UNIVERSIDAD AUTNOMA DE BAJA CALIFORNIA SUR

REA DE CONOCIMIENTOS DE CIENCIAS DEL MAR

DEPARTAMENTO ACADMICO DE BIOLOGA MARINA

TESIS

VARIABILIDAD Y FLUJO GENTICO ENTRE DOS POBLACIONES DE Porites

sverdrupi DURHAM, 1947 (ANTHOZOA: SCLERACTINIA), CORAL ENDMICO

DEL GOLFO DE CALIFORNIA

QUE COMO REQUISITO PARA OBTENER EL TTULO DE

BILOGO MARINO

PRESENTA:

VIOLETA MARTNEZ CASTILLO

DIRECTOR:

Dr. HCTOR REYES BONILLA

FEBRERO 2013
La funcin del arte
Diego no conoca la mar. El padre, Santiago Kovadloff, lo llev a
descubrirla.

Viajaron al sur.

Ella, la mar, estaba ms all de los altos mdanos, esperando.

Cuando el nio y su padre alcanzaron por fin aquellas dunas de arena,

despus de mucho caminar, la mar estall ante sus ojos. Y fue tanta la
inmensidad de la mar, y tanto su fulgor que el nio qued mudo de
hermosura.

Y cuando por fin consigui hablar, temblando, tartamudeando, pidi a

su padre;

- Aydame a mirar!

E. Galeano

A quienes me ayudaron a mirar

mis padres
Agradecimientos

A mis padres. Por su apoyo y el inmenso esfuerzo que hicieron para que

pudiera llegar hasta aqu. Los amo!!

A Hctor, por las revisiones y el conocimiento transmitido, pero sobre todo,

por las oportunidades que me has brindado. A Axa Rocha y Sergio Flores por todo

lo aprendido, por las sugerencias, la paciencia y por formar parte de mi comit.

A todos en el Laboratorio de Ecologa Molecular del Departamento de

Oceanografa Biolgica en CICESE por su ayuda y apoyo. A Nancy por compartir

su tiempo para ensearme y supervisar mi trabajo, y a Jorge por ayudarme con las

ltimas digestiones y geles.

A todos en Sistemas Arrecifales por ayudarme a recolectar mis muestras,

por las apuestas, la presin, los consejos y las risas. A Mara, Sarita, Magda y

Paco por brindarme su amistad y apoyo, en verdad los aprecio muchsimo.

A quienes siempre creyeron en m: Ximeno, Fer, Paula, Almirro y Marianni.

Muchsimas gracias por todo este tiempo de amistad y por todo su apoyo, por

alentarme y porque, aunque lejos, siempre han estado cerca. Las adoro!!

A David, Jorge y Payn por los consejos, las sugerencias, las referencias, el

apoyo y por hacerme ver que las cosas no son tan complicadas como luego

pienso. Gracias por estar siempre ah. Los quiero muchsimo!

A TODOS USTEDES GRACIASTOTALES!

NDICE GENERAL

NDICE DE FIGURAS ....................................................................................................................... I

NDICIE DE TABLAS ....................................................................................................................... II

RESUMEN ........................................................................................................................................ III

Introduccin ....................................................................................................................................... 1

Antecedentes .................................................................................................................................... 7

Justificacin ..................................................................................................................................... 10

Objetivo general .............................................................................................................................. 11

Objetivos particulares .................................................................................................................... 11

rea de Estudio .............................................................................................................................. 11

Metodologa ..................................................................................................................................... 15

Trabajo de campo....................................................................................................................... 15

Trabajo de laboratorio ................................................................................................................ 15

Resultados ....................................................................................................................................... 21

Extraccin de ADN, amplificacin y genotipificacin de organismos ................................. 21

Diversidad y divergencia gentica ........................................................................................... 25

Estructura gentica .................................................................................................................... 29

Discusin ......................................................................................................................................... 31
 Aspectos metodolgicos ........................................................................................................... 31

Estructura gentica .................................................................................................................... 33

Recomendaciones ...................................................................................................................... 41

Conclusiones ................................................................................................................................... 43

Referencias ..................................................................................................................................... 44

Anexo I ............................................................................................................................................. 57

Anexo II ............................................................................................................................................ 59

Anexo III ........................................................................................................................................... 61

NDICE DE FIGURAS

Figura 1. Sitios de ocurrencia reportados para P. sverdrupi en la literatura ........................... 3

Figura 2. Colonia de Porites sverdrupi .......................................................................................... 4

Figura 3. Regin ITS dentro del ADN ribosomal de eucariotas. ............................................... 5

Figura 4. Sitios de muestreo de Porites sverdrupi. ................................................................... 14

Figura 5. Extracciones de ADN. ................................................................................................... 21

Figura 6. Amplificacin de la regin ITS verificada en gel de agarosa al 1.5%. .................. 22

Figura 7. Haplotipos resultado de la digestin con MboI. ........................................................ 23

Figura 8. Haplotipos resultado de la digestin con RsaI. ......................................................... 23

Figura 9. Haplotipos resultado de la digestin con DpnII......................................................... 24

Figura 10. Haplotipos resultado de la digestin con TaqI ........................................................ 24

Figura 11. Frecuencia de haplotipos por sitio. ........................................................................... 27

Figura 12. Filograma Neighbor-joining ..................................................................................... 31

Figura 13. Corrientes superficiales dentro del Golfo de California durante el verano. ........ 39

I
NDICIE DE TABLAS

TABLA I. Frecuencias de los haplotipos en Baha Concepcin y Loreto ............... 26

TABLA II. Matriz de distancias interhaplotpicas utilizada en el AMOVA. .............. 28

TABLA III. Diversidad haplotpica y nucleotdica de cada localidad. ..................... 29

TABLA IV. Anlisis de variancia molecular para dos poblaciones del coral P.

sverdrupi (nivel de significancia basado en 10 000 permutaciones). .................... 30

II
RESUMEN

Porites sverdrupi es un coral escleractinio endmico del Golfo de California

de cuyas poblaciones se conoce poco. Se ha reportado desde Isla ngel de la
Guarda (29 N) hasta Isla San Jos (25 N), encontrndose actualmente en dos
localidades asociado a mantos de rodolitos: Playa El Requesn en Baha
Concepcin (26 N) e Isla Catalana en Loreto (25 N). Existen diversos trabajos
sobre taxonoma y morfologa del coral, sin embargo, no existen estudios sobre
gentica poblacional. Debido a esto el presente trabajo tiene como objetivo
establecer el grado de variacin y flujo gentico de P. sverdrupi en las localidades
donde actualmente se distribuye. Para esto se tomaron muestras de 50 colonias
de cada localidad y de cada una se extrajo ADN de alto peso molecular para
despus amplificar la regin ITS de cada extraccin. Las amplificaciones se
digirieron con las enzimas de restriccin MboI, DnpII, RsaI, TaqI y Hsp92II para
obtener haplotipos compuestos. A partir de estos se obtuvo la diversidad
haplotpica y nucleotdica y se llev a cabo un anlisis de varianza molecular para
conocer el grado de diferenciacin gentica. Se obtuvieron 10 haplotipos
compuestos de los cuales tres son exclusivos de Baha Concepcin. Esta
localidad obtuvo la diversidad haplotpica ms alta (h = 0.7), mientras que Loreto
obtuvo la diversidad nucleotdica mayor (h = 0.2). Adems, el AMOVA muestra
que existe una estructura gentica (st = 0.06, p=0.029), con una aparente
demarcacin filogeogrfica en donde linajes distintos predominan en cada una de
las localidades de estudio. La estructura gentica encontrada probablemente se
deba a la diferencia de ambientes en cada una de las localidades, a la circulacin
propia de Baha Concepcin y a los episodios anxicos y txicos presentes en la
misma. Asimismo, la biologa reproductiva propia del coral puede estar
contribuyendo a dicha diferenciacin, as como la deriva gentica. A pesar de esto,
existe cierto nivel de flujo gentico entre las poblaciones, probablemente
promovido por la circulacin del Golfo de California.

Palabras clave: regin ITS, estructura gentica, diversidad haplotpica, diversidad

nucleotdica

III
Introduccin

Los corales ptreos son invertebrados del Phylum Cnidaria Hatschek, 1888

pertenecientes al Orden Scleractinia Bourne, 1900, los cuales son animales

sedentarios, coloniales o solitarios, y exclusivamente polipoides (Felder y Earle

2009).

Los corales escleractinios son organismos marinos diblsticos (que poseen

dos capas embrionarias) que se encuentran en todo el mundo, desde la zona

intermareal hasta profundidades de 6 328 m, siendo ms abundantes en aguas

someras tropicales (Spalding et al. 2001). Fisiolgicamente y ecolgicamente

pueden dividirse en dos grupos: los que poseen zooxantelas (simbiontes

dinoflagelados), y los que no (Sheppard et al. 2009). Los primeros se encuentran

restringidos a la zona ftica ya que dependen de la fotosntesis de su simbionte

para obtener nutrientes (Spalding et al. 2001), y se observan en regiones

tropicales y subtropicales, a profundidades que raramente exceden los 70 u 80

metros (Felder y Earle 2009). La mayora de stos corales son coloniales de

formas ramificadas, columnares, incrustantes y estructuras masivas (Sheppard et

al. 2009).

El gnero Porites Link, 1807 ha sido uno de los corales formadores de

arrecifes ms importantes y ampliamente distribuidos en los ltimos 60 millones de

aos, conteniendo actualmente 60 especies (Forsman 2003; Paz-Garca et al.

2008). Estos corales se distribuyen en zonas tropicales y subtropicales,

poseyendo uno de los rangos geogrficos ms amplios entre los corales

1
escleractinios; adems, su potencial de dispersin es uno de los ms altos (Glynn

1997).

Actualmente se reconoce la presencia de 14 especies nominales de Porites

en el Pacfico oriental, de las cuales slo nueve son consideradas como vlidas: P.

arnaudi Reyes-Bonilla y Carricart-Ganivet, 2000; P. australiensis Vaughan, 1918;

P. baueri Squires, 1959; P. lobata Dana, 1848; P. lichen Dana, 1846; P. lutea

Milne Edwards y Haime, 1860; P. panamensis Verrill, 1866; P. sverdrupi Durham,

1947 y P. rus Forskaal, 1775 (Lpez-Prez et al. 2003).

La especie Porites sverdrupi fue registrada y descrita por Durham (1947).

