Lo que determina el numero de muestras es la frecuencia de muestreo.

En 1 segundo vas a
tener 44000+1 muestras. El 1 que se suma es por el inicio del intervalo t=0.
Si la frecuencia de tu seal es de 440 Hz, en un segundo vas a tener 440 ciclos completos de
tu seal. El periodo de tu seal es de 1/440 segundos.
En 2 segundos vas a tener el doble de ciclos, o sea 880 como bien lo indicas y el doble de
muestras + 1, o sea 88000+1.
Si quieres generar el vector de tiempo en MATLAB, se hace as:
fs = 44000; % frecuencia de muestreo
tf = 2; % o el tiempo que quieras
% vector de tiempo
t =(0:1/fs:tf)';
%frecuencia de la seal
f = 440, % en Hz
w = 2*pi*f; %en rad/s
A=1; %amplitud
y = A*cos(w*t); % t y y son vectores de 88001 elementos
plot(t,y)
axis([0 3/f -1.2 1.2]) % ventana de 3 ciclos exactos
No hay que confundir el periodo de muestreo con el de la seal. En este caso, el de la seal es
100 veces el de muestreo. Es decir, que hay 100 muestras en cada ciclo + 1 del inicio.
Periodo de la seal, T = 1/f
Periodo de muestreo, Ts = 1/fs
Num de muestras por periodo de seal, Nm = T/Ts = fs/f = 44000/440 = 100 + 1 del inicio.
Entonces en la ventana que pusimos de 3 ciclos exactos hay 300 + 1 elementos. Por lo que una
manera de ver la misma ventana es:
plot(t(1:301), y(1:301))
o bien, puedes sumarle una cantidad igual de muestras a ambos vectores y correr la ventana
un cierto tiempo, por ejemplo:
plot(t((75+1):(301+75)), y((75+1):(301+75)))
De esta manera el ciclo de la ventana arranca de 0.
el comando
whos

te indica las dimensiones y clases de todas las variables del espacio de trabajo.