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MINISTRE DE LENVIRONNEMENT, DE LNERGIE ET DE LA MER

Propositions de mesures
pour le territoire dexcellence environnementale
de la Loue et des rivierres comtoises

Rapport n 010053-01
tabli par
Eric Vindimian

Octobre 2016

L'auteur atteste qu'aucun des lments de leurs activits passes ou


prsentes n'a affect leur impartialit dans la rdaction de ce
rapport.

Sommaire
Rsum.....................................................................................................................2
Liste des recommandations...................................................................................4
Avant-propos............................................................................................................7
Introduction..............................................................................................................8
1. Un territoire d'excellence, dfinition et opportunits.....................................11
1.1. Comment qualifier un territoire d'excellence.............................................................11
1.1.1. Un processus ncessairement concert........................................................12
1.1.2. Une ncessaire distinction des acteurs vertueux...........................................13
1.1.3. La qualit de la protection de l'environnement...............................................14
1.2. Les opportunits pour renforcer la gouvernance de leau sur le territoire.................15
1.2.1. Quel primtre pour le territoire?...................................................................15
1.2.2. Le projet de cration dun Epage...................................................................16
1.2.3. Profiter des rformes territoriales pour structurer la matrise douvrage sur le
territoire karstique....................................................................................................18
1.2.4. Faire voluer la confrence Loue et rivires comtoises..................................19

2. Un plan daction qui consolide et tend ce qui existe....................................21


2.1. Prserver les eaux des substances indsirables......................................................22
2.1.1. Diminuer la pollution organique......................................................................22
2.1.2. Rduire la pollution toxique............................................................................26
2.2. Prserver le fonctionnement des cosystmes aquatiques......................................30
2.2.1. Assurer le fonctionnement cologique des milieux.........................................30

3. Faire adhrer lexcellence environnementale...............................................33


3.1. Informer et duquer sur lexcellence environnementale............................................33
3.2. Exercer une police efficace.......................................................................................34
3.3. Grer les usages rcratifs.......................................................................................35
3.4. Connatre et comprendre..........................................................................................36
3.4.1. Un programme de recherches en appui.........................................................36
3.4.2. Une surveillance renforce.............................................................................37

Conclusion..............................................................................................................41
Annexes..................................................................................................................43
1. Lettre de mission................................................................................................44
2. Liste des acronymes..........................................................................................47

Rapport 010053-01

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de


la Loue et des rivires comtoises

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Rsum
Suite des mortalits piscicoles rptition sur des rivires rputes pour leur qualit
halieutique, la Loue et les rivires comtoises, les acteurs de ces territoires ont engag
une dmarche collective de reconqute. Elles ont demand lappui dune mission du
CGEDD. la suite dun premier rapport sur les causes, les changes se sont
poursuivis sur les actions engager et renforcer.
Les acteurs des bassins versants de la Loue et des rivires comtoises sont convaincus
de l'intrt d'une stratgie qui parie sur l'excellence environnementale. Cela passe
avant tout par un travail de mise en place d'un label d'excellence environnementale,
dclin dans chacun des secteurs d'activit. Ce travail difficile devrait dboucher sur
des cahiers des charges par filire qui valorisent ceux qui mettent en uvre de bonnes
pratiques qui diminuent leur empreinte environnementale.
Pour coordonner les engagements, il est propos de mettre profit les apports de la loi
de modernisation de laction publique territoriale et daffirmation des mtropoles et de
la loi sur la nouvelle organisation de la Rpublique pour mutualiser et professionnaliser
les actions, ce qui se traduira rapidement par la cration d'un tablissement public
damnagement et de gestion des eaux, voire de plusieurs. Le projet s'adossera sur
une structuration efficiente des tablissements publics de coopration inter-communale
du territoire karstique qui caractrise la zone de travail permettant de mettre en uvre
la gestion des milieux aquatiques et de la prvention des inondation. La vision
stratgique et le partage de l'information ont vocation rester au sein de la confrence
dpartementale qui prendra la suite de la confrence Loue et rivires comtoises.
Plusieurs mesures pratiques sont proposes dans le rapport, sans caractre
d'exhaustivit. Elles sont classes en trois catgories :
prserver les eaux des substances indsirables ;
prserver le fonctionnement des cosystmes aquatiques ;
faire adhrer lexcellence environnementale.
Les mesures en cours de mise en uvre dans le cadre du Sage et du contrat de
territoire seront poursuivies et amplifies, certaines mesures nouvelles sont proposes.
Une srie d'entre elles concerne les systmes d'assainissement au sens large, dont le
diagnostic, la structure et le fonctionnement seront optimiss sur toute leur chane, y
compris l'pandage. On s'attachera la performance aussi bien des systmes
collectifs et individuels que des instruments de gestion des effluents industriels et
agricoles en lien avec les filires professionnelles.
Des encouragements forts, travers le label d'excellence environnementale seront
adresss aux lus et aux acteurs conomiques pour proposer des procdures de
gestion et de production qui respectent la biodiversit et diminuent, voire suppriment,
tout rejet de polluants et substances toxiques. Cela concerne notamment les pesticides
en lien avec le programme Ecophyto2 et les produits chimiques utiliss dans les filires
industrielles ou en foresterie. Le label devra respecter les besoins des filires, par
exemple en matire de primtre pertinent, tout en contribuant sans ambigut
lamlioration du fonctionnement des cosystmes du territoire karstique de la Loue et
des rivires comtoises.
Les cours d'eau, tant en surface que sous terre, constituent une part importante et
emblmatique du patrimoine du territoire. Tous les acteurs sont invits mettre en
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place les mcanismes qui prservent et entretiennent la structure des rivires et des
berges et restaurent la continuit cologique et les habitats aquatiques.
Des actions sont prvues galement pour faire comprendre et faire savoir quels sont
les enjeux de l'excellence environnementale pour le territoire. La complexit des cycles
de l'eau, le petit cycle et le grand cycle, doit tre explique tous si lon souhaite une
implication collective dans la prservation de leur fonctionnement. Les acteurs des
loisirs aquatiques seront sensibiliss et mis contribution pour faire de leur activit un
emblme de l'excellence environnementale. La police de l'environnement continuera
tre stricte et sera accompagne d'actions d'information.
La surveillance des cosystmes et la mesure des pressions qu'ils subissent doivent
tre renforces. Les donnes doivent pouvoir tre facilement accessibles sous une
forme structure et cartographie. Le ple karst rcemment cr sera un acteur majeur
de la production et la diffusion des connaissances. Il recueillera et publiera les donnes
sous la forme d'un observatoire auquel les producteurs de donnes seront encourags
vivement contribuer. Il animera un programme de recherches qui sera supervis par
un conseil scientifique indpendant.
En conclusion la mission a conscience que le dfi relever est important. Il implique
l'effort de chacun pour une restauration progressive des cosystmes avec un haut
niveau d'exigence. Il faudra tre la fois ambitieux, pro-actif et patient, sous le regard
des gnrations futures.

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Liste des recommandations

Pages

Recommandations relatives lexcellence environnementale


Crer et mettre en uvre un label d'excellence environnementale sectoris
refltant les efforts des acteurs pour l'excellence environnementale. Lancer
une tude de faisabilit dfinissant les conditions oprationnelles de mise en
place dun tel label (moyens ncessaires, primtre, matrise douvrage).
Pour action : acteurs conomiques du territoire (tourisme, pche, industrie,
filires agroalimentaires de qualit).

14

Se donner un dlai exigeant pour la cration dun Epage sur le bassin HautDoubs Haute-Loue capable de monter en charge rapidement pour mettre en
uvre
concrtement
et
de
manire
exemplaire
lexcellence
environnementale.

18

Adosser le projet de territoire dexcellence environnementale une


structuration efficiente (Gemapi/Loi Notre) des EPCI du territoire karstique,
tout en ouvrant largement les travaux de la confrence aux bassins versants
voisins.

19

Maintenir lesprit de concertation et de partage dune ambition commune


dexcellence environnementale au sein de la confrence Loue et rivires
comtoises devenu confrence dpartementale et accompagner son
fonctionnement par un site internet rgulirement aliment. Pour action
prfecture et conseil dpartemental.

19

Recommandations damlioration de gestion du territoire


Prescrire pour tous les systmes dpuration un diagnostic du systme
dassainissement conforme larrt du 21 juillet 2015 (incluant donc ltat
structurel et fonctionnel du systme et dbouchant sur un programme
dactions hirarchises et chiffres). Pour action : Police de leau (DDT).
Gnraliser les oprations collectives assainissement dans le contexte de la
prise de comptence eau et assainissement par les EPCI. Pour action :
Conseil dpartemental et EPCI. Se saisir de lopportunit de la loi Notre pour
engager des tudes de structuration et dtat des lieux du patrimoine
assainissement pour construire des services eau et assainissement
capables de porter lexcellence environnementale. Pour action : EPCI.

23

Accrotre les objectifs du volet 3 de laction I,1 du contrat de territoire et les


tendre lensemble du territoire pour atteindre une couverture 100 % par
les Spanc et un nombre significatif de travaux de diagnostic et de mise aux
normes. Pour action Dpartement et EPCI.

24

tendre toutes les fromageries les mesures C.3.1, C.3.2 et C.4.3 du Sage
ainsi que la fiche 2 du contrat de territoire et coupler cette opration avec la
mise en place d'une dclinaison dpartementales des exigences du Sdage
concernant les rejets des fromageries en milieu vulnrable. Pour action :
Misen et DDSCPP.

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Poursuivre le bilan des mesures qui concernent le stockage des effluents


dlevage, y compris un retour dexprience sur lutilisation du guide des
bonnes pratiques pour la gestion des effluents en milieu karstique, vrifier
leur efficacit pour lpandage dans des conditions favorables
lassimilation des nutriments par les vgtaux et en tirer les consquences
pratiques avec la profession. Pour action : chambre interdpartementale
dagriculture 25-90.

25

valuer la phase exprimentale puis poursuivre et acclrer la mise en


place doprations pilotes pour multiplier les initiatives collectives au niveau
de la filire afin damliorer la gestion des effluents dlevage. Pour action :
Fruitires et FDCL.

25

Coordonner la connaissance des capacits dpandage de boues de Step et


deffluents agricoles lchelle du territoire en tenant compte des
caractristiques des sols.

26

Construire avec le CIGC un label dexcellence environnementale qui tienne


compte des mesures de prservation des eaux et de la biodiversit.

26

Mettre en place sans attendre les actions qui visent la suppression de


lusage des pesticides en zone non agricole pour les collectivits et les
particuliers conformment au plan Ecophyto2 et mettre en place un label
d'excellence environnementale ddi. Pour action : toutes collectivits
territoriales.

27

tablir un bilan complet des rsultats des actions du plan Ecophyto en


termes d'impact sur les rivires comtoises et proposer un projet ambitieux de
dclinaison sur le territoire du plan Ecophyto2. Intgrer aux critres du label
d'excellence environnementale concernant le comt des exigences en
matire de limitation d'usage des pesticides en s'appuyant sur la rflexion
des professionnels de lAOC Comt et sur des critres fermes de limitation
de lusage des pesticides. Pour action DRAAF, GIGC.

28

Rendre compte du bilan du recensement des pollutions industrielles et


gnraliser un programme ambitieux de rduction de ces pollutions toxiques
dans la ligne du programme Limitox en cours sur le val de Morteau.

29

tablir le bilan des mesures C.5.1 et C.5.2 du Sage concernant le traitement


du bois et mettre en place un label d'excellence environnementale
spcifique. Pour action : DRAAF et filire forestire.

29

Conditionner lobtention du label dexcellence la mise en place effective


doprations de prservation et dentretien des berges (plantation,
prvention du pitinement, etc) et mettre profit les plans pluriannuels de
gestion pour acclrer le processus.

31

Communiquer largement sur le bilan des oprations de reconstitution de la


continuit cologique et poursuivre les actions. Pour action syndicats mixtes
et Epage.

32

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Organiser la diffusion des informations sur les deux cycles de leau et sur
lexcellence environnementale lchelle de tous les habitants du territoire.
Pour actions Dpartement, EPTB.

34

Poursuivre les actions de surveillance du territoire en exerant une police de


lenvironnement adapte et en utilisant galement les autres leviers
disponibles des politiques publiques. Pour action DDT et Epage.

35

Prendre une mesure globale de promotion de loisirs aquatiques respectueux


de lenvironnement et sappuyer sur les personnes concernes pour
promouvoir lexcellence environnementale.

35

Mettre en place ds dbut 2017 un conseil scientifique et animer les


recherches sur les rivires karstiques du bassin jurassien. Pour action Ple
karst.

