02 - Proyecto

Computacin Paralela
INF 762
Departamento de Computacin e
Informtica
Facultad de Ingeniera
Prof. Lorna Figueroa M.
Aydte. Leonardo Jofr
Octubre 2016
Motivacin
Ambientes cientficos e ingenieriles anlisis de problemas

complejos.
representacin por mallas geomtricas,
gran volumen de datos,
en un tiempo cada vez menor
exigencias de tiempo
precisin en la calidad de la solucin
2
Universidad Tecnolgica Metropolitana - Departamento de Informtica
Motivacin
Mtodos paralelos de generacin de mallas:
Descomponen la malla original en N subproblemas,
Procesados simultneamente por P procesadores (P N)
[Chr05] [ChN03] [LCh06] [ChCh04].
3
Motivacin
Los subproblemas pueden ser formulados como:
Fuertemente acoplados,
Parcialmente acoplados, o
Desacoplados
Grado de acoplamiento en los subproblemas
==> comunicacin entre los subproblemas distribuidos en los
procesadores.
4
Objetivos:
General
Estudiar, modelar e implementar un algoritmo paralelo para

refinar localmente una malla.
5
Objetivos:
Especficos:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
Estudiar y seleccionar un algoritmo para refinar mallas.

Modelar la paralelizacin de un algoritmo para realizar el refinamiento
local.
Estudiar mtodos de particionamiento y balance de carga, en relacin a la
distribucin en los procesadores.
Desarrollar un mtodo de particionamiento, basado en el criterio de
balancear la carga entre los procesadores disponibles.
Estudiar, modelar e implementar una estructura de datos para el problema
planteado.
Implementar un algoritmo paralelo para refinamiento local.
Evaluar el algoritmo paralelo de refinamiento local con datos de pruebas.
6
Mallas Geomtricas / Paralelismo
Mallas Geomtricas
basadas en tringulos
potencial para exploracin
del paralelismo
Propsitos de paralelizacin en el clculo

de la triangulacin de un conjunto de
puntos:
1. Minimizar tiempo de ejecucin
2. Disponer de mayor capacidad de
memoria
7
Descripcin del Problema

Dado un
y refinar
localmente,
usando
un
un dominio,
dominio,particionarlo
particionarlo
y refinar
localmente,
usando
algoritmo
paralelo
de de
biseccin.
un algoritmo
paralelo
biseccin.
Refinamiento
Mallas
Geomtricas
proceso
de dividir geomtrica
algunos tringulos
tringulos
ms
Una
discretizacin
formadaen por
polgonos
pequeos
s. de los datos en subdominios para
conectados
Dividir
el entre
dominio
satisfacer
requerimientos
estimaciones de error,
a diferentes
procesadores.
asignarlos
Tipos
de mallas
(en 2D):
geometra del problema, entre otros criterios.
Cundo refinar? Malla inicial no es la ms apropiada para un
problema dado y debe ser modificada.
problemas donde se necesita Fuente:
mayor precisin en una
www.es.rhino3d.com/4/help/Commands/
regin de la malla.
MeshTrianglesQuads.htm
refinamiento es importante para garantizar la calidad de la
8
malla obtenida.
Solucin Propuesta
(Mallas Geomtricas Refinamiento)
Una triangulacin es refinada, cuando el objetivo es obtener

triangulaciones ms finas y se mantiene la calidad
[Figue00].
Refinamiento
local o global,
insertando puntos,
mtodos de biseccin, sobre triangulaciones noDelaunay.
9
Solucin Propuesta
Mtodo de refinamiento 2T longest-edge:
t0
t01
t02
10
Solucin Propuesta
El refinamiento se puede propagar a los elementos vecinos

un elemento no marcado inicialmente t1 T ; t1 > t0
es refinado (malla conforme).
criterio de validez: dos
tringulos vecinos es un lado o
un vrtice comn.
11
Solucin Propuesta
Procedimiento garantizado para terminar:

