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MOLECULAIRE
DAKAR Septembre 2006
Organisation et fonctionnement
d'un laboratoire de biologie molculaire
Organisation et fonctionnement
I- Identification des diffrentes zones de manipulation p3
Dmarche qualit
I- Fiabilit p9
II- Traabilit p9
Hygine et scurit
I- Gnralits : les diffrents types de risque p11
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b) La prvention du risque physique p16
3- Risques biologiques p16
a) L'valuation du risque biologique p16
b) La prvention du risque biologique p16
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Organisation et fonctionnement
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IV- Le soin apport au matriel
Le matriel de laboratoire cote cher, prenez en soin!
Si vous remarquez un disfonctionnement du matriel ou que vous cassez quelque chose,
signalez-le. Cela permet d'engager les rparations ou de changer le matriel en question au
plus vite.
o Vrifiez que vous avez mis un cne au bout de la pipette avant de pipeter, cela vous
vitera de tremper l'embout porte cne dans le liquide pipeter (si, si c'est dj
arriv!).
o Pr-rincez le cne avant le pipetage. Cela permet une plus grande uniformit et
rptabilit de la distribution. Ce pr-rinage est ralis en aspirant avec le cne et en
redistribuant le liquide dans le rcipient d'origine. Il faut le faire chaque changement
de cne et chaque augmentation de volume.
o Lors du prlvement, n'appuyez pas le bout du cne sur le fond du tube.
o N'utilisez pas les pipettes pour prlever des acides forts (HCl, H2SO4 etc.) car les
vapeurs endommagent le piston (corrosion). Cela entrane une perte de justesse du
pipetage. Utilisez plutt des pipettes jetables.
o Nettoyez les pipettes rgulirement (extrieur et intrieur de l'embout porte-cne),
changez les joints quand cela est ncessaire, re-calibrez les ou faites les re-calibrez une
fois par an.
o Respectez les techniques de pipetage en fonction de la nature du liquide :
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Technique de pipetage direct pour les liquides peu visqueux et non moussants
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Technique de pipetage invers pour les liquides visqueux et/ou moussants
(glycrol, triton, tween 20, etc.)
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2- La balance
Comme les pipettes automatique, elle ne doit pas tre utilise en dehors des limites spcifies
par le fabricant (problme de drglement donc de justesse de la pese). Nettoyez la balance
et la paillasse autour aprs utilisation.
3- Le thermocycleur
Lors de la programmation, entrez une temprature de 10C et non de 4C en fin de
programme, cela permet d'augmenter la dure de vie de la machine. De la mme faon, il est
prfrable de ne pas dmarrer une PCR le vendredi soir, pour viter que le thermocycleur
reste en marche tout le week-end. Faites les contrler une fois par an par une socit de
maintenance.
4- La centrifugeuse
La partie la plus fragile d'une centrifugeuse est l'axe du rotor. Pour ne pas le fausser, il faut
imprativement quilibrer le rotor, c'est--dire rpartir les tubes de faon homogne de part et
d'autre de l'axe central (en partant du principe que tous les tubes ont le mme poids, sinon les
peser et les associer deux deux de mme poids de part et d'autre de l'axe de rotation).
Quelques exemples pour un rotor 24 tubes :
Dans la dernire configuration (5 tubes), il faut en ajouter un sixime de mme poids (en
rouge sur le schma).
Certaines centrifugeuses (de marque Eppendorf par exemple) possdent un couvercle qui
s'ajuste directement sur le rotor : n'oubliez pas de le mettre avant de dmarrer la
centrifugation.
Pensez galement laisser le couvercle des centrifugeuses ouvert quand elles sont teintes
pour viter la condensation et l'apparition de moisissures (surtout les centrifugeuses
rfrigres).
5- Le bain-marie
Pensez ajustez le niveau d'eau avant utilisation. Pensez couvrir la cuve pour viter
l'vaporation (surtout pour les incubations sur la nuit) car certains bains-marie n'ont pas de
systme de scurit et continuent chauffer mme sans eau. Ceci a t la cause de plusieurs
incendies dans diffrents laboratoires. Changez l'eau de la cuve quand le besoin s'en fait sentir
(eau trouble, dpts sur le fond).
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7- La table UV
Eteignez les tables UV aprs visualisation d'un gel d'agarose color au BET. Nettoyez la
surface de la table UV avec de l'eau, surtout pas avec de l'alcool !
8- La cuve d'lectrophorse
Ne laissez pas les sels s'accumuler sur les lectrodes de la cuve d'lectrophorse. Cela
provoque un mauvais ajustement du couvercle qui empche le contact de se faire, donc le
courant lectrique de passer et par consquent la migration dans le gel ne se fait pas.
Un petit nettoyage de temps en temps ne leur fait pas de mal et permet de changer le tampon
de migration (TBE). Dans le cas des cuves Mupid le tampon de migration doit tre utilis
une concentration de 0,5x (une concentration suprieure en sels entrane des dgagements de
chaleur qui endommage ce type de cuve). Ne remplissez pas les cuves Mupid au-del de la
marque interne, sinon des fuites se produisent par capillarit.