37

Acclrer la monte en charge de lobservatoire du ple karst de lEPTB afin


de lui donner rapidement un rle intgrateur de lensemble des donnes
pertinentes et rendues publiques pour la connaissance des hydrosystmes,
notamment : recensement et cartographie des zones humides petite
chelle ; mesures de connaissance de ltat des milieux aquatiques prvues
par le Sage ; inventaire des ouvrages transversaux ; donnes
dautosurveillance des rejets deaux pluviales des collectivits ; quantits de
pesticides utiliss en zone agricole et non-agricole. Pour action EPTB et
ple karst.

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Avant-propos
Ce rapport a t rdig avec lappui de la DDT, des services du Conseil dpartemental
du Doubs et de lagence de lEau RMC. Il a ensuite t communiqu aux membres de
la confrence Loue et rivires comtoises qui ont propos des amendements et
remarques dont il a t tenu le plus grand compte. Ce rapport clture la mission
confie par le vice-prsident du Conseil gnral de lenvironnement et du
dveloppement durable la demande de la ministre (cf. Lettre de mission page 46). Il
fait suite un premier rapport qui portait sur le diagnostic des causes des perturbations
de la Loue et des rivires comtoises.

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Introduction
Un premier rapport publi au premier trimestre 2016 faisait la synthse des
connaissances sur le dysfonctionnement des milieux aquatiques du territoire comtois.
Ces milieux, au premier rang desquels la rivire Loue, prsentent un intrt patrimonial
et cologique majeur. Cet avis avait t amend aprs une lecture critique par toutes
les parties prenantes de la confrence Loue et rivires comtoises au cours de lanne
2015.
Au-del de la confirmation de la complexit du fonctionnement des rivires comtoises
et de la multifactorialit des causes des mortalits piscicoles, le rapport soulignait
limportance de prendre en compte toutes les sources de perturbation. Il proposait de
dvelopper un projet de territoire dexcellence environnementale qui associerait
toutes les parties prenantes. Il insistait galement sur la gouvernance des questions de
connaissance et de surveillance. Sur ce dernier plan, il semble ncessaire de mettre
en place un systme de surveillance professionnalis, cest--dire un systme
prenne, sappuyant sur des mthodes normalises, sous assurance qualit et
accessible via une interface graphique permettant de visualiser diverses couches de
donnes.
Lors dune srie de rencontres au mois de mars 2016 ladhsion des acteurs la
notion dexcellence environnementale a t gnrale. Les professionnels actifs sur le
territoire, les associations et les lus manifestent un attachement trs fort la qualit
de leur environnement et le considrent comme un atout, y compris sur le plan
conomique. Tous semblent prts amplifier les nombreuses actions dj engages
afin de rduire le plus possible toutes les pressions sur les milieux aquatiques.
Les acteurs du territoire sont maintenant au pied du mur, les actions concrtes de tous
doivent prendre le relais des paroles. Des plans dactions sont en cours : le plan
damnagement et de gestion durable qui fait partie du schma damnagement et de
gestion des eaux (Sage) sur le territoire Haut-Doubs haute-Loue constitue une bonne
base. Le contrat de territoire en dcline la plupart des mesures. Nous pouvons nous
appuyer sur ces documents pour aller de lavant.
Il faut dfinir la notion dexcellence environnementale. Non pour la question thorique,
certes intressante, mais pour sintresser lappropriation de cette vision par les
acteurs . Chaque groupe dacteurs doit engager trs vite une rflexion, en lien avec les
membres de la confrence et les pouvoirs publics, pour aboutir la mise en place de
son cahier des charges de lexcellence environnementale. Cest sur ces fondements
que les mesures pourront tre mises jour et approfondies et surtout que le label
dexcellence environnementale pourra tre dcern aux acteurs les plus vertueux.
Les mesures proposes tiennent compte des lments disponibles lors du diagnostic.
Elles se situent le plus souvent dans la continuit des mesures existantes. Elles
devront tre prcises et affines car ce rapport fournit des pistes mais ne constitue
pas en lui-mme un plan dactions. D'ailleurs ces mesures ne constituent en rien une
liste exhaustive. La mission fait confiance la crativit des acteurs du territoire pour
les amplifier, les amliorer et en inventer d'autres, son rle de catalyseur visant avant
tout donner envie .
Enfin, il conviendra de faire adhrer tout le territoire la notion dexcellence
environnementale. Il est ncessaire pour cela de mesurer la situation des milieux et
surtout de faire connatre cette situation en prsentant les donnes de faon
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accessible sans perdre la prcision et le dtail. Il faudra galement poursuivre les


actions dacquisition de connaissances. La situation tant complexe, des tudes et
recherches seront trs utiles pour poursuivre le progrs de connaissances et cibler de
mieux en mieux les actions de tous.

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1. Un territoire d'excellence, dfinition et opportunits


1.1. Comment qualifier un territoire d'excellence
Les questions de prservation de lenvironnement sont omniprsentes dans le flux
dinformations qui rythme notre quotidien. Beaucoup concernent la plante en gnral,
comme le problme du changement climatique. Agir est cependant trs complexe
une telle chelle globale o la comptition, au moins sur le plan conomique, lemporte
largement sur la coopration. Aux chelles intermdiaires, les contradictions entre
intrts conomiques et prservation de la nature et de la sant humaine sont
galement nombreuses. Il suffit de constater les difficults de la lutte contre les excs
de pesticides ou contre les missions de gaz et particules toxiques par les vhicules
pour sen convaincre. Au niveau des territoires, face notamment aux dgradations
locales de lenvironnement, nous pouvons esprer avoir des cls dactions. Le
problme nest pas pour autant simple et facile rsoudre. Il prsente quelques
caractristiques qui permettent desprer.
Les responsables des politiques publiques sont de plus en plus conscients de cette
capacit des territoires se mobiliser pour amliorer la qualit de leur environnement.
Citons quelques exemples : un des leviers de la transition nergtique consiste
encourager les initiatives avec le dispositif : Territoires nergie positive pour la
croissance verte , lanc le septembre 2014 par la ministre Sgolne Royal ; la
stratgie nationale pour la biodiversit appelle ladhsion suivie dun engagement de
tous les acteurs, notamment au niveau local ; de nombreuses collectivits locales ont
mis en place des projets de territoire ambitieux, le plus souvent cibls sur une
problmatique environnementale spcifique1.
Un des cueils de laction environnementale lchelle dun territoire est la difficult de
mobiliser les acteurs dans un contexte o les pressions sont nombreuses venant de
multiples sources, o beaucoup de dcisions sont prises en dehors du territoire et o
les changements globaux semblent impossibles, ou trs difficiles arrter. Les
sentiments vont de la rsignation envers la tragdie des communs : La pression que
jexerce est ngligeable, cela ne changera rien si je fais des efforts ! la
stigmatisation existentialiste : Ce sont les autres qui sont responsables des nuisances
environnementales ! .
Un territoire dexcellence environnementale pourrait se dfinir en opposition aux
difficults mentionnes ci-dessus. Il avance contre-pied des politiques de
communication verte qui isolent une question environnementale pour mettre en avant,
dans le meilleur des cas, quelques actions positives ponctuelles. Il sagit ici denvisager
tout ce quil est souhaitable de mettre en uvre pour tendre vers une pression
humaine minimale sur lenvironnement et une restauration maximale du bon
fonctionnement des cosystmes et du bien-tre des habitants.
Au sein dun tel territoire, chacun est amen sinterroger, non pas sur les pollutions et
nuisances quil subit, mais repenser sa propre empreinte environnementale afin de la
rduire. Il ne sagit pas non plus dattendre davoir la certitude de connatre la causalit
de chacune des pressions pour les rduire, mais au contraire de limiter toutes les
pressions de faon volontariste, quel que soit leur impact rel. Ainsi, au lieu de poser la

Citons par exemple les engagements de nombreux Conseils dpartementaux et municipalits pour
labandon de lusage des pesticides pour lentretien des espaces verts

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question des impacts dans les termes classiques : Est-ce significatif ? la question
devient : Puis-je encore les rduire ? .
Lexcellence environnementale ne doit en aucun cas tre conue indpendamment de
toute considration conomique. Elle appelle une intgration au sein de lconomie
de tout ce qui concerne les bnfices et les cots dun environnement dgrad. Ce
dernier point est trs important : la dgradation de lenvironnement a un cot collectif
considrable, difficile chiffrer. Lexcellence environnementale doit galement prendre
en compte le processus de restauration des cosystmes dans sa dure. Cela permet
danticiper sur le cot des impacts long terme, mais aussi dimaginer la trajectoire qui
conduit les acteurs modifier, souvent trs significativement, leurs pratiques, tout en
assurant la viabilit de toute la priode transitoire. cet gard, lexcellence peut tre
galement considre comme un objectif ultime atteindre, un futur souhait du
territoire, objectif vers lequel on tend progressivement, condition que la trajectoire
soit crdible et contrle. Cela implique que, en parallle la dfinition des objectifs
atteindre, des critres pour mesurer les rsultats, secteur par secteur et lintensit des
efforts consentir pour arriver aux objectifs dexcellence, soient labors par les
acteurs du territoire, de prfrence collectivement.
La mobilisation de financements publics pourra tre dterminante, dans la mesure o
elle tient compte de ce qui prcde et interroge en permanence son effet de levier sur
le changement. Cependant elle ne peut reprsenter le levier principal car cela
consisterait retomber dans les cueils prsents ci-dessus. Au contraire, il s'agit de
valoriser des efforts individuels et collectifs rels, consentis du fait d'un pari : celui que
les retombes conomiques positives sur un territoire l'emportent sur les cots, ds
lors qu'on raisonne long terme.

1.1.1. Un processus ncessairement concert


Parmi les mille et une manires de concevoir un projet de territoire d'excellence
environnementale, la meilleure est celle qui convient aux acteurs du territoire. On
imagine mal un projet aussi ambitieux ne pas reposer sur une concertation approfondie
de toutes les parties prenantes. Un appui scientifique semble galement indispensable,
condition quil soit mobilis pour rpondre aux besoins de connaissances exprims
par les acteurs du territoire. La mise en place dateliers de prospective, lart de
construire un futur souhait, pourra galement aider chacun comprendre vers o le
collectif souhaite se diriger et construire le chemin pour y arriver.
La confrence Loue et rivires comtoises constitue le lieu de concertation majeur
du projet. Elle regroupe l'tat, les collectivits territoriales et les diffrents acteurs
impliqus divers titres dans la prvention des atteintes lenvironnement. Tous les
acteurs y participent et peuvent faire savoir comment ils sengagent pour lexcellence
environnementale. Des groupes de travail thmatiques sur lagriculture et
lassainissement alimentent de faon plus dtaille la rflexion collective. Il est donc
primordial de maintenir ce lieu de concertation, d'y participer activement et d'y discuter
des grands sujets, pralablement toute dcision de nature stratgique.
Cette confrence, pilote par le prsident du conseil dpartemental et le prfet, est
bien plus quune entreprise de concertation et de communication pour les pouvoirs
publics. Son intrt principal est de souder la communaut qui compose le territoire.
Cest un lieu o chacun peut exprimer ses attentes ou ses critiques et faire connatre
ses efforts pour lexcellence environnementale. Cest galement un moyen de faire
savoir les rsultats des investigations scientifiques et de la surveillance de
lenvironnement, afin que chacun puisse disposer dune vision objective de la situation
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et de la dynamique luvre. Ce rle doit tre maintenu et renforc. Il importe de


runir cette confrence et ses groupes de travail thmatiques rgulirement et que
tous les acteurs du territoire y soient reprsents. Cest une condition ncessaire pour
mobiliser autour du projet de territoire dexcellence environnementale.
D'autres instances de concertation divers niveaux ont des rles importants, c'est le
cas notamment de la confrence locale de leau (CLE) pour la mise en uvre des
actions prvues au Sage haut-Doubs haute-Loue . Ltablissement public territorial
de bassin a soulign, dans ses remarques sur le prsent rapport, la pertinence de
proposer une coopration renforce entre les diffrentes instances de gouvernance
(Confrence dpartementale, CLE, comits de rivires, ). LEPTB souligne
notamment la prochaine mise en place des commissions thmatiques de la CLE sur
les aspects quantitatif et qualitatif de la ressource, ouverts aux membres de la CLE et
bien plus largement tous les matres douvrages, lus, chercheurs, acteurs du
territoire, qui pourrait tre un relais local de la Confrence dpartementale. Il est donc
indispensable de maintenir des liens forts entre ces diverses instances. cet gard la
confrence dpartementale doit se concentrer sur les sujets stratgiques afin de
laisser aux instances qui traitent des sujets plus dtaills toutes les marges de
manuvre sans lesquelles la perte de l'envie d'agir risque de se produire.

