Microbiologie
La microbiologie est un domaine des sciences appliques
qui a pour objet les micro-organismes et les activits qui
les caractrisent. Plus spciquement, la microbiologie
se consacre l'identication et la caractrisation des
micro-organismes ; l'tude de leur origine et de leur
volution ; dnir leurs caractristiques, les produits de
leurs activits et leurs besoins ; et comprendre les re-
lations quils entretiennent entre eux et avec leur milieu
naturel ou articiel.
Les micro-organismes appartenant trois rgnes prsen-
tant une structure cellulaire eucaryote ou procaryote, ou
qui est acaryote, et qui est caractris par l'unicellularit,
une taille microscopique ou ultramicroscopique, un po-
tentiel mtabolique et de reproduction, l'omniprsence
et l'abondance[1] . Les micro-organismes sont rpartis en
cinq groupes[1] : les algues, les protozoaires, les myctes,
les bactries et les virus (acaryotes, soit sans organisation
cellulaire). Les bactries sont classes parmi les monres.
Les algues unicellulaires font partie des protistes proca-
ryotes. Les champignons unicellulaires, les lichens et les
protozoaires sont des protistes eucaryotes. Les virus sont
des acaryotes.
On parle aussi maintenant de microbiologie mo-
lculaire , dans le domaine des biotechnologies
notamment[2] .
1 Historique
Ds l'Antiquit, on postulait l'existence d'agents in-
fectieux transmissibles invisibles l'il nu.
1546 : Jrme Fracastor impute la transmission des
maladies des germes vivants, qu'il appelait semi-
naria .
1677 : Dcouverte des bactries par le microscopiste
hollandais Antoine van Leeuwenhoek.
1828 : Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la
premire fois le terme bactrie.
1840 : Le pathologiste allemand Jacob Henle pro-
pose une thorie des germes pour les maladies.
1857-1876 : Louis Pasteur met en vidence les
rles des micro-organismes dans la fermentation
lactique et alcoolique. Il dveloppe les techniques
de pasteurisation et de strilisation lui permet-
tant la mise en place de cultures pures de micro-
organismes. La possibilit de culture a permis de d-
1
montrer que la gnration spontane tait une aber-
ration.
1877-1895 : Louis Pasteur dmontre que des ma-
ladies sont la consquence de la prsence de ces
micro-organismes. Premires recherches systma-
tiques sur l'origine de certaines maladies, ainsi que
la vaccination (connue depuis Edward Jenner pour
la variole - maladie virale).
1873-1882 : Robert Koch met en vidence le ba-
cille responsable de la tuberculose (Mycobacterium
tuberculosis). Koch a tabli les rgles (toujours uti-
lises) qui permettent de dmontrer rigoureusement
qu'une bactrie donne est l'origine d'une infec-
tion.
1884 : Hans Christian Gram dveloppe une tech-
nique de coloration qui est la plus utilise dans
l'tude et la classication des bactries en deux
grands groupes : les bactries Gram positif et celles
Gram ngatif.
1912 : Paul Ehrlich dcouvre le premier traitement
ecace (driv d'arsenic) contre la syphilis. C'est la
premire fois qu'on traite avec un agent chimioth-
rapeutique une maladie bactrienne.
1917 : Dcouverte des bactriophages par Frederick
Twort et Flix d'Hrelle.
1928 : Frederick Grith dcouvre la transformation
bactrienne et tablit les fondements de la gntique
molculaire.
1929 : Alexander Fleming dcouvre les proprits
antibactriennes de la pnicilline produite par Peni-
cillum. L'humanit entre dans l're des antibiotiques.
1944 : Albert Schatz et Selman Waksman d-
couvrent un autre antibiotique : la streptomycine qui
sera bientt utilise contre la tuberculose.
1960 : Franois Jacob, David Perrin, Carmen
Sanchez et Jacques Monod proposent le concept
d'opron pour le contrle de l'expression des gnes
bactriens.
1977 : Carl Woese tudie l'ARN ribosomique pour
dcouvrir une troisime forme de vie, les Archaea,
distincte gntiquement des bactries et des euca-
ryotes.
2 2 ORGANISMES TUDIS