Es el nico coral arrecifal endmico del Golfo de California, adems de que es el

nico de su gnero con morfologa ramificada en el Pacfico oriental tropical

(Chiriboga et al. 2008). Se ha reportado su presencia desde Isla ngel de la

Guarda (29N) hasta Isla San Jos (25N; Figura 1), en profundidades de 1 a 40

m, siendo ms comn a profundidades mayores a 20 m (Lpez-Prez et al. 2003;

Chiriboga et al. 2008). La especie est asociada a camas de rodolitos (Reyes-

Bonilla et al. 1997) y forma colonias ramificadas generalmente de vida libre, con

clices pequeos (1.2 mm de dimetro), paredes delgadas y con el corallum

cubierto de espinas abundantes en todas sus estructuras (Lpez-Prez et al.

2003; Figura 2).

2
Figura 1. Sitios de ocurrencia reportados para P. sverdrupi en la literatura

3
Figura 2. Colonia de Porites sverdrupi

La especie se considera como vulnerable, estando incluida en la Lista Roja

de la Unin Internacional para la Conservacin de la Naturaleza (UICN) debido a

que es una especie rara dentro de su rango de distribucin, el cual es, adems,

muy restringido. A esto se suma el que es particularmente susceptible a

enfermedades y a la degradacin de su hbitat (Chiriboga et al. 2008).

P. sverdrupi fue en un principio fue considerada como una variacin

morfolgica y sinnimo de P. panamensis, sin embargo, estudios morfomtricos

han demostrado que es una especie vlida (Lpez-Prez et al. 2003). Los trabajos

sobre esta especie se han enfocado al aspecto taxonmico, dejando a un lado

aspectos importantes como el grado de variacin intrapoblacional y la tasa de flujo

4
gentico en la especie, los cuales ofrecen informacin necesaria para conocer el

estado de salud de este coral amenazado (Chiriboga et al. 2008).

Los estudios que tratan la variabilidad y el flujo gentico entre poblaciones

se basan en su mayora en el uso de marcadores moleculares tales como genes

ribosomales o mitocondriales, entre otros. En particular, el ADN ribosomal de

eucariotas consiste en grupos de secuencias repetidas en tndem de los genes

18S, 5.8S y 28S, separados por dos espaciadores internos transcritos, el ITS-1 y

el ITS-2 (Figura 3; Hillis y Dixon 1991). La regin ITS consiste en una porcin del

cistrn ribosomal compuesta por los dos espaciadores internos transcritos (los

cuales poseen una alta tasa de evolucin) y por el gen 5.8S (Forsman et al. 2009).

Dicha regin generalmente es polimrfica intraespecficamente, lo que le brinda un

gran potencial como marcador gentico para estudios microevolutivos y

comparativos (Forsman 2003).

Figura 3. Regin ITS dentro del ADN ribosomal de eucariotas.

Se han realizado avances importantes en ecologa y evolucin molecular de

metazoarios gracias al anlisis de ADNmt, esto debido a sus caractersticas. Sin

embargo, se ha visto que en organismos diblsticos como esponjas y corales no

es un buen marcador (Shearer et al. 2002; Wrheide 2005) y la variacin en esta

5
regin ha sido generalmente menor o igual a aquella encontrada en genes

nucleares. La tasa de sustitucin en dichas regiones no-codificantes son difciles

de comparar entre taxa debido a efectos variados de las restricciones evolutivas

en las tasas de sustitucin y a dificultades al alinear sitios homlogos (Hellberg

2006). A la fecha, los estudios de regiones mitocondriales en corales han

encontrado poca o nula variacin entre especies, gneros e incluso familias,

siendo una tasa baja de sustitucin nucleotdica la causa de esto (Hellberg 2006).

Debido a lo anterior, los corales escleractinios son organismos difciles de

trabajar a nivel molecular (van Oppen et al. 2000). Los marcadores moleculares

como los genes ribosomales 28S y mitocondrial 16S han sido utilizados para

establecer relaciones entre rdenes y familias coralinas, sin embargo, no son

informativos a nivel de gnero y por debajo de l (Chen et al. 1995; Veron et al.

1996). Es por esto que los espaciadores transcritos de genes ribosomales se han

convertido en uno de los marcadores moleculares ms utilizados en anlisis al

nivel de especie y poblacin en corales, ya que resultan bastante informativos

(Forsman et al. 2009).

En relacin con el gnero Porites, la regin ITS del ADN ribosomal resulta

de gran utilidad ya que permite observar diferencias intra e interpoblacionales

(Forsman et al. 2009). Dadas estas caractersticas, un anlisis que tome como

base la regin ITS puede brindar informacin muy til sobre el flujo gentico y la

variabilidad gentica entre poblaciones de P. sverdrupi, aspectos importantes de

una poblacin: un gran intercambio gentico contribuye a una mayor variabilidad

6
gentica, la cual es crucial para la recuperacin de las poblaciones cuando existen

perturbaciones en el ambiente (Paz-Garca et al. 2011). Los migrantes pueden

llevar nuevos alelos que se integrarn en la poblacin receptora, creando nuevas

combinaciones genticas que pueden favorecer a la poblacin (van Oppen y

Gates 2006). Adems, el flujo gentico incrementa el tamao efectivo de las

poblaciones locales (van Oppen y Gates 2006) y minimiza la posibilidad de una

extincin local (Vidal et al. 2005) por lo que resulta relevante conocer estos

aspectos en una especie que no solo es vulnerable, sino endmica del Golfo de

California.

Antecedentes

Los estudios realizados con P. sverdrupi son escasos y meramente

descriptivos. Esto se debe principalmente a que la especie era considerada como

un ecotipo sinnimo de Porites panamensis y no como un taxn diferente (Lpez-

Prez et al. 2003). Por el contrario, los trabajos morfolgicos y genticos sobre el

gnero Porites son relativamente abundantes.

En cuanto a aspectos morfolgicos y descriptivos de P. sverdrupi,

encontramos que Durham (1947) describe y registra la especie por primera vez. El

autor remarca que P. sverdrupi puede distinguirse de otras formas del Golfo de

California por sus rasgos espinosos y sus ramas delgadas, y seala que su rango

de distribucin es probablemente ms amplio de lo indicado por sus registros

(Baha Salinas, Isla Carmen, Baha Agua Verde y sur del Golfo; Figura 1).

7
Menciona tambin que la profundidad a la cual se encuentra es de

aproximadamente 20.7 m.

Durham y Barnard (1952) elaboraron un listado de corales ptreos

recolectados en cruceros por el Velero III y Velero IV en el Pacfico Oriental,

dentro de los cuales mencionan a P. sverdrupi con un rango batimtrico de 14.6 a

27.5 m. Los ejemplares fueron recolectados en Puerto Escondido, dentro del Golfo

de California, una zona cercana a Isla Catalana (Figura 1). Poco despus, Squires

(1959), indic que el rango de distribucin de P. sverdrupi es ms amplio de lo que

indicaban trabajos anteriores, encontrndose desde Isla ngel de la Guarda hasta

Isla Partida en el Archipilago Espritu Santo (Figura 1). Adems, el autor seala a

la especie como la fase profunda de P. panamensis, ya que considera los arreglos

de los septos idnticos, sinonimizando as P. sverdrupi con P. panamensis.

Reyes-Bonilla et al. (1997), estudiaron la presencia de corales hermatpicos

asociados a camas de rodolitos (algas calcreas) en distintos puntos del Golfo de

California. En total encontraron cinco especies de corales asociadas a rodolitos,

dentro de las cuales se encuentra P. sverdrupi, sealndolo como un coral de

vida libre que es fcilmente transportado por las corrientes sobre el sustrato,

posiblemente a consecuencia de su morfologa ramificada. El siguiente ao,

Reyes-Bonilla y Lpez-Prez (1998) presentaron un listado de las especies de

corales hermatpicos del Pacfico mexicano, su riqueza y su distribucin dentro de

la regin, y dentro de las especies enlistadas presentan dos endmicas, una de

ellas Porites sverdrupi.

8
 Lpez-Prez et al. (2003) realizaron un anlisis morfolgico comparativo

entre P. panamensis y P. sverdrupi con 16 caracteres morfolgicos medidos en 72

colonias, para definir la posicin taxonmica de P. sverdrupi, la cual result ser

una especie separada de P. panamensis. Posteriormente, Reyes-Bonilla et al.

(2005) publicaron un atlas de distribucin de corales ptreos en el Pacfico

mexicano, en el cual P. sverdrupi se reporta como presente en los estados de Baja

California, Baja California Sur, Sinaloa y Nayarit, dentro del Golfo de California

(Figura 1).

Finalmente, Reyes-Bonilla et al. (2010) evaluaron la diversidad gama de

corales zooxantelados en el Pacfico de Mxico, concluyendo que la riqueza

conocida en el rea es posiblemente una subestimacin de la real, es decir, an

hay especies de corales de las cuales no se tienen registros. En el estudio

incluyen a P. sverdrupi, el cual se encuentra en cuatro de 15 reas analizadas en

el Pacfico mexicano: Baja California, norte de Baja California Sur, centro de Baja

California Sur y Nayarit.

Los estudios moleculares de P. sverdrupi son muy escasos, dentro de los

cuales encontramos que Lopez-Forment (2003) realiz un anlisis sistemtico y

filogentico del gnero Porites en el Golfo de California. Su trabajo incluy a P.

sverdrupi, el cual mostr tener conexin con corales del Caribe (P. furcata, P.

divaricata y P. porites), por lo cual la autora sugiere que la especie es

descendiente de aquella regin, pasando al Pacfico justo antes de que se cerrara

el Istmo de Panam (3.5 millones de aos). Su anlisis us como marcador el gen

9
mitocondrial Citocromo Oxidasa I, secuenciando especies de Porites del Indo

Pacfico, Golfo de California y Caribe. Ese mismo ao Forsman (2003) trabaj con

filogenia y filogeografa del gnero Porites con base en la regin ribosomal ITS. En

su anlisis incluy a P. sverdrupi, el cual se encontr como una especie hermana

de P. panamensis, aunque el autor seala que se requiere de ms estudios para

apoyar esta hiptesis. Es importante sealar que a pesar de que an no existe un

consenso sobre las relaciones filogenticas de P. sverdrupi con otras especies del

mismo gnero, los trabajos existentes lo consideran como un taxn vlido.

Recientemente, Forsman et al. (2009) examinaron la evolucin de la regin

control mitocondrial y regin ITS ribosomal en el gnero Porites, demostrando que

el esqueleto coralino puede ser evolutivamente muy plstico, por lo cual puede

reflejar patrones de endemismo y diversidad. Su estudio incluy a P. sverdrupi,

especie que result como hermana de P. panamensis en los anlisis filogenticos.