1.1.2. Une ncessaire distinction des acteurs vertueux


Il semble clair, l'aune des rencontres que la mission a eu sur le territoire, que, pour la
plupart des acteurs, leur participation au projet de territoire d'excellence
environnementale procde d'une adhsion. Cette adhsion se fonde essentiellement
sur lintrt collectif ou sur un attachement culturel, sans intention de retour immdiat
sur investissement. Il faut cependant admettre par pragmatisme que la perspective
d'un retour en termes d'image ou de position de march peut conforter cet
engagement. Il apparat donc ncessaire de distinguer les acteurs les plus vertueux au
nom de l'excellence environnementale.
Il est propos de crer un label qui signale de faon positive la contribution au territoire
d'excellence environnementale. Le nom de ce label devra tre choisi par les acteurs du
territoire. Ce nom devra montrer qu'il s'agit d'un label ddi la protection des
cosystmes aquatiques karstiques, ce qui permettra d'autres acteurs, dans d'autres
domaines comme la qualit de l'air et la sant, la protection des sols, l'nergie, le
climat, la biodiversit de prendre galement des initiatives similaires sans confusion
des genres. Il devrait galement, afin d'tre efficace, tre dclin par secteur
conomique2, par exemple : levage, production fromagre, entreprises, tourisme,
filire bois, collectivit Il n'est videmment pas possible de lister tous les secteurs qui
seront concerns, d'une part car cela dpendra de la volont et de la clrit des
acteurs dans chaque domaine, d'autre part parce que le niveau dagrgation de ce qui
constitue un secteur n'est pas prdfini. Par exemple faut-il un secteur industriel ou
plusieurs sous-secteurs correspondant des types d'industrie diffrents ?
Afin qu'il soit crdible, le label devra tre accessible tout en tant exigeant. Les deux
cueils sont les positions extrmes : le laxisme et llitisme. Soit le label est trop souple
et alors tout le monde l'obtiendra sans faire les efforts ncessaires pour la restauration
des cosystmes aquatiques. Soit il est tellement contraignant qu'il dissuade les
2

La question se posera forcment de secteurs conomiques qui souhaiteront regrouper sous un mlme
label des efforts concernant plusieurs enjeux environnementaux bien au-del de la qualit des
cosystmes aquatiques. Il ne faudra videmment pas s'opposer ces initiatives mais s'impliquer
dans leur composante concernant les rivires karstiques.

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acteurs de l'obtenir. L'idal serait de construire le label de faon dynamique et volutive


avec une clause de rvision qui tienne compte des efforts consentis3
. Ainsi chacun partirait d'un niveau qui correspond quelques premiers efforts puis
s'engagerait, afin de maintenir son inscription, diminuer son empreinte
environnementale.
La dfinition des critres qui permettent d'obtenir le label devra faire une large part au
travail collectif des acteurs de chaque secteur. Nanmoins il conviendra de crer des
groupes de travail mixtes avec des reprsentants des diffrentes sensibilits de la
confrence. Par ailleurs, la dcision de dlivrer ou de renouveler un label devrait tre
confie, ou pour le moins s'appuyer, sur une expertise indpendante, seul moyen de
crdibiliser le label. Des organismes de certification spcialiss existent, ils pourraient
tre mobiliss. aux frais des candidats la labellisation. Alternativement, une structure
interne ad hoc lgre pourrait galement tre mise en place et sappuyer sur un panel
dexperts extrieur au territoire.
Un effort de communication devra accompagner cette opration, a minima les acteurs
devraient disposer de kits de communication leur permettant de se prvaloir auprs du
public, ou de leurs clients, de ce que le label leur a t dcern. Il importera galement
que les responsables des filires jouent un rle important en termes de communication
sur lintrt du label aprs de leurs adhrents, y compris en explicitant les retombes
conomiques que cette distinction peut leur apporter.
1. Crer et mettre en uvre un label d'excellence environnementale sectoris
refltant les efforts des acteurs pour l'excellence environnementale. Lancer une
tude de faisabilit dfinissant les conditions oprationnelles de mise en place dun
tel label (moyens ncessaires, primtre, matrise douvrage). Pour action : acteurs
conomiques du territoire (tourisme, pche, industrie, filires agroalimentaires de
qualit).

1.1.3. La qualit de la protection de l'environnement


Les groupes mixtes chargs de dfinir les critres dexcellence pourront s'appuyer
notamment sur les recommandations du prsent rapport, ce qui n'exclut pas d'autres
considrations. En tout tat de cause le seul respect de la rglementation ne pourra en
aucun cas contribuer l'obtention du label, sauf constituer une note liminatoire.
Lidal serait de crer des groupes de travail entre le secteur concern et quelques
membres de la confrence. Leur composition devrait garantir que ces critres sont
tablis de faon raliste, grce aux reprsentants du secteur concern, et sont
galement correctement dimensionns par rapport aux enjeux environnementaux,
grce aux reprsentants de la confrence. Il conviendra de tenir compte galement du
fait que le territoire des acteurs dune filire nest pas forcment le territoire des
bassins versants karstiques. Le comit interprofessionnel de gestion du Comt a ainsi
exprim limpossibilit quil aurait mettre en place un label qui ne concerne pas toute
la filire. Cette remarque montre bien que la dfinition du cahier des charges du label
dexcellence environnementale ne peut tre traite qu lchelle de chaque filire en
lien avec les acteurs du territoire karstique.
Le fonctionnement de ces groupes pourra tre source de tensions, il faut avoir cela en
mmoire pour le prvenir. Chacun des membres devra avoir conscience que les
3

Cela pourrait ressembler la certification qualit, avec une logique damlioration continue o lon
value la ralisation des objectifs plutt que des critres absolus.
Rapport 010053-01

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logiques daffrontement dbouchent rarement sur des rsultats satisfaisants et quen


revanche un dialogue franc et pondr peut acclrer les progrs. Ce risque tant
voqu, les contacts pris sur le territoire rendent plutt optimiste quant la capacit
des acteurs construire ensemble un projet consensuel la fois exigeant et raliste.

1.2. Les opportunits pour renforcer la gouvernance de leau sur le


territoire
1.2.1. Quel primtre pour le territoire?
La question du primtre ne peut tre vacue quand on ambitionne de construire un
territoire dexcellence environnementale, cest mme une des plus importantes, mais
aussi une des plus redoutables. La notion de territoire possde un grand nombre de
dfinitions. La dfinition du texte de cadrage du programme Eau et territoires du
ministre de lenvironnement, du CNRS et dIrstea : Espace appropri de manire
matrielle ou symbolique par un groupe social pourra tre utilise. Le terme de
groupe social doit sentendre dans une acception trs large, ce qui fait groupe est
prcisment lattachement au territoire dacteurs qui forment eux-mmes plusieurs
groupes sociaux. Cette dfinition scarte trs significativement de celle du Larousse :
tendue de pays qui ressortit une autorit, une juridiction quelconque. Lide est
que le territoire dexcellence environnementale est un projet appropri et construit par
des acteurs et non pas la consquence dun acte dautorit en application de lois et
rglements. Cela le rend plus ambitieux, du fait notamment que lapplication de la
rglementation reste obligatoire, excellence ou pas. Enfin, cela nest videmment pas
contradictoire avec la question dune autorit, quelle soit en charge de conduire des
politiques publiques qui peuvent passer par la mobilisation des acteurs ou quelle soit
lmanation dune puissance publique charge de faire respecter la rglementation.
Reste que trois niveaux, au moins, se superposent pour dfinir le primtre du territoire
qui nous occupe. Le premier niveau est gographique, ou plutt hydromorphologique 4.
Leau est une substance circulante, elle scoule la surface et sous terre et circule
aussi dans latmosphre sous forme gazeuse ou liquide. Il convient donc de penser le
territoire en fonction du sujet que lon traite qui est la restauration du fonctionnement
cologique des cosystmes aquatiques du milieu karstique de la Loue et des rivires
comtoises.
Le deuxime niveau est culturel. Lhistoire a forg la mentalit des habitants de cette
rgion, ils partagent un hritage patrimonial collectif qui comporte aussi bien des traces
de lactivit humaine quune nature plus ou moins protge.
Le troisime primtre est administratif, il est parfois artificiel mme si bien souvent
des frontires naturelles ont t utilises pour dfinir les limites de communes et de
dpartements. Il est important car il est celui de laction politique et de la dmocratie
mais, seul, il manque de pertinence pour la prservation du fonctionnement des
cosystmes.
Laction publique sest dabord focalise sur la Loue : cest la rivire o ont t
observes et rapportes les premires mortalits significatives, et il sagit dune rivire
de haute rputation. Cest aussi le premier bassin versant du territoire s'tre dot
dun Sage, dun contrat de rivire, puis dun contrat de territoire. Lpisode de
mortalits des salmonids observ sur dautres rivires, comme le Dessoubre, et dans
4

Un cours deau est faonn par linteraction de son coulement et de la gographie des terrains
traverss. Sa forme, son dbit, les vitesses des coulements, la structure du fond du lit et des berges
font partie de lhydromorphologie, notion trs importante pour comprendre son cologie.

Rapport 010053-01

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une moindre mesure le Cusancin, en 2014 conforte lide que la problmatique de la


qualit des rivires est plus globalement associer la nature karstique des terrains
quelles drainent. On comprend aisment la vulnrabilit de tels cosystmes
aquatiques en imaginant la communication, parfois trs directe, quil peut y avoir entre
les plateaux et les activits humaines qui sy sont implantes, et, lexutoire, les
rivires jaillissant des rsurgences de fonds de valles. Lobjectif nest pas ici de
dcrire prcisment les mcanismes hydrogologiques en jeu, qui sont bien souvent
spcifiques chaque rseau souterrain et ingalement connus, mais dattirer lattention
sur un territoire que lon pourrait croire peu concern par la qualit de ses rivires, vu
la faible densit du rseau hydrographique de surface. Bien au contraire, il faut
rappeler lexistence de rseaux souterrains trs structurs, et affirmer le lien troit qui
existe sur les territoires karstiques entre un bassin versant, son fonds gologique et un
cours deau.

Illustration 1: Carte du dpartement du Doubs (en vert le territoire karstique propos)

La gologie karstique est prsente globalement dans tout le dpartement. La mission


propose cependant den identifier un sous secteur assez homogne en paysage et
reliefs, ainsi quen pression anthropique. Il sagit de lensemble des plateaux calcaires
du sud de la moyenne valle du Doubs, jusquaux reliefs de la frontire suisse (cf
secteur en vert sur la carte 1, dlimitation par bassins versants). Enfin, rien ne doit
interdire de dpasser les frontires, au besoin ponctuellement, pour concevoir des
actions qui intgrent les territoires voisins, que ce soit pour des raisons gographiques,
par exemple la Loue jurassienne, ou pour des raisons conomiques, par exemple
lensemble du territoire de lappellation dorigine Comt.

1.2.2. Le projet de cration dun Epage


La possibilit de crer un tablissement public damnagement et de gestion des Eaux
(Epage) apparat comme une occasion ne pas laisser passer pour restructurer les
Rapport 010053-01

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actions en jouant sur les possibilits de mutualisation et de professionnalisation que la


loi apporte.
La loi 2015-991 du 7 aot 20155 portant nouvelle organisation territoriale de la
Rpublique (loi Notre) prvoit le transfert aux tablissements publics de coopration
intercommunale des comptences en matire deau potable et dassainissement. Cette
disposition pourrait permettre une meilleure efficacit de la dpense publique en
mutualisant les efforts, notamment en termes de recrutement de personnel qualifi,
jusqualors difficilement accessible pour les petites communes.
Lors de sa sance du 28 janvier 2016 la Commission locale de leau (CLE) HautDoubs et Loue a dcid lunanimit de lancer une tude de faisabilit de la
constitution dun Epage. Ce type dtablissement est prvu par la loi n2014-58 du 27
janvier 2014 de modernisation de laction publique territoriale et daffirmation des
mtropoles (dite loi Maptam). Cette loi modifie le code de lenvironnement afin de
transfrer aux communes la responsabilit de la gestion des milieux aquatiques et de
la prvention des inondations (Gemapi). Elle prvoit que les communes ou leurs
groupements peuvent transfrer ou dlguer ces comptences un Epage. La loi
Notre transfre cette responsabilit des communes aux communauts de communes.
La cration dun Epage sur les bassins versants du Haut-Doubs et de la Loue est
prvue par la disposition 4-08 du Sdage Rhne-Mditerrane 2016-2020. Ltude de
faisabilit, laquelle participent les deux syndicats mixtes de la Loue (SML) et des
milieux aquatiques du haut-Doubs (SMMAHD) doit tre remise au dbut de l'anne
2017. Cette cration est potentiellement un atout pour lexcellence environnementale,
un tablissement plus important pourra mutualiser des moyens, intgrer plus
facilement les connaissances et retours dexprience et impliquer les portions du
territoire qui ne sont pas encore prises en compte par les deux syndicats mixtes
concerns.

