fusion ou dnaturation
La temprature de fusion (ou dnaturation) Tm (melting temperature) des acides
nucliques comme l'ADN est la temprature pour laquelle 50% des molcules d'ADN
sont dsapparies (i.e. sous forme simple brin). Cette proprit est visible par lecture de
la densit optique de la solution contenant l'ADN 260nm : la densit optique augmente
au cours du phnomne de dnaturation. (Effet hyperchrome). L'nergie thermique
apporte devient alors suffisante pour rompre les liaisons hydrognes inter brins. Cette
temprature dpend donc de la quantit de liaisons hydrognes prsentes. Ce sont
d'abord les appariements AT qui se sparent les premiers au cours de la monte de la
temprature car ils ne possdent que deux liaisons hydrognes contrairement aux
appariements .GC qui en possdent trois. Ainsi, lors d'une lvation progressive de la
temprature, il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. Plusieurs formules
empiriques permettent de calculer la valeur de la temprature de fusion. Elles tiennent
compte du pourcentage de base (G+C), de la salinit du milieu ainsi que de divers
facteurs correctifs, tels que la prsence de structures secondaires intra ou extra
molculaires (repliement de l'ADN sur lui-mme, formation d'appariements entre deux
brins. Plus il y a de liaisons hydrognes dans une molcule d'ADN, plus l'nergie de
liaison est leve et plus sa temprature de fusion sera leve.

Ainsi une molcule d'ADN double brin compose uniquement d'appariements de C (de
G) avec des G (des C) (3 liens H) ncessitera plus d'nergie pour tre dnature sous la
forme de molcules simple brins, qu'un ADN de mme taille compos d'appariements de
A (de T) avec des T (des A) (2 liens H). Ceci explique pourquoi la temprature de fusion
de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux :

sa taille (exprime en nombre de bases, gnralement en kilobase kb)

son rapport (A+T)/(C+G), appel relation de .chargaff donnant un indice des
proportions de paires A-T versus C-G.

Exercice 3
Comment lopron lactose est-il activ ?

Lopron lactose est activ par inactivation du rpresseur grce

lallolactose (inducteur).Le rpresseur se dtache de loprateur
permettant ainsi lARN polymrase de reconnatre loprateur et de
transcrire les cistrons Z, Y et A.
Exercice 4
Soit une squence de bases prsente sur un brin dADN (brin 1)
....-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-....
a. Recopiez cette squence et crivez la squence du brin dADN complmentaire (brin
2)
1)....-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-....
2) C T G A A T G T G C G C A A A A A T A T A T C G
b. Sachant que lARNm issu de la transcription de ce fragment dADN code le dbut
dune protine :
- dterminez quel est le brin matrice (justifiez votre rponse) et crivez la squence de
lARNm.
Le brin matrice est le brin 1, car il possde la squence 3TAC5 (en bleu) qui
correspond sur lARNm au codon 5AUG3.
ARNm : 5AUG UGC GCA AAA AUA UAU CG ......
- orientez toutes les squences des acides nucliques
Brin (1) 3-5 et brin (2) 5-3
- crivez la squence du polypeptide traduit partir de cet ARNm.
NH2-Met Cys Ala Lys Ile Tyr .....COOH
c. Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les squences.
Quadvient-il de la protine dans chaque cas ?

A la suite dune mutation, la 10me base (G) du brin 1 reprsent ci-dessus, a t

remplace par une adnine.
Le codon UGC est remplac par UGU qui est un codon synonyme de la Cystine, il
sagit donc dune mutation silencieuse. Il n y a aucun effet sur la protine.
Dans un autre mutant, cette mme base G a t remplace par une cytosine.
Dans ce cas on obtient un codon UGG du tryptophane, cest un autre acide amin,
cest une mutation faux sens. Dans ce cas la protine (si cest une enzyme) peut tre
plus active, moins active ou inactive.
Chez un troisime mutant, la mme base G a t remplace par une thymine.
Dans ce cas on obtient un codon UGA qui est un codon STOP, dans ce cas cst une
mutation non sens, la protine est raccourcie et perd son activit.
Enfin, chez un quatrime mutant, ce mme nuclotide G a t perdu.
Dans ce cas il y a un dcalage du cadre de lecture partir de la dltion, tout les
acides amins situs aprs la dltion seront diffrents de ceux de la protine non
mute, de plus lapparition dun codon STOP(UGA) prcocement au dcalage
raccourcie la protine.

Exercice 5
Le code gntique est dit redondant ou dgnr. Comment sexprime cette
dgnrescence ?
Cette dgnrescence sexprime par la non spcificit de la troisime base pour
certains codons, dits codons synonymes. Ceci permet un ARNt transportant le
mme acide amin de reconnatre plusieurs codons diffrents.

Exercice 6
Soit la squence dun brin dun fragment dADN isol partir dE.Coli :
5-GTAGCCTACCCATAGG-3
a. On suppose quun ARNm est transcrit partir de cet ADN, en utilisant comme brin
matrice le brin complmentaire. Quelle sera la squence de cet ARNm ?
Le brin reprsent est le brin sens, lARNm sera : 5 GUA GCC UAC CCA UAG3
b. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commenait prcisment lextrmit 5
de cet ARNm. ? (On admettra ici quaucun codon de dpart nest ncessaire, comme cela
se prsente in vitro dans certaines conditions exprimentales).
NH2 Val Ala Tyr Pro COOH

c. Combien de peptides diffrents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mmes

