Modelado Molecular

Utilizacin de MODELLER para

Modelado por Homologa y
de novo

Laboratorio de Bioinformtica

Cristina Marino Buslje

Elin Teppa rteppa@leloir.org.ar
 MODELLER
Sali A, Blundell T (1993). Comparative protein modelling by satisfaction spatial
restraints. J.Mol.Biol

Programa para Modelado por Homologa:

- Basado en lnea de comandos
- Requiere conocimiento bsico de Python scripting
- ltima Versin Junio 2013 v9.12

Interfaz Grfica para MODELLER:

- Versin Comercial Accelrys
- ModWeb
- UCSF Chimera 1 Links desde la pgina
de MODELLER
- EasyModeller 2
- PyMod 3

1 Yang et al (2012) Chimera, MODELLER and IMP: and Integrated Modeling System. Struct Biol.
2 Kuntal et al. (2010). EasyModeller: a graphical interface to Modeller. BMC research Notes
3 Bramucci et al (2012). PyMod: Sequence similarity searches, multiple sequence-structure alignments and
homoly modeling within PyMOL. BMC Bioinformatics
 UCSF Chimera
www.cgl.ucsf.edu/chimera

Visualizador molecular que provee interfaz grfica para el

programa MODELLER
- Ejecutar localmente
- Ejecutar en el servidor web de UCSF

TP1: Modelado por Homologa

TP2: Modelado de novo de segmentos cortos
Refinamiento de segmentos cortos
 Instalacin de Chimera
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

ltima versin estable : Chimera 1.7 del 07/6/2013

Sistema Operativo
Arquitectura

Windows 32/64 bits

Inicio -> Panel de Control -> Sistema y Mantenimiento
-> Sistema

Tipo de sistema: 32/64 bits

 Modelado comparativo con MODELLER
Inputs:
Restricciones
1) Secuencia problema Espaciales
2) Estructura que sirva de molde
3) Alineamiento de las secuencias target-template

Output:
Estructuras
1) Conjunto de estructuras que satisfacen
2) Scores de evaluacin por estructura: las restricciones
GA341 y DOPE
Pasos del Modelado por homologa en Chimera

Inicio Secuencia target

Bsqueda de Molde: BLAST via web contra PDB

Inicio Alinear la secuencia target con el/los molde/s

Inspeccionar el alineamiento manualmente (Multialign Viewer)

Correr MODELLER y monitorear el proceso

Evaluar los modelos generados, visualizacin en Chimera

Calcular Scores adicionales via web (Fetch Scores)

 Evaluacin de los modelos
GA341 Score diseado para asignacin del fold, derivado de potenciales
estadsticos.
Combinacin no lineal de : %Identidad de secuencia; grado de
compactacin; potencial de superficie.
Score > 0,5 Indica asignacin de fold es correcta con 81% de confianza

DOPE / zDOPE Discrete Optimized Protein Energy

Score estadstico calculado a partir de un set de estructuras nativas.
Considera el nmero de tomos que no interaccionan en una esfera homognea
de radio equivalente a la protena a evaluar.
Menor score indica mejor modelo

Estimated RMSD Programa TSVMod predice RMSD de C entre el modelo y la

estructura nativa

Estimated Overlap (3.5) TSVMod predice la fraccin de C que se superponen

con la estructura nativa.
Score > 0,5 Indica que la asignacin del fold es correcta con 93% de confianza
Trabajo Prctico
TP: Modelado por Homologa
 Opciones avanzadas
Nmero de modelos : Mximo 1000, default 5

Incluir HETATM diferentes de agua (ligandos, iones, detergente, etc)

que estn incluidos en el template

Incluir molculas de agua del template

Incluir tomos de H (lento)

Modelado rpido, genera 1 modelo:

- Aproximar la apariencia del fold
- Confirmar que el alineamiento es razonable
 Limitaciones del uso de Modeller con
Chimera
Chimera permite modelar una sla cadena o subunidad.

Para modelar un multmero o un complejo, correr MODELLER

desde fuera de Chimera.

MODELLER tiene ms opciones que permiten controlar los

restraints que no estn disponibles en Chimera.

Puentes Disulfuros, Refinamiento de modelos, D-aminocidos,

etc.
TP 2: Modelado de novo de fragmento