Illustration 2: : Primtre dun ventuel futur Epage dont ltude de faisabilit a t lance le 28 janvier 2016. (Source CLE Haut-Doubs Loue)

Si cette cration de lEpage est une excellente opportunit elle doit se faire vite. Il
importe en effet que les nergies soient mobilises pour laction plutt que par la
5

https ://www. legifrance. gouv. fr/eli/loi/2015/8/7/RDFX1412429L/jo/texte

Rapport 010053-01

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cration de la structure. La mise en place rapide dans le consensus des acteurs serait
un signe supplmentaire de la motivation du territoire pour lexcellence
environnementale. Le vote unanime de la CLE et le compte-rendu des dbats de la
sance du 28 janvier 2016 sont cet gard trs encourageants.
LEpage pourrait tre le lieu dexprimentation de lexcellence environnementale afin
den tirer rapidement les enseignements pour une gnralisation tout le territoire,
voire dautres questions environnementales.
Le projet dEpage a dfini son primtre qui regroupe le primtre du Sage ainsi que
laval du bassin versant de la Loue jusqu sa confluence avec le Doubs. Cet ajout de
laval du bassin de la Loue est cohrent avec les enjeux lis leau, il est galement
guid par la logique de regroupement des EPCI provoque par la loi Notre.
2. Se donner un dlai exigeant pour la cration dun Epage sur le bassin Haut-Doubs
Haute-Loue capable de monter en charge rapidement pour mettre en uvre
concrtement et de manire exemplaire lexcellence environnementale.

1.2.3. Profiter des rformes territoriales pour structurer la matrise


douvrage sur le territoire karstique
Aujourdhui plusieurs primtres se superposent pour la coordination des actions en
faveur des cosystmes aquatiques des rivires comtoises. Le primtre du Sage
Haut-Doubs Haute-Loue comporte
le bassin versant du Doubs depuis sa source jusquau lac de Moron ;
le bassin versant du Drugeon, affluent du Doubs ;
le bassin versant de la Loue jusqu sa confluence avec la Furieuse sur la
commune de Renne-sur-Loue :
le bassin versant de la Furieuse dans le dpartement du Jura.
Ce primtre ne va pas jusqu intgrer les bassins du Dessoubre, du Cusancin et du
Doubs franco-suisse. Ces bassins versants rencontrent des problmes proches de
ceux de la Loue. Il sagit galement de territoires de grand intrt environnemental
comportant des sites du rseau Natura 2000 et un site class. Le syndicat mixte du
Dessoubre participe dj la confrence Loue et rivires comtoises.
La cration dun Epage est une opportunit saisir pour disposer dune matrise
douvrage comptente dont le primtre, tout en restant cohrent sur le plan
hydrologique, doit chercher couvrir au maximum le territoire karstique ( 1,2,1) pour
une plus grande efficacit des politiques publiques en regroupant des syndicats mixtes
et des EPCI. Les limites de ce territoire ne devront pas tre tanches et il conviendra,
au sein de la confrence Loue et rivires comtoises, dassocier le plus possible les
territoires voisins afin de partager les bonnes pratiques et de progresser ensemble vers
lexcellence environnementale.
La rorganisation des comptences des EPCI en matire dassainissement est
galement une tape cl pour atteindre la taille critique suffisante et indispensable la
mise en place de services techniques locaux garants du bon suivi des quipements.
Le volet assainissement est en effet un volet important pour la reconqute de la qualit
des milieux aquatiques. En tmoignent dune part la dclinaison locale dpartementale
du Sdage traitant des niveaux de rejets des stations de traitement des eaux uses
Rapport 010053-01

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collectives crite par la DDT et approuve par la Mission inter-services de leau et de la


nature (Misen) du Doubs ; et, dautre part, les nouvelles dispositions nationales
prvues par larrt de Juillet 2015.
3. Adosser le projet de territoire dexcellence environnementale une structuration
efficiente (Gemapi/Loi Notre) des EPCI du territoire karstique, tout en ouvrant
largement les travaux de la confrence aux bassins versants voisins.

1.2.4. Faire voluer la confrence Loue et rivires comtoises


Le Conseil dpartemental et ltat souhaitent faire voluer la confrence Loue et
rivires comtoises vers une instance qui traite des sujets porte dpartementale
et qui soit source de rflexions et dchanges sur les nouveaux enjeux et actions
innovantes dvelopper sur les territoires . Cette volution est cohrente avec la
mise en place dune gestion des milieux aquatiques et de prvention des inondations
(Gemapi) au sein dun Epage dot de moyens dinvestigation et daction plus important
que ceux des structures initiales. Il convient cependant de bien maintenir lintrt de
cette confrence en matire de concertation voqu au 1.1.1 page 12.
La confrence dpartementale, devenue un organe de concertation et de rflexion
stratgique, devra tre le vritable lieu de partage des ambitions pour lexcellence
environnementale. Chacun de ses membres devra la fois comprendre quil ne sagit
pas du lieu o les dtails sont traits mais bien dune instance qui permet lensemble
des acteurs de participer au processus de dcision. Il conviendra de sattacher la
runir rgulirement, au moins une fois par an, et de construire des ordres du jour
motivants, permettant une information complte et rservant du temps pour les
dbats. Un accompagnement de la confrence par un site internet rgulirement mis
jour est probablement une cl de la russite de cette action car le partage de
linformation ne pourra se rduire une srie de prsentations annuelles.
4. Maintenir lesprit de concertation et de partage dune ambition commune
dexcellence environnementale au sein de la confrence Loue et rivires comtoises
devenu confrence dpartementale et accompagner son fonctionnement par un
site internet rgulirement aliment. Pour action prfecture et conseil
dpartemental.

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2. Un plan daction qui consolide et tend ce qui existe

Passer dune srie de mesures dites sans regret une prise en compte gnralise
de tous les impacts possibles nimplique pas un bouleversement de tout ce qui existe.
Faire table rase du pass serait probablement trs dmotivant pour tous ceux qui se
sont engags depuis plusieurs annes dans la restauration des cosystmes
aquatiques. Aussi les propositions qui suivent partent systmatiquement de lexistant
pour lamplifier avec in fine un nombre de mesures nouvelles assez rduit.
Le document de planification le plus complet en termes de mesures de restauration
des rivires des bassins du haut-Doubs et de la haute-Loue est le Schma
damnagement et de gestion des eaux (Sage). Le Sage a t approuv par arrt
inter-prfectoral numro 2013127-0009 des prfets du Doubs et du Jura le 7 mai 2013.
Il comporte un rglement qui simpose aux acteurs pour ce qui concerne les domaines
mentionns larticle R. 212-47 du code de lenvironnement et un plan
damnagement et de gestion durable (PAGD) qui comporte 82 mesures rparties
selon six axes thmatiques.
Le deuxime document important en termes de mesures est le contrat de territoire. Ce
contrat dcline le Sage et prend en compte les conclusions des experts sur le
diagnostic de la Loue et des rivires comtoises sous forme de mesures concrtes
assorties dobjectifs. Il a t adopt le 11 dcembre 2014 par la commission locale de
leau (CLE) et porte sur la priode 2015-2017. Il a fait lobjet dun premier bilan dtape
en octobre 2015, trs prcieux pour mesurer lavancement des engagements des
acteurs. Le contrat de territoire comporte sept axes qui regroupent 20 actions.
La ncessit d'tendre les actions l'ensemble des rivires karstiques du dpartement
du Doubs est galement valable pour les actions du contrat de territoire. Cette
extension est dailleurs dj luvre sur dautres rivires du bassin du Doubs :
programme dactions Dessoubre, dmarche binationale Doubs franco-suisse ,
SAGE Allan
Les recommandations du prsent document sont faites sans rfrence directe et
systmatique aux mesures du Sage Haut-Doubs Haute-Loue et son contrat de
territoire6. Il appartiendra lanimation du SAGE de mettre en cohrence ces
recommandations avec ce qui existe dj. Ce parti pris permet de saffranchir du cadre
existant et, dans la mesure du possible, de proposer des actions nouvelles ou au
moins amplifies. Par ailleurs le territoire sur lequel sappliquent ces recommandations
tant celui des rivires karstiques, ces recommandations sont valables au-del du
primtre du Sage Haut-Doubs Haute-Loue. Les mesures du prsent document ont
donc vocation tre galement mises en uvre cette chelle largie sans pour
autant bouleverser le Sage au sein de son territoire de comptence.
Le prsent document propose une srie de recommandations dinflexion afin de
planifier les mesures du projet de territoire dexcellence environnementale. Il est
structur en trois chapitres : Prserver les eaux des substances indsirables ;
Prserver le fonctionnement des cosystmes aquatiques ; Faire adhrer
lexcellence environnementalee.

Nanmoins dans le texte celles-ci sont rgulirement cites.

Rapport 010053-01

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2.1. Prserver les eaux des substances indsirables


Les rivires comtoises restent pollues par des substances chimiques diverses. Il
convient de poursuivre les actions engages dans le cadre du Sage et du contrat de
territoire en les renforant sur certains points. Le Sage reconnat la vulnrabilit
spcifique et la valeur patrimoniale des rivires comtoises en adoptant un objectif de
qualit plus lev que ce qui permet datteindre le trs bon tat cologique7.
Les concentrations de nitrates respecter sont infrieures 2 mg/l et lIBGN8 doit
dpasser la note 19/20.

2.1.1. Diminuer la pollution organique


La pollution organique provient en grande partie des rejets dorigine domestique et
agricole et se traduit par la prsence dans les eaux dazote, de phosphore et de
matires oxydables, mesures par la demande chimique en oxygne (DCO) et la
demande biochimique en oxygne cinq jours (DBO5). Il sagit dun des domaines o
le plus defforts ont t consentis. Il reste que les eaux prsentent encore des signes
deutrophisation, ce qui milite pour une intensification de laction contre toutes les
formes de pollution organique.
Laxe du contrat de territoire concern par ce type de pollution est le plus dvelopp : il
comporte sept fiches et un financement public de plus de 14 M sur trois ans. Les
actions prvues se rpartissent en trois catgories : amliorer le traitement des eaux
uses; amliorer la collecte des eaux uses; mieux grer le stockage et lpandage
des effluents dlevage.
2.1.1.1. Mesures concernant lassainissement
2.1.1.1.1. Traitement des eaux uses
En matire de traitement des eaux uses, le constat du vieillissement des stations
dpuration et des rseaux est pos et pris en charge par le contrat de territoire, tant
pour les stations dpurations des effluents domestiques que pour le traitement des
effluents des industries agroalimentaires, notamment les fromageries. Depuis 2010,
40 M ont t investis par les acteurs du territoire pour la mise en conformit des
stations dpuration.
De mme, des actions sont prvues sur les dispositifs dassainissement non collectifs.
Il sagit essentiellement de sassurer de la prise en compte par les communes et
communauts de communes de leurs obligations vis--vis du contrle des installations
dassainissement non collectif et de la mise en place des services publics
dassainissement non collectif (Spanc). La loi Notre fournit l'opportunit de mutualiser
une partie des fonctions des Spanc et devrait aboutir une professionnalisation de la
gestion de l'assainissement non collectif.
Le groupe assainissement de la confrence Loue et rivires comtoises a mis en
vidence la question du fonctionnement des stations dpuration (Step). Pour certaines
7

Les notions de bon tat cologique et de trs bon tat proviennent de la directive cadre sur leau
(DCE)

Indice biotique gnral normalis. Cet indice bas sur le comptage des invertbrs benthique fournit
une note entre 0 et 20.

