Ilots gnomiques et transfert

horizontal de gnes entre bactries

Les chromosomes sont en gnral considrs comme des molcules stables devant tre soigneusement copies pour chaque
cellule fille nouvellement forme. A part quelques rares erreurs de
copiage (mutations), il ne peut pas arriver grand chose lADN
chromosomique. Mais en est-il vraiment ainsi? On sait maintenant
que les chromosomes bactriens comportent des lots gnomiques, cest--dire des rgions de lADN capables de se sparer
elles-mmes de leur chromosome, datteindre dautres bactries
et de sinsrer dans le chromosome rcepteur. Leur fonction? Ils
dotent bien souvent les bactries rceptrices de nouvelles proprits leur permettant par exemple dinfecter certains htes
eucaryotes ou de dgrader certains polluants.
Il y a prs de dix ans que nous avons commenc dtudier le processus de transfert
horizontal de gnes entre bactries (voir
glossaire). Notre objectif tait de dterminer
la frquence avec laquelle certains gnes
taient transfrs entre diffrentes bactries
dans un environnement naturel. Pour notre
tude, nous avons choisi comme systme
modle la souche B13 de la bactrie Pseudomonas sp. isole partir de boues dpuration. Cette souche se sert exclusivement
de 3-chlorobenzoate comme source de
carbone et dnergie (Fig. 1). Lors de sa
dcouverte en 1974, elle faisait partie des
rares souches bactriennes capables de
dgrader les composs chlors. Cet aspect
tait particulirement intressant puisque
de nombreux polluants appartiennent la
famille des composs aromatiques chlors.
Mais la souche B13 se distingue encore par
une autre proprit des plus spectaculaires:
ces bactries sont en effet capables de
transfrer ceux de leurs gnes impliqus
dans le mtabolisme du 3-chlorobenzoate
vers dautres espces de bactries et ce,
mme au sein du microcosme dun digesteur deaux uses [1]. On constata dautre
part un fait tout fait curieux: le taux de
transfert de gne horizontal semblait augmenter en prsence de 3-chlorobenzoate.
Nous avons alors suppos que ce phnomne tait d au fait que le 3-chlorobenzoate favorisait la croissance des bactries
recevant les gnes responsables de la dgradation de ce compos. Dun autre ct,

nous ne savions pas encore trop comment

ces gnes pouvaient passer du B13 aux
autres bactries.

Les gnes responsables de

la dgradation du 3-chlorobenzoate localiss sur un lot
gnomique
Nous nous sommes donc penchs avec
une attention particulire sur le mcanisme
de transfert de gne. Roald Ravatn, qui a
effectu une thse sur ce thme, constata
que la bactrie receveuse avait en fait
reu un fragment dADN de B13 contenant
au moins 100 000 paires de bases. Ce fragment contenant les gnes responsables de
la dgradation du 3-chlorobenzoate fut appel llment clc [2] (Fig. 2A) et lon constata quil tait insr dans un ou deux sites
trs spcifiques du chromosome rcepteur.
Le chromosome de la souche B13 est luimme dot de deux copies de llment clc
qui ne semblent pas disparatre aprs transfert vers une nouvelle bactrie (Fig. 2B).
Roald Ravatn identifia galement le facteur
responsable de lexcision de llment clc
du chromosome de B13 et de sa rinsertion
dans le chromosome rcepteur. Il sagit
dune enzyme appele intgrase. En comparant la composition biochimique de lintgrase de la souche B13 avec dautres protines, on constata quil existait une parent
avec les intgrases des bactriophages
qui intgrent leur gnome aux chromosomes des cellules infectes, et avec les

intgrases de ce que lon appelle les lots

gnomiques (voir glossaire) [3]. Le gne de
lintgrase de la souche B13 est situ
lextrmit 5 de llment clc (Fig. 2A).
Depuis quelques annes, la dcouverte de
nouveaux lots gnomiques se fait un rythme grandissant. Ces progrs sont principalement dus la multiplication des projets
de squenage des gnomes. De grands
laboratoires sont parvenus dterminer la
squence de nuclotides complte de prs
de 100 gnomes bactriens. Ltude des
squences compltes de nuclotides a rvl que de nombreuses bactries portaient
des lots gnomiques et disposaient mme
dune multitude de copies diffrentes. Les
lots gnomiques se caractrisent par la
prsence dun gne codant pour une intgrase ainsi que par la prsence dun site
spcifique dinsertion sur le chromosome
rcepteur (Fig. 2B). Toutes les informations
dont nous disposons sur llment clc indiquent quil sagit bien dun lot gnomique.

