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NELLE PROTEINE
1
RICHIAMI DI TERMODINAMICA
2 Entalpia
E t l i
Entropia
Energia
g Libera di Gibbs
ENERGIA INTERNA (U)
| Lenergia interna riassume tutti i contributi
cinetici e potenziali dellenergia di tutti gli atomi,
ioni e molecole costituenti il sistema: llenergia
energia
totale macroscopica del sistema
| U non pu essere misurata,
misurata ma possono essere
misurate le sue variazioni
| U
U= w + q
| Dove w=energia fornita al sistema come lavoro e
q g fornita al sistema come calore
q= energia
| Primo principio:
Lenergia
g interna di un sistema isolato costante 3
ENTALPIA (H)
| Definizione formale di entalpia
| H=U + pV
dove U l'energia interna del sistema, p la sua pressione e V il suo volume. L'entalpia risulta pertanto una
grandezza termodinamica estensiva.
| Nel caso, che capita molto spesso di studiare in chimica, di trasformazioni a pressione costante, la
variazione di entalpia corrisponde esattamente alla variazione di calore:
| H= Q
| Entalpia di reazione: variazione di entalpia che accompagna una reazione quale specificata dalla
equazione chimica associata quantit di calore assorbito o ceduto nel corso della reazione
| Entalpia standard di reazione (Ho)entalpia relativa alla trasformazione dei reagenti considerati nei
rispettivi stati standard in prodotti considerati nei loro rispettivi stati standard
| p in condizioni standard biologiche
H = entalpia g
| La legge di Hess stabilisce che in una reazione chimica, l'effetto termico a pressione costante
indipendente dagli stati intermedi attraverso i quali si evolve il sistema e dipende solo dal suo stato iniziale
e finale.
| In altre parole ci significa che la variazione di entalpia di una reazione che pu essere scomposta 4
idealmente in pi reazioni parziali pari alla somma algebrica delle variazioni di entalpia dei singoli stadi.
ENTROPIA (S)
| S= Qrev/T
| La variazione di entropia di una sostanza (S) eguaglia il calore ad esso
trasferito reversibilmente, diviso per la temperatura (inscala Kelvin) alla quale
il trasferimento di calore ha avuto luogo
| Il ttrasferimento
f i t reversibile
ibil quando
d avviene
i ttra un ambiente
bi t e un sistema
i t h
che
hanno una idfferenza di T infinitesima. Altrimenti la trasformazione diventa
irreversibile (con formazioni di punti caldi che disperdono il calore e
aumentano lentropia del sistema) e lequazione diventa:
| S> Qirrev/T
| Secondo principio:
Nel corso di una trasformazione spontanea lentropia di un sistema isolato
aumenta.
Bisogna considerare
Bi id la
l variazione
i i di entropia
t i di ttutto
tt il sistema,
i t d
dato
t
che il processo passa del calore allambiente in cui viene disperso con un
aumento di entropia molto maggiore della diminuzione di entalpia
8
TIPI DI INTERAZIONI
INTERMOLECOLARI
9
TIPI DI INTERAZIONI
| Legamii covalenti
L l ti
| Legame ionico
L
| Legami i a idrogeno
id
| Interazioni dipolo-dipolo
| Interazioni idrofobiche
| Interazioni di Wan del Walls
10
LEGAME COVALENTE
| Energia: G da -40 a -110 Kcal/mole
| Ponte disolfuro
y S-H + H-S S-S
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LEGAME IONICO
| Energia: G da -5 a -10 Kcal/mole
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INTERAZIONI
IONE-DIPOLO E DIPOLO-DIPOLO
| Energia: G da -1 a -7 Kcal/mole
| N, O e S sono pi elettronegativi del C
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LEGAME A IDROGENO
| Energia: G da -3 a -5 Kcal/mole
| un tipo particolare di interazione dipolo-dipolo
| un llegame altamente
lt t di
direzionale
i l
| A-H
A H + :BB A-----H-----B
A H B
| Se A e B hanno la stessa elettronegativit il
protone in comune tra i due 14
LEGAME A IDROGENO
| Gli atomi elettronegativi che si trovano nelle
catene proteiche sono N, O e S.
| Aminoacidi
A i idi che
h formano
f llegamii a idrogeno
id con la
l
catena laterale:
y Arg,
Arg Lys,
Lys Cys,
Cys Asp,
Asp Glu,
Glu Met,
Met Thr,
Thr Tyr,
Tyr Asn e Gln
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FORZE DI VAN DER WALLS
| Energia: G circa -0,5 Kcal/mole
| Se lla di
S distanza
t sufficientemente
ffi i t t bassa
b i dipoli
di li
temporanei di una molecola inducono dipoli
contrari nellaltra
nell altra molecola da cui deriva una
debole attrazione
16
INTERAZIONI IDROFOBICHE
(CONTRIBUTO ENTROPICO)
17
FOLDING
18
LEGAMI
19
LEGAMI A IDROGENO
| Il 90% dei gruppi C=O e N-H del backbone forma
legami a idrogeno
| I gruppii N-H
N H formano
f llegamii singoli,
i li mentre
t il
35% dei gruppi C=O pu essere coinvolto in due o
tre legami a idrogeno
| Molti di questi legami a idrogeno (50% dei CO e
30% dei NH) sono formati con llacqua
acqua
| Lacqua una parte fondamentale della struttura
della p
proteina,, p g
potendo fungere sia da accettore
che da donatore di legami a H, fa spesso da
ponte.