1986 : En utilisant une enzyme de la bactrie organites comme les chloroplastes) prsents dans le cyto-
Thermus aquaticus, Kary Mullis invente la technolo- plasme des eucaryotes actuels ont aussi eu au moins un
gie de PCR (Polymerase Chain Reaction). La tech- anctre procaryote distinct qui aurait colonis cette an-
nique de PCR est devenue l'outil de base de la bio- cienne bactrie pour vivre en symbiose (endosymbiose)
logie molculaire. avec elle et former tous les eucaryotes qui ne peuvent plus
vivre sans elles.
1995 : Squenage complet du premier gnome bac-
trien (Haemophilus inuenzae) par Craig Venter et En eet, on retrouve dans les mitochondries un cytos-
ses collgues du TIGR. La microbiologie entre dans quelette interne spcique, une structure membranaire
l're de la gnomique. externe complexe, un matriel gntique interne spci-
que log dans une zone plasmique appele proto-noyau
(dpourvu de membrane mais tout de mme structure),
mme si les mitochondries ne peuvent se multiplier seules
2 Organismes tudis sans le concours de la cellule hte (les mitochondries au-
raient perdu leurs facults de reproduction qui ne leur
2.1 Procaryotes taient plus ncessaires, puisque la cellule hte leur four-
nit pratiquement tout le matriel ncessaire leur crois-
Les procaryotes Prokaryota ou Prokarya), du grec pro sance et leur division).
(avant) et caryon (noyau), sont des organismes dont la
cellule ne possde pas de noyau cellulaire ni d'autres orga- 2.2.1 Algues
nites, ils appartiennent au moins deux taxons distincts :
Contrairement aux champignons et aux protozoaires, les
les archobactries ou arches sont un groupe parti- algues ont des pigments chlorophylliens leur permettant
culier, car il ne comprend essentiellement que des de raliser la photosynthse.
espces anarobies (n'ayant pas besoin d'oxygne, Elles sont donc des organismes vivant immobile et
voire souvent ne tolrant pas l'oxygne), vivant dans autotrophes.
des environnements extrmes : on parle d'organisme
extrmophile. Les environnements extrmes sont Les algues sont prsentes dans le sol, les plantes, l'eau
la limite des conditions tolres par les cellules bio- douce et l'eau de mer.
logiques (milieu salin trs acide ou trs alcalin, mi- Le mot algue n'a pas de sens d'un point de vue phylo-
lieu temprature proche de l'bullition). Les ar- gntique, c'est--dire que l'anctre commun toutes les
chobactries ne sont pas que des extrmophiles, ce algues est celui des eucaryotes.
sont aussi des organismes plus communs qui vivent
dans des conditions de vie classique comme les ma-
rais ou les rumens des ruminants. Il ne faut pas as- 2.2.2 Champignon
socier systmatiquement archobactries des or-
ganismes extrmes mme si on retrouve parmi eux Les champignons sont prsents dans le sol, plantes, dbris
la plupart des extrmophiles ; vgtaux, lichen, parasites de l'homme, des animaux et
des plantes.
on retrouve les eubactries dans notre quotidien,
sol, nourriture, etc. Ce sont les bactries les plus Remarque : une levure, eucaryote unicellulaire,
connues. Cependant certaines eubactries sont aussi est un champignon. Il existe de nombreuses es-
extrmophiles. pces de levures comme Saccharomyces cere-
visiae (levure de boulangerie), la famille des
Ces micro-organismes ont des mcanismes pour rsister Candida (responsables des candidoses), Rho-
ces conditions. dotorula (parfois retrouve dans la choucroute
qu'elle colore en rouge), Schizosaccharomyces,
etc.
2.2 Eucaryotes
Les champignons sont absorbotrophes : ils se nour-
Les eucaryotes ont un systme membranaire interne en- rissent par absorption. Ils scrtent des enzymes qui di-
fermant des organites (noyau, plaste, mitochondrie, etc.) ; grent des polymres dans le milieu extrieur, ce mca-
ils prsentent un cytosquelette interne (actine, tubuline) nisme chimique transforme par exemple les glucides en
absent chez les procaryotes, qui leur confre une taille monomres (petites molcules) qui sont ainsi absorbs.
souvent plus importante que les procaryotes. Les champignons constituent un groupe biphyltique, car
On estime que chaque groupe d'eucaryotes a eu un an- une partie d'entre eux, les eumyctes, appartiennent aux
ctre parmi les procaryotes (archobactries ou eubact- opistocontes, et une autre, les oomyctes, aux htro-
ries), et que les mitochondries (et peut-tre aussi d'autres contes.
4.2 Diversit du milieu de culture
3 Taille des micro-organismes
Comme signal au dbut, les micro-organismes sont de
trs petite taille (d'o leur nom) :
procaryotes (bactries) : de l'ordre de 0,5 3 m
(pour la largeur), pas de limite en longueur ; le
pouvoir de rsolution de l'il humain est de 100 m
(104 m soit 0,1 mm), ces micro-organismes sont
donc tous invisibles l'il nu.
eucaryotes : trs variable, de 2 200 m (pour la
largeur), pas de limite en longueur ; certains euca-
ryotes sont visibles l'il nu (notamment les algues),
d'autres ne sont visibles que sous forme d'agrgats
(cas des champignons, dont les parois plasmiques
mettent des laments sur une grande longueur re-
lativement leur taille). Tous les eucaryotes ne
sagrgent pas ainsi (notamment les protozoaires, in-
visibles l'il nu).
Le rapport surface sur volume est directement inuenc
par la taille : si l'on considre une forme simple telle que la
sphre, la surface est proportionnelle au carr de la taille (
4 r2 avec r le rayon de la sphre), alors que le volume
est proportionnel au cube de la taille ( 43 r3 ), le rapport
surface/volume est donc inversement proportionnel r (
3
r ).
Ceci conditionne la vitesse laquelle le micro-organisme
se nourrit : la nourriture passe travers la membrane plas-
mique, donc la vitesse d'absorption est proportionnelle
la surface, mais la quantit nourrir est proportionnelle
au volume. La vitesse laquelle entrent et sortent les nu-
triments et les dchets est donc inversement proportion-
nelle la taille. Donc plus la bactrie est petite, plus elle
va pouvoir se nourrir grande vitesse. Elle compense sa
petite taille par une multiplication trs grande vitesse
(taux de croissance trs rapide).
4 Culture des micro-organismes
4.1 Richesse du milieu
Les micro-organismes ont besoin :
d'une source d'nergie ;
pour les chimiotrophes, elle provient de la
dgradation de composs chimiques (par
exemple du glucose),
pour les phototrophes, de la lumire ;
d'une source de carbone ;
pour les autotrophes, il sut de CO2 atmo-
sphrique (carbone minral),
3
pour les htrotrophes, elle provient de mol-
cules organiques (CH4 , oses, etc.) ;
de macrolments (ainsi appels en raison de leur
concentration dans le milieu de culture) : C, H,
O, N, S, Na, Mg, P, K. Les lments carbone,
azote, phosphore doivent tre prsents aux propor-
tions 100/10/1 pour un milieu correct ;
de microlments : Cu, Co, Zn, Cl, Fe, etc. ;
d'une source d'azote, d'origine minrale (sel
d'ammonium) ;
de facteurs de croissance pour les auxotrophes :
vitamines, acides amins, bases azotes. Les bact-
ries prototrophes sont celles qui n'ont pas besoin de
facteur de croissance ;
de dioxygne (oxygne molculaire) pour les
arobies strictes, ou d'absence de dioxygne pour
les anarobies stricts ; pour ces derniers micro-
organismes, le peroxyde d'hydrogne (H2 O2 ) for-
m par la raction entre l'O2 et l'H2 O les empoi-
sonnent, car ils ne possdent pas une catalase d-
gradant H2 O2 , l'inverse des individus arobies. Il
existe galement des micro-organismes arobies fa-
cultatifs capables de se multiplier en prsence ou en
l'absence d'oxygne grce leur capacit utiliser
la fermentation et des bactries microarophiles qui
ne se dveloppent qu' une certaine pression en di-
oxygne ;
de facteurs physico-chimiques :
pour le facteur temprature, on distingue trois
catgories de micro-organismes selon leur op-
timum de croissance. Les psychrophiles ont
leur optimum 15 C, les msophiles 37 C,
les thermophiles 65 C. Il faut descendre au-
del de 18 C pour arrter toute croissance
microbienne. 3 C, il y a peu de risques
li aux bactries pathognes (msophiles, donc
virulentes la temprature du corps) ou toxi-
nognes, seules quelques bactries vivant ces
tempratures peuvent tre dangereuses (list-
ria),
pour le facteur pH, on considre que les bac-
tries prfrent la neutralit except pour les
bactries lactiques. Pour les levures et moisis-
sures, le pH optimum est plus acide (pH=5).
4.2 Diversit du milieu de culture
On distingue deux sortes de milieux de culture :
synthtiques : milieux dont on peut donner la com-
position chimique complte. Les milieux synth-
tiques sont utiliss en recherche fondamentale ;
4 5 MTHODES

