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MASTER 2 RECHERCHE
CHIMIE BIO-INORGANIQUE
Abdallah BOUTOBZA
l'attention de :
M. Alain PIERRE
M. Gilles LEMERCIER
JANVIER 2010
1
SOMMAIRE
INTRODUCTION.........................................................................3
GNRALIT...............................................................................4
CONCLUSION.........................................................................11
ANNEXE...................................................................................12
2
INTRODUCTION
Parmi ces cations le fer, le zinc et le cuivre qui est lun des principaux
lments mtalliques indispensables tout organisme vivant.
un groupe phosphate li :
un sucre, le dsoxyribose, lui-mme li :
une base azote.
LE CUIVRE
est un lment chimique de symbole Cu et de numro atomique 29. il s'oxyde
en Cu1+ et Cu2+. Le cuivre, trs faible dose, est un oligo-lment
indispensable la vie [3].
LA COORDINATION
On parle de coordination lorsqu'un atome s'unit un nombre dtermin
d'atomes qui sont ses plus proches voisins [4].
[3]. fr.wikipedia.org/
[4]. www.universalis.fr/encyclopdie/
4
I. COORDINATION DE L'ION CU2+ AVEC LES BASES DADN
Les ions mtalliques coordonns aux bases d'ADN jouent un rle
significatif dans les processus biologiques des acides nucliques. En
particulier, les cations mtalliques interagissent avec des bases d'ADN,
dtruisant la liaison d'hydrogne entre les paire de base. La structure de l'ADN
est change comme rsultat. Par consquent, les cations mtalliques
affectent les synthses, la rplication et le clivage de l'ADN. Un certain
nombre d'tudes exprimentales et thoriques ont t effectues pour
ltude des interactions de cation mtallique avec des bases d'ADN [5].
[5]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(II) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc.
2007. Vol. 51, No. 1. P: 101-105
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I.2. COORDINATION CU2+ - THYMINE
Les deux sites d'association du Cu2+ avec la thymine sont dtermins, un site
sur chaque groupe carbonylique (Fig. 4). Les nergies d'association de TC1 et
TC2 sont -207.74 et -203.10 kcal/mole respectivement(Tableau. 1), Les
distances des liaisons O-Cu2+ sont 1.771 (TC1) et 1.792 (TC2). Dans ces
complexes, il y a une augmentation considrable de l'angle interne du cycle
au niveau du carbone coordonn au groupement carbonyle, ainsi quune
augmentation des longueurs de la liaison carbonylique C=O. L'angle (N1C2N3)
dans le complexe TC1 augmente par 3.3 et l'angle (N 3C4C5) dans le
complexe TC2 augmente par 6.2 aprs la complexation [5].
Les trois complexes Cu2+-guanine sont montrs dans (Fig. 5). Le complexe de
guanine le plus stable est le complexe de transition dans lequel Cu2+ forme un
cycle cinq atomes, agissant l'un sur l'autre avec les atomes O6 et N7 [5].
L'nergie d'association du cation dans ces complexes est -262.54 kcal/mole
(tableau. 1). Le cycle cinq atomes (GC2, Fig. 5) est environ 40 kcal/mole
plus stable que le cycle quatre atomes (GC1, Fig. 5) [5].
Donc la coordination du Cu2+ avec la guanine en formant un cycle cinq
atomes est plus favorise thermodynamiquement, cest le complexe le plus
stable parmi les complexes que peut former Cu2+ avec les bases d'ADN [5].
Dans ce complexe, l'angle C5C6O6 diminue notamment par 13.3 en
comparaison de la base libre. Les distances d'O6-Cu2+ et de N7-Cu2+ de ce
complexe sont 1.863 et 1.915, respectivement. D'une part, les deux
distances de N-Cu2+ dans le complexe GC1 (Fig. 5) sont 1.937 et 2.073. Et la
distance de N-Cu2+ dans le complexe GC3 (Fig. 5) est 1.814 [5].
Les deux complexes CC1 et CC2 sont montres (Fig. 6). Le Cu2+ forme un
cycle 4 atomes par coordination avec O2-N3 (CC1) et avec N3-N4 (CC2).
Le complexe de transition CC1 est plus stable que le complexe CC2.
