Enzimologa

Entra la clasificacin de las enzimas

Introduccin
Abzymas: Anticuerpos catalticos
Los ms importantes en cantidad e importancia son las enzimas. Pueden
acelerar hasta 10^21 una reaccin.
Poder cataltico: poder de acelerar una reaccin.
Las enzimas como catalizadores biolgicos
Son muy eficientes y muy especficos (a nivel de estereoismeros). Son
protenas.
El conjunto de todas las reacciones qumicas que tienen lugar en un
organismo, es el metabolismo.
La mayor parte de las protenas de los organismos son enzimas.
Pueden ejercer su funcin bajo condiciones compatibles con la vida. Si no
hubiera enzimas, no habra metabolismo celular, por lo que no habra vida.
Aplicaciones de las enzimas
Anlisis clnico: LDH, son marcadores de infarto de miocardio
Aplicaciones mdicas: principalmente, las enzimas que estn relacionadas
con el cncer y los infartos
Aplicaciones industriales: detergentes sobre todo
Caractersticas enzimas
Catalizador: sustancia que aumenta la velocidad de una reaccin sin
alterarse en el proceso. La mayora, aunque no todos, son protenas.
Aunque la reaccin de descomposicin del agua oxigenada sea
termodinmicamente favorable, es una reaccin muy lenta. Si aadimos por
ej hemoglobina, la reaccin se hace un milln de veces ms rpida. Lo que
tienen en comn los catalizadores, es el tomo de hierro, pero es hierro en
distintos entornos. Segn las condiciones del hierro, ser distinta la
velocidad.
Las enzimas se modifican, pero el estado inicial y el final son los mismos.

Los biocatalizadores aceleran una reaccin en un sentido y en el otro, la

constante de equilibrio permanece por tanto igual.

Breve historia de la enzimologa

Pi-1. Haga un trabajo de unas 5 hojas (arial 12) hasta el 8 de octubre.
Relacionar los hechos y avances

Descripcin general de las enzimas

1. Las enzimas son protenas
Protenas especiales, pues tienen actividad cataltica.
Los puentes de hidrgeno entre tomos pertenecientes a los enlaces
peptdicos determinan la estructura secundaria de la protena. Segn entre
qu tomos, dar lugar a hlices, o estructuras beta. Luego, estas pueden
interaccionar por f de van der Waals, interacciones hidrofbicas etc, para
formar la estructura terciaria.
Tambin se caracterizan por lo que hacen: Las reacciones que catalizan,
especificidad, condiciones ptimas
2. Las enzimas tienen centro(s) activo(s)
Poseen una zona especfica donde tiene lugar la reaccin que catalizan.
Sitio de reconocimiento y sitio activo: juntos forman el centro activo,
pues se han de reconocer y de fijarse la molcula, gracias al sitio de
reconocimiento. Es importante cmo se ancla la molcula en este sitio. Hay
que tener en cuenta el conjunto.
Centro activo: dentro de una cavidad hidrofbica, formada por las cadenas
laterales de los amiocidos. Esta cavidad tiene una propiedad muy
importante, y es que la energa de activacin para una reaccin se hace
mucho mas baja, POR QU?:
I.
II.
III.
IV.

Se estabiliza el estado de transicin

Al ser hidrofbico, no hay agua
Ah se encuentran los grupos reactivos que van a interactuar con
el sustrato
Es necesaria la presencia de cofactores (coenzima), y se suele
situar en el centro activo.

PI 2: imagine que para que tenga lugar una det reaccin enzimtica es
necesario que un resto de Lys de la enzima forme un puente salino
(interaccin electrosttica) con el sustrato. Dnde ser ms fuerte dicha

interaccin en un bolsillo hidrofbico o en la superficie de la molcula

(enzima)? Razone su respuesta
La fuerza de coulomb: F= k qq/rE siendo E (psilon) la constante
dielctrica del medio. E para el agua=80, E para compuestos
orgnicos= 2 POR ESO LA FUERZA SER MAYOR EN EL BOLSILLO,
PUES NO HAY AGUA

PI 3 Sabiendo que para que una reaccin enzimtica tenga lugar es

necesario que el sustrato, actuando como aceptor, forme un puente de H
con un resto de Lys del centro activo de la enzima, ser sta activa o no a
pH 8,6? Razone la respuesta (Nota: pKa grupo E amino=9,1) 13 octubre
************

3. Las enzimas son altamente especficas

La especificidad puede ser enzimtica: requerimientos estructurales,
quirales ; o especificidad de producto: solo se genera un tipo de producto; o
especificidad de sustrato, suelen ser las que degradan sustancias nocivas
para el organismo.
La especificidad llega a ser tan especfica que solo actan sobre uno de los
ismeros.
4. Las enzimas no afectan a la constante de equilibrio

Enzimas monomricas y enzimas oligomricas

Una enzima monomrica est constituida por una sola cadena polipeptdica,
por lo tanto no podr presentar estructura cuaternaria. Suelen ser las que se
secretan al medio exterior.
La mayora de las enzimas son oligomricas (varias subunidades). Estas
subunidades a su vez pueden ser iguales o distintas.

