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AULA
Protenas 1 uma
introduo
Meta da aula
Introduzir o conceito de nveis
organizacionais das protenas, apresentando
o que a estrutura primria desses
compostos e sua importncia.
objetivos
8 CEDERJ
MDULO 1
NVEIS ORGANIZACIONAIS DAS PROTENAS
11
As protenas podem ser descritas considerando diferentes nveis
AULA
de organizao. Elas possuem estruturas primria, secundria, terciria
e quaternria.
Resumidamente, dizemos que:
estrutura primria: a seqncia linear dos aminocidos da protena;
estrutura secundria: a maneira como esses aminocidos se organizam
no espao. Os elementos de estrutura secundria mais comuns so as
D hlices (l-se alfa-hlices), as fitas E (l-se fitas-beta) e as voltas.
estrutura terciria: a maneira como a protena se organiza no espao
tridimensional, isto , o movimento, a organizao das D hlices, fitas
E e voltas no espao tridimensional;
estrutura quaternria: quando a protena tem mais de uma SUBUNIDADE,
isto , forma dmeros (duas subunidades associadas); trmeros (trs SUBUNIDADE
subunidades associadas); tetrmeros (quatro subunidades associadas) Subunidade de uma
protena uma
e oligmeros (mais de quatro subunidades associadas). cadeia (seqncia)
de aminocidos que
interage com outra(s)
Voc vai aprender nesta disciplina sobre cada um desses nveis cadeia(s) (seja(m)
ela(s) igual(is) ou
de organizao. Na aula de hoje, vamos aprofundar os conhecimentos diferente(s)) para
formar a estrutura
sobre a estrutura primria. da protena em nvel
quaternrio.
CEDERJ 9
Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
Formando protenas
10 CEDERJ
MDULO 1
So liberados dois Forma-se uma molcula
liberado um oxignio
11
hidrognios durante de gua: 1 oxignio da
durante a reao Forma-se a ligao
a reao carboxila +
peptdica
AULA
2 hidrognios do amino
Dipeptdeo
Aminocido 1 Aminocido 2 (unio de dois aminocidos)
Figura 11.1: A formao de uma ligao peptdica acontece pela sada de um oxignio da carboxila de um
aminocido e de dois hidrognios ao grupo amino de um segundo aminocido. Um dipeptdeo e uma molcula
de gua so os produtos desta reao.
Chamamos resduos
de aminocidos os
aminocidos que
esto formando um
peptdeo ou uma
protena. Este termo,
resduos, indica
que, nas protenas,
os aminocidos
no se apresentam
exatamente como so
quando esto livres, j
que, conforme vimos,
h perda de uma
molcula de gua a
cada ligao peptdica
que se forma.
CEDERJ 11
Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
ATIVIDADE
1
1. Caracterizando ligaes peptdicas
Parte I: A seguir, voc v duas possveis reaes qumicas. Dentre elas,
identifique, circulando a letra correspondente, aquela(s) que no (so)
ligao(es) peptdica(s). Justifique sua resposta.
a.
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b.
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MDULO 1
11
Parte II Responda: Quantas molculas de gua so perdidas na formao
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de um pentapeptdeo?
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RESPOSTA COMENTADA
Se voc marcou a opo b como aquela que representa uma ligao
peptdica, acertou! Nesta opo, h dois aminocidos que se ligam
pelo grupamento carboxila de um ao grupamento amino de outro,
com a perda de uma molcula de gua. Esta a definio de ligao
peptdica, inclusive!
Na letra a, repare na estrutura representada esquerda. No um
aminocido, pois no tem o grupamento amino na sua estrutura.
Portanto, no possvel que esteja acontecendo uma ligao
peptdica!
Na parte II, perguntamos quantas molculas de gua se perdem na
formao de um pentapeptdeo. Para calcular isso, voc poderia ter
tentado fazer um pentapeptdeo e contar o nmero de molculas de
H2O liberadas ou, simplesmente, pensar assim: na formao de um
dipeptdeo, acontece uma ligao peptdica e se forma uma molcula
de gua; de um tripeptdeo, duas ligaes e duas guas. O nmero de
molculas de gua sempre igual ao nmero de ligaes e o nmero
de ligaes sempre igual ao nmero de aminocidos menos 1! Logo,
para formar um pentepeptdeo, ocorrem quatro ligaes peptdicas.
CEDERJ 13
Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
Ponte de enxofre ou
Cistena 1 Cistena 2 ponte dissulfeto
Ou simplesmente...
ponte de enxofre
cistina
!
E a metionina?
A cistena e a metionina so os dois nicos aminocidos
que possuem enxofre em sua constituio. Na cistena,
este tomo est na extremidade do grupamento R,
disponvel para interagir com outros grupamentos
sulfeto (SH). Na metionina, embora haja enxofre, este
no ocupa a posio terminal do grupamento R, e
no pode, por causa disso, formar pontes de enxofre
com outra metionina ou cistena.
Metionina
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MDULO 1
Quer ver como estas pontes de enxofre acontecem em uma protena
11
de nosso organismo? Na Figura 11.3, voc v a seqncia primria da
AULA
insulina. A insulina um hormnio cuja principal funo participar na
regulao do nosso metabolismo energtico. Ela apresenta duas cadeias
peptdicas: a cadeia A e a cadeia B. A cadeia A apresenta 21 resduos
de aminocidos; a cadeia B apresenta 30 resduos. Estas duas cadeias se
conectam por meio de pontes dissulfeto.
Cadeia A
5 15 21
Gli He Val Glu Gln Cis Cis Ala Ser Val Cis Ser Leu Tir Gln Leu Gln Asn Tic Cis Asn
Cadeia B
5 10 15 20
Fen Val Asn Gln His Leu Cis Gli Ser His Leu Val Glu Ala Leu Tir Leu Val Cis Gli Glu
25 30
Figura 11.3: Estrutura primria da insulina, um hormnio peptdico envolvido na regulao do nosso metabolismo
energtico, especialmente no metabolismo de um acar, a glicose. A insulina um hormnio protico que possui
duas cadeias polipeptdicas A e B, que representam sua seqncia primria. Estas duas cadeias so ligadas por
pontes dissulfeto entre a cadeia A e B.
ATIVIDADE
2
2. Estabelecendo pontes dissulfeto
Est achando esquisito uma atividade no meio da seqncia do texto?
Sentiu falta das pontes dissulfeto ligando a cadeia A e B da insulina na
Figura 11.3? Estabelecer estas pontes exatamente a sua tarefa, dividida
em duas etapas:
a. identifique (circulando), na Figura 11.3, quais resduos de aminocido
da cadeia A e B poderiam formar pontes dissulfeto para unir estas duas
cadeias;
b. mostre como se forma uma ponte de enxofre entre dois resduos de
aminocidos.
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CEDERJ 15
Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
RESPOSTA COMENTADA
Fazer uma atividade a melhor maneira de fixar um conceito. Voc
aprendeu nesta seo da aula que pontes dissulfeto se formam
apenas entre resduos de cistena. Sendo assim, possveis candidatos
so:
Cadeia A
S S
5 15 21
Gli He Val Glu Gln Cis Cis Ala Ser Val Cis Ser Leu Tir Gln Leu Glu Asn Tir Cis Asn
S S
Cadeia B
S S
5 10 15 20
Fen Val Asn Gln His Leu Cis Gli Ser His Leu Val Gln Ala Leu Tir Leu Val Cis Gli Glu
25 30
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MDULO 1
enzimas chamadas proteinases). Este inibidor de proteinase III do
11
melo, por exemplo, possui apenas 30 aminocidos. O citocromo c
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humano, que participa do processo de respirao celular (que voc
vai relembrar e aprender mais a respeito na disciplina Bioqumica II)
possui 104 aminocidos. J a RNA POLIMERASE de um vrus de bactria RNA POLIMERASE
(bacterifago), chamado T7, possui 883 aminocidos. Est achando Enzima que participa
da sntese do RNA
muito? A titina humana, uma protena que ajuda a arranjar as fibras nos seres vivos.
musculares, contm 26.926 resduos de aminocidos, sendo, de fato,
uma protena gigante!