Ce rsultat signifie que l'oxygne de carbonyle est plus prfr par le cuivre
que l'azote amin. Dans le complexe CC1, la distance N1-C2 diminue par
0.095 et l'angle N1C2O2 augmente par 6.8 aprs la coordination avec Cu2+.
Ces rsultats mnent au perfectionnement de l'interaction simultane de
Cu2+ avec de l'O2 et le N3. L'angle N3C4N4 dans le complexe N3-N4 est rduit lors
de la complexation denviron11.3. Dans le complexe CC1, les distances
d'O2-Cu2+ et de N3-Cu2+ sont 1.853 et 1.942, respectivement [5].
L'nergie d'association de ce complexe est -245.71 kcal/mole (tableau. 1).
Les distances de N-Cu2+ dans le complexe CC2 sont 1.865 et 1.997 [5].
[5]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(II) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc.
2007. Vol. 51, No. 1. P: 101-105.
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II. COORDINATION DE LION CU1+ AVEC LES BASES DADN
Des nombreuses recherches exprimentales et thoriques ont t
effectues pour ltude de linteraction entre les bases dADN et le cation
cuivrique Cu1+. Les nergies d'association du cation Cu1+ avec les bases
d'ADN sont gales 90~140 kcal/mole et sont regroupes dans le Tableau. 2.
Ces nergies sont infrieurs celle des complexes de Cu2+-ADN
(200~260kcal/mol) [6].
Les calculs DFT effectus ont montrs que quatre structures du complexe de
Cu1+ avec ladnine sont possibles (Fig. 7) [6].
Cu1+ peut se coordonn ladnine au niveau de N1 ( AC4, Fig. 7). Le
complexe est stabilis par une double interaction de Cu1+ avec N6 et N7 pour
former un cycle 4. Lnergie dassociation est -123.56 kcal/mole (Tab. 2) [6].
Quand le Cu1+ se coordonne avec ladnine par N1 et N6 (AC1), des
changements auront lieu au niveau du cycle form telle quune
augmentation de la longueur de la liaison C6-N6 de 0.095. Les longueurs des
liaisons N1-Cu1+ et N7-Cu1+ du AC1 sont respectivement 1.903 et 2.028 [6].
Dans le complexe AC2 dont Cu1+ se combine N3 (Fig. 7), les longueurs des
liaisons N3-Cu1+ est 1.778 [6].
En revanche dans AC3 (Fig. 7) dont Cu1+ forme un cycle cinq par deux
liaisons N7-Cu1+ et N6-Cu1+ dont la longueur est gale r 1.888 et 1.962 [6].
Langle C5C6N6 du complexe AC1 a augment de 5.3, ainsi que celle du
complexe CC2 a diminue de 5.7 aprs la complexation. Concernant le
complexe AC4 (Fig. 7) dont Cu1+ se combine avec N1, la longueur de la
liaison N1-Cu1+ est 1.787, et l'angle CuN1C6 vaut 122.8. Lnergie de liaison
value (Tableau. 2) est denviron -109.72 kcal/mole, ceci montre que la
coordination du Cu1+ sur N3 (AC2) est plus favorise que sur N1 (AC4) du fait
que AC2 est plus stable thermodynamiquement [6].
[6]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(I) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc. 2006.
Vol. 50, No. 1. P: 89-93.
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II.3. LE COMPLEXE CU1+ - GUANINE
La guanine se complexe avec Cu1+ selon deux structures possibles (Fig. 9).
Les sites de coordination de Cu1+ avec la guanine sont N2 et N3 en formant un
cycle quatre (GC1) (Fig. 9) [6].
Et sur le complexe GC2 les sites de coordination de Cu1+ avec la guanine sont
O6 et N7 formant un cycle cinq [6].
Les nergies de ces deux complexes (Tableau. 2) sont respectivement -100.49
et -138.62 kcal/mole [6].
Ceci indique que le cycle cinq favorise le complexe GC2
thermodynamiquement dont il est stabilis de 38.13 kcal/mole par rapport au
GC1 [6].
Langle C5C6O6 du Complexe GC2 (Fig. 9) est plus petit de 7.1 du mme
angle dans la guanine [6].
Ainsi que les longueurs des liaisons O6-Cu1+ et N7-Cu1+ sont respectivement
1.988 et 1.882, et celles des deux liaisons N-Cu1+ du GC1 (Fig. 9) sont
respectivement 1.898 et 2.053 [6].