Rapport 010053-01

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Step, des donnes quantitatives objectives sur ces dysfonctionnements existent,


rassembls par la police de leau (DDT et Onema) dans le cadre des contrles.
Quelques observations simples ralises par des bnvoles in situ et le fait que le cot
de fonctionnement, notamment en matire de personnel, soit lev pour les budgets
communaux permettent daccrditer lide quil conviendrait dapprofondir cette
question et de proposer rapidement des solutions.
Une premire rponse a t apporte par les services de ltat. En effet la police de
leau (la DDT pour le compte du Prfet) dans son rle dinstruction a propos une
dclinaison dpartementale des exigences du Sdage relatives aux rejets de
lassainissement collectif. Cette dclinaison a t valide par la Misen. Des rgles
spcifiques adoptes par la CLE ont t inscrites dans le rglement du Sage justifies
par les particularits dpartementales. Ces rgles tablissent des niveaux de rejets
adapts aux contraintes du milieu karstique en allant si ncessaire au-del des
exigences de la rglementation nationale et de la rglementation locale du Sage HautDoubs Haute-Loue. Dans le mme temps les exigences nationales se sont accrues au
travers de la prise de larrt de prescriptions gnrales du 21 juillet 2015 relatif aux
systmes d'assainissement collectif et aux installations d'assainissement non collectif,
Le Conseil dpartemental, soutenu financirement par lAgence de lEau, se montre
galement volontaire pour amliorer le fonctionnement des systmes dpuration,
savoir la station dpuration mais galement les rseaux de collecte et les dversoirs
dorage. Le projet dopration collective port par le syndicat mixte du bassin versant
du Dessoubre en est une illustration.
Lexigence dexcellence environnementale doit conduire ce que les
dysfonctionnements deviennent exceptionnels sur lensemble des bassins versants
concerns. Il importe que les habitants du territoire comprennent pourquoi le cot de
fonctionnement et dinvestissement sera certainement accru puisquil devra, en toute
logique, tre rpercut sur le prix de leau. Le transfert des comptences eau et
assainissement aux EPCI doit tre loccasion pour toutes les collectivits concernes
de se saisir avec vigueur du sujet.
5. Prescrire pour tous les systmes dpuration un diagnostic du systme
dassainissement conforme larrt du 21 juillet 2015 (incluant donc ltat
structurel et fonctionnel du systme et dbouchant sur un programme dactions
hirarchises et chiffres). Pour action : Police de leau (DDT). Gnraliser les
oprations collectives assainissement dans le contexte de la prise de comptence
eau et assainissement par les EPCI. Pour action : Conseil dpartemental et EPCI.
Se saisir de lopportunit de la loi Notre pour engager des tudes de structuration
et dtat des lieux du patrimoine assainissement pour construire des services eau
et assainissement capables de porter lexcellence environnementale. Pour action :
EPCI.
En matire dassainissement non collectif le groupe de travail assainissement a
soulign la grande difficult pour les maires de faire respecter la rglementation. Les
maires des petites communes souhaitent tre aids dans le recensement des
installations non conformes aux normes. Ce type de proccupation est dj prsent
dans les actions du contrat de territoire et du Sage. Le Sage exige notamment une
augmentation de la frquence des contrles, la priode devant tre de cinq ans alors
que la loi impose dix ans. Le volet 3 de laction I.1 du contrat de territoire prvoit de
couvrir le territoire avec 50 % de Spanc. Il importe donc de poursuivre laction en
lamplifiant et en lassociant troitement avec une action de communication vis--vis
des propritaires afin quils comprennent bien en quoi les efforts qui leur sont
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demands, en plus de leur caractre obligatoire, prsentent un intrt fort pour la


sauvegarde et la restauration des milieux aquatiques du territoire.
6. Accrotre les objectifs du volet 3 de laction I,1 du contrat de territoire et les tendre
lensemble du territoire pour atteindre une couverture 100 % par les Spanc et
un nombre significatif de travaux de diagnostic et de mise aux normes. Pour action
Dpartement et EPCI.
2.1.1.1.2. Traitement des rejets des fromageries
Les actions du Sage C.1.2, C.4.1 et C.4.3 prvoient la mise en compatibilit des
fromageries en fonction de leur statut rglementaire : Installation classe pour la
protection de lenvironnement (ICPE) ou seulement soumise au rglement sanitaire
dpartemental (RSD), lequel est fonction du volume de leur activit. Cette mesure est
relaye par laction I.2 du contrat de territoire qui prvoit notamment le renouvellement
du systme de traitement dune fromagerie qui prsente des dysfonctionnements et la
mise jour, dans le cas de raccordement au rseau collectif, des autorisations de
dversement de huit dentre elles. Le bilan du mois doctobre 2015 constate labsence
dinformation sur cette action, ce qui nest pas normal. Il convient donc de fournir les
donnes et de prendre les mesures qui simposent dans le cas o les rsultats seraient
dcevants par rapport aux objectifs. Les fromageries soumises simple dclaration
font lobjet de la mesure C.4.3 qui prvoit une surveillance de la conformit des boues.
Au-del de ces mesures il reste du chemin pour atteindre lexcellence
environnementale, les acteurs des filires et les parties prenantes de la confrence
Loue et rivires comtoises sont invits dfinir un cahier des charges exigeant en
matire de rejet.
7. tendre toutes les fromageries les mesures C.3.1, C.3.2 et C.4.3 du Sage ainsi
que la fiche 2 du contrat de territoire et coupler cette opration avec la mise en
place d'une dclinaison dpartementales des exigences du Sdage concernant les
rejets des fromageries en milieu vulnrable. Pour action : Misen et DDSCPP.
2.1.1.2. Mesures concernant llevage
Laction I.3 du contrat de territoire prvoit laugmentation des capacits de stockage
des effluents dlevage pour les rendre conforme aux objectifs du Sage (4 6 mois de
stockage) et la mise en place de plans dpandage au sein des exploitations agricoles.
Les cibles sont datteindre 100 % diverses chances au plus tard en 2019. Par
ailleurs un arrt portant modification du rglement sanitaire dpartemental (RSD) a
t sign le 11 avril 2014. Le RSD prcise que toute exploitation agricole dlevage
existante procdant des pandages deffluents organiques devra disposer dici 2020
de capacits de stockage suffisantes pour pouvoir pandre dans de bonne conditions,
cest--dire dimensionnes, pour les effluents liquides, pour une dure allant de 4 6
mois selon la mme carte indique dans le rglement du SAGE.
Ces objectifs semblent raisonnablement ambitieux, il serait nanmoins utile de
disposer sans tarder dun bilan mi-parcours afin de sassurer du bon avancement du
projet et de mettre en place dventuelles mesures correctrices.
En collaboration avec la chambre interdpartementale dagriculture, le service agricole
de la DDT25 a lanc une enqute auprs des exploitations concernes par le stockage
des effluents. Cette enqute a pour premier objectif de dterminer le nombre
dexploitants rpondant dores et dj aux capacits de stockage demandes par le
Rapport 010053-01

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RSD dici 2020 et en parallle de dterminer le nombre dexploitations qui devront


augmenter leur capacit de stockage. Un deuxime objectif vise dterminer le
nombre dexploitations qui disposent dun plan dpandage individuel et de mieux
connatre les pratiques des exploitations en matire danalyses des effluents dlevage
ainsi que danalyses de sols. Il convient enfin de rflchir des pistes dactions afin
damliorer et valoriser ces pratiques par une fertilisation raisonne.
8. Poursuivre le bilan des mesures qui concernent le stockage des effluents
dlevage, y compris un retour dexprience sur lutilisation du guide des bonnes
pratiques pour la gestion des effluents en milieu karstique, vrifier leur efficacit
pour lpandage dans des conditions favorables lassimilation des nutriments par
les vgtaux et en tirer les consquences pratiques avec la profession. Pour
action : chambre interdpartementale dagriculture 25-90.
Deux oprations pilotes ont vu le jour dans le dpartement du Doubs : deux fruitires
comt ont sign un accord avec lagence de leau et la chambre dagriculture. Ces
oprations pilotes consistent mobiliser les adhrents autour dun projet commun
visant lamlioration ou la prservation de la qualit de leau. En parallle, les
adhrents de ces deux fruitires se sont constitus en groupement dintrt
conomique et environnemental (GIEE). Lobjectif de ces diffrentes labellisations
consiste mettre en avant la motivation des exploitants autour dun projet commun.
L'action bnficie daides publiques dans le cadre de travaux de modernisation de leur
exploitation.
Ces initiatives encore relativement limites lchelle du territoire sont de trs bons
exemples de dmarches ligibles lexcellence environnementale. Il importe donc de
les valuer de faon trs objective de faon tirer tous les enseignements pertinents
de la phase exprimentale puis de construire les bases de leur extension.
9. valuer la phase exprimentale puis poursuivre et acclrer la mise en place
doprations pilotes pour multiplier les initiatives collectives au niveau de la filire
afin damliorer la gestion des effluents dlevage. Pour action : Fruitires et
FDCL9.
Un suivi des plans dpandage collective et individuel devrait tre mis en place. Les
stations dpuration (Step) ou les fromageries disposent dun plan dpandage qui
compte les surfaces potentiellement pandables et disponibles lpandage des
boues dexploitations candidates. Or il savre que ces exploitations disposent souvent
elles-mmes dun plan dpandage individuel10
Chacun enregistre ses pratiques, les Step enregistrent les pandages de boues
quelles effectuent sur une parcelle mais elles nintgrent pas dans ces
enregistrements ce que lexploitant a rellement pandu au total en engrais organique
et minral.
Le dveloppement dun outil commun lenregistrement des pratiques de fertilisation
pour lexploitant et la Step semble pertinent et appropri une matrise de la
fertilisation de parcelles et cultures.

Fdration dpartementale des coopratives fruitires

10

Il ny a pas doutil qui permette de recouper entre les deux afin den vrifier la cohrence.

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Cet outil pourrait se prsenter sous forme de systme dinformation gographique


(SIG) avec les donnes existantes sur chaque terrain renseignant ainsi la nature du sol
prcis dans le plan dpandage et les prescriptions de chaque plan dpandage li
chaque parcelle. Il serait mis en uvre et suivi par la chambre dagriculture et diffus
aux diffrents partenaires.
De plus il serait galement intressant denvisager que les exploitants candidats
lpandage de boues bnficient dun appui technique ou dune formation la
fertilisation raisonne. Ces formations permettraient galement de les sensibiliser sur
lintrt de raliser des analyses de sols pour justement estimer leur capacit
dabsorption .
10.Coordonner la connaissance des capacits dpandage de boues de Step et
deffluents agricoles lchelle du territoire en tenant compte des caractristiques
des sols.
Cet outil de suivi des plans dpandage devrait permettre une vrification en continu
des capacits dabsorption des sols et ainsi didentifier quand ces capacits sont
susceptibles d'tre dpasses pour ainsi adapter les pratiques dexploitation. Ce suivi
pourrait tre ralis en lien avec le Comit interprofessionnel de gestion du Comt
(CIGC).
La mise en uvre dun label dexcellence environnementale devrait reposer sur trois
piliers majeurs : la qualit du produit ; la prservation des sols en tant que milieu vivant
et des terres agricoles ; le maintien de la biodiversit aquatique, terrestre et paysagre.
Le CIGC a ralis une tude sur limpact des pratiques dlevage, et notamment dune
culture extensive et dun paysage en mosaque fine avec des arbres et des haies, sur
la biodiversit au niveau de la cooprative de Vernierfontaine.
Cette exprimentation mise en uvre par le CIGC sur cette cooprative aurait vocation
tre dploye sur dautres secteurs afin de sensibiliser les exploitants et un large
public sur limpact des pratiques dlevage sur la biodiversit. Cela permettrait
galement de mettre en avant la ncessit de conserver les lments topographiques.
En effet, la conservation de ces lments du paysage est inscrite dans la Politique
agricole commune (Pac). Cependant il serait intressant que cette protection soit
renforce. Le CIGC devrait tre sollicit afin qu'il inscrive dans son cahier des charges
le maintien des haies et ripisylves et la protection de la biodiversit aquatique et
terrestre.
11.Construire avec le CIGC un label dexcellence environnementale qui tienne
compte des mesures de prservation des eaux et de la biodiversit.

