Polimorfisme mononucleotidice (SNP)

Polimorfism = variaii ereditare n structura nucleotidelor

SNP:
Alterarea unei singure baze
Pentru a putea fi considerat SNP, trebuie s fie prezent la cel puin
1% din populaie
Cea mai frecvent form de variaie din genomul uman

n medie un nucleotid la aproximativ 1000 este diferit

Majoritatea sunt n regiunile necodante

Polimorfisme mononucleotidice (SNP)

Polimorfism = variaii ereditare n structura nucleotidelor

sau cromozomilor (ex. cromozomul Y)

Polimorfisme mononucleotidice (SNP)

Responsabile de :

Diversitatea fenotipic interindividual

Persistena lor n populaie ar putea semnifica

avantaje selective

Au fost identificate peste 4 milioane de SNP

Mai recent 10-30 mil SNP

SNPs apar la fiecare 100-300b

Polimorfisme mononucleotidice (SNP)

Utilizate n prezent pentru:

Localizarea genelor de susceptibilitate pentru caracterele

multifactoriale

Farmacogenomica

Ex gena ApoE asociat cu B Alzheimer - 2 SNP, trei variante alelice

Rolul SNP n modularea activitii enzimelor ce metabolizeaz

medicamentele

Cercetri privind evoluia bilologic i istoric a speciei umane

ADN-ul mitocondrial

Singurele organite extranucleare ce conin ADN =

mitocondriile.
Fiecare mitocondrie conine ntre 2-10 molecule circulare de
ADN dc.
ADN mtc = 16 569 pb

Diferente ADN mtc/ADN nuclear (1)

Cele dou catene ale ADN mtc difer prin coninutul n baze:
O caten bogat n G = lan greu LH,
O caten bogat n C = lant uor LL,
Excepie: bucla D (OH, PH, PL) tricatenar.

ARN mtc nu are introni, genele sunt contigue,

93% din secvene sunt codante,
ADN repetitiv n cantitate redus,
Patru codoni sunt ERETICI sau DIZIDENI.

ADN-ul mitocondrial conine patru codoni stop (nonsens, i anume UAG,

UAA, AGA i AGC).
Doi dintre codonii stop ai ADNmt sunt codoni sens n ADN nuclear; codonul
stop UGA din ADN nuclear este codon sens n ADN mitocondrial.

ADN mtc/ADN nuclear (2)

Leziunile replicrii i cele produse accidental nu sunt

corectate:

Mtc nu au sisteme eficente de reparare ADN acumulare de

mutaii,

ADN mtc nu se complexeaz cu histone,

Rata proceselor recombinaionale este redus n ADN mtc,
Replicarea e unidirecional, ADN polimeraza are o
fideliate redus.
Mutaiile n ADN mtc se produc cu o frecven de 10-20 de
ori mai mare dect n ADN nuclear !

Biogeneza mitocondrilor

Genomul mtc - 37 de gene ce codific:

13 gene codific polipeptide (componeni ai sistemului de
fosforilare oxidativ),
22 gene codific ARNt i
2 gene ARNr

Transmiterea n descenden a
ADN mtc

Transmitere strict matern a ntregului genom mtc,

Zigotul este dotat doar cu citoplasma ovului (200
000 mtc),
Rar ptrund n ovul n momentul fecundrii cteva
mtc de la spermatozoid lor le este ataat
ubiqtuitin
distrugere.
Femeia purttoare a unei mutaii mitocondriale poate avea doar
descendeni de sex masculin afect.

descendeni de sex masculin afectai mutaia se va elimina din populaie

EXPRESIA INFORMAIEI
EREDITARE
Mecanisme moleculare

Dogma central a geneticii

expresia genic flux informaional, unidirecional

i universal

ADN

ARNm

transcripie

translaie

proteine

Transcripia

Proces complex de sintez complementar, asimetric a ARN dup

matri ADN,

Elemente necesare:
ARN polimeraza,
FT (factori de transcripie bazali, inductibili, coactivatori),
Ribonucleotide activate,
Matria ADN.

Transcripia

iniierea
fixarea factorilor de transcripie la nivelul promotorului,
ghidarea i activarea ARN polimerazei;
Elongaia
separarea catenelor,
polimerizarea antiparalel a ribonucleotidelor n sens 5'-3,
desprinderea parial a pre ARNm de pe catena transcris
refacerea ADN dublu catenar;
terminarea transcripiei
ataarea unui factor care recunoate codonul STOP,
desprinderea ARN polimerazei i a preARNm.

Transcripia

Structura discontinu a genelor - necesit dou

etape ale procesului de transcripie:
1.