[6]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(I) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc. 2006.
Vol. 50, No. 1. P: 89-93.
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III. COORDINATION CIS-PLATINE ET LES BASES DADN
C'est le cis-diammine-dichloro-platinum(II) ou cis-platine (Fig. 11) a t
synthtis pour la premire fois en 1847 sous le nom de sel de Peyrone, son
action anti-tumorale na t dcouverte fortuitement que dans les annes
1960 par Barnett Rosenberg [7].
La plus grande partie du cisplatine (90%) est limine par lorganisme [9], et
cest seulement 2 3 % du cisplatine libre qui arrive dans le cytoplasme sous
forme cationique pouvant ragir avec les espces nuclophiles prsentes
dans les cellules [10].
Dans le noyau, le cisplatine ragit avec les N7 des guanines et des adnines
de lADN pour former principalement des adduits bifonctionnels [10].
Les pontages intrabrins forms entre deux purines prsentes sur le mme brin
dADN sont les adduits majoritaires du cisplatine [15]. Les adduits 1,2 se
forment entre deux purines adjacentes tandis que les adduits 1,3 se forment
avec deux guanines spares par une base (Fig. 12). Les pontages interbrins
se font dans le site d(GC/CG) entre les deux guanines prsentes chacune sur
un brin dADN [16].Les adduits intrabrins 1,2-d(GpG) et 1,2-d(ApG) sont les
adduits majoritaires forms par le cisplatine (respectivement 65 et 25% de la
totalit des adduits du cisplatine). La guanine est dix fois plus ractive avec le
cisplatine que ladnine [18]. Il a t montr que la prfrence du cisplatine
former les adduits ApG plutt que GpA est due la cintique de la
platination. Les adduits 1,3-d(GpNpG) ne reprsentent que 5 10% des
adduits tandis que les adduits interbrins et les adduits pontages ADN/protine
sont minoritaires. Les Caractristiques des adduits du cisplatine avec lADN
sont rcapitules dans le tableau (Tableau. 4). Des travaux thoriques [19],
ont tait effectus par la mthode SC-MEH base sur le calcul des orbitales
molculaires pour lvaluation des interactions entre les bases dADN
(adnine, guanine, cytosine) et le diamine-cytosine-platinum (II) (DCP) pour
diffrentes conformations. Les rsultats ont permets de classer la force
dinteraction entre le DCP et les bases dADN de la manire suivante :
Guanine> Adnine>Cytosine ; en outre la liaison du platine (II) au bases
dADN provoque un changement de la charge au niveau des cycles des
base dADN, et provoque aussi des variations au niveau de la longueur de la
liaison hydrogne entre ces bases19b. Les figures (Fig. 13, 14, 15) montrent les
diffrentes gomtries de coordination entre les bases dADN et le DCP, et
(Fig. 15) indique linfluence de la coordination du complexe de platine sur la
liaison H entre les bases dADN. U.R Kim et al [8], ont tudis la relation entre
la structure lectronique et lactivit anti-tumorale par la variation du
groupement amine dans le cis-platine, cette tude sintresse linteraction
entre le cis platine et 1-mthyle-cytosine des bases dADN et la structure
lectronique de ces complexes pour comprendre le mcanisme
dinteraction mtal-nucleobase. Les rsultats obtenus ont montrs que la
charge du centre mtallique du complexe de platine affecte lactivit anti-
tumorale. Le mcanisme de la liaison entre le mtal et les ligands est en
grande partie bas sur le transfert de charge des ligands au mtal. En outre,
les OM tablies ont montrs que lorbitale 6p du mtal joue un rle primordial
dans larrangement de la liaison assurant linteraction entre le complexe du
Pt(II) et le 1-methylcytosine.
[15]. D. Wang, and S.J. Lippard, Nat Rev Drug Discov. 2005, 4, P: 307-320.
[16]. M. A. Lemaire, A. Schwartz, A. R. Rahmouni, and M. Leng, Proc Natl Acad Sci USA. 1991,
88, P: 1982-1985.
[18]. J. P. Caradonna, S. J. Mippard, M. J. Gait, and M. Singh, J Am Chem Soc. 1982, 104, P:
5793-5795.