2.1.2. Rduire la pollution toxique


2.1.2.1. Vers un territoire zro pesticides
2.1.2.1.1. Rduction des usages de pesticides en zone non agricole
La mesure C.3.1 du Sage consiste mettre en uvre les dispositions du plan
Ecophyto. Le nouveau plan intgre de nouvelles dispositions de la loi relative la
transition nergtique pour la croissance verte qui a avanc la date dinterdiction

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dutilisation des produits phytopharmaceutiques pour les collectivits et les particuliers


respectivement en 2017 et 2019.
La fiche 14 du contrat de territoire qui concerne les plans de dsherbage communaux
sinscrit dans la dmarche zro phyto du dpartement du Doubs. Des audits des
pratiques de dsherbage sont proposs ainsi que la dfinition des objectifs dentretien
et un classement des zones dsherber. Le territoire a dj permis de lancer la
dmarche sur 38 communes sur les 130 potentiellement concernes. Celle-ci sera
tendue 102 communes11. Cette action complte la mesure C.3.1 du Sage et devrait
permettre dacclrer la mise en uvre de la loi transition nergtique.
Une deuxime consquence de cette action pourrait tre une rvision par les
communes des principes de gestion des espaces verts dans une logique de
renforcement de la biodiversit ordinaire. Le label d'excellence environnementale qu'il
faudrait mettre en place pour les collectivits devrait tenir compte la fois de la
suppression effective de l'usage ds pesticides et des mesures alternatives de gestion
des espaces verts favorisant la biodiversit ordinaire. Le label pourrait galement tre
conu de manire encourager l'exprimentation et le partage des bonnes pratiques.
12.Mettre en place sans attendre les actions qui visent la suppression de lusage des
pesticides en zone non agricole pour les collectivits et les particuliers
conformment au plan Ecophyto2 et mettre en place un label d'excellence
environnementale ddi. Pour action : toutes collectivits territoriales.
2.1.2.1.2. Rduction de lusage des pesticides par lagriculture
Renforcement du plan Ecophyto
Les mesures prvues par le plan Ecophyto concernent la mise en place du rseau de
fermes Dephy dont le but est de mettre en commun les efforts de limitation de lusage
des pesticides par les agriculteurs volontaires, dimpliquer les exploitations des lyces
agricoles pour dmontrer lintrt des pratiques alternatives, dassurer la diffusion de
ces techniques alternatives par les chambres dagriculture et daider la conversion des
fermes lagriculture biologique. Les mesures C.3.1 et C.3.5 du Sage sappuient
intgralement sur le plan rgional Ecophyto12 avec des actions prvues schelonnant
entre 2010 et 2014.
Le bilan dress par la direction rgionale de l'agriculture et de la fort illustre
l'importance des moyens mis en uvre pour faciliter le changement de pratiques. Ce
domaine est trs complexe car il n'existe pas de solution universelle alternative
l'utilisation massive de produits phytosanitaires ; les pratiques sont adapter au cas
par cas et impliquent une mobilisation des agriculteurs mais aussi tous les acteurs
susceptibles de les former et de les guider.
En Franche-Comt 33 exploitations sont maintenant intgres au rseau de fermes
Dephy13. Pour ces exploitations a t constate de faon objective une premire
11

Lopration Toxiques sera ralise doctobre 2016 dcembre 2018 sur le territoire du SMIX Loue
et du SMMAHD, puis au del avec les volutions induites par la loi Notre (fusion des Communauts de
Commune Mont dOr 2 Lacs et Haut du Doubs) tendant le projet 102 communes

12

Ce plan est pilot par la direction rgionale de lAgriculture, de lAlimentation et de la Fort (DRAAF) de
Franche-Comt.

13

Rseau de fermes mis en place par le plan Ecophyto, ces fermes permettent d'exprimenter des
solutions de rduction de l'utilisation des pesticides.

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diminution des usages de pesticides. L'indice de frquence de traitement (IFT) a ainsi


baiss de 10 % au sein de ce rseau, sept systmes de cultures sont devenus trs
conomes avec un IFT de 1,93. De nombreuses actions de formation et d'information
des agriculteurs ont t mises en place.
Il manque encore un bilan global des effets rels du plan sur l'utilisation des pesticides
et surtout sur les impacts en termes de rduction des rejets dans les milieux
aquatiques. Il conviendra de gnraliser les pratiques les plus performantes en termes
de rduction d'usage des pesticides et de mettre en place de nouvelles actions en lien
avec Ecophyto2 lanc le 26 octobre 2015 par le ministre de lagriculture. Il est d'ailleurs
prvu la mise en place dune nouvelle version du plan en rgion Bourgogne-FranceComt en 2016.
Intgration dune limitation de lusage des pesticides dans le cahier des charges de
lAOC Comt
La mesure C.3.6 du Sage recommande aux reprsentants des professionnels de la
filire [d]engager une rflexion pour intgrer certains volets du cahier des charges de
lagriculture biologique au sein des cahiers de charges des principaux fromages AOC,
notamment concernant la limitation de lusage des pesticides . Il est donc suggr
ces reprsentants de rendre compte de ces rflexions et de proposer une intgration
effective. Lors de la troisime confrence Loue et rivires comtoises de dcembre
2014, les reprsentants de la filire comt ont prsent une communication o ils
explicitent comment leur cahier des charges prend en compte les questions
environnementales. Il faut se fliciter de voir que les pratiques dpandage, le maintien
le plus longtemps possible des vaches au pturage et la limitation du chargement font
partie des contraintes dun cahier des charges qui se veut respectueux de
lenvironnement. En revanche, force est de constater que la question du
dveloppement de lagriculture biologique au sein de la filire tait encore absente de
la rflexion cette poque.
13.tablir un bilan complet des rsultats des actions du plan Ecophyto en termes
d'impact sur les rivires comtoises et proposer un projet ambitieux de dclinaison
sur le territoire du plan Ecophyto2. Intgrer aux critres du label d'excellence
environnementale concernant le comt des exigences en matire de limitation
d'usage des pesticides en s'appuyant sur la rflexion des professionnels de lAOC
Comt et sur des critres fermes de limitation de lusage des pesticides. Pour
action DRAAF, GIGC.
2.1.2.2. Rduire les rejets des filires industrielles
2.1.2.2.1. Rduire les rejets de micro-polluants des industries et de
lartisanat
La mesure C.4.1 du Sage programme la mise en place de conventions de
dversement deaux uses pour les entreprises. Ces conventions permettent de
prserver les rseaux dassainissement des dversements de toxiques qui dune part
nuiraient au fonctionnement biologique des stations dpuration, dautre part
pollueraient le milieu aquatique.
La mesure C.7.1 du Sage, complte par les actions V.2.1 et V.2.2 du contrat de
territoire concerne les entreprises du territoire. Il sagit de recenser les substances
chimiques utilises et les conditions de leur utilisation, notamment en termes de rejets
possibles dans lenvironnement. Des mesures sont proposes et peuvent tre
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subventionnes afin dquiper les entreprises et exploitations en dispositifs de


prvention des rejets dans lenvironnement.
Aujourdhui 1 500 entreprises sur les 9 000 du territoire ont reu une enqute postale.
Un chantillon reprsentatif de 142 dentre elles ont particip une enqute
approfondie. On peut aujourdhui affirmer que les pratiques sont bien connues et que
les pistes damlioration sont identifies. Il convient donc de mettre en uvre les
mesures qui permettront chacun des acteurs de limiter le plus possible des rejets des
substances toxiques dans lenvironnement. Les syndicats mixtes, donc le futur Epage,
sont motivs pour lancer des actions collectives auprs des acteurs et pourront
bnficier dans ce cadre collectif de financements de lagence de leau.
Ces mesures ont produit des rsultats qui permettent denvisager maintenant une
gnralisation des dispositions visant limiter la pollution par les substances toxiques
issues des industries. Cela concerne notamment le recueil in situ des effluents
toxiques et leur traitement au sein des sites des entreprises. L'opration collective
Limitox en cours au sein des entreprises du val de Morteau pourrait tre prise pour
exemple et gnralise.
14.Rendre compte du bilan du recensement des pollutions industrielles et gnraliser
un programme ambitieux de rduction de ces pollutions toxiques dans la ligne du
programme Limitox en cours sur le val de Morteau.
2.1.2.2.2. Diminution des impacts des traitements du bois
Les mesures C.5.1 et C.5.2 visent mettre en uvre de bonnes pratiques de
traitement des bois, assorties dun label environnemental spcifique. Il est galement
prvu de contrler la mise en application de lobligation de contrle de la qualit des
eaux souterraines et superficielles au droit des ICPE ralisant des traitements par
trempage. Aucun bilan de cette action ne semble pour linstant disponible. Il est donc
important de l'tablir. Il serait galement conforme aux objectifs d'excellence
environnementale qu'un label soit mis en place qui distingue clairement les pratiques
les plus vertueuses qui semblent souhaites par la filire bois-fort.
En revanche la fiche V.2.2 du contrat de territoire concernant le traitement du bois
stock en fort na pas abouti. La CLE a donn un avis sur le sujet qui montre que
cette question est difficile : Emploi des pesticides en fort : un groupe de travail
rgional, anim par lAgence de lEau, merge, lEPTB en fait partie et fera le lien avec
la CLE; les difficults dencadrer cette pratique sont rappeles. Il conviendrait de
rendre compte des travaux de ce groupe de travail. Des reprsentants de la filire bois
ont cependant raffirm, lors dune runion la Draaf, que leur objectif tait de ne
jamais traiter le bois en fort. Plusieurs instruments comme les contrats
dapprovisionnement ou la gestion stricte des priodes dabattage permettent desprer
atteindre cet objectif. Lobtention dun label territorial, en plus des labels internationaux
attachs cette filire, intresse galement les professionnels. Il conviendra donc de
mettre en uvre ces rsolutions positives et de les inscrire dans le contrat de territoire
et dans la prochaine rvision du Sage.
15.tablir le bilan des mesures C.5.1 et C.5.2 du Sage concernant le traitement du
bois et mettre en place un label d'excellence environnementale spcifique. Pour
action : DRAAF et filire forestire.

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2.2. Prserver le fonctionnement des cosystmes aquatiques


Si la lutte contre les pollutions, notamment par les effluents dlevage et les rejets de
systmes dassainissement est une ncessit bien connue du grand public, la notion
dhydromorphologie et son importance pour la qualit cologique des milieux
aquatiques reste encore assez obscure. Pendant des annes, les amnageurs ont
modifi profondment des cours deau et assch les zones humides, tout cela dans le
but de protger les populations des risques lis la proximit de leau 14. Aujourdhui,
les connaissances sur le grand cycle de leau et lcologie des milieux aquatiques
montrent que lhomme doit se montrer plus modeste dans son souhait de matriser la
nature.
lvidence, mobiliser les habitants du territoire pour lexcellence cologique
commence par le partage de la connaissance sur les milieux aquatiques et la manire
de les grer avec une ambition de respect du patrimoine naturel et de prservation de
leur fonctionnement cologique. Ainsi, les actions prvues sur ce volet ne se
conoivent-elles quaccompagnes de campagnes de communication et dinformation
du public au sein du territoire.

2.2.1. Assurer le fonctionnement cologique des milieux


2.2.1.1. Agir sur lhabitat aquatique
2.2.1.1.1. Connaissance et restauration hydromorphologique des cours
deau
Les mesures A.3.1 et A.3.3 du Sage visent le recensement et la restauration des
linaires de cours deau prsentant des dgradations morphologiques ainsi que la
revgtalisation des berges. Ces mesures sont relayes par laction II.2 du contrat de
territoire. Les oprations concernes consistent restaurer certaines portions
identifies de rivires; tablir des ripisylves15 sur 3 5 km du linaire de la Loue et
mettre en dfens les berges de ruisseaux abritant des crevisses pattes blanches sur
30 km. Les matres douvrage sont les syndicats mixtes (SML et SMMAHD). Le volet
mise en dfens est construit partir dun diagnostic prtabli et semble bien
dimensionn. La restauration des cours deau est une opration lourde qui ne peut tre
mise en place quau cas par cas lorsque le diagnostic confirme sa ncessit.
En revanche les objectifs du volet ripisylve napparaissent pas assez ambitieux avec
un linaire de seulement 5 km. La plantation de ripisylve est certes onreuse 16. On sait
cependant que les bnfices sont importants en termes de protection des milieux
aquatiques et de biodiversit terrestre et aquatique, surtout si cette action sintgre
dans un ensemble large dactions de restauration du milieu. Dans le cadre dun projet
de territoire dexcellence, les propritaires riverains devraient tre mobiliss pour
participer cette action qui contribue la qualit de leur paysage autant qu celui de
tout le territoire.
Il existe des outils de gestion pour la restauration et lentretien des cours deau et leurs
abords : les plans pluriannuels de gestion. Ports par les EPCI comptents, ces outils,
14

Dans un contexte o l'assainissement tait le plus souvent inexistant ou trs sommaire.