Formarea ARN mesager precursor pre ARNm,

2.

Maturarea pre- ARNm.

Formarea pre ARNm,

n molecula de pre ARNm = transcriptul primar se

copiaz att intronii ct i exonii.
Transcripia unei gene se poate realiza de mai
multe molecule de ARN pol.

Maturarea pre- ARNm

Cuprinde dou procese distince:

Modificarea

extremitilor ARNm,
Procesarea ARN precursor (MATISAREA)

Modificarea extremitilor ARNm,

Determin:
Creterea

stabilitii sale,
Faciliteaz transportul n citoplasm,
Facilitarea recunoaterii i fixrii la nivel ribozomal.

Modificarea extremitilor ARNm

faciliteaza transportul n citoplasm, recunoaterea

i fixarea la nivel ribozomal.
La captul 5 se adaug o molecul de 7-metilguanozin = boneta
La captul 3 se adaug o serie de 50-200 de A =
coada poliadenilat
cretere a stabilitii acestuia,

Procesarea ARNm precursor

Matisarea (splicing)

excizia intronilor i sudarea subsecvent a exonilor.

Se formeaz ARNm matur alctuit dintr-o serie continu i

contigu de exoni.
Excizia i reunirea trebuie s fie extrem de precise.
ARNm matur este 4-10X mai mic dect pre ARNm

Procesarea ARN precursor- mecanism

Matisarea
Se desfoar la nivelul unor secvene nucleotidicesemnal (situsuri de clivare):
Aflate la grania cu exonii,
Cu structur consens conservat,
Captul 5 GT (GU in ARN)
Captul 3 AG

Reaciile sunt mediate de un de agregat nucleoproteic

complex = aparat de matisare (spliceosom).

Tipuri de matisare
1.

2.
3.
4.

Matisarea constituiv (se respect ordinea

exonilor din transcriptul primar),
Matisarea alternativ,
Amestecarea exonilor,
Transmatisarea,

Matisarea alternativ

Omiterea integrrii n ARNm a unuia sau mai multor

exoni.
5% din pre ARNm sunt procesate astfel,
Exemplu: Fibronectina

protein cu rol n determinarea adezivitii, morfologiei,

arhitecturii suprafeelor celulare,
Exist 20 de forme diferite,
FN secretat de ficat circul cu uurin n snge = factor
adjuvant n coagulare, vindecarea rnilor, fagocitoza

Tipuri de matisare

Amestecarea exonilor - modalitate rar de procesare

ARN. Ex.:
n

citoplasma celulelor normale i tumorale molecule de

ARNm matisate constituiv dar i prin amestecarea exonilor.

Transmatisarea: exoni din gene situate la distan, sunt

asamblai n aceiai molecul ARNm.

Translaia

A doua etap a expresiei genice.

Procesul de decodificare a informaiei genetice din
ARNm.
Permite aranjarea secvenial, specific a
aminoacizilor ntr-o caten polipeptidic.
Necesit:
un dicionar - codul genetic
aparat de translaie

Codul genetic

Sistem de echivalene existent ntre o anumit

succesiune nucleotidic din ADN i ncorporarea
specific a unui AA n stuctrua unui lan polipetidic
Alfabet din 4 litere A;G;C;T (U).
CODON = secvena trinucleotidic din structura
ADN care corespunde unui AA.

Codul genetic, proprieti

1.
2.
3.
4.
5.

6.

Triplet
Nesuperpozabil,
Degenerat,
Lipsit de ambiguitate,
Universal,
ngheat.

valina

Codul genetic, proprieti

1. Triplet,

codon = secvena trinucleotidic din structura ADN care

corespunde unui AA.
Codul genetic este triplet,
64 de combinatii,
20 aminoacizi,
1 codon start (initiator) AUG,
3 codoni stop (UAG, AGA, UAA) (nonsens)

Codul genetic, proprieti

2. Nesuperpozabil:

Codonii vecini nu au nici un nucleotid comun,

Fr virgule

Codul genetic este citit in grupe de 3 nucleotide, citirea

este liniara, in flux continuu

decalarea cadrului de lectur

prin mutaie de tip inserie sau deleie ntr-un codon.

