Register in the binding sites.

The ribosoma binding sites by themselves are thus

capable of binding any aminoacyl-tRNA.

It should be quite apparent that tRNA molecules contain a great deal of

specificity despite their small size. Not only must they (1) have the correct
anticodon sequences, so as to respond to the right codons, but they must also (2)
be recognized by the correct aminoacyl tRNA synthetases, so that they are
activated with the right amino acids, and (3) bind to the A and P sites on the
ribosomes. Specificity for codon recognition resides in the tRNA portion of an
aminoacyl-tRNA, rather than in the amino acid. They treated cysteyl-tRNA cys with a
strongly reducing nickel powder, which converted the cysteine to alanine still
attached, how ever, to the cysteine tRNA. When this hybrid aminoacyl-tRNA, alanyl-
tRNA was used in in vitro protein synthesizing systems, alanine was found to be
incorporated into positions in polypeptides normally occupied by cysteine.

Protein synthesis is initiated by a special initiator tRNA, designated tRNA met.

This mean that all polypeptides begin with methionine during synthesis. The amino-
terminal methionine is subsequently claved from many polypeptides. Thus,
functional proteins need not have an amino-terminal methionine. In prokaryotes and

in eukaryote organelles, the methionine on the initiator tRNAmet

f has the amino
group blocked with a formyl group. In eukaryotic cytoplasmic systems, a special

initiator tRNAmet
i also exists, but the maino group is not formylated a distinct
methionine tRNA, tRNAmet, which respond to internal methionine codons, exist in
both prokaryotic and eukaryotic systems. Both methionine tRNAs have the same
anticodon (AUG) for methionine. In prokaryotes, the formylated amino group on
met
methyonyl- tRNA f pevents the formation of a peptide bond between the amino
group and the carboxyl group of the amino acid at the end of the growing
met
polypeptide chain. In eukaryotes, however, the amino group of methionyl- tRNA i
met
is not blocked. Then prevents methionyl- tRNA i from responding to internal AUG
codons and and methionyl tRNAmet from responding to initiator AUG codons in
met
eukaryotic mRNAs? Apparently, only methionyl- tRNA i will react with the protein
met
initiation factors, IF-1, IF-2, and IF-3 and only methionyl- tRNA will interact with
met
the protein elongation factors. Ef-Tu and Ef-Ts. in any case, only methionyl- tRNA i
met
responds to AUG initiation codons and only methionyl- tRNA responds to AUG
 met
interna codon. methyonyl- tRNA f also responds to an aternate initiator codon,
GUG, known to be present in certain natural mRNAs.

In prokaryotes, polypeptides chain initiation occurs with the formation of a

met
complex between mRNA, methyonyl- tRNA f and the 30S ribosomal subunit. The
formation of this initiation complex requires the activity of three protein initiation
factors, designated IF-1, IF-2 dan IF-3 plus guanosine triphosphate (GTP). It may be
facilitated by a base pairing interaction between a base sequence near the 3 end of
the 16S rRNA and a base sequence in the leader sequence of the mRNA.

The initiation complex then combines with the 50S ribosomal subunit,and the
met
methyonyl- tRNA f becomes bound to the peptidyl site. This requires the
hydrolysis of one molecular of GTP. The alignment of the AUG initiation codon with
met
the anticodon of tRNA f fixes the codon presents at the A site, thus establishing
the specifity for aminoacyl-tRNA binding at the A site. The binding of alanyl-tRNA ala
in the A site requires the hydrolysis of one molecule of GTP and the protein
elongation factors designated Ef-T, and Ef-T. peptide bond formation between the
met
carboxyl group of f-methionine bound to the tRNA f in the P siteand the amino
group of the alanine molecule bound to tRNAala in the A site is then catalyzed by
peptidyl transferase. This reaction leaves the f-met-ala dipeptide attached to tRNA ala
bound to the A site of the ribosome.

The next step in translation called translocation, involves (1) movement of f-

met-ala- tRNAala from the A site to the P site and (2) movement of the mRNA
molecule exactly three nucleotides, relative to the position of the ribosome, so that
the codon previously in register with the A site moves into register with the P site.
Translocation requires the activity of the elongation factor designated Ef-G and the
hydrolysis of one molecules of GTP.

The next aminoacyl-tRNA specified by the mRNA codon at the A site then
bind at the A site,and the peptide bond formation and translocation steps are
repeated. The just described sequence is repeated for each codon of the mRNA. The
formyl group on the amino terminal methionine is usually removed by a
deformylase before synthesis of the polypeptide is completed. When one of the
three polypeptide chain termination codons comes into register with the A site, the
nascent polypeptide, the tRNA in the P site, and the mRNA are released, and the
ribosomal subunits dissociate. Termination requires the activity of one of two protein
release factor.
 Rather than each mRNA molecules being translated by a single ribosome,
most mRNAs are simultaneously translated by several ribosomes, spaced about 90
nucleotides apart along the mRNA molecule. The size these translation complexes,
called polyribosomes is highly variable but is correlated with the size of the
polypeptide being synthesized.

Indo

INDONESIA

Mendaftar di situs mengikat. The ribosoma situs mengikat sendiri dengan demikian
mampu mengikat setiap aminoasil-tRNA.

