Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
BM Gena 2015 PDF
BM Gena 2015 PDF
Bilan
GENE
Definiii, diversitate, organizare, funcii
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Scurt istoric
Definiii
Clasificarea genelor umane
Expresia genelor nucleare
Organizarea general a genelor
Particularitile genelor nucleare
6.1. Gene de clasa II
6.1.1 Particularitile expresiei genelor de clasa II
6.1.2 Structura genelor de clasa II
Promotorul
Regiunea codificatoare
Terminatorul
Enhancer i Silencer
6.2 Gene de clasa I
6.3 Gene de clasa III
7.
Familii de gene
8.
Psudogene
8.1 Rolul pseudogenelor
9. Transpozonii
9.1 Clasa I: retrotranspozoni
9.2 Clasa II: transpozoni ADN
9.3 Rolul transpozonilor n funcionarea genomului uman
10. Gene mitocondriale
11. Concluzii
1. Scurt istoric
Prima ipotez despre structura i funcia materialului genetic a fost formulat de
Gregor Mendel (1865). Pentru a explica geneza unor caractere fenotipice ereditare i modul lor
de transmitere la descendeni, el a presupus existena unor factori ereditari. Aceste elemente,
care iniial erau pur ipotetice, au devenit, n timp, structuri reale, materiale.
Dup descoperirea i descrierea cromozomilor (Waldeyer, 1988) Boveri i n special
Sutton (1902) au emis i susinut ipoteza c factorii ereditari sau genele (dup termenul introdus
de Wilhelm Johansen, 1903) sunt pri din cromozomi.
Aceast idee a fost confirmat de Thomas Hunt Morgan i colaboratorii si (1910-1925).
n felul acesta, gena nceteaz s mai fie o supoziie logic, abstract, a geniului mendelian i
capt un coninut concret, material.
Cercetrile ulterioare au demonstrat natura chimic a cromozomilor i genelor.
n 1944 Oswald Avery i colaboratorii si au demonstrat c materialul genetic este
reprezentat de molecula de ADN.
(V) Maturizarea
polipeptidului cu formarea
proteinei funcionale
Cunoaterea etapelor expresiei unei gene permite nelegere structurii ei. Gena conine:
proximal secvene reglatoare ale iniierii transcripiei i recunoatere a SIT +1;
central secvene codificatoare de ARN/proteine i situsurile de control al
processingului;
distal secvene reglatoare ale terminrii transcripiei.
necodificatoare introni. Intronii n timpul processingului ARN sunt nlturai i astfel, regiunea
codificatoare conine i situsuri de splicing (detaliile le gsii mai jos).
Terminatorul este plasat la sfritul unitii transcripionale i reprezint o secven de
nucleotide care controleaz terminarea transcripiei.
De-a lungul genei se afl anumite situsuri/boxe (secvene mici de nucleotide), ce servesc ca
locuri de interaciune pentru factorii de transcripie, activatori, represori etc.
6. Particularitile genelor nucleare
6.1 Genele de clasa II
Genele codificatoare de proteine sunt reprezentate de segmente de ADN care sunt
transcrise de ctre ARN-polimeraza II. Dup cum a fost menionat, se cunosc mai multe tipuri de
gene de clasa II dependent de proteina codificat, locul i momentul expresiei:
Figura 4. Clasificarea genelor umane codificatoare de proteine Venter et al. (2001). n aceas diagram sunt omise
nc 13000 de gene funcia crora nu este cunoscut.
Figura 5. Categoriile de gene umane caracterizate dup funcie, numrul genelor cunoscute i procentaj la
numrul total de loci nucleari (Uniprot).
Figura 7. Ordinea liniar a secvenelor unei gene de clasa II, de regul, este urmtoarea:
Promotorul cu boxele de interaciune cu factorii de transcripie ajutori ai ARNpolimerazei II;
SIT +1 situsul de iniiere a transcripiei cu primul nucleotid ncorporat n preARNm,
fiind i situs de CAPare a ARNm;
Secvena lider, regsit n regiunea 5' a ARNm, situs de interaciune cu ribozomul pentru
iniierea translaiei;
ATG, codonul de iniiere a translaiei;
Exoni (numr variabil) - secvene nucleotidice codificatoare pentru polipeptid;
Introni (separ exonii, cu situsurile de splicing 5'GT i 3'AG, numr variabil) - secvene
nucleotidice necodificatoare;
codonul stop (TAA, TGA, sau TAG) al translaiei pe ultimul exon;
Terminatorul cu situsul Poly(A), responsabil de terminarea transcripiei, i
poliAdenilarea 3' al ARNm;
Secvene modulatoare ale ratei transcripiei (enhanceri i silenceri);
Unele gene pot conine mai multi promotori alternativi i, respectiv, SIT +1; pot conine situsuri
alternative de splicing sau situsuri alternative de polyAdenilare.