!
Obviamente, quanto maior uma protena, mais complicada a sua montagem
ou enovelamento, conforme veremos nas aulas seguintes.
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Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
Seqncia da
PROTENA Fenilalanina Leucina Treonina Alanina Valina Ac. Glutmico
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MDULO 1
O DNA um cido nuclico enorme, que contm muitos milhares de
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genes; esse milhares de genes, por sua vez, do origem a milhares de protenas
AULA
e aqui est o motivo da enorme diversidade delas. Como se no bastasse,
ainda h possibilidade de acontecerem mudanas na seqncia do DNA,
que podem acarretar graves conseqncias para um organismo... Veja
mais sobre o assunto no boxe Mutao: o que e o que causa?.
CEDERJ 19
Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
51? Entenda o porqu disso logo depois de fazer a atividade a seguir, que
fundamental para voc entender a relao entre seqncia primria e
funo de uma protena!
ATIVIDADE
3
3. Relacionando funo e seqncia primria de uma protena
O sistema olfativo um dos sensores que temos para perceber o meio
externo. O nosso sistema olfativo funciona da seguinte maneira: existem, ao
longo do epitlio da nossa cavidade nasal, clulas sensoriais que produzem
protenas capazes de interagir com molculas de cheiro presentes no ar.
Isso que faz com que a gente sinta o cheiro das coisas! Estas protenas so
chamadas de receptores de odor e as molculas de cheiro, odorantes.
Clulas sensoriais
possvel representar
os aminocidos
por dois cdigos de A interao entre um odorante e um receptor de cheiro bastante
letras. Em um deles
especfica, ou seja, cada receptor capaz de perceber com maior afinidade
so utilizadas trs
letras (exemplo: um determinado odorante. Pequenas alteraes no receptor fazem com
ARG = arginina); que ele perca esta afinidade pelo odorante. Analise as informaes a
em outro utilizada
seguir, especialmente as SEQNCIAS DE AMINOCIDOS APRESENTADAS (cada
uma letra apenas
para representar letra representa um aminocido diferente). Unindo as informaes da
cada aminocido sua anlise com o que voc acabou de ler no enunciado desta questo,
(exemplo: M = proponha uma hiptese para explicar a diferena do odorante reconhecido
metonina). Este
ltimo cdigo est pela protena receptora de cheiro apresentada no Quadro 1 e a apresentada
expresso nesta no Quadro 2.
atividade.
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MDULO 1
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AULA
1
Animal: Camundongo
Molcula: Protena receptora de cheiro I7-I206
Pedao da seqncia de aminocidos constituintes de I7-I206:
(...) NLSCTDMSTA ELTDFILAIF ILLGPLSVTG (...)
Odorante reconhecido: octanal
2
Animal: Camundongo
Molcula: Protena receptora de cheiro I7-V206
Pedao da seqncia de aminocidos constituintes de I7-V206:
(...) NLSCTDMSTA ELTDFVLAIF ILLGPLSVTG (...)
Odorante reconhecido: heptanal
RESPOSTA COMENTADA
Como voc viu no enunciado da questo, a sensao de cheiro
percebida por ns pela interao que acontece entre molculas de
cheiro presentes no ar e protenas receptoras para esses odorantes,
presentes na cavidade nasal. Pequenas modificaes na protena
receptora de odor fazem com que esta protena possa ou no
detectar um determinado cheiro. Analisando a seqncia primria
dos receptores apresentados no Quadro 1 e no 2, voc deve ter
percebido que h um resduo de aminocido diferente entre eles:
1
Pedao da seqncia de aminocidos constituintes de I7-I206:
(...) NLSCTDMSTA ELTDFILAIF ILLGPLSVTG (...)
2
Pedao da seqncia de aminocidos constituintes de I7-V206:
(...) NLSCTDMSTA ELTDFVLAIF ILLGPLSVTG (...)
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Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
MODIFICAES PS-TRADUCIONAIS
As mudanas que ocorrem nas protenas, dentro das clulas, aps sua
sntese so ditas mudanas ps-traducionais, pois traduo como se chama
o processo de sntese de uma protena a partir da seqncia do RNA.
Muitas protenas so modificadas aps sua sntese. Por exemplo,
alguns resduos podem ser removidos para produzir uma protena
madura, como o caso da insulina (Figura 11.4).
Esta protena sintetizada como um precursor com 110 resduos.
Existe um pedao da seqncia primria que chamado peptdeo-sinal,
responsvel por direcionar a insulina para as vesculas secretrias do
pncreas, de onde ela poder ser lanada na corrente sangnea e
participar da regulao do metabolismo de nosso organismo (voc vai
aprender isso em Bioqumica II). Depois de direcionar a insulina, esse
peptdeo-sinal (que possui 24 aminocidos) no tem mais funo, sendo
eliminado da seqncia. Formam-se, em seguida, as pontes dissulfeto
entre as cistenas da cadeia A e da cadeia B, como voc j viu nesta aula
na Figura 11.3. O peptdeo C (constitudo por 35 aminocidos), outro
pedao da cadeia que fica sem funo aps a ligao da cadeia A com
a B, tambm clivado (cortado); fica pronta a insulina madura, que
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MDULO 1
a que circula no nosso sangue aps uma refeio. Dos 110 resduos de
11
aminocidos do precursor (pr-pr-insulina), a forma madura da protena
AULA
conta com apenas 51 resduos.
Cadeia C Cadeia C
S S
Cadeia A COOH Cadeia A COOH H2N Cadeia A COOH
S S S S
S S S S
H2N Cadeia B H2N Cadeia B H2N Cadeia B COOH
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Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
Fonte: http://www.sxc.hu/photo/399249
24 CEDERJ
MDULO 1
11
AULA
Fonte: http://www.sxc.hu/photo/296835
Fonte: http://www.sxc.hu/photo/652536
Fonte: http://www.sxc.hu/photo/180838
CEDERJ 25
Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
Fonte: http://www.sxc.hu/photo/573781
9 16
16
Levedos
Fungo 15 Trigo
13
7
Candida 7 Girassol
14 17
Arroz
Neurospora 3 1
12 5 Plantas
1
31 33 11 Espinafre
12
Humicola
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MDULO 1
11
No caso das fotos apresentadas, poderamos dizer que, em funo do
nmero de rodas, o carro e o caminho constituiriam um grupo, ao passo
AULA
que a bicicleta e o patinete formariam outro grupo.
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Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
Tamanho
do
Organismo Genoma Interesse biolgico
(milhes
de bases)
Mycoplasma pneumoniae 0,8 Causa pneumonia
Treponema palidum 1,1 Causa sfilis
Borrelia burgdorferi 1,3 Causa doena de Lyme
Helicobacter pylori 1,7 Causa lcera gstrica
Haemophilus influenza 1,8 Causa meningite
Algumas linhagens podem
Escherichia coli 4,6
ser patognicas
Saccharomyces cerevisiae 12,1 Eucariota unicelular
Verme multicelular usado
Caenorhabditis elegans 97 em estudos de Biologia
celular
Fitopatgeno. Ataca
Xylela fastidiosa 2,7
plantaes de laranja
3 bilhes
Homo sapiens sapiens de pares Somos ns!
de bases
ATIVIDADE FINAL
Relaes de parentesco?