Justificacin

P. sverdrupi es una especie de coral endmico del Golfo de California, la

cual adems se encuentra en la Lista Roja de la UICN como especie vulnerable; a

pesar de esto, la informacin acerca de la gentica de sus poblaciones es escasa.

Conocer el grado de variacin y flujo gentico entre las poblaciones brindar

nueva informacin sobre la especie, permitiendo conocer sus caractersticas

genticas y sentar las bases para estudios y anlisis posteriores.

10
Objetivo general

Determinar la variabilidad gentica y el nivel de flujo gentico en dos

poblaciones de Porites sverdrupi del Golfo de California.

Objetivos particulares

Determinar los haplotipos privados para las poblaciones de P. sverdrupi en

Baha Concepcin y Loreto utilizando la regin ITS como marcador molecular.

Determinar los haplotipos compartidos entre las poblaciones.

Establecer el grado de variacin nucleotdica en cada poblacin.

rea de Estudio

El presente trabajo abarc dos zonas en donde se han localizado

recientemente poblaciones abundantes de P. sverdrupi en el Golfo de California:

Playa el Requesn en Baha Concepcin; e Isla Catalana en Loreto (Figura 4),

ambos sitios en la regin norte del estado de Baja California Sur. Estas

poblaciones se encuentran asociadas a mantos de rodolitos, los cuales se forman

a lo largo de franjas de agua someras bajo condiciones fsicas muy variables

(Steller et al. 2007). Geogrficamente, los mantos de rodolitos se encuentran

alrededor de islas, en bahas costeras y lagunas (Steller et al. 2003).

Baha Concepcin es un ecosistema costero semicerrado, antiestuarino, en

contacto directo con agua superficial de la parte central del Golfo de California

11
(Prez-Soto 1995). Se localiza sobre la costa occidental del Golfo de California,

entre los 26 55 y 26 30 latitud norte; y 112 00 y 111 40 longitud oeste (Figura

4). Mide aproximadamente 45 km de largo y 9 km en su parte ms ancha. Las

aguas de la baha alcanzan temperaturas ms altas durante el verano que las

aguas adyacentes del Golfo de California (Prez-Soto 1995). Su profundidad

vara, teniendo reas someras en los mrgenes, y profundas en la parte ms

interior, aunque la profundidad promedio es de aproximadamente 17 m (Prez-

Soto 1995). El rango de salinidad de la baha es entre 35 y 37 ups, siendo el

promedio anual de 34.17 ups (Gilmartin y Revelante 1978; Antonov et al. 2010);

mientras que la temperatura superficial flucta ampliamente durante el ao, con

registros que van de los 17.5 a los 34.8 C (Mateo-Cid et al. 1993; Garcia et al.

2010; Locarnini et al. 2010; NEO 2011).

Baha Concepcin presenta una gran variedad de ambientes, destacando

playas de arena, grava, arcilla, canto rodado, manglares, acantilados y roca

(Ramrez 1983). Dentro de estos ambientes encontramos mantos de rodolitos,

uno de los cuales se ubica en Playa El Requesn. Este manto posee un sustrato

arenoso con oleaje moderado, ubicndose en las coordenadas 26 36 27 de

latitud Norte y 111 51 de longitud Oeste (Yabur-Pacheco 1998), con una

profundidad que va de los 3 a los 12 m. Esta cama de rodolitos es somera y posee

una cobertura amplia y densa de algas coralinas (Steller et al. 2003). El manto se

caracteriza por poseer rodolitos con ramificacin roma y por la presencia de

equinodermos y moluscos. A pesar de ser un manto extenso, no est totalmente

12
cubierto por rodolitos, sino que stos se encuentran muy dispersos en el rea.

Adems, no est bajo una gran influencia de corrientes debido a que se encuentra

en un rea semicerrada de Baha Concepcin.

Isla Catalana (o Santa Catalina) es una isla perteneciente al Parque

Nacional Baha de Loreto (Figura 4), el cual se ubica en el Golfo de California

entre las coordenadas 25 35 y 26 07 latitud norte; y 110 45 y 111 21 de

longitud oeste, en la porcin centro-este del estado de Baja California Sur. El

parque limita al oeste con la lnea de costa de Loreto, al norte abarca hasta la Isla

Coronados, al sur y al este con la Isla Catalana hasta la isobata de los 100 m por

detrs de sta. Isla Catalana posee una superficie aproximada de 43 km2. La

temperatura del agua en superficie presenta variaciones altas, oscilando entre los

26 y los 33C (INE 2000), mientras que la salinidad presenta fluctuaciones

pequeas a lo largo del ao, en un rango que va desde las 33.5 ups hasta las 35.5

ups (INE 2000; Antonov et al. 2010; NEO 2011).

Isla Catalana posee un manto extenso y abundante de rodolitos a 20 metros

de profundidad en el margen de la misma, donde las algas coralinas son tanto

incrustantes como ramificadas, llegando a adoptar estas ltimas una forma casi

esfrica. Se encuentran en asociacin con corales de los gneros Fungia y

Porites, adems de que en este manto abunda la estrella Acanthaster plancii.

13
Figura 4. Sitios de muestreo de Porites sverdrupi en Baha Concepcin y Loreto, B.C.S.

14
Metodologa

Trabajo de campo

Se realizaron dos recolectas de colonias de P. sverdrupi, una en Playa El

Requesn, Baha Concepcin (26.64087 N; -111.82941 W) y una en Isla

Catalana, Loreto (25.66366 N; -110.80469 W), ambas en sitios con camas de

rodolitos. Se recolectaron fragmentos de 50 colonias de coral en cada sitio por

medio de buceo autnomo, buscndolas de manera libre pero tratando de que

estuvieran lo ms separadas posibles, esto para evitar recolectar colonias clones.

Las muestras de Baha Concepcin se preservaron en frascos con solucin salina,

mientras que las de Loreto se preservaron en frascos con etanol al 96% para su

uso posterior.

Trabajo de laboratorio

El trabajo de laboratorio se llev a cabo en las instalaciones del Centro de

Investigacin Cientfica y de Educacin Superior de Ensenada, Baja California

(CICESE).

La extraccin de ADN se llev a cabo mediante el protocolo de extraccin

en cloruro de litio y buffer CTAB, el cual tiene como objetivo extraer ADN de alto

peso molecular de cada colonia con el fin de obtener un stock que pueda

almacenarse y usarse posteriormente (Aljanabi y Martinez 1997). Para esto, de

cada colonia se cort un fragmento con tejido de aproximadamente 0.5 cm2 y se

coloc en un tubo de Eppendorf con 300 l de buffer de extraccin CTAB. Se

15
macer el tejido, se aadieron 3 l de proteinasa K (20 mg/ml) y se agit

brevemente en vrtex. Los tubos con las extracciones se colocaron en incubadora

a 55C durante toda la noche o hasta que la digestin se llevara a cabo por

completo.

Posteriormente, se adicion a cada tubo 300 l de cloruro de litio (LiCl 5M)

y se agitaron manualmente durante un minuto, tras lo cual se agregaron 600 l de

cloroformo: alcohol isoamlico (24:1) y se agitaron en vrtex. Los tubos se

colocaron en agitacin durante 30 minutos a temperatura ambiente, tras lo cual se

centrifugaron a 13 000 gravedades por 15 minutos.

Despus de centrifugado se transfiri la capa acuosa (superior) de cada

tubo a uno nuevo, y se adicionaron 50 l de acetato de sodio 3M (pH 5.2) y 1 ml

de etanol absoluto fro. Se invirtieron los tubos varias veces y se dejaron a -20C

hasta el da siguiente. Posteriormente se centrifugaron a mxima velocidad

durante 20 minutos y se removi el lquido de los tubos teniendo cuidado de no

perder el pellet formado. Se adicionaron 750 l de etanol al 70 y se agitaron

durante 15 minutos a temperatura ambiente. Despus de la agitacin, se

centrifugaron los tubos a mxima velocidad por cinco minutos y se removi con

cuidado el etanol. Los pellets se dejaron secar durante un da.

Una vez secados los pellets, se resuspendieron en 100 l de Buffer TE (1x,

pH 8.0). De cada suspensin se tomaron 3 l y se corrieron en gel de agarosa al

1.5% para verificar la presencia de ADN. Una vez confirmada la presencia de ADN

16
de alto peso molecular, se guardaron las extracciones en congelacin para su uso

posterior.

La Reaccin en Cadena de la Polimerasa (PCR) tiene como objetivo hacer

mltiples copias de ADN pero nicamente de la regin de inters (Eguiarte et al.

2007), en este caso, la regin ITS. Para esto, primero se cuantific el ADN en

cada extraccin y despus se realizaron diluciones de las mismas. La

cuantificacin se llev a cabo espectofotomtricamente por absorcin de luz UV

utilizando un espectofotmetro NanoDrop, ya que este mtodo proporciona una

estimacin simple y precisa de la cantidad de ADN contenida (Keer 2008). Una

vez realizadas las diluciones correspondientes, se procedi a realizar los PCRs.

Para cada reaccin de PCR se aadi en un tubo de Eppendorf 9 l de

desoxinucletidos (dNTPs), 2.50 l de Buffer PCR 10X (1.5 m M MgCl2); 1 l de

F-primer ITS4 (White et al. 1990) TCCTCCGCTTATTGATATGC; 1 l de R-primer

ITS5 (White et al. 1990) GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG; 1.5 l de enzima Taq

DNApol; 2 l de dilucin de ADN; y se aadi agua destilada desionizada para

alcanzar un volumen de 25 l. Los tubos se colocaron en un termociclador DNA

Engine BIORAD, el cual se program de la siguiente manera:

1. Un minuto a 94C.

2. 35 ciclos de:

a. Desnaturalizacin: 60 segundos a 94C.

b. Alineamiento: 60 segundos a 55C.

c. Polimerizacin: 120 segundos a 72C.

17
 3. Un ciclo de:

a. Desnaturalizacin: 60 segundos a 94C.

b. Alineamiento: 60 segundos a 55C.

c. Polimerizacin: 10 minutos a 72C.

4. Cinco minutos a 72C.

5. Finalizacin a 4C.

Una vez finalizado el programa, se corrieron las muestras en gel de agarosa

al 1.5% para verificar la amplificacin de la regin ITS. Con estas amplificaciones

se realiz un segundo PCR con la misma programacin para aumentar el stock de

ITS.

Finalmente, se llev a cabo el anlisis de RFLPs, el cual permite diferenciar

organismos comparando los patrones derivados de cortes de su ADN por medio

de enzimas de restriccin. Las enzimas de restriccin son endonucleasas que

reconocen secuencias especficas dentro del ADN para realizar el corte. Si dos

organismos difieren en la distancia entre sitios de corte de una enzima de

restriccin en particular, la longitud de los fragmentos producidos diferir. Estos

fragmentos al ser visualizados en un gel de electroforesis producirn patrones que

pueden utilizarse para diferenciar genomas (Maier et al. 2009).