Codul genetic, proprieti

3. Degenerat (redundant):

Mai muli codoni semnific un acelai acelai AA= codoni

sinonimi

3 codoni Stop- UAA;UGA; UAG

1 codon Start- AUG, care specific i Metionina

Codul genetic, proprieti

4. Lipsit de ambiguitate

fr omonimie

Un codon semnific ntotdeauna acelai AA

Codul genetic, proprieti

5. Universal

se refer la faptul c este acelai la toate speciile (bacterie,

plant, animal sau om), adic aminoacizii sunt specificai de
acelei tipuri de codoni
ADN mtc i ADN de la levuri, parameci, arheobacterii- mici
diferene

Codul genetic, proprieti

6. ngheat

NU a mai suferit modificri de la stadiul de

organizare bacterian

Translatia
Sinteza proteinelor se face prin aezarea secvenial a
aminoacizilor n ordinea impus de mesajul genetic preluat
de ARNm, n procesul sintezei sale pe matri de ADN.
Descifrarea mesajului se face n sensul 5'3' al moleculei de
ARNm (n aceeai ordine n care a fost copiat de ARNm n
procesul de transcripie)
Componentele celulare ale aparatului de translaie au rol n
sinteza proteinelor i sunt reprezentate de: ARNm, ribozomi,
ARNt, aminoacizi, enzime, co-factori specifici i surse de
energie.

Fazele translaiei
Faza de activare- legarea AA la molecula de ARNt
corespunztoare

AA-sintetaza

n prezena ATP, ionilor de Mg

Fazele translaiei
Faza de iniiere

Procese de recunoatere molecular:

ARNm matur: codonul start AUG i secvena capion
ARNt iniiator cu anticodonul complemntar AUG

Fazele translaiei
Faza de elongare

Catalizat de peptidil transferaza

Faza terminal
Pe molecula de ARNm apare unul din codonii terminali

(UAG, UGA, UAA),

VARIABILITATEA GENETICA

ansamblul fenomenelor care asigur producerea

diferenelor ntre indivizii aceleai populaii i ntre
populaii diferite
sursele variabilitii:
recombinri

genetice,
mutaii genetice i
migraiile populaionale.

Recombinarea genetic

producerea unor combinaii genetice noi, prin

rearanjarea (reasortarea, redistribuia) materialului
genetic cuprins n dou uniti genetice diferite
genom,
cromozom,

Gen

Recombinarea genomic
n cursul fecundrii ovului de ctre spermatozoid

Recombinarea cromozomial

n cursul gametogenezei ntre cromozomii omologi (cu

origine diferit) prin fenomenele specifice meiozei I
poate avea loc ntre:
cromozomi

ntregi (recombinare intercromozomial)

pri din cromozomi (recombinare intracromozomial).

Recombinarea intracromozomial

n profaza I

schimbul reciproc i egal de gene dintre cromozomii

omologi care se produce prin crossing-over.
Crossing over=ncruciarea unei cromatide de origine patern
i a unei cromatide din cromozomul omolog de origine
matern, ruperea acestora i schimbarea reciproc a unor
secvene egale

=> recombinare a genelor parentale situate pe

cromozomii omologi, care iniial erau diferii ca origine
recombinare genic omoloag

Recombinare omoloag

fr alterri la locul de schimb,

Enzimele implicate acioneaz numai asupra unor
perechi de secvene omoloage,
Nu se pierde, modific sau ctig nici un
nucleotid.
=>O nou combinaie genic.

Recombinarea intercromozomial

n anafaza meiozei I
asortarea ntmpltoare a cromozomilor omologi din
perechi diferite.
la fiecare pol al fusului de diviziune vor exita grupuri
cromozomiale alctuite dintr-un amestec de cromozomi
de origine matern i patern
2 recombinri

Recombinarea intragenic

se produce printr-un crossing-over egal ntre dou

gene omoloage
produce o gen hibrid sau o fuziune genic,
conine

un fragment terminal dintr-o alel i restul de

secven din cealalt alel.

Mutaiile genetice

modificri accidentale, permanente i ereditare ale

materialului genetic.
dac intereseaz ADN genic, ele pot produce o
schimbare detectabil a fenotipului

Mutaiile genetice

n raport cu genomul interesat pot fi identificate

dou tipuri de mutaii:
mutaii

mutaii

nucleare cnd este afectat AND-ul nuclear i

mitocondriale cnd este interesat genomul

mitocondrial.

Mutaiile genetice

n funcie de mrimea materialului genetic interesat:

Mutaii genice: pot interesa ntreaga gen, o parte a ei sau o pereche

sau cteva perechi de nucleotide (mutaii punctiforme), =>o variant
alelic a genei normale
Mutaii cromozomiale, schimbri n structura cromosomilor (anomalii
cromozomiale: pierderea, ctigul sau rearanjarea unor segmente);

Mutaii genomiale (de ploidie),

afecteaz cantitatea de material genetic

modificare a numrului diploid de cromozomi ntregi;
afecteaz fie 1-2 perechi de cromosomi (aneuploidie),
fie toi cromosomii, prin adugarea a 1-2 seturi haploide (poliploidie).