empiriques : milieux dont on ne connat que partiel- Il existe trois faons pour striliser un milieu de culture.
lement la composition. Une destruction par la chaleur, par une mthode de l-
tration ou par l'emploi de radiation et d'agent chimique
(gaz).
et parmi ces deux types de milieux, il existe des milieux
slectifs (qui vont permettre de slectionner le type de
micro-organismes qui pourront sy multiplier). On peut
5.2.1 Chaleur
ainsi choisir de ne laisser se dvelopper qu'un genre de
bactrie donn (ex : milieu mFC pour les coliformes
fcaux ou glose au sang pour certains pathognes) ou On distingue les procds chaleur sche ou hu-
au contraire de favoriser le dveloppement des levures- mide .
moisissures en ajoutant un antibiotique au milieu. La
temprature laquelle on incubera les milieux inoculs
constitue galement un facteur de slection comme men-
tionn plus haut.
Les milieux de culture peuvent contenir des extraits de
levure (cellules de levure dshydrates et lyses) qui
fournissent une source d'acides amins, de vitamines et
d'azote, des extraits de malt apportant une source de car-
bone, des peptones (protines animales, de poisson, de
casine de lait) source d'azote organique qui intresse les
individus htrotrophes.
Ces milieux sont soit liquides, soit solides. Pour solidier
le milieu on utilise frquemment la glose ou agar-agar,
un polymre de sucre tir d'une algue rouge prsentant la
proprit de former avec l'eau un gel solide si la temp-
rature est infrieure 60 C.