20
LEGAMI IONICI
| Si formano tra coppie ioniche
| Distanza:
Di t circa
i 5.0
50
| Energia: 5-10 Kcal/mol
21
LEGAME DISOLFURO
| Avviene tra due cisteine.
22
SPIEGAZIONE STRUTTURA COMPATTA
| Nessuno di questi tre tipi di legame pu spiegare
la formazione della struttura compatta delle
proteine
proteine.
24
STRUTTURA DELLE PROTEINE
25
AMINOACIDI E STRUTTURA
PRIMARIA
26
ALFA-AMINOACIDI
27
TIPI DI AMINOACIDI
28
LEGAME PEPTIDICO
29
RAMACHANDRAN PLOT
Psi ( )
La glicina pu
assumere pi
angoli di
rotazione degli
altri 30
Phi ( )
LIVELLI DI STRUTTURA
Primaria
Secondaria
Terziaria
Quaternaria
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EFFETTO IDROFOBICO
| La fforza che
L h guida
id il ffolding
ldi lleffetto
ff tt id
idrofobico
f bi
| Core idrofobico
| Superficie idrofilica
32
STRUTTURA SECONDARIA
33 Alfa-Eliche
Alf Eli h e Foglietti-Beta
F li tti B t
FORMAZIONE DELLE STRUTTURE
SECONDARIE
| F
Formazione
i di strutture
t tt secondarie.
d i
34
ALFA-ELICHE
35
MOMENTO DIPOLARE ALFA-ELICHE
36
AMINOACIDI PREFERITI
| Alcuni aminoacidi hanno una leggera preferenza
a trovarsi in alfa-eliche:
y Al Glu,
Ala, Gl Leu,
L M t
Met
37
FOGLIETTI BETA
| Ogni strand lungo da 5 a 10 residui in
configurazione estesa
| T tipi:
Tre ti i
y Paralleli
y Antiparalleli
y Misti
38
FOGLIETTI BETA PARALLELI
39
FOGLIETTI BETA ANTIPARALLELI
40
FOGLIETTI BETA MISTI
41
REGIONI DI LOOP
| I motivi sono formati dallunione di pi strutture
secondarie, connesse tra loro da loop
l
| I loop h
non hanno t tt
una struttura d fi it e il loro
definita l
backbone esposto al solvente e libero di formare
legami a idrogeno con il solvente
| Contengono maggiormente residui carichi o
polari
| Sono evolutivamente meno stabili che le regioni
g
organizzate in strutture secondarie
| In natura assumono un numero definito di
strutture 42
| Loop molto lunghi sono in genere molto flessibili
HAIRPIN LOOP
| Le regioni di loop che connettono due filamenti
beta adiacenti sono chiamati Hairpin loop
S
| Sono lt brevi
spesso molto b i edd assumono delle
d ll
strutture caratteristiche
43
STRUTTURA TERZIARIA
44 Motivi,
M ti i Domini
D i i e Fold
F ld
DOMINI
| Lunit fondamentale della struttura terziaria
il dominio
D fi i i
| Definizione di d i i catena
dominio: t li tidi o
polipeptidica
parte di una catena polipeptidica che in grado
di assumere indipendentemente una struttura
terziaria stabile
| Le proteine possono essere formate da un solo
dominio o da molti domini.
| La distinzione tra dominio e subunit effimera:
y In alcuni organismi una funzione espressa da pi
catene polipeptidiche in altri una catena unica
f
formata
t d
da pi
i d
domini
i i 45
I QUATTRO DOMINI DI SRC
46
I DOMINI SONO COMPOSTI DA MOTIVI DI
STRUTTURE SECONDARIE
| Proteine,
P t i o domini
d i i che
h hanno
h una sequenza
identica per almeno il 30% hanno lo stesso fold
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3 CLASSI PRINCIPALI DI STRUTTURE
PROTEICHE
| Alf
Alfa
y Il core della proteina costituito esclusivamente da alfa-eliche
| Beta
y d ll proteina
Il core della t i costituito
tit it da
d ffoglietti
li tti b t antiparalleli.
beta ti ll li
Generalmente sono presenti due foglietti disposti luno contro
laltro.