Mutaiile genetice

n funcie de tipul de celule afectate mutaiile pot fi:

germinale
se

pot produce gamei anormali care dup fecundare, transmit

mutaia la generaia urmtoare, rezultnd un individ ale crui celule
vor fi toate mutante
sunt ereditare.
somatice,
descendenii

unei celule mutante vor forma o clon celular

anormal, prezent n anumite esuturi mozaicism somatic;
nu pot fi transmise generaiilor viitoare.

cancer, imbatranire

Se produc n medie 6 modificri nucleotidice/an n linia germinal i n

celulele somatice.

Mutaiile genetice

n raport cu numrul de celule afectate mutaiile pot fi:

mutaii
mutaii

omogene prezente n toate celulele organismului,

n mozaic rezultate ca urmare a modificrii

materialului genetic pe parcursul vieii

LEZIUNILE ADN

Orice modificare n structura normal, dublu helicoidal

a ADN
Clasificare:
Alterri

ale unei singure baze,

Alterri ce intereseaz dou baze,
Rupturi catenare,
Legarea transversal (coalescena bazelor, sub actiunea agentilor
alchilanti: bromura de etidiu).

Alterri ale unei singure baze

1.

Pierderea bazelor purinice ruperea spontan a

legturilor baz-glucid,
-apar sub aciunea radicalilor liberi de O2

Alterri ale unei singure baze

2. Dezamniarea spontan: sub aciunea radicalilor liberi de

O2

Alterri ce intereseaz dou baze

Formarea dimerilor de timin sub aciunea UV

Rupturi catenare

Induse de:
radiaii

ionizante (rupturi mono sau dicatenare),

Specii reactive de oxigen (rupturi monocatenare).

Generate de greeli ale replicrii sau recombinrii.

Repararea ADN

Sisteme de recunoatere a leziunilor ADN i de

reparare enzimatic,
Se coreleaz cu mecanisme ce coordoneaz:
Progresia

prin ciclul celular,

Tolerarea unor leziuni,
Apoptoza.

MECANISME DE REPARARE
1.

Reparare direct fr excizie

2.

Reparare prin excizie i resintez

3.

Repararea rupturilor ADN dublu catenare

4.

Tolerarea leziunilor

Reparare prin excizie i resintez

Clasificare:
1.
2.
3.

Reparare prin excizie de baze BER.

Reparare prin excizie de nucleotide NER.
Repararea erorilor de mperechere MMR.

Mecanism comun general care difer prin:

inta,
modul de recunoatere a leziunii,
moleculele efectoare.

Sistemul reparrii mperecherilor

greite (MMR)

Acioneaz asupra :

perechilor de baze care nu respect legile

compelmentaritii,
nucleotidelor inserate adiional

Funcionarea defectuoas a genelor MMR

genereaz

instabilitate genomic i
cancere.

Mecanisme de reparare a erorilor de

mperechere (MMR)

Descrise prima dat la E. Colli

La om MMR este alctuit din genele: MLH1, MSH 2, MSH 3,
MSH 6, PMS 1, PMS 2.

Etape:
1.
Identificarea mperecherilor greite, pierderiile sau inseriile,
2.
Secionarea i degradarea exonucleazic a ADN (1-2 kb),
3.
Refacerea secvenei normale.

Etapele reparrii prin excizie-resintez

1.
2.
3.
4.
5.

6.

Recunoatere leziunii - enzime specifice,

Desfacerea dh - helicaza,
Excizia endonucleaze,
Degradarea fragmentului exonucleaze,
Resinteza breei - ADN pol,
Refacerea legturilor fosfodiesterice - ADN-ligaza.

Repararea prin excizie de nucleotide NER

Este utilizat pentru corectarea leziunilor asociate

cu distorsiunea dh, de ex.:
Dimerii

de T (UV),
Modificri chimice - determinate de cancerigeni:

aflatoxin, cisplatin
Tutun
Hidrocarburi poliaromatice

Sistem complex intervenia

a numeroase proteine i enzime.

Mutaii genice
Pot interesa:
Genele

structurale anomalii calitative

Genele

reglatoare anomalii cantitative

Pot fi:
-

Extinse
Punctiforme

Categorii de mutaii

Substituii:

Deleii pierderea poate interesa:

nlocuirea unei singure perechi de nucleotide,

Rar mai multe .
Unul sau mai multe nucleotide,
O parte dintr-o gen (exoni),
ntreaga gena.

Inserii (adiii):

Punctiforme,
Largi prin:

transpoziia,
amplificare ,
duplicaia genei.