Ne coulez pas les gels avec de l'agarose trop chaud, cela dforme les moules. Un bon repre
est que vous pouvez couler les gels quand vous pouvez tenir la bouteille d'agarose chaud sans
le gant de cuisine et sans vous brler.
9- Le pHmtre
Le pHmtre doit tre talonn avant d'effectuer vos mesures. Pour ce faire, rincez
pralablement l'lectrode l'aide d'une pissette d'eau osmose puis utilisez les solutions
commercialesd'talonnage. Attention, il faut rincer l'lectrode l'eau osmose entre chaque
solution d'talonnage, ainsi qu'avant et aprs vos mesures de pH. Une fois les mesures
termines, immergez l'lectrode dans la solution de KCl 3M.
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Dmarche qualit
I- Fiabilit
La fiabilit (justesse) concerne les quipements d'exprimentation (micropipettes, balances,
thermocycleur, pHmtre etc.) qui peuvent avoir une influence sur la qualit des rsultats. La
qualit des quipements conditionne en effet la qualit du rsultat final.
Les sources d'erreurs peuvent provenir :
- du manipulateur (mauvaise utilisation de l'quipement);
- de l'quipement lui-mme (drglage).
Il est donc essentiel d'utiliser correctement le matriel (en se rfrant aux consignes du
fabriquant par exemple), de former les utilisateur et d'entretenir rgulirement l'quipement
(nettoyage, talonnage).
Quelques recommandations :
- mettez des notices explicatives (consignes d'utilisation) disposition des
utilisateurs pour chaque quipement;
- rdigez des protocoles qui seront utilis par tous (homognisation des
exprimentations);
- prvoyez des tmoins ngatifs et positifs lors des exprimentations, de faon
vrifier l'absence de contaminations par exemple. Cela vous permettra de valider
vos rsultats;
- de faon s'assurer de la justesse des quipements, des tests peuvent tre effectus
intervalles rguliers ( dfinir en fonction de l'quipement et de sa frquence
d'utilisation). Cela peut consister par exemple effectuer une pese sur une
balance l'aide d'un poids talon, ou prlever des volumes l'aide d'une
micropipette;
- faites contrler les quipements une fois par an par une socit spcialise qui se
chargera de les re-calibrer.
II- Traabilit
Le manipulateur doit assurer la traabilit des donnes qu'il produit Cela va de
l'chantillonnage sur le terrain jusqu' l'obtention des donnes molculaires, en passant par
tous les produits qu'il utilisera.
L'un des principaux outils de traabilit de l'exprimentateur est le cahier de laboratoire : il
doit y consigner toutes les manipulations ralises, avec la date, les conditions exprimentales
ainsi que les rsultats obtenus. Les exprimentations qui ne marchent pas doivent tre
galement inscrites dans le cahier de laboratoire, ainsi que les paramtres qui seront modifis
par la suite. Le cahier de laboratoire sert archiver les rsultats, ce qui permet de rapidement
les retrouver
De la mme manire, toutes les modifications apportes un protocole exprimental doit tre
crites en prenant bien soin de conserver le protocole d'origine.
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Quelques recommandations :
- remplissez votre cahier de laboratoire quotidiennement;
- tiquetez correctement et lisiblement tout ce que vous conservez en prcisant votre
nom, la date, le nom du produit ou de l'chantillon, sa concentration, sa date de
premption etc.;
- conservez vos produits ou chantillons dans un lieu adapt, en prenant soin de
noter cet emplacement dans le cahier de laboratoire;
- grez vos stocks (date d'entre de nouveau produits, quantit, date d'utilisation
etc.). Cela peut concerner aussi bien vos chantillons que les produits chimiques
ou que les dchets toxiques;
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Hygine et scurit
1- Risques chimiques
Les risques associs un produit chimique donn dpendent de sa nature et de ses proprits
physico-chimiques, des moyens de protection mis en uvre et de la dure d'exposition. C'est
sur les deux derniers critres que l'on peut jouer : c'est--dire utiliser des moyens de protection
adquats et limiter au maximum le temps d'exposition.
o les phrases de risque R (R1 R68) et les phrases de prudence S (S1 S64) :
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Parmi les produits chimiques, certains sont classs comme tant cancrognes et/ou
mutagnes et/ou toxiques pour la reproduction (CMR). Des phrases de risque R particulires
sont associes chacune des 3 catgories de produits CMR :
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o s'assurer que l'affichage des rgles de scurit et des procdures d'urgence est bien
jour et connu des manipulateurs;
o travailler dans un local convenablement ventil;
o ne pas fumer, boire, manger, se maquiller dans les lieux o l'on manipule;
o ne jamais pipeter un liquide la bouche;
o ne jamais porter ses mains ou tout autre objet (stylo par exemple) la bouche;
o ne pas vouloir identifier un produit par son odeur;
o ne pas tenter de faire des mlanges inconnus qui peuvent tre incompatibles, surtout
lors de la collecte des dchets;
o travailler avec des appareillages et des moyens de protection en bon tat;
o stocker les produits dans des rfrigrateurs/conglateurs scuriss.