| Alfa/Beta
y Sono formate dalla combinazione di motivi alfa-beta-alfa. In
generale presente un foglietto beta parallelo circondato da
alfa-eliche
48
CLASSI MINORI
| Alfa + Beta
y Combinazioni discrete di motivi alfa e beta. Formano
un foglietto antiparallelo da una parte e le alfa eliche
si raggruppano dallaltra
| Metalloproteine
p p
proteine con molti p
ponti disolfuro
y Sono versioni distorte di proteine a struttura pi
regolare, la struttura fortemente influenzata dalla
presenza di atomi
t i metallici
t lli i e ponti
ti disolfuro.
di lf
49
STRUTTURE A DOMINI ALFA
50
COILED COILS
| un motivo strutturale
| Ripetizioni eptadi
| Effetto idrofobico
| Ponti salini
51
COILED COILS
| Posssono essere lunghe anche centinaia di residui
in proteine filamentose
it
| Si ritrovano h con una lunghezza
anche, l h i
minore,
come motivo di dimerizzazione nei fattori di
trascrizione: leucine
leucine-zipper
zipper
52
FOUR ELIX BOUNDLE
| il dominio
d i i ad d alfa-
lf
eliche pi semplice e
pi diffuso
p so
| Le catene laterali
idrofobiche sono
allinterno
lli delle
d ll
quattro eliche.
Limpaccamento
L impaccamento
molto stretto e quindi
questa regione non
accessibile all acqua
allacqua
| Le catene idrofiliche
sono invece esposte 53
al solvente
FOUR ELIX BOUNDLE
54
55
EMOGLOBINA
56
STRUTTURE A DOMINI ALFA/
BETA
57
ALFA/BETA
| la
l classe
l strutturale
t tt l pi
i rappresentata
t t
| Consiste di un foglietto-beta parallelo (o misto)
interno circondato da alfa-eliche
| Tutti gli enzimi della glicolisi appartengono a questa
classe
| Sono formati dal susseguirsi
g di motivi beta-alfa-beta
| 3 classi principali:
y TIM barrel
y Rossman Fold 58
y Horseshoe fold
TIM BARREL
| Core formato
f da un Beta-
barrel di filamenti paralleli
y Sono necessari almeno 5
filamenti per fare un barrel,
in genere se ne osservano 8
y Linterno
L interno del barile
completamente schermato dal
solvete
| Le eliche che connettono i
filamenti sono allesterno
y Le interazioni eliche-foglietti
eliche foglietti
sono con residui idrofobici
y I residui esterni delle eliche
sono id
idrofilici
fili i 59
ROSSMAN FOLD
| Foglietto-beta
parallelo aperto
Ci d d t d
| Cirdondato lf
da alfa-
eliche da su entrambi
i lati
| Formazione di una
fessura nella porzione
C-ter del foglietto-beta
y In questa fessura
spesso si ritrova il sito
attivo dellenzima
60
HORSESHOE FOLD
| Formato da leucine-rich
motifs:
y R i i di 20
Regioni 30 residui
20-30 id i che
h
formano un motivo beta-loop-
alfa stabilizzato dal core
idrofobico formato dalle
leucine
| Formaziozione di un
foglietto-beta ripiegato
| Alfa eliche allesterno
all esterno
61
STRUTTURE A DOMINI BETA
62
DOMINI BETA
| Formati da foglietti beta con un numero di
filamenti variabile tra 4 e pi di 10
G l
| Generalmente t sono arrangiati
i ti in
i modod
antiparallelo
| Sono formati da due foglietti disposti uno di
fronte allaltro che interagiscono tra loro con
catene idrofobiche creando un core non
accessibile al solvente
g
| I foglietti p g
sono ripiegati g
e insieme i due foglietti
formano una struttura simile a un barile
| I residui esterni dei foglietti e il loop formano la
63
zona che interagisce con il solvente
MOTIVI
| Data la quantit di filamenti, il numero di
topologie teoricamente possibile per i foglietti-
beta antiparalleli enorme
| Tuttavia in natura se ne ritrova un numero molto
pi esiguo
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UP-AND-DOWN BARREL
| Topologia semplice:
y Serie di filamenti
antiparalleli connessi
da hairpin
| Residui interni
idrofobici
| Residui esterni
idrofilici
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RETINOL BINDING PROTEIN - HUMAN
66
GREEK KEY
| il motivo pi comune trovato nei beta barrel
| Prima si forma un lungo filamento antiparallelo, che
poii sii arrangia
i nella
ll struttura
t tt fi l
finale
| Un loop per ogni motivo attraversa il barrel
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GAMMA-CRYSTALLIN
68
FOLD IMMUNOGLOBULINICO
69
JELLY ROLL
| Motivo molto comune
| I loop attraversano il
b
barrell quattro
tt volte:
lt
y 2 sopra
y 2 sotto
70
TESTA DELLEMOAGGLUTININA
71
PROTEINE TRANSMEMBRANA
72
TIPI DI PROTEINE
73
SEVEN MEMBRANE-SPANNING PROTEINS
| Recettore associato a proteine G
74
PORINE (ALL-BETA)
75