Para esto se cort la regin ITS amplificada con el fin de evaluar los

polimorfismos nulceotdicos asociados a los sitios de restriccin y obtener el

haplotipo de cada colonia. Se utilizaron por separado cinco endonucleasas de

restriccin: MboI, RsaI, DpnII, Hsp92II, y TaqI. Para la eleccin de dichas

18
endonucleasas se analizaron cinco secuencias de P. sverdrupi con el programa

Codon Code Aligner, el cual permite observar los cortes de una gran variedad de

enzimas sobre las secuencias analizadas. De esta manera se eligieron las

enzimas que cortaron las secuencias de P. sverdrupi.

Para cada reaccin de digestin se aadi en un tubo 11.4 l de agua

destilada-desionizada, 1.5 l del buffer correspondiente de cada enzima, 0.1 l de

la enzima y 2 l de la muestra amplificada de ITS (volumen total por reaccin =

15l). Se agitaron los tubos y se centrifugaron. En seguida se incubaron durante

toda una noche a 37C para las enzimas MboI, RsaI, Hsp92II y DpnII; y a 65C

para la enzima TaqI.

Despus de la incubacin, se aadieron 3 l de loading dye (colorante y

buffer de carga de electroforesis) a cada tubo para teir la muestra, se agitaron y

se centrifugaron. Las digestiones con RsaI y Hsp92II se corrieron en gel de

agarosa al 2% a 70 volts durante 2 horas, mientras que las digestiones con MboI,

TaqI y DpnII se corrieron en gel vertical de poliacrilamida al 40% (Acrilamida/Bis,

29:1) a 180 volts por 40 minutos aproximadamente. Ambos geles se tieron con

bromuro de etidio.

De cada gel se tomaron fotos, con las cuales se obtuvieron los haplotipos

de todas las colonias para cada enzima con base en la ausencia-presencia de

sitios de restriccin. Para esto cada patrn nico de bandas se asign a un

haplotipo distinto y, a cada haplotipo distinto se le asign una letra. Los haplotipos

19
de cada una de las colonias se agruparon para obtener los haplotipos

compuestos a analizar.

Los haplotipos compuestos se analizaron con el software REAP, donde se

emple el ndice de distancia Nei-Tajima (1981), el cual da un estimado del

nmero de sustituciones nucleotdicas por sitio y el grado de relacin evolutiva

entre los individuos o poblaciones analizados. Adems, se estimaron los ndices

de diversidad nucleotdica y haplotpica conforme a las formulas 10.5 y 8.5 de Nei

y Tajima (1981) y Nei (1987), respectivamente. El grado de diferenciacin gentica

entre las muestras geogrficas se cuantific con un anlisis de variancia molecular

(AMOVA) por medio del programa Arlequin (Excoffier et al. 1992), el cual calcula la

distancia entre los diferentes haplotipos y produce estimadores de los

componentes de la varianza molecular que son anlogos a los estadsticos F de

Wright, llevando a cabo la prueba de hiptesis mediante permutaciones (Excoffier

et al. 1992). El AMOVA se llev a cabo con 10 000 permutaciones tomando como

matriz de distancias euclidianas las distancias interhaplotpicas obtenidas de

acuerdo a Nei y Miller (1990, ec.4) con el programa REAP 4.0 (McElroy et al.

1992). El anlisis se llev a cabo tomando en cuenta dos grupos, los cuales se

designaron por localidad.

Por ltimo se elabor un filograma Neighbor-Joining, enraizado por punto

medio (midpoint rooting), el cual se realiz a partir de la matriz de distancias

interhaplotpicas, con el programa MEGA 4.0 (Tamura et al. 2007).

20
Resultados

Extraccin de ADN, amplificacin y genotipificacin de organismos

Se realizaron 100 extracciones de ADN de alto peso molecular (Figura 5),

cada una perteneciente a una colonia diferente de P. sverdrupi (50 colonias de

Loreto y 50 colonias de Baha Concepcin). La cantidad de ADN extrado fue muy

variable fluctuando entre los 24 y 1036 ng/l para las extracciones de Baha

Concepcin (Anexo I) y entre los 6.2 y los 640 ng/l para Loreto (Anexo II).

Figura 5. Extracciones de ADN. La banda superior (recuadro) evidencia la presencia de ADN de

alto peso molecular.

Se logr amplificar por PCR la regin ITS de 62 colonias: 33 de Baha

Concepcin y 29 de Loreto. Las amplificaciones fueron secuencias de

21
aproximadamente 750 pares de bases (Figura 6) y stas se digirieron con las

enzimas Hsp92II, TaqI, MboI, RsaI y DpnII.

En la digestin con MboI se obtuvo un nico patrn de bandas en los geles,

mientras que para RsaI y DpnII se obtuvieron dos patrones, y para TaqI tres

(Figuras 7, 8, 9 y 10 respectivamente). Las digestiones realizadas con Hsp92II

fueron incompletas o nulas, por lo que esta enzima no se tom en cuenta para

formar los haplotipos compuestos.

Figura 6. Amplificacin de la regin ITS verificada en gel de agarosa al 1.5%. *Banda de la

escalera que seala las 750pb.

22
Figura 7. Haplotipos resultado de la digestin con MboI. Todas las colonias poseen el mismo

haplotipo.

B A A

Figura 8. Haplotipos resultado de la digestin con RsaI. Se detectaron dos haplotipos en las

colonias analizadas (A y B).

23
 A B

Figura 9. Haplotipos resultado de la digestin con DpnII. Se detectaron dos haplotipos en las

colonias analizadas (A y B).

A B C

Figura 10. Haplotipos resultado de la digestin con TaqI. Se detectaron tres haplotipos en las

colonias analizadas (A, B y C).

24
 Con los distintos patrones de bandas producto de las digestiones se

obtuvieron 10 haplotipos compuestos. De ellos, tres son exclusivos de Baha

Concepcin (H5, H6 y H10); el resto se encuentra en ambas localidades (Tabla I).

Con base en estos patrones se asign a cada haplotipo compuesto un

identificador binario que representa la ausencia o presencia de los fragmentos de

restriccin (Anexo III).

Diversidad y divergencia gentica

Los haplotipos H4, H8 y H9 fueron los de mayor frecuencia considerando la

totalidad de las muestras analizadas. H4 se encontr en el 27.42% de las colonias

analizadas, mientras que H8 estuvo en el 24.19% y H9 en el 22.58% de las

colonias (Tabla I). Adems, de estos tres haplotipos dominantes, H4 fue el de

mayor frecuencia en Loreto, encontrndose en el 41.38% de los individuos de esta

localidad; y H9 el de mayor frecuencia en Baha Concepcin, encontrndose en el

39.39% de los individuos (Figura 11). Estos ltimos dos haplotipos difieren en solo

dos sitios de restriccin, los cuales se detectan con la enzima RsaI.

25
TABLA I. Frecuencias de los haplotipos en Baha Concepcin (BC) y Loreto

(LO).

Nombre
Haplotipo Total
del BC (N) % LO (N) % %
compuesto (N)
Haplotipo

H1 AAAA 1 3.03 1 3.45 2 3.23

H2 AAAB 1 3.03 4 13.79 5 8.06

H3 AABA 1 3.03 1 3.45 2 3.23

H4 AABB 5 15.15 12 41.38 17 27.42

H5* AABC 1 3.03 0 0 1 1.61

H6* ABAA 1 3.03 0 0 1 1.61

H7 ABAB 2 6.06 1 3.45 3 4.84

H8 ABBA 6 18.18 9 31.03 15 24.19

H9 ABBB 13 39.39 1 3.45 14 22.58

H10* ABBC 2 6.06 0 0 2 3.23

Total 33 100 29 100 62 100

*Haplotipos privados; negritas, haplotipos dominantes

26
Figura 11. Frecuencia de haplotipos por sitio.

27
 Los valores de las distancias interhaplotpicas entre los haplotipos

compuestos resultaron bajos, siendo el ms alto de 0.0558 (Tabla II).

TABLA II. Matriz de distancias interhaplotpicas (Nei y Tajima 1981) utilizada

en el AMOVA.

H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 H10

H1 0

H2 0.0152 0

H3 0.0152 0.0313 0

H4 0.0313 0.0152 0.0152 0

H5 0.0385 0.0385 0.0224 0.0224 0

H6 0.0152 0.0313 0.0313 0.0485 0.0558 0

H7 0.0313 0.0152 0.0485 0.0313 0.0558 0.0152 0

H8 0.0313 0.0485 0.0152 0.0313 0.0385 0.0152 0.0313 0

H9 0.0485 0.0313 0.0313 0.0152 0.0385 0.0313 0.0152 0.0152 0

H10 0.0558 0.0558 0.0385 0.0385 0.0143 0.0385 0.0385 0.0224 0.0224 0

En cuanto a la diversidad haplotpica, Baha Concepcin obtuvo el valor

ms alto, siendo este de 0.79, mientras que Loreto obtuvo el valor ms alto de

diversidad nuecleotdica, de 0.020 (Tabla III). Adems, la diversidad nucleotdica

28
interpoblacional fue mayor que las diversidades intrapoblacionales (0.022; Tabla

III).

TABLA III. Diversidad haplotpica y nucleotdica de cada localidad.

Baha Concepcin Loreto

No. de colonias 33 29

No. de haplotipos 10 7

h (diversidad
0.7888 0.03686 0.7211 0.03727
haplotpica)

(diversidad
0.019922 0.020607
nucleotdica)

Diversidad nucleotdica
0.021720
(interpoblacional)

Divergencia
0.001455
(interpoblacional)

Estructura gentica

El AMOVA muestra que existe una pequea pero significativa variacin

entre las dos localidades (6.71% de variacin interpoblacional P=0.029), por lo

cual se considera que son poblaciones diferentes (Tabla IV).

29
TABLA IV. Anlisis de variancia molecular para dos poblaciones del coral P.

sverdrupi (nivel de significancia basado en 10 000 permutaciones).