PI 4: Se les ocurre algn experimento para averiguar si una enzima es

monomrica u oligomrica? Y para averiguar si es homo-oligomrica o
hetero-oligomrica?
Para ver la enzima, ser en su estado nativo, es decir, viendo su funcin.
Podr calcular su peso molecular aproximado ( por ej 100 kDa), pero si a
continuacin cojo esa banda (de la enzima nativa). Si a continuacin utilizo

un SDS, se desprenden las distintas subunidades. Si a continuacin hago

una electroforesis (PAGE SDS), y
si me sale una banda de 25 kDa -> tetrmero homomrico,
si sale una banda de 25 kDa y otra de 50 kDa, ser un trmero( una
subunidad de mayor peso, y otras dos iguales de menor peso)

Enzimas solubles y enzimas ligadas a membranas

El problema de estas enzimas es que suelen actuar en agua, y es muy
complicado de medir
PI 5 Investigue, cules son los principales problemas que presenta trabajar
con enzimas o protenas de membrana? 15 octubre

Enzimas y cofactores
De manera general, muchas enzimas son conjugadas. A la parte no
aminoacdica se le llama cofactor, y a la parte proteica se le suele llamar
apoenzima. Cofactor+apoenzima=holoenzima
Cofactor: puede ser o un metal (metaloenzima) o una molcula orgnica, y
dependiendo de cmo la molcula orgnica acte con la apoenzima, se
llamar coenzima o grupo prosttico.
Si la interaccin es mediante interaccin dbil, es coenzima, pero si es
mediante enlace simple o doble (enlace covalente), se llama grupo
prosttico.
Si se aade un factor que separe las interacciones dbiles, cuando retiremos
el factor, se volvern a formar ciertas interacciones dbiles. Sin embargo,
cuando se aade un factor que rompe el enlace covalente de los grupos
prostticos, si llega a romperlo, cuando se retira del medio el factor, no se
vuelven a unir.
La fuerza con la que un cofactor est unido es: fuertemente unidos (no
dializables), dbilmente unidos (dializables), superpuestos (p de H)
(dializables) -> no son covalentes
Dializables: cuando la simple fuerza generada por la presin osmtica
(diferencia de concentraciones) es capaz de separar el cofactor.

PI 6 Se les ocurre algn experimento para averiguar si un cofactor es

dializable o no dializable? Explquelo con algn ejemplo, 15 octubre

ESTO ENTRA A PARTIR DE AQU

Funcin y tipos de coenzimas:

Los coenzimas actan transportando grupos funcionales, que intervienen en
las reacciones bioqumicas. Participan directamente en la reaccin. Se
consumen y reciclan de una manera constante y continua durante el
metabolismo.
Ejemplos:
Enzima atp sintasa cataliza la fosforilacion del adp, convirtindolo en atp.
Las kinasas catalizan la desfosforilacion del atp , convirtindolo en adp.
Dependiendo del nombre del sustrato que se va a fosforilar con ese Pi, se
llamar as el atp.
El adp que producen las quinasas no suele fosforilarse.

Ejemplo
Deshidrogenasas del Nad+ eliminan e- del sustrato, reducen nad+ a nadh
Las reductasas hacen lo contrario.

Los coenzimas son reciclados de manera continua.