COOH

Cl
3-chlorobenzoate

OH
OH

Cl
3-chlorocatechol

O
O

3-oxoadipate
Fig. 1: Dgradation spcifique dun compos aromatique chlor, le 3-chlorobenzoate. Le produit 3-oxoadipate entrera ensuite dans le mtabolisme gnral.

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Glossaire
Ilots gnomiques
Rgions instables des chromosomes bactriens qui se transfrent parfois elles-mmes du
gnome dune bactrie celui dune autre. Elles produisent un accroissement de la vitalit des
bactries et peuvent tre classes en diffrentes catgories ou sous-types: par exemple, les
lots cologiques des bactries de lenvironnement et les lots de pathognicit des bactries pathognes qui comportent des fonctions auxiliaires intervenant au niveau de linfection,
de la synthse de toxines et de ladhsion [4].
Green Fluorescent Protein ou GFP
Protine rapporteur; les cellules dans lesquelles la GFP est synthtise deviennent fluorescentes et peuvent tre observes au microscope pifluorescence.
Transfert de gne horizontal
Echange dADN entre bactries; par opposition au transfert de gne vertical qui correspond
la transmission dun gne dun anctre commun ses descendants. La reproduction des bactries est gnralement qualifie dasexue car les bactries ne pratiquent pas lquivalent
de la fusion gntique de deux cellules diffrentes qui est la caractristique de la reproduction
sexue des eucaryotes. Les bactries sont nanmoins capables dchanger des segments
dADN. Etant donn que ces segments peuvent se fixer dans un gnome et confrer de nouvelles proprits la bactrie receveuse, lchange de gnes entre bactries peut tre considr comme une forme de sexualit bactrienne.

Comment les lots gnomiques

se dplacent-ils?
Maintenant que nous savions que les gnes
responsables de la dgradation du 3-chlorobenzoate se situaient sur un lot gnomique, il nous restait nous pencher sur le
fait constat antrieurement que le transfert
de llment clc tait favoris par la prsence de 3-chlorobenzoate. Cest ce stade
que Vladimir Sentchilo a entam en 1999
une thse de doctorat visant dterminer
quels facteurs environnementaux ou cellulaires influaient sur le transfert de llment
clc. Etant donn que le transfert de llment clc est toujours prcd dune activa-

Promoteur
Rgion rgulatrice dun gne situ en tte de la rgion codante. Lactivation du promoteur
induit la transcription de la rgion codante qui provoque la synthse de la protine correspondante.

tion du gne codant pour lintgrase, il nous

a sembl judicieux dutiliser cette activation
comme indicateur de lexcision et du transfert dont elle est toujours suivie. Dans ce
but, Vladimir Sentchilo a donc concentr

Gne rgulatrice de
lexpression de l'intgrase

ses efforts sur le gne codant pour lintgrase et construit des bactries rapporteurs
spcifiques ( la manire du biosenseur
pour la dtection de larsenic, p. 12). Ces
bactries rapporteurs portent une construc-

Gnes responsables de la dgradation

du 3-chlorobenzoate

D
Elment clc

Site dinsertion

Gne dintegrase

B
Bactrie
receveuse

Gnome avec
l'lment clc

Activation

Conjugaison

du processus
de transfert

et transfert
Llment
clc en forme
de plasmide

Bactrie
donneuse

Rplication

Insertion

des plasmides

de llment clc
Gnome avec
l'lment clc

Gnome avec
l'lment clc

Fig. 2: Llment clc (A) et sa propre vie hypothtique (B). Une fois activ, le llment clc est dcoup du chromosome par lintgrase et se trouve alors dans la cellule bactrienne comme molcule dADN circulaire (= plasmide). Quand cette bactrie rencontre une deuxime bactrie sans llment clc, llment clc est transfr sous forme dADN
simple brin. Aprs rplication llment clc sest rintgr galement grce lintgrase au site dinsertion dans les gnomes des deux bactries.