5 Mthodes

5.1 Challenge test

Figure 1 : zone de strilit d'un bec Bunsen.
Un challenge test est une technique permettant de
dmontrer l'ecacit anti-microbienne (bactriostatique
ou bactricide) d'une substance donne (produits phar-
chaleur sche :
maceutiques, cosmtiques ou agroalimentaires par
exemple).
bec Bunsen : tout l'air qui se trouve dans un
Cette technique consiste inoculer une quantit connue globe virtuel de quinze centimtres de rayon
de dirents germes microbiens (bactries, levures, de la amme d'un bec Bunsen, est pass une
moisissures, etc.) dans la substance tester, puis de d- fois dans la amme. Ceci cre une enceinte
nombrer ces germes diverses chances. ctive strile. Les microbiologistes travaillent
Ce test permet notamment de valider la date limite de avec une amme oxydante qui crpite,
consommation (DLC) ou la date limite d'utilisation opti- four Pasteur ou four Poupinel : c'est
male (DLUO) d'un produit. un four classique utilis 180 C pendant 90
minutes au minimum. Il est moins ecace que
l'autoclave (et consomme plus d'nergie)[3] .
5.2 Strilisation
chaleur humide :
La strilisation est l'opration qui consiste liminer les
micro-organismes d'un objet et ce, de manire durable. autoclave : son principe est de faire bouillir
En microbiologie, le but de la strilisation est d'une part de l'eau dans une enceinte hermtiquement
matriser les micro-organismes introduits dans le milieu close pour augmenter la pression et donc d-
d'tude, et d'autre part viter la contamination du mi- passer les 100 C d'bullition (principe de
lieu extrieur et des personnes (voir aussi l'article sur l'autocuiseur). Ceci est ralis 134 C pen-
l'hygine). dant dix-huit minutes.
 5

Cas particuliers : la pasteurisation et tyndallisation donc ils ne passent pas au travers de matriaux comme le
La pasteurisation est un procd pour la conservation des plastique et le verre. De plus certains micro-organismes
aliments par lequel un aliment est chau une temp- sont capables de rparer les dommages inigs par les
rature dnie pendant une priode de temps dnie avant ultraviolets si le produit est clair aprs application de
d'tre refroidi rapidement. Les tempratures de pasteuri- rayons ultraviolets ; c'est le phnomne dit de photo-
sation varient entre 70 C et 85 C. Cette technique ne rparation .
dtruit qu'une partie de la ore bactrienne. Ce n'est, en On peut dans certains cas utiliser le rayonnement gamma,
aucun cas, une technique de strilisation. beaucoup plus pntrant et puissant que les ultraviolets.
La tyndallisation est une srie de chauages brefs des
tempratures de 70 C intervalles rguliers (trois chauf-
fages d'une heure, vingt-quatre heures entre deux chauf-
fages), ceci an de laisser aux formes rsistantes la pos- 6 Notion de culture pure
sibilit de germer pour les tuer au chauage suivant. Par
exemple, la destruction des germes pathognes du lait se 6.1 Technique des stries
fait par un cycle de 63 C pendant trente minutes suivie
de 73 C pendant quinze minutes. Elle est base sur la notion d'UFC (unit formant une co-
L'bullition n'est pas une mthode de strilisation. Les lonie). Chaque unit cellulaire (une cellule, un groupe de
formes sporules des bactries peuvent rsister jusqu' cellules ou un morceau d'hyphe) va donner une colonie.
huit heures trente 100 C. Sur un milieu de culture, il y a formation d'un monticule
de bactries ou de levures avec une forme particulire (la
5.2.2 Filtration colonie). La forme de ce monticule est dtermine par
l'organisation de la colonie, qui elle-mme est dtermine
La ltration est une technique qui consiste faire passer gntiquement. Les champignons vont, eux, dvelopper
un liquide travers un ltre dont les pores ont un diamtre un thalle c'est--dire ce que l'on peut par exemple ob-
de 0,2 m ; les micro-organismes sont trop gros pour pas- server sur les contures ayant moisi. L'UFC est utili-
ser et sont donc retenus par le ltre. Pour forcer ce liquide se aussi pour le dnombrement bactrien en utilisant des
traverser le ltre on utilise deux solutions : cultures sur bote partir de tubes prpars par dilutions
en cascades de la suspension bactrienne mre.
mise en pression du liquide par l'intermdiaire d'un L'observation macroscopique de l'aspect des colonies
piston ; permet de direncier les colonies de bactries contami-
nantes de celles qu'on cherche isoler.
aspiration du liquide en crant par exemple une en-
ceinte dpressurise de l'autre ct du ltre.