Promotorul
Promotorul genei de clasa II conine o serie de secvene consens, care reprezint situsuri
specifice pentru factorii de transcripie.
10
Regiunea codificatoare
S-a demonstrat c la eucariote genele codificatoare de proteine au o structur
discontinu, mozaic.
Regiunea transcriptibil a genelor la eucariote cuprinde secvene
codificatoare denumite exoni i secvene necodificatoare introni.
Paradoxul valorii C confirm c din totalul ADN-ului genomic doar o parte (2-3%)
particip la sinteza proteinelor. S-a constatat o discordan ntre dimensiune moleculei de
ARNm, cu cea a ARN precursor (transcript primar) i dimensiunea secvenei de ADN care a
servit ca matri pentru transcripia ARN respectiv. P. Sharp (1977) a emis ipoteza structurii
discontinue, sau n mozaic, a genei la eucariote.
Numrul de exoni i introni este variabil i depinde de complexitatea proteinei pe care o
codific:
gena -globinei conine 3 exoni i 2 introni;
gena pentru precolagen conine 51 exoni i 50 introni;
gena pentru Factorul 8 de coagulare conine 26 exoni i 25 introni (secvena de ADN
const din 180000 p.b., iar molecula ARNm respectiv are o lungime de doar 9000 b. i
constituie 0,2%);
gena care codific distrofina conine 79 de exoni i 78 de introni, mai mult de 25000000
pb, iar ARNm - doar 14000 b.
Exonii reprezint secvene codificatoare ale genei ce se transcriu, sunt prezeni n ARN
precursor, n ARNm i se regsesc n secvena de aminoacizi a proteinei. La captul 5 al
primului exon este o secven scurt de cteva zeci de nucleotide (secvena lider) cu rol de
iniiere a translaiei care este urmat de codonul universal de iniiere a translaiei ATG. La
captul 3 al ultimului exon se afl unul din cei trei codoni de STOP informaional (TAA, TAG
sau TGA) ce determin terminarea sintezei proteinei i o secven scurt netranslat.
Fig. 10.
11
Numrul exonilor la diferite gene este diferit, dependent de numrul de domenii pe care
le are proteina codificat. n fig. 9 este reprezentat dependena dintre numrul de exoni i
frecvena lor n genomul vertebratelor.
Intronii
n antitez cu exonii, vin intronii, care sunt nite secvene necodificatoare ale genei i se
transcriu mpreun cu exonii. Intronii reprezint secvene necodificatoare ale genei ce se
transcriu, sunt prezeni n ARN-precursor, dar nu sunt prezeni n ARNm (fig. 8.4). n timpul
maturizrii ARNm (splicing) intronii sunt eliminai din ARN-precursor.
Intronii au o lungime cuprins ntre 100 i 10000 pb i, de regul, sunt mai lungi dect
exonii (fig. 10). Majoritatea intronilor prezint la extremitatea 5' secvena dinucleotidic GT iar
la 3' AG, astfel sunt recunoscui de factorii ce i nltur n timpul splicing-ului.
Anterior se considera c intronii nu sunt altceva dect deeuri destinate distrugerii n
urma splicing-ului, dar studiile recente au presupus i demonstrat unele funcii ale acestora. Unii
introni n urma splicing-ului devin precursori pentru procesarea ulterioar a altor ARN
codificatori, precum ARNsn (small nuclear), microARN i ARN necodificatori lungi (long noncoding RNAs). Ali introni au o durat lung de via i pot fi exportate n citoplasm, sugernd
c acetia au roluri n translaie. Unii introni care se acumuleaz dup splicing joac un rol
important, dar misterios, n latena viral.
n genomul uman majoritatea genelor sunt constituite din exoni i introni, dar sunt gene
doar cu un exon, fr introni:
Genele pentru Histone;
Genele pentru Interferon;
Genele pentru majoritatea ribonucleazelor;
Genele pentru proteinele ocului termic (chaperoni);
Genele pentru proteine G cuplate cu receptori;
Gene pentru majoritatea receptorilor hormonali i neurotransmitori.