Fuente de la Suma de Componentes Porcentaje

g.l.
variacin cuadrados de la varianza de variacin

Interpoblacional 1 0.033 0.00073 6.71

Intrapoblacional 60 0.607 0.01012 93.29

Total 61 0.640 0.01085

ndice de Fijacin ST: 0.06712 (P= 0.02901)

Respecto al filograma, este separa a los haplotipos en dos grandes clados

(A y B; Figura 12). La enzima que hace esta separacin es RsaI, donde los clados

difieren en dos sitios de restriccin. Los haplotipos ms derivados (H5 y H10)

resultan ser haplotipos exclusivos de Baha Concepcin (Tabla I), con bajas

frecuencias y que poseen el haplotipo C de la enzima TaqI. La nica distincin

entre los haplotipos H5 y H10 son dos sitios de restriccin encontrados con la

enzima RsaI.

La mayora de los organismos del clado A (Figura 12) pertenecen a Loreto

(66.66%); mientras que el grupo B tiene en su mayora colonias de Baha

Concepcin (68.57%), mostrando una clara divisin geogrfica en la filogenia.

Adems, los haplotipos con las frecuencias ms contrastantes (H4 y H9) resultan

30
en grupos distintos, y cada uno es, adems, el dominante de cada localidad (H4

de Loreto y H9 de Baha Concepcin, Tabla I).

Figura 12. Filograma Neighbor-joining elaborado a partir de la distancias interhaplotpicas. Los

grficos circulares muestran el porcentaje de individuos de cada localidad que poseen haplotipos

correspondientes a cada uno de los clados.

Discusin

Aspectos metodolgicos

Se logr extraer ADN de todos los organismos analizados de P. sverdrupi,

sin embargo, solo se pudo amplificar la regin ITS de 62 extracciones. Rubin et al.

(2008) encontraron problemas al amplificar esta regin en diferentes corales

escleractinios y una de las formas de solucionarlo fue aumentando la

31
concentracin de ADN de alto peso molecular. Sin embargo, y curiosamente, en

las muestras analizadas de P. sverdrupi las que mejor amplificaron la regin ITS

fueron las de menor concentracin de ADN.

Los tejidos extrados de los corales para anlisis moleculares tambin

contienen la informacin gentica de sus dinoflagelados simbiontes, la cual puede

provocar una contaminacin al momento de tratar de aislar o amplificar el ADN del

animal (van Oppen et al. 2000). Estos problemas fueron solucionados en diversos

trabajos utilizando gametos para la extraccin de ADN, o centrifugando mltiples

veces el tejido del coral adulto para separar los componentes de los simbiontes de

los del hospedero. Es importante mencionar que este ltimo mtodo no garantiza

una separacin absoluta de los componentes, lo cual puede ser un problema en

tcnicas de gran sensibilidad como lo es el PCR (Takabayashi et al. 1998; van

Oppen et al. 2000). Probablemente las extracciones que obtuvieron valores muy

altos en la cuantificacin de ADN poseen tambin material gentico de las

zooxantelas simbiontes y debido a estas impurezas es que result difcil amplificar

la regin ITS. A pesar de lo anterior, el nmero de amplificaciones logradas resulta

ser representativo para fines de este trabajo.

Aunque no es fcil amplificar la regin ITS de corales (Forsman 2003), este

marcador ha sido utilizado ampliamente en diversos trabajos sobre variacin

poblacional debido, entre otras razones, a que vara ms que otras secuencias de

ADN mitocondrial o nuclear (Sclottere et al. 1994; Chen et al. 1996). Adems, se

ha comprobado que esta regin posee una mayor resolucin que otros

32
marcadores de uso comn, llegando a revelar la variacin gentica entre colonias

de corales que habitan un rango geogrfico limitado (Takabayashi et al. 1998), y

es particularmente informativo para el gnero Porites ya que es capaz de mostrar

diferencias interespecficas logrando distinguir y separar especies que resultan

problemticas taxonmicamente (Forsman et al. 2006; Forsman et al. 2009). Por

lo anterior los resultados obtenidos en el presente trabajo son confiables y resultan

informativos sobre el estado gentico de P. sverdrupi en las localidades de trabajo.

No slo la amplificacin de la regin ITS present algunos problemas, sino

tambin la digestin de la misma con diferentes enzimas. La mayor dificultad la

present la enzima Hsp92II, ya que las digestiones resultantes de esta fueron

incompletas o nulas. Sin embargo esto se debi a que el tiempo de vigencia

(tiempo de vida til) de la enzima ya se haba excedido, ya que ni el aumento en la

cantidad de la misma o el incremento en el tiempo de la digestin mejoraron los

resultados obtenidos. Con el resto de las enzimas se obtuvieron digestiones

completas y a partir de ah se obtuvo informacin til para describir los haplotipos

compuestos.

Estructura gentica

De los 10 haplotipos compuestos obtenidos, tres resultaron exclusivos de

Baha Concepcin (H5, H6 y H10), lo cual contribuy a que esta localidad

obtuviera el valor ms alto de diversidad haplotpica, aunque la diversidad

nucleotdica fue ligeramente menor a la de Loreto (Tabla III). Los haplotipos 4 y 9

33
(Tabla I) obtuvieron frecuencias altas (41.38% en Loreto y 39.39% en B.

Concepcin respectivamente), las cuales son adems contrastantes en ambas

localidades y son las responsables de producir la moderada estructura gentica

(6.71% de la variancia molecular explicada entre poblaciones, p=0.029; Tabla IV).

Esto es de importancia dado que cada haplotipo se encuentra en uno de los dos

clados formados (Figura 12), por lo que no slo proveen de una seal de distincin

gentica, sino que aparentemente tienen una demarcacin filogeogrfica, es decir,

en cada una de las localidades predomina un linaje distinto. Adems, ambos

haplotipos se encuentran en las ramas ms distales del filograma (Figura 12).

Existen estudios sobre conectividad gentica en corales del Pacfico

Mexicano con estrategias reproductivas contrastantes (Chavez-Romo et al. 2008;

Paz-Garca et al. 2008b; Saavedra-Sotelo et al. 2011). En estos estudios se toman

en cuenta poblaciones de corales dentro del Golfo de California y del sur del

Pacfico Mexicano, demostrando que existe estructura gentica entre estas dos

grandes zonas. Se encontr que las poblaciones dentro del Golfo de California

fueron similares entre s, y difieren de las del Pacfico Mexicano, debido

posiblemente a la distancia entre las zonas de muestreo, las corrientes

oceanogrficas y a diferencias en condiciones ambientales que dan como

resultado historias evolutivas distintas y por lo tanto, una diferenciacin en los

sitios. Resulta interesante que P. sverdrupi no siga el patrn encontrado por estos

trabajos respecto a las poblaciones dentro del Golfo de California y que,

34
encontrndose en reas relativamente cercanas, exista una diferencia significativa

entre Baha Concepcin y Loreto.

El intercambio de larvas, no slo en corales sino en diversas especies de

invertebrados ssiles, puede ser limitado por caractersticas oceanogrficas que

mantienen a las larvas cerca de su poblacin, disminuyendo la dispersin de stas

y por lo tanto, disminuyendo el intercambio gentico entre poblaciones (Brazeau et

al. 2011). La estructura de poblaciones adultas de corales, su dinmica y su

gentica se determinan por factores que afectan la dispersin de larvas, su

asentamiento y reclutamiento. (Lecchini y Galzin 2003). Adems, la conectividad

gentica puede disminuir debido a barreras tanto fsicas como fisiolgicas que

evitan que grupos intercambien material gentico, contribuyendo al aislamiento

reproductivo y teniendo como consecuencia una diferenciacin gentica entre

poblaciones (Coyne 1992; Palumbi 1994; Dai et al. 2000). As, la diferencia tan

marcada de ambientes (Playa El Requesn es una regin protegida dentro de una

baha, mientras que Isla Catalana se encuentra desprotegida y afectada

directamente por la accin de viento y mareas) debe actuar como una barrera que

disminuya el intercambio de individuos entre las poblaciones a pesar de su relativa

cercana y, de esta manera, contribuya a la estructura gentica encontrada. A esto

se suma la circulacin propia de Baha Concepcin, ya que en la parte norte de la

baha (que incluye el canal de acceso) existe un flujo superficial hacia el interior de

sta, mientras que en el interior la circulacin superficial consiste en un flujo

ciclnico (Rodrguez-Meza et al. 2009). Los individuos migrantes de P. sverdrupi

35
tendran dificultad para salir de la baha debido a este tipo de circulacin, ya que

tendran que salir del flujo ciclnico y de lograrlo se encontraran con una corriente

que va en direccin opuesta a la de ellos.

Otro factor a considerar, es que en Baha Concepcin existen pocas en las

cuales la alta productividad biolgica genera episodios de condiciones subxicas y

anxicas, y existen tambin perodos en los cuales se libera sulfuro de hidrgeno

generando un ambiente txico (Lpez-Corts et al. 2003; Rodrguez-Meza et al.

2009). Si estos episodios coinciden con la poca reproductiva de P. sverdrupi, lo

ms probable es que impidan o dificulten la fertilizacin y la supervivencia de

larvas, e incluso podran afectar a los individuos adultos impidiendo el intercambio

con Loreto.

Por otro lado, tambin se tiene que las dos poblaciones se encuentran en

reas poco extensas, por lo cual los tamaos efectivos poblacionales pueden ser

limitados, lo que favorece que la deriva gentica pueda estar ejerciendo una gran

influencia en ellas ayudando a la conformacin de la estructura encontrada (van

Oppen y Gates 2006); y, dado que especies con un alto potencial de dispersin

poseen una diferenciacin gentica muy pequea a gran escala (Dai et al. 2000) la

diferencia encontrada entre las dos poblaciones sugiere que P. sverdrupi es un

coral con un potencial de dispersin bajo. Esto puede traer consecuencias de gran

importancia ya que resulta en una prdida de variabilidad gentica (van Oppen y

Gates 2006).

36
 Otro elemento que puede contribuir a un intercambio gentico restringido es

el tipo de reproduccin de P sverdrupi. El coral P. panamensis, una especie

evolutivamente cercana a P. sverdrupi (Forsman 2003; Forsman et al. 2009), es

una especie gonocrica con fertilizacin interna en la que las larvas se asientan a

pocos metros de las colonias progenitoras (Glynn et al. 1994). Estudios

histolgicos realizados por Cabral-Tena1 indican que P. sverdrupi tambin es una

especie gonocrica, y de comportarse como P. panamensis respecto a su

estrategia de fertilizacin, sus larvas tenderan a asentarse principalmente en su

localidad de origen y slo unas cuantas seran capaces de llegar a otras regiones,

limitando as el intercambio gentico entre Baha Concepcin y Loreto. Adems,

existen trabajos que demuestran que el reclutamiento en corales es a menudo

local (Ayre y Hughes 2000; Tioho et al. 2001).