Substituia punctiform

Cel mai frecvent tip de mutaie,

Se clasific n dou tipuri:

Tranziii mai frecvente, nlocuirea unei baze pirimidinice (T sau C)

sau purinice (A sau G) cu o baz de acelai tip

Transversii o baz pirimidinic (T sau C) este nlocuit de o

baz purinic (A sau G)

Efectele substituiei

Depind de localizarea intragenic a substituiei:

Secvene reglatoare.

Secvene necodante intragenice,

Modific rata transcripiei ,

Stabilitatea moleculei ARNm formate

Mai ales intronii

n secvene codante

Marea majoritatea a mutaiilor patogene,

Predomin substituiile nesinonime,
Pot activa situsuri criptice de matisare n interiorul exonului.

Efectele substituiei asupra informaiei

ereditare

La nivelul exonilor substituile pot interesa un:

codon sens i produce:
un

codon sens sinonim, care semnific acelai aminoacid;

mutaia este fr efect asupra polipeptidului codificat de
gen mutaie silenioas sau mutaie sinonim;
un alt codon sens care semnific un aminoacid diferit;
mutaii nesinonime sau mutaii cu sens greit (missens).
un codon nonsens sau STOP,
care

nu semnific nici-un aminoacid;

se formeaz un ARNm mai scurt o protein trunchiat;

Efectele substituiei asupra informaiei

ereditare

La nivelul exonilor substituile pot interesa un:

un codon nonsens i produce:

un

codon sens care semnific un aminoacid;

codonul

stop este anulat,

transcripia continu pn la urmtorul codon =>ARNm mai
lung, care va codifica o protein anormal de lung;
un

alt codon STOP,

mai

rar
mutaia este fr efect asupra proteinei

Deleii i inserii mici

Sunt implicate una sau mai multe nucleotide.

Reprezint aproximativ din totalul mutaiilor patogene,
Consecine patogene:

Dac del sau ins intereseaz un multiplu de 3 nucleotide

pierderea respectiv adiia unor AA

Ex: F508del.

Dac numrul nucleotidelor inserate/deletate nu este multiplu de 3

decalarea cadrului de lectur.

Decalarea cadrului de lectur

Dac numrul nucleotidelor inserate/deletate nu este
multiplu de 3 decalarea cadrului de lectur.

Mutaii extinse

remanieri genice aberante

se realizeaz prin schimburi ntre

secv alelice sau nealelice.

genereaz:
deleii sau inserii mari,
duplicaii,
inversii,
conversii genice.

Mutaii extinse mecanisme de apariie

Recombinare neomoloag (nelegitim) nealelic

ntre secvene fr omologie.

Ex. distrofina

Recombinarea omoloag nelaelic RON

ntre secvene identice sau cvasiidentice, cu amplasare diferit.

Determin:

Schimb reciproc inegal, prin care se modific ambele cromatide

(deleie, inserie, duplicaie),
Transfer unidirecional de informaie, cu modificarea unei singure
cromatide = Conversie genic.

Bolile genomice

Boli rezultate din rearanjarea ADN

Determinate de RON ntre regiuni specifice din

genom avnd secvene identice sau asemntoare :
Duplicaii segmentare
Secvene repetitive scurte identice

Situate preponderent la nivelul centromerului sau telomerelelor

Bolile genomice

Boli rezultate din rearanjarea ADN - bolile genomice

n funcie de mrimea segmentului genomic implicat n
deleie i/sau duplicaie se poate produce:

O boal mendelian,

Sindrom al genelor contigue, microdeleii

NF, ihtioz, B Gaucher, hemofilie, alfa talasemia, deficitul de 21-alfa

hidroxilaz
Wiliams, DiGeorge

Anomalie cromozomial a unui bra ntreg (inv, i).

Crossing over inegal

Schimbul

inegal de material genetic n timpul recombinrii prin

alinierea greit a cromozomilor omologi de origine patern i
matern determin pierderea unor secvene de pe un cromozom
i dedublarea acestora pe cellalt cromozom, dnd natere unor
deleii respectiv duplicaii.

Efectul fenotipic al mutaiilor

patogene

Funcia proteinei codificate de gena care a suferit

mutaia poate suferi:
1.

Pierderea funciei.

2.

Ctig de funcie. Acioneaz prin creterea:

3.
4.

Majoritatea bolilor recesive

nivelului de expresie a proteinei,
abilitii proteinei de a-i efectua funcia normal.

Achiziia unor proprieti noi de ctre proteina mutant.

Expresia inadecvat ca timp sau ca loc (ex. persistenta
hemoglobinei fetale)