Cette technique est intressante lors d'utilisation de pro-
duits thermolabiles (c'est--dire qui ne rsistent pas la
chaleur) comme certains acides amins aromatiques, vi-
tamines, hormones de croissance, acides nucliques et
une bonne partie des antibiotiques. Cependant les ltres
de 0,2 m colmatent vite. On peut contourner ce pro-
blme en augmentant la surface du ltre ou en utilisant
un procd de ltration tangentielle.
Dans certains cas le ltre ayant servi stopper les micro-
organismes peut tre dpos sur un milieu de culture so-
lide an de permettre la multiplication des germes, ceci
dans le but de procder leur dnombrement et leur
identication.
5.2.3 Radiation et agent chimique
6.2 Technique de suspension dilution
Cette technique sert valuer le nombre de micro-
organismes qui se trouvent dans un milieu liquide (eau
de puits, boissons, eau de piscine, etc.) ou dans un milieu
solide (sol, aliments, etc.). Elle peut aussi servir isoler
une souche pure partir d'un mlange.
Il sagit simplement d'une suite de dilutions suivie d'un
prlvement d'un aliquot qui sera tal sur un milieu de
culture qui pourra tre slectif ou non. Il sura ensuite
de compter le nombre de colonies, et connaissant le vo-
lume de l'aliquot (en gnral un millilitre sur une bote),
on en dduira la quantit approximative de bactries dans
le milieu (on considre qu'un UFC correspond une bac-
trie).

Ces techniques sont utilises par les industries dont

l'alimentaire. Elles sont trs pntrantes, car les radiations 7 Identication des bactries
et certains gaz traversent le plastique et tuent les micro-
organismes. L'identication des bactries se fait suivant une cl di-
Les rayons ultraviolets ne sont cependant pas une bonne chotomique qui va des caractres les plus vastes aux plus
technique de strilisation, car ils sont non pntrants, pointus pour aboutir une espce bactrienne donne.
6 7 IDENTIFICATION DES BACTRIES

7.1 Critres morphologiques Coloration de Gram Les bactries tant en gnral

Ltude de la morphologie bactrienne est le premier acte
eectu par un laboratoire de diagnostic pour identi-
er une bactrie. L'observation de la morphologie bact-
rienne permet une orientation prliminaire du diagnostic.
7.1.1 Macroscopique
l'il nu, on peut distinguer les caractristiques d'une
colonie :
la forme du relief (bombe, semi-bombe, plate) ;
la taille ;
la couleur ;
l'aspect (collant, lamenteux, etc.) ;
l'odeur ;
quasiment transparentes, on commence par prparer un
talement (faire un frottis) sur lame de microscope au-
quel on applique une coloration de Gram. L'observation
microscopique se fera l'objectif x100 avec de l'huile
immersion. Les bactries Gram positif apparatront
mauves alors que celles Gram ngatif apparatront
roses. Il existe d'autres colorations, comme celle au vert
de malachite permettant de mettre en vidence les formes
sporules. La coloration de Gram permet de dterminer
le type de paroi cellulaire.
Forme La forme est extrmement diverse au sein du
monde bactrien. Si on excepte les bactries dpour-
vues de paroi (Mycoplasmes), qui peuvent tre trs poly-
morphes, la diversit est relativement restreinte pour les
bactries dintrt mdical et vtrinaire. Parmi celles-
ci, on distingue principalement des formes sphriques
(cocci), cylindriques (bacille), spirales (spirille), enrou-
les (spirochte) appendice bourgeonnant ou lamen-
teux.

la transparence (opaque, translucide) ; Mode de groupement Elles peuvent se regrouper en

l'allure des contours (rgulier, dentels) ;
la consistance ;
la pigmentation ;
aspect de la surface (lisse ou rugueuse).
chanes (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus, etc.),
en amas asymtriques ou grappes (Staphylococcus), en
amas cubiques rguliers (sarcines), en palissades ou en
paquets dpingles (Corynebacterium), etc. Le mode de
groupement, condition de lapprcier sur une culture
jeune eectue en milieu liquide et de tenir compte de
laspect prdominant, est galement un lment impor-
tant pour orienter l'identication.