al bisectar las aristas stas disminuyen su longitud
(tolerancia, (M)).
La malla resultante es conforme.
12
Solucin Propuesta
(Paralelismo)
Clasificacin de mtodos paralelos [Ch03] [LCh04] [CS99] :
i. Mallan (en paralelo o secuencial) las interfaces de los
subproblemas y luego mallan en paralelo los
subproblemas.
ii. Resuelven el problema de mallado en cada uno de los
subproblemas en paralelo y en seguida mallan las
interfaces de forma tal que la malla global es conforme.
iii. Simultneamente mallan y mejoran las interfaces segn
mallan los subproblemas individuales.
13
Solucin Propuesta
(Paralelismo)
Arquitecturas de mquinas paralelas [Stel04]:

Memoria distribuida
Redes de Interconexin
Mensaje
Memoria compartida
Mdulo de
Memoria
Procesador
Redes de interconexin
Procesadores
Memoria Local
14
Solucin Propuesta
(Paralelismo)
Memoria compartidadistribuida (DSM Distributed Shared Memory)

[Stel04]:
Mensaje
Redes de
Interconexin
Procesador
Computadores
Memoria
Local
15
Solucin: Mallas Geomtricas/Refinamiento
Mtodo de refinamiento 2T longest-edge (2T LE):
t01
t02
0
16
*
t02
tt01
0
t122
1221
t1222
t322
3222
t12
121
t11
1
t2221
222
t5
t3221
t4
t3321
32
t221
2
22
t21
t31
criterio de validez: dos

tringulos vecinos es un
lado o un vrtice comn
17
Procedimiento garantizado para terminar:

al bisectar las aristas stas disminuyen su longitud
(tolerancia, (M)).
La malla resultante es conforme.
18
Solucin Algoritmo
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Input: { M*, (M ), P }
Particionar M* en submallas Mi*, i = 1 P
Distribuir las submallas Mi* en los P procesadores disponibles
Refinamiento local, biseccin 2T longest-edge en cada Mi*
Conformar tringulos no-conformes, producto del refinamiento
Output: { Mc }
19
Solucin Algoritmo
Malla Inicial
Numerar cada tringulo
Marcar tringulo(s) a refinar
2
1*
3*
4
5*
20
Solucin Algoritmo
Particionar y distribuir
Particin 1:
Particin 2:
Particin 3:
Las particiones definidas son distribuidas entre los procesadores

para una ejecucin paralela.
21
Solucin Algoritmo
Procesador 1: refinar tringulo 1
22
1*
12
2212
1
11
211
22
Solucin Algoritmo
5
5*
2
51
23
Solucin Algoritmo
Caso 1
3*
31
32
24
Solucin Algoritmo
Malla resultante:
22
12
212
11
211
32
31
52
51
25
Solucin Algoritmo
1*
2
3*
4
5*

Caso 2
3*
3
2
31
26
Solucin Algoritmo
22
12
212
11
211
32
31
52
51
Malla resultante :
Conformar
27
Solucin Algoritmo
Procesador 3: Conformar tringulo 31
3*
3
1
12
32
311
28
Solucin Algoritmo
Procesador 2: Conformar tringulo 4
42
41
52
51
29
Solucin Algoritmo
Malla resultante:
22
12
212
11
211
32
312
311
42
52
41
51
30
Solucin Algoritmo
Malla resultante caso 1:
22
12
212
11
211
32
Malla resultante caso 2:
31
52
51
22
12
212
11
211
32
312
311
42
52
41
51
31
Hiptesis de Trabajo
1.
El uso de un algoritmo permite particionar la malla inicial

balanceando la carga en los procesadores paralelos
disponibles minimizando la interaccin en las fronteras
(interfaces).
2.
El balanceamiento de la carga y la aplicacin del algoritmo

de refinamiento 2T longest-edge en paralelo permite
reducir tiempos de computacin.
32
Metodologa
Tareas definidas:
Fase 1: Revisin del estado del arte.
Fase 2: Estudio de modelos y tcnicas a emplear.
Fase 3: Modelacin.
Fase 4: Implementacin de la herramienta.
Fase 5: Estudios de aplicacin resultados.
33
Modelo Paralelo del Algoritmo 2TLE
Basado en el algoritmo 2T-LE secuencial garantiza malla

refinada en paralelo sea conforme.
Esquema master-slave,
slaves realizan el refinamiento
34