Imagine que voc seja orientador de um estagirio que acabou de entrar no ensino
superior e no seu grupo de pesquisa. Esse estagirio foi conversar com voc sobre um
projeto que buscar estabelecer relaes filogenticas entre espcies, baseando-se
em seqncias primrias de protenas expressas por essas espcies.
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MDULO 1
Ele lhe mostrou os seguintes grupos de seqncias:
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Grupo 1
AULA
Humano nlhglfgrkp gqapgysyta
Grupo 2
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______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
b. Imagine que seu estagirio, a partir da informao que voc deu (na letra a desta
atividade) para a escolha da protena para usar na pesquisa, tenha selecionado mais
cinco seqncias de organismos diversos para estabelecer relao evolutiva entre
as espcies. Que tipo de anlise ele deve fazer nessas seqncias para estabelecer
essas relaes? O que ele deve buscar nas seqncias, para saber qual organismo
evolutivamente mais prximo de um ou de outro?
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Bioqumica I | Protenas 1 uma introduo
RESPOSTA COMENTADA
a. Como voc viu na aula, a variao da seqncia de uma protena
ao longo do tempo (e das espcies), permite estabelecer relao
entre organismos diferentes. Embora precise haver alguma variao,
a protena tem de existir e manter sua funo em todas as espcies
a serem relacionadas, o que implica em que a variao tambm no
seja muito grande. Nas seqncias apresentadas pelo estagirio, o
primeiro grupo mostra algumas modificaes quando comparamos
os dois organismos e o segundo grupo apresenta seqncias muito
diferentes. Diante dessas duas opes, o estagirio deve escolher as
seqncias do grupo 1, cujos fragmentos apresentados diferem em
apenas 2 aminocidos.
b. Para analisar as seqncias na busca de relaes evolutivas entre
as espcies, preciso tentar encontrar o grau de identidade entre elas.
Grau de identidade uma expresso bastante utilizada pelos cientistas
dessa rea, e se refere a quanto a seqncia de uma protena idntica
de outra. Quanto maior o grau de identidade, mais prximas as
espcies so evolutivamente!
RESUMO
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MDULO 1
11
AULA
A seqncia primria de uma protena determinada pela seqncia de bases
do DNA, e responsvel pela funo da protena. Alteraes de determinados
aminocidos em uma protena (geradas por mutaes no DNA) podem acarretar
perda da funo desta, ao passo que alteraes em outros stios da protena
podem no ser nocivas; ao contrrio, so boas medidas para estabelecer relaes
filogenticas entre as espcies.
CEDERJ 31
Protenas 2 Voc sabe o
12
AULA
que estrutura secundria
de uma protena?
Meta da aula
Apresentar o que a estrutura secundria
de uma protena e seus elementos
caractersticos.
objetivos
1 as D-hlices;
2 as folhas E;
3 as voltas.
Pr-requisitos
Para fazer um bom aproveitamento desta aula, importante voc
relembrar o que so e como se formam as pontes de hidrognio, conceito
apresentado na Aula 3. Alm disso, seria interessante ter mo a Aula 8,
para que voc possa consultar as estruturas de alguns aminocidos.
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
INTRODUO Na aula passada, voc viu que as protenas tm quatro nveis organizacionais e
comeou estudando o primeiro nvel: a estrutura primria.
A estrutura primria de uma protena sua seqncia de aminocidos. Esta
seqncia primria pode ser comparada a um colar de contas esticado: cada
conta seria um aminocido e o colar, a protena.
Figura 12.1: A seqncia primria de uma protena pode ser analogicamente comparada a um
colar de contas, no qual cada conta representa um aminocido e o colar, a protena inteira.
34 CEDERJ
MDULO 1
ESTRUTURA SECUNDRIA
12
AULA
A estrutura secundria de uma protena diz respeito ao arranjo
local dos aminocidos no espao, isto , a como uma determinada
seqncia se organiza no espao.
Os elementos mais importantes da estrutura secundria so: as D-
hlices, as folhas E e as dobras (ou voltas). As D-hlices e folhas E foram
previstas por LINUS PAULING e Robert Corey, em 1951.
Veja o que so esses elementos e por que somente essas poucas
maneiras de organizao esto presentes nas protenas.
AS D-HLICES
CEDERJ 35
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
Carbono
Carbono
Hidrognio
Hidrognio
Nitrognio
Nitrognio
Oxignio
Oxignio
Grupo R
Grupo R
(a) (b)
(c)
Figura 12.2: Esquema das D-hlices. Pense em um basto imaginrio como um eixo ao redor do qual voc enrolasse
Podemos fazer uma analogia entre as D-hlices e o colar: a seqncia primria da protena (colar de contas) se
um colar de contas. Dependendo da espessura do basto, para circund-lo seriam necessrias mais ou menos contas.
enrola ao redor de um eixo imaginrio de tal forma que, para dar uma volta ao redor deste eixo, so necessrios
voc v a estrutura de uma protena do nosso plasma sangneo que possui apenas D-hlices: como elementos da
3,6 aminocidos (contas). Esta estrutura estabilizada por pontes de H (b) e interaes de Van der Waals. Em (c),
36 CEDERJ
MDULO 1
Em uma D-hlice, cada volta da espiral possui, em mdia, 3,6
12
ANGSTRM ()
resduos de aminocidos (isto , trs aminocidos e 60% de um quarto
Angstrm uma
AULA
aminocido), o que ocupa 5,4 . Isso significa que um aminocido (por unidade de medida
Quadro 12.1: Estabilizao das D-hlices por pontes de hidrognio formadas entre
o grupamento amino de um aminocido e o grupamento carboxila de outro quatro
posies frente.
NH | | | | O = C
Aminocido 1 Aminocido 5
(grupamento amino) (grupamento carboxila)
Ponte de H
Ponte de H
CEDERJ 37
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
Fonte: http://www.sxc.hu/
photo/651534
38 CEDERJ
MDULO 1
12
Relembrando caractersticas dos aminocidos
AULA
Os vinte aminocidos constituintes de protenas
Aminocidos Aminocidos Aminocidos Aminocidos
apolares aromticos polares sem carga polares carregados
Glicina
Serina Lisina (+)
Alanina
Fenilalanina Treonina Arginina (+)
Valina
Tirosina Cistena Histidina (+)
Leucina
Triptofano Asparagina Aspartato ()
Isoleucina
Glutamina Glutamato ()
ProlinaMetionina
Posio 1 2 3 4 5 6 7
Resduo serina aspartato leucina alanina valina glutamato treonina
A resposta no.
A explicao para isto que a
serina (posio 1) tenderia a formar
uma ponte de hidrognio com a valina
Fonte: http://www.sxc.hu/photo/264245
(posio 5), que o quarto aminocido
sua frente na seqncia primria. At a, tudo bem! Entretanto, o cido
asprtico (posio 2), que um resduo que em pH neutro se encontra
carregado negativamente, deveria formar uma ponte de hidrognio com
o cido glutmico (posio 6), quatro posies sua frente, tambm
carregado negativamente. Ser que este encontro seria favorecido?
Voc aprendeu que cargas de mesmo sinal tendem a se repelir.
Logo, o cido asprtico (negativo) no capaz de interagir com o cido
glutmico (tambm negativo), desestabilizando a hlice, fazendo com
que ela se desmonte.