Il existe trois grands types de colonies : Taille Les plus petites bactries ont une taille de 0,1
0,2 m (Chlamydia) alors que certaines ont un dia-
colonies de Type S (Smooth=lisse) : contours lisse mtre suprieur 10 m. La plus grande bactrie connue
et rguliers, semi-bombe, surface brillantes, cr- (Thiomargarita namibiensis) peut atteindre un diamtre
meuses ; de 750 m.

colonies de Type M (Muqueux) : contours lisse et Prsence de spores Toutes les bactries n'ont pas la
rguliers, trs bombes, surface trs brillantes, - possibilit de sporuler. La totalit des bacilles Gram
lantes ; + sporulent en situation de stress.[pas clair] Pour mettre en
vidence les spores au microscope optique, il sut de les
colonies de Type R (Rough=rugueux) : contours ir- colorer au vert de malachite ou l'encre de Chine. Mais
rguliers, plates rugueuses et mates, sches. on peut les deviner la coloration de Gram (absence de
coloration). Les spores sont prsents chez les Bacillus.
7.1.2 Microscopique
Mobilit Les bactries peuvent tre quipes d'un ou
tat frais L'tat frais se fera avec une suspension de plusieurs agelle(s) leur permettant de se dplacer. Les
colonie qui ne sera pas xe sur la lame comme la colora- deux mobilits les plus courantes sont la mobilit par ci-
tion de gram mais se fera avec une goutte de suspension liature pritriche si la bactrie se dplace dans tous les
entre lame et lamelle. Cette observation microscopique se sens, soit par ciliature polaire si la bactrie part dans un
fera l'objectif x40 avec peu de lumire pour ne pas tuer seul sens. Pour dnir le mode de dplacement des bac-
les bactries car le but de cette observation est de voir tries, on parle de chimiotactisme. La bactrie voluant
leurs mobilits (on peut voir aussi la morphologie mais dans un milieu se dplace selon des gradients de concen-
cela se voit mieux en coloration de gram). tration pour se rapprocher de sa nourriture
7.4 Systmatique bactrienne 7

Capsule La capsule est forme de polymres (polysac- Famille des Staphylococcaceae

charides ou protides) disposs en couches la priphrie
de la bactrie. Celle-ci permet la bactrie d'adhrer aux Genre Staphylococcus
surfaces (coloniser les surfaces) et d'chapper au systme
immunitaire car les antignes de surface sont recouverts 7.4.2 Coque Gram positif et catalase ngative
par la capsule qui les rend indtectables (pouvoir patho-
gne). Famille des Streptococcaceae

Streptocoques des groupes Lanceeld A, B, C,

7.2 Critres biochimiques D (Enterococcus), F et G

On identie aussi une bactrie en observant si elle uti-

lise tel ou tel substrat. On la met donc en contact dans 7.4.3 Coque Gram ngatif
un milieu de culture avec un glucide, ou un peptide, ou
d'autres substrats plus complexes le test de l'oxydase Gram ngatif regroupe les bactries paroi ne qui ne re-
par exemple utilise le ttramthyl-paraphnylnediamine. tiennent pas le bleu de gentiane/cristal. Elles apparaissent
On peut rvler l'utilisation de ce substrat par virage d'un au microscope optique en rose aprs que l'on ajoute de la
indicateur de pH car un glucide utilis donne un produit fuchsine (genre neisseria, par exemple).
acide, un peptide donne un produit basique, etc.
Chaque famille de bactries a des caractres propres, on 7.4.4 Bacille Gram positif
peut donc les rassembler facilement avec des caractris-
tiques de base comme l'utilisation du glucose avec ou sans Genre Bacillus
oxygne, la rduction des nitrates, etc. Ensuite, on dis-
Genre Listeria
pose de galeries d'identications biochimiques qui sont
parfois vendues par des socits spcialises. Ces tests Genre Clostridium
sont assez longs, de un deux jours.

7.4.5 Bacille Gram ngatif

7.3 Critres gntiques
Oxydase ngative Famille des Enterobacteriaceae :
On peut citer des techniques de gnie gntique comme :
Genre des Salmonella
la PCR (Polymerase Chain Reaction) pour ci-
bler un gne prsent uniquement chez une famille Genre des Escherichia
ou un genre bactrien par rhybridation spci- Srogroupage des Escherichiae Coli
que de courtes squences d'ADN (oligonuclotides
amorces) synthtiques prcises ; Srogroupage des autres Escherichia

les puces ADN qui utilisent le mme principe mais Genre Shigella
ayant une prcision allant jusqu' la souche mme. Genre Klebsiella