La flecha blanca seala la propagacin de un refinamiento secuencial.
35

Esquema master-slave para refinar en paralelo:
36
Anlisis de Conflictos (master)
Garantizar que todos los tringulos queden conformes

master
analiza tipos de conflictos
detecta un tipo de conflicto enva mensaje a slave
para que conforme en paralelo los tringulos
37

Conflicto single
38

Conflicto doble
39

Conflicto triple
40

Conflicto frontal
41
Conflicto mixto
combinacin de uno o ms de los tipos de conflictos

descritos anteriormente, generando nuevos conflictos
cuya solucin es tambin la combinacin de las
soluciones de los conflictos involucrados
42
Etapas de Sincronizacin (master)
43
Ambiente experimental
cluster, con n procesadores, con soporte paralelo a travs de

la librera MPI.
Para validar la implementacin estudiar los algoritmos
secuencial y paralelo con mallas de diferentes tamaos en
cuanto a tringulos que componen una malla, como a
tringulos marcados para ser refinados.
Las mallas de prueba particionarlas en 2, 4, 8, 16 .
particiones balanceadas para refinarlas en paralelo con la
misma cantidad de slaves, respectivamente.
44
Resultados con Algoritmo 2T-LE Secuencial
Tringulos
Vrtices
Malla
M1_40K
Iniciales
Refinar
Finales
Iniciales
Finales
10%
40.161
4.038
48.555
20.400
24.600
1496,8
20%
40.161
8.020
55.369
20.400
28.008
4389,2
30%
40.161
12.050
61.728
20.400
31.189
8829,3
Ts, [ms]
45
Resultados con Algoritmo Paralelo 2TLE
Tp [ms] Malla Mi_10K

10%
t*
20%
30%
40%
M1
M2
M3
M4
M5
M1
M2
M3
M4
M5
M1
M2
M3
M4
M5
M1
M2
M4
1,4
0,82
1,41
0,88
1,45
2,04
2,37
2,73
2,43
2,58
4,36
4,09
2,83
2,68
2,79
4,73
4,87
3,41
0,9
0,86
0,84
0,64
0,69
1,50
2,87
1,43
1,67
1,63
2,22
3,41
2,06
1,89
1,96
3,01
4,59
2,36
0,5
0,33
0,57
0,38
0,56
1,17
1,04
0,93
0,86
1,54
1,72
1,30
0,43
1,28
1,58
2,25
2,12
2,14
16
0,4
0,25
0,32
0,23
0,25
0,57
0,50
0,43
0,53
0,80
0,96
0,75
0,81
0,82
1,06
1,46
0,86
0,9
46

Tp [ms] Mi_20K
t*
10%
20%
30%
M1
M2
M1
M2
M1
M2
2,51
2,26
4,72
4,57
7,40
5,62
2,21
1,27
2,94
3,32
5,05
5,29
1,52
1,04
2,71
1,80
3,28
2,56
16
1,02
0,48
1,21
0,83
1,87
1,02
Tp [ms] Mi_40K
10%
t*
20%
30%
M1
M2
M1
M2
M1
M2
5,52
7,72
14,9
15,6
24,7
24,0
4,53
5,14
6,79
9,75
10,0
11,9
2,89
2,68
6,01
5,07
7,92
8,51
16
1,68
1,78
3,01
3,67
4,74
5,10

t*=2000, Tp[ms]
Mi_10K_20%
Mi_20K_10%
M1
M2
M1
M2
2,04
2,37
2,51
2,26
1,50
2,87
2,21
1,27
1,17
1,04
1,52
1,04
16
0,57
0,50
1,02
0,48
t* = 4000, Tp[ms]
Mi_10K_40%
Mi_20K_20%
Mi_40K_10%
M1
M2
M4
M1
M2
M1
M2
4,73
4,87
3,41
4,72
4,57
5,52
7,72
3,01
4,59
2,36
2,94
3,32
4,53
5,14
2,25
2,12
2,14
2,71
1,80
2,89
2,68
16
1,46
0,86
0,9
1,21
0.83
1,68
1,78
Se observa la diferencia de las curvas entre las mallas, debido a la cantidad de

tringulos marcados para refinar, confirmando que la complejidad computacional
est en los tringulos a refinar, y no en el tamao de la malla.
49
al aumentar el nmero de particiones los tiempos de ejecucin disminuyen.