E se pensarmos nesta mesma seqncia sendo que, no lugar de
termos um cido glutmico (posio 6), tivermos uma lisina ou arginina,
CEDERJ 39
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
Posio 1 2 3 4 5 6
Resduo ...isoleucina serina alanina treonina leucina lisina
40 CEDERJ
MDULO 1
Somente as estruturas conhecidas como voltas permitem que as glicinas
12
se movimentem mais livremente, e a que podemos encontrar uma
AULA
concentrao grande deste aminocido.
ATIVIDADE
1 2
1. Caracterizando D-hlices
Considere os quatro tpicos que voc leu no pargrafo anterior sobre
fatores que facilitam ou dificultam a formao de D-hlices. A partir deles,
analise a seqncia a seguir:
leucina-histidina-valina-fenilalanina-alanina
Agora, responda: esta seqncia pode formar uma D-hlice? Por qu?
Justifique com base nos quatro itens discriminados no boxe de ateno
antes desta atividade e consulte o boxe Relembrando caractersticas dos
aminocidos.
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_______________________________________________________________
_______________________________________________________________
_______________________________________________________________
_______________________________________________________________
RESPOSTA COMENTADA
Se voc concluiu que a seqncia apresentada uma boa formadora
de D-hlice, acertou! Voc provavelmente deve ter justificado essa
resposta assim:
1. No h cargas de mesmo sinal se repelindo nesta seqncia.
2. No h dois aminocidos volumosos prximos para desestabilizar
a hlice.
3. Leucina e fenilalanina vo formar interao hidrofbica que
fortalece a hlice.
4. No h prolinas e glicinas na cadeia.
CEDERJ 41
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
AS FITAS E
(a)
Folha E
Fita E
(b)
Fita E
42 CEDERJ
MDULO 1
As fitas E, assim como a folha E, so estabilizadas por pontes de H,
12
que proporcionam a esta estrutura bastante estabilidade e um certo grau
de rigidez. O padro de formao de pontes de hidrognio das folhas E
AULA
completamente diferente do padro observado nas D-hlices.
Para que se forme uma folha E, necessrio que se estabeleam
contatos entre as fitas E, ou seja, as pontes de hidrognio fazem com que
duas fitas E formem uma folha E. Como ficam os grupamentos R dos
aminocidos nas folhas E? Eles ficam voltados para cima ou para baixo
do plano em que corre a folha E, conforme voc pode ver na Figura 12.3.
Esta maneira de se posicionar permite que grupamentos volumosos no
interfiram com a organizao das folhas E.
Existem dois tipos de fitas E: as paralelas e as antiparalelas (Figura
12.4). Toda vez que uma protena se dobrar de forma que a extremidade
carboxila esteja orientada no mesmo sentido da extremidade amino,
teremos uma fita E paralela; quando amino-terminal e carboxi-terminal
estiverem em sentidos opostos (seguindo-se o fio da protena),
estaremos diante de uma fita E antiparalela.
(a)
N C
(b) (c)
N C N
alinharem, possvel que se forme uma fita E (setas em b e c). Se a fita se formar
das propriedades qumicas dos seus aminocidos. Se duas partes da seqncia se
CEDERJ 43
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
Hlice
Volta
(a) (b)
44 CEDERJ
MDULO 1
Quadro 12.2: Probabilidade de um dado aminocido ser encontrado nos dois
12
principais tipos de estrutura secundria. Quanto maior a barra cinza, maior a
probabilidade de acharmos o resduo formando as estruturas
AULA
D-Hlice Fita E
Glu
Met
Ala
Leu
Lis
Fen
Gln
Trp
Ile
Val
Asp
His
Arg
Tre
Ser
Cis
Asn
Tir
Pro
Gli
P P
CEDERJ 45
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
ATIVIDADE
2
2. Caracterizando folhas E
Voc aprendeu que as fitas E so formadas pela ligao entre dois trechos
distantes da seqncia da protena.
A seguir, voc ver dois pequenos trechos de uma protena que, aps
esta comear a assumir uma conformao tridimensional, ficaram lado
a lado.
Trecho 1
Trecho 2
Perguntas:
a. Qual desses dois trechos no forma uma fita E? Justifique sua resposta.
_______________________________________________________________
_______________________________________________________________
_______________________________________________________________
_______________________________________________________________
b. Que tipo de ligao necessrio que acontea para que se forme uma
fita (ou folha) E?
_______________________________________________________________
_______________________________________________________________
46 CEDERJ
MDULO 1
12
RESPOSTA COMENTADA
AULA
Se voc consultou o Quadro 12.1, viu que somente o trecho 1
que pode constituir uma fita E. Isso porque, nele, esto presentes
aminocidos com alta probabilidade de participar deste tipo de
estrutura. O trecho 2 constitudo por aminocidos que tm baixa
propenso para assumir conformao de fita E. Os aminocidos
do trecho 1, pareados como mostrado no enunciado da questo,
formaro uma fita pelo estabelecimento de pontes de H, que deve
ter sido sua resposta para a letra b. S para complementar, essas
pontes so formadas entre o oxignio do grupamento carboxila de
um aminocido com o hidrognio do grupamento amino de outro
aminocido, localizado paralelamente ao primeiro.
Quanto orientao das fitas (letra c), devemos levar em conta as
posies do C-terminal e do N-terminal da protena em questo.
Como N-terminal e C-terminal do trecho 1 esto em sentidos opostos
(se seguirmos o fio seqncia primria da protena), esta fita
E antiparalela.
AS VOLTAS
Figura 12.6: As voltas E, formadas por quatro aminocidos. Na figura, cada esfera
preta representa o carbono a de um aminocido. O grupamento amino do primeiro
se liga, por ponte de hidrognio, ao grupamento carboxila do ltimo (N | | | | O),
formando a volta.
CEDERJ 47
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
ATIVIDADE FINAL
1 2 3
Estrutura secundria de uma protena
1 leucina-histidina-valina-fenilalanina-alanina-
6 -prolina-glicina-alanina-prolina-valina-
11 -treonina-tirosina-arginina-prolina-glicina-
16 -serina-glicina-valina-fenilalanina-treonina-
21 -tritopfano
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
48 CEDERJ
MDULO 1
b. Identifique a regio na qual esta protena assumir uma conformao D-hlice.
12
______________________________________________________________________________
AULA
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
RESPOSTA COMENTADA
Esta atividade oferece um grau de dificuldade maior do que as outras
por ser mais integradora e abordar todos os elementos que constituem
a estrutura secundria de uma protena. Alm disso, ela mostra uma
seqncia partida em cinco linhas para voc visualizar por inteiro e
identificar regies de volta, hlice e fita E. , no era simples, mas,
certamente, muito valiosa para a sua aprendizagem!
Pedimos que voc identificasse as possveis voltas E primeiro pois
elas eram as mais fceis. Voc aprendeu na aula que as voltas E so
formadas entre quatro aminocidos, especialmente glicinas e prolinas.
A primeira volta formada pelos aminocidos 6, 7, 8 e 9; a segunda,
entre os resduos 14, 15, 16 e 17. Estes dois grupos de aminocidos
so majoritariamente constitudos por glicinas e prolinas.
Em seguida, voc deve ter identificado a D-hlice, constituda pelos
primeiros cinco aminocidos. Entre eles no h cargas contrrias se
repelindo, aminocidos volumosas em conflito, glicinas e prolinas, boas
condies para a formao da D-hlice.
Com a formao da segunda volta (entre os resduos 14-17), os
aminocidos valina-treonina-tirosina-arginina (10-13) e valina-
fenilalanina-treonina-tritopfano (18-21) se aproximam. Estes
aminocidos tm grande propenso a formar fita E quando se
encontram pareados, como o caso. Assim, estes resduos se associam
por pontes de H e formam uma fita E.