Genre Enterobacter
7.4 Systmatique bactrienne
Genre Serratia
La systmatique permet d'identier une souche bac-
Genre Proteus
trienne inconnue grce dirents examens et
l'utilisation de milieux de culture spciques. Genre Morganella
La coloration de Gram et les tests de la catalase et de
Genre Providencia
l'oxydase permettent de dterminer la famille. Des mi-
lieux de cultures spciques permettent d'arriver au genre Genre Hafnia
et l'espce. Des examens supplmentaires tels que le s-
rogroupage peuvent tre utiliss dans certains cas.
Oxydase positive

7.4.1 Coques Gram positif et catalase positive Pseudomonas

Famille des Micrococcaceae Vibrio

Genre Micrococcus Aeromonas

8 11
8 Agents antibactriens
8.1 Agents physiques
On peut citer les agents suivants :
la chaleur : partir de 65 C, les protines sont d- milieu liquide adquat, elles continuent gnralement
natures, cependant certains micro-organismes sont
capables de supporter des tempratures plus le-
ves ;
le pH : qu'il soit trop acide ou trop basique ;
les hautes pressions : partir de 6 000 bar. Ainsi,
c'est avec un traitement par la pression que l'on st-
rilise les jus de fruits produits en industrie ;
les UV : une longueur d'onde voisine de 260 nm, ils
dtruisent tous les micro-organismes. Peu ecaces
travers les plastiques, ils sont utiliss pour striliser On peut reprsenter graphiquement la croissance d'une
l'air ;
les rayons gamma : comme les UV, ils sont trs ef- pourra tre divise en six phases :
caces. Ils peuvent traverser tous les plastiques et
servent donc striliser les instruments comme les
ls chirurgicaux. Leur utilisation a t tente pour
les produits alimentaires, sans succs auprs du pu-
blic.
8.2 Agents chimiques
Les agents chimiques utiliss se rpartissent dans deux
catgories : antiseptiques et dsinfectants. Les anti-
septiques sont utiliss pour l'limination des micro-
organismes sur des tissus vivants ; les dsinfectants quant
eux sont utiliss sur des surfaces inertes.
9 Antibiotiques
Article dtaill : Antibiotique.
Les antibiotiques sont des substances chimiques qui ont
une action spcique avec le pouvoir de limiter la pro-
lifration de bactries spciques. Elles sont dpourvues
de toxicit pour les autres cellules (champignons et autres
eucaryotes). Ces molcules peuvent avoir une action dras-
tique, c'est--dire bactricide ; leur ecacit peut tre
galement limite empcher le dveloppement des bac-
tries (on parle alors d'action bactriostatique).
10 Rsistances aux antibiotiques
Article dtaill : Antibiotique > Les rsistances aux tion de la deuxime source de carbone (c'est le cas par
antibiotiques.
CROISSANCE BACTRIENNE
11 Croissance bactrienne
C'est le pouvoir ou la capacit des bactries augmen-
ter leur nombre ; il est en fonction du type de bact-
ries (thermophiles, msophiles, psychrophiles, psychro-
trophes, etc.) Quand des bactries sont incubes dans un
se multiplier de faon exponentielle jusqu' ce qu'un fac-
teur ncessaire leur croissance approche de l'puisement
et devienne limitant ou que des produits mtabolites in-
hibiteurs (acides organiques, alcools, ammoniaque, etc.)
saccumulent exagrment. Cette culture, pratique sans
addition de nutriment ni limination de dchets en cours
de croissance, sappelle une culture en milieu discontinu
ou en batch qui constitue un systme clos. Une culture
de ce type se comporte comme un organisme multicel-
lulaire avec une limitation de croissance gntiquement
dtermine.
culture de ce type en portant le logarithme du nombre de
cellules viables en fonction du temps. La courbe obtenue
1. phase de latence. C'est une priode d'adaptation de
la souche son nouveau milieu. Cette phase serait
inexistante si la souche tait issue du mme milieu
de culture ;
2. phase d'acclration. Au cours de cette tape, il y a
synthse active des enzymes ;
3. phase de croissance exponentielle. Au cours de cette
phase, la bactrie crot un taux constant maximal ;
4. phase de ralentissement. Au cours de cette phase,
le milieu commence spuiser : diminution de la
concentration en nutriments, les dchets cellulaires
commencent saccumuler dans le milieu ;
5. phase stationnaire. Au cours de cette phase, il y a
autant de bactries qui se divisent que de bactries
qui meurent ;
6. phase de dclin. Au cours de cette phase, les bact-
ries meurent cause d'un manque de nutriment et
d'une accumulation trop importante de dchets que
la bactrie produit.
11.1 Diauxie
En prsence de deux sources de carbone, les bactries ex-
hibent une courbe de croissance biphasique. Ceci sex-
plique par la consommation de la source de carbone la
plus facilement assimilable, puis une adaptation pendant
laquelle les enzymes permettant de dgrader la deuxime
source de carbone sont synthtises, puis consomma-
exemple du milieu Kligler-Hajna. Sur ce milieu, la bact-
rie utilise le glucose comme premire source de carbone
13.2 Lien externe 9

13.2 Lien externe

Slection de sites sur la microbiologie sur le web :
Les Signets de la Bibliothque nationale de France

Portail de la biologie

Portail de la microbiologie

Figure 4 : courbe de croissance dans un milieu contenant deux

glucides (par exemple : I : utilisation du glucose et II : utilisation
du lactose).

puis le lactose comme second source de carbone lorsqu'il

n'y a plus de glucose). L'analyse de ce comportement a
permis Jacques Monod de dnir la notion d'opron ; le
plus connu tant l'opron lactose.