Clasificacin
Se basa en el origen de la molcula de la que proceden.
1. Coenzimas derivados de vitaminas: NADH, FADH2, Coenzima A,
Tiamina pirofosfato
2. Coenzimas no derivados de vitaminas: Biopterina, coenzima Q, ATP
Estos eran coenzimas universales
PI 7 Trabaje los principales coenzimas derivados de vitaminas,
fundamentalmente nad+/nadh y el fad/fadh2, de acuerdo con el siguiente
esquema: introduccin, estructura, tipos, mecanismo, reacciones
catalizadas, otras aplicaciones, 20 octubre

PI 8 Trabaje los principales coenzimas no-derivados de vitaminas de acuerdo

con el siguiente esquema: introduccin, estructura, tipos, mecanismo,
reacciones catalizadas, otras aplicaciones, 20 octubre
3. Otros coenzimas: metanogenesis, no son tan importantes
PI 9: Investigue sobre estos coenzimas, analizando, fundamentalmente su
estructura, funcin

Cofactores metlicos
La presencia de un ion metlico puede ser debida a que se mantenga la
estructura de la enzima. Es decir, tiene funcin estructural o intervenir
directamente en la catlisis.
-

Cuando es necesario para mantener la estructura terciaria:

metaloenzimas
Cuando desempea un papel cataltico: enzimas activadas por
metal

Estos metales de transicin se pueden unir a distintos grupos.

Los restos aminoacidicos que estn implicados en estas interacciones son
los que puedan hacer interaccion electroesttica o que tenga dos electrones
desapareados.
hbleme de la catlisis electrfila, e indique los restos que intervienen :
EXAMEN
PI 10: a ph fisiologico, Qu restos aminoacidicos sern los mas importantes
en la formacionde interacciones con metales de transicin? 20 octubre
As, la interaccin depender de lo lejos que estn los grupos que pueden
formar estas interacciones con el metal. Depender tambin del valor del
pk, si est por debajo, estar protonado, y por arriba, desprotonado.
PI 11 Analice el tipo de complejos que se pueden formar en los siguientes
casos:
N ligandos
2
4
6

forma de los complejos

lineal, angular

PI 12 Por qu los iones metlicos son buenos cofactores?

PI 13 Qu iones metlicos actan/ participan como cofactores en
reacciones bioqumicas? Cite los que puedas

CLASIFICACIN DE ENZIMAS
www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/
Relacin entre la gua telefnica y la clasificacin de enzimas: NO HACE
FALTA SABERSE DE MEMORIA LA GUA.
Necesidad de un sistema de clasificacin: muchsimas enzimas, y muchos
nombres no daban informacin, o se utilizaban varios nombres para la
misma enzima, o un nombre para muchas enzimas
Clasificacin de acuerdo con la Enzyme Commission (EC): ENTRA
Criterio funcional: las enzimas se clasifican segn el tipo de reaccin
catalizada, hay 6 tipos de reacciones. La EC asigna un nombre sistemtico y
un cdigo numrico
Para nombrar una enzima, hay que dar su nombre sistemtico y su cdigo
numrico (interpretando qu significa cada n)
Nombre sistemtico: consta de tres partes
1. Tiene que hacer referencia al sustrato sobre el que acta la enzima
2. Qu accin qumica cataliza
3. Terminacin universal ase en ingls y asa en espaol
Ej:

G6P-> F6P

Sustrato: glucosa-6-P
isomerasa

Accin: isomerizacin

Nombre: glucosa-6-fosfato

Como la reaccin es reversible, se puede llamar tambin como fructosa-6fosfato isomerasa.

Ej: Lactato + NAD+ -> Piruvato + NADH + H
Sustrato: Lactato: NAD+ Accin: Oxidorreduccin
Lactato:NAD+ oxidorreductasa

NOMBRE:

Una liasa y una sintasa son lo mismo, pero estn escritas en

sentido contrario

Las reacciones que son vitales, gastan el atp a amp +ppi, porque el ppi se
descompone en fosforo, y es totalmente irreversible. Si son reacciones de
regulacin, pues paso el atp a adp+ pi
Las oxidorreductasas, se nombren SIEMPRE donador e-: aceptor eoxidorreductasa, da igual en que lado de la reaccin est.
PI PI PI PI PI

Cdigo numrico
Empieza siempre por EC.n1.n2.n3.n4
1. Indica el tipo de reaccin (1-6)
2. Tipo de enlace que se rompe o que se forma (1 a n)
3. Subtipo de enlace que se rompe o se forma (1 a n)
4. Nmero de orden o catlogo
www.expasy.ch/enzyme
PI PI PI SOBRE TODO HAY QUE HACER EL PI 21
Fosfatidil-colina-2-acil-hidrolasa, porque rompe en posicin 2

Isoenzimas
Formas mltiples de una enzima
PI 22: Investigue sobre este tema y haga un trabajo de unas 5 a 10 hojas
(arial 12), 20 de octubre
Guion: definicin, localizacin, de donde procede su multiplicidad o
diversidad, como se estudian las isoenzimas, aplicaciones (medicina)
PI 25: SINZIMAS, IMPORTANTE