Les produits chimiques doivent tre entreposs dans des locaux amnags cet effet
(ventilation, isolement, bacs de rtention).
Les dchets doivent tre collects par catgorie et entreposs dans des locaux adapts avant
d'tre enlevs par une entreprise agre.
2- Risques physiques
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b- La prvention du risque physique
La varit des risques physiques tant importante, nous ne donnerons ici qu'une liste non
exhaustive de recommandations :
o apprenez reconnatre les diffrents pictogrammes et respectez les consignes;
o respectez les rgles de stockage (ex. : produits inflammables dans armoire anti-feu et
anti-dflagrante). N'entreposez pas inutilement des matires inflammables (ex. :
carton);
o la plupart du temps, les risques correspondent des zones accs rglement. N'y
pntrez pas si vous n'avez rien y faire ou si vous n'avez pas reu une formation ou
une information spcifique (ex : radioactivit);
o utilisez les moyens de protection spcifiques mis votre disposition (casque anti-bruit,
lunettes et casque de protection, gants pour les hautes et basses tempratures, etc.);
o respectez les consignes d'utilisation des appareillages;
o ne dmontez pas des appareillages en panne (faire appel socit de maintenance et
rparation);
o ne transportez pas manuellement des objets trop lourds ou encombrants.
3- Risques biologiques
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o les quipements de protection
Ils doivent tre obligatoirement utiliss afin de limiter les risques de transmission de maladie
des animaux l'homme. Ils comprennent : la blouse, les gants, les lunettes de protection et le
masque;
o manipulation dans un local adapt, isol du reste du laboratoire
En effet, il est prfrable que les prlvements soient raliss l'extrieur du laboratoire de
biologie molculaire. Les dchets contamins doivent tre jets dans des poubelles adaptes :
botes-tirelires pour les aiguilles et objets coupants, incinrateur pour les dchets biologiques.
4- Etiquetez !
Tout chantillon, produit, rsultat de manipulation, dchet, etc., doit tre correctement
tiquet. L'tiquette permet didentifier le produit et dviter tout malentendu et toute erreur
de manipulation, surtout si le flacon contenant le produit n'est pas celui d'origine.
Informations utiles devant figurer sur l'tiquette : nom du produits, nom de la personne
l'ayant prpar, date d'ouverture ou de fabrication, condition de stockage, concentration.
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Ne jetez pas de produits chimiques dangereux dans les viers, ni d'objets contamins par ces
produits (gants, papier, tubes etc.) dans les poubelles "normales". Il existe des poubelles
spciales pour les dchets liquides ou solides : phnol, chloroforme, BET, formamide, etc.
Recommandations :
o pour ne pas vous brler, utilisez les gants pais (type gants de cuisine) pour sortir la
bouteille d'agarose bouillant du micro-onde;
o laisser refroidir l'agarose une temprature d'environ 40C (vous devez pouvoir tenir
la bouteille la main) avant de couler les gels.
2- Poste de coloration, visualisation et dcoupe des bandes d'ADN sur gel d'agarose
Risques chimiques : BET (T+ trs toxique, CMR), loading buffer (T toxique, CMR).
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Protections : blouse et sur-blouse, gants nitrile, respectez les recommandations ci-aprs.
Risques physiques : brlure de la peau et surtout des yeux aux UV, coupure avec les lames de
scalpel.
Protections : blouse et sur-blouse, gants nitrile, casque anti-UV, respectez les
recommandations ci-aprs.
Recommandations :
o utilisez des gants nitrile pour manipuler le BET car il passe travers les gants latex;
o quand vous dposez votre gel pour coloration dans le bain BET, faites attention de ne
pas clabousser la paillasse et remettez le couvercle systmatiquement sur le bain;
o ne mettez jamais les mains dans le bain pour rcuprer votre gel (mme avec les
gants), des ustensiles sont votre disposition pour le faire;
o si la coloration du gel au BET vous semble insuffisante aprs 15 20 minutes de bain,
ne touchez pas au bain mais demandez au permanent responsable de s'en occuper (voir
liste des personnes ressource p.6);
o visualisation d'un gel l'aide du systme BioPrint : il existe une scurit qui coupe les
UV quand vous ouvrez la porte si cl du panneau de contrle de l'clairage est en
position 0. Attention si cl est en position 1, les UV restent allums quand vous ouvrez
la porte, il faut alors porter un casque de protection;
o pour visualiser un gel l'aide de la table UV, baissez toujours la vitre sur la table avant
dallumer les UV et teignez-les avant de la relever. Si vous avez besoin de dcouper
votre gel, UV allums et vitre leve, vous devez imprativement porter le casque de
protection anti-UV. N'oubliez sous aucun prtexte de rabattre la vitre ou de porter le
casque anti-UV quand vous regardez ou dcoupez le gel d'agarose sur la table UV,
vous risqueriez de graves brlures aux yeux. Les gants tant souills au BET lors de la
manipulation du gel, manipulez toujours le casque par la partie extrieure pour viter
de contaminer l'intrieur (ct visage).
o En fin de manipulation, nettoyez la vitre de la plaque UV avec de l'eau uniquement
(surtout pas d'alcool !).
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