12
Proteina
SRY
-Globina
Albumina
din ser
Colagen de
tip VII
p53
Fenilalanin
hidroxilaza
Factorul
VIII de
coagulare
CFTR
Distrofina
Dimensiunea
proteinei
(nr. de
aminoacizi)
Mrimea
genei
(kb)
Nr.
exonilor
Nr.
intronilor
ADN
codant (%)
Dimensiunea
medie a
exonului (pb)
Dimensiunea
medie a
intronului
(pb)
204
146
0.9
1.6
1
3
0
2
94
38
850
150
490
609
18
14
13
12
137
1100
2928
31
118
117
29
77
190
393
39
10
6.0
236
3076
452
90
26
25
96
3500
2351
186
26
25
375
7100
1480
3685
250
2400
27
79
26
78
2.4
0.6
227
180
9100
30770
13
Enhanceri i Silenceri
Enhancerii i Silencerii sunt elementele din vecintatea promotorului genelor de clasa II
i sunt localizate ntr-un interval de 200 pb fa de situsul de start +1. Multe astfel de elemente,
coninnd mai puin de 20 pb, pot fi utile n reglarea unei gene particulare.
15
7. Familii de gene
Diferite familii de gene pot fi recunoscute n dependen de omologia secvenelor
nucleotidice i similaritatea structural a produselor proteice.
n familiile de gene cu membrii strns nrudii, genele au un grad nalt de omologie a
secvenelor n cea mai mare parte din lungimea genei sau a secvenei codificatoare. Exemplele
includ familiile genelor pentru histone (histonele sunt puternic conservate i membrii subfamiliei
sunt aproape identici) i familiile genelor -globinei i -globinei.
Fig. 13. Familia genelor este localizat pe crs. 16, si conine in urmtoarea ordine: o gen zeta (), o
pseudogen (), o pseudogen () si doua gene , care codific 2-globina si 1-globina. Gena 1-globinei
codific un polipeptid format din 141 a.a. (exonul 1 cotific primii 31 a.a., exonul 2- de la 32 la a.a.99 i exonul 3
codific de la a.a.100 pn la 141.
Familia genelor este localizat pe crs.11 i conine n urmtoarea ordine: o gen epsilon () dou gene gama (
G i A), o gen delta () i o gen beta (). Gena -globinei codific un polipeptid din 146 a.a..
Ambele familii se expreseaz dependent de perioada ontogenetic i esut, coopereaz pentru formarea HB E
(embrionar) 22 sau 22 n sacul vitelin; HB F(fetal) - 22 n ficat; HB A (adultului) - 22 n
mduv. roie a oaselor.
Nr. copiilor
Localizarea
cromozom
Organizarea
Grupate n limita
O pseudogen
16p13
~20
Grupate n peste 2 Mb
6p21
Genele HOX
38
Organizate n 4 clastere
2q31,
7p15,
12q13, 17q21
61
Mai muli
>900
Mai muli
Mai muli
Gene PAX
Mai muli
>12
Mai muli, de
obicei
pericentromeric
20
Mai muli
67
kb;
17q24
17
8. Pseudogene
Pseudogenele sunt nite copii defecte ale genelor funcionale. Acestea pot fi duplicaii
pariale sau complete ale genelor codificatoare de polipeptide sau ARN. Secvena ADN a unei
pseudogene este structural asemntoare cu gena original (ancestral) funcional, dar conine
numeroase mutaii care inactiveaz gena. Gena funcional codificatoare de polipeptide conine
o secven deschis de citire (open reading frame), o poriune lung de nucleodite care sunt
transcrise i ulterior translate ntr-o secven de aminoacizi, ntrerupi de codoni-stop. n contrast
cu acestea, pseudogenele derivate din genele menionate anterior sunt copii defecte, ce i-au
pierdut capacitatea de a forma proteine: pot prezenta codoni STOP n mijlocul genei; nu au
promotor; sunt trunchiate; prezint doar fragmente de gen, au acumulat numeroase mutaii.
18
19
9. Transpozonii
Transpozonul este o secvena de ADN care i poate schimba poziia n cadrul
genomului, uneori crend sau inversnd mutaii i alternnd dimensiunea genomului celulei.
Dupa mecanismul transpoziiei, fie acesta copy and paste sau cut and paste,
transpozonii se clasific n doua clase.