en la medida que aumenta la cantidad de particiones (cada vez ms pequeas), y
aumenta el tamao del problema, los tiempos tienden a acercarse, aprovechando mejor
el paralelismo.
50
Se verifica que los tiempos de refinamiento se reducen en la

medida que se utilizan mas procesadores:
1. Aumento las particiones menor tamao
2. Propagacin de un refinamiento se corta al encontrar una
interfaz particiones son de menor tamao
Mallas con mayor cantidad de particiones reduccin del
tiempo de refinamiento
Tamao de la malla influye linealmente en el tiempo de
computacin O(ni /p) peso de la computacin est
directamente relacionado con la cantidad de tringulos a
refinar, segn la complejidad O((nr /p)2)
51
Resultados obtenidos se concluye:

tiempo de procesamiento depende fuertemente de la
cantidad de tringulos a refinar por particin
no depende del tamao de la malla
Tiempo total paralelo tiempo del refinamiento paralelo
etapa de conformidad paralela (< 1% del refinamiento)
52
Paralelizacin del algoritmo 2TLE refina las mallas

menor cantidad de tiempo que el algoritmo secuencial,
mostrando una aceleracin superlineal
En la medida que se particiona ms una malla
particiones son cada vez mas pequeas
al ser ms pequeas, contienen menos tringulos a ser
refinados en cada particin
resulta en un menor tiempo de computacin
53
Menores tiempos paralelos de computacin

no se deben slo a los menores tamaos de las
particiones,
se confirma la hiptesis de que la propagacin de los
refinamientos se corta al encontrar una interfaz.
Garantiza siempre que las mallas resultantes del refinamiento
son conformes.
Gracias a la forma en que se resuelven los conflictos en las
interfaces del problema
Conflictos solucionados producen una malla refinada diferente
a la malla refinada por el algoritmo secuencial lo mismo
ocurrira si refinara en diferente orden los tringulos marcados.
54
Cul es la relacin (si la hay) entre un balance equilibrado

de la carga, el nmero de tringulos en las interfaces y el
nmero de mensajes intercambiados?
Es posible ampliar la estructura de datos del modelo paralelo
al refinamiento de una malla 3D manteniendo los beneficios?
Permitir el uso del modelo ampliarlo hacia otros mtodos
de refinamiento?
55
Bibliografa
[ChCh04] Chernikov, A.; Chrisochoides, N.; Practical and
Efficient Point Insertion Scheduling Method for
Parallel Guaranteed Quality Delaunay Refinement.
ICS04, June 26-July 1, 2004, Malo, France.
[Ch03]
Chrisochoides, N.; Chernikov, A.; Barker, K.;
Fedorov, A.; Kot, A.; Linardakis, L.; Nave, D.;
Verma, C. Parallel Mesh Generation Past, Present and
Future Directions. NSF: Career Award CCR-9876179,
RI #EIA-9972853, ITR #EIA-0085969 and NGS EIA0203974. 2003.
[ChN03] Chrisochoides, N. and Nave, D. Parallel Delaunay
Mesh Generation Kernel. Int. J. Numer. Meth. Engn.
58.161-176.2003.
56
Bibliografa
[Chr05]
Chrisochoides, Nikos. A Survey of Parallel Mesh