CEDERJ 49
Bioqumica I | Protenas 2 Voc sabe o que estrutura secundria de uma protena?
RESUMO
Voc aprendeu hoje, isoladamente, como uma protena pode comear a se organizar
no espao. Na prxima aula, voc ver como estas conformaes (D-hlices, folhas
E e voltas) fazem uma protena se arrumar no espao, imaginando todos esses
elementos ao mesmo tempo em uma cadeia polipeptdica. At l!
50 CEDERJ
13
AULA
Protenas 3 Agora, sim:
as protenas no espao!
Metas da aula
Apresentar as estruturas terciria e
quaternria de protenas, as foras que
mantm essas estruturas e as tcnicas
utilizadas para desvend-las.
objetivos
1
relacionar as interaes moleculares e a
manuteno das estruturas terciria e quaternria;
2
identificar tcnicas para determinao da estrutura
terciria de uma protena;
3
diferenciar estrutura terciria e quaternria
de protenas;
Pr-requisitos
Para acompanhar esta aula, voc precisa ter em mente o que
so as D-hlices, as folhas E e as voltas, temas abordados
na aula passada, sobre estrutura secundria das protenas.
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
INTRODUO Os cientistas estimam que o homem sintetize cerca de 100 mil protenas
diferentes em seu organismo. Estas molculas, como voc j sabe, so
responsveis por funes vitais do nosso corpo, como gerao de energia,
contrao muscular (incluindo o msculo cardaco), entre outras.
Algumas doenas so causadas por disfunes de determinadas protenas,
quer seja excesso, falta ou mau funcionamento. Um exemplo o mal de
Alzheimer, causado pelo acmulo de uma protena especfica (protena
E-amilide) no crebro.
52 CEDERJ
MDULO 1
A ESTRUTURA TERCIRIA DE UMA PROTENA
13
O arranjo tridimensional das D-hlices, folhas E e voltas no espao
AULA
conhecido como estrutura terciria da protena (Figura 13.2). Para
melhor entendermos isto, imagine um cadaro de sapato. Esticado, ele
equivale seqncia primria; quando voc faz a primeira dobra para
comear o lao, equivaleria estrutura secundria. Para amarrar o seu
sapato, preciso que o seu cadaro se dobre sobre si mesmo mais de
uma vez, at formar o lao. mais ou menos isto o que acontece com as
protenas. Os elementos de estrutura secundria (hlices, fitas e voltas)
vo se dobrando e se organizando no espao at que a protena atinge
sua conformao final. ento que ela assume sua funo, a qual pode
ser, por exemplo:
a defesa do organismo, como o caso dos anticorpos;
a regulao da expresso gnica, ativando ou reprimindo genes de
determinadas protenas;
a catlise (acelerao) de uma reao funo das enzimas;
o capsdeo (cobertura) de uma partcula viral, como o caso de
algumas protenas estruturais.
Estrutura primria
Aminocidos
Fita E D-hlice
Estrutura secundria
Estrutura terciria
Representao da fita E
Representao de D-hlice
CEDERJ 53
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
Cadeia polipeptdica
Ponte de
hidrognio
Ponte dissulfeto
Fita E
D-hlice
Interaes inicas
Figura 13.3: Foras que mantm a estrutura terciria de uma protena. As D-hlices
e as fitas E de uma protena se organizam em um arranjo espacial mantido por
diversas interaes, como voc pode ver na figura.
Estas interaes so as responsveis pela manuteno da estrutura terciria de
uma protena.
54 CEDERJ
MDULO 1
Adio de agente redutor H
13
AULA
Cistena S S cistena Cistena SH e HS cistena
Ponte intacta Ponte quebrada
(cistina)
ATIVIDADE
( 1 ) Estrutura primria
( 2 ) Estrutura secundria
( 3 ) Estrutura terciria
RESPOSTA COMENTADA
A estrutura primria de uma protena mantida por ligaes
peptdicas entre os resduos de aminocidos.
A estrutura secundria acontece por se formarem pontes de H
entre o oxignio da carboxila de um aminocido e o hidrognio do
grupamento amino de outro e por interaes apolares.
A estrutura terciria, por sua vez, mantida por pontes de hidrognio,
interaes apolares, interaes inicas e pontes dissulfeto entre as
CEDERJ 55
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
56 CEDERJ
MDULO 1
COMO DESCOBRIR A ESTRUTURA DE UMA PROTENA?
13
Cada protena apresenta uma estrutura terciria que lhe
AULA
caracterstica. Todas as MIOGLOBINAS da espcie humana, por exemplo,
apresentam a mesma estrutura terciria.
MIOGLOBINAS
So protenas presentes
nas clulas musculares,
capazes de transportar/
armazenar oxignio
unicamente para as
clulas nas quais residem.
As mioglobinas so
capazes de desempenhar
esta funo porque,
associada sua estrutura,
h uma molcula capaz Molcula capaz de
de se ligar ao oxignio, se ligar ao oxignio
a mesma molcula e mant-lo associado
que encontramos protena
na hemoglobina,
possibilitando o
transporte desse gs no Mioglobina, com muitas
nosso sangue. D-hlices e uma estrutura
bastante irregular
CEDERJ 57
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
CRISTALOGRAFIA DE RAIOS X
O cristal a que nos Existem diversas tcnicas para se obterem cristais de protenas, e o
referimos assemelha-se conjunto delas chamado cristalografia. Em geral, necessrio ter a protena
visualmente quele
presente no acar a ser analisada em estado altamente puro e em alta concentrao.
cristalizado (tambm
conhecido como acar Alm disso, utilizam-se agentes qumicos, como, por exemplo, o
cristal ou acar de
polietileno glicol. Um agente como este faz com que a protena se dissocie
confeiteiro). uma
estrutura formada de molculas de gua que porventura estejam ao seu redor, facilitando
pela arrumao no
espao de maneira a formao do cristal.
organizada dos tomos
da substncia que o
Assim, no cristal, a quantidade de gua reduzida e as molculas
compe. esto perfeitamente ordenadas. Isso importante para se obter um padro
de difrao (espalhamento) de raios X, e voc j vai entender o porqu.
Uma vez obtido o cristal, incide-se sobre ele radiao (raios) do
tipo X. Os tomos da protena (no cristal) recebem esta radiao, que se
espalha produzindo o que se chama de padro de difrao de raios X.
Fazer a cristalografia de uma protena fundamental para se obter
um padro de difrao homogneo. Ou seja, ter um cristal faz com que,
independentemente de em que lado da sua amostra voc v incidir os
raios X, o padro de difrao que voc vai ver ser sempre o mesmo.
Cada protena possui um padro de difrao prprio. como se
cada combinao de tomos possusse uma impresso digital prpria,
cuja anlise permite que se conheam os detalhes daquela molcula. Com
a ajuda de computadores e programas especficos, estas impresses
digitais so decifradas, chegando-se estrutura final da protena. Veja,
na Figura 13.4, a estrutura j conhecida de algumas protenas:
58 CEDERJ
MDULO 1
13
AULA
Pepsina
Citocromo c
Lisozima Albumina
CEDERJ 59
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
60 CEDERJ
MDULO 1
13
O Brasil e a tecnologia de ponta
Em Campinas (SP) est situado o melhor centro da Amrica Latina para
AULA
elucidao da estrutura de protenas: o Laboratrio Nacional de Luz
Sncrotron (LNLS). Ele entrou em funcionamento em 1997, e possui todos
os equipamentos necessrios elucidao da estrutura de protenas, por
diversas tcnicas. L, possvel cristalizar uma protena e fazer a difrao
de raios X e/ ou analis-la por Ressonncia Magntica Nuclear.