Ini harus cukup jelas bahwa molekul tRNA mengandung banyak kekhususan
meskipun ukurannya yang kecil mereka. Tidak hanya harus mereka (1) memiliki
urutan antikodon yang benar, sehingga untuk menanggapi kodon benar, tetapi
mereka juga harus (2) diakui oleh aminoasil yang benar tRNA sintetase, sehingga
mereka diaktifkan dengan asam amino yang tepat, dan (3) mengikat ke situs A dan
P pada ribosom. Spesifisitas untuk pengakuan kodon berada di bagian tRNA dari
aminoasil-tRNA, bukan dalam asam amino. Mereka memperlakukan cysteyl-tRNAcys
dengan bubuk nikel sangat mengurangi, yang dikonversi sistein untuk alanin masih
menempel, bagaimana pernah, dengan sistein tRNA. Ketika hybrid ini aminoasil-
tRNA, Alanyl-tRNA digunakan dalam in vitro sistem sintesis protein, alanin
ditemukan dimasukkan ke dalam posisi di polipeptida biasanya ditempati oleh
sistein.

sintesis protein dimulai oleh tRNA inisiator khusus, ditunjuk tRNAmet. Ini berarti
bahwa semua polipeptida dimulai dengan metionin selama sintesis. Metionin amino-
terminal selanjutnya claved dari berbagai polipeptida. Dengan demikian, protein
fungsional tidak perlu memiliki metionin amino-terminal. Dalam prokariota dan di
organel eukariota, metionin pada inisiator memiliki gugus amino diblokir dengan
kelompok formil. Dalam sistem sitoplasma eukariotik, inisiator khusus juga ada,
tetapi kelompok Maino tidak formylated sebuah metionin yang berbeda tRNA,
tRNAmet, yang menanggapi kodon metionin internal ada di kedua sistem prokariotik
dan eukariotik. Kedua tRNA metionin memiliki antikodon yang sama (Agustus) untuk
metionin. Dalam prokariota, kelompok amino formylated di methyonyl- pevents
pembentukan ikatan peptida antara gugus amino dan gugus karboksil dari asam
amino pada akhir rantai polipeptida yang sedang tumbuh. Pada eukariota,
bagaimanapun, kelompok amino dari methionyl- tidak terhalang. Kemudian
mencegah methionyl- dari menanggapi kodon Agustus internal dan dan methionyl
tRNAmet dari menanggapi inisiator kodon Agustus di mRNA eukariotik? Ternyata,
hanya methionyl- akan bereaksi dengan faktor inisiasi protein, IF-1, IF-2, dan IF-3
dan hanya methionyl- akan berinteraksi dengan faktor-faktor protein elongasi. Ef-Tu
dan ef-Ts. dalam hal apapun, hanya methionyl-merespon Agustus kodon inisiasi dan
hanya methionyl- merespon Agustus interna kodon. methyonyl- juga menanggapi
sebuah kodon aternate inisiator, GUG, dikenal untuk hadir di mRNA alam tertentu.

Dalam prokariota, polipeptida rantai inisiasi terjadi dengan pembentukan kompleks

antara mRNA, methyonyl- dan subunit ribosom 30S. Pembentukan kompleks inisiasi
ini membutuhkan aktivitas faktor inisiasi tiga protein, ditunjuk IF-1, IF-2 Dan IF-3
plus guanosin trifosfat (GTP). Ini dapat difasilitasi oleh interaksi basis pasangan
antara urutan basa dekat ujung 3 dari 16S rRNA dan urutan basa dalam urutan
pemimpin mRNA.

Inisiasi kompleks maka menggabungkan dengan 50S subunit ribosom, dan

methyonyl- yang menjadi terikat ke situs peptidil. Ini membutuhkan hidrolisis satu
molekul GTP. Keselarasan dari inisiasi kodon Agustus dengan antikodon perbaikan
kodon menyajikan di lokasi A, sehingga membentuk spesifisitas untuk aminoasil-
tRNA mengikat di lokasi A. Pengikatan Alanyl-tRNAala di situs A membutuhkan
hidrolisis satu molekul GTP dan faktor-faktor protein elongasi ditunjuk Ef-T, dan Ef-T.
pembentukan ikatan peptida antara gugus karboksil dari f-metionin terikat dalam P
siteand gugus amino dari molekul alanin terikat tRNAala di situs A kemudian
dikatalisasi oleh transferase peptidil. Reaksi ini meninggalkan f-bertemu-ala
dipeptida melekat tRNAala terikat pada situs A dari ribosom.

Langkah selanjutnya dalam terjemahan disebut translokasi, melibatkan (1) gerakan

f-bertemu-Ala tRNAala dari situs A ke situs P dan (2) pergerakan mRNA molekul
tepat tiga nukleotida, relatif terhadap posisi ribosom, sehingga kodon sebelumnya
dalam register dengan situs A bergerak ke register dengan situs P. Translokasi
memerlukan aktivitas faktor elongasi ditunjuk Ef-G dan hidrolisis satu molekul GTP.

Berikutnya aminoasil-tRNA yang ditentukan oleh kodon mRNA di situs A kemudian

mengikat di lokasi A, dan pembentukan ikatan peptida dan translokasi langkah
diulang. Urutan baru saja dijelaskan diulang untuk setiap kodon dari mRNA.
Kelompok formil pada metionin terminal amino biasanya dihapus oleh deformylase
sebelum sintesis polipeptida selesai. Ketika salah satu kodon terminasi rantai tiga
polipeptida datang ke register dengan situs A, polipeptida baru lahir, tRNA di situs P,
dan mRNA dilepaskan, dan subunit ribosom berdisosiasi. Pemutusan membutuhkan
aktivitas satu dari dua faktor rilis protein.

Daripada setiap molekul mRNA diterjemahkan oleh ribosom tunggal, kebanyakan

mRNA secara simultan diterjemahkan oleh beberapa ribosom, berjarak sekitar 90
nukleotida terpisah di sepanjang molekul mRNA. Ukuran kompleks terjemahan ini,
yang disebut polyribosomes sangat bervariasi tetapi berkorelasi dengan ukuran
polipeptida yang sedang disintesis.