[19]. U.R. Kim, S.H. Kim, and E.A. Boudreaux, J. Kor. Chem. Soc. 1990, 34, P: 539-547.
[8]. U.R. Kim, S.H. Kim, and E.A. Boudreaux, J. Kor. Chem. Soc. 1990, 34, P: 331-339.
10
CONCLUSION
11
ANNEXE
[3]. fr.wikipedia.org/
12
Figure (3): Structures optimises formes par coordination du Cu2+ avec
ladnine (AC1, AC2, AC3, AC4, AC5). Les distances sont en [5].
[5]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(II) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc.
2007. Vol. 51, No. 1. P: 101-105
13
Figure (4): Structures optimises formes par coordination du Cu2+ avec la
thymine (TC1, TC2). Les distances sont en [5].
[5]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(II) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc.
2007. Vol. 51, No. 1. P: 101-105
14
Figure(6): Structures optimises formes par coordination du Cu2+ avec la
cytosine (CC1, CC2). Les distances sont en [5].
[5]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(II) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc.
2007. Vol. 51, No. 1. P: 101-105
[6]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(I) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc. 2006.
Vol. 50, No. 1. P: 89-93.
15
Figure (8): Structures optimises formes par coordination du Cu1+ avec la
thymine (TC1, TC2). Les distances sont en [6].
[6]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(I) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc. 2006.
Vol. 50, No. 1. P: 89-93.
16
Figure (10): Structures optimises formes par coordination du Cu1+ avec la
cytosine (CC1, CC2). Les distances sont en [6].
[6]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(I) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc. 2006.
Vol. 50, No. 1. P: 89-93.
17
Figure (11) : Structure de cis-platine (cis-diammine-dichloro-platinum(II)) [8].
[8]. U.R. Kim, S.H. Kim, and E.A. Boudreaux, J. Kor. Chem. Soc. 1990, 34, P: 331-339.
[17]. Y. S. Elizondo, G. P. Marie-Josphe and M. M. Jean, Curr. Med. Chem. - Anti-Cancer
Agents. 2005, 5, P: 251-265.
18
Figure (13) : Les gomtries possible du complexe [Pt(NH)2(Cytosine)
(Adnine)]2+ , les formes tte-tte, tte-queue [19].
[19]. U.R. Kim, S.H. Kim, and E.A. Boudreaux, J. Kor. Chem. Soc. 1990, 34, P: 539-547.
19
Figure (14): Les gomtries possible du complexe [Pt(NH)2(Cytosine)
(Guanine)]2+ , les formes tte-tte, tte-queue (19].
[19]. U.R. Kim, S.H. Kim, and E.A. Boudreaux, J. Kor. Chem. Soc. 1990, 34, P: 539-547.
20
Figure (16): les populations d'orbitale atomique de la liaison d'ydrogene entre la
guanine et la cytosine. (A) Unit de Guanine-Cytosine dans B-DNA. (B)
arrangement principal de la liaison hydrogne entre la cytosine et la guanine
platine par N7 [19].
[19]. U.R. Kim, S.H. Kim, and E.A. Boudreaux, J. Kor. Chem. Soc. 1990, 34, P: 539-547.
21
Tableau (1): les nergies absolues du cuivre (II), et les nergies d'association
du cation cuivrique avec les bases d'ADN. (E en au); (E en KJ/mol) [5].
[5]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(II) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc. 2007.
Vol. 51, No. 1. P: 101-105.
[6]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(I) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc. 2006.
Vol. 50, No. 1. P: 89-93.
22
Tableau (2): Paramtres gomtriques des bases optimises et les complexes
base ADN Cu+. (distance en , angles en degr) [6].
[6]. G. Y. Lee, DFT Studies on the Copper(I) Complexes of DNA Bases. J. Kor. Chem. Soc. 2006.
Vol. 50, No. 1. P: 89-93.
23
Tableau (4) : Caractrisation des adduits du cisplatine : pourcentage de
chaque adduit et dformations de lADN engendres. Les techniques
danalyses des dformations (torsion et droulement) : (a) llectrophorse,
(b) la cristallographie, (c) la RMN .
[18]. J. P. Caradonna, S. J. Mippard, M. J. Gait, and M. Singh, J Am Chem Soc. 1982, 104, P:
5793-5795.
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