At agora, diversas estruturas j foram elucidadas, incluindo a hexoquinase,
uma enzima que participa da primeira etapa para a utilizao do acar
glicose como fonte de energia.
Quer saber mais sobre este centro to importante? Visite www.lnls.br e
navegue vontade. L voc encontra, em linguagem bastante acessvel,
vrias informaes sobre o funcionamento deste importante plo
tecnolgico!
ATIVIDADE
2
2. Como descobrir a estrutura de uma protena?
Em toda reunio cientfica (congresso), h um espao para que os
pesquisadores que ali esto apresentem os trabalhos que esto
desenvolvendo, quer oralmente, quer em um painel (pster).
Dois pesquisadores, um dos Estados Unidos e outro da Frana, se
encontraram em um congresso internacional e descobriram que haviam
desvendado a estrutura da mesma protena. Para que nenhum dos dois
perdesse os dados que geraram, eles decidiram publicar o trabalho juntos,
somando os dados que tinham obtido. Por sorte, um deles tinha feito
experimentos de Ressonncia Magntica Nuclear e o outro, cristalografia
de raios X.
A seguir, voc encontra uma tabela que lista os procedimentos que John
Grey (o americano) e Louis Iliet (o francs) seguiram:
CEDERJ 61
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
Analisando as duas colunas da tabela, qual mtodo foi utilizado por que
pesquisador? Justifique sua resposta mencionando as etapas (1 a 8) que
lhe permitiram chegar a esta concluso.
________________________________________________________________
________________________________________________________________
________________________________________________________________
________________________________________________________________
________________________________________________________________
RESPOSTA COMENTADA
Os dois primeiros passos foram seguidos pelos dois pesquisadores. No
passo 3, John Grey comea a trabalhar para retirar gua associada s
molculas de sua protena de estudo, o que revela que ele optou por
estudar a estrutura desta por cristalografia de raios X. Para confeccionar
um cristal, necessrio ter a protena em alta concentrao e fora de
soluo (isto , sem estar associada gua). Isso se faz mantendo a
amostra em baixa temperatura sem qualquer movimento para que
as molculas possam se organizar na forma de um cristal. Obtido o
cristal, o passo seguinte exp-lo a raios X para observar o padro de
difrao que o cristal originar. A anlise deste padro que revela a
estrutura da protena.
Louis, por sua vez, elucidou a estrutura de sua protena por RMN. Ele
obteve uma amostra bastante concentrada, que foi mantida em soluo,
caracterstica da tcnica. Esta amostra foi exposta ao campo magntico,
aos pulsos de radiofreqncia, sendo excitada e retornando ao seu
estado normal em seguida. O perfil dos pulsos emitidos pela amostra
ao retornar ao estado inicial (no excitado) foi analisado por Louis que,
assim, tambm obteve a estrutura da protena!
62 CEDERJ
MDULO 1
Existem protenas que no concentram em uma nica seqncia
13
de aminocidos tudo o que precisam para exercer sua funo. s vezes,
AULA
necessrio que haja aquela mesma seqncia duplicada, ou mesmo que
haja uma outra seqncia que, organizada espacialmente, se associe
primeira. Neste contexto, cada seqncia desta protena que ser
montada chamada de subunidade.
Uma protena apresenta nvel de organizao quaternrio quando
possui mais de uma subunidade. Se a protena tiver duas subunidades,
chamada dmero; se trs, trmero; se quatro, tetrmero; cinco, pentmero,
e assim por diante. Quando usamos o termo oligmero, queremos dizer
que a protena tem vrias subunidades.
Mas, antes de seguir, pense um minutinho: voc acha que todas
as protenas alcanam o nvel de organizao quaternrio?
A verdade que no. Muitas protenas se apresentam na forma
monomrica, isto , com apenas uma subunidade. A mioglobina, que
usamos como exemplo no incio desta aula, uma protena monomrica.
J a hemoglobina, protena responsvel pelo transporte do oxignio no
sangue (funo bastante similar da mioglobina, mas em outro tecido),
possui quatro subunidades:
Mioglobina Hemoglobina
(formada por apenas (formada por apenas
uma subunidade) quatro subunidades)
Subunidade E Subunidade E
Subunidade D Subunidade D
CEDERJ 63
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
64 CEDERJ
MDULO 1
ATIVIDADE
13
3
AULA
3. Como explicar?
O pesquisador Joo Souza, aps diversos procedimentos, obteve uma
amostra pura da protena de seu interesse de estudo, a XYZ. Ao verificar a
seqncia da protena pura, deparou-se com duas seqncias diferentes.
Joo se esforou mais na purificao, acreditando que poderia ter alguma
outra protena contaminando sua amostra, mas todos os resultados davam
sempre os mesmos: duas seqncias diferentes na amostra.
Em um congresso, Joo teve a oportunidade de conversar com um grande
especialista da rea, que j havia, alguns anos antes, trabalhado com a
protena XYZ. Este especialista disse a Joo que ele no tinha com o que
se preocupar, pois sua amostra continha apenas a protena XYZ, mesmo.
Joo, obviamente, ficou intrigado e, na mesma hora, perguntou: Por que
h duas seqncias, ento?
Que explicao voc daria a Joo no lugar do especialista, levando em
considerao os dois nveis de organizao das protenas que aprendeu
nesta aula?
________________________________________________________________
________________________________________________________________
________________________________________________________________
________________________________________________________________
RESPOSTA COMENTADA
Joo se empenhou em obter uma amostra pura de sua protena,
mas sempre a conseguia com duas seqncias diferentes. Um
especialista garantiu a ele que a segunda seqncia no se referia a
uma contaminao. A explicao para isso? Joo est diante de uma
protena que possui estrutura quaternria, e no terciria apenas. Se
a protena XYZ apresentasse estrutura terciria, Joo certamente teria
em mos uma amostra com contaminao por outra protena. Como
o especialista garantiu que no h nenhuma protena alm da XYZ
na amostra de Joo, ele s pode estar diante de uma protena com
estrutura quaternria e, mais ainda, com pelo menos duas subunidades,
as quais apresentam seqncias diferentes (o que nem sempre
acontece em protenas com estrutura quaternria).
No caso especfico da protena XYZ e com as informaes que tivemos,
no podemos saber quantas subunidades a protena tem de fato (se
dmero, trmero etc.). O que podemos garantir que ela possui, no
mnimo, duas subunidades, e que elas so distintas.
CEDERJ 65
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
CONCLUSO
66 CEDERJ
MDULO 1
ATIVIDADE FINAL
13
4
AULA
Um estranho (bastante til) no ninho...
Ela est presente em diversas partes do corpo, por fazer parte da constituio das
mucosas (membranas que recobrem as paredes internas de algumas cavidades do
nosso corpo). Uma dessas mucosas a do estmago.
_____________________________________________________________________________
_____________________________________________________________________________
_____________________________________________________________________________
_____________________________________________________________________________
_____________________________________________________________________________
RESPOSTA COMENTADA
O suco gstrico (secreo que liberada na cavidade estomacal por
estmulo alimentar) rico em cido clordrico (HCl) e uma protease, a
pepsina. O cido tem duas funes: exterminar microorganismos que
venham junto com a alimentao e desfazer a estrutura das protenas
que chegam no estmago (voc aprender mais sobre esse processo
daqui a algumas aulas). A pepsina capaz de quebrar outras protenas
em peptdeos menores, que sero quebrados em aminocidos mais
adiante no processo de digesto.
Um risco de se ter cido e protease em uma cavidade dentro do corpo
o de que esses dois componentes podem destruir as clulas que
compem o tecido da parede da prpria cavidade. Qual a estratgia
para evitar isso? Recobrir a cavidade com algo que no possa ser
destrudo por essas substncias e aqui entram as mucinas!