An cuando lo anterior explica la estructura poblacional encontrada y el

limitado intercambio gentico entre las poblaciones, existe flujo gentico ya que

stas comparten algunos haplotipos (Tabla I). Baha Concepcin, siendo la

localidad con el mayor nmero de haplotipos y la que cuenta con aquellos que son

privados, puede ser el lugar del cual se dispersen las larvas y por lo tanto actuar

como reservorio gentico. Este flujo hipottico unidireccional permite predecir que

todos los haplotipos encontrados en Loreto tambin estaran en Baha

Concepcin, tal y como result en el presente trabajo (Tabla I).

1
Cabral-Tena R. 2012. Comunicacin personal. Centro de Investigaciones Biolgicas del Noroeste.

37
 Adems, las corrientes superficiales tambin pueden ayudar a que se de

ste proceso. Los estudios realizados sobre corrientes oceanogrficas en el Golfo

de California consideran que en el verano la circulacin del agua hacia fuera del

Golfo ocurre a lo largo de la costa de la pennsula de Baja California, ya que en

esta zona la corriente en verano tiene direccin sur (Figura 13; Lavn y Marinone

2003; Makarov y Jimnez-Illescas 2003). Trabajos sobre reproduccin de Porites

panamensis en las costas de Jalisco y Oaxaca han demostrado que esta especie

se reproduce durante los meses clidos, de mayo a septiembre (Vizcano-Ochoa

2003; Rodrguez-Troncoso 2006; Carpizo-Ituarte 2011); mientras que en la Baha

de La Paz se ha demostrado que posee un ciclo reproductivo anual en el cual la

actividad reproductiva aumenta con el incremento de la temperatura del agua

(Mora-Prez 2005), situacin similar a las colonias de Baha La Entrega, Oaxaca

(Rodrguez-Troncoso et al. 2011).

Asumiendo que P. sverdrupi se comporte como P. panamensis, especie con

la cual est ms cercanamente relacionada (Forsman 2003; Forsman et al. 2009),

los meses de mayor actividad reproductiva (verano) coincidiran con la direccin

de las corrientes que favorecen el movimiento de organismos de Baha

Concepcin hacia Loreto, siendo este ltimo el lugar que recibe a los nuevos

reclutas.

38
Figura 13. Corrientes superficiales dentro del Golfo de California durante el verano. Este patrn se

invierte en invierno (Lavn y Marinone 2003; Makarov y Jimnez-Illescas 2003).

Dado que son muchos los factores que pueden limitar el intercambio larval

entre las poblaciones, se puede asumir que el flujo gentico entre las localidades

de estudio es restringido y que quiz esto es una de las razones por las cuales P.

sverdrupi se encuentra naturalmente en vas de extincin (Reyes-Bonilla y Lpez-

Prez 1998). Al ser mnimo el flujo de migrantes, es mnimo el nmero de alelos

nuevos que pueden integrarse a la poblacin y ser favorecidos por medio de

seleccin (van Oppen y Gates 2006). Este aspecto resulta de gran inters en la

39
conservacin de P. sverdrupi debido a su estado de especie endmica, ya que se

encuentra relacionado con la resilencia de la poblacin. La integracin de alelos

nuevos contribuye a una mayor diversidad gentica, la cual proveer a los

individuos de una mayor probabilidad de sobrevivir o recuperarse de grandes

perturbaciones y disminuye el riesgo de extincin (Gmez-Campo 2011). Esto

implica que P. sverdrupi puede ser una especie frgil y de lenta recuperacin

frente a disturbios en el ambiente dado el intercambio gentico restringido que

existe entre las poblaciones. Adems, al depender la poblacin de los organismos

adultos locales, corre el riesgo de que se llegue a extinguir si se presenta alguna

enfermedad o evento de blanqueamiento en cualquiera de las localidades (Bear

2006).

Existen diversas acciones que pueden implementarse a favor de la

conservacin de P. sverdrupi. La ms obvia sera conservar el sitio donde se

encuentran las poblaciones, y dado que Baha concepcin es el lugar con la

diversidad haplotpica ms alta (Tabla III) y probablemente el reservorio gentico

de la especie, sera ste el sitio adecuado sobre el cual trabajar.

Recientemente ha surgido una nueva lnea denominada gentica de la

restauracin, la cual pretende reparar la diversidad de genes de una especie en

todos los niveles, mediante el uso de tcnicas moleculares que permitan conocer

la variacin y diversidad del objeto de estudio (Rinkevich 2005). Estos estudios

guan los esfuerzos de recoleccin, trasplante e incluso de cultivo de corales

(Baums 2008) ya que una preocupacin importante es que las poblaciones de

40
coral restauradas posean una diversidad gentica menor que la poblacin original

debido al re-poblamiento con pocos tipos de genotipos (Shearer et al. 2009). En

este sentido, este trabajo provee de informacin base que puede aplicarse en la

restauracin de poblaciones de P. sverdrupi y que, en consecuencia, servirn para

la conservacin de la especie. De implementarse acciones de conservacin y

restauracin que se apoyen en estudios moleculares, Baha Concepcin sera el

lugar adecuado del cual extraer colonias para su trasplante en otros sitios, ya que

cuenta con la mayor diversidad haplotpica (Tabla III), un factor muy importante a

considerar dado que esta variacin le brinda a la poblacin una mayor posibilidad

de adaptarse y establecerse en el lugar a donde son trasladadas las colonias,

adems de que se busca mantener la heterogeneidad gentica de los organismos

(Rinkevich 2005; Baums, 2008).

Recomendaciones

Respecto a la parte tcnica (extraccin, amplificacin y digestin de ADN),

para trabajos futuros se sugiere separar los endosimbiontes del holobionte antes

de las extracciones de ADN, evitando as que el material gentico de los

simbiontes del coral interfiera con la amplificacin de la regin ITS. Tambin es

recomendable cuantificar las muestras de ADN para detectar una posible relacin

entre la cantidad de ADN en una muestra y el xito en la amplificacin. Adems,

para las digestiones es necesario verificar la vigencia de las enzimas y,

preferiblemente, usar las ms recientes para as garantizar digestiones completas.

41
 En cuanto al uso de la informacin molecular de este trabajo es importante

mencionar que el presente es el primero en tratar aspectos genticos de P.

sverdrupi. Por lo tanto, provee de una gua respecto a la poblacin sobre la cual

realizar esfuerzos de conservacin. Sin embargo, esto no excluye la necesidad de

realizar anlisis moleculares ms especficos (como secuenciacin, uso de

microsatlites, etc.) que brinden una mayor certeza respecto a la aplicacin de

mtodos de restauracin y/o conservacin, ni tampoco elimina la importancia de

conservar la poblacin de Loreto. Adems, es importante tomar en cuenta que la

gentica es slo uno de los aspectos a considerar en la implementacin de este

tipo de acciones de manejo y conservacin, ya que tambin se necesitan realizar

estudios sobre la qumica del lugar, el sustrato, reproduccin del coral, entre otros,

que brinden informacin necesaria para maximizar la probabilidad de

supervivencia de los corales.

Lo ideal sera poder preservar las poblaciones existentes de P. sverdrupi y,

de ser posible, restaurar aquellas que se han extinguido en los ltimos aos.

42
Conclusiones

Existe una clara estructura gentica entre las dos poblaciones de P.

sverdrupi analizadas con un flujo gentico restringido.

Baha Concepcin present 10 haplotipos compuestos, tres de los cuales

son privados; mientras que Loreto present slo siete y ninguno es privado.

Adems, Baha Concepcin present la diversidad haplotpica ms alta, mientras

que Loreto present la diversidad nucleotdica ms alta.

Los resultados obtenidos en este trabajo sugieren que P. sverdrupi es una

especie frgil y de lenta recuperacin con alta probabilidad de extinguirse en

alguna de las localidades frente a un evento de blanqueamiento o por alguna

enfermedad. Adems, el intercambio gentico limitado sugerido por el nivel de

estructura moderado que hay entre las poblaciones puede ser una de las causas

por las cuales las poblaciones previamente reportadas han ido extinguindose.

43
Referencias

Aljanabi S.M. e I. Martnez. 1997. Universal and rapid salt-extraction of high

quality genomic DNA for PCR-based techniques. Nucleic Acids Research.

25(22): 4692-4693.

Antonov J.I., D. Seidov, T.P. Boyer, R.A. Locarnini, A.V. Mishonov, H.E. Garcia,

O.K. Baranova, M.M. Zweng, y D.R. Johnson. 2010. World Ocean Atlas 2009,

Volume 2: Salinity. S. Levitus, Ed. NOAA Atlas NESDIS 69, U.S. Government

Printing Office, Washington, D.C., 184 pp.

Ayre D.J. y T.P. Hughes. 2000. Genotypic diversity and gene flow in brooding

and spawning corals along the Great Barrier Reef, Australia. Evolution. 54:

15901605.

Baums I.B. 2008. A synopsis of coral restoration genetics. En: Advances in

Coral Husbandry in Public Aquariums. Public Aquarium Husbandry Series vol.

2. R.J. Leewis and M. Janse (eds) 335-338 pp.

Bear J. 2006. Development of microsatellite primers for investigating genetic

connectivity and diversity of scleractinian corals. Honor Thesis. School of

Biology, Georgia Institute of Technology.

Brazeau D.A., P.W. Sammarco y A.D. Atchison. 2011. Micro-scale genetic

heterogeneity and structure in coral recruitment: fine-scale patchiness.

Aquatic Biology. 12: 55-67.

Carpizo-Ituarte E., V. Vizcano-Ochoa, G. Chi-Barragn, O. Tapia-Vzquez, A.L.

Cupul-Magaa y P. Medina-Rosas. 2011. Evidencia de reproduccin sexual

44
 en los corales hermatpicos Pocillopora damicornis, Porites panamensis

y Pavona gigantea en Baha de Banderas, Pacfico mexicano. Ciencias

Marinas. 37(1): 97-112.

Chvez-Romo H.E., F. Correa-Sandoval, D.A. Paz-Garca, H. Reyes-Bonilla, R.A.

Lpez-Prez, P. Medina-Rosas y M.P. Hernndez-Corts. 2008. Genetic

structure of a scleractinian coral, Pocillopora damicornis, in the Mexican

Pacific. Proceedings of the 11th International Coral Reef Symposium.

Chen C.A., D.M. Odorico, M. ten Lohuis, J.E. Veron, y D.J. Miller. 1995.

Systematic relationships within the Anthozoa (Cnidaria: Anthozoa) using

the 5'-end of the 28S rDNA. Molecular Phylogenetics and Evolution. 4: 175-

83.