15

La ripisylve est constitue du corridor arbor le long du cours deau. Cet espace joue un rle important
pour le pigeage du ruissellement, lapport de carbone au cours deau, lombrage du cours deau,
lhabitat et la circulation de la faune

16

20 50 par mtre

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souvent financs par lAgence de lEau, peuvent faire lobjet dune dclaration dintrt
gnral (DIG) pour permettre la ralisation de travaux cohrents tout au long du
linaire, dans le respect de la dynamique naturelle de la rivire et des enjeux identifis.
A partir, dun tat des lieux initial, les travaux (gnralement prvus sur 5 ans) peuvent
prvoir une phase de restauration et des phases dentretien, en prenant en compte
lvolution morphodynamique (lobjectif nest pas par exemple de restaurer et
consolider toutes les berges). Le contenu des travaux peut viser lentretien des berges
(dont le pitinement bovin), la plantation et la gestion de la ripisylve (y compris
labattage), la gestion des embcles et des plantes invasives, etc. Il peut galement
tre plus cibl sur la seule ripisylve par exemple. Malgr la DIG, le succs dune telle
opration passe par limplication et la concertation avec les propritaires riverains (si
les travaux lourds sont raliss par lEPCI, lintervention des propritaires est souhaite
ensuite pour lentretien courant) et leur adhsion doit permettre dviter toute
destruction ultrieure, volontaire ou involontaire, des plantations nouvelles.
La participation du propritaire riverain lentretien dun cours deau non domanial est
par ailleurs troitement associe la dtention de son droit de pche. Une tude de
faisabilit pralable est donc recommande pour sensibiliser et prparer la mise en
place dun tel outil, en dfinir le primtre, les objectifs principaux et les acteurs
associs.
Il faut noter galement la mesure A.3.2 qui est une simple recommandation de limiter
lentretien des cours deau.
La mesure C.2.5 implique une collaboration entre les communes et les agriculteurs de
manire viter la dgradation des berges des cours deau par les bovins. Cette
mesure nest assortie daucun objectif et daucun moyen ! Il est simplement mentionn
des actions ont eu lieu au sein de la commune de Frasne et du val du Drugeon. Selon
les services en charge de sa mise en uvre, les rsultats obtenus, et gard
linvestissement public, notamment en ressources humaines sont dcevants. Pour
autant, les impacts sur le colmatage des fonds sont importants.
16.Conditionner lobtention du label dexcellence la mise en place effective
doprations de prservation et dentretien des berges (plantation, prvention du
pitinement, etc) et mettre profit les plans pluriannuels de gestion pour acclrer
le processus.
2.2.1.2. Restaurer la continuit cologique
La Loue et les rivires des bassins versants comtois ont fait lobjet, dans le pass, de
nombreux amnagements qui peuvent constituer des obstacles la circulation des
poissons. Les mesures A.4.1 et A.4.2 du Sage sont des mesures de mise en
compatibilit qui sappliquent aux nouveaux ouvrages lors de linstruction de la
demande dautorisation au titre de la loi sur leau. La mesure A.4.2 vise restaurer la
population dApron de la Loue.
La mesure A.4.4 du Sage sappuie sur laction II.3 du contrat de territoire mise en
uvre par les syndicats mixtes. Ceux-ci ont identifi les obstacles les plus importants
qui ncessitent des travaux. Cette action est relativement lourde et complexe. Elle
implique galement de dpasser certaines rticences, certains barrages tant
considrs comme patrimoniaux. La gestion des ouvrages en conformit avec leur
rglement deau est aussi un moyen de limiter leurs impacts.

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Les oprations se poursuivront, le syndicat mixte de la Loue a dj identifi quelques


seuils qui constituent des obstacles la continuit cologique. Il sera important de
suivre les oprations en cours et den faire le bilan sur les plans paysager et
cologique, puis de communiquer sur ces bilans.
17.Communiquer largement sur le bilan des oprations de reconstitution de la
continuit cologique et poursuivre les actions. Pour action syndicats mixtes et
Epage.

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3. Faire adhrer lexcellence environnementale


3.1. Informer et duquer sur lexcellence environnementale
Dans le cadre dun territoire dexcellence environnementale une action pdagogique
simpose : celle de faire comprendre chacun des habitants du territoire la complexit
des deux cycles de leau. Chacun pense naturellement au petit cycle qui est celui des
usages humains de leau, mais celui-ci est dpendant du cycle naturel de leau
(illustration 3). Lexcellence environnementale consiste, pour les questions de
ressources en eau, protger le grand cycle afin, entre-autres, de continuer
bnficier du petit cycle.

Illustration 3: Les deux cycles de leau (Source :http://www.lesagencesdeleau.fr/

Quand ces notions, finalement assez simples, sont intgres, il est plus ais pour
chacun de prendre en compte limportance des enjeux et linfluence positive que
chacun peut avoir sur la qualit des milieux.
Il importe de concevoir des outils trs pdagogiques et de motiver de nombreux relais
pour diffuser linformation. Le ple de formation et de sensibilisation de lEPTB Sane
Doubs a dj engag des actions de formation sur les thmatiques lies au petit et
grand cycle de leau. Dans le cadre des outils contractuels et rglementaires, il a anim
des programmes de sensibilisation lchelle du bassin versant de la Loue (classes
deau de 2007 2011) dans le cadre du contrat de rivire Loue, et accompagn
lexposition itinrante Demain nos rivires en 2010 dans le cadre du Plan dActions
Loue. Le groupe scientifique pourrait participer, aux cots de lEPTB, la cration de
kits pdagogiques. Les enseignants pourraient tre mobiliss, dans le cadre par
exemple de projets pdagogiques sur lenvironnement et le dveloppement durable.
Des bnvoles, par exemple au sein des associations dont la vocation est la diffusion
de la culture scientifique et technique, pourraient galement organiser des runions
dans les villages pour prsenter les notions importantes et dbattre avec le public.
Certaines actions devraient tre cibls vers les jeunes dans lobjectif de changer les
comportements vis--vis de lenvironnement sur le long terme.

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18.Organiser la diffusion des informations sur les deux cycles de leau et sur
lexcellence environnementale lchelle de tous les habitants du territoire. Pour
actions Dpartement, EPTB.

3.2. Exercer une police efficace


De nombreux acteurs du territoire mettent en avant la difficult de sanctionner la
minorit qui ne respecte pas les rglementations comme un frein majeur lavance
de leurs projets. Les dcisions de poursuite et de se porter partie civile sont galement
des questions polmiques quil convient daborder sans tabou. Lorsquon rencontre les
acteurs sur le terrain, cette question revient systmatiquement. Lincivilit de quelques
uns peut ruiner les efforts de toute une communaut.
La police de lenvironnement, et en particulier celle de leau, implique diffrents
services de ltat, loffice de leau et des milieux aquatiques (Onema) et loffice national
de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS), voire la gendarmerie, coordonns par
la DDT. La caractrisation dune infraction pnale ou le constat de manquement une
rgle administrative est un travail de prcision qui va au-del de la perception dune
atteinte lenvironnement constat par un tiers. Pour des raisons que chacun
comprendra, une action en justice implique lobjectivation de faits irrfutables comme le
non-respect flagrant dune rglementation ou bien une relation causale explicite entre
les pratiques mises en cause et la dgradation de lenvironnement.
Paralllement lorganisation de contrles de police programms, ou inopins, la DDT
du Doubs a dj mis en place une procdure de remonte des signalements. Cette
procdure doit permettre de mieux identifier et de vrifier les atteintes
lenvironnement signales depuis le terrain, y compris par des particuliers, des
collectivits ou des associations. Selon les enjeux et la qualification possible des faits,
une rponse gradue est apporte avec le concours des services habilits intervenir.
Cette rponse peut aller de laccompagnement la rparation dun dommage jusqu
la rpression pnale. Larticulation des polices et les rponses pnales souhaites par
le parquet fait lobjet dune convention dpartementale quadripartite entre le prfet, le
parquet, lONCFS et lOnema. Lobjectif globalement vis est la rparation des
dommages rversibles et la pnalisation des cas les plus graves (dlits
environnementaux et rcidives), pour ne pas surcharger les tribunaux.
La tolrance zro nimplique pas forcment une vision exclusivement rpressive,
laquelle nest dailleurs pas toujours envisageable. Elle peut aussi sexprimer au travers
dautres rglementations en utilisant notamment les conditions dattribution daides
financires, ou en fixant des mesures compensatoires. En tout tat de cause, il est clair
quune intervention la plus systmatique possible est souhaite, pour ne pas alimenter
le sentiment dimpunit et conforter lengagement de ceux qui agissent pour un
territoire dexcellence.
Beaucoup dacteurs rencontrs sur le terrain expriment des positions trs critiques vis-vis de la police et de la justice environnementale. Ils sinterrogent sur le petit nombre
de cas de dgradation avre de lenvironnement faisant in fine lobjet de procdures
devant les tribunaux et a fortiori de condamnations. Ce ressenti peut aussi sexpliquer
par la baisse des moyens accords par ltat la police de lenvironnement.
Par ailleurs bien des dgradations ne sont pas dlibres, mais procdent dincidents
et de dysfonctionnements involontaires que la rpression seule ne permettra pas
dviter. Pour lensemble des polices administratives et judiciaires, un plan de contrle
spcifique rivires karstiques a t mis en place pour accrotre la pression de
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contrle sur toutes les activits susceptibles de gnrer des rejets (directs ou par
lessivage en temps de pluie) pouvant avoir un impact sur la qualit des milieux
aquatiques. Cela peut concerner aussi bien des activits en bords de rivires, que
celles sur le plateau proximit de zones dinfiltration prfrentielle comme les dolines.
Il importe donc de bien expliciter le fonctionnement de la police de lenvironnement, de
montrer le rle des acteurs de la police, du systme pnal et des parties civiles.
Il serait galement utile que des actions de mdiation, impliquant la fois les
spcialistes des questions environnementales du futur Epage, les lus concerns et
des acteurs du territoire puissent tre organises. Le principe serait dinformer, de
dialoguer et de convaincre avant de rprimer. Les actions en justice seraient ainsi plus
cibles et probablement plus efficaces ds lors quelles interviennent en dernier
recours face de la malveillance caractrise ou au refus de la mdiation.
19.Poursuivre les actions de surveillance du territoire en exerant une police de
lenvironnement adapte et en utilisant galement les autres leviers disponibles
des politiques publiques. Pour action DDT et Epage.

3.3. Grer les usages rcratifs


Les usages rcratifs des cours deau ou des milieux aquatiques en gnral sont
souvent considrs sous le seul angle des nuisances environnementales cres par la
surfrquentation ou des pratiques non respectueuses du milieu. Si lvidence il
convient dencadrer ces pratiques pour viter les impacts, il importe galement de
sappuyer sur les communauts de pratiquants de ces usages particuliers des milieux
pour diffuser les bonnes pratiques et en faire des relais de lexcellence
environnementale. Lhypothse de base est que les personnes qui frquentent les
milieux naturels pour leur loisir sont en gnral attachs ces milieux et peuvent
participer leur prservation17.
Aujourdhui la mesure du Sage F.2.1 Faciliter la pratique des activits de sports deau
vive dans de bonnes conditions rpond partiellement cet objectif, il conviendrait de
la complter par des mesures qui traitent lensemble de la question des loisirs
aquatiques de faon plus large, voire exhaustive.
titre dexemple, aujourdhui, des outils informatiques peuvent considrablement aider
les gestionnaires fournir des informations complexes et jour sur ltat des milieux
assorties de recommandations quant aux usages18. Il serait utile de mettre au point des
outils informatiques conviviaux concernant la Loue et les rivires comtoises afin que
les pratiquants et les organisateurs dactivits rcratives disposent des informations
pertinentes pour planifier des sorties sans impact.
20.Prendre une mesure globale de promotion de loisirs aquatiques respectueux de
lenvironnement et sappuyer sur les personnes concernes pour promouvoir
lexcellence environnementale.

17

Lexemple des splologues et de leur apport la connaissance du systme karstique complexe des
rivires comtoises et leur protection est cet gard trs clairant.

18

Voir par exemple loutil Donia qui permet aux plaisanciers en mditerrane de connatre avec prcision
ltat de colonisation des fonds par les posidonies sous leur bateau au moment de dcider de jeter
lancre.

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3.4. Connatre et comprendre


Ds la mise en place de la confrence, les acteurs du territoire ont tenu fonder leurs
actions sur des connaissances scientifiques solides. Un comit scientifique a t mis
en place et plusieurs projets de recherche ont t lancs. Les scientifiques ont
galement insist pour que la surveillance des milieux aquatiques soit renforce.