12 Notes et rfrences
Cet article est partiellement ou en totalit issu de
l'article intitul Challenge test (voir la liste des au-
teurs).

[1] Grand dictionnaire de l'Oce qubcois de la langue

franaise : http://gdt.oqlf.gouv.qc.ca/ficheOqlf.aspx?Id_
Fiche=8367206

[2] Accs vers un document de synthse dius par ADIT

(voir p. 11/29, article du Pr Dr Axel A. Brakhage intitu-
l Les bioproduits pharmaceutiques in Les biotech-
nologies blanches, avances et perspectives - Rencontre
d'experts franco-allemande , Berlin, 29 septembre 2006)

[3] Bonazzi, Florence (2005), L'hygine au cabinet mdical

des mdecins gnralistes : observation de 30 mdecins de
l'agglomration grenobloise (Doctoral dissertation, univer-
sit Joseph-Fourier).

13 Voir aussi

13.1 Articles connexes

Microbiologie mdicale

Bactriologie mdicale

Biohyginiste

Palomicrobiologie
10 14 SOURCES, CONTRIBUTEURS ET LICENCES DU TEXTE ET DE LIMAGE

14 Sources, contributeurs et licences du texte et de limage

14.1 Texte
Microbiologie Source : https://fr.wikipedia.org/wiki/Microbiologie?oldid=121760979 Contributeurs : Anthere, Hashar, Lionel Allorge,
Med, Ryo, Hemmer, Orthogae, Jedelonge, Cdang, HasharBot, Liondelyon, Yohan, Koyuki, Orthank, Almooxo, Xillimiandus, Tieum,
Verdy p, Nguyenld, Phe, MedBot, Sam Hocevar, Iznogood, VIGNERON, Phe-bot, La pinte, Ollamh, Weft, Fylip22, Woww, Abri-
cot~frwiki, Chninkel, Maman, Leag, Erasmus, Piku, Poulos, Sherbrooke, Safarikas, Alpha.prim, Gede, Chobot, Gribeco, RobotE, Stanle-
kub, Zetud, David Berardan, Nykozoft, Lmaltier, Kilom691, RobotQuistnix, Sihaya, Moez, TED, Pyrococcus, Nderive, Archibald Tuttle,
Lejeune Bernard, Astirmays, Esprit Fugace, Elapied, SashatoBot, Jmax, Rpa, Karl1263, Lamiot, Mzelle Laure, Liquid-aim-bot, Pingui-
King, Hpm, Gemini1980, Romuald77, Captainm, Thijs !bot, Grook Da Oger, Nodet-p, Escarbot, JAnDbot, clusette, Nono64, Sebleouf,
BetBot~frwiki, Kostisl, McSly, Fdardel, Salebot, Zorrobot, Idioma-bot, Chandres, Chicobot, Fluti, Tomtomgo92, Ptbotgourou, Cjp24, Al-
leborgoBot, Okram, GatanN, SieBot, YonaBot, Hard.gamer, Pymouss, Quentin Monchicourt, Byrialbot, Ange Gabriel, Alecs.bot, Dhatier,
Scientist298, FPN, DumZiBoT, Cocodylan, D.N.63, Almerinda94, Alexbot, Zonzon, Bioalien, Sebletoulousain, ZetudBot, Ju18000, A3P,
AkhtaBot, CarsracBot, LinkFA-Bot, Luckas-bot, Gagea, White Dobermann, GrouchoBot, Tinm, Disker, , ArthurBot, Xqbot,
MathsPoetry, Micraira, Skull33, Orlodrim, TjBot, Phenix36trm, Esnico30, EmausBot, Salsero35, Ediacara, ZroBot, Guips ribot, Eras-
mus.new, Michel Awkal, ChuispastonBot, Jules78120, Awelinternational, MerlIwBot, Schyygo, OrlodrimBot, Thehelpfulbot, Azar charbel,
Orikrin1998, FDo64, Microbiolgiefb, Djenebaouattara, Addbot, Baguy, Terre08, Lodras, Amsar21, Fugitron, Yateway et Anonyme : 155

14.2 Images
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