9.1 Clasa I: retrotranspozonii
Mecanismul de producere (copy-paste): transpozonii sunt iniial transcrii din ADN n
ARN, dup care ARN-ul produs este retranscris napoi n ADN. Aceast copie de ADN ulterior
este introdus ntr-o poziie nou n genom. Procesul de reverstranscripie este catalizat de
reverstranscriptaz, care de obicei este codificat de transpozoni.
De regul, retrotranspozonii sunt grupai n trei categorii:
LTRs cu repetiii terminale lungi; codific reverstranscriptaza; sunt similari cu
retrovirusurile.
LINEs (Long interspersed nuclear elements): codific reverstranscriptaza; lipsite de
LTR; sunt transcrise de ARN-polimeraza II.
SINEs (Short interspersed nuclear elements): nu codific reverstranscriptaza; sunt
dependente de LINEs, sunt transcrise de ARN-polimeraza III.
9.2 Clasa II: transpozoni ADN
Mecanismul de producere (copy-paste): transpoziiile sunt catalizate de numeroase
enzime transpozaze. Unele enzime se pot lega de oricare parte a ADN-ului, respectiv situsulint poate fi oriunde, pe cnd alte enzime se leag de secvene specifice. Ulterior, transpozaza
taie situsul-int pentru a produce capete adezive, taie nsi transpozonul, dup care l unete
(cu ajutorul ADN-ligazei) la situsul-int (care este adeziv), dup care recupereaz locurile goale
cu perechi de baze, proces efectuat de ADN-polimeraz.
Transpozonii i pot pierde abilitatea de a sintetiza transpozaze prin mutaii, totui
continu s sar prin genom, deoarece ali transpozoni nca mai produc transpozaze. Este
posibil ca unii transpozoni s devin transpozoni prin simple mutaii, acestea producnd secvene
care transmit semnale transpozazelor.
9.3 Rolul transpozonilor n funcionarea genomului uman
Transpozonii provoac numeroase mutaii. Acetia pot afecta genomul celulei-gazd n
mai multe feluri:
Un transpozon care se autoinser ntr-o gen funcional, o va inactiva;
Dup ce un transpozon ADN prsete o gen, golul format, mai mult probabil, nu
va fi reparat corect;
Multiple copii ale aceleiai secvene, precum secvenele Alu, pot mpiedica cuplarea
exact a cromosomilor n timpul meiozei, rezultnd un crossing-over inegal, una din
cauzele principale ale duplicaiilor cromozomiale.
Transpozonii sunt cauza unor boli, precum: hemofilia A si B, imunodeficiene severe,
porfiria, predispoziia la cancer, DMD (distrofia muscular Duchenne) etc.
20
Figura 16. Genele structurale codific pentru citocrom oxidaze (COX) subunitile 1,2 i 3; NADH
dehidrogenaze (ND) subunitile 1, 2, 3, 4, 4L, 5 i 6; ATP sintetaze (ATPS) subunitile 6 i 8; i citocromi b
(Cytb). ND6 i 8 gene ARNt sunt localizate pe catena L. Celelalte gene sunt loc lizate de-a lungul catenei H. Genele
ARNt sunt indicate cu o singur liter, cu abrevierea aminoacizilor.
21
11. Concluzii
Genomul uman conine 46 molecule de ADN nuclear i 2-10 molecule de ADN
mitocondrial.
Informaia genetic nscris n diferite gene presupune sinteza coordonat a unor proteine
celulare i extracelulare necesare organizrii i funcionrii corecte a organismului la diferite
perioade ontogenetice i n anumite condiii de mediu.
Astfel,
genomul
conine
ansamblul de secvene nucleotidice:
Codificatoare de proteine i
ARN (ARNm, ARNr, ARNt)
care asigur sinteza proteinelor
(doar 2-3%);
Reglatoare a expresiei genelor n
esutul
corespunztor,
n
perioada
ontogenetic
corespunztoare;
Modulatoare a expresiei genelor
i reaglatoare a cantitii de
produs
genic
adaptat
necesitilor
celulei,
organismului;
Inductibile de factorii de mediu
pentru
expresia
genelor
responsabile
de
rspunsul
adecvat
important adaptrii
organismului n diferite condiii
de via sau lupta cu factori distructivi;
Structurale, necodante menite pentru pstrarea integritii genomului (ADN telomeric),
transmiterea corect a informaiei genetice din generaie n generaii (ADN centromeric),
recombinarea corect a cromozomilor n timpul meiozei (secvenele Alu).
22
*****
Genele de clasa I:
Organizare:
24