peptides si, pour la transcription, ctait lautre brin de lADN qui servait de matrice ?
On obtient une seul protine (un polypeptide de 4 acides amins), si lautre brin
servait de matrice on obtiendrait un autre polypeptide, car les brins sont
complmentaires et.
non identiques.
d. Cette portion dADN est transcrite comme indiqu en (a), mais vous ne savez pas
quelle est la phase de lecture utilise ; cet ADN peut-il provenir du dbut dun gne ?
Non, car le 5 eme codon est un codon STOP, un gne ne peut pas commencer par un
codon STOP.
Exercice 6' : Aprs quelle a t synthtise, on enlve quelques acides amins
lextrmit C terminale de la bta-lactamase de B. lichenformis. On peut dduire la
squence Cterminale de cette enzyme en la comparant celle dun mutant pour lequel la
phase de lecture a t dcale la suite de linsertion ou de la dltion dun nuclotide ;
On donne ci-dessous les squences en acides amins, du rsidu 263 lextrmit
Cterminale, de lenzyme sauvage purifie et du mutant frame shift (dcalage de la phase
de lecture) :
Sauvage : N M N G K
Mutant: N M I W Q I C V M K D
a. Quel vnement mutationnel a donn naissance au mutant frame shift ?
Lvnement mutationnel qui a donn le mutant fra shift est une addition dune
base U au niveau du deuxime codon de lacide amin (N) qui est lasparagine=
AAUAUA U.....
b. En dduire le nombre dacides amins et si possible la squence C-terminale de
lenzyme
- lADN mutant est : AAU AUG AUA UGG GAA AUA UGU GUA AUG AAA GAU
N M
I
W Q
I
C
V M
K D
-LAND normal est obtenu en liminant la base U qui a t additionne lors de la
mutation :
AAU AUG AAU GGG AAA UAU GUG UAA
N M
N G
K Y
V STOP
Dans le polypeptide coup K est lacide amine N263(voir nonc) sans la mutation
on a 2 acides amins en plus aprs K, ce sont les acides amins Y et V cest la
squence C-terminale de lenzyme puisquelle vient juste avant le codon STOP.
Le nombre total dacides amins est de 263+2= 265 acides amins.

Exercice 7
On tudie l'expression du gne de la globine (constituant de l'hmoglobine) dans des
cellules de souche sanguine et de cerveau. On utilise pour cela une analyse par
Southern de fragments d'ADN gnomique obtenues aprs coupures par 2 enzymes de
restriction, MspI et HpaII, dont le site de coupure est la squence palindromique
CCGG. Lorsque la premire base de cette squence est mthyle, seul MspI conserve sa
capacit de reconnaissance.
L'hybridation, ralise au moyen d'une sonde marque d'ADNc du gne de la globine,
rvle un fragment de 1,45 kb dans 3 conditions :
- ADN souche sanguine + MspI
- ADN souche sanguine + HpaII
- ADN cerveau + MspI
L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en vidence un fragment plus grand.
a. Quelles diffrences de mthylation sont ainsi mises en vidence ?
Laction de MspI met en vidence un fragment plus grand (plus que 1,45 kb) cela
veux dire que le palindrome est mthyl dans lADN du cerveau, alors quil ne lest
pas au niveau de lADN des cellules souches sanguines, puisque il est reconnu par
lenzyme HpaII qui donne un fragment de1, 45kb.
Lutilisation de MspI qui est capable de couper un palindrome mthyl, nous
permst de confirmer que lincapacit de HpaII est due une mthylation de la
cytosine et non pas une mutation, car si le palindrome tait mut mme MspI
naurai pas coup le fragment dADN.

b. Quelle hypothse peut-on mettre quant au rle de la mthylation dans la rgulation

de l'expression du gne de la globine
La mthylation permet de fermer certains gnes dans des cellules diffrencies, pour
leur permettre dassurer leur activit en ne laissant actifs que les gnes dont elles
ont besoin.

Exercice 8
Squenage d'un ADN par la technique de Sanger:
a. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique.
Le principe de la technique est bas sur la rplication du brin rel en prsence de
didsoxynuclotides (qui bloquent la rplication), dans 4 tubes diffrents, 1 tube
pour chaque type de nuclotide. La migration de lADN aprs rplication nous
donne la position du nuclotide dans le brin en fonction de la taille de ce dernier.
Ainsi dans un tube de didsoxynuclotides est lAdnine, tous les brins se terminent
par une adnine. La lecture du gel pour les 4 tubes nous donne la squence du brin
lu. Pour trouver le brin rel il faut crire le brin complmentaire.

b. Soit reprsent ci-dessous sur la ligne, un segment d'ADN monobrin. Son squenage
est effectu par la technique de Sanger, avec une amorce XY. En examinant le schma
reprsentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration, crire :
la squence nuclotidique lue directement sur ce schma du film.
la squence relle du segment d'ADN monobrin correspondant.
'

Squence du brin lu : 5AAGATTTCT3

Squence du brin rel : 3TTCTAAAGA5

Exercice 9
Diagnostic d'une maladie gntique
Au cours de lexploration dune famille atteinte dhypercalcmie hypocalciurique
familiale, des mutations inactivatrices du rcepteur sensible au calcium,
(responsables dune augmentation du niveau de calcmie partir duquel la scrtion de
PTH et la rabsorption du calcium par le tubule rnal sont inhibes) ont t mises en
vidence par la technique de squenage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie.
a. O est situe la mutation sur le gel de squence ci-dessous ?
Il y a perte dune base C

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Sujet normal

sujet malade

b. De quel type est-elle ?

Il sagit dune dltion, provoquant un dcalage du cadre de lecture.
c. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ?
Le mode de transmission probable et dominant, car il y a production de rcepteurs
inactifs par lallle mut et des rcepteurs normaux (actifs) par lallle sauvage. Il y
a donc perte de 50% des rcepteurs et cela se retraduit oar une mauvaise absorption
du calcium. Cependant, leffet sur lhomozygote sera plus svre.

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