As mucinas podem defender o tecido da digesto pela pepsina e
da acidez do HCl por causa da sua estrutura, que tem uma grande
quantidade de carboidratos associada parte protica. Esses
carboidratos (acares) so os grupamentos prostticos da mucina e,
sem eles, ela no poderia desempenhar sua funo.
CEDERJ 67
Bioqumica I | Protenas 3 Agora, sim: as protenas no espao!
RESUMO
68 CEDERJ
Protenas 4 Como as
protenas adquirem as
14
AULA
suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
Meta da aula
Apresentar como acontece o enovelamento
protico e as protenas que auxiliam este
processo.
objetivos
Pr-requisitos
Para acompanhar esta aula, fundamental ter claro o conceito de
estrutura terciria de uma protena, que vimos na Aula 13. Alm disso,
interessante que voc reveja, caso no se lembre, o que mutao
(Aula 11) e por que as molculas na natureza assumem a estrutura de
menor energia (Aula 12).
Bioqumica I | Protenas 4 Como as protenas adquirem as suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
E na clula, como acontece? Ser que existe uma mo, algum elemento
que auxilie este processo, ou ser que as protenas se enovelam sozinhas?
Caso exista, ou quando for necessrio, quem desempenha a funo da mo
que ajuda as protenas a se enovelarem?
sobre como as protenas adquirem as suas estruturas que voc aprender
na aula de hoje!
70 CEDERJ
MDULO 1
ENOVELAMENTO PROTICO: O EXPERIMENTO DE
14
ANFINSEN
AULA
Hoje vamos propor uma estratgia diferente para voc aprender
sobre enovelamento protico. Voc ir, passo a passo, redescobrindo este
processo, seguindo os procedimentos experimentais que fez Christian
Anfinsen (veja o boxe sobre ele mais adiante) para entender como as
protenas se enovelam dentro de uma clula. Isso ser como uma grande
atividade. Daremos os passos e, ao final, voc ter que chegar a uma
concluso. Vamos l?!
Primeiras informaes
CEDERJ 71
Bioqumica I | Protenas 4 Como as protenas adquirem as suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
URIA E E-
MERCAPTOETANOL
1 passo do experimento
So agentes
desnaturantes, ou seja,
capazes de perturbar
Para comear a estudar a ribonuclease, Anfinsen usou dois agentes
o estado nativo das que perturbam drasticamente a estrutura dessas molculas: a URIA eo
E-MERCAPTOETANOL.
protenas. Os agentes
desnaturantes podem
ser de natureza
qumica (pHs Ao fazer isso, ele desenovelou a ribonuclease, deixando-a em um
cidos ou bsicos estado muito parecido com aquele no qual ela se encontrava quando
extremos, uria ou
-mercaptoetanol), ou saiu do ribossoma, aps sua sntese dentro da clula, ou seja, o ESTADO
fsica (temperatura
ou presso). No DESENOVELADO ainda sem estrutura e funo (Figura 14.2). Neste estado, as
se sabe muito bem
protenas no so capazes de exercer suas funes. Ou seja, desenovelada,
como a uria atua.
Especula-se que ela a ribonuclease no capaz de quebrar molculas de RNA!
possa aumentar a
solubilidade em gua
SH
de alguns trechos 65
Emercaptoetanol
da protena. J o Adio de uria e HS
72
-mercaptoetanol 72 HS
40
58
funciona reduzindo 58 65 SH SH
as pontes dissulfeto e, 26
110 84 HS 84
portanto, separando 95
26 95
HS
os resduos de cistena 40
HS
110
que se ligaram desta
maneira. Ribonuclease Ribonuclease
nativa (N) ativa desnovelada (D)
inativa
ESTADO
Figura 14.2: Desnaturao de uma protena. A ribonuclease,
DESENOVELADO OU
72 CEDERJ
MDULO 1
Na dilise, a protena colocada dentro de um saco de dilise, que
14
possui poros muito pequenos. Este colocado dentro de um compartimento
AULA
com bastante lquido (um tampo, para que no haja variaes de pH no
meio), que entra e sai do saco de dilise livremente.
Isto faz com que a protena seja lavada e que os agentes pertur-
badores sejam DILUDOS por todo o lquido do compartimento onde est DILUIO
o saco de dilise (incluindo o interior do saco). J fez suco de caju
alguma vez? Quando
Pense um pouco: por que ser que as protenas no saem do saco voc faz essa ao
de dilise e os agentes perturbadores de estrutura saem? to corriqueira nem
se d conta de que
____________________________________________________________ est fazendo uma
diluio: na garrafa,
____________________________________________________________ o suco de caju est
concentrado; quando
Os poros do saco de dilise so muito pequenos e conseguem reter dentro
voc coloca gua, est
dele a protena; no entanto, os agentes perturbadores so molculas muito efetuando a diluio
da polpa concentrada.
menores do que a ribonuclease. Isso faz com que, na lavagem, somente Diluio, portanto,
a uria e o E-mercaptoetanol passem para fora do saco.
a ao de diminuir
a concentrao de
Aps vrias horas de lavagem e vrias trocas de tampo, a uria e alguma coisa, quer de
Saquinho de dilise
Ribonuclease
desnaturada
E-mercaptoetanol
Uria
Figura 14.3: Dialisando uma protena. A ribonuclease foi colocada em um saco de dilise que, em seguida, foi
colocado em um recipiente contendo tampo. Os poros do saco de dilise so de tal tamanho que permitem
a sada dos agentes perturbadores, mas no da protena. Depois de muitas horas, os agentes perturbadores
passaram para o tampo, e a protena ficou sozinha no saco de dilise.
CEDERJ 73
Bioqumica I | Protenas 4 Como as protenas adquirem as suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
3 passo do experimento
ATIVIDADE
1
1. Tirando concluses a partir de dados experimentais
At agora, voc viu com detalhes os trs passos principais do experimento
realizado por um importante pesquisador da rea do enovelamento
protico. Veja um resumo, s para recapitular:
________________________________________________________________
________________________________________________________________
________________________________________________________________
RESPOSTA COMENTADA
Aps estudar o experimento de Anfinsen nas pginas anteriores, voc
deve ter chegado mesma concluso que ele. Se a RNAse foi capaz
de assumir novamente sua estrutura terciria, ela deve ser capaz de
realizar a sua funo: quebrar molculas de RNA em nucleotdeos.
Os dados obtidos pelo pesquisador sugerem que a ribonuclease que
estava no estado desenovelado se reenovelou sozinha, assumindo
sua conformao original (nativa) dotada de funo.
74 CEDERJ
MDULO 1
14
S para voc saber, isso significa que at mesmo as quatro pontes de
AULA
enxofre existentes entre as cistenas foram re-formadas!
SH
65
HS
72
72 HS 58
40
E-mercaptoetanol
58 65 Adio de uria e SH Dilise
SH
26
110 84 HS 84
26
95 95
HS HS
40 110
!
So caractersticas qumicas e estruturais dos aminocidos que fazem com
que uns se aproximem ou se afastem de outros. Assim, na seqncia
primria mesmo que mora a receita para que uma protena se organize
espacialmente. Esta receita a que origina a estrutura de menor energia,
ou seja, a estrutura que ser favorecida pela natureza (voc viu esta explicao
sobre menor energia na Aula 12).