Chen C.A., B.L. Willis, y D.J. Miller. 1996. Systematic relationships between

tropical corallimorpharians (Cnidaria: Anthozoa: Corallimopharia): utility

of the 5.8S and internal transcribed spacer (ITS) regions of the rRNA

transcription unit. Bulletin of Marine Science 59(1): 196-208.

Chiriboga A., G. Edgar y H. Reyes-Bonilla. 2008. Porites sverdrupi. En: IUCN

2011. IUCN Red List of Threatened Species. Versin 2011.1.

Coyne J.A. 1992. Genetics and speciation. Nature. 355: 511515.

Dai C.D., T.Y. Fan y J.K. Yu. 2000. Reproductive isolation and genetic

differentiation of a scleractinian coral Mycedium elephantotus. Marine

Ecology Progress Series. 201: 179187.

45
Durham J.W. 1947. Corals from the Gulf of California and the north Pacific

coast of America. Memoirs from the Geological Society of America. 20: 1-68.

Durham J.W. y J.L. Barnard. 1952. Stony Corals of the Eastern Pacific

collected by the Velero III and Velero IV. Allan Hancock Pacific Expeditions.

16: 1-110.

Eguiarte L., V. Souza y X. Aguirre. 2007. Ecologa molecular. Instituto Nacional

de Ecologa. Mxico. 592pp.

Excoffier L.P., E. Smouse, y J.M. Quattro. 1992. Analysis of molecular variance

inferred from metric distances among DNA haplotypes: Application to

human mitochondrial DNA restriction data. Genetics. 131:479-491.

Felder D.L. y S.A. Earle. 2009. Gulf of Mexico origin, waters, and biota:

Biodiversity. Texas A&M University Press. 1312pp.

Forsman Z. 2003. Phylogeny and phylogeography of Porites & Siderastrea

(Scleractinia: Cnidaria) species in the Caribbean and Eastern Pacific;

based on the nuclear ribosomal ITS region. PhD Dissertation. Dept. of

Biology and Biochemistry. University of Houston.

Forsman Z., C.L. Hunter, G.E. Fox y G.M. Wellington. 2006. Is the ITS region the

solution to the species problem in corals? Intragenomic variation and

alignment permutation in Porites, Siderastrea and Outgroup taxa.

Proceedings of the 10th International Coral Reef Symposium. 14-23pp.

46
Forsman Z., D.J. Barshis, C.L. Hunter y R.J. Toonen. 2009. Shape-shifting

corals: Molecular markers show morphology is evolutionarily plastic in

Porites. BMC Evolutionary Biology. 9:45

Garcia, H.E., R.A. Locarnini, T.P. Boyer, J.I. Antonov, M.M. Zweng, O.K.

Baranova, y D.R. Johnson. 2010. World Ocean Atlas 2009, Volume 4:

Nutrients (phosphate, nitrate, silicate). S. Levitus, Ed. NOAA Atlas NESDIS

71, U.S. Government Printing Office, Washington, D.C., 398 pp.

Gilmartin M. y N. Revelante. 1978. The phytoplankton characteristics of the

barrier island lagoons of the Gulf of California. Estuarine and Coastal

Marine Science. 7: 29-47.

Glynn P.W., S.B. Colley, C.M. Eakin, D.B. Smith, J. Cortes, N.J. Gassman, H.M.

Guzman, J.B. Del Rosario y J.S. Feingold. 1994. Reef coral reproduction in

the eastern Pacific: Costa Rica, Panama, and Galapagos Islands

(Ecuador). II. Poritidae. Marine Biology. 118:191-208.

Glynn P.W. 1997. Eastern Pacific reef coral biogeography and faunal flux:

Durhams dilemma revisited. Proceedings of the 8th International Coral Reef

Symposium. Panama, 1: 371378.

Gmez-Campo. 2011. Diseo e implementacin de un programa de

adaptacin al cambio climtico en las reas insulares del Caribe

continental colombiano. Proyecto INAP. INVEMAR.

47
Hellberg M.E. 2006. No variation and low synonymus substitution ratesin

coral mtDNA despite high nuclear variation. BMC Evolutionary Biology. 6:

24.

Hillis D.M. y M.T. Dixon. 1991. Ribosomal DNA: Molecular Evolution and

Phylogenetic Inference. Quarterly Review of Biology. 66: 411-453.

INE. 2000. Programa de manejo Parque Nacional Baha de Loreto.

INE/SEMARNAP. Mxico.

Keer J.T. 2008. Essentials of Nucleic Acid Analysis: a robust approach. Royal

Society of Chemistry. Reino Unido. 248pp.

Lavn M.F. y S.G. Marinone. 2003. An overview of the physical oceanography

of the Gulf of California. Nonlinear Processes in Geographical Flui Dynamics.

173-204.

Lecchini D. y R. Galzin. 2003. Influence of pelagic and benthic, biotic and

abiotic, stochastic and deterministic processes on the dynamics of auto-

recruitment of coral reef fish: a review. Cybium 27:167184.

Locarnini R.A., A.V. Mishonov, J.I. Antonov, T.P. Boyer, H.E. Garcia, O.K.

Baranova, M.M. Zweng, y D.R. Johnson, 2010. World Ocean Atlas 2009.

Volume 1: Temperature. S. Levitus, Ed. NOAA Atlas NESDIS 68, U.S.

Government Printing Office, Washington, D.C., 184 pp.

Lpez-Corts D.J., I. Grate-Lizrraga, J.J. Bustillos-Guzmn, R. Alonso-

Rodrguez e I. Murillo-Murillo. 2003. Variabilidad el estado trfico y la

48
 biomasa del fitoplancton de Baha Concepcin, Golfo de California (1997-

1999). Hidrobiologa. 13: 195-206.

Lopez-Forment M.B. 2003. Evolutionary biology of corals from the Gulf of

California: a historical and conservation perspective. PhD dissertation.

Dept. of Integrative Biology. University of California, Berkeley.

Lpez-Prez R.A., H. Reyes-Bonilla, A.F. Budd y F.Correa-Sandoval. 2003. The

taxonomic status of Porites sverdrupi, an endemic coral of the Gulf of

California. Ciencias Marinas. 29: 1-15.

Maier R.M., I.L. Pepper y C.P. Gerba. 2009. Environmental Microbiology.

Academic Press. Londres. 598pp.

Makarov V. y A. Jimnez-Illescas. 2003. Corrientes bsicas barotrpicas en el

Golfo de California. Ciencias Marinas. 29(2): 141-153.

Mateo-Cid L.E., I. Snchez-Rodrguez, Y.E. Rodrguez-Montesinos y M.M. Casas-

Valdez. 1993. Estudio florstico de las algas marinas bentnicas de Baha

Concepcin, B.C.S., Mxico. Ciencias Marinas. 19: 41-60.

McElroy D., P. Moran, E. Bermingham e I. Kornfield. 1992. REAP. The Restriction

Enzyme Package. Department of Zoology. Migratory Fish Research Institute

and Center for Marine Studies. University of Maine.

Mora-Prez M.G. 2005. Biologa Reproductiva del coral Porites panamensis

Verril 1866 (Anthozoa: Scleractinia), en Baha de la Paz, Baja California

Sur, Mxico. Tesis de Maestra, Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas,

La Paz, Baja California Sur, Mxico. 94pp.

49
Nei, M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press.

New York.

Nei, M. y F. Tajima. 1981. DNA polymorphism detectable by restriction

endonucleases. Genetics. 97: 145-163.

Nei M. y J.C. Miller. 1990. A simple method for estimating average number of

nucleotide substitutions within and between populations from restriction

data. Genetics. 125: 873-879.

Nasa Earth Observations (NEO). 2011. Chlorophyll concentration dataset. EOS

Project Science Office. NASA.

Palumbi S.R. 1994. Genetic divergence, reproductive isolation, and marine

speciation. Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics 25: 547

572.

Paz-Garca D.A., H. Reyes-Bonilla y M.P. Hernndez-Corts. 2008. Genetic

Variation in two morphotypes of Porites panamensis from the Gulf of

California, Mexico. Proceedings of the 11th International Coral Reef

Symposium. Florida. 1: 444-448.

Paz-Garca D.A., F. Correa-Sandoval, H.E. Chvez-Romo, H. Reyes-Bonilla,

R.A.Lpez-Prez, P. Medina-Rosas y M.P. Hernndez-Corts. 2008b. Genetic

structure of the massive coral Porites panamensis (Anthozoa:

Scleractinia) from the Mexican Pacific. Proceedings of the 11th Coral Reef

symposium. 1: 449-453.

50
Paz-Garca D.A., H.E. Chvez-Romo, F. Correa-Sandoval, H. Reyes-Bonilla, A.

Lpez-Prez, P. Medina-Rosas y M.P. Hernndez-Corts. 2011. Genetic

connectivity patterns of corals Pocillopora damicornis and Porites

panamensis (Anthozoa: Scleractinia) along the west coast of Mexico.

Pacific Science. 66(1). En prensa.

Prez-Soto J.L. 1995. Volumen de sedimento drenado de Baha Concepcin,

Baja California Sur, Mxico (1922-1988): Tesis de licenciatura, Universidad

Autnoma de Baja California, Ensenada, BC.

Ramrez P.A. 1983. Sistemtica, ecologa y biogeografa de los crustceos

anomuros de Baha Concepcin, B.C.S., Mxico. Tesis de licenciatura,

Facultad de Ciencias Biolgicas; Universidad Autnoma de Nuevo Len,

Monterrey, 133pp.

Reyes-Bonilla H. 1993. Biogeografa y ecologa de los corales hermatpicos

del Pacfico de Mxico. En: S.J. Salazar-Vallejo y N.E. Gonzlez (eds.),

Biodiversidad Marina y Costera de Mxico, CONABIO/CIQRO, Chetumal. 202-

227pp.

Reyes-Bonilla H., R. Riosmena-Rodrguez y M.S. Foster. 1997. Hermatypic

corals associated with rhodolith beds in the Gulf of California, Mxico.

Pacific Science. 51(3): 328-337.

Reyes-Bonilla H. y R.A. Lpez-Prez. 1998. Biogeografa de los corales ptreos

(Scleractinia) del Pacfico de Mxico. Ciencias Marinas. 24: 211-224.

51
Reyes-Bonilla H., L.E. Caldern-Aguilera, G. Cruz-Pin, P. Medina-Rosas, R.A.

Lpez-Prez, M.D. Herrero-Prezrul, G.E. Leyte-Morales, A.L. Cupul-Magaa

y J.D. Carriquiry-Beltrn. 2005. Atlas de corales ptreos (Anthozoa:

Scleractinia) del Pacfico mexicano.

CICESE/CONABIO/CONACYT/UABCS/Universidad de

Guadalajara/Universidad del Mar. 124pp.

