Sunteți pe pagina 1din 6

Tema LP 4

In primele imagini este reprezentata o molecula de ubiquitina ,acestea fiind


realizate cu ajutorul VMD 1.9.3 (Humphrey i colab.,1996) fiind afiate tranziiile
prin care trece aceasta in decursul a 99 de frame-uri, reprezentate in culori
diferite . ncepnd de la rou, frame-ul 1, roz, roz pal,gri,alb, gri, lila,albastru
deschis, albastru la frame-ul 99. Apa din jurul proteinei deasemenea este
reprezentat n culori diferite n funcie de frame-ul care este surprins n imagine.
Pentru o mai bun detectare a frame-ului am introdus un Color Scale care
precizeaz frame-ul n funcie de culoare

n figur , molecula este surprins n frame-ul 2, i se observ suprapunerile din


10 n 10 a celorlalte frame-uri, imagine realizata cu VMD 1.9.3 (Humphrey i
colab.,1996) ,metoda de colorare folosit este Timestep .
n figur sunt reprezentai cu nite sfere ionii din soluia n care este plasat
molecula. Sunt suprapuse frame-urile de la 0 la 99 din 10 n 10 i se pot observa
modificrile de la nivelul -helix-urilor ,dar i la structurile -pliate.Imagine
realizat cu VMD 1.9.3 (Humphrey i colab.,1996) unde am folosit metoda de
colorare Secondary Structure.

RMSD Ubiquitina nainte de aliniere


(RMSD variaz de la 0 la 39.338)

50

40 RMSD (A)
f(x) = 0.33x + 5.13 Linear (RMSD (A))
30
R = 0.96
Valoare RMSD
20

10

0
0 20 40 60 80 100 120

Frame
Graficul este realizat cu datele generate de VMD 1.9.3 (Humphrey i colab.,1996)
i reprezint variaia RMSD n funcie de frame i variaz de la 0 pn la 39.338
A la molecula cu frame-uri nealiniate intreag.

RMSD molecula de ubiquitina dup aliniere


(RMSD variaz de la 0 pn 16.85)
18
16
14
f(x) = 0.14x + 0.49
12 R = 0.92 RMSD(A)
10 Linear (RMSD(A))
Valoare RMSD 8
6
4
2
0
0 20 40 60 80 100 120

Frame

Graficul este realizat cu datele generate de VMD 1.9.3 (Humphrey i colab.,1996)


i reprezint variaia RMSD n funcie de frame i variaz de la 0 pn la 16.85 A
la molecula cu frame-uri aliniate intreag.Se poate observa diferena destul de
mare intre valorile RMSD ntre molecula cu frame-uri nealiniat ceea ce
nseamn c distanele dintre atomi sunt mai mici dup aliniere.

Pentru secvenele 5 pn la 40 de aminoacizi am construit urmtoarele grafice:


Valoare RMSD molecula de ubicuitina pentru residue 5 pana la 40 nainte de aliniere
(RMSD variaz de la 0 pn la 9.788)
12

10

8
f(x) = 0.07x - 0.07 RMSD(A)
Valoare RMSD 6 R = 0.8 Linear (RMSD(A))
4

0
0 20 40 60 80 100 120

Frame

Graficul este realizat cu datele generate de VMD 1.9.3 (Humphrey i colab.,1996)


i reprezint variaia RMSD n funcie de frame i variaz de la 0 pn la 9.788 A
la molecula cu frame-uri nealiniate lund n considerare datele generate pentru
secvena de aminoacizi dintre 5 i 40.

Valori RMSD molecula de Ubiquitina pentru residue 5 pn la 40 dup aliniere


(RMSD are valori cuprinse ntre 0 i 8.09
9
8
7
6
5 f(x) = 0.06x - 0.39 RMSD (A)
Valoare RMSD 4 R = 0.77 Linear ( RMSD (A))

3
2
1
0
0 20 40 60 80 100 120

Frame
Graficul este realizat cu datele generate de VMD 1.9.3 (Humphrey i colab.,1996)
i reprezint variaia RMSD n funcie de frame i variaz de la 0 pn la 8.09 A
la molecula cu frame-uri aliniate lund n considerare datele generate pentru
secvena de aminoacizi de la 5 pn la 40.Se poate observa diferena destul de
mare intre valorile RMSD ntre molecula cu frame-uri nealiniat ceea ce
nseamn c distanele dintre atomi sunt mai mici dup aliniere,dar se observ
diferene i mai mari ntre valorile RMSD pentru ntreaga molecul i ntre
valorile generate pentre secvena de aminoacizi de la 5 pn la 40.
Bibliografie

1. Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., "VMD - Visual Molecular


Dynamics", J. Molec. Graphics, 1996, vol. 14, pp. 33-38.