CEDERJ 75
Bioqumica I | Protenas 4 Como as protenas adquirem as suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
76 CEDERJ
MDULO 1
dentro da clula (Figura 14.4). Como voc pode imaginar, este
14
aglomerado no desejvel, j que a protena que nele se encontra no
AULA
pode desempenhar sua funo. A agregao de protenas um tema muito
importante nos dias de hoje, sendo a causa de vrias doenas como a da
vaca louca e a doena de Alzheimer, por exemplo, que sero tratadas
em mais detalhes na Aula 17.
Chaperonas
Protenas de choque trmico livres
(chaperonas)
CEDERJ 77
Bioqumica I | Protenas 4 Como as protenas adquirem as suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
Classe 2: Chaperoninas
78 CEDERJ
MDULO 1
Elas funcionam como uma espcie de barril que se abre permitindo
14
a entrada do peptdeo desenovelado, fechando-se em seguida. Quando
AULA
fechada, cria um ambiente livre de gua, permitindo que os resduos de
aminocidos apolares da protena que ser enovelada se encontrem e formem
o miolo ou o cerne da estrutura da protena nativa (Figura 14.7).
Protena parcialmente
Protena recm-sintetizada, enovelada
que alcanou o estado encaminhada para
parcialmente enovelado sozinha uma chaperonina
ou com a ajuda de protenas
de choque trmico
Consumo de energia
(quebra de ATP)
Figura 14.7: Mecanismo de enovelamento protico mediado por
chaperoninas. As chaperoninas so protenas grandes e complexas,
em forma de barril, que possuem 14 subunidades idnticas associadas.
Estas protenas recebem em seu interior protenas recm-sintetizadas
que no conseguiram se enovelar. dentro da chaperonina que as
regies hidrofbicas da protena recm-sintetizada se aproximam Protena enovelada
e comeam a interagir. Isso forma o ncleo da estrutura da nova corretamente
protena, a partir do qual se reestruturam as outras partes da
protena. Esse processo tem fim quando a protena nova est
completamente enovelada.
ATIVIDADE
2
2. Como acontece?
Um cientista est diante do seguinte impasse:
Uma enzima sintetizada em seu laboratrio apresentou uma atividade
(capacidade de catalisar uma reao) muito baixa em relao enzima
in vivo. As duas enzimas foram analisadas e apresentaram exatamente a
mesma composio de aminocidos.
a. Com base no que voc estudou at agora nesta aula, qual uma possvel
explicao para a diferena de atividade entre a enzima sintetizada em
laboratrio e a in vivo?
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CEDERJ 79
Bioqumica I | Protenas 4 Como as protenas adquirem as suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
RESPOSTAS COMENTADAS
a. Voc j aprendeu que a seqncia primria que determina
a estrutura da protena e, conseqentemente, sua funo.
Considerando que a seqncia das duas protenas (a sintetizada
em laboratrio e a in vivo) exatamente a mesma, provavelmente a
falta de atividade se deve a um enovelamento incorreto da protena
sintetizada no laboratrio. Este enovelamento incorreto deve estar
relacionado ao fato de que a protena em questo no capaz
de se enovelar sozinha, precisando do auxlio de chaperonas e/ou
chaperoninas para faz-lo.
b. Se o problema de atividade derivado de um enovelamento
incorreto, duas estratgias para resolver isso podem ser sintetizar a
protena (1) na presena de chaperonas ou (2) de chaperoninas.
No primeiro caso, as chaperonas se ligam protena enquanto
ela est sendo sintetizada e auxiliam na formao de ligaes
que conferem protena um enovelamento parcial correto, que
concludo quando estas chaperonas se desligam da cadeia
polipeptdica em estruturao. No segundo, a protena recm-
sintetizada abrigada no interior da chaperonina, onde regies
hidrofbicas entram em contato e formam o ncleo da protena em
formao. A partir deste ncleo, todo o resto da protena se estrutura,
e ela adquire sua conformao nativa correta.
80 CEDERJ
MDULO 1
Na classe das chaperoninas, encontramos as protenas
14
denominadas dissulfeto isomerase. Elas ajudam a formar as pontes de
AULA
enxofre de protenas que esto se enovelando e que possuem estas pontes
na sua conformao nativa (Figura 14.8).
No caso da ribonuclease que vimos na primeira parte desta aula, h
quatro pontes de enxofre, e estas se formam sozinhas, conforme Anfinsen
nos mostrou em seus experimentos. Entretanto, nem todas as protenas so
capazes de fazer (ou refazer) as suas pontes dissulfeto como a ribonuclease.
Muitas delas precisam da protena dissulfeto isomerase para que os pares
de cistena corretos se encontrem e formem as pontes.
SS S
S
S S S S
| | |
S S S S
S
S
SS
Dissulfeto
isomerase
livre
Protena que formou A mesma protena Protena com
pontes de enxofre associada agora as pontes de
incorretas dissulfeto isomerase, enxofre formadas
que quebra pontes corretamente
incorretas
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Bioqumica I | Protenas 4 Como as protenas adquirem as suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
O que so ismeros?
Ismeros so molculas que possuem a mesma frmula molecular (isto , a
mesma quantidade de cada tomo que as compem), mas que apresentam
pequenas diferenas na organizao destes tomos.
Voc aprendeu na Aula 8 que os aminocidos constituintes de protenas
so sempre na forma L, lembra? Esse L vem de levgero (derivado de lado
esquerdo). Um aminocido L um estereoismero de um aminocido
D (destrgero, lado direito).
Agora, voc precisa saber o que significa isomeria cis-trans. Cis e trans
so os nomes que se do a molculas que so ismeras de acordo com
um plano de referncia. Assim, molculas cis tendem a apresentar seus
grupamentos voltados para o mesmo lado do plano e molculas trans,
grupamentos voltados para lados opostos. Voc entender melhor ainda
quando vir a Figura 14.9, que vem logo a seguir.
Ligao peptdica
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MDULO 1
14
To importante quanto complicado
o seu nome...
AULA
Existem diversas peptidil prolil
isomerases capazes de atuar em
qualquer prolil cis ligado a uma
cadeia polipeptdica. Existem tambm
enzimas destas muito especficas,
como o caso de uma presente nas
moscas, chamada NinaA.
A NinaA participa do enovelamento Fonte: www.sxc.hu/photo/462292
da protena Opsina, uma protena de
membrana dos olhos da mosca, que capaz de absorver luz e desencadear
a resposta visual. Moscas com mutaes na NinaA no so capazes de
apresentar uma resposta visual apropriada.
CONCLUSO
ATIVIDADE FINAL
Cis Cis
Cis Cis
Cis
Cis
Cis
Cis
Cis Cis
Cis
Cis
No entanto, todas as vezes que ele dialisava a protena para retirar dela os agentes
desnaturantes, ele observava que a protena agregava.
Com base no que voc aprendeu at agora nesta aula e nas informaes desta
atividade (especialmente no esquema da protena), como voc aconselharia o
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Bioqumica I | Protenas 4 Como as protenas adquirem as suas estruturas tercirias
(ou quaternrias)?
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RESPOSTA COMENTADA
Se voc olhar com ateno a estrutura da protena de estudo do
doutorando, ver que esta molcula bastante rica em resduos de
cistena que podem formar vrias pontes dissulfeto. J que ele observou
que a sua protena de estudo agrega com facilidade, o estudante poderia
dialisar sua amostra (para retirar os agentes redutores) incluindo na
soluo chaperoninas do tipo dissulfeto isomerase. Por qu? Porque esta
enzima capaz de se ligar a protenas que formaram pontes dissulfeto
incorretas e que, portanto, esto enoveladas incorretamente (o que as
faria agregar). A dissulfeto isomerase corrige estas pontes erradas
e auxilia a formao de pontes de enxofre entre as cistenas corretas,
proporcionando protena um enovelamento correto.
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