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Fig. 3: Le processus du transfert de llment clc est seulement activ dans trs peu de bactries dune culture de
Pseudomonas sp. souche B 13. Veuillez comparer limage microscopique en contraste de phase (gauche, noir sur
gris) avec le mme dtail (droit) montrant les bactries actives comme cellules claires sur fond noir.

tion molculaire constitue du promoteur

(voir glossaire) du gne de lintgrase coupl au gne rapporteur de la Green Fluorescent Protein (GFP, voir glossaire). La
prsence de GFP dans la cellule rvlerait
donc une activation du promoteur du gne
de lintgrase et donc la mise en route du
processus de transfert de llment clc.
A notre grande surprise, seule une petite
partie des cellules dune culture de la
souche B13 dveloppa un signal fluorescent (Fig. 3), ce qui indique que le mcanisme de transfert na t activ que dans
une petite partie de la population. Dans la
plupart des cas, cependant, les cellules qui
deviennent fluorescentes ne se trouvent
plus dans une phase de croissance active
(c.--d. dans des conditions de jene).
Autre observation surprenante, quand les
cellules avaient t cultives en prsence
de 3-chlorobenzoate, le nombre de cellules
fluorescentes en conditions de jene tait
plus lev que chez les cellules cultives
avec dautres sources de carbone. Ce rsultat confirme notre observation initiale et
montre de plus que le 3-chlorobenzoate stimule le transfert de llment clc un stade
particulirement prcoce, c.--d. au niveau
de lactivation de lexpression du gne de
lintgrase. On ignore cependant encore
pourquoi le gne de lintgrase est activ
dans certaines bactries et pas dans
dautres.

Vladimir Sentchilo a dautre part russi

identifier deux protines qui semblent influencer lexpression du gne de lintgrase
et peuvent tre en rapport avec des signaux
cellulaires ou environnementaux. Curieusement, ces deux protines sont codes par
llot gnomique lui-mme (Fig. 2A) et en
consultant les bases de donnes, on
saperoit que de nombreuses autres bactries synthtisent des protines similaires.
Pour mieux comprendre la fonction de llot
gnomique de la souche B13 ainsi que ses
rapports avec dautres lots gnomiques sur
le plan de lvolution, nous avons maintenant dcid de dterminer la squence
complte de lADN de ces bactries. Ce
travail est ralis en collaboration avec
lInstitut Pasteur de Paris et lInstitut de Recherche sur le Gnome (IfG) de lUniversit
de Bielefeld en Allemagne. Nous esprons
que ces connaissances nous permettront
de comprendre les mcanismes de rgulation du transfert de llment de la souche
B13 ainsi que dautres lots gnomiques.

Implications plus ou moins

dsirables
Sil savre que certains polluants tels que
le 3-chlorobenzoate stimulent rellement le
transfert de gne, il faut sattendre observer des effets sur les taux de dissmination
de certaines fonctions gntiques au sein
des communauts bactriennes. Du point

de vue de la dgradation des polluants, il

serait plutt bnfique de voir les gnes
responsables de leur dgradation plus largement rpandus, leur biodgradation sen
trouvant acclre. Par contre, une dissmination plus rapide de proprits pathognes permettant aux bactries dinfecter
des htes eucaryotes ne constitue pas une
perspective trs rjouissante. Il semble que
mme les gnomes des organismes considrs comme tant les plus petits du monde vivant comportent des entits encore
plus petites, les lots gnomiques, qui semblent avoir leur propre mode de vie.

Jan Roelof van der Meer est

microbiologiste et dirige le
groupe Microbiologie molculaire la division Microbiologie de lenvironnement et cotoxicologie molculaire de
lEAWAG. Domaines de recherche: Evolution, dgradation
des polluants, dveloppement de biosenseurs et cologie microbienne.
Coauteurs: Vladimir Sentchilo, Muriel Gaillard

[1] Ravatn R., Zehnder A.J.B., van der Meer J.R. (1998):
Low-frequency horizontal transfer of an element containing the chlorocatechol degradation genes from
Pseudomonas sp. strain B13 to Pseudomonas putida
F1 and to indigenous bacteria in laboratory-scale
activated-sludge microcosms. Applied and Environmental Microbiology 64, 2126 2132.
[2] Ravatn R., Studer S., Springael D., Zehnder A.J.B.,
van der Meer J.R. (1998): Chromosomal integration,
tandem amplification, and deamplification in Pseudomonas putida F1 of a 105-kilobase genetic element
containing the chlorocatechol degradative genes from
Pseudomonas sp. strain B13. Journal of Bacteriology
180, 4360 4369.
[3] van der Meer J.R., Ravatn R., Sentchilo V. (2001): The
clc element of Pseudomonas sp. strain B13 and other
mobile degradative elements employing phage-like
integrases. Archives of Microbiology 175, 79 85.
[4] Hacker J., Carniel E. (2001): Ecological fitness, genomic islands and bacterial pathogenicity: A Darwinian
view of the evolution of microbes. EMBO Reports 2,
376 381.

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