3.4.1. Un programme de recherches en appui


Observons que le Sage recommande de dvelopper deux actions de recherche
concernant les substances polluantes, une sur les hydrocarbures aromatiques
polycyliques et une deuxime sur les substances polluantes encore mal connues.
Au chapitre 3 du rapport de premire phase sur le diagnostic de la Loue et des rivires
comtoises, il tait propos, en phase avec le conseil scientifique du comit de bassin
Rhne-Mditerrane-Corse (RMC), de revoir la gouvernance des actions de
recherche.
Aujourdhui, lanimation des recherches est devenue possible avec le recrutement par
le ple Karst dun animateur scientifique, plac au sein de lEPTB Sane-Doubs. Cela
va permettre un suivi des projets et une liaison avec les financeurs19 et le conseil
scientifique, ce qui tait une des lacunes de la situation initiale.
Il est propos de constituer un conseil scientifique de douze membres slectionns par
le ple karst aprs appel candidatures public et avis du conseil scientifique du comit
de bassin RMC20. Ce conseil scientifique des rivires karstiques du bassin jurassien
adoptera une dontologie permettant aux experts de sabstenir de tout avis sur des
projets qui les concernent, par exemple du fait de lappartenance un mme
organisme ou une mme universit.
Les missions du conseil scientifique seront les suivantes :
laboration dappels projets de recherche en lien avec les besoins exprims
par la confrence Loue et rivires comtoises ;
classement des projets reus en rponse aux appels projet ;
valuation mi-parcours et a posteriori des travaux de recherche dvelopps
suite aux appels projets ;
avis sur des questions scientifiques poses par la confrence ou bien par autosaisine.
Il sera galement demand au conseil scientifique dvaluer les rsultats des projets
lancs antrieurement sa cration.
Le prsident du conseil scientifique sera invit rapporter sur les actions du conseil
lors des runions de la confrence.
Le rle de lanimateur scientifique du ple karst sera le suivant :
assurer le secrtariat du conseil scientifique ;
19

On notera que suite la loi Notre le Dpartement nest plus en mesure de financer des recherches.

20

Cette action implique une dcision du comit de bassin RMC de crer le CSRKBJ sous la forme
propose.

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piloter les programmes de recherche en assurant notamment le suivi des


projets ;
solliciter les financeurs potentiels pour lancer des appels projets ;
mettre en place des actions de valorisation des rsultats des recherches.
21.Mettre en place ds dbut 2017 un conseil scientifique et animer les recherches
sur les rivires karstiques du bassin jurassien. Pour action Ple karst.

3.4.2. Une surveillance renforce


Le groupe scientifique avait fortement insist sur la ncessit de sappuyer sur une
surveillance approfondie de la Loue et des rivires comtoises. Il ne sagit pas
forcment de lancer de nouvelles actions de surveillance mais de rendre
interoprables lensemble des donnes produites par les diffrents acteurs (notamment
la Dreal, lagence de leau, lOnema et le Dpartement) et de les mettre disposition
de tous.
LEPTB Sane et Doubs coordonne ce jour trois observatoires lchelle du Nord du
bassin Rhne Mditerrane : lObservatoire de lHydrologie de Franche-Comt, en
partenariat avec la DREAL Bourgogne Franche-Comt, lObservatoire du Bassin de la
Sane et lObservatoire de la mobilit de la Basse Valle du Doubs (projet en cours
dlaboration). Un quatrime observatoire est en phase dmergence, il sagit de
lObservatoire des milieux et rivires karstiques (Ple karst). Une proposition
technique, quant lorganisation, le fonctionnement, la gouvernance et le cadre
dactivits de cet observatoire est actuellement soumise aux partenaires financiers
pour assurer la continuit et lamplification des missions dores et dj engages
(amlioration des connaissances, partage des savoirs et des savoir-faire).
Il apparat important que la monte en charge soit rapide afin de constituer un
observatoire qui intgre un ensemble vaste de donnes aujourdhui disperses.
3.4.2.1. Surveiller le milieu
La mesure A.1.1 du Sage a pour objectif de complter la cartographie des zones
humides du territoire. On peut constater sur le systme dinformation gographique de
lEPTB lavancement du projet. Nanmoins il ne parat pas encore possible de voir o
sont situes les zones humides une chelle plus prcise, celle des projets. Or la
prservation de ces zones dintrt cologique majeur serait beaucoup plus efficace si
chaque matre douvrage de projet pouvait trs vite avoir connaissance des zones
humides prsentes sur le site concern afin danticiper sur les mesures dvitement et
de rduction dimpact prendre en compte ds lavant-projet sommaire.
Les mesures A.5.1, A.5.2 et A.5.3 du Sage renforcent la connaissance des milieux
aquatiques en effectuant des investigations complmentaires de celles habituellement
pratiques pour la mise en uvre de la directive cadre sur leau en matire de qualit
cologique des eaux, de connaissance de lhydromorphologie. Les premiers rsultats
ne sont pas rendus publics.

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Compte-tenu de limportance de lazote, du phosphore et des substances chimiques


toxiques dans le faisceau des causes probables de la dgradation du fonctionnement
des hydrosystmes il conviendrait dintgrer cet observatoire de telles donnes afin
den suivre de faon prcise lvolution dans le temps. Des efforts significatifs sont
consentis, et esprons-le, le seront encore lavenir sur ces questions de rejets. Une
condition importante de mobilisation des acteurs passe par le fait quils puissent vrifier
que leurs efforts ont un impact en termes damlioration du milieu.

Illustration 4: : Exemple de mise disposition de carte interactive des zones


(http ://carmen. carmencarto. fr/204/zones_humides_bvsd. map#)

humides par lEPTB Sane-Doubs

3.4.2.2. Surveiller les impacts


3.4.2.2.1. Recensement des obstacles
La mesure A.4.3 du Sage a pour objectif de complter linventaire des ouvrages
installs en travers du lit du cours deau sur le Doubs, la Loue et le Drugeon avec
lambition de le terminer fin 2015. Il est donc temps de faire connatre les rsultats de
cet inventaire et dintgrer les rsultats lobservatoire de lEPTB.
3.4.2.2.2. Mtrologie de lazote et du phosphore
La mesure A.5.4 du Sage est complte par laction VII.1 du contrat de territoire qui fait
suite aux recommandations du groupe scientifique. Ce dernier a propos que des
mesures en continu soient effectues en cinq points du bassin versant de la Loue. Le
bilan dtape doctobre 2015 prcise que les prleveurs automatiques sont en place et
quun technicien a t recrut par le syndicat mixte pour la maintenance du systme.
Le dpartement est matre douvrage de cette opration qui est assure par le Bureau
de recherches gologiques et minires (BRGM).
Les documents recueillis ne permettent pas encore de vrifier la mise en uvre
oprationnelle du systme de mesure et laccessibilit des donnes qui devrait, en
toute logique, tre centralises au niveau de lEPTB. Il est prvu de rendre publiques
les mesures du rseau de mtrologie sur la Loue, les rsultats des recherches du
BRGM lies ce rseau et de les intgrer lobservatoire de lEPTB.
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3.4.2.2.3. Contamination des eaux pluviales


La mesure C.1.5 du Sage permet de connatre le niveau de contamination des rejets
deaux pluviales des collectivits, ces donnes dautosurveillance sont dues chaque
anne au service de police de leau. Ces donnes doivent maintenant tre rendues
publiques via lobservatoire de lEPTB.
3.4.2.2.4. Surveillance des usages de pesticides
Les mesures C.3.4 et C.3.7 du Sage exploitent les donnes de ventes de pesticides
pour tablir un tableau de bord des usages agricoles et non-agricoles. Ces mesures
devaient tre mises en place ds lapprobation du Sage. Il importe donc den rendre
compte et de rendre publiques les donnes, go-rfrences et dbarrasses du
secret statistique. En toute logique ces donnes devraient tre intgres au sein de
lobservatoire de lEPTB.
22.Acclrer la monte en charge de lobservatoire du ple karst de lEPTB afin de lui
donner rapidement un rle intgrateur de lensemble des donnes pertinentes et
rendues publiques pour la connaissance des hydrosystmes, notamment :
recensement et cartographie des zones humides petite chelle ; mesures de
connaissance de ltat des milieux aquatiques prvues par le Sage ; inventaire des
ouvrages transversaux ; donnes dautosurveillance des rejets deaux pluviales
des collectivits ; quantits de pesticides utiliss en zone agricole et non-agricole.
Pour action EPTB et ple karst.

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Conclusion
L'objectif de ce rapport est de partager le concept d'excellence environnementale afin
dinciter les acteurs du territoire, dont les professionnels au sein de lensemble des
filires, lancer une srie d'actions concrtes. Il ne s'agit que de propositions qui
n'auront de ralit que quand les acteurs du territoire les auront intgres comme tant
les leurs. La volont forte ressentie, l'occasion de toutes les rencontres dans le
Doubs, rend optimiste, mais les difficults sont relles. Chaque citoyen, chaque filire
va devoir prendre ses responsabilits. Les pouvoirs publics, l'tat aussi bien que les
collectivits, sont prts accompagner les acteurs, mais ils ne se substitueront pas
eux.
Le principal levier n'est pas financier, il s'agit d'un label d'excellence environnementale
que les diffrents secteurs vont devoir dfinir et faire vivre. Ils devront tre exigeants,
avant tout avec eux-mmes, car il ne s'agit pas de se contenter du respect de
rglementations, ni de maintenir ou de restaurer un bon tat dont on sait qu'il n'est
pas celui que mritent les rivires du territoire karstique. L'excellence viendra du jeu
collectif, de l'mulation entre les acteurs, des retours d'image qu'il est permis d'esprer
et, plus long terme, des bnfices conomiques qu'il est lgitime d'attendre.
Le temps joue un rle important dans cette dynamique. La restauration des
cosystmes est peut-tre presque aussi longue que leur dgradation. Les rsultats
probants ne sont pas pour demain, et pourtant il faut agir ds aujourd'hui. C'est un
norme dfi qui s'ouvre au territoire, un dfi que les acteurs d'aujourd'hui doivent
prendre comme un engagement vis--vis des gnrations futures.

Eric Vindimian

Ingnieur gnral des ponts, des eaux


et des forts

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Annexes

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1. Lettre de mission

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2. Liste des acronymes


AOC
BRGM
CIGC
CLE
CNRS
CSRKBJ
DBO5

Misen
Notre
ONCFS
Onema

Appellation dorigine contrle


Bureau de recherches gologiques et minires
Comit interprofessionnel de gestion du Comt
Commission locale de leau
Centre national de la recherche scientifique
Conseil scientifique des rivires karstiques du bassin jurassien
Demande biochimique en oxygne mesure au bout de cinq jours dincubation
Directive cadre sur leau
Demande chimique en oxygne
Direction dpartementale de la cohsion sociale et de la protection des populations
Direction dpartementale des Territoires
Dclaration dintrt gnral
Direction rgionale de lAgriculture, de lAlimentation et de la Fort
Direction rgionale de lenvironnement, de lamnagement et du logement
tablissement public damnagement et de gestion des eaux
tablissement public de coopration intercommunale
tablissement public territorial de bassin
Fdration dpartementale des coopratives fruitires
Gestion des milieux aquatiques et prvention des inondation
Groupement interprofessionnel de gestion du Comt
Groupement Intrt conomique et Environnemental
Indice biotique gnral normalis
Installation classe pour la protection de lenvironnement
Indice de frquence de traitement
Procdure unique loi sur leau pour les installations, ouvrages, travaux
et activits
Institut de recherche en sciences et techniques de lenvironnement et de
lagriculture
Modernisation de laction publique territoriale et daffirmation des mtropoles
Mission interservices de l'eau et de la nature
Nouvelle organisation territoriale de la Rpublique
Office national de la chasse et de la faune sauvage
Office national de leau et des milieux aquatiques

Pac
PAGD
PGRE
RMC
RSD
Sage
Sate
Sdage
SIG
SML
SMMAHD
Spanc
Step
ZNA

Politique agricole commune


Plan d'amnagement et de gestion durable du Sage
Plan de gestion de la ressource en eau
Rhne-Mditerrane-Corse
Rglement sanitaire dpartemental
Schma damnagement et de gestion des eaux
Service dassistance technique dans le domaine de leau
Schma directeur damnagement et de gestion des eaux
Systme dinformation gographique
Syndicat mixte de la Loue
Syndicat mixte des milieux aquatiques du Haut-Doubs
Service public de lassainissement non collectif
Station dpuration
Zone non agricole

DCE
DCO
DDSCPP
DDT
DIG
Draaf
Dreal
Epage
EPCI
EPTB
FDCL
Gemapi
GIGC
GIEE
IBGN
ICPE
IFT
Iota
Irstea
Maptam

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http://www.developpement-durable.gouv.fr/

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