Reyes-Bonilla H., L.E. Caldern-Aguilera, G. Cruz-Pin, R.A. Lpez-Prez y P.

Medina-Rosas. 2010. Evaluacin de la diversidad gama de corales

arrecifales (Scleractinia) en el Pacfico de Mxico. Revista Mexicana de

Biodiversidad. 81: 113-121.

Rinkevich B. 2005 Conservation of coral reefs through active restoration

measures: recent approaches and last decade progress. Environmental

Science and Techoology. 39(12): 4333-4342.

Rodrguez-Meza G.D., E. Shumilin, D. Sapozhnikov, L. Mndez-Rodrguez y B.

Acosta-Vargas. 2009. Evaluacin geoqumica de elementos mayoritarios y

oligoelementos en los sedimentos de Baha Concepcin (B.C.S., Mxico).

Boletn de la sociedad Geolgica Mexicana. 61(1): 57-72.

Rodrguez-Troncoso A.P. 2006. Ciclo reproductivo de tres especies de corales

formadoras de arrecife en Baha La Entrega, Oaxaca, Mxico. Tesis de

Maestra, Universidad Autnoma de Baja California, Ensenada, Mxico.

52
Rodrguez-Troncoso A.P., E. Carpizo-Ituarte, G.E. Leyte-Morales, G. Chi-Barragn

y O. Tapia-Vzquez. 2011. Sexual reproduction of three coral species from

the Mexican South Pacific. Marine Biology. 158: 2673-2683.

Rubin E.T., A.L. Moulding, J.V. Lopez, D.S. Gilliam, V.N. Kosmynin y R.E. Dodge.

2008. Scleractinian coral recruitment to reefs physycally damaged by

ship groundings. Proceedings of the 11th International Coral Reef

Symposium. Florida. 326-330.

Saavedra-Sotelo N.C., L.E. Caldern-Aguilera, H. Reyes-Bonilla, R.A. Lpez-

Prez, P. Medina-Rosas y A. Rocha-Olivares. 2011. Limited genetic

connectivity of Pavona gigantean in the Mexican Pacific. Coral Reefs. 30:

677-686.

Schlttere, C., M.T. Hauser, A. von Haeseler y D. Tautz. 1994. Comparative

evolutionary analysis of rDNA ITS regions in Drosophila. Molecular

Biology and Evolution. 11(3): 513-522.

Shearer T.L., M.J.H. van Oppen, S.L. Romano y G. Worheide. 2002. Slow

mitochondrial DNA sequence evolution in the Anthozoa (Cnidaria).

Molecular Ecology. 11: 2475-2487.

Shearer T.L., I. Porto y A.L. Zubillaga. 2009. Restoration of coral populations in

light of genetic diversity estimates. National Institute of Health. Public

Access: Author manuscript.

Sheppard C.R., S.K. Davy y G.M. Pilling. 2009. The Biology of Coral Reefs.

Oxford University Press. 339pp.

53
Spalding M., C. Ravilious y E.P. Green. 2001. World Atlas of Coral Reefs.

University of California Press. EE.UU. 424pp.

Squires D.R. 1959. Corals and coral reefs in the Gulf of California. Bulletin of

the American Museum of Natural History. 118: 370-431.

Steller D.L., R. Riosmena-Rodrguez, M.S. Foster y C.A. Roberts. 2003. Rhodolith

bed divesity in the Gulf of California: the importanceof rodolith structure

and consequences of disturbance. Aquatic Conservation: Marine and

Freshwater Ecosystems. 13: S5-S20.

Steller D.L., J.M. Hernndez-Ayn, R. Riosmena-Rodrguez y A. Cabello Pasini.

2007. Efecto de la temperatura sobrelas tasas de fotosntesis,

crecimiento y calcificacin del alga coralina de vida libre Lithophyllum

Margaritae. Ciencias Marinas. 33(04): 441-456.

Takabayashi M., D. Carter, S. Ward y O. Hoegh-Guldberg. 1998. Inter- and intra-

specific variability in ribosomal DNA sequence in the internal transcribed

spacer region of corals. Proceedings f the Australian Coral Reef Society.

237-244.

Tamura K., J. Dudley, M. Nei y S. Kumar. 2007. MEGA4: Molecular Evolutionary

Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and

Evolution 24: 1596-1599.

Tioho H., M. Tokeshi y S. Nojima. 2001. Experimental analysis of recruitment in

a scleractinian coral at high latitude. Marine Ecology Progress Series.

213:7986.

54
Van Oppen M.J.H., G. Worheide y M. Takabayashi. 2000. Nuclear markers in

evolutionary and population genetic studies of scleractinian corals and

sponges. Proceedings of the 9th Coral Reef Symposium, Bali, Indonesia.Vol 1.

Van Oppen M.J.H. y R.D. Gates. 2006. Conservation genetics and the resilence

of reef-building corals. Molecular Ecology. 15: 38633883.

Veron J., D. Odorico, C. Chen y D. Miller. 1996. Reassessing evolutionary

relationships of Scleractinian corals. Coral Reefs. 15: 1-9.

Vidal M.A., C.M. Villamil y A. Acosta. 2005. Composicin y densidad de corales

juveniles en dos arrecifes profundos de San Andrs Isla, Caribe

colombiano. Boletn de Investigaciones Marinas y Costeras. 34: 211-225.

Vizcano-Ochoa V.E. 2003. Biologa reproductiva de tres especies de corales

formadores de arrecifes en Baha Banderas, Mxico. Tesis de Maestra,

Universidad Autnoma de Baja California. Ensenada, Mxico.

White T.J., T. Bruns, S. Lee, y W.J. Taylor. 1990. Amplification and direct

sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. En: PCR

protocols: A guide to methods and applications. Innis M.A., D.H. Gelfand, J.J.

Snninsky y T.J. White (Eds.). Academic Press, San Diego. 315-322 pp.

Worheide G. 2005. Low variation in partial cytochrome oxidase subunit I (COI)

mitochondrial sequiences in the coralline demosponge Astroclera

willeyana across the Indo-Pacific. Marine Biology.

55
Yabur-Pacheco R. 1998. Estructura especfica y morfolgica de mantos de

rodolitos en el Golfo de California. Tesis de licenciatura, Universidad

Autnoma de Baja California Sur, Departamento Acadmico de Biologa

Marina. 56pp.

56
Anexo I

Cuantificacin de ADN para las extracciones de Baha Concepcin

No. de cuantificacin ID laboratorio ng/l

1 PSVBC-01 54.0
2 PSVBC-02 124.5
3 PSVBC-03 52.0
4 PSVBC-04 27.0
5 PSVBC-05 11.9
6 PSVBC-06 76.0
7 PSVBC-07 50.0
8 PSVBC-08 29.5
9 PSVBC-09 51.0
10 PSVBC-10 138.0
11 PSVBC-11 236.5
12 PSVBC-12 64.5
13 PSVBC-13 63.5
14 PSVBC-14 110.5
15 PSVBC-15 144.5
16 PSVBC-16 187.0
17 PSVBC-17 114.0
18 PSVBC-18 68.5
19 PSVBC-19 236.0
20 PSVBC-20 28.5
21 PSVBC-21 130.5
22 PSVBC-22 218.5
23 PSVBC-23 24.5
24 PSVBC-24 62.5
25 PSVBC-25 30.0

57
26 PSVBC-26 76.5
27 PSVBC-27 205.0
28 PSVBC-28 38.5
29 PSVBC-29 196.0
30 PSVBC-30 130.5
31 PSVBC-31 26.5
32 PSVBC-32 63.5
33 PSVBC-33 40.5
34 PSVBC-34 203.5
35 PSVBC-35 84.5
36 PSVBC-36 39.0
37 PSVBC-37 89.5
38 PSVBC-38 72.5
39 PSVBC-39 96.5
40 PSVBC-40 850.0
41 PSVBC-41 52.5
42 PSVBC-42 1036.0
43 PSVBC-43 59.5
44 PSVBC-44 26.5
45 PSVBC-45 85.0
46 PSVBC-46 88.0
47 PSVBC-47 78.5
48 PSVBC-48 207.0
49 PSVBC-49 38.0
50 PSVBC-50 30.0

58
Anexo II

Cuantificacin de ADN para las extracciones de Loreto

No. de cuantificacin ID laboratorio ng/l

51 PSVLO-01 220.5
52 PSVLO-02 37.0
53 PSVLO-03 103.5
54 PSVLO-04 94.5
55 PSVLO-05 118.5
56 PSVLO-06 105.5
57 PSVLO-07 269.5
58 PSVLO-08 64.5
59 PSVLO-09 211.5
60 PSVLO-10 39.5
61 PSVLO-11 152.0
62 PSVLO-12 76.0
63 PSVLO-13 48.5
64 PSVLO-14 414.5
65 PSVLO-15 136.0
66 PSVLO-16 640.5
67 PSVLO-17 22.5
68 PSVLO-18 96.5
69 PSVLO-19 341.5
70 PSVLO-20 97.0
71 PSVLO-21 140.5
72 PSVLO-22 57.5
73 PSVLO-23 192.5
74 PSVLO-24 334.0
75 PSVLO-25 106.5

59
76 PSVLO-26 184.0
77 PSVLO-27 164.5
78 PSVLO-28 22.5
79 PSVLO-29 92.0
80 PSVLO-30 225.0
81 PSVLO-31 52.5
82 PSVLO-32 45.5
83 PSVLO-33 155.0
84 PSVLO-34 156.0
85 PSVLO-35 43.5
86 PSVLO-36 219.5
87 PSVLO-37 6.2
88 PSVLO-38 47.5
89 PSVLO-39 36.5
90 PSVLO-40 39.0
91 PSVLO-41 31.0
92 PSVLO-42 34.0
93 PSVLO-43 49.0
94 PSVLO-44 34.0
95 PSVLO-45 44.5
96 PSVLO-46 37.5
97 PSVLO-47 26.0
98 PSVLO-48 145.0
99 PSVLO-49 96.0
100 PSVLO-50 10.5

60
Anexo III

Caracterizacin binaria de los 10 haplotipos encontrados en P. sverdrupi.

Haplotipo MboI RsaI DpnII TaqI

H1 11111 01111 01111 1110011

H2 11111 01111 01111 1110100

H3 11111 01111 01111 1111000

H4 11111 01111 11011 1110100

H5 11111 01111 11011 1111000

H6 11111 11110 01111 1110011

H7 11111 11110 01111 1110100

H8 11111 11110 01111 1111000

H9 11111 11110 11011 1110100

H10 11111 11110 11011 1111000

61