Generation Methods. Meshing Research Corner. Abril,
2005.
[CS99]
De Cougny, H.I.; Shephard, M.; Parallel Unstructured
Grid Generation. CRC Handbook of Grid Generation,
(J. F. Thompson, B. K. Soni, and N. P. Weatherill,
eds.), CRC Pres Inc., Boca Raton, pp.24.1-24.18,
1999.
[Figue00] Figueroa, L.; Triangulaciones Delaunay y noDelaunay y particiones de tringulos en base al lado
ms largo. Tesis de Magster en Ciencia con mencin
en Computacin, U. de Chile, 2000.
57
Bibliografa
[LCh06] Linardakis, L., Chrisochoides, N. Delaunay decoupling
method for parallel guaranteed quality planar mesh
refinement. SIAM Journal on Scientific Computing. 27,
pp 1394-1423, 2006.
[Riv84] Rivara, M.C.; Algorithms for refining triangular grids
suitable for adaptive and multigrid techniques;
International Journal for Numerical Methods in
Engineering, vol. 20, pp. 745-756, 1984.
[Stel04] Stelling de Castro, Mara Clicia; Sistemas Paralelos;
Universidad do Estado do Rio de Janeiro, Centro de
Tecnologa e Cincias, Instituto de Matemtica e
Estadstica, Departamento de Informtica e Cincias da
Computao. 2004.
58

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Computacin Paralela

Ambientes cientficos e ingenieriles anlisis de problemas

Estudiar, modelar e implementar un algoritmo paralelo para

Estudiar y seleccionar un algoritmo para refinar mallas.

Mallas Geomtricas / Paralelismo

Propsitos de paralelizacin en el clculo

Descripcin del Problema

Una triangulacin es refinada, cuando el objetivo es obtener

Mtodo de refinamiento 2T longest-edge:

El refinamiento se puede propagar a los elementos vecinos

Procedimiento garantizado para terminar:

Arquitecturas de mquinas paralelas [Stel04]:

Memoria compartidadistribuida (DSM Distributed Shared Memory)

Solucin: Mallas Geomtricas/Refinamiento

Mtodo de refinamiento 2T longest-edge (2T LE):

Solucin: Mallas Geomtricas/Refinamiento

criterio de validez: dos

Solucin: Mallas Geomtricas/Refinamiento

Procedimiento garantizado para terminar:

Las particiones definidas son distribuidas entre los procesadores

Procesador 3: refinar tringulo 3

Malla resultante caso 2:

El uso de un algoritmo permite particionar la malla inicial

El balanceamiento de la carga y la aplicacin del algoritmo

Modelo Paralelo del Algoritmo 2TLE

Basado en el algoritmo 2T-LE secuencial garantiza malla

Modelo Paralelo del Algoritmo 2TLE

Modelo Paralelo del Algoritmo 2TLE

Anlisis de Conflictos (master)

Garantizar que todos los tringulos queden conformes

Anlisis de Conflictos (master)

Anlisis de Conflictos (master)

Anlisis de Conflictos (master)

Anlisis de Conflictos (master)

Anlisis de Conflictos (master)

combinacin de uno o ms de los tipos de conflictos

Etapas de Sincronizacin (master)

cluster, con n procesadores, con soporte paralelo a travs de

Resultados con Algoritmo 2T-LE Secuencial

Resultados con Algoritmo Paralelo 2TLE

Tp [ms] Malla Mi_10K

Resultados con Algoritmo Paralelo 2TLE

Universidad Tecnolgica Metropolitana - Departamento de Informtica

Resultados con Algoritmo Paralelo 2TLE

Universidad Tecnolgica Metropolitana - Departamento de Informtica

Resultados con Algoritmo Paralelo 2TLE

Se observa la diferencia de las curvas entre las mallas, debido a la cantidad de

Universidad Tecnolgica Metropolitana - Departamento de Informtica

Resultados con Algoritmo Paralelo 2TLE

al aumentar el nmero de particiones los tiempos de ejecucin disminuyen.

Se verifica que los tiempos de refinamiento se reducen en la

Resultados obtenidos se concluye:

Paralelizacin del algoritmo 2TLE refina las mallas

Menores tiempos paralelos de computacin

Cul es la relacin (si la hay) entre un balance equilibrado

Chrisochoides, Nikos. A Survey of Parallel Mesh

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